摘要:為研究柑橘NHX基因家族的生物學(xué)特性,利用生物信息學(xué)方法從枳全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出8個(gè)NHX基因,并對(duì)其基因結(jié)構(gòu)、亞細(xì)胞定位、保守序列、啟動(dòng)子順勢(shì)作用元件、共線性、進(jìn)化關(guān)系以及在枳和酸橙中的表達(dá)特征進(jìn)行分析。結(jié)果表明,8個(gè)PtNHXs基因分布在6條染色體上,進(jìn)化關(guān)系上可以分為3個(gè)亞族,編碼的蛋白質(zhì)氨基酸數(shù)為250~1 128 aa,分子量為27.64~125.20 ku,等電點(diǎn)為5.11~9.36,親水系數(shù)為0.022~0.797,均為疏水性蛋白。亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)表明,PtNHX2和PtNHX8位于細(xì)胞膜,其余6個(gè)成員均位于液泡。8個(gè)PtNHX外顯子數(shù)量為8~24個(gè),含有的motif數(shù)量介于5~9個(gè)之間,均含有motif3,啟動(dòng)子順勢(shì)作用元件分析發(fā)現(xiàn)NHX的啟動(dòng)子中含有大量光、逆境脅迫和激素響應(yīng)的元件。共線性分析結(jié)果顯示,枳的物種內(nèi)有2對(duì)共線性關(guān)系,枳與擬南芥之間有8對(duì)共線性關(guān)系。qRT-PCR結(jié)果發(fā)現(xiàn),NHX1、NHX5、NHX7在枳中的表達(dá)量受鹽脅迫誘導(dǎo),可作為后續(xù)柑橘耐鹽研究的候選基因。NHX2和NHX8在酸橙中的表達(dá)量顯著高于枳,這可能是酸橙比枳耐鹽的原因之一。結(jié)果可為進(jìn)一步探索柑橘NHX基因的潛在機(jī)制及鹽脅迫下候選基因的挖掘提供了理論基礎(chǔ)。
關(guān)鍵詞:柑橘;NHX;生物信息學(xué);基因表達(dá)
中圖分類號(hào):S188;S666.01" 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A
文章編號(hào):1002-1302(2025)04-0161-08
收稿日期:2024-03-11
基金項(xiàng)目:海南省熱帶園藝作物品質(zhì)調(diào)控重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室開放課題[編號(hào):HNZDSYS(23)-04];浙江省基礎(chǔ)公益研究計(jì)劃(編號(hào):LTGN23C150001)。
作者簡(jiǎn)介:岳 楊(1999—),男,湖北恩施人,碩士,主要從事柑橘耐鹽機(jī)制研究,E-mail:yueyang810772431@163.com;共同第一作者:張德健(1988—),男,安徽蕪湖人,博士,主要從事柑橘生理栽培和根系生物學(xué)研究,E-mail:zhangdejian0553@126.com。
通信作者:金龍飛,博士,助理研究員,主要從事果樹栽培與果實(shí)品質(zhì)調(diào)控研究。E-mail:jlf_0511@163.com。
土壤鹽漬化是限制農(nóng)業(yè)健康發(fā)展的重要因素之一,工業(yè)廢水不合理排放、化肥過量使用、灌溉不合理等因素導(dǎo)致土壤鹽漬化面積日益增加[1]。據(jù)估計(jì),到21世紀(jì)中葉,全球?qū)⒂?/2以上的耕種土地受到鹽堿脅迫的危害,對(duì)農(nóng)業(yè)的發(fā)展帶來巨大的威脅[2]。鹽害產(chǎn)生的滲透脅迫導(dǎo)致根部吸水能力下降,過量的鹽離子對(duì)細(xì)胞有毒害作用,而且土壤鹽分過高還會(huì)影響植物對(duì)養(yǎng)分的吸收,進(jìn)而導(dǎo)致水分虧缺、細(xì)胞膜損傷、營(yíng)養(yǎng)失衡以及代謝紊亂,影響植株的正常生長(zhǎng)發(fā)育[3]。在漫長(zhǎng)的進(jìn)化過程中,植物已經(jīng)具備了一系列的響應(yīng)機(jī)制來抵御鹽脅迫的危害,如滲透調(diào)節(jié)、抗氧化調(diào)節(jié)、激素調(diào)節(jié)和pH值調(diào)節(jié)等[4]。系統(tǒng)地揭示植物耐鹽機(jī)制,發(fā)掘耐鹽關(guān)鍵基因,培育耐鹽新品種,是土壤鹽漬化背景下農(nóng)業(yè)穩(wěn)定發(fā)展的重要手段。
