進(jìn)化樹
- 陜西省野生擬黑蟲草的多基因分子生物學(xué)鑒定
多數(shù)單基因系統(tǒng)進(jìn)化樹在某些關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)上的支持率較低、聚類可信度不高,因而僅依靠單基因進(jìn)行物種的分類鑒定存在一定的局限性[4]。多基因涵蓋的信息比單基因多,通過聯(lián)合多個(gè)DNA片段構(gòu)建的多基因系統(tǒng)進(jìn)化樹能更可靠地反映物種之間真正的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系[5-6],也能明顯提高進(jìn)化樹的分辨率和可信度[7]。如今,多基因聯(lián)合分析也被廣泛地用于蟲草菌分類地位的鑒定中[8-9]。Sung等[10]利用核糖體大亞基LSU和小亞基SSU、RNA聚合酶Ⅱ大亞基RPB1和小亞基RPB1及
西北植物學(xué)報(bào) 2023年11期2023-12-05
- 基于專利分析的食品加工產(chǎn)業(yè)技術(shù)預(yù)測(cè)方法創(chuàng)新與應(yīng)用探索
——發(fā)明問題解決理論（TRIZ）視角
狀信息模型，即進(jìn)化樹，意在通過系統(tǒng)分析食品開發(fā)過程中遇到的問題，提出科學(xué)有價(jià)值的食品產(chǎn)品發(fā)展方向，得到切合實(shí)際、創(chuàng)新性較強(qiáng)的最終產(chǎn)品。2 基于TRIZ 理論的專利預(yù)測(cè)方法2.1 傳統(tǒng)的產(chǎn)品專利預(yù)測(cè)方法當(dāng)前，國(guó)內(nèi)外研究多采用社會(huì)網(wǎng)絡(luò)分析方法，從專利擁有者、發(fā)明人協(xié)作網(wǎng)絡(luò)和專利引文網(wǎng)絡(luò)等方面對(duì)專利信息進(jìn)行挖掘，并對(duì)專利質(zhì)量、技術(shù)預(yù)測(cè)、行業(yè)間知識(shí)流動(dòng)、技術(shù)評(píng)價(jià)和企業(yè)核心技術(shù)進(jìn)行深入研究。到目前為止，關(guān)于專利技術(shù)發(fā)展?fàn)顩r方面的研究主要包括技術(shù)擴(kuò)散、技術(shù)發(fā)展趨勢(shì)預(yù)測(cè)
科技管理研究 2023年18期2023-11-13
- 枳漆酶基因家族鑒定及其響應(yīng)鹽脅迫的表達(dá)分析
otif；系統(tǒng)進(jìn)化樹分析結(jié)果顯示，20個(gè)枳LAC基因家族成員與17個(gè)擬南芥LAC基因家族成員共分成7個(gè)亞組，20個(gè)枳LAC基因家族成員分布在其中的6組；20個(gè)枳LAC基因家族成員與擬南芥LAC基因間存在19對(duì)共線性關(guān)系；啟動(dòng)子區(qū)域含有24種順式作用元件，其中厭氧誘導(dǎo)元件、干旱響應(yīng)元件和茉莉酸甲酯響應(yīng)元件數(shù)量最多；16個(gè)枳LAC基因在鹽脅迫下顯著上調(diào)表達(dá)，推測(cè)枳漆酶基因參與了鹽脅迫響應(yīng)。關(guān)鍵詞：枳；漆酶基因；進(jìn)化樹；順式作用元件；鹽脅迫中圖分類號(hào)：S188+
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年9期2023-06-04
- ?？刹《?8 型構(gòu)象表位的生物信息學(xué)研究
E18 的分子進(jìn)化樹,確定進(jìn)化分支和決定進(jìn)化分支的標(biāo)志性氨基酸突變(分支突變);最后探索分支突變與表位以及病毒受體結(jié)合位置的關(guān)系,分析表位在E18 分子進(jìn)化過程中的作用.研究結(jié)果可為E18 的監(jiān)測(cè)和預(yù)警提供參考.1 材料與方法1.1 E18 結(jié)構(gòu)蛋白的序列和結(jié)構(gòu)特征分析從RCSB PDB 數(shù)據(jù)庫(kù)[26](https://www.rcsb.org)和NCBI Nucleotide數(shù)據(jù)庫(kù)[27](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuc
寧波大學(xué)學(xué)報(bào)（理工版） 2023年1期2023-01-30
- 云南省大理市嚙齒動(dòng)物攜帶冠狀病毒和戊型肝炎病毒的調(diào)查
序列分析及系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建 通過DNAstar Lasergene軟件包進(jìn)行序列拼接、剪切。利用NCBI在線BLAST工具進(jìn)行相似性比對(duì)分析。從GenBank中下載相近序列，使用ClustalX2進(jìn)行序列比對(duì)。系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建使用MEGA-X，選擇最大似然法(Maximum Likelihood，ML)進(jìn)行1 000次bootstrap重復(fù)，核苷酸替代模型選擇最優(yōu)模型，自展值大于70%為可靠進(jìn)化分支。CoV和HEV進(jìn)化樹基于部分RNA依賴的RNA聚合酶(RNA
中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào) 2022年8期2022-08-30
- 森林草莓bHLH家族基因的鑒定與分析
上分布得最少。進(jìn)化樹結(jié)果顯示，森林草莓的bHLH家族可以進(jìn)一步被分為12個(gè)亞家族，其中第Ⅰ、Ⅲ亞族的成員較多。森林草莓bHLH家族基因的表達(dá)模式分析結(jié)果顯示，有73個(gè)FvbHLH基因與花的發(fā)育相關(guān)，有28個(gè)FvbHLH基因與果實(shí)的發(fā)育相關(guān)，其中FvbHLH97/36/55/39/42/52/26/44/68/54對(duì)森林草莓花的整個(gè)發(fā)育過程都尤為重要，而FvbHLH57/59/66/78/100/15/17/46則在果實(shí)發(fā)育中起到主要的調(diào)控作用。 關(guān)鍵詞：森
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年2期2022-02-15
- 寧夏人腺病毒臨床標(biāo)本的首次全基因組序列分析
似然法系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹，Bootstrap設(shè)置為1 000。使用SplitsTree[14]（版本號(hào)4.18.2）默認(rèn)設(shè)置構(gòu)建全基因組網(wǎng)狀進(jìn)化樹。使用Simplot[15]（版本號(hào)3.5.1）進(jìn)行重組分析，窗口大小設(shè)置為5 000，步長(zhǎng)設(shè)置為100。2 結(jié)果2.1 實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)結(jié)果對(duì)該幼兒咽拭子標(biāo)本中的病毒核酸進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)，檢測(cè)結(jié)果顯示人腺病毒核酸DNA陽(yáng)性（CT值為21.11），證明該咽拭子標(biāo)本為腺病毒陽(yáng)性。2.2 核酸序列的同源性
