微衛(wèi)星
- 蕨麻cpSSR序列特征分析
SA軟件分析其微衛(wèi)星分布規(guī)律。結(jié)果顯示，在葉綠體基因組中共檢測到34個散在重復序列，22個分布在LSC區(qū)，10個分布在IR區(qū)，2個分布在SSC區(qū)。使用MISA 共注釋到92個SSR位點，平均每1 820 bp出現(xiàn)1個SSR位點。SSR主要分布在LSC區(qū)（79.07%），重復序列主要以單堿基為主，占總數(shù)量的86.05%。微衛(wèi)星長度平均為12 bp，大多數(shù)長度為10 bp，說明蕨麻中重復基元較短的微衛(wèi)星變異速率較快。關鍵詞 蕨麻；葉綠體基因組；微衛(wèi)星中圖分類號
安徽農(nóng)業(yè)科學 2023年12期2023-07-17
- 粉塵螨多態(tài)性微衛(wèi)星標記的開發(fā)與評價
提供數(shù)據(jù)支持。微衛(wèi)星標記是以重復單位(1～6 bp)的核苷酸序列首尾相連為核心序列，由于基本核心序列的重復次數(shù)不同，因而存在多態(tài)性。微衛(wèi)星標記兩端的序列保守，可用于設計特異性引物。微衛(wèi)星標記具有數(shù)量豐富，在基因組中分布廣，多態(tài)性豐富，呈孟德爾共顯性，檢測快速方便等優(yōu)點，常用于評估物種的遺傳多樣性和遺傳分化、構(gòu)建基因組連鎖圖譜等。目前，微衛(wèi)星標記技術廣泛應用于螨類研究，但關于螨類微衛(wèi)星的報道多集中于農(nóng)業(yè)螨類，塵螨微衛(wèi)星相關報道較少。本研究應用二代測序技術開發(fā)
皖南醫(yī)學院學報 2022年6期2023-01-12
- 翹嘴鲌生長激素受體1 基因內(nèi)含子1、2 中微衛(wèi)星多態(tài)性及與生長性狀的關聯(lián)分析
端啟動子區(qū)的微衛(wèi)星，發(fā)現(xiàn)均與生長具有一定的相關性。目前已開發(fā)了一些翹嘴鲌的微衛(wèi)星標記[8,9]，開展了翹嘴鲌GH-IGFs 軸相關基因及微衛(wèi)星的研究[10-12]。劉士力等[13]以翹嘴鲌轉(zhuǎn)錄組中獲得的mRNA 為基礎，獲得了ghr1 和ghr2 的部分基因序列。經(jīng)過初步研究，發(fā)現(xiàn)其中4 個多態(tài)性微衛(wèi)星位點與生長性狀具有一定相關性。ghr1 中內(nèi)含子1、2序列較長，當時沒有對其內(nèi)含子1、2 中微衛(wèi)星進行實驗。本試驗進一步研究其中8 個微衛(wèi)星位點的遺傳多樣
水產(chǎn)學雜志 2022年3期2022-07-01
- 綠鰭馬面鲀?nèi)蚪M微衛(wèi)星分布特征
264005)微衛(wèi)星(Microsatellites)標記,也稱為簡單重復序列(Simple sequence repeats, SSRs),其廣泛、隨機地分布在真核生物的基因組中,具有多態(tài)性水平和雜合度較高、共顯性遺傳、易于PCR擴增且可重復性高等特點,現(xiàn)已廣泛應用于生物育種[1]、種質(zhì)鑒定及親權鑒定[2-4]、基因定位[5]等多個研究領域。傳統(tǒng)的微衛(wèi)星標記開發(fā)方法存在步驟繁瑣、覆蓋率低等問題,尤其對于缺少遺傳背景信息的物種,大規(guī)模開發(fā)微衛(wèi)星標記面臨諸多
煙臺大學學報（自然科學與工程版） 2022年3期2022-06-30
- 斑點叉尾全基因組微衛(wèi)星分布特征分析*
210023)微衛(wèi)星又稱簡單序列重復(simple sequence repeats, SSRs)，廣泛分布于真核、原核生物以及病毒中，是由1～6 bp堿基為單元重復串聯(lián)而成的DNA序列。根據(jù)核心序列的排列差異，又分為完整型和不完整型(Morgante, 2001)。其中，完整型指重復序列中不存在其他堿基或重復序列的情況，不完整型指重復序列中存在錯配情況。目前，對微衛(wèi)星的研究主要集中于完整型(鄭燕等, 2012)，因其具有多態(tài)性高、共顯性遺傳等特點，目前被
漁業(yè)科學進展 2022年2期2022-04-11
- 基于轉(zhuǎn)錄組西施舌微衛(wèi)星標記開發(fā)及隱種鑒定
要解決的問題。微衛(wèi)星序列，又稱簡單重復序列(SSR)，廣泛存在于真核生物基因組內(nèi)，具有多態(tài)性高、保守性高、共顯性遺傳、檢測方便等特點[10]，已廣泛應用于遺傳圖譜構(gòu)建、數(shù)量性狀位點定位、群體遺傳學、進化遺傳學、種質(zhì)鑒定與輔助育種等研究領域[11-12]。在物種鑒定方面，微衛(wèi)星已經(jīng)成功應用于四大家魚[13]、黃顙魚屬(Pelteobagrus)[14]和扇貝[15]等水產(chǎn)生物的物種鑒別。來自轉(zhuǎn)錄組的微衛(wèi)星標記不僅具備上述特點，還與基因功能直接關聯(lián)，相應的微衛(wèi)
水產(chǎn)科學 2022年2期2022-03-20
- 瓦氏黃顙魚全基因組微衛(wèi)星的分布特征及其定位的初步研究
210023微衛(wèi)星 (Microsatellite) 又稱簡單重復序列(Simple sequence repeats, SSRs)，是指以少數(shù)幾個核苷酸 (1～6個) 為基本單位串聯(lián)重復的DNA序列。在真核生物和原核生物基因組中均有分布[1-3]，甚至在病毒基因組中也有發(fā)現(xiàn)[4]。利用微衛(wèi)星核心序列的差異性以及側(cè)翼序列的保守性設計特異性引物，通過PCR擴增出多態(tài)性微衛(wèi)星片段，可篩選出功能分子標記或探究種間以及種內(nèi)不同群體的遺傳多樣性[5]。微衛(wèi)星在群體
