基因簇
- 植物乳植桿菌YZH81 胞外多糖基因簇的功能鑒定
菌EPS 合成基因簇的大小通常為15～20 kb，所含基因數(shù)不超過30 個，這些基因往往方向相同并以單個mRNA的形式轉(zhuǎn)錄。植物乳植桿菌來源的EPS 合成基因簇研究報道也較多，目前結(jié)果顯示植物乳植桿菌的EPS合成基因簇類型為莢膜多糖基因簇（cpscluster），不同菌株基因組通常含有1～4 個cps基因簇[16]。一個典型的cps基因簇結(jié)構(gòu)上可以分為四個功能區(qū)域，即鏈長調(diào)節(jié)、組裝、合成和輸出區(qū)域，多個基因共同完成EPS 重復(fù)單元的合成、聚合和輸出。植物乳
食品工業(yè)科技 2023年23期2023-12-03
- miR-17-92 基因簇對骨肉瘤細胞增殖侵襲的影響
-17-92 基因簇分布在人13q31.3 染色體，包括miR-17、miR-18a、miR-19a/b 等共7 個成熟miRNA，屬于原癌基因miRNA 代表，參與多種惡性腫瘤發(fā)生、進展［7，8］。miR-17-92 基因簇被發(fā)現(xiàn)在人胃癌組織中高表達，與腫瘤直徑、TNM 分期有關(guān)；其過表達可能通過上調(diào)Integrin β1 表達、增強基質(zhì)金屬蛋白酶（matrix metalloproteinase,MMP）-2 活性以促MGC-803 細胞侵襲［9］。有
中國矯形外科雜志 2023年17期2023-09-15
- 微生物中自抗性基因?qū)虻幕蚪M挖掘及其在天然產(chǎn)物發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用
價值的生物合成基因簇?；?span id="vn5x5pd" class="hl">基因簇中各個基因的功能，可以對天然產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)信息進行預(yù)測，從而助力研究人員實現(xiàn)目標天然產(chǎn)物的針對性分離。若基因簇在原始產(chǎn)生菌中不表達或表達量低，則可通過引入強啟動子、敲除轉(zhuǎn)錄抑制因子、過表達轉(zhuǎn)錄激活因子、異源表達或報告基因指導(dǎo)下的突變株篩選（reporter-guided mutant selection，RGMS）等策略對該基因簇進行激活，以獲得其表達產(chǎn)物[3-5]。目前基因組挖掘的主要手段之一是基于核心酶進行挖掘。由于催化同一
藥學(xué)進展 2023年4期2023-06-26
- 日本學(xué)者發(fā)現(xiàn)新穎環(huán)狀肽化合物KK-1 的生物合成基因簇
1）的生物合成基因簇，并發(fā)現(xiàn)可通過基因改造使該化合物的產(chǎn)率提高約2 倍。環(huán)狀肽化合物在醫(yī)藥領(lǐng)域廣受關(guān)注，但由于這類化合物結(jié)構(gòu)復(fù)雜，難以通過化學(xué)合成廉價生產(chǎn)，目前還未作為農(nóng)藥進行開發(fā)。已知KK-1 對多種植物病原菌，特別是灰霉病菌具有很高的生物活性。該研究通過對構(gòu)建的基因缺失和過表達菌株進行分析，成功鑒定出參與KK-1 生物合成的基因簇，為未來實現(xiàn)KK-1 的大規(guī)模生產(chǎn)提供了新途徑。
世界農(nóng)藥 2023年2期2023-04-15
- 兩株婁徹氏鏈霉菌基因組分析
謝產(chǎn)物生物合成基因簇，并對次級代謝產(chǎn)物生物合成基因簇進行分析。1.2.5 基因組同源分析通過 NCBI網(wǎng)站（http://www.ncbi.nlm.nin.gov）下載3株婁徹氏鏈霉菌全基因組序列，Streptomyces rochei7434AN4（NZAP018517.1/AP018517.1）、StreptomycesrocheiNS1（JAJIRV000000000.1）和Streptomyces rocheiSID8161（JAAGMZ00000
塔里木大學(xué)學(xué)報 2022年4期2022-12-24
- CHRNA5-A3-B4基因簇與吸煙行為的相關(guān)性研究進展
5-A3-B4基因簇緊密聚集在nAChRs的15號染色體上，編碼nAChR的α5、α3和β4亞基，其可相互協(xié)調(diào)，共同調(diào)控基因位點，增強基因表達，影響生物性狀。全基因組關(guān)聯(lián)分析（genome-wide association analysis，GWAS）已證實15號染色區(qū)域內(nèi)的單核苷酸多態(tài)性（single nucleotide polymorphism，SNP）與尼古丁依賴性有關(guān)［10-11］。CHRNA5-A3-B4基因遺傳候選SNP研究和薈萃分析表明，C
實用心腦肺血管病雜志 2022年10期2022-09-28
- 花生瘡痂病菌全基因組PKS基因簇挖掘及毒素生物合成基因ESCB1生物信息學(xué)分析
）的基因所在的基因簇進行調(diào)控[5]。如涉及尾孢菌素（Cercosporin）、黑粉菌素（Ustilaginoidins）和伏馬菌素（Fumonisin）生物合成的CTB、Ugs 和FUM基因簇等，當PKS基因被靶向敲除或沉默時，毒素生物合成途徑受到阻滯，毒素生物合成受到抑制[6～8]。目前ESC的生物合成途徑及調(diào)控機制研究尚處于初始階段，僅在柑橘瘡痂病菌（Elsino? fawcettii）中初步闡明了聚酮合酶EfPKS1基因是毒素生物合成的關(guān)鍵基因[9,
中國油料作物學(xué)報 2022年4期2022-09-03
- HS5-1增強子eRNA PEARL對原鈣粘蛋白α基因簇的表達調(diào)控
