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        寄生蜂轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展

        2021-04-30 09:03:12劉敏劉愛(ài)萍韓海斌
        植物保護(hù) 2021年2期
        關(guān)鍵詞:轉(zhuǎn)錄組寄生蜂研究進(jìn)展

        劉敏 劉愛(ài)萍 韓海斌

        關(guān)鍵詞寄生蜂;轉(zhuǎn)錄組;研究進(jìn)展

        在所有昆蟲(chóng)種類(lèi)中,寄生性昆蟲(chóng)約占20%左右,已知的寄生蜂種類(lèi)超10萬(wàn)種。寄生蜂分為外寄生和內(nèi)寄生兩類(lèi),外寄生是指寄生蜂把卵產(chǎn)在寄主體表,幼蟲(chóng)孵化后從體表攝取寄主營(yíng)養(yǎng);內(nèi)寄生是把卵產(chǎn)在寄主體內(nèi),幼蟲(chóng)孵化后取食寄主體內(nèi)的組織。有些寄生蜂可以導(dǎo)致寄主種群大量個(gè)體死亡,因此應(yīng)用寄生蜂來(lái)防治害蟲(chóng)在實(shí)際生產(chǎn)中得到了廣泛應(yīng)用。寄生蜂的應(yīng)用價(jià)值使得人們不滿(mǎn)足于對(duì)其生物學(xué)特性的研究,而是研究越來(lái)越深入,逐漸轉(zhuǎn)向分子機(jī)理的研究。盡管新一代測(cè)序技術(shù)(next-generation sequencing,NGS)具有快速、高效、經(jīng)濟(jì)等優(yōu)點(diǎn),但由于重視程度不夠,經(jīng)費(fèi)資助力度不足或其他原因,對(duì)于大多數(shù)生物而言,全基因組測(cè)序仍較為困難。為此,針對(duì)這些生物,研究人員提出了簡(jiǎn)化基因組的測(cè)序策略。例如轉(zhuǎn)錄組測(cè)序成為研究基因表達(dá)的主要手段。轉(zhuǎn)錄組一般情況下指的是一定的生理狀態(tài)下,細(xì)胞中mRNA,rRNA,tRNA以及包括不編碼蛋白質(zhì)的non-coding RNA在內(nèi)的全部轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合,能夠反映生命體在不同生長(zhǎng)發(fā)育階段、不同器官組織、不同生理生化狀態(tài)與不同生存環(huán)境下基因的表達(dá)模式。轉(zhuǎn)錄組是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的必然紐帶,轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是目前研究最多的,也是生物體最重要的調(diào)控方式。對(duì)昆蟲(chóng)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究,為研究人員對(duì)害蟲(chóng)防治、藥物開(kāi)發(fā)、疾病防治、昆蟲(chóng)譜系地理學(xué)、生物進(jìn)化等方面進(jìn)行進(jìn)一步研究提供了機(jī)會(huì)。如灰飛虱Laodelphax striatellus轉(zhuǎn)錄組信息揭示了其傳毒機(jī)制,煙粉虱Bemisia tabaci轉(zhuǎn)錄組圖譜為其抗藥性研究提供了依據(jù)。近些年來(lái),生物防治領(lǐng)域越來(lái)越多地應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序去揭示寄生蜂與寄主問(wèn)的互作機(jī)制。如,對(duì)于模式物種黑腹果蠅Drosophila melanogaster,鱗翅目害蟲(chóng)小菜蛾P(guān)lu-tella xylostella、二化螟Chilo suppressalis,鞘翅目害蟲(chóng)黃粉蟲(chóng)Tenebrio molitor,半翅目害蟲(chóng)煙粉虱Bemisia tabaci等害蟲(chóng),其寄生蜂調(diào)控機(jī)制的研究越來(lái)越廣泛、深入。

