轉(zhuǎn)錄組
- 不同品種綿羊肌內(nèi)脂肪沉積相關(guān)miRNA的篩選與功能預(yù)測(cè)
含量并對(duì)其進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-Seq），篩選綿羊脂肪沉積相關(guān)的差異表達(dá)miRNA。結(jié)果表明，灘羊肌內(nèi)脂肪含量顯著高于杜泊羊，極顯著高于小尾寒羊；杜泊羊肌內(nèi)脂肪含量顯著高于小尾寒羊。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序質(zhì)量良好。3個(gè)品種綿羊共鑒定到134個(gè)已知miRNA和153個(gè)預(yù)測(cè)miRNA，這些 miRNA的長(zhǎng)度主要介于21～23 nt，且首位堿基對(duì)U堿基具有明顯偏好性。以P ≤0.05和|log2FC|>1（FC為差異倍數(shù)）為篩選條件，3個(gè)比較組共獲得42個(gè)差異表達(dá)miRN
江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2023年7期2023-12-13
- 基于表型組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)研究光對(duì)煙草早期幼苗發(fā)育的影響
在此基礎(chǔ)上采用轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究了其發(fā)育第4天基因表達(dá)網(wǎng)絡(luò)差異。結(jié)果表明，光下種子發(fā)芽勢(shì)和發(fā)芽率提高約30%，子葉開(kāi)口長(zhǎng)增加約2?cm，而下胚軸長(zhǎng)度縮短約2?cm。在早期幼苗發(fā)育階段有551個(gè)基因差異表達(dá)受光誘導(dǎo)，其中364個(gè)表達(dá)上調(diào)，187個(gè)表達(dá)下調(diào)。551個(gè)基因中有28個(gè)在蛋白水平存在互作關(guān)系，其中包括、、等15個(gè)上調(diào)表達(dá)基因和、和等13個(gè)下調(diào)表達(dá)基因。GO富集表明，這28個(gè)DEGs主要與光合作用、光系統(tǒng)、植物激素響應(yīng)有關(guān)。綜上所述，本研究解析了煙草早期幼苗
中國(guó)煙草科學(xué) 2023年5期2023-12-03
- 珍珠蘆薈白化苗的轉(zhuǎn)錄組分析
蘆薈；白化苗；轉(zhuǎn)錄組；光合作用；基因表達(dá)中圖分類號(hào)：Q943.2 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A植物葉色白化是植物葉色突變的常見(jiàn)類型，在植物界普遍存在，目前已在擬南芥（Arabidopsisthaliana）、玉米（ Zea mays） 、荔枝（ Litchichinensis）、大麥（Hordeum vulgare）、水稻（Oryzasativa）、蘭花（Cymbidium ssp.）等眾多植物中發(fā)現(xiàn)葉片白化現(xiàn)象[1-7]。葉色白化產(chǎn)生的內(nèi)在原因主要與葉綠素含量降低，光
熱帶作物學(xué)報(bào) 2023年9期2023-11-11
- EMS誘導(dǎo)紅陽(yáng)獼猴桃耐寒突變體的篩選及轉(zhuǎn)錄組分析
突變體，并通過(guò)轉(zhuǎn)錄組分析探究其脅迫響應(yīng)機(jī)制。該研究以紅陽(yáng)獼猴桃葉片為實(shí)驗(yàn)材料，在組培時(shí)（4.4 g·L-1 MS+4.5 g·L-1 瓊脂+1.5 mg·L-1 6-BA+0.1 mg·L-1 NAA+15 g·L-1蔗糖+0.01～0.10 g·L-1 EMS）利用EMS誘導(dǎo)技術(shù)誘導(dǎo)突變體，并在低溫環(huán)境下篩選出耐寒突變體。選出的耐寒突變體和正常紅陽(yáng)獼猴桃組培苗先進(jìn)行4 ℃ 12 h寒脅迫處理，再進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析。結(jié)果表明：（1）通過(guò)初步的表型鑒定，當(dāng)E
廣西植物 2023年9期2023-11-01
- 基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的紅萍SSR和SNP特征分析
濃度脅迫下紅萍轉(zhuǎn)錄組中SSR、SNP分子標(biāo)記的詳細(xì)情況，分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中分布的SSR和SNP位點(diǎn)。通過(guò)提取紅萍根和葉的RNA，構(gòu)建cDNA文庫(kù)并利用二代測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行高通量測(cè)序，利用MISA對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行SSR特征分析，同時(shí)采用軟件STAR進(jìn)行比對(duì)并通過(guò)GATK進(jìn)行SNP識(shí)別。結(jié)果表明：紅萍轉(zhuǎn)錄組共有9 009個(gè)SSR位點(diǎn)，SSR位點(diǎn)頻率為30.12%。其中，以三核苷酸重復(fù)和單核苷酸重復(fù)為主，分別占總比例的43.66%和26.41%。SNP位點(diǎn)有439 21
福建農(nóng)業(yè)科技 2023年6期2023-10-10
- 基于滇黃精轉(zhuǎn)錄組序列的SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)及其在黃精屬資源分析中的應(yīng)用
研究基于滇黃精轉(zhuǎn)錄組序列開(kāi)發(fā)簡(jiǎn)單重復(fù)序列（SSR）標(biāo)記并將其應(yīng)用于黃精屬資源分析。設(shè)計(jì)合成了45對(duì)SSR引物，經(jīng)PCR擴(kuò)增驗(yàn)證，選擇其中20對(duì)SSR引物對(duì)75份黃精屬資源進(jìn)行分析。結(jié)果表明，共在46 416個(gè)Unigene中檢出含有二核苷酸～六核苷酸重復(fù)類型的SSR位點(diǎn)60 238個(gè)，序列SSR發(fā)生頻率為22.78%，平均分布距離約7.07 kb；SSR位點(diǎn)中的主導(dǎo)類型是二核苷酸和三核苷酸重復(fù)，分別占50.06%和34.89%。測(cè)試的45對(duì)SSR引物中有3
江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2023年5期2023-09-19
- 藥用植物滇黃精種植研究進(jìn)展
種；病害防治；轉(zhuǎn)錄組中圖分類號(hào) ：R285.5 ???文獻(xiàn)標(biāo)志碼 ：A ???文章編號(hào) ：1007-2349（2023）08-0093-05滇黃精（ Polygonatum kingianum ?Coll.et Hemsl.），又稱為節(jié)節(jié)高、馬尾根、牛尾巴薯、仙人飯 ?［1］。滇黃精具滋陰、健脾潤(rùn)肺、益腎的功效，用于治療氣虛、肺虛燥咳、精血不足等，又是數(shù)十種滋補(bǔ)性中醫(yī)復(fù)方或中成藥的重要組分，自古被民間及醫(yī)藥學(xué)家所重視 ?［2-4］。滇黃精還是《中國(guó)藥典》（
云南中醫(yī)中藥雜志 2023年8期2023-09-08
- 基于全基因組鑒定華石斛優(yōu)良內(nèi)參基因
利用之前華石斛轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，篩選出164 個(gè)變異系數(shù)低（CV≤0.2）和表達(dá)量中等（TPM 在10～300之間）的候選內(nèi)參基因。為了避免共表達(dá)現(xiàn)象對(duì)內(nèi)參基因穩(wěn)定性分析的影響，根據(jù)GO 功能聚類分析結(jié)果，從不同的功能群中共篩選出24 個(gè)候選基因。為避免模板中可能殘留的基因組DNA 在RT-qPCR 擴(kuò)增過(guò)程中產(chǎn)生假陽(yáng)性，本研究設(shè)計(jì)了跨越內(nèi)含子引物，并通過(guò)電泳篩選出符合要求的15 個(gè)候選內(nèi)參基因的擴(kuò)增引物。為了確保RT-qPCR 擴(kuò)增的特異性，使用LightCy