維持細(xì)胞內(nèi)離子穩(wěn)態(tài)是植物抵抗鹽脅迫的有效手段之一,在這個(gè)過程中與離子轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白起到了關(guān)鍵作用[5-7]。Na+/H+逆向轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(Na+/H+antiporter,NHX)屬于1價(jià)陽(yáng)離子/H+逆向轉(zhuǎn)運(yùn)體(cation/proton antiporter,CPA)基因家族中的CPA1亞家族[8]。根據(jù)亞細(xì)胞定位通常將NHX蛋白分為3類:質(zhì)膜NHX(plasma membrane NHX)、液胞NHX(vacuolar NHX)和內(nèi)膜NHX(endosomal NHX)。1976年,Ratner等在大麥(Hordeum vulgare L.)根尖中首次發(fā)現(xiàn)了NHX蛋白[9]。1999年,Gaxiala等在擬南芥(Arabidopsis thaliana)中克隆出了第1個(gè)NHX基因,并發(fā)現(xiàn)了其在鹽脅迫應(yīng)答中的關(guān)鍵作用[10]。目前,已經(jīng)有60多種編碼植物NHX蛋白的基因序列在GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)注冊(cè)[11]。已有的研究證明植物NHX蛋白在調(diào)節(jié)pH值、維持離子穩(wěn)態(tài)、囊泡運(yùn)輸、提高耐鹽性和促進(jìn)生長(zhǎng)發(fā)育等各種生理生化過程中發(fā)揮了重要的作用[12]。
植物NHX在抵御鹽脅迫中主要有2種機(jī)制:一種是將Na+轉(zhuǎn)移到液泡進(jìn)行區(qū)隔化,在這個(gè)過程中NHX利用液泡膜上的H+-ATPase和H+-PPase產(chǎn)生的H+電化學(xué)勢(shì),將Na+離子轉(zhuǎn)運(yùn)至液泡中進(jìn)行區(qū)隔化。Apse等研究發(fā)現(xiàn),在擬南芥中過表達(dá)AtNHX1能夠顯著提高轉(zhuǎn)基因植株對(duì)鹽脅迫的耐受性,且過表達(dá)植物液泡中Na+/H+的交換率顯著高于野生型[13]。此外,在甘薯(Dioscorea esculenta)中過表達(dá)AtNHX1,也能顯著增強(qiáng)轉(zhuǎn)基因甘薯液泡NHX的活性,提高K+/Na+,進(jìn)而增強(qiáng)轉(zhuǎn)基因植株的耐鹽性[14]。植物NHX抵御鹽脅迫的另一種機(jī)制是將Na+排出細(xì)胞外,NHX家族中位于質(zhì)膜上的SOS1能夠利用由質(zhì)膜上的H+-ATPase泵出的H+所產(chǎn)生的電化學(xué)勢(shì)將Na+排出細(xì)胞外[15]。例如,在擬南芥sos1突變體中超表達(dá)海馬齒(Sesuvium portulacastrum)SOS1,鹽脅迫下轉(zhuǎn)基因擬南芥體內(nèi)Na+/K+比值顯著低于野生型擬南芥,而且能恢復(fù)擬南芥sos1突變體表型[16]。Liu等分析了2種耐鹽性不同的苜蓿在鹽脅迫下的表現(xiàn),其中耐鹽野苜蓿(Medicago falcata)SOS1表達(dá)量顯著高于不耐鹽蒺藜苜蓿(Medicago truncatula),前者體內(nèi)Na+離子積累量低于后者,并且維持了較高的K+/Na+比,表現(xiàn)出更強(qiáng)的耐鹽性[17]。
柑橘是世界四大水果之一,其種植面積和產(chǎn)量位居世界水果首位,具有很高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。柑橘是一種對(duì)鹽極為敏感的甜土植物,在鹽脅迫下表現(xiàn)出失綠、葉尖焦枯、葉片提前掉落甚至死亡等癥狀[18]。NHX廣泛存在于植物體內(nèi),目前已在擬南芥、水稻、玉米、葡萄等許多植物中被鑒定出來并被作了大量研究[10,19-21],但在柑橘中還未見報(bào)道。本研究利用柑橘枳(Poncirus trifoliata)的全基因組數(shù)據(jù)挖掘了編碼NHX的基因,對(duì)其理化性質(zhì)、基因結(jié)構(gòu)、系統(tǒng)發(fā)育等進(jìn)行分析,并研究了其在枳(不耐鹽)和酸橙(Citrus×aurantium)(耐鹽)中的表達(dá)特征,以期為后續(xù)NHX基因功能研究和進(jìn)一步利用該類基因進(jìn)行柑橘的耐鹽性遺傳改良提供理論依據(jù)。
