摘要 目的: 采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對(duì)接探討丹參抗放射性心肌纖維化的分子機(jī)制。 方法: 在中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺(tái)(TCMSP)進(jìn)行藥物成分和相應(yīng)靶點(diǎn)篩選,疾病靶點(diǎn)通過基因名片數(shù)據(jù)庫(GeneCards)、在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫(OMIM)和治療靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(TTD)獲得,在Venny 2.1.0平臺(tái)上提取二者共同靶點(diǎn)。運(yùn)用STRING數(shù)據(jù)庫與 Cytoscype 3.9.1軟件建立蛋白互作(PPI)網(wǎng)絡(luò),對(duì)PPI網(wǎng)絡(luò)行拓?fù)鋵W(xué)分析得到的核心靶點(diǎn)導(dǎo)入 Metascape數(shù)據(jù)庫進(jìn)行功能富集分析,經(jīng)Cytoscype 3.9.1軟件構(gòu)建 “活性成分-核心靶點(diǎn)-信號(hào)通路”網(wǎng)絡(luò)。最后,利用 AutoDockTools 1.5.6軟件進(jìn)行分子對(duì)接驗(yàn)證,可視化由PyMOL 2.2.0軟件完成。 結(jié)果: 共獲取藥物活性成分59種,相應(yīng)靶點(diǎn)137個(gè),疾病靶點(diǎn)3 042個(gè),交集靶點(diǎn)100個(gè)。PPI網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵W(xué)分析所得的蛋白激酶B1(AKT1)、腫瘤壞死因子(TNF)、腫瘤蛋白p53(TP53)等22個(gè)核心靶點(diǎn),主要通過TNF信號(hào)通路、缺氧誘導(dǎo)因子1(HIF-1)信號(hào)通路、絲裂原激活蛋白激酶(MAPK)信號(hào)通路等途徑發(fā)揮功能,與丹參中毛地黃黃酮、丹參酮ⅡA、2-異丙基-8-甲基菲-3,4-二酮等活性成分有關(guān)。分子對(duì)接結(jié)果顯示,核心靶點(diǎn)與核心成分間結(jié)合緊密,結(jié)構(gòu)穩(wěn)定。 結(jié)論: 丹參治療放射性心肌纖維化具有多成分、多靶點(diǎn)、多通路的特點(diǎn),可為今后臨床應(yīng)用提供理論基礎(chǔ)。
關(guān)鍵詞 "放射性心肌纖維化;丹參;網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué);分子對(duì)接;機(jī)制
doi: "10.12102/j.issn.1672-1349.2023.14.002
Mechanism of Salvia Miltiorrhiza Against Radioactive-induced Myocardial Fibrosis Based on Network Pharmacology and Molecular Docking
HUANG Yuan, WAN Jingqiang, MA Yongxia, YAN Wenting, XIE Ping
First School of Clinical Medical, Gansu University of Chinese Medicine, Lanzhou 730000, Gansu, China
Corresponding Author "XIE Ping, E-mail: pingxie66@163.com
Abstract Objective: To investigate the molecular mechanism of Salvia miltiorrhiza against radioactivity-induced myocardial fibrosis using network pharmacology and molecular docking. "Methods: Drug components and corresponding targets were screened on Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform(TCMSP).The disease targets were obtained from GeneCards,Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM),and Therapeutic Target Database(TTD);the common targets "were extracted by the Venny 2.1.0 platform.The STRING database and Cytoscype 3.9.1 software were used to establish the protein-protein interaction(PPI) network;the core targets obtained from the topological analysis of the PPI network were imported into the Metascape database for functional enrichment.Cytoscype 3.9.1 software was used to construct the \"active ingredient-core target-signaling pathway\" network.Finally,the molecular docking verification was performed using AutoDockTools 1.5.6 software,and the result visualization was completed by PyMOL 2.2.0 software. "Results: "A total of 59 drug active "ingredients were obtained,including 137 corresponding targets,3 042 disease targets,and 100 intersection targets were obtained.The 22 core targets(protein kinase B1(AKT1),tumor necrosis factor(TNF),tumor protein p53(TP53),etc.obtained from the analysis of PPI network topology played the role through the TNF signaling pathway and hypoxia-inducible factor-1(HIF-1) signaling pathway,mitogen-activated protein kinase(MAPK) signaling pathway,and other pathways.They were related to active ingredients such as luteolin,tanshinone ⅡA,and 2-isopropyl-8-methylphenanthrene-3,4-dione in Salvia miltiorrhiza.The molecular docking results showed that the core target and components were closely combined,and the structure was stable. "Conclusion: Salvia miltiorrhiza "treats of radiation-induced myocardial fibrosis by component,multi-target,and multi-channel,which can provide a theoretical basis for future clinical application.
