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        混合血樣DNA等位基因分型探究

        2015-01-03 04:25:38兵,羅楊,門
        關(guān)鍵詞:純合子合子基因座

        龍 兵,羅 楊,門 放

        (1.四川警察學(xué)院 四川瀘州 646000;2.瀘州市公安局 四川瀘州 646000)

        混合血樣DNA等位基因分型探究

        龍 兵1,羅 楊2,門 放1

        (1.四川警察學(xué)院 四川瀘州 646000;2.瀘州市公安局 四川瀘州 646000)

        以人體混合血樣為研究對(duì)象,研究?jī)蓚€(gè)體混合血樣的基因座等位基因分型表現(xiàn)。實(shí)驗(yàn)材料與方法∶采用Chelex-100法提取DNA,ID試劑盒進(jìn)行PCR擴(kuò)增,AB-3130基因自動(dòng)分析儀電泳,Genemapper3.2軟件進(jìn)行分析。實(shí)驗(yàn)結(jié)果∶兩個(gè)體混合血樣的基因座等位基因可表現(xiàn)為4個(gè)等位基因,3個(gè)等位基因,2個(gè)等位基因或1個(gè)等位基因。隨著混合比例差距的增大,量少個(gè)體的等位基因峰相對(duì)于量多個(gè)體等位基因峰越來(lái)越低。當(dāng)混合比例達(dá)到1∶10時(shí),量少個(gè)體的等位基因峰很低,基本上不影響量多個(gè)體的等位基因分型。

        混合樣本;DNA;STR;等位基因

        DNA分析已經(jīng)成為公安工作中進(jìn)行個(gè)體識(shí)別的重要技術(shù),在案件的偵破和審判中發(fā)揮重要作用。對(duì)于一些特殊檢材的分析,比如混合樣本的分析就是目前DNA分析的一個(gè)難點(diǎn)[1][2]?;旌蠙z材是指被測(cè)樣本來(lái)自兩個(gè)或兩個(gè)以上個(gè)體,常見于陰道拭子、乳頭拭子、皮膚咬痕、致傷多人的兇器、指甲等[3],是檢案中經(jīng)常遇到的檢材。對(duì)于此類檢材,我們常感到十分棘手,難以進(jìn)行確切的個(gè)體識(shí)別,嚴(yán)重影響此類案件的偵破和審判[4]。本文主要討論了兩個(gè)體混合血樣的基因座等位基因分型表現(xiàn)。

        一、材料與方法

        (一)樣本及DNA提取。

        采取4名個(gè)體靜脈血樣,標(biāo)記為1,2,3,4號(hào)個(gè)體。將1號(hào)個(gè)體與2號(hào)個(gè)體血樣分別按照1:1,1: 2,1:10,1:50體積混合;3號(hào)與4號(hào)個(gè)體血樣按照同樣方法進(jìn)行混合。對(duì)所用檢測(cè)樣本均采用Chelex-100法提取DNA[5],提取的血量為8ul。

        (二)PCR擴(kuò)增。

        采用AB公司ID試劑盒進(jìn)行PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增體系為10ul。AB公司9700 PCR擴(kuò)增儀擴(kuò)增,PCR反應(yīng)條件為95℃預(yù)變性11min,94℃變性1min,59℃退火1min,72℃延伸1min,共進(jìn)行28個(gè)循環(huán),60℃保溫60min。

        (三)電泳檢測(cè)及分析。

        PCR擴(kuò)增產(chǎn)物采用AB公司3130基因自動(dòng)分析儀電泳,Genemapper3.2軟件進(jìn)行分析。電泳體系為:PCR擴(kuò)增產(chǎn)物1ul,去離子甲酰胺10ul,GS500LIZ內(nèi)標(biāo)1.25ul。

