摘要:詩琳通木蘭(Magnolia sirindhorniae Noot. amp; Chalermglin)作為木蘭科園林綠化優(yōu)良新品種,具有極高的經(jīng)濟價值和生態(tài)效益。bHLH轉(zhuǎn)錄因子為植物第二大轉(zhuǎn)錄因子基因家族,在植物抗逆方面發(fā)揮重要作用。本研究基于鹽堿脅迫下詩琳通木蘭轉(zhuǎn)錄組,鑒定詩琳通木蘭bHLH基因家族成員,利用生物信息學(xué)分析詩琳通木蘭bHLH轉(zhuǎn)錄因子的蛋白理化性質(zhì)、二級結(jié)構(gòu)、系統(tǒng)發(fā)育和保守基序等特征,結(jié)合鹽堿脅迫中詩琳通木蘭葉和根的基因表達分析,篩選出與鹽堿脅迫響應(yīng)相關(guān)的bHLH。結(jié)果表明,詩琳通木蘭鑒定出72個bHLH保守結(jié)構(gòu)域的成員,蛋白大小在72~736 aa之間,均為親水蛋白,MsbHLH蛋白亞細胞定位預(yù)測顯示,大部分bHLH存在于細胞核中。將系統(tǒng)發(fā)育進化樹分成23個亞家族,詩琳通木蘭分布在17個亞組中,組內(nèi)基因結(jié)構(gòu)相似,都具有相同的motif1和motif2。詩琳通木蘭bHLH基因表達分析結(jié)果顯示,差異基因MsbHLH13、MsbHLH14表達量發(fā)生顯著變化,可能與詩琳通木蘭的耐鹽堿能力相關(guān)。本研究結(jié)果為進一步深入研究MsbHLH轉(zhuǎn)錄因子響應(yīng)鹽堿脅迫的分子響應(yīng)機制奠定基礎(chǔ)。
關(guān)鍵詞:詩琳通木蘭;bHLH基因家族;鹽堿脅迫;基因表達
中圖分類號:S188;S718.43" 文獻標志碼:A
文章編號:1002-1302(2025)04-0141-13
收稿日期:2024-03-09
基金項目:廣東省林業(yè)科技創(chuàng)新項目(編號:2023KJCX002)。
作者簡介:謝 微(1999—),女,湖南衡陽人,碩士,主要從事林木遺傳育種研究。E-mail:1269389348@qq.com。
通信作者:鄧小梅,博士,教授,主要從事林木遺傳育種研究工作。E-mail:dxmei2006@scau.edu.cn。
詩琳通木蘭(Magnolia sirindhorniae Noot. amp; Chalermglin)為木蘭科(Magnoliaceae)含笑屬植物,于1999年在泰國中部沼澤地被發(fā)現(xiàn),2003年泰國公主詩琳通訪華時贈予中國[1-2]。作為常綠大喬木,詩琳通木蘭樹冠寬廣、花精巧秀麗,具有較高的園林綠化功能;木材可供建筑、家具、室內(nèi)裝修等用材;樹皮、葉片和花均可提取香精油,經(jīng)濟價值極高;耐澇性強,有一定耐熱耐旱能力,具有較強的適應(yīng)性,生態(tài)效益極高且應(yīng)用前景十分廣闊[3-5]。
bHLH轉(zhuǎn)錄因子包含堿性區(qū)域和螺旋-環(huán)-螺旋(HLH)2個結(jié)構(gòu)高度保守區(qū)域,是僅次于MYB家族的第二大轉(zhuǎn)錄因子家族,廣泛存在于動物、植物及微生物等真核生物中。bHLH轉(zhuǎn)錄因子最早報道參與了玉米(Zea mays L.)花青素的合成[6],隨后在擬南芥[Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.]、水稻(Oryza sativa L.)、楊樹(Populus L.)等模式植物中被發(fā)現(xiàn)報道[7-9]。研究表明,bHLH轉(zhuǎn)錄因子在植物的生長發(fā)育、次生代謝中起著至關(guān)重要的作用[10-11],同時也參與調(diào)控植物響應(yīng)干旱、鹽堿、低溫高溫和缺乏營養(yǎng)元素等多種非生物脅迫[12-17]。鹽堿脅迫是一種危害非常嚴重的非生物脅迫,持續(xù)高鹽堿土壤環(huán)境會造成土壤滲透勢降低和pH值升高,致使植物生長發(fā)育活動停滯,嚴重時植物體內(nèi)會積累過多金屬離子而死亡[18]。