寧夏醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào) 2022年12期2022-02-15
- 15 株湖南省豬圓環(huán)病毒2 型全基因組測(cè)序與遺傳進(jìn)化分析
V2 根據(jù)系統(tǒng)進(jìn)化樹，可分為PCV2a、PCV2b、PCV2c、PCV2d 等8 種基因亞型[4]。1991 年，Clark 等[4]在加拿大西部地區(qū)表現(xiàn)斷奶仔豬多系統(tǒng)衰竭綜合征的病豬體內(nèi)分離出一種PCV，發(fā)現(xiàn)其與PCV1 的抗原性和致病性均存在差異，因此將該病毒命名為PCV2。此后，全球多國(guó)豬場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了PCV2 感染。1995 年，我國(guó)臺(tái)灣地區(qū)首次發(fā)現(xiàn)PCV2 感染[5]。目前我國(guó)PCV2感染率較高，流行廣泛，其中PCV2d 為優(yōu)勢(shì)流行亞型[6-8]。本研
中國(guó)動(dòng)物檢疫 2022年2期2022-02-13
- 雞滑液支原體的分離鑒定與多位點(diǎn)序列分型
ST分型并建立進(jìn)化樹，以明確國(guó)內(nèi)MS流行株所屬的基因型及相互之間的進(jìn)化關(guān)系，為我國(guó)養(yǎng)雞業(yè)的MS防控提供科學(xué)依據(jù)。1 材料與方法1.1 病料來源 樣品為來自山東、四川、河北、湖北、遼寧、安徽、江蘇、黑龍江、寧夏共9省份疑似爆發(fā)MS感染雞場(chǎng)的雞腿、拭子等病料。1.2 主要試劑 氯化鈉、氯化鉀、磷酸氫二鈉、磷酸氫二鉀、硫酸鎂等鹽類購(gòu)自國(guó)藥集團(tuán)，支原體培養(yǎng)基采用改良Frey氏培養(yǎng)基(購(gòu)自O(shè)XOID)，輔酶購(gòu)自羅氏。細(xì)菌DNA提取試劑盒和PCR mix購(gòu)自北京全式金
中國(guó)獸藥雜志 2022年12期2022-02-11
- 16S rRNA基因可變區(qū)與全長(zhǎng)序列進(jìn)化關(guān)系相似性分析
變區(qū)及全長(zhǎng)序列進(jìn)化樹，使用層次距離矩陣算法分析了V2、V3、V4可變區(qū)與全長(zhǎng)序列所構(gòu)建的進(jìn)化樹之間的距離差異值，并對(duì)可變區(qū)與全長(zhǎng)序列進(jìn)化關(guān)系的相似性進(jìn)行了分析。1 數(shù)據(jù)獲取與預(yù)處理1.1 可變區(qū)截取與篩選原始數(shù)據(jù)采用RDP中細(xì)菌16S rRNA的全部序列。壓縮文件大小為3 GB,解壓后大小為76 GB，共包含約320萬條16S rRNA序列，數(shù)據(jù)格式為fasta。由于V9區(qū)在實(shí)際研究中應(yīng)用較少，故只選用V1～V8可變區(qū)進(jìn)行相關(guān)研究。使用MEGA6軟件在該序
鄭州大學(xué)學(xué)報(bào)（理學(xué)版） 2022年1期2022-01-23
- 豬塞內(nèi)卡病毒全基因組分析及系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建
組序列構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。1.3 核酸替換模型的選擇組成DNA的脫氧核苷酸序列的突變是促進(jìn)基因進(jìn)化的原動(dòng)力，這種突變也被稱為核酸替代。DNA序列中核苷酸替代數(shù)的估計(jì)是測(cè)定基因間進(jìn)化距離的數(shù)學(xué)統(tǒng)計(jì)方法，是研究基因進(jìn)化的基礎(chǔ)。最基本的核苷酸序列替代模型包括p-距離模型、Kimura兩參數(shù)模型和Jukes-Cantor模型以及在此基礎(chǔ)上衍生出的一系列其他模型，如Tajima-Nei模型、Tamura 模型、Tamura-Nei 模型等[11]。在系統(tǒng)發(fā)育分析中，最大
現(xiàn)代畜牧獸醫(yī) 2021年10期2021-11-13
- 基于心理旋轉(zhuǎn)的小學(xué)生物進(jìn)化樹教學(xué)實(shí)驗(yàn)報(bào)告
倪錦月一、引言進(jìn)化樹,又稱系統(tǒng)發(fā)育樹,它以樹狀分支圖的形式展現(xiàn)了地球上物種的進(jìn)化歷程以及親緣關(guān)系,[1]是達(dá)爾文共同祖先說的直接體現(xiàn),即地球上所有現(xiàn)存物種具有共同祖先,物種之間的親緣關(guān)系體現(xiàn)為呈輻射狀串起的進(jìn)化樹。[2]讀懂進(jìn)化樹是真正理解生物進(jìn)化的必要條件。[3]小學(xué)科學(xué)課程標(biāo)準(zhǔn)中列出的學(xué)習(xí)生物分類、了解動(dòng)物與植物之間的相互關(guān)系以及認(rèn)識(shí)生物的多樣性等均是生物進(jìn)化的重要內(nèi)容。[4]然而生物進(jìn)化的教學(xué)內(nèi)容較為抽象,僅通過教師的講解和教材中各種實(shí)例和圖片的呈現(xiàn)
天津市教科院學(xué)報(bào) 2021年5期2021-11-10
- 自制立體生物進(jìn)化樹模型
生通過立體生物進(jìn)化樹的制作，可構(gòu)建系統(tǒng)的生物進(jìn)化知識(shí)，同時(shí)有利于將之前學(xué)習(xí)過的不同生物的知識(shí)通過進(jìn)化樹組合在一起。隨著現(xiàn)代信息技術(shù)的快速發(fā)展，多媒體教具深受教師的喜愛，動(dòng)畫演示等輔助教學(xué)可幫助學(xué)生理解抽象知識(shí)，從而也導(dǎo)致了傳統(tǒng)自制教具“相形見絀”，逐漸淡出課堂教學(xué)。自制教具雖不如多媒體教具豐富、美觀，但其也有不可比擬的優(yōu)勢(shì)，自制教具可激發(fā)學(xué)生學(xué)習(xí)興趣、提升動(dòng)手能力、開拓創(chuàng)新精神。但學(xué)校里基本都是教師制作教具，且教具創(chuàng)新性少，主要原因是學(xué)生學(xué)業(yè)繁重、難收集制
中學(xué)生物學(xué) 2021年8期2021-11-02
- 豬源副流感病毒5型SH毒株全基因組測(cè)序及分析
序列分析及遺傳進(jìn)化樹構(gòu)建 將PIV5-SH毒株全基因組測(cè)序，測(cè)序結(jié)果進(jìn)行拼接。拼接得到的病毒全基因組序列與GenBank中已登錄的其他PIV5參考毒株進(jìn)行序列比對(duì)及分析，應(yīng)用DNAStar 6.0軟件的MegAlign程序進(jìn)行毒株的序列同源性比對(duì)，并使用MEGA 6.06軟件中的NJ法進(jìn)行PIV5全基因組序列及NP、F及HN基因進(jìn)化樹構(gòu)建。2 結(jié)果2.1 PIV5-SH毒株序列的同源性 測(cè)得的PIV5-SH毒株基因組序列遞交至GenBank，命名為SH／2
中國(guó)生物制品學(xué)雜志 2021年9期2021-09-18
- 8個(gè)玉米ZmDOFs基因?qū)Ψ巧锩{迫響應(yīng)的表達(dá)分析