        早期完成的寄生蜂基因組測(cè)序種類(lèi)少,對(duì)寄生蜂基因家族的研究主要依賴(lài)于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),以此來(lái)完成對(duì)某個(gè)基因家族或者某一類(lèi)基因家族的研究,如化學(xué)感受蛋白(chemosensory protein,CSPs),氣味結(jié)合蛋白(odorant binding protein,OBPs),氣味受體(olfactory receptor,ORs)等單個(gè)基因家族等。

        目前國(guó)內(nèi)外研究較多的是寄生蜂與其寄主的關(guān)系。寄生蜂能夠在寄主體內(nèi)存活,必須克服寄主本身的免疫?;诮M學(xué)的寄生蜂與寄主免疫的互作分析,是當(dāng)前昆蟲(chóng)免疫學(xué)研究的一個(gè)熱點(diǎn)。已有研究人員利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù),從基因的整體表達(dá)水平上,闡述寄主感染寄生蜂后所引起的自身免疫系統(tǒng)激活特征。反顎繭蜂Asobara tabida寄生黑腹果蠅后,半閉彎尾姬蜂Diadegma semiclausum寄生小菜蛾后,蝶蛹金小蜂Pteromalus puparum寄生菜粉蝶Pieris rapae后,寄主免疫基因會(huì)出現(xiàn)差異表達(dá)。也有通過(guò)采用小范圍定向篩選基因的方法,鑒定果蠅參與應(yīng)對(duì)匙胸癭蜂Leptopilina bou-lardi免疫反應(yīng)的基因。

        農(nóng)業(yè)害蟲(chóng)對(duì)農(nóng)作物造成了巨大的損失,寄生蜂在害蟲(chóng)生物防治中發(fā)揮了重要作用,其中繭蜂科Braconidae和小蜂總科Chalcidoidea是最主要的2個(gè)寄生農(nóng)業(yè)害蟲(chóng)的科,目前對(duì)寄生蜂的研究也主要集中在這2個(gè)科。寄生蜂與寄主昆蟲(chóng)的相互作用主要體現(xiàn)在以下幾方面:首先,寄生蜂搜尋、定位寄主昆蟲(chóng)的過(guò)程中,其化學(xué)感受基因起著重要作用。其次,在發(fā)現(xiàn)寄主后,寄生蜂將卵產(chǎn)于寄主體內(nèi),子代首先需要通過(guò)多種寄生因子克服寄主的免疫系統(tǒng),并與寄主的免疫相關(guān)基因發(fā)生相互作用。第三,寄生蜂成功寄生于寄主體內(nèi)后,對(duì)寄主生長(zhǎng)發(fā)育產(chǎn)生的影響。另外,對(duì)寄生蜂滯育的研究,有利于擴(kuò)繁寄生蜂,并延長(zhǎng)產(chǎn)品的貨架期,更有利于寄生蜂的應(yīng)用。本文主要對(duì)寄生蜂轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序概況及在寄生蜂不同方面的研究應(yīng)用進(jìn)行總結(jié)和概括,以期為寄生蜂轉(zhuǎn)錄組的進(jìn)一步研究和應(yīng)用提供新思路。

        1寄生蜂化學(xué)感受基因鑒定

        在復(fù)雜的環(huán)境中,昆蟲(chóng)需利用不同的感受模式(嗅覺(jué)、視覺(jué)、觸覺(jué)和聽(tīng)覺(jué))來(lái)精準(zhǔn)定位寄主及配偶,在昆蟲(chóng)的搜尋行為中,敏銳的化學(xué)感受系統(tǒng)是極其重要的工具。這個(gè)化學(xué)感受系統(tǒng)主要涉及氣味結(jié)合蛋白(OBPs)、嗅覺(jué)受體(ORs)、氣味降解酶(ODEs)等化學(xué)感受蛋白。研究發(fā)現(xiàn),害蟲(chóng)為害植物能夠刺激植物分泌揮發(fā)性信息物質(zhì),而這些物質(zhì)又可以吸引寄生蜂等天敵來(lái)對(duì)付害蟲(chóng),進(jìn)而發(fā)揮自然天敵的生防控害功能。寄生蜂體內(nèi)的嗅覺(jué)相關(guān)蛋白在感知植物信號(hào),發(fā)現(xiàn)、寄生和取食靶標(biāo)害蟲(chóng)這一系列活動(dòng)中,都發(fā)揮其特有的功能。寄生蜂和寄主的關(guān)系與寄生蜂的實(shí)際應(yīng)用密切相關(guān),而化學(xué)感受基因是聯(lián)系兩者的關(guān)鍵,鑒定寄生蜂的化學(xué)感受基因是研究其功能的第一步,因此,對(duì)化學(xué)感受基因的鑒定十分必要。