A對原鈣粘蛋白基因簇的表達調(diào)控徐思遠，壽佳，吳強上海交通大學(xué)系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究院比較生物醫(yī)學(xué)研究中心，系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)教育部重點實驗室，上海 200240遠端增強子對關(guān)鍵靶基因的表達調(diào)控通?？梢詻Q定細胞的命運和功能，激活的增強子可以雙向轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生長非編碼(long noncoding)增強子RNA (enhancer RNA, eRNA)調(diào)控靶基因表達，課題組前期研究發(fā)現(xiàn)增強子eRNA能夠通過形成R環(huán)(R-loop)來促進增強子與靶基因的染色質(zhì)遠距離互作，引起局部
遺傳 2022年8期2022-08-25
- 微生物天然產(chǎn)物生物及化學(xué)信息學(xué)最新進展
隱形”生物合成基因簇[2]，這表明其仍是新結(jié)構(gòu)天然產(chǎn)物的重要來源。得益于測序成本的快速下降、各類分析儀器的普及以及人工智能的應(yīng)用，天然產(chǎn)物研究領(lǐng)域進入了一個全新的模式?；谏镄畔W(xué)[3]和化學(xué)信息學(xué)[4]而建立起的基因組挖掘技術(shù)正在成為微生物研究的主要方法[5-6]。過去10年間，天然產(chǎn)物相關(guān)信息學(xué)研究一直處于加速發(fā)展階段，每年都會發(fā)布大量數(shù)據(jù)庫、算法及工具[7-9]，及時了解并使用這些數(shù)據(jù)庫和工具對于微生物天然產(chǎn)物研究來說至關(guān)重要，鑒于此，本文對近兩年
中國抗生素雜志 2022年7期2022-08-18
- miR-101基因簇與食管癌發(fā)病風險的病例對照研究
的miRNA 基因簇(miRNA cluster)總是以多順反子轉(zhuǎn)錄并具有相似的表達模式[5]，作用共同的靶基因或同一信號通路中的蛋白分子，從而多層次地監(jiān)控該信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑。這種多靶點調(diào)控比單個miRNA的作用模式更復(fù)雜，功能更高效[6]。而目前關(guān)于miRNA 與食管癌的研究多局限于單一或成熟的miRNA。因此，對miRNA基因簇的深入研究有助于更好的探索食管癌發(fā)生發(fā)展的分子調(diào)控機制[7]。本研究采用高通量芯片測序技術(shù)對食管癌患者癌組織及癌旁組織差異表達的m
癌變·畸變·突變 2022年4期2022-08-06
- 鏈霉菌沉默基因簇激活在天然產(chǎn)物生物合成中的研究進展
然產(chǎn)物生物合成基因簇及其編碼產(chǎn)物的化學(xué)結(jié)構(gòu)[11]。大量鏈霉菌基因組測序分析表明:多數(shù)鏈霉菌基因組中8%～10%基因序列與次級代謝相關(guān),一般都蘊含著幾十個次級代謝產(chǎn)物生物合成基因簇,其數(shù)目遠遠超過目前從鏈霉菌中分離得到的化合物種類[12-13]。由此表明,鏈霉菌具有合成新天然化合物的巨大潛力[14]。然而,在常規(guī)實驗室條件下,大多數(shù)天然產(chǎn)物(natural products,NP)的生物合成基因簇(biosynthetic gene cluster,BGC
中國計量大學(xué)學(xué)報 2022年2期2022-07-18
- 玉米大斑病菌HST生物合成基因簇的結(jié)構(gòu)和表達分析
生代謝產(chǎn)物合成基因簇中，發(fā)現(xiàn)與交鏈鏈格孢(Alternariaalternata)寄主選擇性毒素ACT-毒素合成酶基因高度同源的基因簇Cluster 397.3，通過比較Cluster 397.3基因簇組成基因在玉米大斑病菌接種不同時間和不同生理小種菌株間的表達差異，分析其在病菌寄主選擇方面的可能功能和作用機制，以期為進一步明確玉米大斑病菌寄主選擇性毒素的結(jié)構(gòu)和功能奠定基礎(chǔ)。1 材料與方法1.1 菌株和玉米自交系玉米大斑病菌23號生理小種01-23菌株和1
- 真菌沉默基因簇激活策略研究進展
編碼天然產(chǎn)物的基因簇數(shù)目遠遠大于已從中所發(fā)現(xiàn)的天然產(chǎn)物數(shù)量，提示真菌中尚存在大量的沉默基因簇有待進一步的發(fā)掘。因此，如何最大限度地激活沉默基因簇，已成為后基因組時代高效利用真菌資源的關(guān)鍵。本文系統(tǒng)總結(jié)了真菌沉默基因簇激活策略的研究進展，以期為充分釋放真菌蘊含的化學(xué)潛能提供參考。根據(jù)次生代謝產(chǎn)物激活的可預(yù)測性和不可預(yù)測性，我們將目前的激活策略分為非定向的沉默基因簇激活策略和定向的沉默基因簇激活策略（見圖1）：非定向激活策略包括基于培養(yǎng)基成分改變或培養(yǎng)條件優(yōu)化
藥學(xué)進展 2022年3期2022-04-15
- 環(huán)境未培養(yǎng)微生物中新型抗生素的發(fā)掘研究進展
中的抗生素合成基因簇是解決致病菌抗生素耐藥性的有效途徑之一。自20世紀70年代以來，傳統(tǒng)培養(yǎng)分離微生物并篩選抗生素的方法已很久未發(fā)現(xiàn)新化學(xué)結(jié)構(gòu)的抗生素[3]。近年來，環(huán)境未培養(yǎng)微生物成為抗生素發(fā)掘和研究的重點關(guān)注對象，因此，本文綜述近年利用新技術(shù)發(fā)掘環(huán)境未培養(yǎng)微生物中新型抗生素的方法，以期為新型抗生素的發(fā)現(xiàn)及規(guī)模化生產(chǎn)提供參考。1 新型抗生素有較大需求1.1 耐藥致病菌嚴重危害人體健康美國疾病控制中心的報告顯示美國每年約有280萬人發(fā)生耐藥致病菌感染，約3
生物加工過程 2022年2期2022-04-15
- 紫黑鏈霉菌進化枝菌株Streptomyces solisilvae HNM0141T的全基因組分析