        二、結(jié)果

        當(dāng)按照1:1體積進(jìn)行混合時(shí),DNA圖譜中兩名個(gè)體的等位基因峰高比較均衡,如圖1(1號(hào)、2號(hào)個(gè)體STR分型結(jié)果見表1、表2)。當(dāng)混合體積為1:2時(shí),量少個(gè)體等位基因峰高比較明顯低于量多個(gè)體。隨著混合比例的增大,量少個(gè)體等位基因峰相對(duì)于量多個(gè)體等位基因峰越來(lái)越低。當(dāng)混合比例達(dá)到1:10時(shí),量少個(gè)體等位基因峰很低,基本上不影響量多個(gè)體的等位基因分型(如圖2)。兩個(gè)體混合樣本等位基因可表現(xiàn)為4個(gè)等位基因(如圖3),3個(gè)等位基因(如圖4、5),2個(gè)等位基因(如圖6)或1個(gè)等位基因(如圖7)。

        表一 1號(hào)個(gè)體STR分型結(jié)果

        表二 2號(hào)個(gè)體STR分型結(jié)果

        圖一 1號(hào)與2號(hào)個(gè)體1:1體積混合血樣STR分型圖譜

        圖二 1號(hào)與2號(hào)個(gè)體1:10體積混合血樣STR分型圖譜

        圖三 1號(hào)與2號(hào)個(gè)體混合樣本D8S1179基因座分型結(jié)果

        圖四 1號(hào)與2號(hào)個(gè)體混合樣本TH01基因座分型結(jié)果

        圖五 1號(hào)與2號(hào)個(gè)體混合樣本D3S317基因座分型結(jié)果

        圖六 1號(hào)與2號(hào)個(gè)體混合樣本D3S1358基因座分型結(jié)果

        圖七 1號(hào)與2號(hào)個(gè)體混合樣本TPOX基因座分型為8

        三、討論

        混合樣本檢測(cè)是法醫(yī)DNA分析的難點(diǎn)。尤其是隨著混合個(gè)體的數(shù)量的增加,分析顯得尤為困難。本實(shí)驗(yàn)探討了兩個(gè)體混合樣本的STR基因座等位基因分型圖譜。兩樣本混合STR圖譜與該兩個(gè)個(gè)體STR等位基因基因型情況密切相關(guān)。人體細(xì)胞核DNA為二倍體,一名個(gè)體STR等位基因最多為兩種(雜合子為兩個(gè)不同的等位基因,純合子為兩個(gè)相同的等位基因)。兩個(gè)體混合樣本的單個(gè)STR分型可能表現(xiàn)為四種情況:4個(gè)等位基因,3個(gè)等位基因,2個(gè)等位基因,1個(gè)等位基因。本次研究的1號(hào)與2號(hào)個(gè)體混合血樣DNA分析的D8S1179、D21S11基因座表現(xiàn)為4個(gè)等位基因(1號(hào)、2號(hào)個(gè)體STR分型結(jié)果見表1、表2);TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA、D18S51、FGA基因座表現(xiàn)為3個(gè)等位基因;D7S820、CSF1PO、D3S1358、D5S818基因座表現(xiàn)為2個(gè)等位基因;TPOX基因座表現(xiàn)為1個(gè)等位基因。

        當(dāng)混合樣本DNA分析基因座表現(xiàn)為4個(gè)等位基因時(shí),兩名個(gè)體均為雜合子,如果我們已知一名個(gè)體的分型,容易推斷另外一名個(gè)體的分型,當(dāng)混合比例達(dá)到1:10時(shí),我們從圖譜上能夠比較容易區(qū)分兩名個(gè)體的基因座等位基因分型,如本次研究的D8S1179基因座(如圖3),1號(hào)個(gè)體基因型為13-15,2號(hào)個(gè)體基因型為10-14,從1:10混合血樣圖譜上我們能夠清晰的進(jìn)行區(qū)分。