研究證明,bHLH轉(zhuǎn)錄因子與植物鹽堿抗性密切相關(guān),研究發(fā)現(xiàn),擬南芥中AtbHLH122和AtMYC2轉(zhuǎn)錄因子通過負調(diào)節(jié)下游基因AtNHX1和AtNHX6使擬南芥突變體更具耐鹽性[19];玉米ZmbHLH55通過直接調(diào)節(jié)GDP-甘露糖途徑基因,增加抗壞血酸生物的合成來提高耐鹽性[20];西瓜中鑒定的96個bHLH基因家族成員中有14個基因受到鹽脅迫時顯著表達[21];將云南紅梨PybHLH基因轉(zhuǎn)到煙草中進行過表達,轉(zhuǎn)基因煙草耐鹽性有一定提高[22];在毛竹鑒定的153個bHLH基因家族成員中,有15個PebHLH基因表達量發(fā)生顯著變化應(yīng)對鹽脅迫[23];水培鹽脅迫和盆栽鹽脅迫中,CpbHLH36、CpbHLH68、CpbHLH146被驗證參與青錢柳耐鹽基因調(diào)控[24]。目前,bHLH轉(zhuǎn)錄因子在植物抗逆方向的研究內(nèi)容豐富,但詩琳通木蘭bHLH轉(zhuǎn)錄因子抗逆方向研究,特別是鹽堿脅迫方面鮮有報道。本研究基于詩琳通木蘭轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果,利用生物信息學(xué)篩選出bHLH家族基因,進行分類鑒定和理化性質(zhì)及保守結(jié)構(gòu)域分析,與擬南芥bHLH家族基因構(gòu)建系統(tǒng)進化樹,分析詩琳通木蘭在鹽堿脅迫下的bHLH基因表達模式,預(yù)測bHLH蛋白三維結(jié)構(gòu),為進一步研究詩琳通木蘭bHLH基因鹽堿脅迫提供理論依據(jù)。
1 材料與方法
1.1 材料及脅迫處理
本研究以生長至50 cm的詩琳通木蘭組培盆栽苗為試驗材料,試驗前對盆栽苗進行常規(guī)水肥管理,試驗時對照組澆灌1/2 Hoagland’s營養(yǎng)液,脅迫組澆灌由1/2 Hoagland’s營養(yǎng)液配制的Na+濃度為250 mmol/L的鹽處理液,其中鹽處理液的中性鹽NaCl和堿性鹽NaHCO3摩爾比為1 ∶1,每個處理5株,重復(fù)3次。采集脅迫30 d的葉片和根部樣品進行轉(zhuǎn)錄組測序。本試驗在華南農(nóng)業(yè)大學(xué)林學(xué)與風(fēng)景園林學(xué)院進行,試驗時間為2022年7—8月。
1.2 詩琳通木蘭bHLH基因家族成員鑒定、理化性質(zhì)和二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
在TAIR網(wǎng)站(https://www.arabidopsis.org/)下載擬南芥 bHLH 轉(zhuǎn)錄因子的基因序列及蛋白序列,在Interpro(https://www.ebi.ac.uk/interpro)蛋白家族數(shù)據(jù)庫下載bHLH(PF00010)隱馬爾科夫模型,基于擬南芥基因基蛋白序列和PF00010模型,運用本地BLAST和HMMER 3.0軟件對詩琳通木蘭轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行BLASTp檢測(閾值:E值lt;10-5),獲得詩琳通木蘭中含有bHLH保守結(jié)構(gòu)域的蛋白序列,利用在線軟件MEME(http://meme-suite.org/tools/meme)剔除不具有bHLH結(jié)構(gòu)域和bHLH結(jié)構(gòu)域不完整的假陽性序列,最終篩選出確定的詩琳通木蘭bHLH轉(zhuǎn)錄因子。
使用在線軟件ExPASy的ProtParam工具(https://web.expasy.org/protparam/)計算獲得詩琳通木蘭bHLH蛋白的基本理化性質(zhì),包含氨基酸殘基數(shù)、分子量、理論等電點、不穩(wěn)定性指數(shù)、脂溶指數(shù)、親水性平均值等基本理化性質(zhì);利用在線網(wǎng)站Cell-PLoc2.0(http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/)預(yù)測詩琳通木蘭bHLH基因家族成員的亞細胞定位情況;運用在線工具SOPMA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/)進行蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測。