級代謝產(chǎn)物合成基因簇，其類型包括8個聚酮（PKS）型、7個非核糖體肽（NRPS）型、14個雜合型、6個terpene、3個siderophore、2個butyrolactone，其余NAPAA、ectoine、lanthipeptide-class-i、ladderane、indole、RiPP-like、hserlactone、redox-cofactor各1個。其中聚酮類（PKS）和非核糖體肽（NRPS）類（包括雜合類型）的基因簇含量豐富，占總基因簇的
熱帶作物學(xué)報 2022年3期2022-03-25
- 假單胞菌Tw224抗砷基因簇的功能研究
程法驗證ars基因簇與砷耐受性的相關(guān)性，旨在豐富假單胞菌中ars基因簇資源，揭示不同基因簇的抗砷功能差異，為砷污染環(huán)境的生物修復(fù)奠定理論基礎(chǔ)。1 材料與方法1.1 材料1.1.1 菌株和質(zhì)粒 本實驗中用到的全部菌株及質(zhì)粒詳見表1。菌株P(guān)seudomonas sp. Tw224為本實驗室前期分離自湖南康家灣鉛鋅礦區(qū)土壤的高抗砷菌株。E. coli S17-1、質(zhì)粒pK18mobsacB和pSET152由實驗室保存，其他菌株和質(zhì)粒由本實驗構(gòu)建。表1 實驗中使用
生物技術(shù)通報 2022年1期2022-03-07
- 耐鹽/嗜鹽菌對PAHs的降解及分子機制研究綜述
AHs 的功能基因簇包括nah，phd，nag，phn，nar，nid 等6 類[20]，大部分可降解多環(huán)芳烴的微生物均含有與它們具有很高同源性的基因簇，而在高鹽環(huán)境下，部分基因簇控制的酶系活性較低，對于嗜鹽菌而言，其降解PAHs 的功能基因簇主要為nah 基因簇和其他基因簇， 嗜鹽PAHs 降解菌nah 降解基因簇排列順序，見圖2。圖2 嗜鹽PAHs 降解菌nah 降解基因簇排列順序nah 基因簇是一大類降解基因簇, 目前可分離培養(yǎng)的降解菌株主要以nah
環(huán)境科技 2022年1期2022-03-04
- miR-17-92基因簇在子宮內(nèi)膜病變組織中的表達及臨床意義
R-17-92基因簇是一個與腫瘤形成有關(guān)的基因，在一系列人類腫瘤如淋巴瘤、白血病、宮頸癌和卵巢癌中均存在miR-17-92的異常表達［4］。目前，關(guān)于miR-17-92基因簇與EC關(guān)系的研究較少。在前期研究中，本團隊發(fā)現(xiàn)miR-17-92基因簇在EC Ishikawa、HEC-1A細胞系中存在異常表達［5］，因此本研究擬在前期研究的基礎(chǔ)上，分析子宮內(nèi)膜病變組織中miR-17-92基因簇的表達，探討其異常表達情況與EC臨床病理特征和預(yù)后的關(guān)系。1 資料和方法
山東第一醫(yī)科大學(xué)(山東省醫(yī)學(xué)科學(xué)院)學(xué)報 2022年1期2022-02-28
- 云南特殊生境萬株放線菌基因組挖掘
中挖掘出潛在的基因簇，并能將某些基因簇通過多種方法激活，從而挖掘可能的新天然產(chǎn)物。為此，聯(lián)合云南華大開展了萬株級云南特殊環(huán)境放線菌基因組測序研究，通過大數(shù)據(jù)分析對菌株開展了基因組資源挖掘工作。目前已經(jīng)完成了2 761株放線菌基因組測序，對其中約978株菌株進行了基因組挖掘，從中發(fā)現(xiàn)了61 890個可能產(chǎn)生次級代謝產(chǎn)物的生物合成基因簇。包括saccharide類型基因簇24 328個，NRPS類型基因簇11 564個，PKS類型基因簇8 017個，fatty
云南科技管理 2022年6期2022-02-13
- 利用異源表達挖掘纖維堆囊菌So0157-2的新型天然產(chǎn)物
蘊藏的生物合成基因簇（biosynthetic gene cluster，BGC）合成新穎次級代謝產(chǎn)物的潛力遠遠超出了目前已分離獲得的化合物的數(shù)目。例如，抗腫瘤藥物埃博霉素（epothilone）的產(chǎn)生菌纖維堆囊菌So0157-2（Sorangium cellulosumSo0157-2）的基因組測序結(jié)果表明，該菌株擁有14.78 Mb 的環(huán)狀染色體，是目前已知基因組最大的原核生物［7-9］。除了已知的埃博霉素系列衍生物［10-15］之外仍未見其他化合物從
合成生物學(xué) 2021年5期2021-11-29
- 串聯(lián)反向CTCF位點的系列刪除揭示增強子調(diào)控HOXD基因簇表達的平衡
揭示增強子調(diào)控基因簇表達的平衡王玲，李金環(huán)，黃海燕，吳強上海交通大學(xué)系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究院比較生物醫(yī)學(xué)研究中心，系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)教育部重點實驗室，上海 200240三維基因組染色質(zhì)架構(gòu)蛋白CTCF (CCCTC-binding factor)能夠介導(dǎo)增強子與基因啟動子的遠距離染色質(zhì)相互作用，也可以結(jié)合調(diào)控區(qū)域的絕緣子發(fā)揮增強子絕緣功能，對發(fā)育中的基因表達調(diào)控具有重要作用。同源框基因家族(Homeobox gene family,)編碼一類控制動物發(fā)育的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子
遺傳 2021年8期2021-08-25
- 黏質(zhì)沙雷氏菌靈菌紅素合成基因簇異源表達及其潛在的溫度調(diào)控機制
成途徑由pig基因簇基因共同參與，pig基因簇有pigA-pigN共14個編碼基因，其中pigB、pigD和pigE參與了MAP的合成，而pigA、pigF、pigG、pigH、pigI、pigJ、pigK、pigL、pigM和pigN則參與了MBC的合成。PG合成的前體物質(zhì)主要有脯氨酸、甲硫氨酸、丙氨酸、絲氨酸、組氨酸、二辛烯醛、丙二酰-CoA和乙酰- CoA[12]。靈菌紅素合成基因簇不僅能夠在黏質(zhì)沙雷氏菌中合成靈菌紅素，也能在其他菌株中異源合成靈菌紅