南方水產(chǎn)科學 2022年1期2022-03-02
- 巨魾(Bagarius yarrelli)全基因組微衛(wèi)星分布特征分析
工繁殖[3].微衛(wèi)星又稱簡單序列重復(simple sequence repeats,SSRs),是指以1～6 bp核苷酸為基本重復單位組成的重復序列,在自然界的各種生物基因組中均有分布[4]. 微衛(wèi)星因具有易于檢測、多態(tài)信息含量高、高效穩(wěn)定、分布廣泛等優(yōu)點,已被廣泛應用于魚類種群遺傳多樣性分析[5-6]、遺傳育種[7]、親子鑒定[8]等研究中.目前巨魾全基因組已完成測序,Scaffold N50=3 129 371 bp,Contig N50=1 854
南京師范大學學報（工程技術版） 2021年3期2021-10-22
- 花斑無須鯰(Ageneiosus marmoratus)全基因組微衛(wèi)星分布特征研究
210023)微衛(wèi)星(microsatellite)是指以1～6個堿基為基本單位重復串聯(lián)組成的DNA序列[1],在真核、原核生物以及病毒基因組中均廣泛分布[2-3]. 微衛(wèi)星具有共顯性遺傳、多態(tài)性信息豐富和易于檢測等特點,在物種保護[4-5]、種質(zhì)資源評價[6]、種群遺傳多樣性研究[7-12]、親緣關系鑒定[13]及物種鑒定[14]等方面的應用越來越廣泛.花斑無須鯰(Ageneiosusmarmoratus)隸屬于脊椎動物亞門(Vertebrata)、輻鰭
南京師范大學學報（工程技術版） 2021年2期2021-10-20
- 鯉魚(Cyprinus carpio)全基因組微衛(wèi)星分布特征研究
274000)微衛(wèi)星DNA,又稱為簡單重復序列(simple sequence repeats,SSRs),是廣泛存在于真核、原核以及病毒基因組中[1-2]的1～6個堿基串聯(lián)重復,隨機分布于基因間區(qū)、基因的內(nèi)含子區(qū)和編碼區(qū)等區(qū)域. 微衛(wèi)星由高突變性的核心序列和較為保守的側(cè)翼序列兩部分組成,具有雜合率高、分布均勻和共顯性遺傳等特點,研究人員通常在微衛(wèi)星側(cè)翼序列設計引物對微衛(wèi)星序列進行PCR擴增,以探究物種的遺傳多樣性和篩選功能標記等. 作為優(yōu)良的第二代分子標
南京師大學報（自然科學版） 2021年3期2021-10-20
- 利用熒光PCR-毛細管電泳法評價微衛(wèi)星不穩(wěn)定性檢測國家參考品
曲守方 黃杰微衛(wèi)星（microsatellite，MS）是細胞基因組中以少數(shù)幾個核苷酸（多為1～6個）為單位短串聯(lián)重復的DNA 序列。微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（microsatellite instability，MSI）是DNA復制時DNA錯配修復（mismatch repair，MMR）功能缺陷，使微衛(wèi)星重復序列的錯誤未得到糾正而引起微衛(wèi)星序列長度發(fā)生變化的現(xiàn)象[1]。微衛(wèi)星不穩(wěn)定性可以分為3類：微衛(wèi)星高度不穩(wěn)定（microsatellite instabil
分子診斷與治療雜志 2020年5期2020-06-28
- 失效航天器姿態(tài)接管的SDRE微分博弈控制
控制。其中多顆微衛(wèi)星如何通過分布式協(xié)同來實現(xiàn)失效航天器的姿態(tài)接管和長期的姿軌協(xié)同控制，仍有很多理論和方法問題需要解決。多顆微衛(wèi)星對失效航天器姿態(tài)接管控制問題的解決方案包括集中式控制和分布式控制等[8]。文獻[9]通過任務分配方法實現(xiàn)了多機器人的集中式控制，但是集中式控制依賴中央控制個體，容錯性差，更適合控制中心可靠的場合。分布式控制通過個體之間信息的交互實現(xiàn)運動行為的協(xié)同，具有靈活性好、容錯性高和容易拓展等優(yōu)勢。傳統(tǒng)的分布式協(xié)同控制[10-12]基于相對運
宇航學報 2020年2期2020-03-13
- 基于轉(zhuǎn)錄組測序的大熊貓多態(tài)性微衛(wèi)星標記篩選
，2016)。微衛(wèi)星標記稱為簡單重復序列(simple sequence repeats，SSRs)或短串聯(lián)重復序列，由核心序列和側(cè)翼序列組成，其中核心序列由1～6 bp核苷酸序列組成，在真核生物基因組中分布廣泛。微衛(wèi)星標記多態(tài)性含量豐富、易檢測、小片段或者降解的DNA都能因含有足夠的微衛(wèi)星而進行PCR擴增，同時微衛(wèi)星的檢測在種間、種外都能進行(張正義等，2017)。作為分子生物學中最常用的一種遺傳標記(Maetal.，2004；Selkoe & Toon
四川動物 2020年1期2020-02-27
- 微衛(wèi)星不穩(wěn)定結(jié)直腸癌的臨床病理特征及生存預后分析