1 材料與方法
1.1 試驗(yàn)時(shí)間與地點(diǎn)
本試驗(yàn)于2023年8月在浙江省柑橘研究所(121°9′E,28°38′N)完成。
1.2 試驗(yàn)材料和處理
試驗(yàn)材料采自浙江省柑橘研究所種質(zhì)資源圃,從采集來的酸橙和枳的果實(shí)中取出新鮮飽滿的種子,分別浸泡在1 mol/L NaOH溶液中10 min,以去除種子表面的果膠,然后用蒸餾水反復(fù)沖洗,洗凈種子表面殘留的NaOH,隨后將其置于75%乙醇中浸泡10 min進(jìn)行表面消毒,最后用無菌水沖洗數(shù)次,以洗凈種子表面殘留的乙醇,晾干后于4 ℃冰箱保存?zhèn)溆?。試?yàn)開始后,將種子播于經(jīng)過高壓(0.11 MPa,121 ℃,2 h)蒸汽滅菌的蛭石中進(jìn)行培養(yǎng)。待苗株高約為10 cm,有4~5張完全展開葉時(shí)從蛭石中取出幼苗,清洗根部蛭石,移入裝有營(yíng)養(yǎng)液的8 L的不透光水培盆中(每盆可培養(yǎng)12株),適應(yīng)性培養(yǎng)2周,然后選取長(zhǎng)勢(shì)一致的幼苗進(jìn)行NaCl脅迫處理(60 mmol/L NaCl)。NaCl脅迫處理后分別于0、1、3、6、12、24 h進(jìn)行取樣,取樣部位為根尖幼嫩處,液氮迅速冷凍,-80 ℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>
1.3 試驗(yàn)方法
1.3.1 枳NHX基因家族鑒定及生物學(xué)分析
從CPBD(http://citrus.hzau.edu.cn/download.php)網(wǎng)站下載枳基因組數(shù)據(jù),從tair網(wǎng)站(https://www.arabidopsis.org/)下載8個(gè)擬南芥NHX序列。利用TBtools軟件[22],以8個(gè)擬南芥NHX序列為參比序列,與枳的蛋白序列進(jìn)行比對(duì),比對(duì)結(jié)果經(jīng)InterPro(https://www.ebi.ac.uk/interpro/)、CDD(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml)等數(shù)據(jù)庫(kù)篩選,剔除不含Na+/H+exchange保守結(jié)構(gòu)域的序列;利用TBtools中的相關(guān)工具分析NHX蛋白質(zhì)理化性質(zhì)和結(jié)構(gòu)以及枳物種內(nèi)部NHX、枳NHX與擬南芥NHX成員的共線性關(guān)系,使用Cell-Ploc 2.0(http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/)在線網(wǎng)站進(jìn)行亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè);使用MEME在線網(wǎng)站(https://meme-suite.org/meme/tools/meme)進(jìn)行NHX蛋白motif分析,通過TBtools軟件進(jìn)行可視化;通過在線網(wǎng)站工具PlantCARE(https://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/)分析枳NHX基因CDS上游2 000 bp啟動(dòng)子的順式作用元件;利用MEGA 11軟件中Neighbor-joining法[23],設(shè)置Bootstrap值為1 000,對(duì)擬南芥、枳和水稻的NHX基因家族蛋白序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹的構(gòu)建,采用iTOL(https://itol.embl.de/)在線軟件對(duì)進(jìn)化樹進(jìn)行調(diào)整美化。