熱帶作物學(xué)報(bào) 2023年7期2023-08-14
- 大白菜葉片響應(yīng)菌核病侵染的轉(zhuǎn)錄組分析
白菜；菌核??；轉(zhuǎn)錄組；差異表達(dá)基因中圖分類號(hào)：S436.341.1 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A大白菜（Brassica campestris syn. rapa L. ssp.pekinensis）原產(chǎn)中國(guó)，屬于十字花科蕓薹屬，是我國(guó)栽培面積最大的蔬菜作物之一。大白菜菌核病是由核盤菌[Sclerotinia sclerotiorum （Lib.） deBary]引起的一種具有土傳性的真菌病害，主要危害葉片和莖稈。近年來(lái)大白菜菌核病呈逐年上升趨勢(shì)，在福建省，每年12—4
熱帶作物學(xué)報(bào) 2023年6期2023-07-20
- 基于高通量測(cè)序的建蘭轉(zhuǎn)錄組信息分析
要：為獲得建蘭轉(zhuǎn)錄組信息，以花發(fā)育3個(gè)時(shí)期為研究對(duì)象，進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、組裝、注釋及差異基因分析。結(jié)果表明：共獲得120.86 Gb clean reads，組裝得到56804個(gè)Unigenes，平均長(zhǎng)度為1502 bp，其中34324條Unigenes獲得注釋，占所有Unigene的60.43%。33908條Unigenes在NR數(shù)據(jù)庫(kù)中得到注釋，與石斛的匹配度最高；18459條Unigene被注釋到GO數(shù)據(jù)庫(kù)中的50個(gè)分支；在KEGG中共注釋到13145
福建農(nóng)業(yè)科技 2023年3期2023-06-15
- 堿地番茄果實(shí)相關(guān)性狀變化及差異表達(dá)基因分析
品種。同時(shí)利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)對(duì)響應(yīng)不同土壤栽培條件的果實(shí)品質(zhì)相關(guān)差異基因進(jìn)行分析，以期為在堿性土壤下種植高品質(zhì)番茄提供理論依據(jù)。研究結(jié)果如下：堿性土壤對(duì)番茄的株高、莖粗和果實(shí)產(chǎn)量均有明顯的抑制作用；堿性土壤條件下，番茄果實(shí)的可溶性固形物、可溶性糖、有機(jī)酸、維生素C等含量均明顯提高，其中維生素C含量較正常土壤高出31.98%～99.58%。番茄各品種中草莓2號(hào)的產(chǎn)量和果實(shí)品質(zhì)較好。取優(yōu)質(zhì)的番茄品種草莓2號(hào)，在正常土壤和堿性土壤栽培條件下的果肉和果膠，進(jìn)行轉(zhuǎn)錄
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年9期2023-06-04
- 基于CiteSpace的國(guó)內(nèi)植物轉(zhuǎn)錄組研究文獻(xiàn)計(jì)量分析
白玉娥摘要轉(zhuǎn)錄組研究是發(fā)掘功能基因的重要途徑之一，是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn)。利用CiteSpace信息可視化軟件對(duì)CNKI數(shù)據(jù)庫(kù)中2000—2021年1302篇植物轉(zhuǎn)錄組研究文獻(xiàn)的研究機(jī)構(gòu)、作者、關(guān)鍵詞等內(nèi)容進(jìn)行分析，結(jié)果表明：我國(guó)植物轉(zhuǎn)錄組研究發(fā)文量呈現(xiàn)3個(gè)階段，發(fā)文量整體呈上升趨勢(shì)；發(fā)文作者、研究機(jī)構(gòu)主要集中在高校和科研院所，存在的合作關(guān)系較少。基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)進(jìn)行的分子標(biāo)記、功能注釋、不同條件下基因差異表達(dá)、代謝通路成為研究熱點(diǎn)。功能
防護(hù)林科技 2023年3期2023-05-30
- 虱螨脲對(duì)棉鈴蟲葉酸一碳庫(kù)代謝途徑的影響
3齡幼蟲，通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、葉酸含量測(cè)定、葉酸飼喂試驗(yàn)和分子對(duì)接技術(shù)分析了虱螨脲對(duì)棉鈴蟲葉酸一碳庫(kù)代謝途徑的影響。結(jié)果表明，棉鈴蟲幼蟲差異基因數(shù)量隨虱螨脲處理后時(shí)間的延長(zhǎng)而增多，主要富集在葉酸一碳庫(kù)、氧化還原活性、幾丁質(zhì)結(jié)合、氨基酸合成、嘌呤合成與代謝以及離子跨膜運(yùn)輸?shù)韧緩缴?，其中葉酸一碳庫(kù)代謝通路在處理后0.5 h極顯著富集（P=6.35×10-5）。棉鈴蟲幼蟲的葉酸含量隨著虱螨脲處理后時(shí)間的延長(zhǎng)而顯著降低，處理后24 h葉酸含量為4.53 μg/100
植物保護(hù) 2023年2期2023-05-30
- 雪膽屬轉(zhuǎn)錄組的EST-SSR分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)
雪膽2個(gè)種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，檢測(cè)SSR位點(diǎn)并設(shè)計(jì)引物，通過(guò)PCR擴(kuò)增和毛細(xì)管電泳檢驗(yàn)引物的有效性和多態(tài)性，并分析種間和種內(nèi)遺傳多樣性。［結(jié)果］從200對(duì)引物中篩選出6對(duì)具有高多態(tài)性的引物，每對(duì)引物檢測(cè)到的等位基因數(shù)5～8個(gè)，平均值6.333 3個(gè)。有效等位基因（Ne）為2.480 7～4.982 8個(gè)，平均值3.760 8個(gè)。多態(tài)信息含量（PIC）為0.549 5～0.758 3，平均值0.672 9。遺傳多樣性分析顯示，種間和種內(nèi)居群均存在明顯的遺傳分化。
安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年9期2023-05-29
- 橄欖果實(shí)轉(zhuǎn)錄組SSR和SNP/InDel位點(diǎn)特征
關(guān)鍵詞：橄欖；轉(zhuǎn)錄組；簡(jiǎn)單重復(fù)序列；單核苷酸多態(tài)性；插入缺失標(biāo)記中圖分類號(hào)：S667.5 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A橄欖（Canarium album）是我國(guó)熱帶亞熱帶地區(qū)特色果樹(shù)，其果實(shí)富含多種營(yíng)養(yǎng)和藥用成分，在我國(guó)福建、廣東、四川、廣西等地區(qū)廣泛栽培。福州市是我國(guó)橄欖最主要的產(chǎn)地之一，“福州橄欖”品牌于2011 年獲得農(nóng)業(yè)部地理標(biāo)志保護(hù)品牌，2017 年品牌價(jià)值評(píng)估達(dá)20.80 億元人民幣，入選全國(guó)農(nóng)產(chǎn)品百?gòu)?qiáng)[1]。福州市傳統(tǒng)栽培的橄欖品種主要包括長(zhǎng)營(yíng)、惠圓、檀香
熱帶作物學(xué)報(bào) 2023年4期2023-05-16
- 黑翅土白蟻工蟻和兵蟻轉(zhuǎn)錄組測(cè)序比較及表達(dá)分析
蟻和兵蟻進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析，了解不同品級(jí)的轉(zhuǎn)錄組特征，豐富白蟻轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)信息，為探明黑翅土白蟻品級(jí)分化的分子機(jī)制打下基礎(chǔ)。經(jīng)過(guò)測(cè)序獲得質(zhì)量值高于20的堿基比例（Q20）均不低于98%的數(shù)據(jù)，所有reads組裝成65 604個(gè)Unigenes，平均長(zhǎng)度337.78 bp;將所得序列注釋到NR、NT、KOG、GO和KEGG等數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，所得Unigenes均被注釋。兵蟻與工蟻差異基因的上調(diào)基因有與能量代謝及蛋白質(zhì)翻譯有關(guān)，下調(diào)相關(guān)基因有與能量運(yùn)輸相關(guān)，差