的發(fā)生發(fā)展與微衛(wèi)星不穩(wěn)定（MSI）、甲基化異常以及染色體不穩(wěn)定密切相關[2]。近年來，多數(shù)研究表明微衛(wèi)星不穩(wěn)定患者的臨床病理特征獨特且預后良好[3]。故而，本研究以我院收治的30 例CRC 患者作為研究對象，根據(jù)其微衛(wèi)星狀態(tài)分為微衛(wèi)星穩(wěn)定組和微衛(wèi)星不穩(wěn)定組兩組，對其臨床病理特征以及生存期進行對比分析，具體研究如下：1.資料與方法1.1 一般資料選擇我院收治的30 例結(jié)直腸癌患者作為研究對象，其均屬于腺癌，治療方案相同，均知情同意。根據(jù)微衛(wèi)星狀態(tài)將患者分為
醫(yī)藥前沿 2020年1期2020-02-26
- 基于磁珠富集法開發(fā)的15個三角魴多態(tài)性微衛(wèi)星標記的特性分析
角魴至關重要。微衛(wèi)星是高多態(tài)性的共顯性分子標記，是魚類遺傳多樣性研究的理想分子標記[3-5]。有學者將從團頭魴、鳊魚等開發(fā)的微衛(wèi)星引物跨種用于三角魴進行遺傳多樣性研究[5-7]，但未見有關三角魴微衛(wèi)星分子標記開發(fā)的報道。本研究利用探針(CA)10，在三角魴基因組PCR文庫中，通過磁珠富集[8]的方法開發(fā)了15個具有多態(tài)性的微衛(wèi)星分子標記，該項工作的開展將有利于三角魴遺傳多樣性研究，為三角魴的品種選育打下基礎。1 材料與方法1.1 三角魴基因組PCR文庫構(gòu)建
浙江農(nóng)業(yè)科學 2020年1期2020-02-06
- 胃癌組織COX-2、VEGF、FGF2的表達及其與微衛(wèi)星不穩(wěn)定性關系的研究*
11-14]。微衛(wèi)星不穩(wěn)定性是一種遺傳性改變，現(xiàn)通常將微衛(wèi)星不穩(wěn)定性陽性的胃癌劃分為高微衛(wèi)星不穩(wěn)定性與低微衛(wèi)星不穩(wěn)定性[11，15-16]。既往對于胃癌COX-2、VEGF、FGF2的表達水平及胃癌中微衛(wèi)星不穩(wěn)定研究較多，但研究COX-2、VEGF、FGF2與微衛(wèi)星不穩(wěn)定性關系的相關性研究較少，故本研究選取確診為胃癌的67例患者的臨床資料進行回顧性研究，分析胃癌中COX-2、VEGF、FGF2的表達及其與微衛(wèi)星不穩(wěn)定性的關系，現(xiàn)報道如下。1 資料與方法1.
重慶醫(yī)學 2019年19期2019-10-22
- 北京鴨群體遺傳多樣性及遺傳資源分析
提供重要依據(jù)。微衛(wèi)星標記具有DNA 多態(tài)性雜合程度高、共顯性遺傳、易于鑒定、檢測重復性好等特點，在生物體整個基因組中廣泛分布[2]。微衛(wèi)星標記遺傳多態(tài)性能充分反映品種進化歷史[3]，廣泛應用于畜禽品種的遺傳多樣性研究。任康等[4]采用微衛(wèi)星標記研究了北京鴨群體遺傳多樣性。劉宏祥等[5]利用微衛(wèi)星標記分析表明，馬踏湖鴨、金定鴨和巢湖鴨3 個鴨群體存在明顯的遺傳差異。趙東偉等[6]利用微衛(wèi)星標記分析表明，徐海雞3個世代群體的遺傳多樣性豐富并保持了較好的遺傳穩(wěn)定
中國畜牧雜志 2019年5期2019-05-27
- 微衛(wèi)星技術在紫貂個體識別中的應用
677000）微衛(wèi)星（Microsatellite）又稱短串聯(lián)重復序列（Short tandem repeats，STR），是20世紀80年代發(fā)展起來的一種新型分子標記技術。真核生物基因組中廣泛存在著串聯(lián)重復序列，Tautz（1993） 將重復單位在1～5bp，長度為幾百bp的位點稱為微衛(wèi)星序列[1]。微衛(wèi)星由核心序列和側(cè)翼序列組成，側(cè)翼序列比較保守，核心序列重復數(shù)的差異則形成了微衛(wèi)星高度的多態(tài)性。微衛(wèi)星具有突變速率快、多態(tài)性高等特性，已經(jīng)被廣泛應用于生物
生物化工 2019年1期2019-04-10
- 基于Roche 454 GS FLX高通量測序的葉城沙蜥基因組微衛(wèi)星特征分析
100049)微衛(wèi)星(microsatellite)又稱為簡短串聯(lián)重復(short tandem repeats，STRs)或簡單序列重復(simple sequence repeats，SSRs)，Skinner等(1974)在寄居蟹Paguruspollicaris中發(fā)現(xiàn)微衛(wèi)星DNA序列開啟了對真核生物中微衛(wèi)星序列的了解。直到Powell等(1996)定義了微衛(wèi)星位點，認為微衛(wèi)星DNA序列一般是以1～6個核苷酸為重復單位的串聯(lián)重復序列，在從病毒到真核生
四川動物 2019年1期2019-02-15
- 利用高分辨率熔解曲線技術進行豬親子鑒定的研究
低[2]。隨著微衛(wèi)星研究的深入，其在親子鑒定中的應用逐漸增多。微衛(wèi)星是DNA重復序列[8]，故又稱簡單重復序列（Simple Sequence Repeats，SSR）。 1998年，Jeffreys等[9]對SSR做了進一步探究，并使之成為新一代分子遺傳標記。對SSR產(chǎn)物的傳統(tǒng)檢測方法是在PCR反應結(jié)束后，對擴增產(chǎn)物進行聚丙烯酰胺凝膠電泳[10]，后發(fā)展為可以通過毛細管電泳的方法在自動分析儀上完成，提高了工作效率，但在電泳前仍需對PCR產(chǎn)物處理（如脫鹽）
中國畜牧雜志 2018年12期2018-12-21
- 探討微衛(wèi)星不穩(wěn)定結(jié)直腸癌的臨床病理特征及生存預后分析