1.3.2 RNA提取及PtNHX基因?qū)崟r(shí)熒光定量表達(dá)分析
使用超純總RNA提取試劑盒(杭州新景生物試劑開發(fā)有限公司)提取RNA,使用All-in-one First Stand cDNA Synthesis Kit 試劑盒(杭州新景生物試劑開發(fā)有限公司)合成第1條cDNA。使用在線網(wǎng)站primer-blast (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/)設(shè)計(jì)引物(表1),采用2×SYBR Green qPCR Mix試劑盒(北京艾德萊生物科技有限公司)進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析,以 β-actin 作為內(nèi)參基因,采用2-ΔΔCT法計(jì)算目標(biāo)基因的相對(duì)表達(dá)量。qRT-PCR反應(yīng)體系:2×SYBER qPCR Mix 10 μL,正反引物各0.4 μL,cDNA 1 μL,補(bǔ)充ddH2O至20 μL。反應(yīng)程序:95 ℃ 2 min;95 ℃ 15 s,60 ℃ 30 s,循環(huán)40次。
1.4 數(shù)據(jù)分析與處理
實(shí)時(shí)熒光定量結(jié)果采用SPSS 13.0軟件進(jìn)行分析,用Duncan’s新復(fù)極差法進(jìn)行基因表達(dá)的差異顯著性分析,使用Excel 2021進(jìn)行作圖。
2 結(jié)果與分析
2.1 枳NHX基因家族鑒定及理化性質(zhì)分析
以8個(gè)擬南芥的NHX蛋白序列為參比,與枳的序列進(jìn)行比對(duì),經(jīng)過篩選得到了8條同源序列(表2)。根據(jù)其在染色體上的位置,將其命名為PtNHX1~PtNHX8(圖1),8個(gè)PtNHX基因分布于6條染色體上,其中PtNHX1位于1號(hào)染色體,PtNHX2和PtNHX3位于2號(hào)染色體,PtNHX4位于3號(hào)染色體,PtNHX5和PtNHX6位于5號(hào)染色,PtNHX7位于9號(hào)染色體,PtNHX8未能定位到染色體上。8個(gè)PtNHXs編碼的蛋白質(zhì)氨基酸數(shù)位于250~1 128 aa 之間,分子量為27.64~125.20 ku之間。理論等電點(diǎn)(pI)介于5.11~9.36之間,其中PtNHX1、PtNHX6及PtNHX7等電點(diǎn)>7,為堿性蛋白,其余5個(gè)均為酸性蛋白。編碼的蛋白親水系數(shù)為0.022~0.797,均>0,該結(jié)果表明枳NHX可能為疏水性蛋白。筆者所在課題組利用Cell-Ploc 2.0在線網(wǎng)站對(duì)8個(gè)PtNHX的亞細(xì)胞定位做了預(yù)測(cè),結(jié)果表明,除PtNHX2和PtNHX8位于細(xì)胞膜外,其余成員均位于液泡。
2.2 枳NHX基因家族的基因結(jié)構(gòu)和motif分析
利用TBtools軟件對(duì)8個(gè)枳的NHX成員的基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析,結(jié)果(圖2)顯示,8個(gè)PtNHX均含有外顯子和內(nèi)含子。外顯子數(shù)量存在差異,為8~24個(gè),PtNHX5最少,PtNHX2最多,PtNHX8次之。利用MEME在線網(wǎng)站對(duì)8個(gè)PtNHX基因序列進(jìn)行保守基序分析,得到了10個(gè)motif。8個(gè)PtNHX含有的motif數(shù)量介于5~9個(gè)之間,同一亞族具有相似的motif組成部分,所有的PtNHX均含有motif 3,證明該基序高度保守。
2.3 枳NHX基因家族成員啟動(dòng)子順勢(shì)作用元件分析