Keywords "radiatione-induced myocardial fibrosis; Salvia miltiorrhiza; network pharmacology; molecular docking; mechanism
在胸部腫瘤放療過程中,心臟發(fā)生的心包炎、心肌病、心瓣膜病、冠狀動(dòng)脈損傷和傳導(dǎo)系統(tǒng)異常的病變, 被稱為放射性心臟?。╮adiation-induced heart diseases, RIHD)。動(dòng)物實(shí)驗(yàn)證實(shí),RIHD的心肌病變主要表現(xiàn)為早期炎癥細(xì)胞浸潤和晚期膠原纖維沉積[1-2]。在臨床中,RIHD常見于心臟射線累積量高于60 Gy的胸部腫瘤病人中[3],病變出現(xiàn)癥狀較晚,潛伏期長達(dá)10年以 上,易被腫瘤病情掩蓋而忽視[4]。纖維化作為心臟重塑過程中的主要病理變化,能夠不可逆地限制心臟舒縮功能,最終導(dǎo)致心力衰竭的發(fā)生。目前,放射性心肌纖維化(radiation-induced myocardial fibrosis,RIMF)尚無良好的防治策略,嚴(yán)重影響著胸部腫瘤放療病人的生活質(zhì)量,已成為腫瘤心臟病中的研究熱點(diǎn)。
丹參,味苦、性微寒,是唇形科鼠尾草屬藥用植物,已知含有親脂性二萜類化合物、水溶性酚酸等201種成分[5]。由于其具有抗炎、抗氧化、抑制血小板聚集、改善微循環(huán)等作用,在心血管疾病的治療中備受青睞[6]。有研究稱,丹參及其相關(guān)活性成分能夠緩解不同病因所致的器官纖維化[7-9],但關(guān)于RIMF方面的報(bào)道較少,相關(guān)機(jī)制也尚不明確。
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是一項(xiàng)將計(jì)算機(jī)和醫(yī)學(xué)相結(jié)合的成熟技術(shù),通過從數(shù)據(jù)庫篩選疾病和藥物的共同靶點(diǎn)以探討二者互作的相關(guān)分子機(jī)制,進(jìn)一步結(jié)合分子對(duì)接技術(shù)驗(yàn)證結(jié)果的可靠性,直觀顯示配體和受體結(jié)合位點(diǎn),有重要的參考價(jià)值。因此,本研究借助上述技術(shù),從分子水平探討丹參抗RIMF的機(jī)制,為今后臨床防治RIMF提供理論基礎(chǔ)。
1 資料與方法
1.1 分析工具 "本研究中所使用的分析工具匯總見表1。
1.2 收集丹參活性成分及相關(guān)靶點(diǎn) "在中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺(tái)(TCMSP) Herb name檢索欄目中鍵入“danshen”,按照口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%和類藥性(drug likeness,DL)≥0.18篩選活性成分,獲取相關(guān)靶點(diǎn)。在UniProt數(shù)據(jù)庫中限定popular organisms為“human”、status為 “review(Swiss-Prot)”,獲取成分靶點(diǎn)UniProt ID,使用其ID mapping功能進(jìn)行靶點(diǎn)與基因名稱的批量轉(zhuǎn)化。
1.3 提取RIMF的靶點(diǎn) "將“radiation-induced myocardial fibrosis”作為關(guān)鍵詞,從基因名片數(shù)據(jù)庫(GeneCards)、 在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫(OMIM)和治療靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(TTD)中提取出疾病靶點(diǎn),并進(jìn)行去重。
1.4 "獲取共同靶點(diǎn)與制作蛋白-蛋白互作(PPI)網(wǎng)絡(luò)圖 ""將收集提取到的靶點(diǎn)結(jié)果輸入到Venny 2.1.0平臺(tái)上,提取交集區(qū)域處成分與疾病的共同靶點(diǎn)。在STRING數(shù)據(jù)庫multiple proteins模塊下上傳共同靶點(diǎn),設(shè)定organisms為“homo sapiens”,取medium confidence (0.400)后,下載tsv文件導(dǎo)入Cytoscape軟件,生成PPI網(wǎng)絡(luò)。使用Cytoscape軟件的Centicape 2.2插件進(jìn)行拓?fù)鋵W(xué)分析,在PPI網(wǎng)絡(luò)中得到核心靶點(diǎn)。