福建農(nóng)業(yè)學(xué)報 2021年3期2021-05-31
- 不同營養(yǎng)類型植物病原真菌次生代謝產(chǎn)物合成基因簇的差異性研究
由次生代謝合成基因簇決定的，次生代謝產(chǎn)物一般具有抗菌、免疫抑制、產(chǎn)生毒素、降低致病性等多種生物活性[1]，其作為人類疾病藥劑及農(nóng)林業(yè)植物病蟲害藥劑開發(fā)的重要來源，在醫(yī)學(xué)和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中發(fā)揮著重要作用。目前，國內(nèi)外學(xué)者關(guān)于真菌次生代謝產(chǎn)物合成基因簇的研究主要集中在次生代謝產(chǎn)物挖掘[2]、次生代謝產(chǎn)物合成基因的篩選鑒定及其克隆[3]、聚酮合酶[4-5]和非核糖體肽合成酶[6-7]的作用等方面。關(guān)于細菌次生代謝產(chǎn)物合成基因簇的研究主要是利用antiSMASH數(shù)據(jù)庫(
- 四氫嘧啶基因簇在假單胞菌基因組中的分布研究
陽何蘭四氫嘧啶基因簇在假單胞菌基因組中的分布研究李向陽1，2，何蘭1（1.凱里學(xué)院 大健康學(xué)院，貴州 黔東南苗族侗族自治州 556011；2.復(fù)旦大學(xué) 環(huán)境科學(xué)與工程系，上海 200433）四氫嘧啶（Ectoine）是由細菌產(chǎn)生的一種次級代謝產(chǎn)物，賦予細菌抵御高滲透壓環(huán)境的一種相容性溶質(zhì)。研究顯示許多細菌具有四氫嘧啶基因簇（ectABCD-ask），然而關(guān)于該基因簇在假單胞菌屬（Pseudomonas）中的分布還沒有系統(tǒng)報道。鑒于此，以公共數(shù)據(jù)庫中已測序的
科技與創(chuàng)新 2020年12期2020-11-28
- 凝結(jié)芽孢桿菌次級代謝挖掘與泛基因組分析
嶄新的次級代謝基因簇，并會有潛在的活性物質(zhì)出現(xiàn)［15］。本研究從NCBI上找到了33株凝結(jié)芽孢桿菌的基因組，首先對其中11株有完整基因組水平的凝結(jié)芽孢桿菌進行了泛基因組分析，找出了其泛基因組的大?。浑S后利用antiSMASH軟件對33株凝結(jié)芽孢桿菌的次級代謝基因簇進行挖掘，發(fā)現(xiàn)了其最可能產(chǎn)生的活性物質(zhì)［16］。本研究旨在對凝結(jié)芽孢桿菌的基因組信息進行探索，為以后研究凝結(jié)芽孢桿菌的進化，適應(yīng)和種群結(jié)構(gòu)的方式奠定一定的基礎(chǔ)。1 材料與方法1.1 材料從NCBI
生物技術(shù)通報 2020年10期2020-11-02
- 番茄串聯(lián)重復(fù)SlHSP20基因簇特征及差異表達分析
度保守性的串聯(lián)基因簇的功能尚不清楚。本研究系統(tǒng)分析番茄中四個串聯(lián)重復(fù)基因Sl-HSP20 基因的表征和特性，根據(jù)基因的5′末端富含對激素響應(yīng)的順式作用元件，比較該基因簇在激素處理、糖分響應(yīng)的差異以及該基因簇在番茄果實發(fā)育和成熟階段的共表達基因，以期為進一步分析sHSPs 的進化起源及其功能奠定基礎(chǔ)。1 材料與方法1.1 材料供試Micro-Tom 番茄，取自沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)蔬菜分子生物學(xué)番茄課題組。種子催芽時分別在水浴鍋55℃熱激20 min，待水溫降為室溫后
沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報 2020年4期2020-10-23
- 干酪乳桿菌LC2W胞外多糖生物合成基因簇啟動子的鑒定
成一般由eps基因簇控制，包括調(diào)控、鏈長、重復(fù)單元合成、聚合和輸出等基因[5]。SONG等[6]通過Crispr/Cas9基因編輯技術(shù)鑒定出干酪乳桿菌LC2W中3個影響EPS合成的關(guān)鍵基因。但LC2W中EPS生物合成研究仍有欠缺，特別是控制轉(zhuǎn)錄起始及速率的重要元件啟動子尚未鑒定，其轉(zhuǎn)錄調(diào)控亟待研究[7]。生物信息學(xué)方法可以利用啟動子保守序列和轉(zhuǎn)錄調(diào)控數(shù)據(jù)庫信息，預(yù)測啟動子位置。RT-PCR[8]和5′-cDNA末端快速擴增技術(shù)(5'-RACE)[9]等實驗
工業(yè)微生物 2020年4期2020-08-28
- 通過重構(gòu)來激活沉默的次級代謝產(chǎn)物生物合成基因簇
大多數(shù)生物合成基因簇（biosynthetic gene clusters，BGCs）在正常的實驗室培養(yǎng)條件下無法表達，這就需要新的技術(shù)來開發(fā)這些沉默 BGCs 的生物合成潛力。微生物在實驗室中的純培養(yǎng)是研究微生物的基礎(chǔ)，微生物培養(yǎng)條件的優(yōu)化是發(fā)掘微生物次級代謝產(chǎn)物最基本的方法[1]。隨著生物信息學(xué)和合成生物學(xué)的發(fā)展，已經(jīng)出現(xiàn)多 種激活沉默 BGCs 的方法，包括在培養(yǎng)基中添加化學(xué)誘導(dǎo)物[2]、共培養(yǎng)[3]、核糖體工程和轉(zhuǎn)錄因子激活[4-5]，還有正調(diào)控基
中國醫(yī)藥生物技術(shù) 2020年5期2020-01-13
- 空腸彎曲菌VI型分泌系統(tǒng)結(jié)構(gòu)特征和菌株中分布
發(fā)現(xiàn)了T6SS基因簇[14]。這些T6SS基因簇通常在不同物種之間具有不同的組成，但通常包含至少13個編碼注射裝置基本元素的核心基因[15]。全基因組測序顯示，在空腸彎曲菌中，完整的T6SS基因簇的存在與hcp(溶血素協(xié)同蛋白)基因的存在密切相關(guān)[16]?？漳c彎曲菌T6SS在毒力方面具有多種作用，包括細胞粘附、對紅細胞的細胞毒性和小鼠定植[17]。然而，T6SS基因簇在中國空腸彎曲菌的分布和結(jié)構(gòu)特征尚不清楚。本研究旨在通過全基因組分析來對其加以明確。1 材