利用TBtools抽取NHX起始密碼子上游2 000 bp的序列,然后提交至PlantCARE分析,經(jīng)過整理分析,在TBtools中可視化,得到枳NHX基因家族成員的啟動(dòng)子順勢(shì)作用元件(圖3)。結(jié)果顯示,枳的NHX基因家族成員啟動(dòng)子中含有大量光、逆境脅迫和激素響應(yīng)元件。其中,光響應(yīng)元件數(shù)量最多,達(dá)87個(gè);逆境脅迫響應(yīng)元件共10個(gè),包括低溫響應(yīng)元件6個(gè)、干旱響應(yīng)元件5個(gè)、缺氧響應(yīng)元件1個(gè);激素響應(yīng)元件共57個(gè),包括茉莉酸甲酯(MeJA)響應(yīng)元件22個(gè)、脫落酸(ABA)響應(yīng)元件17個(gè)、赤霉素(GA)響應(yīng)元件8個(gè)、生長(zhǎng)素(Auxin)響應(yīng)元件7個(gè)、水楊酸(SA)響應(yīng)元件3個(gè)。光響應(yīng)元件占據(jù)所有元件一半以上的數(shù)量,表明NHX可能和發(fā)育過程中的光敏反應(yīng)相關(guān)。
2.4 枳NHX基因家族成員共線性分析
利用TBtools對(duì)枳物種內(nèi)以及枳和擬南芥物種之間進(jìn)行共線性分析(圖4)。枳的物種內(nèi)共線性分析結(jié)果顯示,8個(gè)PtNHX存在2對(duì)共線性關(guān)系,即PtNHX2與PtNHX8、PtNHX4與PtNHX7。枳和擬南芥物種間的共線性分析結(jié)果顯示,枳和擬南芥之間存在8對(duì)共線性關(guān)系。
2.5 枳NHX基因家族成員進(jìn)化分析
利用MEGA 11軟件分析枳、水稻以及擬南芥NHX成員之間的進(jìn)化關(guān)系(圖5),根據(jù)進(jìn)化樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu),枳的NHX可分為3類:A類含有1個(gè)PtNHX,B類含有4個(gè)PtNHX,C類含有3個(gè)PtNHX。枳中含有1對(duì)旁系同源基因,枳和擬南芥有3對(duì)直系同源基因。枳NHX與擬南芥的親緣關(guān)系更近。
2.6 枳和酸橙NHX基因在鹽脅迫下的表達(dá)分析
為探索枳和酸橙在鹽脅迫下NHX基因的表達(dá)模式差異,使用60 mmol/L NaCl處理0、1、3、6、12、24 h。結(jié)果(圖6)顯示,NHX1在枳和酸橙中都受到鹽脅迫的誘導(dǎo)表達(dá),且在處理后3、12、24 h的表達(dá)量約是0 h的8~11倍。NHX2和NHX8在酸橙中的表達(dá)量顯著高于枳(NHX8處理12 h除外)。NHX3在枳中表達(dá)雖有所上升,但變化幅度不大,僅為對(duì)照組的1~2倍,在酸橙中無明顯變化。NHX5在枳中表達(dá)顯著上調(diào),12 h時(shí)達(dá)到最大值,在酸橙中,0 h未能檢測(cè)到其表達(dá), 1~24 h檢測(cè)到微弱的表達(dá),且顯著低于枳中的表達(dá)量。鹽脅迫下,枳中的NHX7逐漸上調(diào)表達(dá),在處理后12 h達(dá)到峰值,約為0 h的17倍,但NHX7在酸橙中表達(dá)差異不顯著。
3 討論
柑橘產(chǎn)業(yè)已發(fā)展成為我國(guó)南方鄉(xiāng)村振興的重要支柱產(chǎn)業(yè)之一[24],土地鹽堿化嚴(yán)重影響著柑橘的產(chǎn)量和品質(zhì),培育柑橘耐鹽新品種是解決柑橘鹽害問題的有效途徑。挖掘耐鹽基因,解析柑橘耐鹽的分子機(jī)制,是指導(dǎo)柑橘分子定向育種和研發(fā)耐鹽栽培新技術(shù)的前提和關(guān)鍵。大量證據(jù)表明,NHX在植物鹽脅迫的應(yīng)答中具有重要作用[25-26],是作物耐鹽遺傳改良的重要候選基因。
本研究從柑橘基因組中挖掘出8個(gè)NHX基因家族成員,對(duì)其理化性質(zhì)的研究發(fā)現(xiàn),它們蛋白質(zhì)平均親水系數(shù)均>0,表明PtNHX可能為疏水性蛋白,這與前人在甜橙、葡萄、桃等植物中的研究結(jié)果[27-29]類似。所有的枳NHX均含有Na+/H+exchange結(jié)構(gòu)域,說明其蛋白結(jié)構(gòu)相對(duì)保守。研究表明,位于細(xì)胞膜上的NHX能夠?qū)Ⅺ}離子外排出胞外,或者維持細(xì)胞內(nèi)的K+穩(wěn)態(tài)[30-31],位于液泡上的NHX能夠?qū)a+轉(zhuǎn)運(yùn)到液泡中區(qū)隔化。本研究發(fā)現(xiàn)PtNHX2和PtNHX8定位在細(xì)胞膜上,表明其可能參與Na+的外排或K+穩(wěn)態(tài);其他6個(gè)定位在液泡膜上,表明他們可能參與Na+區(qū)隔化。