天津農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年6期2022-07-19
- 高溫脅迫下蘿卜苗期的轉(zhuǎn)錄組分析
下蘿卜幼苗進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析，篩選不同耐熱性蘿卜品種間的差異表達(dá)基因，為闡明蘿卜幼苗響應(yīng)高溫脅迫的分子機(jī)制提供理論參考。【方法】以耐熱蘿卜品種1116T和熱敏感蘿卜品種Wr129為對(duì)象，對(duì)其進(jìn)行高溫（40 ℃）脅迫處理0（常溫，對(duì)照）和24 h，提取各時(shí)間點(diǎn)樣品總RNA進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，以|log2Fold Change|≥1，Pv/Fm）和總?cè)~綠素含量均下降，但1116T的下降幅度較小?！窘Y(jié)論】Wr129和1116T的耐熱性存在明顯差異，其原因是1116T
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年3期2022-06-15
- 1-MCP和SO2保鮮劑處理陽(yáng)光玫瑰葡萄的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析
實(shí)分別取樣開(kāi)展轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，通過(guò)實(shí)時(shí)熒光定量PCR結(jié)果證實(shí)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果的可靠性?！窘Y(jié)果】從對(duì)照和2種保鮮劑處理的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果中共獲得371.64 Gb的原始數(shù)據(jù)，各樣品Clean data均達(dá)6.03 Gb，GC含量為46.28%～47.53%，Q30≥93.50%，與葡萄參考基因組的匹配率為75.75%～90.23%。1-MCP處理與對(duì)照的差異表達(dá)基因數(shù)在貯藏后13周達(dá)最高值，而SO2處理與對(duì)照及SO2處理與1-MCP處理的差異表達(dá)基因數(shù)在貯藏后5周
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年3期2022-06-15
- 基于高通量測(cè)序的帶魚肌肉組織轉(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星信息分析
魚肌肉組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，從海量數(shù)據(jù)中查找微衛(wèi)星（SSR）位點(diǎn)并進(jìn)行生物信息學(xué)分析，為科學(xué)制定帶魚種質(zhì)資源保護(hù)對(duì)策和管理措施提供參考依據(jù)。【方法】基于Illumina HiSeqTM 2500高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)采自浙江舟山近海的帶魚肌肉組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，經(jīng)FastQC和Trimmomatic進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估和過(guò)濾后，使用Trinity組裝、去冗余得到Unigenes，再運(yùn)用Micro-Satellite（MISA）挖掘SSR信息，并以Excel 2010計(jì)
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年3期2022-06-15
- 水稻幼苗響應(yīng)褐飛虱和稻癭蚊的轉(zhuǎn)錄組分析
苗表型，并通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)分別對(duì)褐飛虱接入后24 h和稻癭蚊接入后7 d的水稻幼苗進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。以水稻日本晴基因組作為參考基因組進(jìn)行對(duì)比，利用FPKM法計(jì)算基因表達(dá)量，設(shè)定參數(shù)（|log2FC|>1且P關(guān)鍵詞： 水稻;褐飛虱;稻癭蚊;轉(zhuǎn)錄組中圖分類號(hào)： S435.112? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼： A 文章編號(hào)：2095-1191（2022）03-0628-13Transcriptome analysis of rice
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年3期2022-06-15
- 青花菜花蕾轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析及蠟粉合成相關(guān)基因挖掘
青花菜花蕾進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析，并挖掘與蠟粉合成相關(guān)基因，為探明青花菜花球表面蠟粉形成的分子機(jī)制提供理論參考?！痉椒ā糠謩e提取野生型和蠟粉缺失型青花菜花球總RNA，采用Illumina HiSeqTM2500平臺(tái)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，獲得高質(zhì)量Clean reads，采用Trinity進(jìn)行序列組裝后獲得青花菜Unigene庫(kù)，將獲得的Unigene序列與Nr、Nt、KEGG、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot和GO數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，獲得基因功能注釋信息;使用
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年3期2022-06-15
- 海馬齒根系響應(yīng)鹽脅迫的轉(zhuǎn)錄組分析
海馬齒根系進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析，挖掘海馬齒根系耐鹽相關(guān)基因，為揭示海馬齒耐鹽的分子機(jī)制提供參考?！痉椒ā坷肐llumina測(cè)序技術(shù)對(duì)0 mmol/L NaCl（對(duì)照組）和400 mmol/L NaCl脅迫處理（鹽脅迫處理組）下的海馬齒根系進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析，從中篩選出差異表達(dá)基因，選取13個(gè)基因進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR（qRT-PCR）檢測(cè)，以驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的可靠性?！窘Y(jié)果】在海馬齒根系轉(zhuǎn)錄組中共鑒定出305145個(gè)轉(zhuǎn)錄本，平均長(zhǎng)度為622 bp，其中，對(duì)照
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年3期2022-06-15
- 不同桑樹(shù)品種響應(yīng)干旱脅迫的比較轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析