        化學(xué)感受基因僅在很少的寄生蜂物種中得到鑒定,包括菜蛾盤(pán)絨繭蜂Cotesia vestalis、中紅側(cè)溝繭蜂Microplitis mediator、腰帶長(zhǎng)體繭蜂Macrocen-trus cingulum、班氏跳小蜂Aenasius bambawa-lei,這使得對(duì)其功能的研究受到一定的限制。廖成武根據(jù)已有的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)鑒定出斑痣懸繭蜂Meteorus pulchricornis多種化學(xué)感受基因,利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方法鑒定出斑痣懸繭蜂觸角和產(chǎn)卵器中的OBPs基因、CSPs基因、SNMPs基因、IRs基因、ORs基因等5種嗅覺(jué)相關(guān)基因,在觸角轉(zhuǎn)錄組鑒定出CX-Es基因和GSTs基因。Kang等通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)構(gòu)建了煙蚜繭蜂Aphidius gi fuensis Ashmaed觸角轉(zhuǎn)錄組,并結(jié)合生物信息學(xué)分析鑒定出62個(gè)ORs基因、15個(gè)GRs基因和23個(gè)IRs基因。ORs在氣味和信息素的感受中具有重要作用。研究人員在斑痣懸繭蜂觸角轉(zhuǎn)錄組中鑒定出99個(gè)ORs基因,麗蠅蛹集金小蜂N(xiāo)asonia vitripennis(Walker)觸角轉(zhuǎn)錄組中鑒定出301個(gè)ORs基因,腰帶長(zhǎng)體繭蜂中鑒定出109個(gè)ORs基因,松褐天牛腫腿蜂Sclerodermus alternatusi Yang中鑒定出8個(gè)ORs基因。

        4寄生蜂對(duì)寄主生長(zhǎng)發(fā)育的調(diào)控作用

        常見(jiàn)的寄生蜂調(diào)控寄主的途徑包括發(fā)育歷期、激素水平、蛋白質(zhì)分泌以及神經(jīng)信號(hào)傳遞等生理過(guò)程。抑制寄主發(fā)育或促進(jìn)寄主早熟變態(tài)是主要的調(diào)控方式。但任何一種方式的最終目的都是使寄生蜂和寄主保持同步發(fā)育。有研究表明,寄生蜂能夠調(diào)節(jié)改造被寄生的蚜蟲(chóng)的生理、代謝、生物合成、免疫功能,使得蚜蟲(chóng)體內(nèi)環(huán)境適合于寄生蜂的生長(zhǎng)發(fā)育。

        Zhang等研究發(fā)現(xiàn),被寄生蜂寄生的棉蚜Aphis gossypii Glover與未被寄生的棉蚜相比,幾乎所有與甘油酸三酯合成相關(guān)的基因都發(fā)生了上調(diào)表達(dá),多數(shù)達(dá)到顯著上調(diào)水平,進(jìn)一步證明了寄生蜂可調(diào)節(jié)寄主脂質(zhì)合成這一結(jié)論。高雪珂對(duì)被棉蚜繭蜂寄生的棉蚜進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,重點(diǎn)分析了甘油磷脂、鞘磷脂及甘油脂質(zhì)代謝途徑和脂肪酸合成途徑。研究結(jié)果表明,在被寄生的棉蚜體內(nèi),這些途徑中關(guān)鍵基因顯著上調(diào)表達(dá),Goan增加7.8倍,溶血磷脂合成基因(Agpat3、Cdsl、Lpgatl、Pgs1和Pla2g2e)表達(dá)量顯著上升。溶血磷脂具有神經(jīng)毒性作用,低劑量時(shí)可使細(xì)胞溶解。棉蚜繭蜂通過(guò)調(diào)節(jié)棉蚜生理環(huán)境,促進(jìn)寄生蜂利用寄主營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)。有研究報(bào)道,在被寄生蜂寄生的蚜蟲(chóng)體內(nèi),糖酵解途徑中所有脂代謝相關(guān)基因均顯著上調(diào)表達(dá)。此外,寄生作用還能促進(jìn)寄主糖酵解和三羧酸循環(huán)。結(jié)合轉(zhuǎn)錄組信息,發(fā)現(xiàn)棉蚜被棉蚜繭蜂寄生后,脂肪酸合成通路相關(guān)基因被激活。