在擬南芥和水稻中的研究發(fā)現(xiàn)AtNHX7、AtNHX8和OsSOS1能將鹽離子外排到胞外以及維持細(xì)胞K+穩(wěn)態(tài),進(jìn)而增強(qiáng)植株的耐鹽性[32-35],進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn)PtNHX2、PtNHX8、AtNHX7、AtNHX8以及OsSOS1聚在同一支上,表明PtNHX2和PtNHX8也可能具有鈉離子外排及維持K+穩(wěn)態(tài)的功能。研究發(fā)現(xiàn)AtNHX3能夠調(diào)控K+穩(wěn)態(tài),增強(qiáng)耐鹽性[36],PtNHX1與AtNHX3位于同一亞族且具有共線性關(guān)系,表明PtNHX1可能參與鹽脅迫下K+的穩(wěn)態(tài)調(diào)控。
轉(zhuǎn)錄因子能夠與基因上游啟動(dòng)子上的順式作用元件互作調(diào)控基因的表達(dá),在植物生長(zhǎng)和脅迫應(yīng)答中起著關(guān)鍵性的調(diào)控作用。本研究在柑橘NHX的啟動(dòng)子上發(fā)現(xiàn)了大量激素應(yīng)答元件,表明NHX可能受到植物激素的調(diào)控。Fu等對(duì)棉花GhNHX的啟動(dòng)子順勢(shì)作用元件分析顯示,ABA和MeJA響應(yīng)元件的數(shù)量最多,外源MeJA和ABA處理后能夠上調(diào)GhNHX的表達(dá),表明GhNHX的轉(zhuǎn)錄水平可能與MeJA和ABA的調(diào)控密切相關(guān)[37]。本研究中柑橘NHX啟動(dòng)子中鑒定出大量MeJA和ABA響應(yīng)元件,推測(cè)柑橘NHX基因家族的表達(dá)也可能受到ABA和MeJA的調(diào)控。
枳是我國(guó)柑橘栽培中最重要的砧木,具有早結(jié)、耐寒、矮化、果實(shí)品質(zhì)高等特點(diǎn),但對(duì)鹽脅迫敏感[38]。酸橙是耐鹽堿性土壤的優(yōu)良砧木,在浙江等沿海地區(qū)應(yīng)用較多。本試驗(yàn)利用定量PCR技術(shù)對(duì)2種砧木在鹽脅迫下的NHX表達(dá)模式進(jìn)行了分析,結(jié)果顯示NHX1在枳和酸橙中有較為相似的表達(dá)模式,均受到鹽脅迫的誘導(dǎo)而顯著上調(diào)。在2種耐鹽性不同的苜蓿中的研究發(fā)現(xiàn),未進(jìn)行鹽處理時(shí),較耐鹽苜蓿的SOS1的表達(dá)量顯著高于不耐鹽苜蓿,且在鹽處理后依然遠(yuǎn)高于后者[17],在筆者所在課題組的研究中也有類似的表現(xiàn),0~24 h NHX2在酸橙中的表達(dá)量均顯著高于枳,0 h(未進(jìn)行鹽處理)時(shí)NHX8在酸橙中的表達(dá)量顯著高于枳,在鹽脅迫后表達(dá)量顯著上調(diào),NHX2和NHX8中酸橙較枳的高表達(dá)可能是酸橙比枳更耐鹽的原因之一。在枳中NHX5和NHX7在鹽脅迫后表達(dá)量顯著上調(diào),最高分別是0 h時(shí)的38倍和17倍,但僅在12 h時(shí)出現(xiàn),之后便急劇下降,與香蕉的MaNHX8和MaNHX11表達(dá)模式相似[39]。NHX3、NHX4、NHX6經(jīng)過鹽脅迫后在不同時(shí)間不同程度上出現(xiàn)表達(dá)上調(diào),但相較其他5個(gè)NHX基因變化幅度不大。
4 結(jié)論
本研究利用生物信息學(xué)方法從枳基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中鑒定出8個(gè)NHX基因。表達(dá)分析發(fā)現(xiàn)NHX1、NHX5和NHX7在鹽脅迫下表達(dá)顯著上調(diào),可作為后續(xù)枳的鹽脅迫應(yīng)答研究候選基因。NHX2和NHX8在酸橙中的表達(dá)量顯著高于枳,可能是酸橙更耐鹽的原因之一。本研究結(jié)果為進(jìn)一步利用柑橘NHX基因家族進(jìn)行耐鹽機(jī)制研究提供了依據(jù)。
參考文獻(xiàn):
[1]Zhu J K. Plant salt tolerance[J]. Trends in Plant Science,2001,6(2):66-71.
