摘要：為比較牦牛肉不同部位嫩度的差異，以及研究嫩度涉及的基因和途徑的運(yùn)輸與合成之間的平衡，以牦牛外脊肉（WJR）、肩肉（JR）、黃瓜條（HGT）3個(gè)部位為模型，利用Illumina Hiseq 4000高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，分析3個(gè)部位中的共同高表達(dá)基因及顯著差異基因。結(jié)果顯示，JR/HGT/WJR中共同高表達(dá)基因?yàn)?31個(gè)，JR/HGT、WJR/HGT和WJR/JR等3組中差異表達(dá)基因分別為607、713、295個(gè)。通過(guò)對(duì)3個(gè)部位的共同高表達(dá)基因聚類(lèi)分析，初步篩選出11種與嫩度相關(guān)候選的基因：肌球蛋白輕鏈（MYL1、MYL2），肌凝蛋白家族（TPM1、TPM2），編碼橫紋肌凝蛋白輕鏈亞基（MYLPF），肌球蛋白重鏈（MYH1、MYH2、MYH7），肌球蛋白結(jié)合蛋白（MYBPC2）、肌結(jié)蛋白（MYOT），Cal-sarcin-2基因（MYOZ1）。通過(guò)對(duì)3個(gè)部位差異基因的生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn) 6 種與嫩度相關(guān)的基因：肌凝蛋白β基因（TPM2）、肌凝蛋白γ基因（TPM3），肌球蛋白輕鏈2（MYL2），肌球蛋白輕鏈激酶（MYLK3、MYLK4），肌球蛋白重鏈（MYH6）。最終從3個(gè)不同部位中共挖掘出15 種影響嫩度的候選基因，這些基因主要通過(guò)氧化磷酸化、MAPK信號(hào)通路和氮代謝等途徑調(diào)控嫩度。

關(guān)鍵詞：青海牦牛；轉(zhuǎn)錄組學(xué)；不同部位；嫩度品質(zhì)；生物信息學(xué)分析

中圖分類(lèi)號(hào)：S823.8+51文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A

文章編號(hào)：1002-1302（2024）11-0172-08

牦牛主要分布在我國(guó)海拔3 000～5 000 m的青藏高原上［1］，因其高蛋白、低脂肪而長(zhǎng)期受到消費(fèi)者的喜愛(ài)。然而，牦牛的肉卻不如安格斯牛、赫里福德牛、夏洛萊牛、西門(mén)塔爾牛和和牛嫩［2-3］，牦牛品質(zhì)的提高受到肌纖維粗、嫩度差等問(wèn)題的限制［4-5］。

影響牛肉嫩度的主要因素有3個(gè)。首先，肌肉中肌纖維的類(lèi)型和比例可顯著影響肌肉嫩度，嫩度與肌肉中快速氧化糖酵解纖維的比例呈負(fù)相關(guān)［6］；其次，與葡萄糖代謝途徑和肌內(nèi)的脂肪酸合成有關(guān)，直接影響肌肉嫩度［7］；最后，無(wú)氧糖酵解和產(chǎn)生相關(guān)的乳酸可改變屠宰后的肌肉張力和體積變化，從而影響其嫩度［8］。骨骼肌的基本成分是肌纖維，它會(huì)直接影響骨骼肌的質(zhì)量［9］，動(dòng)物出生后骨骼肌肌纖維數(shù)量基本不變，但肌纖維類(lèi)型在生長(zhǎng)過(guò)程中可發(fā)生轉(zhuǎn)化，受物種、遺傳、環(huán)境等因素的影響。目前，人們認(rèn)為肌肉纖維的有限降解是影響肉嫩度的主要原因［10］。骨骼肌是由多種功能性肌纖維組成的、復(fù)雜而多功能的組織，肌肉的整體特征在很大程度上是由其不同肌纖維類(lèi)型及其比例的個(gè)體特征組成的。骨骼肌纖維類(lèi)型可用各種參數(shù)來(lái)描述，如肌球蛋白亞型、代謝酶特性、結(jié)構(gòu)和收縮特性，它們不是固定的單位，而能夠根據(jù)功能需求和各種信號(hào)的變化而改變其表型。以牦牛為例，生牛肉由粗纖維組成［11］，成熟過(guò)程中的嫩度變化一般與死后早期肌肉代謝和肌原纖維蛋白降解有關(guān)。目前，關(guān)于影響牛肉成熟和嫩度的研究多集中在背最長(zhǎng)肌、腰肌大肌、半腱肌等部位，對(duì)其他部位的研究鮮少。因此，有必要從其他部位取外脊肉（WJR）、肩肉（JR）、黃瓜條（HGT）來(lái)研究牦牛肉嫩度的差異，探討形成差異的機(jī)制。