中國人獸共患病學(xué)報 2019年11期2019-12-23
- 云錦杜鵑轉(zhuǎn)錄組分析
ipts）和單基因簇（unigene）序列。1.5 基因功能注釋利用BLAST和HMMER軟件將云錦杜鵑單基因簇序列與公共數(shù)據(jù)庫進行比對，根據(jù)基因的相似性進行功能注釋，得到與給定單基因簇具有最高序列相似性的蛋白，從而得到該單基因簇的蛋白功能注釋信息，其中BLAST參數(shù)E≤1e-5，HMMER參數(shù)E≤1e-10作為篩選標準。比對采用的公共數(shù)據(jù)庫包括美國生物信息中心（NCBI）非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫（Non-redundant protein database，Nr
浙江農(nóng)林大學(xué)學(xué)報 2019年6期2019-11-13
- 斑馬魚hoxb7a基因在hox基因簇中的作用研究
蠅中只含有一個基因簇[3]。大多數(shù)脊椎動物在進化過程中經(jīng)歷了基因組加倍，Hox基因在這個過程中也發(fā)生了加倍。如無頜類的海七鰓鰻有兩個Hox基因簇[4]；大多數(shù)有頜類，包括人在內(nèi)的哺乳動物，經(jīng)歷了兩次全基因組加倍，具有4個Hox基因簇，小鼠中Hox基因簇分別命名為HoxA、HoxB、HoxC和HoxD[5]，總共有39個Hox基因[6-7]。大多數(shù)硬骨魚包括模式動物斑馬魚經(jīng)歷了額外的一次基因組加倍，最終形成7～8個基因簇。在斑馬魚中含有7個hox基因簇，共有
生物學(xué)雜志 2019年5期2019-10-16
- 利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)建立內(nèi)生鏈霉菌SAT1的基因簇敲除體系
幾十個次級代謝基因簇，且單個基因簇長達十幾甚至上百kb。龐大的基因簇及復(fù)雜的調(diào)控過程為鏈霉菌抑菌機制的研究和新的活性物質(zhì)的發(fā)現(xiàn)增加了難度，也減緩了其在農(nóng)林業(yè)領(lǐng)域應(yīng)用的速度［2]。全基因組測序技術(shù)和素有“基因魔剪”之稱的CRISPR/Cas9為鏈霉菌天然產(chǎn)物的深入研究提供了強大的助力［3]。通過全基因組測序和生物信息學(xué)分析，我們可以了解鏈霉菌次級代謝基因簇的數(shù)量和類型，預(yù)測次級代謝產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)；通過CRISPR/Cas9技術(shù)對基因簇進行編輯，可以深入研究基因簇
生物技術(shù)通報 2019年6期2019-07-26
- 冬瓜高通量轉(zhuǎn)錄組測序及分析
類，最終獲得單基因簇(Unigene)。利用RPKM法對單基因簇表達量進行計算分析，其計算公式為：RPKM=C×106/(NL/103)。式中:C為比對到基因的reads數(shù)，N為比對到所有基因的總reads數(shù)，L為基因的堿基數(shù)。1.5 冬瓜單基因簇的基本功能注釋通過Blastx[22]將冬瓜的單基因簇序列與公共數(shù)據(jù)庫(E值通過Blastx軟件將冬瓜單基因簇序列比對至Nr數(shù)據(jù)庫，可獲得冬瓜單基因簇對應(yīng)的蛋白編碼序列。將冬瓜單基因簇與Swiss Prot數(shù)據(jù)庫
- 染色質(zhì)架構(gòu)蛋白CTCF調(diào)控UGT1基因簇的表達
白CTCF調(diào)控基因簇的表達鄭曉飛，黃海燕，吳強上海交通大學(xué)系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究院比較生物醫(yī)學(xué)研究中心，系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)教育部重點實驗室，上海 200240尿苷二磷酸葡萄糖醛酸轉(zhuǎn)移酶(UDP-glucuronosyltransferase, UGT)是一類重要的Ⅱ相藥物代謝酶，通過葡萄糖醛酸接合反應(yīng)代謝大量內(nèi)外源小分子化合物，對機體維持內(nèi)部動態(tài)平衡具有重要意義?；蛲蛔兓虮磉_異常會造成高膽紅素血癥等多種疾病、影響藥物療效或減弱代謝藥物能力，因此探索表達調(diào)控機制將會為
遺傳 2019年6期2019-07-05
- 基因組發(fā)掘策略指導(dǎo)鐵載體類化合物的發(fā)現(xiàn)
謝產(chǎn)物生物合成基因簇進行生物信息學(xué)分析，通過 Blastp 比對，判斷該菌株中是否存在鐵阻遏蛋白（DmdR1）同源基因，并借助于 MEME、FIMO 等軟件尋找包含 DmdR1 蛋白結(jié)合位點（iron box）的基因簇，則該基因簇可能為鐵載體類化合物的生物合成基因簇；其次，摸索合適的發(fā)酵條件，利用實時定量 RT-PCR（qRT-PCR）技術(shù)檢測相關(guān)生物合成基因的表達水平；最后分離純化目標鐵載體類化合物，驗證此基因組發(fā)掘策略的可行性。利用 antiSMASH
中國醫(yī)藥生物技術(shù) 2019年2期2019-04-12
- miRNA-17/92a 基因簇、P1NP和β-CTX在診斷絕經(jīng)后骨質(zhì)疏松癥中的應(yīng)用價值
17/92a 基因簇(miRNA-17、miRNA-20a、miRNA-92a)的表達抑制凋亡蛋白 BIM，從而抑制成骨細胞的凋亡[5]。因此，本研究探索miRNA-17/92a 基因簇作為 PMOP 診斷生物標志物的可能性，分析miRNA-17/92a 基因簇和骨代謝指標在診斷PMOP中的應(yīng)用價值，旨在為臨床進一步探索新的 PMOP 診斷標志物提供依據(jù)。1 資料與方法1.1 一般資料 選取我院2017年1月至2018年1月收治的150 例絕經(jīng)后女性作為研
實用藥物與臨床 2018年12期2019-01-16