1.3 詩琳通木蘭bHLH基因家族保守基序、保守結(jié)構(gòu)域與多重序列對比
利用在線軟件MEME分析詩琳通木蘭bHLH基因家族成員蛋白序列的motif,搜索數(shù)量設(shè)置為5,其他參數(shù)為默認值,并使用TBtools軟件將篩選后的蛋白保守基序進行可視化。將最終確認的蛋白序列上傳至NCBI搜索保守結(jié)構(gòu)域,下載hitdate文件,利用TBtools中的gene structure view對hitdate結(jié)果文件進行可視化。運用DNAMAN 6.0軟件對MsbHLH氨基酸序列進行多序列比對,用WebLogo 在線工具(https://weblogo.berkeley.edu/)分析MsbHLH轉(zhuǎn)錄因子保守結(jié)構(gòu)域氨基酸基序。
1.4 詩琳通木蘭bHLH基因家族系統(tǒng)進化分析
基于擬南芥bHLH家族蛋白序列,使用MEGA 11.0構(gòu)建擬南芥和詩琳通木蘭bHLH系統(tǒng)發(fā)育進化樹,采用鄰接法(neighbor-joining method),bootstrap值設(shè)置為1 000,其他參數(shù)默認值,再使用在線軟件iTOL(https://itol.embl.de/)對系統(tǒng)發(fā)育進化樹美化處理。
1.5 詩琳通木蘭bHLH基因在不同脅迫處理下的表達分析
通過對轉(zhuǎn)錄表達數(shù)據(jù)的分析,計算基因表達水平并歸一化為FPKM(fragments per kilobase of transcript per million mapped reads)值,利用Tbtools繪制詩琳通木蘭bHLH基因鹽堿脅迫30 d時表達模式熱圖。
1.6 詩琳通木蘭bHLH蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測
根據(jù)轉(zhuǎn)錄表達分析,對顯著響應(yīng)鹽堿脅迫的MsbHLH蛋白序列與PDB(https://saves.mbi.ucla.edu/)在線數(shù)據(jù)庫進行PSI-blast同源比對,搜索得到MsbHLH最佳匹配的蛋白三維結(jié)構(gòu)模板,再以此模板運用 Swiss-model 在線工具(https://swissmodel.expasy.org/)以同源建模的方式構(gòu)建MsbHLH蛋白三維結(jié)構(gòu)模型,篩選序列一致度在20%的蛋白序列三維結(jié)構(gòu)作為預(yù)測模型。
2 結(jié)果與分析
2.1 詩琳通木蘭bHLH基因家族成員的鑒定、理化性質(zhì)及定位分析
經(jīng)過本地BLAST和 HMMER 3.0初步篩選,MEME剔除無結(jié)構(gòu)域及結(jié)構(gòu)域不完整的序列后,共獲取72個MsbHLH轉(zhuǎn)錄因子家族成員,將其重新編號為MsbHLH1~MsbHLH72(表1)。
使用Expasy在線軟件對MsbHLH蛋白理化性質(zhì)的分析結(jié)果表明,蛋白長度最大的是MsbHLH59,達到736 aa,最短的是MsbHLH72(72 aa);蛋白分子量最大值和最小值分別為78 982.95 u和10 446.69 u,平均值為40 382.7 u。理論等電點在4.11~9.79之間。70%的MsbHLH蛋白等電點小于7,偏酸性,30%蛋白偏堿性;所有蛋白的不穩(wěn)定指數(shù)均大于40;蛋白脂溶指數(shù)在56.35~100.75之間,大于等于60的蛋白高達68個;親水性均值均為負值,MsbHLH蛋白表現(xiàn)出較強的親水性,均為親水蛋白。