本研究通過(guò)高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析青海牦牛WJR、HGT和JR等3個(gè)部位嫩度的差異，并通過(guò)共同高表達(dá)基因的聚類(lèi)分析和差異基因的GO功能注釋及KEGG通路分析，研究嫩度涉及的基因和途徑的運(yùn)輸與合成之間的平衡，為改善牦牛肉嫩度提供理論依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 樣本收集

選取青海省環(huán)湖牦牛（36±2） 月齡的健康放牧公牛9頭，活體重（248.6±16.7）kg/頭。以清真屠宰后放血處理開(kāi)始計(jì)時(shí)，宰后1 h內(nèi)取肩肉（前肩胛部，前腿上部；用JR表示）、外脊肉（第12～13肋至最后腰椎處；采用WJR表示）、黃瓜條（股骨后部，坐骨外側(cè)；采用HGT表示）各200 g，置于-80 ℃液氮儲(chǔ)存，帶回實(shí)驗(yàn)室測(cè)定。本試驗(yàn)于2022年12月至2023年2月在青海省畜牧獸醫(yī)科學(xué)院高原特色動(dòng)物產(chǎn)品加工實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行。

1.2 儀器與設(shè)備

設(shè)備：CT-3質(zhì)構(gòu)儀，美國(guó)博勒飛；Thermo Fisher冷凍離心機(jī)，美國(guó)賽默飛世爾科技公司；UV 1900紫外可見(jiàn)分光光度計(jì)，北京瑞利分析儀器公司；Agilent 2100生物分析儀，德國(guó)安捷倫；Sonics超聲破碎儀，美國(guó)SONICS公司；Themomixer熱混合儀，德國(guó)艾本股份公司；Bio-rad PCR儀，美國(guó)BIO-RAD；3100 ABI基因測(cè)序儀，美國(guó)；Illumina Hi Seq 2000測(cè)序系統(tǒng)；Bio-rad凝膠成像儀，美國(guó)BIO-RAD。

試劑：RNA 提取試劑盒；RNA 純化試劑盒；DNALadderMark（100 bp）；RNAse-free；aPCR 試劑盒；RNA-seq試劑盒；其他試劑等。

1.3 試驗(yàn)方法

1.3.1 蒸煮損失的測(cè)定 參考Zhang等的方法［11］，并稍作修改。取牦牛肉樣稱(chēng)重（ma），采用蒸煮袋密封，在80 ℃水浴中蒸煮，當(dāng)中心溫度達(dá)到 70 ℃ 后，解袋，擦拭表面水，冷卻后測(cè)重（mb），重復(fù)3次。蒸煮損失計(jì)算如下：

式中：ma為蒸煮前牦牛肉樣品重；mb為蒸煮后牦牛肉樣品重。

1.3.2 剪切力的測(cè)定 參考Zhang等的方法［11-12］，蒸煮條件與“1.3.1”節(jié)相同。將蒸煮后冷卻的樣品沿肌肉纖維切成20 mm×10 mm×10 mm的肉柱，采用CT3質(zhì)構(gòu)分析儀TA-SBA燕尾剪切探頭測(cè)定剪切力，重復(fù)3次。

1.3.3 TPA分析 參考Zhang等的方法［11-12］，蒸煮條件與“1.3.1”節(jié)相同，將蒸煮后的冷卻樣品修剪至20 mm×10 mm×10 mm的長(zhǎng)方體，使用CT3質(zhì)構(gòu)分析儀的P50探頭，測(cè)量前速度2.0 mm/s，測(cè)量時(shí)1.0 mm/s，測(cè)量后10.0 mm/s。壓縮比為50%，2次按壓間隔為5 s。測(cè)定樣品的硬度、彈性和咀嚼性，重復(fù)3次。

1.4 總RNA提取及轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的文庫(kù)構(gòu)建

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建均參考Yu等的方法［13］，采用總RNA提取試劑盒按照提取方法說(shuō)明從牦牛肉不同部位中提取RNA，并采用瓊脂糖凝膠電泳（agarose gel electrophoresis）分析不同部位牦牛肉RNA完整性和是否存在DNA污染；采用Nano Photometer spectrophotometer方法檢測(cè)；采用總RNA提取試劑盒提取的RNA純度是否合格（D260 nm/280 nm、D260 nm/230 nm）；采用Agilent 2100 Bioanalyzer方法檢測(cè)其完整性。