- 《Nature》：人類腸道細菌具有獲得性細菌防御系統(tǒng)
.）的細菌具有基因簇防御功能，可以中和外源性毒素。人類胃腸道內(nèi)含有密集而多樣的微生物群落，其組成與人體健康息息相關(guān)，共存微生物間的相互作用是微生物組組成的重要驅(qū)動因素。腸道細菌的基因組中包含多個通路，它們能夠介導(dǎo)細菌間的拮抗作用。擬桿菌是革蘭氏陰性菌，該屬的多個成員能夠編碼VI 型分泌系統(tǒng)（type VI secretion system，T6SS），有利于毒性效應(yīng)蛋白遞送到相鄰細胞。研究人員發(fā)現(xiàn)，人類腸道微生物組內(nèi)的擬桿菌屬具有獲得性細菌防御（AID）基
中國食品學(xué)報 2019年11期2019-01-14
- 骨肉瘤中miR-17-92基因簇作用的研究進展
R-17-92基因簇也稱OncomiR-1，是較強的致癌miRNA之一，它可產(chǎn)生7個單獨的miRNA（miR-17-5p、miR-17-3p、miR-18a、miR-19a，miR-20a、miR-19b-1和miR-92a-1）。He等[3-4]首次在B細胞淋巴瘤患者中發(fā)現(xiàn)miR-17-92基因組擴增和高表達，在隨后的研究中也證實了該基因的強致癌活性。隨著研究的不斷深入，研究者發(fā)現(xiàn)miR-17-92基因簇在多種實體腫瘤中的發(fā)生和進展中也發(fā)揮著重要作用。本
腫瘤防治研究 2019年7期2019-01-06
- TAR克隆技術(shù)及其在微生物次級代謝產(chǎn)物研究中的應(yīng)用
由相關(guān)生物合成基因簇（biosynthetic gene clusters BGCs）編碼的生物合成途徑逐步生物合成產(chǎn)生。微生物次級代謝產(chǎn)物的生物合成基因簇大小一般為幾十到幾百kb不等，包含編碼化合物合成前體、骨架裝配、修飾的相關(guān)基因，有時也會存在抗性基因和／或調(diào)控基因［2］。據(jù)推測，實驗室可培養(yǎng)的微生物數(shù)量不及微生物總數(shù)的1%，而且很多微生物在人類設(shè)定的培養(yǎng)條件下會出現(xiàn)基因簇沉默或低表達，嚴重阻礙了微生物來源藥物的發(fā)現(xiàn)和開發(fā)，亟待革新研究策略［3］。完整
中國藥科大學(xué)學(xué)報 2018年2期2018-05-04
- 通過CRISPR/Cas系統(tǒng)構(gòu)建miR-17-92基因簇雙切載體1)
R-17-92基因簇雙切載體1)金姝含 杜麗萍 鄒肖肖 于澤 梁洋(東北林業(yè)大學(xué)，哈爾濱，150040)通過CRISPR/Cas系統(tǒng)來構(gòu)建miR-17-92基因簇的雙切載體，研究結(jié)果表明：在miR-17-92基因簇的序列上找到了2個PAM(TGG和GGG)位點,從而得到了2個原間隔序列，設(shè)計合成基因簇雙鏈crRNA；合成該片段并將其插入到pX260載體，使得在同一個載體上雖然只有一個g-RNA，但能夠同時切割兩個不同的靶位點；將該載體轉(zhuǎn)染NIH3T3細胞驗
東北林業(yè)大學(xué)學(xué)報 2017年2期2017-03-13
- 單細胞水平原鈣黏蛋白基因簇的轉(zhuǎn)錄分析
水平原鈣黏蛋白基因簇的轉(zhuǎn)錄分析陳志鋒1， 彭 萊2， 吳 強1，2(1.上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院，上海 200240；2.上海交通大學(xué)系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究院比較生物醫(yī)學(xué)中心/系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)教育部重點實驗室，上海 200240)原鈣黏蛋白(protocadherin，Pcdh)基因簇由緊密相連的3個基因簇(Pcdhα、Pcdhβ和Pcdhγ)組成，其中α、β基因簇包含可變區(qū)外顯子(C型和非C型)和恒定區(qū)外顯子。這種獨特的基因排列方式使Pcdh基因簇具有產(chǎn)生單細
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2017年2期2017-03-01
- miR-338基因簇與食管癌發(fā)病風險的病例對照研究
miR-338基因簇與食管癌發(fā)病風險的病例對照研究高志奎，劉冉*，尹立紅，浦躍樸（東南大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院環(huán)境醫(yī)學(xué)工程教育部重點實驗室，江蘇南京210009）目的： 探討miR-338基因簇在食管癌組織中的表達模式及其與食管癌發(fā)病風險的關(guān)系。方法：選取86例經(jīng)病理確診的食管癌患者，分別提取食管癌和癌旁組織總RNA，采用實時熒光定量PCR法檢測hsa-miR-338-3p、hsa-miR-338-5p與hsa-miR-657的表達，應(yīng)用配對樣本t檢驗分析癌和癌旁
癌變·畸變·突變 2016年2期2016-09-02
- 利用基因組發(fā)掘技術(shù)指導(dǎo)鏈霉菌SH—62中活性天然產(chǎn)物的分離及鑒定
產(chǎn)物的生物合成基因簇，除了有4個基因簇分別與已知的腸道菌素、潮霉素A、尼日利亞菌素和格爾德霉素的生物合成基因簇具有高度同源性以外，其他基因簇的功能鮮見報道。在不同發(fā)酵培養(yǎng)基上培養(yǎng)鏈霉菌SH-62，利用高分辨率的LC-MS對發(fā)酵產(chǎn)物進行分析，發(fā)現(xiàn)鏈霉菌SH-62確實能夠產(chǎn)生腸道菌素、潮霉素A和尼日利亞菌素，從而證明了基因組發(fā)掘策略確實能夠指導(dǎo)代謝產(chǎn)物的分離及鑒定。關(guān)鍵詞：鏈霉菌SH-62；基因組發(fā)掘；生物合成基因簇；天然產(chǎn)物鏈霉菌是主要的抗生素產(chǎn)生菌，它所產(chǎn)