析?！窘Y(jié)果】經(jīng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，各樣本的Clean reads范圍為45723096～67280168條，有效堿基數(shù)（Clean bases）集中在6.86～10.09 Gb，GC含量在44.84%～46.48%（平均為45.61%），Q30在90.36%～93.07%。差異表達(dá)基因（DEGs）篩選結(jié)果顯示，6個(gè)差異分組（A2 vs A1，B2 vs B1，A3 vs A1，B3 vs B1，A4 vs A1，B4 vs B1）分別篩選出3510、3399、56
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年3期2022-06-15
- 柴胡轉(zhuǎn)錄組SSR的分布及序列特征分析
材料，經(jīng)高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序后，使用Trinity對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行de novo組裝，并利用MISA對(duì)組裝得到的Unigenes進(jìn)行SSR位點(diǎn)搜索，最后統(tǒng)計(jì)分析SSR的分布及序列特征?！窘Y(jié)果】從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)組裝獲得244194條Unigenes，其N50值為1036 bp，平均長(zhǎng)度791 bp，總長(zhǎng)度193138105 bp。從Unigenes序列中共檢測(cè)到50303個(gè)SSR位點(diǎn)，去除20405個(gè)復(fù)合型SSR位點(diǎn)，以29898個(gè)單一型SSR位點(diǎn)為后續(xù)分析對(duì)象。轉(zhuǎn)錄
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年3期2022-06-15
- 基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)分析愈創(chuàng)木酚對(duì)禾谷鐮刀菌的抑菌機(jī)制
長(zhǎng)，本研究利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析愈創(chuàng)木酚對(duì)禾谷鐮刀菌的作用機(jī)制，采用RNA-Seq技術(shù)從轉(zhuǎn)錄組水平分析禾谷鐮刀菌在0.4 μl/ml愈創(chuàng)木酚脅迫下的響應(yīng)機(jī)制。結(jié)果顯示，共篩選到905個(gè)差異表達(dá)基因表達(dá)量發(fā)生了變化，其中表達(dá)量上調(diào)的基因?yàn)?64個(gè)，表達(dá)量下調(diào)的基因?yàn)?41個(gè)。差異表達(dá)基因的COG、GO及Pathway功能分析發(fā)現(xiàn)，愈創(chuàng)木酚影響禾谷鐮刀菌氧化應(yīng)激反應(yīng)、膜組分及離子運(yùn)輸途徑。表明，愈創(chuàng)木酚處理后，禾谷鐮刀菌的細(xì)胞膜完整性受到了破壞，Ca2+運(yùn)輸途徑受
江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年2期2022-05-16
- 水稻紫色穎殼突變體的轉(zhuǎn)錄組分析
6000高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)（RNA-Seq）技術(shù)對(duì)其自交獲得的突變型、正常型及野生型進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究。結(jié)果表明：突變型（ME）與野生型（F8）相比上調(diào)基因5108個(gè)、下調(diào)基因4288個(gè)，自交分離正常表型（PD）與野生型（F8）相比上調(diào)基因4653個(gè)、下調(diào)基因4397個(gè)，自交分離正常表型（PD）與突變型（ME）相比上調(diào)基因2078個(gè)、下調(diào)基因2829。GO功能富集分析表明水解酶活性類基因差異表達(dá)變化顯著;KEGG Pathway分析結(jié)果表明，與野生型相比，在類
福建農(nóng)業(yè)科技 2022年2期2022-04-27
- 基于轉(zhuǎn)錄組的不同火龍果品種抗性差異分析
）兩個(gè)品種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析，并參考GO Ontology、KEGG等公共數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行功能分類與富集分析。結(jié)果表明：（1） BR與EY共有14 248個(gè)差異基因，其中5 446個(gè)基因上調(diào)，8 802個(gè)基因下調(diào)。（2） 相關(guān)GO功能分析表明這些差異基因主要參與酶催化活性、細(xì)胞組分、代謝過(guò)程等，其中參與氧化還原酶活性的349個(gè)差異基因在BR中表達(dá)量上調(diào)。（3）KEGG通路分析顯示，大部分差異基因富集在新陳代謝和生物合成等，其中參與角質(zhì)、木栓質(zhì)和蠟質(zhì)
廣西植物 2022年2期2022-03-16
- 制干辣椒果實(shí)辣椒素對(duì)干旱、鹽及其雙重脅迫的響應(yīng)
量，并送樣進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。結(jié)果表明，W1處理下辣椒素含量較對(duì)照增加107.11%，W2處理時(shí)辣椒素含量下降73.01%;含鹽處理均能提高辣椒素含量，其中W2S1處理的較對(duì)照高392%。鹽、旱脅迫主要影響苯丙烷生物合成途徑，其中HCT、4CL、CAD等基因表達(dá)受影響較大;聚類分析表明BCKDHE2、ENRb等基因主要響應(yīng)干旱脅迫，CCR、GS2 主要響應(yīng)鹽脅迫。由上可知，適度干旱和鹽脅迫均能提高辣椒素含量;干旱加劇時(shí)與鹽分的復(fù)合效應(yīng)更顯著，對(duì)辣椒素積累的促進(jìn)
中國(guó)瓜菜 2022年2期2022-03-12
- 基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)的川芎嗪改善增生性瘢痕機(jī)制研究
[目的]基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析川芎嗪治療增生性瘢痕的分子機(jī)制。 [方法]獲取臨床手術(shù)的增生性瘢痕組織，利用組織塊培養(yǎng)法培養(yǎng)分離瘢痕成纖維細(xì)胞，分為對(duì)照組和川芎嗪組（10 mg/mL）。采用轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序技術(shù)及 GO、KEGG 通路富集分析，研究增生性瘢痕成纖維細(xì)胞各基因的表達(dá)。 [結(jié)果]轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析結(jié)果得到川芎嗪參與調(diào)控2 783個(gè)差異基因，GO及 KEGG 通路富集分析顯示以上基因主要富集于DNA復(fù)制，細(xì)胞周期，類固醇生物合成錯(cuò)配修復(fù)，p53信號(hào)通路，蛋白質(zhì)的
安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2021年23期2021-12-18
- 基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的椰心葉甲嚙小蜂SSR、SNP和InDel位點(diǎn)分析
寄生蜂，分析其轉(zhuǎn)錄組序列中的SSR、SNP和InDel位點(diǎn)信息，可以為開(kāi)發(fā)新的分子標(biāo)記，深入研究其遺傳多樣性、種群遺傳結(jié)構(gòu)和歷史動(dòng)態(tài)等提供數(shù)據(jù)支撐。本研究基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，利用MISA軟件和Varscan軟件對(duì)Unigene進(jìn)行SSR、SNP和InDel位點(diǎn)進(jìn)行搜索。在11 802條Unigene中共獲得29 754個(gè)SSR位點(diǎn)，平均每1.72 kb含有1個(gè)SSR位點(diǎn)，發(fā)生率為39.96%。SSR片段為10～382 bp，長(zhǎng)度具有顯著差異，平均長(zhǎng)度為23.9
