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        數(shù)學(xué)和化學(xué)方法在蛋白質(zhì)計(jì)算中的應(yīng)用

        2019-04-01 02:26:00郭衛(wèi)華
        關(guān)鍵詞:肽鏈氧原子天冬氨酸

        郭衛(wèi)華

        【內(nèi)容摘要】高中生物涉及很多蛋白質(zhì)計(jì)算等問題,本文試圖舉例說明數(shù)學(xué)、化學(xué)方法在蛋白質(zhì)計(jì)算中的運(yùn)用。

        【關(guān)鍵詞】數(shù)學(xué)或化學(xué)方法?蛋白質(zhì)計(jì)算

        一、數(shù)學(xué)歸納法是高中數(shù)學(xué)教學(xué)中最基本的方法,在高中生物教學(xué)中也隨處可見,用好此方法可化繁為簡,提高課堂效率

        這個(gè)表格大部分的資料上都出現(xiàn),然而針對N條肽鏈很多老師在教學(xué)過程中可能也沒有講透,或是學(xué)生理解起來很困難。本人在講述這個(gè)知識點(diǎn)的時(shí)候是這樣處理的:

        先講一條肽鏈如:

        讓學(xué)生找出脫水?dāng)?shù)、肽鍵數(shù)、氨基酸數(shù)、肽鏈數(shù)之間的關(guān)系。

        學(xué)生們很快能準(zhǔn)確的答出來:脫水?dāng)?shù)=肽鍵數(shù)=氨基酸數(shù)-肽鏈數(shù)。

        設(shè)問:如果一個(gè)蛋白質(zhì)分子有2條肽鏈怎么辦呢?

        假設(shè)第1條鏈上有氨基酸X個(gè)、肽鏈條數(shù)為1條,則有脫水?dāng)?shù)=肽鍵數(shù)=X-1;

        第1條鏈上氨基酸X個(gè),所以第2條鏈上含有的氨基酸數(shù)為M-X個(gè)、肽鏈條數(shù)還是1條,所以2鏈上就有脫水?dāng)?shù)=肽鍵數(shù)=

        M-X-1;兩條鏈的蛋白質(zhì)則總共脫水就為X-1+M-X-1=M-2,M為氨基酸數(shù)、而2代表兩條肽鏈。說明同樣符合脫水?dāng)?shù)=肽鍵數(shù)=氨基酸數(shù)-肽鏈數(shù)。

        由此類推有N條肽鏈構(gòu)成的蛋白質(zhì)同樣也是如此,通過數(shù)學(xué)歸納法這樣一講,絕大多數(shù)同學(xué)就能很輕松的掌握。

        二、化學(xué)中原子守恒方法的運(yùn)用,計(jì)算蛋白質(zhì)水解后能得到某種氨基酸的個(gè)數(shù)

        現(xiàn)有一種“十五肽”,分子式為CxHyNzOdSe(z>15,d>16)。已知其徹底水解后得到下列幾種氨基酸:

        將一個(gè)“十五肽”徹底水解,可生成???個(gè)半胱氨酸、???個(gè)天冬氨酸和???個(gè)賴氨酸。

        解析:(1)硫原子守恒:硫原子在脫水縮合時(shí)不消耗,可知“十五肽”中硫原子個(gè)數(shù)為半胱氨酸個(gè)數(shù),即形成該多肽消耗了e個(gè)半胱氨酸。

        (2)氮原子守恒:設(shè)組成該多肽的賴氨酸為m個(gè),其它的3種氨基酸總共有(15-m)個(gè),由反應(yīng)前后氮原子守恒(只有賴氨酸含有兩個(gè)氨基),可得:2×m+(15-m)=z,即m=z-15。

        (3)氧原子守恒:設(shè)組成該多肽的天冬氨酸為n個(gè),其它的3種氨基酸總共有(15-n)個(gè),反應(yīng)前氨基酸的氧原子數(shù)=2×(15-n

        )(除天冬氨酸外其它三種氨基酸都是2個(gè)氧原子)+4×n(天冬氨酸數(shù)),反應(yīng)后生成物中氧原子數(shù)=d(多肽中氧原子數(shù))+14(脫去水中的氧原子數(shù)),根據(jù)反應(yīng)前后氧原子守恒,可得:2×15+2×n=d+14。所以n=(d-16)/2。

        變式:現(xiàn)有一多肽,化學(xué)式為C55H70O19N10,已知將它徹底水解后得到下列四種氨基酸:

        根據(jù)該多肽的化學(xué)式推算,它在完全水解后可得到氨基酸共???個(gè),其中丙氨酸???個(gè)。

        解析:首先來看多肽總的化學(xué)式:根據(jù)氮原子有10個(gè),而這幾種氨基酸的氮原子都是1個(gè),那么徹底水解后共有10個(gè)氨基酸。

        其次看特殊:因?yàn)橐粋€(gè)谷氨酸分子有4個(gè)氧原子,而其他的都只有2個(gè),而在10個(gè)氨基酸脫水縮合成肽鏈時(shí),生成了9分子水,假設(shè)谷氨酸為X個(gè),其它3種總共為10-X,根據(jù)氧原子守恒,可列出4×X+2×(10-X)=19+9,求出谷氨酸有4個(gè)。

        再設(shè)甘氨酸、丙氨酸、苯丙氨酸的個(gè)數(shù)分別為a、b、c

        最后根據(jù)4種氨基酸總個(gè)數(shù)為10,其中谷氨酸有4個(gè),也就是說其它3種總共6個(gè),可得,a+b+c=6,

        根據(jù)碳原子守恒:因?yàn)槊撍s合碳不會(huì)減少所以有2a+3b+9c+5×4=55,

        根據(jù)氫原子守恒:還要加上9個(gè)水分子中的氫,5a+7b+11c+9×4=70+2×9

        解得a=1,b=2,c=3,即丙氨酸為2個(gè)。此題是碳、氫、氧和氮原子守恒的綜合運(yùn)用。

        隨著高考對學(xué)生能力要求的不斷提高,高考中解題方式的數(shù)學(xué)化、化學(xué)化也越來越明顯。因此在教學(xué)中尤其是高考前復(fù)習(xí)課中,幫助學(xué)生歸納一些常見的生物計(jì)算類型及總結(jié)相應(yīng)的解題方法是很有必要的,同時(shí)又充分發(fā)揮學(xué)生學(xué)習(xí)的主觀能動(dòng)性和積極性,做到“教學(xué)相長”,才能在生物課堂的有效教學(xué)中取得更大的成績。

        【參考文獻(xiàn)】

        [1]涂金學(xué).運(yùn)用數(shù)學(xué)方法解決生物問題[J].中學(xué)生物學(xué),2000(5):5-6.

        [2]許瑞芳.在解題中應(yīng)用數(shù)學(xué)方法例談[J].生物學(xué)教學(xué),2004(2):19-20.

        [3]曹恩華.數(shù)學(xué)方法在生物學(xué)解題中的應(yīng)用例析[J].科學(xué)教育,2005(1):35-36.

        (作者單位:廣東北江中學(xué))

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