通過亞細胞定位預(yù)測(表2)發(fā)現(xiàn),共有67個MsbHLH基因(93.05%)定位在細胞核內(nèi),而MsbHLH8和MsbHLH26定位在葉綠體中,MsbHLH45、MsbHLH68定位在細胞質(zhì)中,MsbHLH29定位在細胞外。由蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果可以得出,72個MsbHLH的蛋白均具有α-螺旋、延伸、β-折疊、無規(guī)則卷曲二級結(jié)構(gòu),呈現(xiàn)出無規(guī)則卷曲數(shù)>α-螺旋數(shù)≥延伸鏈數(shù)>β-折疊數(shù)的特點(表3)。
2.2 詩琳通木蘭bHLH系統(tǒng)發(fā)育和分類分析
為進一步研究bHLH基因家族的進化關(guān)系,運用MEGA 11.0軟件對鑒定得到的72個詩琳通木蘭MsbHLH蛋白序列與158個擬南芥AtbHLH蛋白序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進化樹。根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育進化樹分類情況(圖1),全部bHLH轉(zhuǎn)錄因子分為23個亞家族,72個詩琳通木蘭bHLH聚類在17個亞家族上,G6、G7、G12、G13、G14和G21亞家族上無詩琳通木蘭bHLH成員,進化樹其余亞家族上包含了詩琳通木蘭和擬南芥bHLH;其中,G15組、G23組成員最少,均只有1個成員;G1組中成員最多,有13個MsbHLH成員。系統(tǒng)發(fā)育分析表明,分布在相同亞家族內(nèi)的bHLH轉(zhuǎn)錄因子可能具有相同的功能, 在詩琳通木蘭響應(yīng)鹽堿脅迫中發(fā)揮著相似作用, 可以
通過試驗進一步驗證。
2.3 詩琳通木蘭bHLH保守結(jié)構(gòu)域、motif分析和蛋白序列對比
運用MEME軟件對詩琳通木蘭bHLH基因蛋白基序(motif)進行預(yù)測,共鑒定出5個motif(motif1~motif5),motif長度為21~50個氨基酸(表4)。72個詩琳通木蘭bHLH蛋白中均有motif1和motif2,長度為29 aa和21 aa,且在所有MsbHLH中緊密相鄰,motif1包含1個堿性區(qū)域和1個螺旋區(qū)域,motif2包含1個環(huán)狀區(qū)域和另外1個螺旋區(qū)域,2個基序共同構(gòu)成bHLH結(jié)構(gòu)域(圖2)。同屬于一個亞族的bHLH具有種類和數(shù)目的motif,也存在些許差異,如G4、G15、G18、G19、G20、G23亞族中每個MsbHLH均只具有motif1和motif2,但其他亞族的MsbHLH蛋白中不僅有2個motif,也有3個motif, 類別也不一樣(圖3和圖4)。
通過DNAMAN軟件對72個bHLH蛋白進行序列比對(圖2),并用WebLogo在線軟件獲取詩琳通木蘭bHLH蛋白結(jié)構(gòu)域序列標簽(圖2),MsbHLH蛋白保守結(jié)構(gòu)域氨基酸序列中有21個氨基酸殘基較為保守(sequence identity>50%), 7個氨基酸殘基高度保守(sequence identity>90%),堿基區(qū)位于N端,α螺旋2區(qū)位于C端,分別由9、19個氨基酸殘基組成,堿基區(qū)有高度保守的R6-E9-R8-R9(Arg6-Glu9-Arg8-Arg9)4個位點,2個螺旋區(qū)有L19-P24-L51(Leu19-Pro24-Leu51)3個保守位點。
2.4 詩琳通木蘭bHLH家族基因在不同脅迫處理下的表達分析
在轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果(圖5)中,鹽堿脅迫30 d后,處理組相比對照組葉片有52個基因上調(diào),14個基因下調(diào),其中MsbHLH13、MsbHLH14、MsbHLH5、MsbHLH47、MsbHLH53、MsbHLH38、MsbHLH30顯著上調(diào),MsbHLH52、MsbHLH15、MsbHLH58顯著下調(diào);根受到鹽堿脅迫后的表達上調(diào)基因有25個,下調(diào)基因有43個,其中MsbHLH38顯著上調(diào),MsbHLH5、MsbHLH62和MsbHLH53顯著下調(diào),可見葉與根中顯著表達的基因有部分重合(MsbHLH38、MsbHLH5、MsbHLH53),表明這些重合的基因在鹽堿脅迫過程中可能同時對葉和根發(fā)揮重要的調(diào)控作用。