]。研究發(fā)現(xiàn)，微衛(wèi)星不穩(wěn)定在結(jié)直腸癌臨床治療及預后評估中具有顯著意義[3]。該研究針對2016年2月—2018年5月于該院收治的34例結(jié)直腸癌患者的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性與結(jié)直腸癌的臨床病理特征及生存預后的具體關系進行探討，以為結(jié)直腸癌的臨床有效控制提供指導，現(xiàn)報道如下。1 資料與方法1.1 一般資料選擇該院收治的34例結(jié)直腸癌患者為研究對象，根據(jù)微衛(wèi)星狀態(tài)進行分組，其中微衛(wèi)星穩(wěn)定9例，低度微衛(wèi)星不穩(wěn)定11例，高度微衛(wèi)星不穩(wěn)定14例。研究經(jīng)醫(yī)院倫理委員會審核批準；
系統(tǒng)醫(yī)學 2018年19期2018-11-19
- 綠尾虹雉全基因組微衛(wèi)星分布規(guī)律研究
610065)微衛(wèi)星每個單元長1～6 bp，廣泛分布于真核生物的基因組中，包括編碼區(qū)和非編碼區(qū)(Beckman & Weber，1992)。研究表明，可能是DNA復制過程中的“滑鏈(strand slippage)”現(xiàn)象造成微衛(wèi)星DNA多態(tài)性信息容量較高(Levinson & Gutman，1987)。由于多態(tài)性信息豐富、易于檢測、數(shù)量多、在基因組內(nèi)分布均勻等優(yōu)點，微衛(wèi)星被作為優(yōu)良的遺傳標記得到了廣泛的應用(Guptaetal.，1996；Pérezeta
四川動物 2018年5期2018-10-29
- 食蟹猴全基因組微衛(wèi)星分布特征分析
610064)微衛(wèi)星又稱為簡單序列重復(simple sequence repeats，SSRs)，是指由1～6個核苷酸為基本組成單元的串聯(lián)重復序列［1］，廣泛存在于真核生物和原核生物基因組中［2］。微衛(wèi)星具有分布廣、選擇中性、多態(tài)性高、共顯性遺傳等特點，是比較理想的分子標記，被廣泛應用于遺傳圖譜構(gòu)建、個體識別、群體遺傳結(jié)構(gòu)分析以及疾病研究等。食蟹猴(Macaca fascicularis)分類上屬猴科(Cercopithecidae)猴屬物種，是被列入C
野生動物學報 2018年2期2018-06-26
- 灘羊12個微衛(wèi)星基因座遺傳多態(tài)性研究
750002）微衛(wèi)星（microsatellite）一般由大小為2～6 bp的DNA分子組成核心序列，通常重復10～20次，首尾相接組成短串聯(lián)重復 （short tandem repeat，STR），又稱為簡單序列重復（simple sequence repeat，SSR）。微衛(wèi)星普遍存在于真核生物的基因組中，平均每10 kb就出現(xiàn)一個STR。微衛(wèi)星因具有數(shù)量多、分布廣、多態(tài)性豐富、呈共顯性遺傳方式以及檢測快速方便等優(yōu)點而備受推崇。筆者以灘羊為研究對象，在
畜牧與飼料科學 2018年4期2018-05-03
- 基于高通量測序的蝦夷扇貝基因組微衛(wèi)星特征分析*
蝦夷扇貝基因組微衛(wèi)星特征分析*倪守勝1,2,3楊 鈺1,2,4柳淑芳1,2①莊志猛1(1. 農(nóng)業(yè)部海洋漁業(yè)可持續(xù)發(fā)展重點實驗室 中國水產(chǎn)科學研究院黃海水產(chǎn)研究所 青島 266071; 2. 青島海洋科學與技術國家實驗室 海洋漁業(yè)科學與食物產(chǎn)出過程功能實驗室 青島 266071; 3. 上海海洋大學水產(chǎn)與生命學院 上海 201306; 4. 大連海洋大學水產(chǎn)與生命學院 大連 116023)為全面了解蝦夷扇貝()微衛(wèi)星分布頻率和數(shù)量，深化對蝦夷扇貝基因組的認識
漁業(yè)科學進展 2018年1期2018-04-03
- 基于de novo高通量測序的曼氏無針烏賊(Sepiellajaponica)ESTs中微衛(wèi)星位點篩選與特征分析*
a)ESTs中微衛(wèi)星位點篩選與特征分析*呂振明1侯 龍1龔 理1劉立芹1陳永久1郭寶英1董迎輝2①吳常文1(1.浙江海洋大學 海洋生物種質(zhì)資源發(fā)掘與利用國家地方聯(lián)合工程實驗室 舟山 316022;2.浙江萬里學院 浙江省水產(chǎn)種質(zhì)資源高效利用技術研究重點實驗室 寧波 315100)對均一化轉(zhuǎn)錄組測序獲得的 47604個曼氏無針烏賊的微衛(wèi)星序列進行分析, 結(jié)果表明, 烏賊轉(zhuǎn)錄組中微衛(wèi)星位點豐富, 每1402nt的EST中就有一段不小于12nt長度的微衛(wèi)星序列。
海洋與湖沼 2017年4期2017-12-14
- 紅尾蚺和原矛頭蝮基因組微衛(wèi)星分布特征比較分析
原矛頭蝮基因組微衛(wèi)星分布特征比較分析聶虎， 曹莎莎， 趙明朗， 杜林方*(四川大學生命科學學院， 生物資源與生態(tài)環(huán)境教育部重點實驗室，成都610065)本研究分析比較了紅尾蚺Boaconstrictor和原矛頭蝮Protobothropsmucrosquamatus基因組微衛(wèi)星的分布特征，通過MISA分別鑒定出398 860個和422 364個微衛(wèi)星，其長度分別為8 550 741 bp和12 243 226 bp，分別占基因組序列總長度的0.59%和0.