        當(dāng)混合樣本DNA分析基因座表現(xiàn)為3個(gè)等位基因時(shí),個(gè)體的等位基因組合就比較多,兩名個(gè)體可能一名為純合子,一名為雜合子,也可能兩名個(gè)體均為雜合子,如本次研究的TH01基因座一名個(gè)體為純合子(9-9),一名個(gè)體為雜合子(6-7),當(dāng)混合比例達(dá)到1:10時(shí),含量少的個(gè)體(9-9)分型峰很低(如圖4)。混合樣本D13S317基因座分型圖譜表現(xiàn)為3個(gè)等位基因,兩名個(gè)體均為純合子(10-11,11-12),隨著混合比例的增加,等位基因10的相對(duì)峰高逐漸降低(如圖5)。

        當(dāng)混合樣本DNA分析基因座表現(xiàn)為2個(gè)等位基因時(shí),兩名個(gè)體可能都為純合子,可能一個(gè)純合子與一個(gè)雜合子,可能兩個(gè)都為雜合子。如本次研究的D3S1358基因座一名個(gè)體為雜合子(15-16)另一名個(gè)體為純合子(16-16),隨著混合比例的增加,等位基因15的相對(duì)峰高逐漸降低(如圖6)。

        當(dāng)混合樣本DNA分析基因座表現(xiàn)為1個(gè)等位基因時(shí),則兩名個(gè)體為相同的純合子,如本次研究的TPOX基因座兩名個(gè)體均為純合子(8-8)(如圖7)。

        混合樣本是法醫(yī)DNA分析的一個(gè)難點(diǎn)問題,我們只是對(duì)兩樣本混合的情況進(jìn)行了等位基因分型的初步研究,如何區(qū)分混合樣本中各個(gè)個(gè)體的基因型將是一個(gè)長(zhǎng)期研究的課題。

        [參考文獻(xiàn)]:

        [1]呂德堅(jiān),陸惠玲,陳玉川.混合斑的DNA分型解析[J].法醫(yī)學(xué)雜志,2002,18(3):185-188.

        [2]Bill,P.Gill,J.Curran,T.Clayton,R.Pinchin,M.Healy,J.Buckleton,PENDULUM-a guideline based approach to the interpretation of STR m ixtures,Forensic Sci.Int.148(2004)181-189.

        [3][美]布爾特爾.法醫(yī)DNA分型∶STR遺傳標(biāo)記的生物學(xué),方法學(xué)及遺傳學(xué)[M].侯一平.劉雅誠(chéng)譯,北京∶科學(xué)出版社,2007.

        [4]T.M.C layton,J.P.W hitaker,R.L.Sparkes,P.Gill,Analysis and intepretation ofm ixed forensic stains using DNA STR profiling,Forensic Sci.Int.91(1998)55-70.

        [5]P.S.W alsh,D.A.Metzger,R.Higuchi,Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR-based from forensicmaterial,Biotechniques10(1991)506-513.

        Exp loration on Allelic Classification of Mixed Blood DNA

        LONG Bin,LUO Yang,MENG Fang

        Target:Research on allelic classification performance of gene locus in two mixed human blood.Materials and Methods:using Chelex-100 to extract DNA,amplifying PCR in ID kit,making analysis by AB-3130 gene electrophoresis automatic analyzer and Genemapper3.2 software.Results:4 or 3 or 2 or 1 alleles can be showed in twomixed blood gene locus.With the increasing ofmixture ratio,the allele peak with less amounts becomes lower and lower than those with more amounts.When mixing proportion reaches 1:10,allele peak is lowest,basically does notaffectallelic classification in large amounts

        Mixed Samples;DNA;STR;Allele

        D919.2

        :A

        :1674-5612(2015)01-0051-06

        (責(zé)任編輯:吳良培)

        2014-07-11

        龍 兵,(1980-),男,四川德陽(yáng)人,四川警察學(xué)院刑事科學(xué)技術(shù)系副教授,研究方向:法醫(yī)遺傳學(xué)。

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