2.5 詩琳通木蘭bHLH蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測
基于轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)所作熱圖的表達分析,對葉和根在脅迫中顯著表達的9個MsbHLH蛋白三維模型進行預(yù)測(圖6),圖6中所有蛋白三維結(jié)構(gòu)都具有高度保守的bHLH結(jié)構(gòu),也包含α-螺旋、β-折疊、β-轉(zhuǎn)角及無規(guī)則卷曲等蛋白基本空間構(gòu)象,9個蛋白三維結(jié)構(gòu)具有一定相似性,所有蛋白三維結(jié)構(gòu)序列同源性(sequence identity)都在20%以上。
3 討論
近年來,關(guān)于植物bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族相關(guān)研究越來越多,擬南芥中已有30% bHLH基因功能陸續(xù)被鑒定[25]。bHLH作為植物第二大轉(zhuǎn)錄因子家族,具有多種生物學(xué)功能,如調(diào)節(jié)植物生長發(fā)育和響應(yīng)非生物脅迫,通過與相關(guān)基因啟動子區(qū)域的順式元件特異性結(jié)合,調(diào)節(jié)特定氨基酸殘基和靶基因轉(zhuǎn)錄表達,進而廣泛參與植物生命活動。
本研究共鑒定出72個詩琳通木蘭bHLH基因家族成員,相比其他植物中發(fā)現(xiàn)的bHLH基因家族成員數(shù)量,詩琳通木蘭bHLH基因家族成員數(shù)量相對較少。如擬南芥、大豆(Glycine max)、玉米、歐洲油菜(Brassica napus)、甘薯(Ipomoea batatas)、辣椒(Capsicum annuum)、白菜(Brassica rapa)、梨(Pyrus)分別鑒定出147、340、208、460、152、132、249、200個bHLH基因[26-33],這可能是由于不同物種的基因組大小不同,同時在進化和生境方面也有差異,并且bHLH基因數(shù)量多的物種可能經(jīng)歷大規(guī)模的基因復(fù)制而導(dǎo)致bHLH基因不斷擴展,也可能測序組條件限制等原因?qū)е略谠娏胀咎m中還有尚未發(fā)現(xiàn)的bHLH基因[34-37]。分析MsbHLH轉(zhuǎn)錄因子保守結(jié)構(gòu)域時發(fā)現(xiàn)有21個氨基酸殘基保守位點,保守性超過50%,其中有7個氨基酸殘基保守性超過75%,MsbHLH堿基區(qū)高度保守的Glu-5、Arg-6、Arg-8和Arg-9可能在DNA結(jié)合中扮演關(guān)鍵角色,而螺旋-環(huán)-螺旋區(qū)的Leu-19、Pro-24、Leu-51相互作用可能在形成同源或異源二聚體發(fā)揮重要作用[38-39]。將詩琳通木蘭bHLH基因家族劃分23個亞族,在已報道的擬南芥bHLH基因中,同一亞家族成員進化關(guān)系越近,其基因結(jié)構(gòu)和基因功能越為相似[28,40]。同理,詩琳通木蘭同一亞家族的成員可能在功能和進化關(guān)系上也更加相似,如MsbHLH59、MsbHLH50、MsbHLH1和MsbHLH39這4個基因親緣關(guān)系相近,motif和基序完全一致,并且同亞族的motif和結(jié)構(gòu)域也具有相似的結(jié)構(gòu)和數(shù)量,推測對應(yīng)的基因功能也相似。不同亞族內(nèi)基因的Motif和結(jié)構(gòu)域差異較大,猜測可能由于差異基因的結(jié)構(gòu)和motif組合導(dǎo)致bHLH基因功能的分化[41]。