1.5 數(shù)據(jù)分析

采用SPSS 22.0比較重復(fù)測(cè)定3次的牦牛肉不同部位的剪切力、TPA值和蒸煮損失的差異。采用LSD法檢驗(yàn)顯著性，數(shù)據(jù)以“平均值±標(biāo)準(zhǔn)差”表示。對(duì)牦牛肉不同部位樣本比較組合間的差異表達(dá)基因的分析使用DESeq2軟件，為了調(diào)整P值和控制精度，使用Benjamini和Hochberg法。采用校正后的Plt;0.05和| log2Fold Change |gt;1.0作為顯著差異表達(dá)的閾值。利用聚類(lèi)分析器軟件進(jìn)行GO差異表達(dá)基因功能富集分析（http：//www.geneontology.org），以及差異表達(dá)基因在KEGG通路分析通路（http：//www.genome.jp/kegg/）中的功能，得到基因注釋列表。

2 結(jié)果與分析

2.1 牦牛肉不同部位的嫩度分析

剪切力和蒸煮損失可反映牦牛肉的嫩度、保水性等特征，是分析和評(píng)價(jià)牦牛肉品質(zhì)的重要指標(biāo)［14］。研究表明，肌纖維的直徑與肌肉的硬度、咀嚼性和剪切力呈正相關(guān)［15］。由表1可知牦牛肉嫩度品質(zhì)的差異。在蒸煮損失方面，JR顯著高于WJR和HGT（Plt;0.05），HGT顯著低于WJR和JR（Plt;0.05），但HGT的剪切力、硬度和彈性高于WJR。JR的剪切力和彈性顯著低于WJR和HGT（Plt;005），但咀嚼性顯著高于WJR和HGT（Plt;0.05）；HGT的蒸煮損失明顯低于WJR和JR（Plt;0.05），但剪切力、硬度和彈性均高于WJR和JR。 以上結(jié)果表明，JR嫩度優(yōu)于WJR和HGT，其中HGT的嫩度最較差。

2.2 共同高表達(dá)基因

為深入研究牦牛肉不同部位嫩度差異中基因的特定表達(dá)，在每個(gè)樣本比較組的高表達(dá)含量前150個(gè)基因中篩選出131個(gè)共同基因，采用層次聚類(lèi)對(duì)131個(gè)共同高表達(dá)基因的FPKM值進(jìn)行層次聚類(lèi)分析。由圖1可知，3個(gè)部位之間的共同高表達(dá)基因存在明顯不同，其中JR和WJR的差異最大。在熱圖中，不同的顏色代表不同的表達(dá)水平。紅色代表較高的表達(dá)，綠色代表較低的表達(dá)。通過(guò)3個(gè)部位的共同高表達(dá)基因，初步篩選出與嫩度相關(guān)的共同高表達(dá)基因：肌球蛋白輕鏈（MYL1、MYL2）、肌凝蛋白家族（TPM1、TPM2），編碼橫紋肌凝蛋白輕鏈亞基（MYLPF）、肌球蛋白重鏈（MYH1、MYH2、MYH7）、肌球蛋白結(jié)合蛋白（MYBPC2）、肌結(jié)蛋白（MYOT）、Cal-sarcin-2基因（MYOZ1）。

2.3 差異基因的分析

2.3.1 差異基因 利用DESeq2軟件對(duì)牦牛肉不同部位樣品間比較組間的差異表達(dá)基因進(jìn)行分析，利用Benjamini和Hochberg方法調(diào)整P值，控制準(zhǔn)確率。對(duì)比較組間的差異表達(dá)分析采用edgeR軟件包進(jìn)行分析，采用Benjamini和Hochberg方法調(diào)整P值，控制準(zhǔn)確率。校正后的P值（Padj）lt;0.05和 |log2Fold Change|gt;1.0作為顯著差異表達(dá)的閾值，具體結(jié)果見(jiàn)表2。