1.5 富集分析 "使用Metascape數(shù)據(jù)庫,設(shè)置Input as species為“H.sapiens”,對(duì)核心靶點(diǎn)進(jìn)行基因本體(gene ontology,GO)功能富集分析與京都基因與基因組百科全書(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。利用微生信平臺(tái),實(shí)現(xiàn)對(duì)富集數(shù)據(jù)的可視化。
1.6 構(gòu)建“活性成分-核心靶點(diǎn)-信號(hào)通路”網(wǎng)絡(luò) "整理核心靶點(diǎn)及其相關(guān)活性成分與富集分析的前30條信號(hào)通路,制作“Network.xlsx”和“Attribution.xlsx”文件導(dǎo)入Cytoscape軟件,構(gòu)建“活性成分-核心靶點(diǎn)-信號(hào)通路”網(wǎng)絡(luò)。
1.7 分子對(duì)接 "分別選取度值(Degree)較大的前5個(gè)核心靶點(diǎn)、前6個(gè)活性成分作為對(duì)接的分子。在PDB數(shù)據(jù)庫按照“物種為人、分辨率<3.0A、攜帶配體”原則從優(yōu)篩選靶點(diǎn)3D結(jié)構(gòu),導(dǎo)入 PyMol軟件對(duì)其去水、去配體后保存為pdbqt文件。通過TCMSP數(shù)據(jù)庫獲取活性成分的PubChem Cid后,在PubChem數(shù)據(jù)庫中搜索PubChem Cid獲得3D結(jié)構(gòu)sdf文件。利用 OpenBabel軟件將以上文件整合成 pdb格式導(dǎo)入 AutoDockTools,用于分子對(duì)接,主要操作環(huán)節(jié)包括加全氫、設(shè)置對(duì)接Box、運(yùn)行Autogride 4和Autodock 4等,并用微生信平臺(tái)繪制分子間結(jié)合能熱圖。使用 PyMol軟件對(duì)結(jié)合能絕對(duì)值較大的對(duì)接結(jié)果進(jìn)行可視化。
2 結(jié) 果
2.1 丹參的活性成分及相關(guān)靶點(diǎn) "按照OB≥30%和 DL≥0.18,從TCMSP數(shù)據(jù)庫獲取丹參活性成分65個(gè),去除無靶點(diǎn)成分,最終納入59種活性成分進(jìn)行后續(xù)研究。 在TCMSP數(shù)據(jù)庫中收集活性成分相關(guān)靶點(diǎn),通過UniProt數(shù)據(jù)庫將其轉(zhuǎn)換為基因,經(jīng)去重后獲得137個(gè)成分靶點(diǎn)。
2.2 RIMF的靶點(diǎn) "從GeneCards數(shù)據(jù)庫、OMIM數(shù)據(jù)庫提取的疾病靶點(diǎn)分別為2 743個(gè)、342個(gè),在TTD數(shù)據(jù)庫中沒有發(fā)現(xiàn)相關(guān)靶點(diǎn)。整合并剔除重復(fù)結(jié)果,提取到的疾病靶點(diǎn)有3 042個(gè)。
2.3 共同靶點(diǎn)及其互作網(wǎng)絡(luò)圖 "在Venny 2.1.0平臺(tái)取成分與疾病靶點(diǎn)交集,獲得100個(gè)共同靶點(diǎn),詳見圖1。利用STRING數(shù)據(jù)庫對(duì)共同靶點(diǎn)進(jìn)行PPI分析,使用Cytocape軟件進(jìn)行結(jié)果可視化,詳見圖2。PPI網(wǎng)絡(luò)圖含有100個(gè)節(jié)點(diǎn)、1 405條邊;紅色圓圈代表共同靶點(diǎn),顏色越深、形狀越大代表該靶點(diǎn)度值越大,在網(wǎng)絡(luò)中重要性越高;其中,同心圓內(nèi)圈為度>40的靶點(diǎn)。