鹽堿脅迫處理下,發(fā)現(xiàn)某些MsbHLH基因表達量有明顯差異。葉片中MsbHLH13、MsbHLH14、MsbHLH5、MsbHLH47、MsbHLH53、MsbHLH38、MsbHLH30顯著上調(diào),MsbHLH52、MsbHLH15、MsbHLH58基因顯著下調(diào);根中的MsbHLH38基因顯著上調(diào),MsbHLH5、MsbHLH62、MsbHLH53基因顯著下調(diào)。在擬南芥耐鹽基因功能鑒定研究中,bHLH106過表達的KO擬南芥株型對NaCl表現(xiàn)出耐受性,同時bHLH106對鹽脅迫調(diào)控基因、耐鹽Zn-finger10(ZAT10)、鹽誘導(dǎo)Zn-finger1(SZF1)等非鹽脅迫相關(guān)基因進行正調(diào)控,以提高植物耐鹽性[42]。而MsbHLH轉(zhuǎn)錄因子第11亞組包含bHLH106(At2g41130), 通過對系統(tǒng)發(fā)育進化樹的分析發(fā)現(xiàn),MsbHLH55和At2g41130親緣關(guān)系十分接近,推測MsbHLH55可能參與調(diào)控詩琳通木蘭某些
下游耐鹽基因表達以應(yīng)對鹽堿脅迫,需要后續(xù)驗證。
4 結(jié)論
本研究共鑒定出72個MsbHLH基因,對家族成員進行蛋白理化性質(zhì)、亞細胞定位及二級結(jié)構(gòu)等基礎(chǔ)分析,并對MsbHLH和擬南芥bHLH基因進行系統(tǒng)發(fā)育進化樹的構(gòu)建,將72個基因家族成員分為23個亞家族,同時結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)MsbHLH基因在鹽堿脅迫下的表達模式發(fā)生顯著差異,并找出11條可能在詩琳通木蘭鹽堿脅迫過程中發(fā)揮重要作用的基因,但其具體功能需驗證確定。本研究結(jié)果為進一步深入研究MsbHLH轉(zhuǎn)錄因子響應(yīng)鹽堿脅迫的生物學(xué)功能奠定基礎(chǔ)。
參考文獻:
[1]Nooteboom H P,Chalermglin P. A new species of magnolia (Magnoliaceae) from Thailand[J]. BLUMEA,2002,47(3):541-543.
[2]張新華,夏念和. 木蘭科植物染色體數(shù)目報道[J]. 熱帶亞熱帶植物學(xué)報,2005,13(6):516-518.
[3]Ghosh D,Chaudhary N,Uma Kumari K,et al. Diversity of essential oil-secretory cells and oil composition in flowers and buds of Magnolia sirindhorniae and its biological activities[J]. Chemistry amp; Biodiversity,2021,18(1):e2000750.
[4]楊科明. 中國遷地栽培植物志:木蘭科[M]. 北京:科學(xué)出版社,2016.
[5]利健文. 木蘭科植物精油的提取和GC-MS分析[D]. 廣州:華南理工大學(xué),2011.
[6]Ludwig S R,Habera L F,Dellaporta S L,et al. Lc,a member of the maize R gene family responsible for tissue-specific anthocyanin production,encodes a protein similar to transcriptional activators and contains the myc-homology region[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,1989,86(18):7092-7096.