OF轉(zhuǎn)錄因子;進(jìn)化樹;組織表達(dá);非生物脅迫中圖分類號(hào)：S513 ? ? ?文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：AAbstract： The DNA-binding one finger （DOF） transcription factor family is a major family of plant-specific transcrip-tion factors containing the DOF domain. These transcription factors a
熱帶作物學(xué)報(bào) 2021年5期2021-07-20
- 常見的進(jìn)化樹錯(cuò)誤概念及其辨析*
物進(jìn)化的本質(zhì)。進(jìn)化樹是一種描繪生物學(xué)分類單元之間親緣關(guān)系與物種進(jìn)化歷程的樹狀圖，是學(xué)習(xí)生物進(jìn)化的重要工具。正確解讀進(jìn)化樹不僅有助于學(xué)生理解生物進(jìn)化的歷程和親緣關(guān)系、構(gòu)建生物學(xué)多樣性知識(shí)的結(jié)構(gòu)框架，而且有助于學(xué)生進(jìn)一步理解生物進(jìn)化的本質(zhì)[2-3]。學(xué)者奧哈拉（O’Hara）曾言，“初學(xué)生物學(xué)的學(xué)生，讀懂進(jìn)化樹的重要性等同于初學(xué)地理的學(xué)生讀懂地圖的重要性”[4]。更有學(xué)者認(rèn)為，不具備正確解讀進(jìn)化樹能力的學(xué)生不可能真正理解生物進(jìn)化[5]。由此可見，進(jìn)化樹在生物進(jìn)
生物學(xué)通報(bào) 2021年9期2021-07-01
- 大白菜ABCB/PGP基因家族的鑒定與分析
員，并結(jié)合系統(tǒng)進(jìn)化樹分析ABCB/PGP 基因家族的系統(tǒng)發(fā)育分類，以期為進(jìn)一步研究大白菜ABCB/PGP 基因的生物學(xué)功能奠定一定的基礎(chǔ)。1 材料與方法1.1 大白菜ABCB/PGP 基因家族的鑒定以擬南芥ABCB/PGP 蛋白的氨基酸序列作為種子序列在大白菜基因組數(shù)據(jù)庫(kù)（http://brassicadb.org/brad/）中通過BLAST P 進(jìn)行第一次比對(duì)搜索，找出候選基因。為了防止候選基因存在遺漏，再在大白菜基因組數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了二次BLAST P
南方農(nóng)業(yè) 2021年6期2021-05-29
- 竹類植物分蘗相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析
比對(duì)。1.3 進(jìn)化樹構(gòu)建與同源序列分析使用MEGA X軟件對(duì)水稻、二穗短柄草、谷子、毛竹、瓜多竹、蕓香竹、草本竹Olyra latifolia和Raddia guianensis的各基因比對(duì)結(jié)果進(jìn)行分析，運(yùn)用最大似然法（ML），設(shè)置1 000次檢驗(yàn)構(gòu)建進(jìn)化樹。候選基因的氨基酸序列的分子量、等電點(diǎn)、序列長(zhǎng)度、脂溶性系數(shù)等信息通過網(wǎng)站（http://www.expasy.org）獲取。在MEME（http://meme-suite.org/index.html
西南林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào) 2021年2期2021-05-06
- 曲霉來源的α-L-鼠李糖苷酶結(jié)構(gòu)特征規(guī)律分析
-鼠李糖苷酶；進(jìn)化樹；代表性序列；結(jié)構(gòu)特征α-L-鼠李糖苷酶（α-L-rhamnosidase，EC3.2.1.40）是一種專一性水解鼠李糖苷鍵的酶[1]，近年來，在食品加工特別是飲料加工中被廣泛應(yīng)用，如水解柚子中的苦味物質(zhì)制作柚子汁，改善釀造酒及果汁的風(fēng)味等[2]，此外，α-L-鼠李糖苷酶還可作為食品添加劑改變流體性質(zhì)[3]。在自然界中，α-L-鼠李糖苷酶主要來源于細(xì)菌[4]和霉菌[5]，最初是從青霉菌和曲霉菌代謝生產(chǎn)的酶制劑中純化得到，國(guó)外關(guān)于真菌中α
現(xiàn)代食品科技 2021年1期2021-01-19
- 進(jìn)化樹在細(xì)菌親緣關(guān)系分析中的應(yīng)用研究
的基因序列構(gòu)建進(jìn)化樹，以確定不同生物之間的進(jìn)化關(guān)系。目前，隨著高通量測(cè)序（next generation sequencing，NGS）等技術(shù)的應(yīng)用，大大降低了基因分析的成本，加快了基因分析的速度，為細(xì)菌進(jìn)化樹的構(gòu)建提供了更多類型的分析和展示形式[2]。本文對(duì)進(jìn)化樹及其在細(xì)菌親緣關(guān)系中的應(yīng)用進(jìn)行綜述。1 進(jìn)化樹概述1.1 進(jìn)化樹定義進(jìn)化樹又稱系統(tǒng)發(fā)生樹，是描述生物體形成或進(jìn)化順序的拓?fù)錁浣Y(jié)構(gòu)，通常是二叉樹的形狀，一般由一系列節(jié)點(diǎn)和分支組成，節(jié)點(diǎn)代表某個(gè)具體
檢驗(yàn)醫(yī)學(xué) 2020年12期2021-01-04
- 文冠果WRKY轉(zhuǎn)錄因子的生物信息學(xué)分析
因子家族的系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建文冠果WRKY 家族蛋白通過對(duì)MEGA7.0 中的ClustalW進(jìn)行多序列比對(duì)，然后使用MEGA7.0 對(duì)部分文冠果和全部擬南芥WRKY 轉(zhuǎn)錄因子蛋白構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。1.4 文冠果WRKY 轉(zhuǎn)錄因子家族的蛋白理化性質(zhì)分析方法文冠果WRKY 轉(zhuǎn)錄因子家族的蛋白理化性質(zhì)分析方法：利用ExPASy 的在線工具ProtParam 工具（https://web.e xpasy.org/protparam/）對(duì)文冠果WRKY 轉(zhuǎn)錄因子蛋白的氨
廣東蠶業(yè) 2020年6期2020-12-16
- 16S與gyrB基因聯(lián)合建樹快速鑒定一株解淀粉芽胞桿菌
的方法容易出現(xiàn)進(jìn)化樹結(jié)構(gòu)沖突，干擾定位的情況。利用16S與gyrB基因聯(lián)合建樹，以較少的序列數(shù)和進(jìn)化樹數(shù)實(shí)現(xiàn)對(duì)篩選菌株快速鑒定的方法，可提高數(shù)據(jù)的利用率，減少數(shù)據(jù)沖突，為芽胞桿菌種群的分子生物學(xué)鑒定方法開發(fā)提供參考。1 材料與方法1.1 實(shí)驗(yàn)材料1.1.1 土壤樣本土壤樣本，采集自廈門同安國(guó)家農(nóng)業(yè)科技園區(qū)竹壩農(nóng)場(chǎng)。1.1.2 培養(yǎng)基與試劑營(yíng)養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基，廣東環(huán)凱生物科技有限公司；苯丙氨酸脫氨酶鑒定管、MR-VP鑒定管、SIM培養(yǎng)基(用于硫化氫和吲哚試驗(yàn))等