        芳基貯存蛋白(arylphorin)是昆蟲(chóng)變態(tài)過(guò)程中的貯存蛋白,主要在末齡幼蟲(chóng)期大量合成。研究表明,煙芽夜蛾Heliothis virescens幼蟲(chóng)被藏紅足側(cè)溝繭蜂Microplitis croceipes寄生后芳基貯存蛋白轉(zhuǎn)錄水平顯著降低,發(fā)育延緩。

        5寄生蜂滯育的研究

        昆蟲(chóng)在滯育期問(wèn)特異性表達(dá),而在非滯育階段不表達(dá)或表達(dá)極微量的一類(lèi)蛋白質(zhì),如貯藏蛋白、抗凍蛋白、熱休克蛋白、分子伴侶及酶等,被稱(chēng)為滯育關(guān)聯(lián)蛋白,它們?cè)跍ハx(chóng)的能量代謝、表皮黑化、脂肪積累、免疫調(diào)節(jié)等生命活動(dòng)中發(fā)揮重要作用。在對(duì)滯育關(guān)聯(lián)蛋白進(jìn)行研究的同時(shí),也逐漸開(kāi)始應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)探索編碼蛋白的基因以及小型寄生蜂的滯育遺傳機(jī)制。在生物防治領(lǐng)域中,天敵昆蟲(chóng)的滯育是大規(guī)模人工擴(kuò)繁天敵昆蟲(chóng)一個(gè)重要的實(shí)踐問(wèn)題。一方面,天敵昆蟲(chóng)存活期較短,擴(kuò)繁周期較長(zhǎng),導(dǎo)致天敵在害蟲(chóng)發(fā)生前就已死亡,或害蟲(chóng)發(fā)生時(shí)沒(méi)有天敵可用;另一方面,人工擴(kuò)繁的天敵昆蟲(chóng)在低溫下儲(chǔ)存的有效儲(chǔ)存時(shí)問(wèn)較短,而將人工擴(kuò)繁的天敵昆蟲(chóng)以滯育狀態(tài)進(jìn)行儲(chǔ)存,在田問(wèn)釋放前再解除滯育,不影響其生命力且存活率高。因此,通過(guò)對(duì)天敵昆蟲(chóng)的滯育研究,可達(dá)到調(diào)控天敵昆蟲(chóng)生長(zhǎng)發(fā)育、延長(zhǎng)儲(chǔ)存期、提高抗逆性等目的。目前對(duì)于天敵昆蟲(chóng)的滯育誘導(dǎo)主要是通過(guò)溫度和光照條件的共同作用,誘導(dǎo)蟲(chóng)體進(jìn)入滯育,但這樣的方法耗時(shí)長(zhǎng),效率低,不利于大規(guī)模擴(kuò)繁天敵昆蟲(chóng)。通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,從滯育的分子機(jī)理人手,通過(guò)分析滯育相關(guān)的基因,可以為滯育誘導(dǎo)提供一種新的思路,從而更好地應(yīng)用天敵控制害蟲(chóng)。