湖北農(nóng)業(yè)科學(xué) 2016年7期2016-05-14
- 智商確由基因決定
商有關(guān)聯(lián)的特定基因簇——M1和M3，每個基因簇由數(shù)百個相互關(guān)聯(lián)的基因組成，它們共同影響人類的認知、記憶、注意力和推理等。研究人員對大量患有癲癇癥并接受過手術(shù)治療的患者腦部樣本進行了基因分析，再把獲取的數(shù)據(jù)與健康人群及患有其他類型神經(jīng)系統(tǒng)疾病的患者基因進行對比。“人類智商是由大量進行團隊工作的基因共同決定，就好像一個足球隊由處于不同位置的球員組成。”參與研究的帝國理工學(xué)院神經(jīng)科學(xué)家邁克爾·約翰遜說，他們利用計算機分析上述數(shù)據(jù)，確認了影響認知和推理能力等智力方
發(fā)明與創(chuàng)新·大科技 2016年2期2016-02-19
- 微生物多糖的生物合成及代謝工程研究進展
生物合成途徑、基因簇結(jié)構(gòu)與功能和代謝工程的研究進展。真菌多糖的合成途徑主要包括：前體核苷酸糖(單糖的活化形式)的合成、合成的起始反應(yīng)、重復(fù)單元的延伸、翻轉(zhuǎn)和聚合、多糖的輸出。多糖合成過程中涉及大量的基因，大多數(shù)基因存在多糖合成基因簇中，隨著基因測序技術(shù)的發(fā)展，大量的多糖合成基因簇被發(fā)現(xiàn)和研究。研究表明：通過調(diào)控涉及糖核苷酸合成途徑的酶水平可提高胞外多糖的產(chǎn)量，而增加多糖合成基因簇基因在微生物中的表達，可產(chǎn)生更高的多糖合成代謝流。[關(guān)鍵詞]微生物多糖；生物合
陜西理工大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版) 2015年4期2016-01-16
- 微生物源化合物合成基因簇異源表達研究進展
物源化合物合成基因簇異源表達研究進展黃 穎1，2趙 晨1關(guān) 雄2張曉琳1（國家糧食局科學(xué)研究院1，北京 100037） （福建農(nóng)林大學(xué)生物農(nóng)藥與化學(xué)生物學(xué)教育部重點實驗室2，福州 350002）微生物次級代謝產(chǎn)物具有多種多樣的生物活性，在醫(yī)療、農(nóng)業(yè)和食品領(lǐng)域有著廣闊的應(yīng)用前景。異源表達策略與不斷發(fā)展的DNA克隆和改造技術(shù)相結(jié)合，成為一種有效的研究手段，能夠用于提高天然活性化合物的產(chǎn)量，獲得新結(jié)構(gòu)類似物，闡明沉默基因簇的功能，還能夠通過表達宏基因組DNA來獲
中國糧油學(xué)報 2015年9期2015-12-20
- 激活沉默基因簇發(fā)掘微生物次級代謝產(chǎn)物的研究進展
綜述·激活沉默基因簇發(fā)掘微生物次級代謝產(chǎn)物的研究進展楊康敏，高向東，顧覺奮天然產(chǎn)物是指動物、植物、昆蟲、海洋生物和微生物體內(nèi)的組成成分或其代謝產(chǎn)物以及人和動物體內(nèi)許許多多內(nèi)源性的化學(xué)成分的總稱。在醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)，天然產(chǎn)物已是新藥的重要來源之一，新的化學(xué)單體中，40%以上都由天然產(chǎn)物衍生而來，而天然產(chǎn)物多數(shù)是由微生物的次級代謝過程產(chǎn)生［1］。自20世紀70年代以來，盡管人們對治療傳染性疾病和癌癥的藥物需求越來越多，但是，發(fā)現(xiàn)新的活性天然產(chǎn)物的速度卻在不斷下降，傳統(tǒng)
中國醫(yī)藥生物技術(shù) 2015年1期2015-11-24
- 雞miR-20a靶基因TP53INP1鑒定
R-17-92基因簇能促進雞前脂肪細胞增殖，但作用機制尚不清楚。生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，TP53INP1是miR-17-92基因簇成員miR-17-5p和miR-20a的潛在靶基因，研究采用熒光素酶報告基因技術(shù)和基因過表達技術(shù)開展該靶基因的驗證。結(jié)果表明，過表達miR-17-92基因簇能顯著抑制TP53INP1的3' UTR報告基因活性；而轉(zhuǎn)染miR-20a抑制劑能顯著提高TP53INP1的3'UTR報告基因活性。將miRNA抑制劑分別轉(zhuǎn)染到DF1細胞和雞前脂
東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報 2015年9期2015-07-05
- 腸球菌萬古霉素耐藥基因簇遺傳特性
菌萬古霉素耐藥基因簇遺傳特性陳春輝，徐曉剛復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院抗生素研究所，衛(wèi)生部抗生素臨床藥理重點實驗室，上海 200040萬古霉素耐藥腸球菌自20世紀80年代后期被發(fā)現(xiàn)以來，已逐漸發(fā)展成為重要的醫(yī)院感染病原菌。此類耐藥腸球菌攜帶的萬古霉素耐藥基因簇編碼產(chǎn)物可催化合成與萬古霉素、替考拉寧等糖肽類抗生素親和力極低的細胞壁前體導(dǎo)致耐藥。目前已在腸球菌中發(fā)現(xiàn)的萬古霉素耐藥基因簇根據(jù)基因序列及構(gòu)成不同分為9個型別；依據(jù)它們編碼的連接酶合成產(chǎn)物不同又可分為D-Al
遺傳 2015年5期2015-02-04
- SCCmec遺傳元件及其在耐甲氧西林金黃色葡萄球菌分子分型中的應(yīng)用
00038攜帶基因簇的葡萄球菌盒式染色體(Staphylococcal chromosome cassette, SCC)遺傳元件的獲得是耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(Methicillin-resistant, MRSA)耐藥的主要原因。SCC由一個基因簇、一個染色體重組酶()基因簇及3個J區(qū)組成。基因簇含有及其調(diào)控基因，基因編碼的耐藥決定簇使MRSA對β-內(nèi)酰胺類抗生素耐藥；基因簇編碼的重組酶負責SCC元件的整合與切離；J區(qū)差異大，導(dǎo)致不同來源MRSA菌株