[7]Bailey P C,Martin C,Toledo-Ortiz G,et al. Update on the basic helix-loop-helix transcription factor gene family in Arabidopsis thaliana[J]. The Plant Cell,2003,15(11):2497-2502.
[8]Carretero-Paulet L,Galstyan A,Roig-Villanova I,et al. Genome-wide classification and evolutionary analysis of the bHLH family of transcription factors in Arabidopsis,poplar,rice,moss,and algae[J]. Plant Physiology,2010,153(3):1398-1412.
[9]Li X X,Duan X P,Jiang H X,et al. Genome-wide analysis of basic/helix-loop-helix transcription factor family in rice and Arabidopsis[J]. Plant Physiology,2006,141(4):1167-1184.
[10]Feller A,Machemer K,Braun E L,et al. Evolutionary and comparative analysis of MYB and bHLH plant transcription factors[J]. The Plant Journal,2011,66(1):94-116.
[11]Wang K N,Liu H Y,Mei Q L,et al. Characteristics of bHLH transcription factors and their roles in the abiotic stress responses of horticultural crops[J]. Scientia Horticulturae,2023,310:111710.
[12]Cui X,Wang Y X,Liu Z W,et al. Transcriptome-wide identification and expression profile analysis of the bHLH family genes in Camellia sinensis[J]. Functional amp; Integrative Genomics,2018,18(5):489-503.
[13]Huang D Q,Dai W H. Molecular characterization of the basic helix-loop-helix (bHLH) genes that are differentially expressed and induced by iron deficiency in Populus[J]. Plant Cell Reports,2015,34(7):1211-1224.
[14]Li Y L,Li L,Ding W J,et al. Genome-wide identification of Osmanthus fragrans bHLH transcription factors and their expression analysis in response to abiotic stress[J]. Environmental and Experimental Botany,2020,172:103990.
[15]Zhan H,Liu H Z,Ai W F,et al. Genome-wide identification and expression analysis of the bHLH transcription factor family and its response to abiotic stress in Mongolian oak (Quercus mongolica)[J]. Current Issues in Molecular Biology,2023,45(2):1127-1148.
[16]金 曼,蘇彥華. 沙冬青響應(yīng)非生物脅迫的轉(zhuǎn)錄因子基因鑒定與分析[J]. 植物資源與環(huán)境學(xué)報,2018,27(1):1-10.
[17]尚先文,范付華,周紫晶,等. 馬尾松苗期轉(zhuǎn)錄組bHLH基因家族成員鑒定及表達分析[J]. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報,2020,28(11):1947-1959.
[18]王佺珍,劉 倩,高婭妮,等. 植物對鹽堿脅迫的響應(yīng)機制研究進展[J]. 生態(tài)學(xué)報,2017,37(16):5565-5577.
[19]Krishnamurthy P,Vishal B,Khoo K,et al. Expression of AoNHX1 increases salt tolerance of rice and Arabidopsis,and bHLH transcription factors regulate AtNHX1 and AtNHX6 in Arabidopsis[J]. Plant Cell Reports,2019,38(10):1299-1315.
[20]Yu C M,Yan M,Dong H Z,et al. Maize bHLH55 functions positively in salt tolerance through modulation of AsA biosynthesis by directly regulating GDP-mannose pathway genes[J]. Plant Science,2021,302:110676.
[21]何 潔,顧秀容,魏春華,等. 西瓜bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族基因的鑒定及其在非生物脅迫下的表達分析[J]. 園藝學(xué)報,2016,43(2):281-294.
[22]崔道雷,張曉東,徐慧妮,等. 紅梨PybHLH基因過表達提高煙草NaCl抗性的研究[J]. 生命科學(xué)研究,2013,17(1):24-31.
[23]徐秀榮,楊克彬,王思寧,等. 毛竹bHLH轉(zhuǎn)錄因子的鑒定及其在干旱和鹽脅迫條件下的表達分析[J]. 植物科學(xué)學(xué)報,2019,37(5):610-620.
