吳明生 趙海艷 彭瑞迪 律寶春
摘? ?要:基于毛細管電泳技術(shù),利用24對多態(tài)性SSR標記引物構(gòu)建了13個北京地區(qū)主栽西瓜品種標準樣品DNA指紋,并通過北京市農(nóng)作物品種標準樣品信息管理系統(tǒng)實現(xiàn)指紋信息的共享和應(yīng)用,為這些西瓜品種的鑒定和品種權(quán)保護提供了技術(shù)支撐,并為規(guī)范北京西瓜產(chǎn)業(yè)發(fā)展保駕護航。
關(guān)鍵詞:西瓜;主栽品種;標準樣品;SSR標記;指紋構(gòu)建;應(yīng)用
西瓜作為北京市優(yōu)勢經(jīng)濟作物,在京郊農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中發(fā)揮著重要作用。但是近年來,西瓜品種“多、亂、雜”現(xiàn)象日趨嚴重,優(yōu)良品種套牌侵權(quán)行為時有發(fā)生,不僅擾亂了種業(yè)市場,危及農(nóng)業(yè)生產(chǎn),也打擊了育種者的積極性,并影響著種子產(chǎn)業(yè)健康發(fā)展。
1? ?材料與方法
1.1? ?試驗材料
供試的13個西瓜品種均為北京地區(qū)主要栽培品種,包括京秀、航興1號、航興3號、北農(nóng)天驕2號、暑寶6號、京欣1號、京欣2號、京欣3號、京欣無籽1號、紅小帥、黃小玉、黑美人和黑晶,所有品種的標準樣品種子由北京市農(nóng)作物品種標準樣品庫提供。
1.2? ?試驗方法
1.2.1? ?DNA提取
每份試驗材料取50粒種子混合研磨,之后從其中取100 mg粉末置于1.5 mL離心管中,采用新型植物基因組DNA提取試劑盒(TIANGEN,北京)提取西瓜基因組DNA。
1.2.2? ?SSR引物設(shè)計
24對西瓜多態(tài)性SSR標記引物參照吳明生等[1],所有引物采用熒光標記,由美國應(yīng)用生物系統(tǒng)公司合成,引物信息見表1。
1.2.3? ?PCR擴增
PCR反應(yīng)體系為:1×Taq Buffer,MgCl2 2.5 mol/L,dNTPs 0.15 mol/L每種,引物0.25 μmol/L每種,Taq 聚合酶0.1 U,DNA模板50 ng,總體積20 μL。PCR反應(yīng)程序為:94 ℃預(yù)變性5 min、94 ℃變性30 s、58 ℃退火35 s、72 ℃延伸45 s,共36個循環(huán),72 ℃延伸5 min,4 ℃保存。
1.2.4? ?電泳與數(shù)據(jù)分析
通過毛細管電泳儀(ABI 3500XL)對PCR產(chǎn)物進行電泳,分子量內(nèi)標為Liz600,利用ABI GeneMapper 5.0軟件對采集的原始數(shù)據(jù)進行片段分析。
1.2.5? ?遺傳聚類分析
SSR擴增分離結(jié)果采用0、1統(tǒng)計方法,在同一分子量上,“有帶”記為1,“無帶”記為0。通過NTSYS-pc
Version 2.0軟件,按照非加權(quán)配對算數(shù)平均法(UPGMA)完成遺傳聚類。
2? ?結(jié)果與分析
2.1? ?引物分組及多重電泳
為了提高指紋數(shù)據(jù)采集的效率,采用8重毛細管電泳技術(shù),即將24對引物分成3組,8對引物為一組(即引物Panel),采用四色熒光(FAM、VIC、PET、NED)對引物進行標記,確保同一組中的相同熒光標記的引物之間擴增片段大小區(qū)間不重疊(表1),這樣就可以將每組引物擴增的產(chǎn)物混合在一起電泳。同時通過Gene Mapper軟件對每對引物的等位基因進行命名,設(shè)置每個等位基因讀值區(qū)間(即Bin,結(jié)果未顯示),利用Gene Mapper軟件對采集的原始指紋數(shù)據(jù)進行快速分析,自動確定每個位點的基因型。