熱帶作物學(xué)報(bào) 2021年10期2021-12-08
- 水稻苗期高溫RNA-SEQ分析
利用水稻苗期轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，分析在高溫處理?xiàng)l件下不同時(shí)間段基因表達(dá)水平變化，篩選出可能參與高溫?zé)岷Φ幕?。LOC_Os04g04970、LOC_Os03g15960和LOC_Os03g51459，其在受到熱處理1 h的表達(dá)水平顯著上調(diào)，隨著熱處理的時(shí)間延長(zhǎng)，其表達(dá)水平逐漸降低，可能與熱處理相關(guān)。該研究可為進(jìn)一步揭示水稻苗期高溫?zé)岷Ψ肿由飳W(xué)研究提供參考。關(guān)鍵詞 水稻;苗期;高溫脅迫;轉(zhuǎn)錄組中圖分類號(hào) S 511? 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼 A文章編號(hào) 0517-6611（
安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2021年20期2021-11-25
- 荔枝蝽 Tessaratoma papillosa卵黃原蛋白及受體的序列及時(shí)空表達(dá)分析
?！痉椒ā坎捎?span id="r3brxbp" class="hl">轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的方法，對(duì)荔枝蝽小同發(fā)育時(shí)期及組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。通過(guò)篩選荔枝蝽的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和分子克隆的方法獲得荔枝蝽卵黃原蛋白及其受體基因，并利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR（ qRT-PCR）分析其在小同發(fā)育階段和組織部位的時(shí)空表達(dá)情況?！窘Y(jié)果】獲得荔枝蝽3個(gè)卵黃原蛋白基因（Tpapi Vgl，Tpopi Vg2，Tpapi Vg3）和1個(gè)卵黃原受體蛋白基因（Tpapi_VgRs）。對(duì)4個(gè)基因進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)其均具有典型的保守結(jié)構(gòu)域，是典型的昆蟲Vg和Vg
福建農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年7期2021-11-12
- 基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的芒果過(guò)敏原基因鑒定及表達(dá)分析
果果實(shí)和葉片的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果，篩選出潛在過(guò)敏原基因，并分析其在不同組織中的表達(dá)模式，為選育低過(guò)敏性的芒果品種提供理論依據(jù)?！痉椒ā刻崛∶⒐麑?shí)和葉片總RNA，構(gòu)建cDNA文庫(kù)，利用Illumina HiSeq 4000進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（測(cè)序讀長(zhǎng)為150 bp），從原始數(shù)據(jù)中篩選獲得Clean reads，并利用Trinity進(jìn)行組裝，得到Unigenes，將其提交至NR數(shù)據(jù)庫(kù)和Pfam數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行功能注釋，從而篩選潛在的過(guò)敏原基因。通過(guò)實(shí)時(shí)熒光定量PCR （q
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年7期2021-11-03
- 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)在單萜生物合成相關(guān)基因分析中的應(yīng)用
之效。關(guān)鍵詞：轉(zhuǎn)錄組;數(shù)據(jù)挖掘;東紫蘇單萜生物合成;相關(guān)基因引言紫蘇主要分為9種化學(xué)型，主要依據(jù)紫蘇醛、檸檬烯、紫蘇酮、異白蘇烯酮、紫蘇烯、香薷酮等單萜的百分含量變化進(jìn)行劃分。由此可見(jiàn)化學(xué)型的劃分主要是依據(jù)主成分含量的變化規(guī)律，因此本研究根據(jù)東紫蘇葉揮發(fā)油主成分1，8-桉葉油醇、α-乙酸松油酯及α-蒎烯、β-蒎烯含量的變化規(guī)律來(lái)劃分化學(xué)型是合理的。1東紫蘇的概述東紫蘇（ElsholtizabodinieriVaniot）又名鳳尾茶、小山茶、云松茶、牙刷草、
科技信息·學(xué)術(shù)版 2021年14期2021-10-21
- 甘蔗NBS-LRR類抗梢腐病基因的篩選及定量表達(dá)分析
mina高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)檢測(cè)高抗梢腐病品種‘粵糖94-128和高感梢腐病品種‘桂糖37號(hào)接種前后NBS-LRR類抗梢腐病基因的表達(dá)情況，然后設(shè)計(jì)引物對(duì)顯著差異表達(dá)基因進(jìn)行不同接種時(shí)期下的熒光定量PCR驗(yàn)證。結(jié)果表明，16個(gè)NBS-LRR類基因在甘蔗葉片受到梢腐病菌侵染后持續(xù)上調(diào)表達(dá)，但表達(dá)趨勢(shì)存在兩種情況，13個(gè)基因在誘導(dǎo)后7 d顯著或極顯著上調(diào)表達(dá)，3個(gè)基因在誘導(dǎo)7 d后上調(diào)表達(dá)不顯著，在誘導(dǎo)14 d后才顯著上調(diào)表達(dá)。據(jù)此可將其分為瞬時(shí)基礎(chǔ)防御基因（
植物保護(hù) 2021年5期2021-10-12
- 鹽脅迫下垂穗披堿草葉片轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析
披堿草葉片進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。結(jié)果表明，共獲得轉(zhuǎn)錄本序列數(shù)量為462 235條，經(jīng)過(guò)注釋分析獲得單基因序列數(shù)量229 597條，這些差異基因涉及氨基酸的合成和代謝、淀粉和蔗糖代謝、類黃酮生物合成、碳代謝和植物激素信號(hào)傳導(dǎo)等途徑，可作為研究垂穗披堿草鹽脅迫響應(yīng)主要研究機(jī)制。熒光定量PCR（qRT-PCR）驗(yàn)證表明，挑選的7個(gè)差異表達(dá)基因的表達(dá)趨勢(shì)與測(cè)序結(jié)果相一致，說(shuō)明測(cè)序結(jié)果準(zhǔn)確可靠。本研究測(cè)序結(jié)果為垂穗披堿草的基因功能分析、分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)和遺傳多樣性研究提供了理
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2021年18期2021-09-28
- 水稻響應(yīng)熱脅迫核心基因的篩選與鑒定
迫條件下的水稻轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，通過(guò)HTSeq和DESeq軟件篩選差異表達(dá)基因;對(duì)其進(jìn)行功能富集和構(gòu)建蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)，鑒定最重要模塊中的核心基因。結(jié)果顯示：水稻熱脅迫0 h、1 h、6 h和12 h條件下，共有278個(gè)差異表達(dá)基因，生物學(xué)過(guò)程主要富集在刺激反應(yīng)和蛋白質(zhì)折疊上;鑒定出含有12個(gè)基因的重要模塊.基因表達(dá)模式顯示重要模塊中7個(gè)核心基因受熱脅迫誘導(dǎo)上調(diào)，推測(cè)這7個(gè)核心基因在水稻響應(yīng)熱脅迫過(guò)程中發(fā)揮關(guān)鍵作用。關(guān)鍵詞： 水稻;高溫脅迫;核心基因;轉(zhuǎn)錄組中圖分