四川動物 2017年6期2017-12-12
- 虎皮鸚鵡全基因組中微衛(wèi)星分布規(guī)律研究
鸚鵡全基因組中微衛(wèi)星分布規(guī)律研究黃 杰1原寶東1楊承忠2*(1.商丘師范學院生物與食品學院，商丘，476000；2.重慶師范大學生命科學學院，重慶，401331)對虎皮鸚鵡(Melopsittacusundulatus)全基因組中微衛(wèi)星分布特征進行了分析，查找到l～6個堿基重復類型的微衛(wèi)星序列共90 346個，約占整個基因組總長度的序列(1.1 Gb)的0.41%，分布頻率為82.9/Mb。不同類型微衛(wèi)星中，單堿基重復類型數(shù)目最多，為50 349個，占總數(shù)
野生動物學報 2017年3期2017-11-17
- 林麝全基因組微衛(wèi)星分布規(guī)律研究
?林麝全基因組微衛(wèi)星分布規(guī)律研究盧婷1#， 王晨1#， 杜超1， 劉姝2， 沈詠梅2， 張修月1， 岳碧松1*(1. 四川大學生命科學學院，四川省瀕危野生動物保護生物學重點實驗室，成都610064；2.四川省藥用動物工程技術研究中心，成都610081)林麝Moschusberezovskii是中國重要的資源動物，也是國家Ⅰ級重點保護野生動物。本研究使用生物信息學方法，分析林麝全基因組中完美型微衛(wèi)星的分布特征。在林麝2.53 Gb的基因組序列中，共搜索到66
四川動物 2017年4期2017-07-31
- 基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的凡納濱對蝦微衛(wèi)星標記開發(fā)
據(jù)的凡納濱對蝦微衛(wèi)星標記開發(fā)楊 銘1, 2, 于 洋1, 張曉軍1, 王全超1, 3, 劉敬文1, 3, 李富花1, 相建海1(1. 中國科學院海洋研究所, 實驗海洋生物學重點實驗室, 山東青島266071; 2. 福州市海洋與漁業(yè)技術中心, 福建福州350005; 3. 中國科學院大學, 北京100049)對蝦遺傳多樣性和育種研究需要大量的分子標記。作者利用凡納濱對蝦()轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù), 采用MISA軟件進行微衛(wèi)星序列挖掘, 共獲得14 767條微衛(wèi)星序
海洋科學 2017年2期2017-05-24
- 烏蘇里擬鲿微衛(wèi)星文庫的構(gòu)建及分析
1)烏蘇里擬鲿微衛(wèi)星文庫的構(gòu)建及分析朱傳坤1,2潘正軍1,2王 輝1,2吳 楠1,2常國亮1,2丁懷宇1,2周鳳建2,3(1. 淮陰師范學院生命科學學院, 江蘇省特色水產(chǎn)繁育工程實驗室, 淮安 223300; 2. 淮陰師范學院江蘇省區(qū)域現(xiàn)代農(nóng)業(yè)與環(huán)境保護協(xié)同創(chuàng)新中心, 淮安 223300; 3. 江蘇省淮安市水產(chǎn)技術指導站, 淮安 223001)烏蘇里擬鲿(Pseudobagras ussuriensis)又名烏蘇里(Leiocassis ussurie
水生生物學報 2017年2期2017-04-12
- 320)我國蜥蜴微衛(wèi)星標記的開發(fā)及其應用*
20)我國蜥蜴微衛(wèi)星標記的開發(fā)及其應用*趙 丹，趙文閣，劉 鵬**(哈爾濱師范大學)微衛(wèi)星屬于短串聯(lián)重復序列，微衛(wèi)星標記是近年來分子生物學研究的重要課題之一.蜥蜴是爬行綱動物種類繁多的類群，在自然生態(tài)系統(tǒng)中具有重要的地位和作用.目前GenBank上公布我國共有15種蜥蜴開發(fā)出278個微衛(wèi)星標記.通過分析和探討這些微衛(wèi)星標記的開發(fā)方式及應用前景，旨在為今后其他蜥蜴微衛(wèi)星標記的開發(fā)和應用提供參考依據(jù).蜥蜴；微衛(wèi)星標記；基因組；開發(fā)方式0 引言微衛(wèi)星又稱簡單重復
哈爾濱師范大學自然科學學報 2016年3期2016-12-15
- 藏羚羊基因組微衛(wèi)星分析與初步驗證
?藏羚羊基因組微衛(wèi)星分析與初步驗證都玉蓉1， 2， 譚春敏3， 徐永濤1， 周智紅1， 馬建濱1, 2*， 郭松長4*(1. 青海師范大學生命與地理科學學院，西寧810008； 2.青海省青藏高原藥用動植物資源重點實驗室，西寧810008； 3. 青海省三江源民族中學，西寧810001；4. 中國科學院高原生物適應與進化重點實驗室，西寧810007)為明確藏羚羊Pantholopshodgsoni核DNA中微衛(wèi)星分布情況和特征，利用MISA工具對藏羚羊基因
四川動物 2016年6期2016-12-09
- 利用RNA-seq技術分析棘腹蛙編碼區(qū)微衛(wèi)星特征
析棘腹蛙編碼區(qū)微衛(wèi)星特征姜玉松1， 樊汶樵1， 徐敬明2*(1. 重慶文理學院林學與生命科學學院，重慶 402160； 2. 重慶珍稀瀕危水產(chǎn)資源保護與開發(fā)研究中心，重慶 402168)棘腹蛙Paaboulengeri的遺傳研究和基因組信息比較匱乏，致使可有效利用的分子標記非常有限。以棘腹蛙RNA-seq高通量測序數(shù)據(jù)為基礎進行微衛(wèi)星分子標記的大規(guī)模發(fā)掘和特征分析，結(jié)果顯示：在121.6 Mb的棘腹蛙轉(zhuǎn)錄組序列中發(fā)現(xiàn)微衛(wèi)星位點3165個，包含于3034條C
四川動物 2016年1期2016-12-09
- 磁珠富集法開發(fā)長臀鮠微衛(wèi)星分子標記