遺傳 2015年5期2015-02-04
- 海洋稀有放線菌 Salinispora arenicola CNP193 基因組新穎PKS 和NRPS基因簇的發(fā)掘
特定功能基因或基因簇的技術(shù)[6]?；蚪M發(fā)掘表明, 即使是對天然被廣泛研究的細菌而言, 發(fā)現(xiàn)的次級代謝產(chǎn)物種類也遠遠低于基因組發(fā)掘獲得的次級代謝產(chǎn)物基因簇[7-8]。隨著基因測序技術(shù)的飛速發(fā)展, 基因組序列測定速度提高, 成本降低, 海量的微生物基因組序列和宏基因組序列被測定[9]。通過基因組發(fā)掘技術(shù)發(fā)掘天然產(chǎn)物基因簇技術(shù)發(fā)展迅速, 促使基因組發(fā)掘成為更加準確高效的新型聚酮化合物篩選策略[10]。通過基因組發(fā)掘技術(shù), 越來越多的新穎基因簇被發(fā)掘, 從而引導(dǎo)
海洋科學(xué) 2014年12期2014-12-15
- miR-17-92基因簇在骨肉瘤中的表達及其臨床意義*
R-17-92基因簇在骨肉瘤中的表達及其臨床意義*林金鑾①王發(fā)圣①葉君健①吳朝陽①李 祥②林建華①目的：探討人骨肉瘤組織和鄰近正常骨組織中miR-17-92基因簇的表達情況及其臨床意義。方法：運用Q-PCR法檢測63例骨肉瘤組織及鄰近部位正常骨組織中miR-17-92基因簇的表達水平，并分析miR-17-92基因簇表達與患者臨床病理特征及預(yù)后的關(guān)系。結(jié)果：miR-17-92在所有組織中均有表達，且在腫瘤組織中表達明顯高于在正常組織中的表達（P＜0.05），
中國腫瘤臨床 2014年23期2014-07-02
- 提高放線菌次級代謝產(chǎn)物產(chǎn)量方法的研究進展
謝產(chǎn)物生物合成基因簇，即這些基因簇在試驗條件下未得到表達或者表達量低［13，14］。通過基因技術(shù)改造菌株使低產(chǎn)菌株變高產(chǎn)，以及激活沉默的生物合成基因簇，為尋找新藥和提高次級代謝產(chǎn)物提供相應(yīng)技術(shù)的參考。本文結(jié)合目前提高次級代謝產(chǎn)物產(chǎn)量的方法、新抗生素的研究成果，尤其是聚酮化合物方面的研究，主要在調(diào)節(jié)基因及基因簇的表達、核糖體相關(guān)蛋白基因的突變和異源表達等3 個方面進行概述。1 調(diào)節(jié)基因及基因簇的表達在自然界中，一株放線菌往往產(chǎn)生多種抗生素，有的產(chǎn)物還存在多條
生物技術(shù)通報 2014年5期2014-04-10
- 位于Hox基因簇的miRNA與亨廷頓病的發(fā)病機制有關(guān)
A都位于Hox基因簇的基因間區(qū)中。對同一個樣品行全mRNA測序，發(fā)現(xiàn)位于Hox基因簇的55個基因中有15個在HD患者中有差異表達，而位于Hox基因簇且與4個miRNA緊密相鄰的基因表達都上調(diào)。通路分析結(jié)果表明，這些miRNA的靶基因功能與神經(jīng)元分化、神經(jīng)突外向生長、細胞死亡及生存有關(guān)?；貧w分析表明，亨廷頓CAG重復(fù)數(shù)、發(fā)病年齡和死亡年齡分別與miR-10b-5p的表達水平呈負相關(guān);亨廷頓CAG重復(fù)數(shù)和發(fā)病年齡分別與miR-196a-5p表達水平負相關(guān);發(fā)病
中國病理生理雜志 2014年6期2014-01-26
- 嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌D2株2套Ⅱ型分泌系統(tǒng)的全基因簇序列測定及分析
泌途徑轉(zhuǎn)膜蛋白基因簇為中心［2］，主要涉及12～16種蛋白，且數(shù)量具有種屬特異性。T2SS在細菌的生理活動中發(fā)揮關(guān)鍵作用，它不僅存在于各種病原菌中，而且是攻擊宿主細胞和組織的各類消化酶外排必經(jīng)之路，有研究表明病原菌T2SS缺失株的毒力明顯減低［3］，可見，研究細菌的分泌系統(tǒng)具有重要的意義。本實驗室從海洋雙齒圍沙蠶消化道分離得到1株嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌D2株，研究發(fā)現(xiàn)該菌能分泌大量的 SMP蛋白(GenBank 收錄號 GQ413951)［4］，據(jù)繪制出的 SM
微生物學(xué)雜志 2013年5期2013-10-25
- miR-144/451基因簇調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)分析
144/451基因簇調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)分析聶偉偉，唐 林，韋 鳳，陳龍邦，張辰宇，朱 琳，李冬海，管曉翔目的 生物信息學(xué)方法是預(yù)測miRNA二級結(jié)構(gòu)及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、轉(zhuǎn)錄因子和靶基因之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)參與多種生理、病理活動的分子機制。文中用生物信息學(xué)方法預(yù)測mir-144/451基因簇的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。 方法運用多個在線數(shù)據(jù)庫，研究miR-144/451基因簇的上游轉(zhuǎn)錄因子及下游靶基因間的多個反饋和前反饋環(huán)路，對參與miR-144/45
醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報 2012年3期2012-12-25