[2]謝穎悅,王 琦,王春平,等. 植物響應(yīng)鹽脅迫的機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 激光生物學(xué)報(bào),2022,31(5):398-403.
[3]朱健康,倪建平. 植物非生物脅迫信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)及應(yīng)答[J]. 中國(guó)稻米,2016,22(6):52-60.
[4]Liang W J,Ma X L,Wan P,et al. Plant salt-tolerance mechanism:a review[J]. Biochemical and Biophysical Research Communications,2018,495(1):286-291.
[5]Khan I,Mohamed S,Regnault T,et al. Constitutive contribution by the rice OsHKT1;4 Na+transporter to xylem sap desalinization and low Na+accumulation in young leaves under low as high external Na+conditions[J]. Frontiers in Plant Science,2020,11:1130.
[6]Shi H Z,Zhu J K. Regulation of expression of the vacuolar Na+/H+antiporter gene AtNHX1 by salt stress and abscisic acid[J]. Plant Molecular Biology,2002,50(3):543-550.
[7]Agarwal P K,Dave A,Agarwal P.Transcriptional regulation of salinity stress:role and spatio-temporal expressions of ion-transporter gene promoters[J]. Biologia Plantarum,2018,62(4):641-646.
[8]Brett C L,Donowitz M,Rao R. Evolutionary origins of eukaryotic sodium/proton exchangers[J]. American Journal of Physiology,2005,288(2):C223-C239.
[9]Ratner A,Jacoby B. Effect of K+,its counter anion,and pH on sodium efflux from barley root tips[J]. Journal of Experimental Botany,1976,27(5):843-852.
[10]Gaxiola R A,Rao R,Sherman A,et al. The Arabidopsis thaliana proton transporters,AtNhx1 and Avp1,can function in cation detoxification in yeast[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,1999,96(4):1480-1485.
[11]Liu Q L,Xu K D,Zhong M,et al. Cloning and characterization of a novel vacuolar Na+/H+antiporter gene (Dgnhx1) from chrysanthemum[J]. PLoS One,2013,8(12):e83702.
[12]康紅霞,伍國(guó)強(qiáng),魏 明,等. Na+/H+逆向轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白在植物應(yīng)答非生物逆境脅迫中的作用[J]. 植物生理學(xué)報(bào),2022,58(3):511-523.
[13]Apse M P,Aharon G S,Snedden W A,et al. Salt tolerance conferred by overexpression of a vacuolar Na+/H+antiport in Arabidopsis[J]. Science,1999,285(5431):1256-1258.
[14]Fan W J,Deng G F,Wang H X,et al. Elevated compartmentalization of Na+into vacuoles improves salt and cold stress tolerance in sweet potato (Ipomoea batatas)[J]. Physiologia Plantarum,2015,154(4):560-571.
[15]趙雅麗,韓 冰,李淑芬,等. 液泡膜H+-ATPase在植物的非生物脅迫響應(yīng)和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)中的作用[J]. 植物生理學(xué)通訊,2006,42(5):812-816.
[16]Zhou Y,Yin X C,Wan S M,et al. The Sesuvium portulacastrum plasma membrane Na+/H+antiporter SpSOS1 complemented the salt sensitivity of transgenic Arabidopsis sos1 mutant plants[J]. Plant Molecular Biology Reporter,2018,36(4):553-563.
[17]Liu M,Wang T Z,Zhang W H. Sodium extrusion associated with enhanced expression of SOS1 underlies different salt tolerance between Medicago falcata and Medicago truncatula seedlings[J]. Environmental and Experimental Botany,2015,110:46-55.
[18]Parida A K,Das A B. Salt tolerance and salinity effects on plants:a review[J]. Ecotoxicology and Environmental Safety,2005,60(3):324-349.
[19]Fukuda A,Nakamura A,Tagiri A,et al. Function,intracellular localization and the importance in salt tolerance of a vacuolar Na+/H+antiporter from rice[J]. Plant amp; Cell Physiology,2004,45(2):146-159.
[20]Zrb C,Noll A,Karl S,et al. Molecular characterization of Na+/H+antiporters (ZmNHX) of maize (Zea mays L.) and their expression under salt stress[J]. Journal of Plant Physiology,2005,162(1):55-66.