集法開發(fā)長臀鮠微衛(wèi)星分子標記孔 杰，蔣曉紅＊，周 洲，張竹青，周 路，李道友（貴州省水產(chǎn)研究所，貴州貴陽550025）為長臀鮠遺傳育種、種質(zhì)鑒定和種苗流放等提供理論依據(jù)，采用磁珠富集法開發(fā)長臀鮠（Cranoglanis bouderius）微衛(wèi)星分子標記，篩選獲得陽性克隆進行分析，選取側(cè)翼較長的序列，用Primer Premier 5.0設計合成引物。結(jié)果表明：從596個白斑中篩選獲得80個陽性克隆，測序獲得微衛(wèi)星序列47個，其中完美型31個（66%），非
貴州農(nóng)業(yè)科學 2016年7期2016-07-03
- 棗轉(zhuǎn)錄組序列的微衛(wèi)星特征分析
棗轉(zhuǎn)錄組序列的微衛(wèi)星特征分析魏琦琦a,b，林 青a,b，賈寶光a,b，吳 煉b，李承想a,b，張 琳a,b（中南林業(yè)科技大學 a. 經(jīng)濟林培育與保護省部共建教育部重點實驗室；b. 林學院，湖南長沙 410004）運用Illumina測序平臺的RNA-seq技術對中秋酥脆棗的花、果實和棗吊進行了轉(zhuǎn)錄組測序，并對測序獲得的Unigene進行微衛(wèi)星特征分析。經(jīng)序列組裝和拼接，共獲得34 587個Unigene，運用Misa軟件分析發(fā)現(xiàn)12 624個微衛(wèi)星。在所得
中南林業(yè)科技大學學報 2015年6期2015-12-20
- 諸氏鯔蝦虎魚轉(zhuǎn)錄組序列中微衛(wèi)星標記的初步篩選及特征分析
魚轉(zhuǎn)錄組序列中微衛(wèi)星標記的初步篩選及特征分析蔡磊 余露軍 陳小曲 葉惠欣 陳琳 李建軍（廣東省實驗動物監(jiān)測所廣東省實驗動物重點實驗室，廣州510663）旨在為大規(guī)模開發(fā)諸氏鯔蝦虎魚微衛(wèi)星標記，采用高通量測序技術，對諸氏鯔蝦虎魚肝臟轉(zhuǎn)錄組進行了測序。結(jié)果共獲得47 979條Unigenes，利用微衛(wèi)星查找程序在47 979條Unigenes中共獲得6 225個微衛(wèi)星位點（12.97%），平均每7.02 kb就出現(xiàn)1個微衛(wèi)星位點。6 225個微衛(wèi)星位點由226
生物技術通報 2015年9期2015-10-25
- 大鼠全基因組微衛(wèi)星分布特征研究
610064)微衛(wèi)星又稱簡單序列重復(simple sequence repeats，SSRs)，是指1～6 bp的核苷酸為基本重復單位的串聯(lián)重復序列，其長度大多在100 bp以內(nèi)［1］，廣泛存在于真核生物和一些原核生物的基因組中［2］。微衛(wèi)星因突變速率快、多態(tài)性高等特性，廣泛應用于動物個體識別［3-5］、群體遺傳研究［6-7］、基因定位［8］、系統(tǒng)發(fā)育［9］及遺傳疾病研究［10］。隨著基因測序技術發(fā)展，更多物種的全基因組被測定和公布，有關動物基因組微衛(wèi)星
江西農(nóng)業(yè)大學學報 2015年4期2015-05-15
- 合浦珠母貝基因組微衛(wèi)星富集文庫的構(gòu)建與分析
前的重要任務。微衛(wèi)星(microsatellite)又稱為簡單重復序列(simple sequence repeats, SSR), 是以1～6bp的短核苷酸為基本單位, 如(AC)n、(AT)n、(CAG)n、(AGCT)n等, 首尾相連組成的串聯(lián)重復序列[5]。微衛(wèi)星標記具有數(shù)量多、分布廣、共顯性遺傳、多態(tài)性豐富、結(jié)果穩(wěn)定等優(yōu)點, 已被廣泛用于動植物的種群鑒定、選擇育種、遺傳多樣性分析及遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建等方面[6-8]。迄今, 有關合浦珠母貝微衛(wèi)星序
海洋科學 2015年10期2015-04-11
- 中國鱟基因組微衛(wèi)星富集文庫的構(gòu)建及分析
顯得十分需要。微衛(wèi)星即為簡單重復序列(simple sequence repeat, SSR)又稱為短串聯(lián)重復序列(Short Tandem Repeat, STR), 是由中央核心序列和兩側(cè)保守側(cè)翼序列組成的, 核心序列為少數(shù)幾個核苷酸(2~6個)組成的串聯(lián)重復核苷酸序列。由于微衛(wèi)星分子遺傳標記技術所具有的易分離、共顯性、多態(tài)性高、信息含量多、關聯(lián)性好等優(yōu)點[7], 使得其在物種遺傳多樣性分析研究上比其他DNA標記技術更適合, 并因此在瀕危動物種群遺傳學
海洋科學 2015年4期2015-04-11
- 微衛(wèi)星標記及其在家畜遺傳多樣性中的應用
031100）微衛(wèi)星標記及其在家畜遺傳多樣性中的應用裴智勇趙蓓蓓（山西省平遙縣畜牧獸醫(yī)服務中心，山西平遙031100）微衛(wèi)星DNA標記是近年繼RFLP之后發(fā)展起來的一種新的分子遺傳標記技術。微衛(wèi)星DNA標記具有數(shù)量大、分布廣且均勻、多態(tài)信息含量高、檢測快速方便等優(yōu)點。在畜禽品種資源分類及遺傳多態(tài)性評估和保存研究中，微衛(wèi)星也是被廣泛應用的遺傳標記之一，通過對微衛(wèi)星位點等位基因的突變模式研究來計算遺傳距離，進行相關物種的系統(tǒng)進化研究以及利用微衛(wèi)星位點重構(gòu)系統(tǒng)發(fā)
中國畜牧獸醫(yī)文摘 2015年2期2015-01-24