在3個(gè)牦牛肉不同部位中共檢測(cè)到差異基因1 261個(gè)（含16個(gè)共有差異基因）。由表3可知，WJR和JR相比共檢測(cè)到差異基因295個(gè)，其上調(diào)、下調(diào)差異基因分別為132、163個(gè)；WJR和HGT相比共檢測(cè)到差異基因713個(gè)，其上調(diào)、下調(diào)差異基因分別為445、268個(gè)；JR和HGT相比共檢測(cè)到差異基因607個(gè)，其上調(diào)、下調(diào)差異基因分別為419、188個(gè)。

2.3.2 差異基因的生物信息學(xué)分析 為了確定差異基因的功能，對(duì)上述差異基因根據(jù)細(xì)胞成分、分子功能和生物學(xué)過(guò)程進(jìn)行GO功能注釋分類(lèi)，以矯正P值（Padj值）作為顯著性富集的閥門(mén)。由圖2可知，牦牛肉不同部位的差異表達(dá)基因的生物學(xué)功能不同，不同生物學(xué)功能所包含的差異表達(dá)基因數(shù)量和表達(dá)方式也不同。由圖2-a可知，在JR/HGT比較組差異基因主要GO條目有28種，其中，GO功能富集的差異基因多數(shù)為上調(diào)基因，重要的差異功能有離子轉(zhuǎn)運(yùn)、細(xì)胞質(zhì)部分、胞內(nèi)非膜結(jié)合的細(xì)胞器和非膜有界細(xì)胞器。由圖2-b可知，在WJR/HGT比較組差異基因主要GO條目有29種，其中，GO功能富集的差異基因上調(diào)基因居多，重要的GO功能有細(xì)胞骨架、胞外區(qū)和核。由圖2-c可知，在WJR/HGT比較組差異基因主要GO條目有30種，其中，GO功能富集的差異基因上調(diào)基因居多，重要的GO功能有胞外區(qū)、核、生長(zhǎng)因子活性、金屬羧肽酶活性和受體結(jié)合。以上分析表明，牦牛肉不同部位的生物學(xué)功能有一定差異，對(duì)牦牛肉品質(zhì)有不同的影響。因此，不同部位嫩度的差異可能是由于差異基因信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的生物學(xué)功能和轉(zhuǎn)錄調(diào)控基因的表達(dá)發(fā)生了變化。

KEGG通路富集采用Padj低于0.05為顯著性富集閾值，選擇最顯著的20個(gè)KEGG通路繪制散點(diǎn)圖，若lt;20個(gè)則繪制出全部通路。牦牛肉不同部位差異表達(dá)基因KEGG通路分析，由圖3可知，不同牦牛肉部位中差異表達(dá)基因的KEGG通路差異較大，在JR/HGT比較組中KEGG富集主要的代謝通路中具有顯著差異的有8 個(gè)，在WJR/HGT比較組中KEGG富集的通路均不顯著，差異也較小，在WJR/JR比較組中KEGG富集的通路差異均不顯著，但差異較大。由圖3-a可知，氧化磷酸化、帕金森病、亨廷頓病、阿爾茨海默病、熱生成、非乙醇性脂肪肝疾?。∟AFLD）、逆行內(nèi)源性大麻素信號(hào)傳導(dǎo)和心肌收縮通路是造成JR和HGT品質(zhì)差異的主要通路，其中氧化磷酸化和熱生成對(duì)JR和HGT品質(zhì)的影響最大。由圖3-b可知，富集差異表達(dá)基因較多的重要通路有心肌細(xì)胞中的腎上腺素能信號(hào)通路、癌癥中的蛋白多糖、細(xì)胞因子與細(xì)胞因子受體的相互作用和MAPK信號(hào)通路，其中MAPK信號(hào)通路對(duì)WJR和HGT品質(zhì)的影響較大。由圖3-c可知，細(xì)胞因子與細(xì)胞因子受體的相互作用、氮代謝和氧化磷酸化造成WJR和JR品質(zhì)的影響較大。綜上表明，牦牛肉不同部位的差異表達(dá)基因的代謝通路不同，這種代謝通路可能是造成差異表達(dá)基因生物學(xué)功能不同和肉品質(zhì)不同的重要因素，其中熱生成、氧化磷酸化、MAPK信號(hào)通路、細(xì)胞因子與細(xì)胞因子受體的相互作用和氮代謝對(duì)不同部位肉品質(zhì)的影響較大。