食品與發(fā)酵工業(yè) 2020年12期2020-07-06
- 基于18S rDNA、rbcL和atpB序列的輪藻科植物的系統(tǒng)發(fā)育研究
ML、NJ系統(tǒng)進(jìn)化樹[18]，對(duì)系統(tǒng)發(fā)育樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的可靠性通過自展法(bootstrap, BS)進(jìn)行1 000次的重復(fù)取樣.使用MrBayes 3.2.5構(gòu)建BI樹，通過馬爾科夫鏈(Markov Chain Monte Carlo，MCMC)隨機(jī)選取進(jìn)化樹，以四條鏈(nchains=4)共運(yùn)行2 000 000代，每隔1 000代保存一棵樹，所得進(jìn)化樹的前25%被舍棄(burn-in)[21].進(jìn)化樹所得支持率(ML/BI/NJ)≥50%的分枝可信度較
- 16S與gyrB基因聯(lián)合建樹快速鑒定海水中的一株地衣芽胞桿菌
進(jìn)行比對(duì)和構(gòu)建進(jìn)化樹通常無法準(zhǔn)確鑒定到種, 需要增加測(cè)序基因數(shù)并對(duì)多基因進(jìn)行分析。為實(shí)現(xiàn)快速鑒定, 課題組對(duì)16S與基因聯(lián)合建樹的方法進(jìn)行了研究, 將海洋來源的一株桿菌, 分別用通用引物擴(kuò)增16S和基因并測(cè)序, 在GeneBank進(jìn)行序列比對(duì)后, 選擇各菌種保藏中心16S和基因均相似的菌株, 取16S和基因序列, 采用Paup* 4.0構(gòu)建進(jìn)化樹。使用16S與拼接序列構(gòu)建的進(jìn)化樹中屬于同一種的菌株均很好的聚合在一枝, 種間分枝自展值均高于98, 分類結(jié)構(gòu)準(zhǔn)
海洋科學(xué) 2020年4期2020-05-13
- 進(jìn)化樹在專利方案生成中的應(yīng)用
存發(fā)展的關(guān)鍵。進(jìn)化樹作為一種樹形信息模型，能夠幫助企業(yè)對(duì)現(xiàn)有技術(shù)進(jìn)行分析，挖掘技術(shù)潛力區(qū)域，并產(chǎn)生新的專利方案。因此，提出一種進(jìn)化樹在專利方案生成中的應(yīng)用方法，來幫助研發(fā)人員更好地利用進(jìn)化樹進(jìn)行技術(shù)預(yù)測(cè)，產(chǎn)生專利方案，提高企業(yè)競(jìng)爭(zhēng)力。關(guān)鍵詞：進(jìn)化樹;產(chǎn)品研發(fā);專利方案中圖分類號(hào)：G306 ? ? ? ?文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：Adoi：10.14031/j.cnki.njwx.2020.01.0100 引言隨著市場(chǎng)機(jī)制的日趨完善，企業(yè)在激烈的市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)中越來越意識(shí)到知識(shí)
農(nóng)機(jī)使用與維修 2020年1期2020-03-27
- 凹線仙女蜆Cytb基因片段序列分析及系統(tǒng)進(jìn)化樹初步構(gòu)建
，進(jìn)而構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹，探討凹線仙女蜆的分類地位。結(jié)果顯示NT數(shù)據(jù)庫(kù)中未見凹線仙女蜆的Cytb基因信息。研究擴(kuò)增獲得的序列與蜆屬其他種的Cytb基因片段有88%的相似性，與其他簾蛤目貝類的相似度77.02%～78.53%，表明擴(kuò)增出的片段是凹線仙女蜆?biāo)赜械腃ytb基因片段?；贙imura′s 2-Parameter模型計(jì)算得出，3個(gè)樣本個(gè)體的遺傳距離僅為0～0.0016，遠(yuǎn)小于蜆屬內(nèi)種間遺傳距離（0.002～0.114），與蜆屬的遺傳距離為0.127～0
福建農(nóng)業(yè)科技 2020年10期2020-01-07
- 微生物進(jìn)化樹構(gòu)建方法
杰摘要 ? ?進(jìn)化樹的構(gòu)建是當(dāng)代生命科學(xué)技術(shù)中最為重要的技術(shù)之一，可以分析未知微生物和已知微生物的親疏關(guān)系，從而進(jìn)一步獲取微生物進(jìn)化關(guān)系的重要證據(jù)。本文對(duì)微生物進(jìn)化樹的構(gòu)建進(jìn)行了研究，闡述了進(jìn)化樹的原理，梳理了相關(guān)的理論，同時(shí)全面地介紹了最常用的構(gòu)建進(jìn)化樹的軟件及其功能，詳細(xì)地介紹了微生物進(jìn)化樹的構(gòu)建方法，以期為更便捷地開展后續(xù)研究提供參考。關(guān)鍵詞 ? ?微生物;進(jìn)化樹;構(gòu)建中圖分類號(hào) ? ?Q393 ? ? ? ? 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼 ? ?A文章編號(hào) ? 10
現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技 2019年19期2019-11-21
- 昆蟲呼腸孤病毒的遺傳進(jìn)化分析
舉100次進(jìn)行進(jìn)化樹的構(gòu)建。評(píng)估測(cè)試方法選擇Bootstrap，重復(fù)次數(shù)（Replications）設(shè)為100，其他的參數(shù)設(shè)置為默認(rèn)值。2 結(jié)果與分析2.1 昆蟲呼腸孤病毒的RdRp進(jìn)化樹分析依賴RNA的RNA聚合酶（RNA dependent DNA polymerase，RdRp）是所有的RNA病毒在病毒基因組復(fù)制過程中必需的酶，因此RdRp被認(rèn)為是從事病毒進(jìn)化分析的最佳基因[4]。為了明確昆蟲呼腸孤病毒在所有呼腸孤病毒屬之間的分類地位，選取刺突呼腸孤
生物化工 2019年5期2019-11-07
- 基于Cytb基因序列的雙齒圍沙蠶分子鑒定
Cytb基因的進(jìn)化樹。結(jié)果表明：雙齒圍沙蠶的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)測(cè)序和Blast比對(duì)后，雙齒圍沙蠶的Cytb基因序列長(zhǎng)度為349 bp，與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)雙齒圍沙蠶有97%～99%的相似度，并沒有與其他種沙蠶具有相似度;沙蠶亞科進(jìn)化樹中，雙齒圍沙蠶與多齒圍沙蠶相聚，兩者相聚后再與闊沙蠶屬相聚，沙蠶屬與環(huán)唇沙蠶屬相聚、擬突沙蠶屬與刺沙蠶屬相聚;研究結(jié)果初步證實(shí)了線粒體Cytb基因序列可用于雙齒圍沙蠶的分子鑒定。關(guān)鍵詞：雙齒圍沙蠶; Cytb基因; PCR鑒定; 進(jìn)
福建農(nóng)業(yè)科技 2019年5期2019-09-10
- 利用“樹式思維”辨析進(jìn)化論教育中的常見誤區(qū)