2.2? ?標準樣品指紋采集
標準樣品指紋采集通過雙人比對的方式,即兩人分別取50粒種子,樣品粉碎、DNA提取、PCR擴增、電泳及指紋信息讀取都單獨進行。當兩人采集的指紋信息比對完全一致的,則直接記錄為該品種的指紋信息;對于不一致的指紋信息,需要查找原因,進行再次測試確認,直到結(jié)果一致。13個西瓜品種最終采集指紋數(shù)據(jù)信息是312個(圖1),采集成功率100%,其中一次測試就確認的信息282個,占比90.4%;再次測試確認的30個,占比9.6%,主要集中在P4號引物和P23號引物,共計18個,占再次確認的60%。
2.3? ?品種近似性分析
根據(jù)“0、1”規(guī)則,利用采集的指紋信息,通過NTSYS-pc Version 2.0軟件對13個品種進行遺傳聚類和近似性分析(圖2),結(jié)果顯示京欣2號和京欣無籽1號最為近似,近似系數(shù)達到0.97,差異2個位點,其余品種間差異位點都在6個以上,說明北京主栽西瓜品種間的遺傳背景較為廣泛,具有較好的多樣性。
2.4? ?指紋信息共享應(yīng)用
為了推進標準樣品指紋信息的共享應(yīng)用,將所有品種的指紋數(shù)據(jù)及峰型圖錄入北京市農(nóng)作物品種標準樣品信息管理系統(tǒng)(軟件證書登記號:3442753),用戶可以利用系統(tǒng)查詢相關(guān)品種的指紋信息,并可以將自己所做樣品的指紋信息與系統(tǒng)里的標準樣品指紋信息進行比對,以此分析樣品的真?zhèn)?,從而為品種鑒定和品種權(quán)保護提供技術(shù)支撐。
3? ?討論
DNA標記指紋技術(shù)在玉米、水稻等主要農(nóng)作物品種鑒定上得到廣泛應(yīng)用[2-4],為其品種權(quán)保護提供了重要的技術(shù)保障,有效遏制了品種權(quán)侵權(quán)、假冒違法行為。然而像西瓜、番茄、辣椒等非主要農(nóng)作物,指紋鑒定技術(shù)研究相對較少,目前也沒有權(quán)威已知品種指紋數(shù)據(jù)庫,品種鑒定更多的還是依賴于田間種植鑒定,不僅費時費力,而且時效性差。
在沒有相關(guān)成熟技術(shù)標準的條件下,為更好地開展北京市優(yōu)良西瓜品種快速鑒定與品種權(quán)保護工作,本研究在前期引物篩選的基礎(chǔ)上,利用征集的標準樣品構(gòu)建了北京市主要栽培西瓜品種的SSR指紋,并通過網(wǎng)絡(luò)平臺實現(xiàn)指紋信息的共享和比對,為西瓜品種真實性快速鑒定提供了重要的輔助作用。下一步將根據(jù)品種推廣的情況,采集更多優(yōu)良西瓜品種的指紋信息,同時將指紋鑒定結(jié)果與田間種植鑒定結(jié)果進行比較,對標記引物進一步優(yōu)化,提高品種鑒定的準確性。
參考文獻:
[ 1 ] 吳明生,牛茜,田雅欄.西瓜品種SSR標記鑒定引物的篩選與分析[J].作物雜志,2014(5):38-42.
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[ 3 ] 陸徐忠,倪金龍,李莉,等.利用SSR分子指紋和商品信息構(gòu)建水稻品種身份證[J].作物學(xué)報,2014(5):823-829.
[ 4 ] 匡猛,楊偉華,許紅霞.中國棉花主栽品種DNA指紋圖譜構(gòu)建及SSR標記遺傳多樣性分析[J].中國農(nóng)業(yè)科學(xué),2011,44(1):20-27.
(收稿日期:2019-08-14)