在所有比較中，本試驗(yàn)選取3個(gè)比較組中影響較大的KEGG通路，將重點(diǎn)放在如圖3所示的KEGG通路途徑，以進(jìn)行下一步研究，結(jié)果發(fā)現(xiàn)了6 個(gè)與嫩度相關(guān)的差異基因，即肌凝蛋白家族TPM2（β基因）、TPM3（γ基因），肌球蛋白輕鏈2（MYL2），肌球蛋白輕鏈激酶（MYLK3、MYLK4），肌球蛋白重鏈（MYH6）。通過(guò)共同高表達(dá)基因聚類(lèi)分析以及差異基因的生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，TPM2與MYL2重復(fù)出現(xiàn)。

2.4 RT-qPCR定量驗(yàn)證

為了驗(yàn)證RNA-Seq數(shù)據(jù)的可靠性，隨機(jī)選擇4個(gè)DEGs進(jìn)行RT-qPCR進(jìn)行表達(dá)檢測(cè)，包括2個(gè)上調(diào)基因和2個(gè)下調(diào)基因。由圖4可知，RT-qPCR的結(jié)果與RNA-Seq數(shù)據(jù)的結(jié)果一致，WJR中HOXC8和LOC112446667的表達(dá)水平高于JR和HGT，JR中BARX2、HOXA13和HOXA11的表達(dá)水平高于WJR和HGT，HGT中LOC112441511的表達(dá)水平高于WJR和JR。這些結(jié)果證實(shí)了RNA-Seq結(jié)果的可靠性和重復(fù)性。