之樹。如圖1的進(jìn)化樹所示，物種A和物種B按照時(shí)間回溯，擁有共同祖先E。時(shí)間繼續(xù)往后回溯，C和E擁有共同祖先F，F(xiàn)和D擁有共同祖先G。時(shí)間往前推進(jìn)，是這棵樹開枝散葉的過程，時(shí)間回溯則是尋找類群最近共同祖先的過程。進(jìn)化樹所包含的信息是理解類群進(jìn)化歷程、判斷類群親緣關(guān)系和回答其他重要生物學(xué)問題的關(guān)鍵，可以說幾乎所有涉及到進(jìn)化的問題都離不開進(jìn)化樹，因此全面的進(jìn)化論教育應(yīng)該幫助學(xué)生學(xué)會(huì)讀取進(jìn)化樹所包含的意義，培養(yǎng)根據(jù)進(jìn)化樹的理念來思考生物學(xué)問題的習(xí)慣，樹式思維理念“
生物學(xué)教學(xué) 2019年7期2019-08-01
- 基于PubMLST數(shù)據(jù)庫(kù)分析蠟樣芽胞桿菌群的遺傳學(xué)
ga是生成系統(tǒng)進(jìn)化樹較常用的軟件，可用于分析來自物種或種群的DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)[14]；Phyloviz軟件是適合PubMLST數(shù)據(jù)庫(kù)配套使用的可結(jié)合序列型和菌株基本信息進(jìn)行多維度聚類分析的軟件[15]；IQ-tree是2014年基于最大似然（maximum likelihood，ML）法推出的建樹軟件，具有準(zhǔn)確、快速、靈活等特點(diǎn)，特別適用于大數(shù)據(jù)的系統(tǒng)發(fā)育分析[16-17]。ModelFinder是快速、精確的基于模式選擇法的系統(tǒng)發(fā)育的算法。基于該大
中國(guó)釀造 2019年5期2019-06-11
- ELF3基因與植物分類系統(tǒng)探討
因;植物分類;進(jìn)化樹中圖分類號(hào)：TB文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：Adoi：10.19311/j.cnki.16723198.2019.08.0961節(jié)律行為和生物鐘節(jié)律行為或稱周期性行為是行為隨自然因素規(guī)律變化呈現(xiàn)的周期性。其特點(diǎn)為隨自然因素變化而有規(guī)律的變動(dòng)，并與生物鐘相關(guān)。根據(jù)外界環(huán)境周期變化的不同因素，生物節(jié)律可分為：晝夜節(jié)律，與熱、光、溫度、風(fēng)向晝夜的綜合變化相一致，如：日行性、夜行性、晨昏性、蜜蜂采蜜、果蠅羽化等;月運(yùn)節(jié)律，行為與日月位移引力周期性變化相一致，如
現(xiàn)代商貿(mào)工業(yè) 2019年8期2019-03-21
- 烏鴉說，達(dá)爾文錯(cuò)了
岳峰達(dá)爾文的進(jìn)化樹1837年，英國(guó)皇家海軍帆船“小獵犬號(hào)”上，擔(dān)任隨船博物學(xué)家的達(dá)爾文手捧著他的日記，陷入沉思。隨后，他描繪出了生物學(xué)上的第一棵被眾多進(jìn)化研究者奉若標(biāo)桿的進(jìn)化樹。進(jìn)化樹用形象直觀的圖像闡釋了物種形成理論，即一個(gè)物種是如何分化為多個(gè)物種的，它們之間有怎樣的親緣關(guān)系。在遺傳和分化之后，由于多種原因，出現(xiàn)了生殖隔離，一種生物分化為兩種不同的生物。從基因尺度來看，就是一個(gè)基因庫(kù)變得無法和另一個(gè)基因庫(kù)交流的過程。達(dá)爾文認(rèn)為，從一個(gè)物種到另一個(gè)物種的演
科學(xué)之謎 2018年7期2018-10-20
- 基于擬南芥的葫蘆苯丙氨酸解氨酶生物信息學(xué)分析
析及預(yù)測(cè)、系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建，為葫蘆作物PAL蛋白質(zhì)研究、抗病抗逆性分析及分子輔助育種提供了參考及依據(jù)。1 材料與方法1.1 數(shù)據(jù)來源擬南芥PAL基因序列來源于TAIR網(wǎng)站（http://www.arabidopsis.org/），將基因用于葫蘆科數(shù)據(jù)庫(kù)（http://cucurbitgenomics.org/）進(jìn)行BLAST比對(duì)分析，e值為1e-10.1.2 PAL基因各級(jí)結(jié)構(gòu)分析及分子進(jìn)化樹構(gòu)建采用在線軟件ProtParam預(yù)測(cè)PAL蛋白序列的一級(jí)結(jié)構(gòu)，
科技與創(chuàng)新 2018年16期2018-08-21
- 大學(xué)生對(duì)進(jìn)化樹的常見誤解
討論了大學(xué)生對(duì)進(jìn)化樹的常見錯(cuò)誤觀念，并提出了教學(xué)過程中應(yīng)注意的問題。關(guān)鍵詞：進(jìn)化樹；概念誤解；教學(xué)注意事項(xiàng)中圖分類號(hào)：G642.0文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A收稿日期：2017-12-31作者簡(jiǎn)介：李 菲（1985—），男，山東曲阜人，貴州師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院教師，講師，研究方向：進(jìn)化生態(tài)學(xué)。在過去的一年里，我們建立了一個(gè)名為EvoBeaker的模擬軟件，其可以通過模擬實(shí)驗(yàn)向?qū)W生教授進(jìn)化生物學(xué)。我們?cè)谲浖薪⒘撕暧^進(jìn)化的實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ?，利用軟件包里的進(jìn)化實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ?，我們能?/div>
教師·中 2018年4期2018-06-02
- 新型人腺病毒55型在中國(guó)10年的持續(xù)流行及其基因進(jìn)化分析
件。1.4系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建和進(jìn)化分析用MEGA7.0軟件中鄰接法(Neighbor-jioning method，NJ)和最大似然法(Maximum Likelihood method, ML)建立系統(tǒng)進(jìn)化樹，進(jìn)化樹可靠性估計(jì)Bootstrap值設(shè)定為1 000。使用BEAST1.8.4軟件構(gòu)建HAdV-55的hexon和fiber基因全長(zhǎng)的進(jìn)化樹和推測(cè)病毒的核苷酸進(jìn)化速率，計(jì)算方法基于用貝葉斯馬爾科夫鏈蒙特卡洛(MCMC)分析，貝葉斯分析中使用SRD06作中華實(shí)驗(yàn)和臨床病毒學(xué)雜志 2018年2期2018-05-26
- 屋塵螨變應(yīng)原第2組分序列多態(tài)性分析