        2014年Chen等對(duì)編碼麥蛾柔繭蜂Habrobra-COn hebetor Say熱休克蛋白Hsp70的3個(gè)基因(HhHsp70Ⅰ、HhHsp70Ⅱ及HhHsp70Ⅲ)進(jìn)行了測(cè)序并對(duì)它們的表達(dá)特征進(jìn)行研究,結(jié)果發(fā)現(xiàn)當(dāng)飼養(yǎng)條件改變時(shí)3個(gè)基因的表達(dá)量的變化不完全相同。通過(guò)RNA干擾技術(shù)干擾麗蠅蛹集金小蜂的生物鐘基因period,發(fā)現(xiàn)短光照不能誘導(dǎo)小蜂滯育,但低溫仍然可以誘導(dǎo)小蜂進(jìn)入滯育狀態(tài),由此可以推測(cè)生物鐘基因period不直接決定麗蠅蛹集金小蜂滯育,而是影響其對(duì)光周期的感應(yīng)。2017年,安濤等對(duì)煙蚜繭蜂正常發(fā)育、滯育、滯育解除組樣本進(jìn)行De novo雙端測(cè)序,根據(jù)測(cè)序結(jié)果,共獲取40 477個(gè)unigene,非滯育組與滯育組差異表達(dá)基因458個(gè),滯育組與滯育解除組差異表達(dá)基因298個(gè),進(jìn)一步篩選出滯育組與非滯育組及滯育解除組差異顯著、但非滯育組與滯育解除組無(wú)顯著差異的滯育關(guān)聯(lián)基因59個(gè),對(duì)這59個(gè)滯育關(guān)聯(lián)基因進(jìn)行GO富集分析與KEGG通路表達(dá)分析,根據(jù)功能注釋發(fā)現(xiàn)這些滯育關(guān)聯(lián)基因與煙蚜繭蜂自身防御、耐寒性、脂類(lèi)代謝、表皮黑化、轉(zhuǎn)錄調(diào)控等途徑相關(guān),是影響煙蚜繭蜂滯育進(jìn)程的重要調(diào)控和參與基因。

        6寄生蜂寄生后寄主神經(jīng)肽的研究

        對(duì)寄生蜂寄生后寄主神經(jīng)肽的研究,其實(shí)是研究寄生蜂對(duì)寄主發(fā)育調(diào)控的影響。在昆蟲(chóng)所有的器官中幾乎都有神經(jīng)肽參與作用,調(diào)控器官狀態(tài)和影響它們的功能。在昆蟲(chóng)生長(zhǎng)和發(fā)育的許多方面,都有神經(jīng)肽的參與,調(diào)控昆蟲(chóng)的生理活動(dòng),比如促前胸腺激素(prothoracicotropic hormone,PTTH)和鞣化激素(bursicon)等與昆蟲(chóng)的蛻皮行為有關(guān),neuropeptide F(NPF)和short neuropeptideF(sNPF)等可對(duì)昆蟲(chóng)的覓食和取食行為起到調(diào)節(jié)作用等。董帥應(yīng)用Illumina測(cè)序技術(shù)對(duì)被菜蛾盤(pán)絨繭蜂寄生的小菜蛾腦組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,拼接后得到42 441個(gè)unigene序列。基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果的物種分布發(fā)現(xiàn),同源序列主要集中在已完成基因組測(cè)序且生物信息學(xué)較為成熟的物種。根據(jù)小菜蛾腦組織轉(zhuǎn)錄組Nr注釋結(jié)果,找到19種神經(jīng)肽基因的同源序列,通過(guò)反轉(zhuǎn)錄驗(yàn)證了其中6個(gè)神經(jīng)肽基因的存在,包括A型咽側(cè)體抑制肽AstA、咽側(cè)體活化肽AT、鞣化激素BUR及PBUR,促前胸腺激素PTTH和類(lèi)甲殼心律肽CCAP。