3 討論

通過(guò)嫩度品質(zhì)差異比較發(fā)現(xiàn)JR嫩度最好，WJR次之，HGT最差，這與劉艷霞研究的牦牛不同部位制作肉干所得出的HGT剪切力大于JR一致［16］，也與牛蕾研究不同部位黃牛肉干時(shí)得出的剪切力結(jié)果（前肢lt;后肢）［17］一致。MYHC的亞型基因MYH1、MYH2、MYH7主要決定肌原纖維的ATP酶活性，因此肌纖維的類(lèi)型與MYHC亞型有關(guān)［18］。成年家畜的骨骼肌纖維根據(jù)不同的結(jié)構(gòu)、收縮、代謝和形態(tài)特征可分為Ⅰ型、ⅡA型、ⅡB型和ⅡX型等4種類(lèi)型，它們分別對(duì)應(yīng)MYH7、MYH2、MYH1和MYH4等4個(gè)基因編碼，其收縮速率呈現(xiàn)逐漸增大的趨勢(shì)［19］。MYLPF為快肌纖維的標(biāo)記基因，劉瑞莉等研究證實(shí)了MYLPF是骨骼肌中的高表達(dá)基因，可能參與骨骼肌的生長(zhǎng)發(fā)育及其他調(diào)節(jié)，是影響肉品質(zhì)的候選基因［20］。TPM1、TPM2在與肌鈣蛋白復(fù)合物的結(jié)合中及在脊椎動(dòng)物橫紋肌收縮的鈣依賴(lài)性調(diào)節(jié)中起關(guān)鍵作用，這與Yu等的研究結(jié)果［21］一致。肌球蛋白輕鏈（MYL）是肌小節(jié)粗肌絲的組成成分，起著維持機(jī)體不同狀態(tài)發(fā)育的肌球蛋白重鏈構(gòu)想的重要作用。葉幼榮等的研究證實(shí)了MYL1與肌球蛋白重鏈的相關(guān)性均在0.970以上［22］。推測(cè)MYL1是調(diào)節(jié)肌纖維類(lèi)型的重要基因。MYBPC2是與肌肉收縮相關(guān)的關(guān)鍵因子，Chang等通過(guò)研究發(fā)現(xiàn)MYBPC2在肌肉生長(zhǎng)起著重要作用［23］。由此推測(cè)MYBPC2通過(guò)對(duì)肌肉生長(zhǎng)及收縮的調(diào)控，進(jìn)而影響嫩度。MYOT是參與肌肉發(fā)育的多功能基因，Adoligbe克隆了牛的MYOT基因，揭示了該基因在骨骼肌中的高表達(dá)，發(fā)現(xiàn)下調(diào)的MYOT顯著抑制Ⅰ型（慢速氧化型）和ⅡA型（快速氧化型）肌纖維的表達(dá)，使ⅡX型（快氧化型）肌纖維的表達(dá)增加，表明MYOT基因可能影響肌肉纖維的特性［24］。MYOZ1在肌纖維類(lèi)型分化中具有不可替代的作用，通過(guò)抑制鈣調(diào)神經(jīng)磷酸酶的活性，而作用于活化T細(xì)胞核因子（CaN-NFAT）信號(hào)傳導(dǎo)通路，從而促進(jìn)快肌纖維向慢肌纖維轉(zhuǎn)化［25］。MYL2是一種屬于肌球蛋白輕鏈家族的一種調(diào)節(jié)輕鏈，在調(diào)節(jié)肌纖維活性、肌纖維類(lèi)型和肌纖維生長(zhǎng)中起著重要作用［26］。TPM主要調(diào)節(jié)ATP 酶的活性，參與肌肉收縮的調(diào)節(jié)，穩(wěn)定肌細(xì)胞的骨骼結(jié)構(gòu)［18］。與HGT和JR相比，MYL2、TPM3和TPM2在WJR中表達(dá)上調(diào)，這與劉吉娟等的研究結(jié)果［27］一致。MYLK及其家族成員不僅是肌肉收縮所必需的，而且可以影響細(xì)胞骨架，從而調(diào)節(jié)細(xì)胞運(yùn)動(dòng)性、分泌、上皮通透性和血小板形狀改變，或促進(jìn)軸突生長(zhǎng)錐伸長(zhǎng)和細(xì)胞纖維張力發(fā)生凋亡，從而影響胞質(zhì)分裂和細(xì)胞修復(fù)［28］。與WJR相比，MYLK4在HGT和JR中表達(dá)下調(diào)；與JR和HGT相比，MYLK3在WJR中表達(dá)下調(diào)。肌球蛋白重鏈（MyHC）是含量最豐富的肌肉結(jié)構(gòu)蛋白，約占蛋白的35%［29］。與WJR相比，MYH2在JR中表達(dá)下調(diào)，依據(jù)JR的嫩度優(yōu)于WJR，可以推斷MYLK4和MYH2對(duì)調(diào)控嫩度具有促進(jìn)作用，這與Sakakibara等的研究結(jié)果［30］一致。WJR與HGT相比，MYLK4在HGT中表達(dá)下調(diào)，這與Yu研究的晉江牛早期死后肌肉特異性分子差異的結(jié)果［21］一致。與HGT相比，TPM2和MYH2在JR中表達(dá)上調(diào)，JR的嫩度也優(yōu)于HGT，由此可以推斷上述基因?qū)φ{(diào)控嫩度也具有促進(jìn)作用。根據(jù)上述纖維類(lèi)型可知，JR的纖維類(lèi)型為Ⅱa。以上15 種與嫩度相關(guān)的候選基因中僅有MYLK4是在WJR、JR和HGT中存在顯著差異的基因（Plt;0.05），而CAPN1、MYL6B等與嫩度相關(guān)的基因并未在本研究結(jié)果中出現(xiàn)，這與CAPN1、MYL6B是影響嫩度的主要基因的說(shuō)法不一致?？梢?jiàn)，嫩度的差異可能是由不同的品種、年齡、性別、屠宰方式和飼養(yǎng)條件等造成的，未表達(dá)的這些基因可能在年齡、性別和品種上差異更顯著，但在WJR、JR和HGT等3個(gè)部位的表達(dá)差異并不顯著。以上15種與嫩度相關(guān)的候選基因的分子機(jī)制及作用機(jī)制尚不清楚，需要進(jìn)一步研究，分析其對(duì)嫩度的具體調(diào)控。

4 結(jié)論

通過(guò)高通量轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序，首先對(duì)共同高表達(dá)基因進(jìn)行聚類(lèi)分析，鑒定出高表達(dá)量的共同基因11 種；再對(duì)差異基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)6 種與嫩度相關(guān)的候選基因，TPM2和MYL2重復(fù)出現(xiàn)，共計(jì)發(fā)現(xiàn)15 種與嫩度相關(guān)的候選基因：TPM1、TPM2、TPM3、MYL1、MYL2、MYH1、MYH2、MYH6、MYH7、MYLK3、MYLK4、MYLPF、MYOZ1、MYBPC2、MYO4T1，其中MYLK4表達(dá)出很高的轉(zhuǎn)錄水平。這些基因主要通過(guò)熱生成、氧化磷酸化、MAPK信號(hào)通路、細(xì)胞因子與細(xì)胞因子受體的相互作用和氮代謝的途徑調(diào)控嫩度。本試驗(yàn)為改善牦牛肉嫩度提供理論依據(jù)，其具體的調(diào)控機(jī)制還需進(jìn)一步探究。

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