- 云南切梢小蠹微衛(wèi)星的高通量發(fā)掘
650224)微衛(wèi)星(microsatellite)又稱簡單序列重復或短串聯(lián)重復，是指以1-6個核苷酸為重復單位串聯(lián)組成的重復序列，由Miesfeld (1981)等在1981年首次發(fā)現(xiàn)。它們主要以2-3個堿基重復類型為主，廣泛分布于原核生物以及真核生物基因組中(崔建洲等，2006;史潔等，2012)。微衛(wèi)星不僅具有豐富的多態(tài)性、高度的雜合性和良好的穩(wěn)定性，而且遵循孟德爾分離定律，呈現(xiàn)共顯性遺傳，具有容易操作和檢測等優(yōu)點(宋來鵬等，2008;張俊娥，201
環(huán)境昆蟲學報 2014年2期2014-11-25
- 利用高通量測序技術分析核桃基因組微衛(wèi)星特征1)
210037)微衛(wèi)星序列(microsatellite or simple sequence repeats，SSR)是指以1～6個核苷酸為基本重復單位的串聯(lián)重復序列[1]。微衛(wèi)星廣泛分布于各種生物的基因組中，尤其是真核生物基因組中。在群體間和不同個體間，微衛(wèi)星序列均表現(xiàn)出很高的變異性，其在基因組中的位置決定了它的功能，能夠影響包括基因調(diào)控、發(fā)展和進化等各個方面。目前，SSR分子標記技術廣泛應用于植物遺傳多樣性分析、連鎖圖譜制作、疾病連鎖分析和品種鑒定等方
東北林業(yè)大學學報 2014年2期2014-09-18
- 基于錨定PCR技術對10種重要農(nóng)業(yè)害蟲微衛(wèi)星DNA位點的篩選及其特征分析
266109微衛(wèi)星DNA(microsatellite DNA)一般指基因組中由短的重復單元(一般為1～6個堿基)組成的DNA串聯(lián)重復序列，被稱為短串聯(lián)重復序列(short tandem repeats，STRs)或簡單重復序列(simple sequence repeats，SSRs)。微衛(wèi)星DNA廣泛分布于真核生物的基因組中，在原核生物的基因組中也有少量分布(羅文永等，2003)。微衛(wèi)星DNA符合孟德爾遺傳模式，共顯性遺傳，通常具有豐富的多態(tài)性，易于
生物安全學報 2014年1期2014-08-15
- HBV相關肝細胞癌組織中CDC37基因啟動子微衛(wèi)星多態(tài)性及其與基因表達的關系
510515)微衛(wèi)星是一種廣泛存在于生物基因組中的由1～6個核苷酸組成的簡單串聯(lián)重復序列，又稱為短串聯(lián)重復序列或簡單重復序列。人類基因組中二核苷酸重復序列(CA/GT)n是最為常見的微衛(wèi)星形式之一，n為重復次數(shù)，通常為15～60次。微衛(wèi)星具有高度的多態(tài)性和個體特異性，并且可以穩(wěn)定遺傳。CDC37蛋白是一種與細胞分裂周期有關的蛋白，能特異性地與未成熟的蛋白激酶結(jié)合并進而與熱休克蛋白90結(jié)合，使蛋白激酶正確折疊和成熟。CDC37蛋白作為一種重要的蛋白激酶特異性
山東醫(yī)藥 2014年43期2014-08-15
- 云南松基因組微衛(wèi)星富集文庫的構(gòu)建
云南松基因組微衛(wèi)星富集文庫的構(gòu)建許玉蘭1，2張瑞麗2田斌2蔡年輝2康向陽1段安安2 （1.北京林業(yè)大學 林木育種國家工程實驗室，北京 100083；2.西南林業(yè)大學 國家林業(yè)局西南地區(qū)生物多樣性保育重點實驗室，昆明 650224）采用磁珠富集法構(gòu)建云南松微衛(wèi)星富集文庫。云南松基因組DNA經(jīng)RsaⅠ酶切，與特定接頭連接，再用接頭特異引物進行PCR擴增。連接擴增產(chǎn)物與用生物素標記的（AG）12、（AT）12、（CG）12、（GT）12、（ACG）12、（ACT
生物技術通報 2014年1期2014-03-17
- 三角帆蚌四核苷酸重復微衛(wèi)星的開發(fā)及特征分析
蚌四核苷酸重復微衛(wèi)星的開發(fā)及特征分析韓學凱1李家樂1，2王照旗1白志毅1（1.上海海洋大學 農(nóng)業(yè)部淡水水產(chǎn)種質(zhì)資源重點實驗室，上海 201306；2.上海高校水產(chǎn)養(yǎng)殖學 E-研究院，上海 201306）用磁珠富集法和生物素標記（ATAC）5為探針構(gòu)建了三角帆蚌基因微衛(wèi)星富集文庫。利用PrimerSelect軟件對得到的微衛(wèi)星序列進行引物設計并合成得到43對引物，初篩后發(fā)現(xiàn)有20對引物可以擴增出穩(wěn)定、清晰的目的產(chǎn)物帶。熒光標記這20對引物，然后用36只洞庭湖
生物技術通報 2014年6期2014-03-17
- 細角螺微衛(wèi)星DNA富集文庫構(gòu)建及特征分析
有重要的意義。微衛(wèi)星(microsatellites)DNA, 又稱簡單序列重復(simple sequence repeats, SSR)或短串聯(lián)重復序列(short tanderm reapeats, STR), 由中間的核心序列與其兩端的保守側(cè)翼序列組成, 核心序列為1～6個核苷酸為重復單元的串聯(lián)重復DNA序列。由于微衛(wèi)星分子標記具有多態(tài)性豐富, 穩(wěn)定性好, 符合孟德爾遺傳和具有共顯性[4]等特點, 自1984年被Tautz等[5]首次提出可用于群體
海洋科學 2013年4期2013-12-23
- 微衛(wèi)星在釀酒酵母研究中的應用