江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年4期2021-09-17
- 擬環(huán)紋豹蛛轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)SSR序列特征分析
基于擬環(huán)紋豹蛛轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，使用微衛(wèi)星鑒定工具軟件（MISA） 挖掘和分析其簡(jiǎn)單序列重復(fù)（SSR）位點(diǎn)。結(jié)果表明：擬環(huán)紋豹蛛轉(zhuǎn)錄組Unigene序列中共檢測(cè)到6474個(gè)SSR位點(diǎn)，平均長(zhǎng)度為12.36 bp，分布于4411條Unigene上。單核苷酸重復(fù)類型為擬環(huán)紋豹蛛轉(zhuǎn)錄組SSR位點(diǎn)的主導(dǎo)基序類型，共5025個(gè)，占總SSR位點(diǎn)的77.62%;在擬環(huán)紋豹蛛轉(zhuǎn)錄組序列識(shí)別的6474個(gè)SSR中共發(fā)現(xiàn)了53種重復(fù)基元，從單核苷酸到五核苷酸重復(fù)基元分別有2種、6種、
山地農(nóng)業(yè)生物學(xué)報(bào) 2021年4期2021-09-13
- 西藏大花紅景天EST-SSR開(kāi)發(fā)及通用性分析
ISA軟件篩選轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的48 790條unigene，開(kāi)發(fā)EST-SSR（表達(dá)序列標(biāo)簽-微衛(wèi)星序列）并對(duì)其通用性進(jìn)行分析，以期為紅景天屬物種的遺傳多樣性研究和分子標(biāo)記輔助育種奠定基礎(chǔ)。結(jié)果表明，共檢測(cè)出10 761個(gè)SSR位點(diǎn)，分布于8 973條unigene中，分布頻率為22.06%，平均分布距離為4.725 kb。優(yōu)勢(shì)重復(fù)基序以單核苷酸、二核苷酸、三核苷酸為主，其中單核苷酸重復(fù)單元以基序A/T為主，共7 167個(gè)，二核苷酸重復(fù)單元以AG/CT為主
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2021年11期2021-07-26
- 軟腐病菌侵染下菜心葉片的轉(zhuǎn)錄組分析
病菌侵染下菜心轉(zhuǎn)錄組功能基因信息，采用BGISEQ-500高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)軟腐病菌侵染下菜心葉片進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，平均每個(gè)樣獲得47.27 M clean reads，Q20值均大于95%，共檢測(cè)到表達(dá)的Unigene為36 760個(gè)，其中已知的有35 327個(gè)，預(yù)測(cè)新Unigene有1 433個(gè);共檢測(cè)出19 549個(gè)新轉(zhuǎn)錄本，其長(zhǎng)度主要集中在300～2000 nt。功能注釋結(jié)果顯示，有32 047個(gè)Unigene在Nr數(shù)據(jù)庫(kù)獲得注釋，其中注釋到蕓薹屬白菜
熱帶作物學(xué)報(bào) 2021年5期2021-07-20
- 水稻幼穗響應(yīng)鹽脅迫的轉(zhuǎn)錄組分析
的幼穗，并進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，以0 h的幼穗為對(duì)照，58M品系在鹽脅迫6 h后檢測(cè)到表達(dá)上調(diào)基因1483個(gè)，下調(diào)基因1085個(gè);鹽脅迫24 h后上調(diào)基因937個(gè)，下調(diào)基因459個(gè)。58L品系在鹽脅迫6 h后有931個(gè)基因上調(diào)，2614個(gè)下調(diào)基因;鹽脅迫24 h后有930個(gè)基因上調(diào)，1299個(gè)下調(diào)基因。通過(guò)韋恩圖分析發(fā)現(xiàn)，鹽脅迫6 h后有178個(gè)基因在58M品系中上調(diào)，在58L中下調(diào);鹽脅迫24 h后有30個(gè)基因在58M品系中上調(diào)，在58L中下調(diào)。
熱帶作物學(xué)報(bào) 2021年5期2021-07-20
- 寄生蜂轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展
關(guān)鍵詞寄生蜂;轉(zhuǎn)錄組;研究進(jìn)展在所有昆蟲種類中，寄生性昆蟲約占20%左右，已知的寄生蜂種類超10萬(wàn)種。寄生蜂分為外寄生和內(nèi)寄生兩類，外寄生是指寄生蜂把卵產(chǎn)在寄主體表，幼蟲孵化后從體表攝取寄主營(yíng)養(yǎng);內(nèi)寄生是把卵產(chǎn)在寄主體內(nèi)，幼蟲孵化后取食寄主體內(nèi)的組織。有些寄生蜂可以導(dǎo)致寄主種群大量個(gè)體死亡，因此應(yīng)用寄生蜂來(lái)防治害蟲在實(shí)際生產(chǎn)中得到了廣泛應(yīng)用。寄生蜂的應(yīng)用價(jià)值使得人們不滿足于對(duì)其生物學(xué)特性的研究，而是研究越來(lái)越深入，逐漸轉(zhuǎn)向分子機(jī)理的研究。盡管新一代測(cè)序技術(shù)
植物保護(hù) 2021年2期2021-04-30
- 玉米自交系響應(yīng)高溫、干旱脅迫的關(guān)鍵基因及通路
的苗期植株進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。玉米自交系響應(yīng)高溫和干旱脅迫的差異表達(dá)基因（DEGs）分別為6 966和6 272個(gè)，在高溫和干旱脅迫下4個(gè)玉米自交系相同的DEGs分別是705和871個(gè)。同時(shí)響應(yīng)高溫和干旱的DEGs有100個(gè)。在耐旱、耐熱性強(qiáng)的玉米自交系中鑒定出18個(gè)特異的DEGs，其中鋅指轉(zhuǎn)錄因子、WRKY轉(zhuǎn)錄因子、GT轉(zhuǎn)錄因子和B2熱激轉(zhuǎn)錄因子在脅迫響應(yīng)中發(fā)揮關(guān)鍵的調(diào)控作用。KEGG通路分析結(jié)果表明，耐旱、耐熱性強(qiáng)玉米自交響應(yīng)高溫干旱脅迫的DEGs富集在生
江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年1期2021-03-25
- 番紅花多柱頭突變體Cs5的轉(zhuǎn)錄組分析
柱頭;突變體;轉(zhuǎn)錄組中圖分類號(hào)：S567.23+9文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A文章編號(hào)：1000-4440（2021）06-1630-03Transcriptome analysis of saffron mutant Cs5 with multiple stigmasLI Jun1，WU Ji-ming2，GAO Guang-chun2，ZHU Zhi-ming3，LI Bai4，JIANG Qi2，ZHOU Hong-yu2（1. School of Modern
江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年6期2021-01-29
- 香樟轉(zhuǎn)錄組基因密碼子偏好性分析
BI網(wǎng)站中香樟轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為材料，利用生物信息學(xué)手段評(píng)價(jià)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)質(zhì)量，選取高質(zhì)量數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄組，去除低質(zhì)量序列，組裝轉(zhuǎn)錄組，預(yù)測(cè)基因結(jié)構(gòu)，再利用自編perl腳本提取以AUG開(kāi)頭的基因序列37 Mb序列34 931個(gè)基因，進(jìn)一步利用CodonW分析基因密碼子偏好性。結(jié)果表明：GC含量的變化范圍為0.273～0.742，均值為0.452;ENC的范圍為26.29～61.00，均值為52.76;CAI的范圍為0.064～0.401，均值為0.199;RSCU值大于