        小菜蛾幼蟲(chóng)被菜蛾盤(pán)絨繭蜂寄生與假寄生后,對(duì)其神經(jīng)肽基因轉(zhuǎn)錄趨勢(shì)進(jìn)行研究發(fā)現(xiàn),神經(jīng)肽基因的轉(zhuǎn)錄規(guī)律與小菜蛾幼蟲(chóng)不同齡期的蛻皮活動(dòng)相關(guān)。小菜蛾被菜蛾盤(pán)絨繭蜂寄生后的神經(jīng)肽轉(zhuǎn)錄水平可以分為轉(zhuǎn)錄水平下調(diào)型和轉(zhuǎn)錄水平上調(diào)型。小菜蛾被假寄生后的神經(jīng)肽分為轉(zhuǎn)錄水平平穩(wěn)型和轉(zhuǎn)錄水平波動(dòng)型。通過(guò)對(duì)未寄生、寄生與假寄生的轉(zhuǎn)錄水平規(guī)律比較發(fā)現(xiàn),小菜蛾幼蟲(chóng)被菜蛾盤(pán)絨繭蜂寄生或假寄生后,某些神經(jīng)肽基因轉(zhuǎn)錄受到影響,且轉(zhuǎn)錄峰出現(xiàn)的時(shí)問(wèn)被推遲,但是轉(zhuǎn)錄趨勢(shì)不變。

        7展望

        轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)的應(yīng)用,對(duì)深入了解寄生蜂生物學(xué)現(xiàn)象、生理過(guò)程、寄生后寄主發(fā)育趨勢(shì)的預(yù)測(cè)等有著至關(guān)重要的作用,這些理論基礎(chǔ)的掌握,可以幫助我們更好、更高效地利用寄生蜂控制害蟲(chóng)?;诋?dāng)前寄生蜂轉(zhuǎn)錄組的研究現(xiàn)狀,結(jié)合國(guó)內(nèi)外昆蟲(chóng)領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)以及應(yīng)用寄生蜂防控農(nóng)林害蟲(chóng)的需求,本研究提出2個(gè)關(guān)于寄生蜂轉(zhuǎn)錄組在未來(lái)研究中應(yīng)重視的方面,以期對(duì)寄生蜂轉(zhuǎn)錄組的研究與應(yīng)用提供思路。

        一是加強(qiáng)寄生蜂轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、代謝組等多組學(xué)結(jié)合的研究。目前多組學(xué)結(jié)合對(duì)昆蟲(chóng)進(jìn)行研究已經(jīng)有了較廣泛的應(yīng)用。2017年,Zhao等通過(guò)對(duì)二斑葉螨Tetranychus urticae滯育與非滯育成蟲(chóng)轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析,確定了ca信號(hào)通路在其滯育調(diào)控中的實(shí)際作用;2016年,Qiu等對(duì)褐飛虱Nilaparvata lugens進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析,研究了與繁殖力相關(guān)基因的功能,為褐飛虱的防治提供了參考靶標(biāo)基因。在寄生蜂的研究中,目前只有轉(zhuǎn)錄組與蛋白組聯(lián)合分析揭示煙蚜繭蜂的滯育機(jī)制。應(yīng)用多組學(xué)聯(lián)合分析將更有利于對(duì)寄生蜂分子機(jī)制的研究。

        二是探索針對(duì)寄生蜂的第3代測(cè)序技術(shù)應(yīng)用研究。第2代測(cè)序技術(shù)衍生出的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)被廣泛應(yīng)用于分子機(jī)理的研究,目前一種新型測(cè)序技術(shù)一第3代測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)又為基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)及DNA甲基化等研究注入了新活力。第3代測(cè)序技術(shù)已經(jīng)在轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中成功應(yīng)用于人類(lèi)造血組細(xì)胞中的巨核細(xì)胞以及一些蘑菇狀真菌種類(lèi)中,但尚未見(jiàn)到第3代測(cè)序技術(shù)在寄生蜂轉(zhuǎn)錄組中的應(yīng)用。第3代測(cè)序技術(shù)相較第2代測(cè)序技術(shù)具有通量更高、速度更快、讀長(zhǎng)更長(zhǎng)、假陽(yáng)性率更低等諸多優(yōu)點(diǎn),在未來(lái)寄生蜂研究中有著巨大的發(fā)展?jié)摿Α?/p>

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