進(jìn)行序列比對(duì)和進(jìn)化樹構(gòu)建。結(jié)果 獲得Der p 2氨基酸序列共13個(gè)亞型，對(duì)Der p 2氨基酸序列進(jìn)行對(duì)比，有9處氨基酸序列發(fā)生變化，構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹顯示進(jìn)化樹中Der p 2亞型聚類成4簇。結(jié)論 der p 2氨基酸序列具有多態(tài)性，為進(jìn)一步研究奠定基礎(chǔ)。關(guān)鍵詞：屋塵螨 Der p 2 多態(tài)性 進(jìn)化樹中圖分類號(hào)：Q966 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A 文章編號(hào)：1672-3791（2018）10（b）-0242-02塵螨（house dust mites）已經(jīng)確定與Ig科技資訊 2018年29期2018-03-06
- 慢性蜜蜂麻痹病毒中國(guó)株RNA1序列克隆及進(jìn)化分析
全長(zhǎng)及RdRp進(jìn)化樹構(gòu)建目前在GenBank上公布的CBPV RNA1全基因組序列僅有3株，名稱及登錄號(hào)分別為：France B-441 (EU122231)、France A-79P (EU122229)、China LN（KU950353）。將本實(shí)驗(yàn)中得到的序列KX168412與這3株CBPV RNA1序列構(gòu)建進(jìn)化樹，并以以色列急性麻痹病毒IAPV（EU218534）全基因組序列作為進(jìn)化樹外群，用Mega6分析軟件中的Clustal W程序進(jìn)行多重序列中國(guó)蜂業(yè) 2017年5期2017-06-08
- 一種新的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)三維圖形表示及其應(yīng)用
表示，構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹，進(jìn)行序列間相似性的比較和分析。根據(jù)最終結(jié)果，可以很清晰地發(fā)現(xiàn)，AVII與LRMV兩種病毒是最為相似的，另外，較大的距離值出現(xiàn)在了APMV與ALMV;PDV與AVII中，這說明這幾種RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)明顯不相似。這一研究結(jié)果與前人相似性分析的結(jié)果是十分相似的，同時(shí)，所采取的方法更加簡(jiǎn)單易于區(qū)分觀察且得到的結(jié)果又是十分可靠的，因此，這些更加證明了該方法是有效的。RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)；圖形表示；系統(tǒng)進(jìn)化樹；相似性近期，隨著生命科學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)的快速發(fā)生物信息學(xué) 2017年1期2017-04-10
- 福州2009—2014年甲型H1N1流感病毒株HA基因進(jìn)化分析
的序列進(jìn)行基因進(jìn)化樹分析。結(jié)果：6株分離株的HA基因推導(dǎo)氨基酸序列與參考株A/California/04/2009相比，2009-2014年HA1區(qū)氨基酸發(fā)生了突變，主要是位于136、145、188、189、192和193位點(diǎn)。結(jié)論：近幾年，福州地區(qū)H1N1流感的HA基因序列與世界流行的病毒參考株具有高度同源性，并多處氨基酸發(fā)生替換而產(chǎn)生抗原性漂移?！娟P(guān)鍵詞】 甲型流感病毒； 血凝素； 序列分析； 進(jìn)化樹【Abstract】 Objective：To in中國(guó)醫(yī)學(xué)創(chuàng)新 2017年7期2017-03-31
- 磨課促成長(zhǎng) 復(fù)習(xí)顯新意
板上畫好生物“進(jìn)化樹”（樹干及樹枝，四種動(dòng)物類群），請(qǐng)學(xué)生將圖片貼在樹枝上，提出生物多樣性產(chǎn)生的原因引出課題一呈現(xiàn)本單元知識(shí)點(diǎn)，學(xué)生閱讀學(xué)案上的知識(shí)點(diǎn)，將生疏和遺忘的知識(shí)圈出并標(biāo)記一提出生物多樣性的概念及內(nèi)容一由物種多樣性引出生物分類的依據(jù)一研究生物“進(jìn)化樹”右側(cè)，植物類群，學(xué)生討論比較生活環(huán)境、主要特征和生殖特點(diǎn)，小結(jié)植物進(jìn)化的規(guī)律一研究生物“進(jìn)化樹”左側(cè)，通過問題串，激發(fā)學(xué)生回憶動(dòng)物類群的進(jìn)化及特征，小結(jié)動(dòng)物進(jìn)化的規(guī)律一由生物“進(jìn)化樹”未表示出的類群引中學(xué)教學(xué)參考·理科版 2016年8期2017-02-20
- 艾草白粉病的病原菌鑒定
定，并構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹進(jìn)行分析。結(jié)果表明，艾草白粉病菌分生孢子長(zhǎng)度平均約為34.57 μm，寬度平均約為18.36 μm，以約3～8個(gè)分生孢子串生在分生孢子梗上，附著胞少裂片對(duì)生。根據(jù)病原菌的rDNA-ITS序列（GenBank登錄號(hào)為KF056818）建立進(jìn)化樹分析可知其與來自韓國(guó)、日本的Golovinomyces artemisiae聚在1支上，登錄號(hào)分別為KJ136112、AB077654，而與同屬的另外1個(gè)種親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。分析認(rèn)為，河南周口地區(qū)的艾草江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2016年8期2017-02-15
- 昆蟲Allatostatin神經(jīng)肽的生物信息學(xué)分析
。在4種AS的進(jìn)化樹中，不同種類昆蟲間的親緣關(guān)系不盡相同。其中在AS-C進(jìn)化樹中，除了膜翅目，完全變態(tài)類昆蟲都在一個(gè)進(jìn)化分支，而膜翅目和不完全變態(tài)類昆蟲在一個(gè)進(jìn)化分支。在AS-CC進(jìn)化樹中，發(fā)現(xiàn)鱗翅目和雙翅目分別在一個(gè)進(jìn)化分支上，而膜翅目、鞘翅目和不完全變態(tài)類昆蟲在一個(gè)進(jìn)化分支上。目前尚未找到鞘翅目昆蟲的AS-A序列和膜翅目昆蟲的AS-B序列。關(guān)鍵詞：昆蟲；神經(jīng)肽；生物信息學(xué)；系統(tǒng)進(jìn)化樹；Allatostatin中圖分類號(hào)：Q966 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A 文章編湖北農(nóng)業(yè)科學(xué) 2016年6期2016-10-19
- 微生物抗藥性進(jìn)化的分子生物學(xué)證據(jù)及進(jìn)化樹構(gòu)建方法
子生物學(xué)證據(jù)及進(jìn)化樹構(gòu)建方法馬亢，劉海濱（商丘師范學(xué)院生命科學(xué)學(xué)院，河南商丘476000）摘要：微生物的抗藥性一直是困擾人類的重大問題，尤其是最近超級(jí)細(xì)菌的出現(xiàn)更是為人類敲響了警鐘——對(duì)微生物的抗藥性研究已經(jīng)刻不容緩。本論述梳理了近年來微生物進(jìn)化方面的分子生物學(xué)證據(jù)，并介紹了兩種最常用建立進(jìn)化樹的生物信息學(xué)方法，從而更加直觀地找出他們的進(jìn)化關(guān)系。關(guān)鍵詞：微生物；抗藥性；進(jìn)化；進(jìn)化樹DOI10.3969/j.issn.1672-6375.2016.03.02甘肅科技縱橫 2016年3期2016-08-27