[21]Ayadi M,Martins V,Ben Ayed R,et al. Genome wide identification,molecular characterization,and gene expression analyses of grapevine NHX antiporters suggest their involvement in growth,ripening,seed dormancy,and stress response[J]. Biochemical Genetics,2020,58(1):102-128.
[22]Chen C J,Chen H,Zhang Y,et al. TBtools:an integrative toolkit developed for interactive analyses of big biological data[J]. Molecular Plant,2020,13(8):1194-1202.
[23]Kumar S,Stecher G,Li M,et al. MEGA X:molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms[J]. Molecular Biology and Evolution,2018,35(6):1547-1549.
[24]蘭涵旗,鄧秀新. 果樹學(xué)科服務(wù)產(chǎn)業(yè)扶貧的實(shí)踐探索與模式探究:基于華中農(nóng)業(yè)大學(xué)柑橘團(tuán)隊(duì)為例[J]. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科技導(dǎo)報(bào),2019,21(4):1-7.
[25]Almeida D M,Margarida Oliveira M,Saibo N J M. Regulation of Na+and K+homeostasis in plants:towards improved salt stress tolerance in crop plants[J]. Genetics and Molecular Biology,2017,40(1 suppl 1):326-345.
[26]Karim R,Bouchra B,F(xiàn)atima G,et al. Plant NHX antiporters:from function to biotechnological application,with case study[J]. Current Protein amp; Peptide Science,2021,22(1):60-73.
[27]楊 杰,陳 蓉,胡文娟,等. 甜橙NHX基因家族的鑒定及功能分析[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué),2022,50(7):35-42.
[28]盧世雄,許春苗,何紅紅,等. 葡萄NHX基因家族的鑒定和表達(dá)分析[J]. 果樹學(xué)報(bào),2019,36(3):266-276.
[29]李 淼,李桂祥,劉 偉,等. 桃NHX基因家族的全基因組鑒定與表達(dá)分析[J]. 山東農(nóng)業(yè)科學(xué),2021,53(12):8-16.
[30]Garciadeblás B,Haro R,Benito B. Cloning of two SOS1 transporters from the seagrass Cymodocea nodosa.SOS1 transporters from Cymodocea and Arabidopsis mediate potassium uptake in bacteria[J]. Plant Molecular Biology,2007,63(4):479-490.
[31]Shi H,Ishitani M,Kim C,et al. The Arabidopsis thaliana salt tolerance gene SOS1 encodes a putative Na+/H+antiporter[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,2000,97(12):6896-6901.
[32]An R,Chen Q J,Chai M F,et al. AtNHX8,a member of the monovalent cation:proton antiporter-1 family in Arabidopsis thaliana,encodes a putative Li+/H+antiporter[J]. The Plant Journal,2007,49(4):718-728.
[33]馬 清,包愛科,伍國(guó)強(qiáng),等. 質(zhì)膜Na+/H+逆向轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白與植物耐鹽性[J]. 植物學(xué)報(bào),2011,46(2):206-215.
[34]Gupta B K,Sahoo K K,Anwar K,et al. Silicon nutrition stimulates salt-overly sensitive (SOS) pathway to enhance salinity stress tolerance and yield in rice[J]. Plant Physiology and Biochemistry,2021,166:593-604.
[35]Martínez-Atienza J,Jiang X Y,Garciadeblas B,et al. Conservation of the salt overly sensitive pathway in rice[J]. Plant Physiology,2007,143(2):1001-1012.
[36]Liu H,Tang R J,Zhang Y,et al. AtNHX3 is a vacuolar K+/H+antiporter required for low-potassium tolerance in Arabidopsis thaliana[J]. Plant,Cell amp; Environment,2010,33(11):1989-1999.
[37]Fu X K,Lu Z Y,Wei H L,et al. Genome-wide identification and expression analysis of the NHX (sodium/hydrogen antiporter) gene family in cotton[J]. Frontiers in Genetics,2020,11:964.
[38]陳竹生,聶華堂,計(jì) 玉,等. 柑橘種質(zhì)的耐鹽性鑒定[J]. 園藝學(xué)報(bào),1992(4):289-295.
[39]徐 亞,滕夢(mèng)鑫,何岳東,等. 香蕉NHX基因家族的鑒定及表達(dá)分析[J]. 植物生理學(xué)報(bào),2021,57(3):681-691.