廣西植物 2021年12期2021-01-07
- 黃野螟化學(xué)感受基因的鑒定與分析
蟲觸角和口器的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了測(cè)序，共鑒定到124個(gè)化學(xué)感受基因，包括50個(gè)氣味受體（odorant receptor，OR）基因，19個(gè)離子型受體（ionotropic receptor，IR）基因，17個(gè)味覺(jué)受體（gustatory receptor，GR）基因，19個(gè)氣味結(jié)合蛋白（odorant binding protein，OBP）基因，17個(gè)化學(xué)感受蛋白（chemosensory protein，CSP）基因和2個(gè)感覺(jué)神經(jīng)元膜蛋白（sensory
植物保護(hù) 2021年6期2021-01-04
- 基于卵巢轉(zhuǎn)錄組中華絨螯蟹大規(guī)格親本育苗優(yōu)勢(shì)的分子機(jī)理
次基于卵巢比較轉(zhuǎn)錄組（大規(guī)格與一般規(guī)格）探討中華絨螯蟹大規(guī)格親本潛在的分子優(yōu)勢(shì)。結(jié)果表明：2組共檢測(cè)到8 772個(gè)差異表達(dá)基因（5 307個(gè)上調(diào)，3 465個(gè)下調(diào)），其中43個(gè)常見(jiàn)差異基因出現(xiàn)在與生殖、免疫和生長(zhǎng)相關(guān)的15條通路中。經(jīng)qRT-PCR驗(yàn)證，對(duì)其中9個(gè)相關(guān)基因（包括TRINITY_DN13931_c0_g1、TRINITY_DN1908_c0_g2和TRINITY_DN6686_c0_g1）開(kāi)展進(jìn)一步研究。這些被證實(shí)的常見(jiàn)差異表達(dá)基因主要富集于
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2021年23期2021-01-02
- “三臺(tái)”核桃不同成熟期果實(shí)轉(zhuǎn)錄組分析
桃 ;成熟度;轉(zhuǎn)錄組;基因中圖分類號(hào) S 664.1 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼 A 文章編號(hào) 0517-6611（2020）23-0165-05doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2020.23.041Transcriptome Analysis of Santai Walnut Fruits at Different Ripening StagesHE Na， GENG Shu-xiang， NING De-lu et al（Yunnan Aca
安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年23期2020-12-28
- 基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的西瓜果肉硬度相關(guān)基因表達(dá)分析
型差異，并利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)檢測(cè)2個(gè)品種間差異表達(dá)基因。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，‘甜王西瓜品種果肉硬度是‘京欣3號(hào)西瓜的1.9倍，表型與‘京欣3號(hào)西瓜具有顯著性差異。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果顯示，與‘京欣3號(hào)西瓜相比，‘甜王西瓜樣品有5 342個(gè)基因差異表達(dá)，其中2 360個(gè)基因上調(diào)表達(dá)，2 982個(gè)基因下調(diào)表達(dá)。差異基因主要注釋在碳水化合物代謝、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、脂質(zhì)代謝等途徑，其中與果肉硬度變化的候選基因主要包括果膠酯酶、果膠裂合酶、聚半乳糖醛酸酶、纖維素酶、纖維素合酶、β-半乳糖苷
中國(guó)瓜菜 2020年10期2020-12-14
- 干旱脅迫下野生大豆bHLH家族轉(zhuǎn)錄組分析
片RNA并進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。以基因本體論數(shù)據(jù)庫(kù)（GO）、京都基因與基因組百科全書數(shù)據(jù)庫(kù)（KEGG）、NCRI蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)（NR）注釋的結(jié)果為基礎(chǔ)，以bHLH轉(zhuǎn)錄因子為關(guān)鍵詞進(jìn)行篩選，再綜合轉(zhuǎn)錄因子分析中提供的相關(guān)數(shù)據(jù)，共獲得177條相關(guān)序列，包括64個(gè)bHLH家族成員。通過(guò)蛋白網(wǎng)絡(luò)互作分析確定了4個(gè)干旱相關(guān)基因。為進(jìn)一步研究野生大豆干旱脅迫下bHLH家族抗旱基因提供了理論基礎(chǔ)。關(guān)鍵詞：野生大豆;轉(zhuǎn)錄組;干旱脅迫;bHLH;顯著差異表達(dá)基因;轉(zhuǎn)錄因子中圖分類號(hào)：
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年19期2020-12-09
- 基于轉(zhuǎn)錄組序列的羊肚菌EST-SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)與遺傳多樣性分析
析。結(jié)果表明，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序共獲得73 781條Unigene序列，其中25 461條Unigene序列中含有41 814個(gè)簡(jiǎn)單重復(fù)序列（Simple sequence repeats， SSR）位點(diǎn)，SSR位點(diǎn)發(fā)生頻率為34.51%，平均分布距離為2.51 kb。優(yōu)勢(shì)重復(fù)序列類型為單核苷酸，占總SSR位點(diǎn)數(shù)量的51.39%，其次為三核苷酸和二核苷酸，分別占總SSR位點(diǎn)數(shù)量的28.04%和13.35%。A/T、AG/TC、AGC/TCG分別是單核苷酸、二核苷酸
江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2020年5期2020-12-09
- 多殺菌素影響下黑斑側(cè)褶蛙皮膚轉(zhuǎn)錄組分析
研究對(duì)象，通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的方法研究差異基因的功能和富集通路，預(yù)測(cè)多殺菌素對(duì)黑斑側(cè)褶蛙皮膚基因表達(dá)的影響。關(guān)鍵詞：多殺菌素;黑斑側(cè)褶蛙;轉(zhuǎn)錄組中圖分類號(hào)：X174文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A ? ?文章編號(hào)：1003-2177（2020）12-0109-020引言多殺菌素（Spinosad），又名刺糖菌素，是由好氧型革蘭氏陽(yáng)性土壤放線菌刺糖多孢菌（Saccharopoly-spora spinosa）發(fā)酵液中提取的一種大環(huán)內(nèi)酯類無(wú)公害高效生物殺蟲劑，沒(méi)有抑菌活性，但有殺蟲
海外文摘·學(xué)術(shù) 2020年12期2020-12-06
- 云南火焰蘭轉(zhuǎn)錄組SSR分布及其序列特征分析