712100)微衛(wèi)星DNA由短的核心序列(一般1～6bp)串聯(lián)重復構(gòu)成，故也被稱為簡單重復序列(simple sequence repeats, SSRs)，如(CA)n、(GTG)n等，其中雙核苷酸重復最為常見，其次為3個核苷酸或者4個核苷酸的重復。微衛(wèi)星在真核生物基因組中廣泛存在且均勻分布，在酵母中，每100kb就有1.8個微衛(wèi)星位點[1-2]。自釀酒酵母全基因組序列公布以后，科學家開始構(gòu)建搜索釀酒酵母微衛(wèi)星序列的方法，并取得顯著成果[2-5]。因微衛(wèi)
食品科學 2013年5期2013-08-07
- 雞Lpin1基因5′側(cè)翼區(qū)微衛(wèi)星變異的鑒定
450002)微衛(wèi)星標記由于為多等位基因標記，在基因定位、遺傳多樣性研究上具有重要的應用價值，開發(fā)新的雞微衛(wèi)星標記可進一步豐富雞微衛(wèi)星數(shù)據(jù)庫.位于啟動子區(qū)域的微衛(wèi)星具有潛在重要的功能［1，2］.雞Lpin1基因是雞重要的脂肪沉積相關的候選基因，雞Lpin1基因微衛(wèi)星的分布特性及其5′側(cè)翼區(qū)微衛(wèi)星變異的遺傳變異研究，可為進一步開展雞Lpin1基因的表達調(diào)控研究打下基礎.微衛(wèi)星DNA 又稱短串聯(lián)重復序列(Short tandem repeat，STR)，是基因
河南農(nóng)業(yè)大學學報 2013年1期2013-07-04
- 微衛(wèi)星標記多態(tài)性與番鴨體尺性狀的關系
地方引種飼養(yǎng)。微衛(wèi)星又稱為簡單重復序列 (SSR)，一般以1～6個堿基為核心序列，首尾相連的串聯(lián)重復序列。微衛(wèi)星標記與其他分子標記相比，具有在基因組中數(shù)量分布廣而均勻、多態(tài)性豐富、等顯性遺傳以及分析方法簡便、快捷等優(yōu)點。因此，微衛(wèi)星標記目前已被廣泛應用于群體遺傳結(jié)構(gòu)、遺傳多樣檢測的研究中［1-10］。在過去的幾年里，已經(jīng)從鴨類基因組中分離到了很多多態(tài)性豐富的微衛(wèi)星遺傳標記［11-12］，為鴨類的微衛(wèi)星遺傳標記和生產(chǎn)性狀關系的研究打下了良好的基礎。本研究分析
浙江農(nóng)業(yè)科學 2012年12期2012-12-24
- 花鱸微衛(wèi)星標記分離及其多態(tài)性分析
1018)花鱸微衛(wèi)星標記分離及其多態(tài)性分析趙 燕, 季相山, 曾勇慶, 丁 雷, 楊萍萍, 王 慧*(山東農(nóng)業(yè)大學 動物科技學院, 山東 泰安 271018)該文利用FIASCO法(fast isolation by AFLP of sequences containing repeats)和GenBank數(shù)據(jù)庫搜索法開發(fā)花鱸微衛(wèi)星標記, 并對篩選的標記進行多態(tài)性檢測。兩種方法共獲得54條能夠設計引物的序列, 擴增結(jié)果顯示15對引物具有多態(tài)性, 多態(tài)性微衛(wèi)
Zoological Research 2011年5期2011-12-25
- 種間轉(zhuǎn)移擴增法篩選長爪沙鼠微衛(wèi)星位點
法篩選長爪沙鼠微衛(wèi)星位點譚元卿，李 薇，杜小燕，路 靜，吳艷花，王 超，陳振文(首都醫(yī)科大學基礎醫(yī)學院實驗動物學系，北京 100069)目的 篩選長爪沙鼠新的微衛(wèi)星位點，為長爪沙鼠遺傳分析提供遺傳標記物。方法 從GenBank中隨機選取小鼠微衛(wèi)星位點引物536對，用這些引物對長爪沙鼠基因組DNA擴增，將陽性目的條帶進行序列分析，找出符合微衛(wèi)星序列特征的短串聯(lián)重復序列。結(jié)果 536對小鼠微衛(wèi)星引物在長爪沙鼠基因組中擴增出了313個陽性條帶，經(jīng)序列分析，確定1
中國實驗動物學報 2011年1期2011-09-27
- A New Problem with Cross-Species Amplification of Microsatellites: Generation of Non-Homologous Products
15-320.微衛(wèi)星跨物種交叉PCR擴增的一個新問題：擴增非同源產(chǎn)物岳根華1,4,*, Balazs Kovacs2, Laszlo Orban1,3,*(1.Reproductive Genomics, Strategic Research Program, Temasek Life Sciences Laboratory, Singapore; 2.Regional University Center of Excellence in Environm
Zoological Research 2010年2期2010-12-25
- 大珠母貝微衛(wèi)星DNA標記的分離與篩選
是十分必要的。微衛(wèi)星DNA是遺傳多樣性分析和分子標記輔助育種最適遺傳標記之一。但大珠母貝的微衛(wèi)星標記數(shù)量不多。Evans等[2]報道了6個多態(tài)標記和Smith等[3]報道了8個微衛(wèi)星標記,遠不能滿足應用的需要,因此必須開發(fā)大量的微衛(wèi)星標記。本實驗采用生物素-磁珠富集法和探針雜交相結(jié)合的方法,構(gòu)建了大珠母貝的微衛(wèi)星富集文庫,篩選大珠母貝的微衛(wèi)星標記,為大珠母貝的遺傳育種、保護生物學和種群遺傳多樣性等研究奠定基礎。1 材料與方法1.1 材料來源用于微衛(wèi)星分離的
海洋科學 2010年8期2010-03-15