趙中華，李綿利，陳紹水，賈 瑞

(濱州醫(yī)學院附屬醫(yī)院，山東 濱州 256603)

Oncomine數(shù)據(jù)庫是目前全球最大的癌癥基因芯片數(shù)據(jù)庫和整合數(shù)據(jù)挖掘平臺。在醫(yī)學教學中，可以積極引入Oncomine數(shù)據(jù)庫的學習及應用，為醫(yī)學生提供學習及科研的重要工具。酪氨酸和蘇氨酸蛋白激酶(tyrosine and threonine protein kinase，TTK)是一種雙重特異性蛋白激酶，可以磷酸化絲/蘇氨酸和酪氨酸[1]。我們以TTK在膠質(zhì)母細胞瘤中的表達和臨床意義為例，應用Oncomine數(shù)據(jù)庫和R2數(shù)據(jù)庫在線分析TTK在膠質(zhì)母細胞瘤中的表達和預后意義。

一、材料與方法

1.從Oncomine數(shù)據(jù)庫中提取數(shù)據(jù)。Oncomine數(shù)據(jù)庫(https：//www.oncomine.org/)是一個癌癥基因芯片數(shù)據(jù)庫和整合數(shù)據(jù)挖掘平臺，可以根據(jù)自己的需要設定篩條件，篩選出符合條件的研究進行在線分析。本研究中，我們的研究目標是比較TTK mRNA表達量在膠質(zhì)母細胞瘤和配對正常腦組織中的表達差異，我們設定的篩選條件為：(1)“Analysis Type: Cancer vs Normal Analysis”；(2)“Gene：TTK”；(3)“Cancer Type：Glioblastoma”；(4)“Sample Type：Clinical Specimen”；(5)“Data Type：mRNA”；(6)臨界值設定條件(P value<1E-4，fold change>2，gene rank=top 10%)。

2.應用R2數(shù)據(jù)庫進行生存分析。應用R2數(shù)據(jù)庫(https://hgserver1.amc.nl)中的TCGA膠質(zhì)母細胞瘤數(shù)據(jù)集進行在線生存分析。選擇條件如下：(1)“Kaplan Meier by gene expression”；(2)“Gene：TTK”；(3)“Dataset：Tumor Glioblastoma-TCGA-540”；(4)“cutoff_modus：median”。TTK mRNA表達與膠質(zhì)母細胞瘤預后的關系采用Kaplan-Meier模型分析。以雙側(cè)P<0.05為差異有統(tǒng)計學意義。

二、結(jié) 果

1.TTK在常見腫瘤類型中的表達結(jié)果。Oncomine數(shù)據(jù)庫中共收集了370項檢測TTK表達量，進行腫瘤組織和正常對照組織比較的研究，其中TTK表達有統(tǒng)計學差異的研究結(jié)果有69項，TTK在腫瘤組織中表達增高的研究有62項，表達降低的研究有7項。

2.TTK在膠質(zhì)母細胞瘤中的表達結(jié)果。共有5項研究涉及TTK mRNA在膠質(zhì)母細胞瘤組織和正常對照腦組織中的表達，剔除1項臨床標本和細胞系混雜的研究后，我們對4項研究共包含776例樣本進行薈萃分析，包括膠質(zhì)母細胞瘤735例和正常對照腦組織41例。文章分別發(fā)表于Cancer Cell[2]、J Clin Oncol[3]、和Cancer Res[4]。在Oncomine數(shù)據(jù)庫中薈萃分析結(jié)果顯示，TTK mRNA在膠質(zhì)母細胞瘤中的表達量顯著高于正常對照腦組織(P=1.29E-11)，提示TTK在膠質(zhì)母細胞瘤中高表達(見圖1)。

注：顏色越深代表TTK mRNA的水平越高

3.TTK在不同膠質(zhì)母細胞瘤研究中的表達差異。Oncomine數(shù)據(jù)庫中TTK在不同的膠質(zhì)母細胞瘤研究芯片中的表達數(shù)據(jù)比較如下所示(見圖2)。這4項研究中，TTK mRNA在膠質(zhì)母細胞瘤中的表達量高于正常對照組(P均<0.001)。

注：A、Sun Brain B、TCGA Brain C、Murat Brain D、Bredel Brain

4.TTK表達與膠質(zhì)母細胞瘤患者預后的關系。應用R2數(shù)據(jù)庫分析顯示，TTK mRNA高表達組患者和低表達組患者總生存率無顯著差異(P=0.394)(見圖3)。

圖3 TTK mRNA表達水平與膠質(zhì)母細胞瘤預后之間的關系

三、討 論

Oncomine數(shù)據(jù)庫是目前全球最大的癌癥基因芯片數(shù)據(jù)庫和整合數(shù)據(jù)挖掘平臺，目前收集了715項研究的基因表達數(shù)據(jù)，包含86733個癌癥組織和正常組織的樣本數(shù)據(jù)。利用Oncomine數(shù)據(jù)庫可以對癌癥組織和正常對照組織進行基因差異表達分析，進行差異表達基因的分選及共表達分析，可以比較目標基因在常見腫瘤組織和正常對照組織中的表達差異，同時進行薈萃分析，不僅能夠節(jié)省科研成本，而且能夠提供更全面的信息。

在多種惡性腫瘤中，TTK的表達水平顯著增高，并且高表達與較差的預后密切相關[5-6]。本文應用Oncomine數(shù)據(jù)庫挖掘分析TTK在膠質(zhì)母細胞瘤和配對的正常對照腦組織中的表達情況，比較TTK mRNA表達量在膠質(zhì)母細胞瘤和配對正常腦組織中的表達差異，并對數(shù)據(jù)進行薈萃分析,得出了TTK mRNA在膠質(zhì)母細胞瘤中的表達量顯著高于正常對照腦組織的科學結(jié)論，同時利用R2數(shù)據(jù)庫進在線行生存分析，為進一步研究TTK在膠質(zhì)母細胞瘤發(fā)生發(fā)展中的作用提供線索和依據(jù)。

在醫(yī)學教學中，特別是腫瘤學教學中，可以積極引入Oncomine數(shù)據(jù)庫的學習及應用，不僅可以啟發(fā)醫(yī)學生的科研探索精神，更為醫(yī)學生提供了學習及科研的重要工具。