- 諾如病毒河北盧龍株NHBGR59全基因組序列分析
s)序列和系統(tǒng)進(jìn)化樹的分析。結(jié)果諾如病毒河北盧龍珠HBGR59病毒全基因組全長(zhǎng)為7 563 bp(除了PolyA尾)，病毒基因組分為三個(gè)ORFs：ORF1(5～5 098 nt)、ORF2(5 079～6 731 nt)和ORF3(6 731～7 510 nt)，其中ORF1和ORF2之間有20 bp重疊，ORF2和ORF3之間有1 bp重疊。經(jīng)過全基因組序列分析發(fā)現(xiàn)其和基因組II基因型6(genogroup II GenotypeVI, GII.6)諾如中華實(shí)驗(yàn)和臨床病毒學(xué)雜志 2016年3期2016-08-09
- 一株豬繁殖與呼吸綜合征病毒野毒株的基因序列分析
基因序列分析；進(jìn)化樹豬繁殖與呼吸綜合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus，PRRSV）是一種危害當(dāng)前養(yǎng)豬業(yè)的主要病毒之一，可引起母豬繁殖障礙，斷奶仔豬發(fā)生肺炎、生長(zhǎng)遲緩以及高死亡率[1-3]。感染豬只通過唾液、鼻分泌物、尿液、精液以及糞便排毒[4]；懷孕后期感染母豬可通過乳汁排毒；公豬精液帶毒期可達(dá)90 d。PRRSV具有高度宿主依賴性，主要在豬肺泡巨噬細(xì)胞以及其他組織巨噬細(xì)胞中生長(zhǎng)中國(guó)動(dòng)物檢疫 2016年7期2016-07-25
- 結(jié)縷草ZjNAC基因的克隆與表達(dá)分析
s家族成員進(jìn)行進(jìn)化樹分析，結(jié)合蛋白分析，QRT-PCR等的方式探索其生物學(xué)功能。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，該基因長(zhǎng)度為1496 bp，包含1個(gè)完整開放閱讀框(ORF)，長(zhǎng)度為1332 bp，編碼449個(gè)氨基酸，該蛋白含有1個(gè)NAM結(jié)構(gòu)域。與水稻的NAC類轉(zhuǎn)錄因子家族的系統(tǒng)進(jìn)化樹對(duì)比發(fā)現(xiàn)，它與OsNAC036近緣性最高，因此將該基因命名為ZjNAC036。QRT-PCR結(jié)果顯示，該基因在干旱情況下表達(dá)量呈上升趨勢(shì)，并且干旱處理8 h的時(shí)候，差異倍數(shù)最大，達(dá)到了50倍左右草業(yè)學(xué)報(bào) 2016年4期2016-05-10
- 豬流行性腹瀉病毒檢測(cè)與S蛋白中和抗原表位基因分析
病毒；S蛋白；進(jìn)化樹豬流行性腹瀉（Porcine epidemic diarrhea，PED）是一種由豬流行性腹瀉病毒（Porcine epidemic diarrhea virus，PEDV）引起的，以嚴(yán)重的腸炎、腹瀉、嘔吐、脫水和仔豬高死亡率為顯著特征的豬急性高度接觸性腸道傳染病。自2010年底我國(guó)豬流行性腹瀉疫情暴發(fā)以來，該病持續(xù)在我國(guó)流行蔓延，給養(yǎng)豬生產(chǎn)帶來了巨大的經(jīng)濟(jì)損失。2013年，PED首次傳入美國(guó)和墨西哥，2014年擴(kuò)散到加拿大、多米尼加，上海農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2016年1期2016-04-07
- 布氏菌分離株16SrDNA基因遺傳進(jìn)化分析
SrDNA遺傳進(jìn)化樹，確定該菌株的分類地位。方法 用BCSP31-PCR對(duì)臨床分離株檢測(cè)，再進(jìn)行16SrDNA雙向測(cè)序；從GeneBank下載標(biāo)準(zhǔn)參考菌株和與布氏菌有共同抗原細(xì)菌的16SrDNA基因序列；用Mega6.0進(jìn)行序列比對(duì)并構(gòu)建遺傳進(jìn)化樹。結(jié)果 BCSP31-PCR結(jié)果顯示均有223 bp擴(kuò)增條帶，16SrDNA測(cè)序得到單一基因序列；比對(duì)后發(fā)現(xiàn)有4處特異片段，經(jīng)Blast比對(duì)，位于844-1224包括380 bp的片段為布氏菌獨(dú)有；進(jìn)化樹顯示布氏中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào) 2015年8期2015-05-09
- 基于進(jìn)化樹的產(chǎn)品模塊化粒度分析
0081)基于進(jìn)化樹的產(chǎn)品模塊化粒度分析容芷君，曹云飛，鐘鵬飛,陳奎生(武漢科技大學(xué)機(jī)械自動(dòng)化學(xué)院,湖北 武漢，430081)針對(duì)產(chǎn)品模塊化設(shè)計(jì)中的粒度問題，提出一種基于進(jìn)化樹的分析方法。通過綜合考慮零部件之間的功能關(guān)系度、結(jié)構(gòu)關(guān)系度和物理關(guān)系度，建立產(chǎn)品的原始矩陣，應(yīng)用模糊聚類分析方法對(duì)其進(jìn)行劃分，得到傳遞閉包矩陣；根據(jù)不同分區(qū)閾值序列形成模塊，得到一個(gè)聚類進(jìn)化樹，再以進(jìn)化樹的最長(zhǎng)分支為基礎(chǔ)，劃分出不同的粒度等級(jí)，通過比較模塊化指數(shù)MI找到其最佳粒度級(jí)別武漢科技大學(xué)學(xué)報(bào) 2015年6期2015-03-20
- 衣殼蛋白和甲基轉(zhuǎn)移酶對(duì)戊型肝炎病毒的基因分型
32繪制基因進(jìn)化樹，研究其進(jìn)化關(guān)系。結(jié)果 HEV的基因組全長(zhǎng)7.5 kb；而衣殼蛋白和甲基轉(zhuǎn)移酶的編碼序列分別為1 982 bp和545 bp，這2種蛋白的多序列比對(duì)和進(jìn)化分析結(jié)果與完整基因組的分型結(jié)果相符。結(jié)論 衣殼蛋白和甲基轉(zhuǎn)移酶可作為HEV的分型依據(jù)，且是一種更簡(jiǎn)便、快捷的方法。戊型肝炎病毒； 基因型； 衣殼蛋白； 甲基轉(zhuǎn)移酶戊型肝炎病毒(HEV)引起的戊型肝炎是一種經(jīng)糞-口途徑傳播的傳染病，是發(fā)展中國(guó)家重要的公共衛(wèi)生問題之一[1-2]。孕婦患病率檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)與臨床 2015年11期2015-03-15
- 基于專利的技術(shù)進(jìn)化樹的構(gòu)建與解析
拉都指出了技術(shù)進(jìn)化樹與生物進(jìn)化樹的最大區(qū)別，即技術(shù)枝條之間相互連接并生成新的實(shí)體，這反映出技術(shù)物種之間融合的普遍性。但他們提到的技術(shù)進(jìn)化樹是以技術(shù)制品和人造物為對(duì)象的，屬于表型層次而并非基因?qū)哟巍?duì)照生物學(xué)的發(fā)展進(jìn)程，根據(jù)蛋白質(zhì)的序列或結(jié)構(gòu)差異關(guān)系構(gòu)建的分子進(jìn)化樹已經(jīng)向我們展示出生物進(jìn)化的微觀圖景［4］，而基因?qū)哟蔚募夹g(shù)進(jìn)化樹的形成和發(fā)展研究，卻仍然停留在概念階段。齊曼雖然意識(shí)到技術(shù)制品進(jìn)化樹的特征受到技術(shù)“縻母”影響，卻并未直接對(duì)基因?qū)哟蔚倪z傳、變異等技- 豬博卡病毒的基因分型