分析云南火焰蘭轉(zhuǎn)錄組中SSR分布及其序列分布特征，為大量開(kāi)發(fā)EST-SSR引物及開(kāi)展火焰蘭屬乃至蘭科植物的SSR遺傳多樣性分析、種質(zhì)資源評(píng)價(jià)、遺傳圖譜構(gòu)建及遺傳育種提供理論依據(jù)?！痉椒ā恳栽颇匣鹧嫣m無(wú)菌苗幼嫩葉片為材料，利用高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，使用Trinity對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行de novo組裝，并以MISA對(duì)獲得的Unigene進(jìn)行SSR位點(diǎn)搜索，然后利用Excel 2010對(duì)云南火焰蘭轉(zhuǎn)錄組中SSR出現(xiàn)頻率、平均分布距離、基元類型及其重復(fù)類型組
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2020年7期2020-11-09
- 脊尾白蝦低鹽轉(zhuǎn)錄組信息挖掘
icauda）轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序及分析，篩選出低鹽脅迫下差異表達(dá)顯著的基因并進(jìn)行實(shí)時(shí)定量驗(yàn)證，同時(shí)進(jìn)行KEGG通路富集分析，挖掘低鹽脅迫相關(guān)信號(hào)通路，以期闡明脊尾白蝦在低鹽環(huán)境下的生理調(diào)控機(jī)制。轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn)，脊尾白蝦機(jī)體可能通過(guò)磺基轉(zhuǎn)移酶活性的變化來(lái)調(diào)控類固醇、激素水平。表皮蛋白AMP5樣的表達(dá)量的變化表明低鹽脅迫可能影響脊尾白蝦節(jié)間膜的形成。低鹽脅迫試驗(yàn)實(shí)時(shí)定量結(jié)果顯示，基因在鰓、肝胰腺和肌肉中的表達(dá)情況各有不同，并隨時(shí)間的變化，基因的表達(dá)量也會(huì)有所波動(dòng)
安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年19期2020-11-02
- 藤茶高通量轉(zhuǎn)錄組分析及黃酮類化合物合成相關(guān)基因挖掘
對(duì)藤茶葉片進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，經(jīng)過(guò)濾處理后運(yùn)用Trinity組裝，將獲得的Unigene與Nr、Nt、Pfam、Swiss-Prot、GO、KO和KOG 7個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)注釋，并預(yù)測(cè)Unigenes的編碼區(qū)序列（CDS）;基于KEGG信號(hào)通路富集分析，發(fā)掘藤茶黃酮類化合物合成相關(guān)基因?！窘Y(jié)果】藤茶葉片轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得82126236條原始測(cè)序序列（Raw reads），過(guò)濾處理后得到80156972條高質(zhì)量序列（Clean reads），進(jìn)一步組裝拼接得到92
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2020年8期2020-11-02
- 牛大力淀粉酶基因家族的生物信息學(xué)分析
大的牛大力根的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果，采用生物信息學(xué)技術(shù)對(duì)篩選到的28 個(gè)牛大力淀粉酶基因進(jìn)行分析。結(jié)果表明：28 個(gè)牛大力淀粉酶相關(guān)蛋白基因編碼的氨基酸序列分子量為20.78～349.39 KDa;均為酸性蛋白部分;部分亞細(xì)胞定位在葉綠體;具有PLN02784 super family、AmyAc-family super family結(jié)構(gòu)域;二級(jí)結(jié)構(gòu)中除MsAm1、MsAm7、MsAm8、MsAm15、MsAm16、MsAm22、MsAm23、MsAm28中α
廣西植物 2020年9期2020-11-02
- 紅鰭東方鲀與雜交鲀的性腺轉(zhuǎn)錄組比較分析
和精巢組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明：通過(guò)分析與篩選共得到差異表達(dá)基因（DEGs）4 157個(gè)（卵巢組織）和8 260個(gè)（精巢組織）。其中卵巢組織樣本（O_2vsO_1）中表達(dá)上調(diào)的差異基因有1 912個(gè)，表達(dá)下調(diào)的有2 245個(gè);精巢組織樣本（T_2vsT_1）中表達(dá)上調(diào)的差異基因有4 234個(gè)，表達(dá)下調(diào)的有4 026個(gè)。通過(guò)GO功能注釋與KEGG富集分析，在卵巢組織樣本中（O_2vsO_1），差異表達(dá)基因主要?dú)w納為93個(gè)功能類別與153條
安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年18期2020-10-09
- 羅氏沼蝦轉(zhuǎn)錄組密碼子使用偏好性分析
?以羅氏沼蝦轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為數(shù)據(jù)來(lái)源，通過(guò)研究羅氏沼蝦轉(zhuǎn)錄組的密碼子使用參數(shù)（如有效密碼子的數(shù)量和相關(guān)密碼子堿基的具體組成信息等），并且采用Codon W 1.4.4深入開(kāi)展了統(tǒng)計(jì)和計(jì)算。研究結(jié)果顯示，同義密碼子第三位核苷酸和表達(dá)基因密碼子GC含量均值分別為0.40和0.45。從整體上看，ENC的平均值等于52.72，其中絕大部分的ENC值小于35。采用高頻密碼子的研究方法獲得GAU、GAA、UUU、AAU、CCA等5個(gè)高頻密碼子。通過(guò)最優(yōu)碼子分析法確定16
現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技 2020年16期2020-09-15
- Wolbachia對(duì)土耳其斯坦葉螨生殖影響的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析
坦葉螨品系進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。結(jié)果表明：感染W(wǎng)olbachia后，葉螨體內(nèi)一些與生殖相關(guān)的基因發(fā)生明顯變化，其中3 810個(gè)基因在雌成螨中受到影響，2 885個(gè)基因在雄成螨中受到影響;其中一些參與脂質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)、氧化還原反應(yīng)、消化及解毒作用的基因具有明顯的性別特異性。這為內(nèi)共生菌Wolbachia引起宿主生殖調(diào)控提供了新的理論依據(jù)。關(guān)鍵詞 土耳其斯坦葉螨; Wolbachia; 轉(zhuǎn)錄組; 生殖調(diào)控中圖分類號(hào)：S 476文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼： ADOI： 10.16688/j.
植物保護(hù) 2020年4期2020-08-25
- 懷菊轉(zhuǎn)錄組中SSR位點(diǎn)信息分析
魏碩摘要：以轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，利用MISA軟件對(duì)簡(jiǎn)單重復(fù)序列（simple sequence repeat，簡(jiǎn)稱SSR）進(jìn)行檢測(cè)及分析，分析懷菊轉(zhuǎn)錄組中的SSR位點(diǎn)信息，并設(shè)計(jì)SSR引物，為后期SSR標(biāo)記的開(kāi)發(fā)和物種遺傳多樣性檢測(cè)等提供參考。結(jié)果表明，共檢測(cè)到8 553個(gè)SSR位點(diǎn)，它們分布在 7 369 條Unigene中，出現(xiàn)頻率為2.83%，SSR位點(diǎn)的發(fā)生頻率為2.44%;其中單核苷酸重復(fù)基序最多、其次為三核苷酸重復(fù)基序。懷菊轉(zhuǎn)錄組基序長(zhǎng)度主
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年11期2020-08-04