[24]Zhang Z J,F(xiàn)ang J,Zhang L,et al. Genome-wide identification of bHLH transcription factors and their response to salt stress in Cyclocarya paliurus[J]. Frontiers in Plant Science,2023,14:1117246.
[25]Pires N,Dolan L. Origin and diversification of basic-helix-loop-helix proteins in plants[J]. Molecular Biology and Evolution,2010,27(4):862-874.
[26]Toledo-Ortiz G,Huq E,Quail P H. The Arabidopsis basic/helix-loop-helix transcription factor family[J]. The Plant Cell,2003,15(8):1749-1770.
[27]程 琳,薛亞杰,付覺民,等. 大豆bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族成員的進化及功能分化研究[J]. 信陽師范學(xué)院學(xué)報(自然科學(xué)版),2019,32(1):27-38.
[28]Zhang T T,Lv W,Zhang H S,et al. Genome-wide analysis of the basic Helix-Loop-Helix (bHLH) transcription factor family in maize[J]. BMC Plant Biology,2018,18(1):235.
[29]Shen W,Cui X,Li H,et al. Genome-wide identification and analyses of bHLH family genes in Brassica napus[J]. Canadian Journal of Plant Science,2019,99(5):589-598.
[30]裴苓荃. 甘薯bHLH基因家族的鑒定與初步分析[D]. 徐州:江蘇師范大學(xué),2017.
[31]薛寶平. 辣椒bHLH基因家族的鑒定、表達分析及CabHLH94在應(yīng)答青枯菌侵染中的作用[D]. 延安:延安大學(xué),2019:8.
[32]唐文武,吳秀蘭,鐘佩橋.白菜bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族的全基因鑒定及表達特征分析[J]. 江西農(nóng)業(yè)學(xué)報,2020,32(6):1-5.
[33]董慧珍. 梨bHLH基因家族生物信息學(xué)分析及PbbHLH67基因耐鹽性鑒定[D]. 南京:南京農(nóng)業(yè)大學(xué),2020.
[34]Xu W J,Dubos C,Lepiniec L. Transcriptional control of flavonoid biosynthesis by MYB-bHLH-WDR complexes[J]. Trends in Plant Science,2015,20(3):176-185.
[35]常小瑤,楊忠仁,李連國,等. 基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)地梢瓜bHLH基因家族的鑒定及分析[J/OL]. 分子植物育種,2022:1-15(2022-12-15)[2024-03-09]. http://kns.cnki.net/kcms/detail/46.1068.S.20221214.1230.004.html.
[36]王洪飛,歐 靜,王孝敬,等. 馬纓杜鵑bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族的鑒定與表達分析[J]. 廣西植物,2024,44(9):1649-1668.
[37]張 斌. 大豆轉(zhuǎn)錄因子基因GmbHLH130克隆及在干旱脅迫中的功能分析[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報,2023,39(7):1441-1448.
[38]Atchley W R,F(xiàn)itch W M. A natural classification of the basic helix-loop-helix class of transcription" factors[J]. Proc Natl Acad Sci USA,1997,94(10):5172-5176.
[39]陳麗飛,劉云怡慧,李嘉峻,等. 干旱脅迫下大苞萱草bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族鑒定與分析[J]. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報,2023,36(5):1027-1038.
[40]Li J,Wang T,Han J,et al. Genome-wide identification and characterization of cucumber bHLH family genes and" the functional characterization of CsbHLH041 in NaCl and ABA tolerance in" Arabidopsis and cucumber[J]. BMC Plant Biol,2020,20(1):272.
[41]Wani S H,Anand S,Singh B,et al. WRKY transcription factors and plant defense responses:latest discoveries and future prospects[J]. Plant Cell Reports,2021,40(7):1071-1085.
[42]Ahmad A,Niwa Y S,Goto S,et al. bHLH106 integrates functions of multiple genes through their G-box to confer salt tolerance on Arabidopsis[J]. PLoS One,2015,10(5):e0126872.