基酸構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹，PBoV 均被劃分為 3 個(gè)基因群，但三種氨基酸序列繪制的進(jìn)化樹存在差異；基因群內(nèi)各病毒株的氨基酸序列同源性較高，而各基因群之間病毒株的氨基酸序列同源性非常低，基因組結(jié)構(gòu)差異較大。豬博卡病毒；遺傳進(jìn)化分析；基因分型豬博卡病毒（porcine Bocavirus，PBoV）為細(xì)小病毒科細(xì)小病毒亞科博卡病毒屬成員，基因組為單鏈線狀 DNA，基因組約 5.0 kb，含有 3 個(gè)開放閱讀框（ORFs），編碼 2 個(gè)非結(jié)構(gòu)蛋白 NS1和 NP1中國(guó)動(dòng)物檢疫 2015年2期2015-01-03
- 層次聚類在進(jìn)化樹構(gòu)建中的應(yīng)用
代生物學(xué)用生物進(jìn)化樹來描述生物之間進(jìn)化關(guān)系，兩種(或者多種)生物如果在同一層節(jié)點(diǎn)，則表明該組生物進(jìn)化距離較近(即從同一祖先進(jìn)化而來的可能性較大)[1]；反之，表明這些生物之間的生物差異性較大。生物進(jìn)化樹可以根據(jù)其是否按照進(jìn)化距離構(gòu)建來分類，這樣就有基于進(jìn)化距離構(gòu)建的方法和基于統(tǒng)計(jì)特征或者生物離散特征構(gòu)建的方法?；谶M(jìn)化距離的構(gòu)建方法主要有最近鄰法[2]，UPGMA法等；基于統(tǒng)計(jì)方法的構(gòu)建主要有最大似然法(Maximum likelihood)[3]；基于生淮陰工學(xué)院學(xué)報(bào) 2014年5期2014-09-10
- 10株綠僵菌菌株分類地位的多基因系統(tǒng)進(jìn)化分析
因和多基因系統(tǒng)進(jìn)化樹，根據(jù)形態(tài)和系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果確定各菌株的科學(xué)分類地位。2 結(jié)果和分析2.1 形態(tài)學(xué)特征2.1.1 菌落形態(tài)將菌株接種在1/4 SDA培養(yǎng)基上，28 ℃培養(yǎng)14 d后記錄菌落形態(tài)、產(chǎn)孢情況。觀察分生孢子和產(chǎn)孢細(xì)胞即分生孢子梗的特征。菌落形態(tài)特征見表1。表1綠僵菌不同菌株菌落及孢子形態(tài)特征Table1CharacteristicsofcoloniesandconidiaofcollectedMetarhiziumstrains綠僵菌菌株St植物保護(hù) 2014年5期2014-08-10
- 新德里金屬β內(nèi)酰胺酶-1序列和抗藥性的生物信息學(xué)分析
于基因序列分子進(jìn)化樹的構(gòu)件分析。NDM-1 [Klebsiella pneumoniae]和YP_458405.1[Erythrobacter litoralis HTCC2594] 編碼基因及其上下游1000bp基因信息均來自生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)NCBI。分別下載Klebsiella pneumoniae strain 601 plasmid pNDM-OM（NCBI編號(hào)：NC_019889.1）和Erythrobacter litoralis HTCC259生命科學(xué)儀器 2014年6期2014-04-23
- 固氮基因的分子進(jìn)化分析
，構(gòu)建基因分子進(jìn)化樹。圖1 Sinorhizobium meliloti 1021 固氮基因進(jìn)化樹Fig.1 Phylogenetic tree of nitrogen－fixing gene in Sinorhizobium meliloti 1021圖2 固氮微生物nifH 基因進(jìn)化樹Fig.2 Phylogenetic tree of nifH gene in nitrogen－fixing microorganisms2 結(jié)果與分析2.1 Sino- 鴨流感病毒HA基因遺傳變異分析
同源性比較與進(jìn)化樹分析 將表1中病毒序列從GENBANK上下載，利用DNAStar軟件比較同源性、制作進(jìn)化樹。2 結(jié)果2.1 鴨流感病毒HA基因同源性比較 近年我國(guó)來分離的鴨流感病毒與其他流感病毒HA基因同源性比較，見表2。表2 近年來分離的鴨流感病毒與其他流感病毒HA基因同源性比較由表2可以看出2009年分離的CY098790與Re-5的HA基因的同源性為97.3%；2011年分離的JN646713與Re-5的同源性為94%。2.2 鴨流感病毒HA基因山東畜牧獸醫(yī) 2012年8期2012-11-20
- 基于EF1-a基因?qū)ΤＲ姾瘫究谱魑锏木垲惙治?/a>
，構(gòu)建分子系統(tǒng)進(jìn)化樹.旨在進(jìn)一步了解禾本科植物之間的進(jìn)化親緣關(guān)系，為禾本科植物種屬間的分類提供確切的分子生物學(xué)依據(jù).1 材料和方法1.1 材料本文中所有EF1-a序列信息來自NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).本研究所用植物材料如下：水稻(OryzasativaL.)、小麥(TriticumaestivumL.)、玉米(ZeamaysL.)、大麥(Hordeumvulgare)、芒(Miscanthussinensis)、鄭州大學(xué)學(xué)報(bào)（理學(xué)版） 2012年2期2012-05-15
- 花生內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS)的擴(kuò)增及序列分析
上構(gòu)建了花生屬進(jìn)化樹。關(guān)鍵詞花生;內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS)序列;PCR;進(jìn)化樹中圖分類號(hào)Q789文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼A文章編號(hào) 1007-5739(2009)08-0103-02內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)序列(ITS)廣泛應(yīng)用于被子植物系統(tǒng)進(jìn)化研究,為禾本科、大豆屬、棉屬等植物的系統(tǒng)進(jìn)化研究提供了寶貴的分子遺傳學(xué)依據(jù)?；ㄉ鷕DNA有關(guān)研究報(bào)道較少,盡管有分離 rDNA ITS的報(bào)道,但未在此基礎(chǔ)上進(jìn)行花生屬植物的系統(tǒng)發(fā)育分析。本研究對(duì)花生ITS序列進(jìn)行分離、測(cè)序,并將其與GenBa現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技 2009年8期2009-06-29
- 新型人腺病毒55型在中國(guó)10年的持續(xù)流行及其基因進(jìn)化分析