利用Cytocape軟件中Centicape 2.2插件對(duì)PPI網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行拓?fù)鋵W(xué)分析,選取 同時(shí)滿足度值>28、接近中心性(closeness)unDir> 0.005 6且中介中心性(betweenness)unDir>84.3閾值的蛋白為核心靶點(diǎn),靶點(diǎn)名稱按照度從小到大排列。詳見表2。繼而用STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建核心靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò),詳見圖3。結(jié)果顯示,蛋白激酶B(AKT1)、腫瘤壞死因子(TNF)和腫瘤蛋白p53(TP53)等22個(gè)核心 靶點(diǎn)之間存在復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系,在丹參抗RIMF中發(fā) "揮著不可替代的作用。
2.4 核心靶點(diǎn)GO與KEGG富集分析 "在GO富集分析中,共得到737個(gè)結(jié)果,其中671個(gè)與生物學(xué)過程(biological process,BP)相關(guān)、22個(gè)與細(xì)胞組分(cellular component,CC)相關(guān)、44個(gè)與分子功能(molecular function,MF)相關(guān),選擇各類 P 值較小的10個(gè)富集項(xiàng)繪制柱狀圖,用X軸代表富集條 目,Y軸代表基因數(shù)量,見圖4??梢娫诘⒖筊IMF "的機(jī)制中,BP主要包括:生長因子反應(yīng)、細(xì)胞對(duì)生長因子刺激的反應(yīng)、酶聯(lián)受體蛋白信號(hào)通路、跨膜受體蛋白酪氨酸激酶信號(hào)通路、細(xì)胞對(duì)化學(xué)應(yīng)激的反應(yīng)等;CC主要包括:膜筏、膜微區(qū)、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔、小窩、質(zhì)膜筏等;MF主要包括:核受體活性、配體激活轉(zhuǎn)錄因子活性、一氧化氮合酶調(diào)節(jié)劑活性、激酶結(jié)合、腺苷三磷酸酶結(jié)合等。
KEGG富集分析得到118條信號(hào)通路,選取 P 值較小的30條信號(hào)通路繪制氣泡圖,用X軸代表富集分?jǐn)?shù),Y軸代表信號(hào)通路,氣泡尺寸代表通路基因數(shù)量,顏色梯度表示 P 值變化,見圖5??梢姷⒖筊IMF的信號(hào)通路主要有:TNF信號(hào)通路、缺氧誘導(dǎo)因子-1(HIF-1)信號(hào)通路、絲裂原活化蛋白激酶(MAPK)信號(hào)通路、白細(xì)胞介素-17(IL-17)信號(hào)通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信號(hào)通路、細(xì)胞凋亡信號(hào)通路等。
2.5 “活性成分-核心靶點(diǎn)-信號(hào)通路”網(wǎng)絡(luò) "采用 Cytoscape軟件,選擇核心靶點(diǎn)及其相關(guān)活性成分和前30條信號(hào)通路,建立了“活性成分-核心靶點(diǎn)-信號(hào)路徑”的網(wǎng)絡(luò),詳見圖6。此網(wǎng)絡(luò)圖具有104個(gè)節(jié)點(diǎn)、408條邊;黃色菱形代表活性成分,綠色倒三角代表信號(hào)通路,紅色圓圈代表核心靶點(diǎn),圖形面積代表度值大小。該網(wǎng)絡(luò)中活性成分的詳細(xì)信息見表3。
2.6 分子對(duì)接 "將表2中前6個(gè)核心靶點(diǎn)AKT1、TNF、TP53、IL6、VEGFA、EGFR和表3中前5個(gè)活性成分毛地黃黃酮、丹參酮ⅡA、2-異丙基-8-甲基菲-3,4-二酮、4-亞甲丹參新酮、隱丹參酮進(jìn)行兩兩對(duì)接驗(yàn)證,所得分子間結(jié)合能見圖7。結(jié)果發(fā)現(xiàn),4-亞甲丹參新酮與VEGFA、隱 丹參酮與TP53的結(jié)合能最小,為-33.91 kJ/mol(1 kcal/mol= "4.186 ""kJ/mol);毛地黃黃酮與TP53的結(jié)合能最大, 為-26.33 kJ/mol。
利用PyMol軟件對(duì)結(jié)合能≤-33.488 kJ/mol的對(duì)接結(jié)果可視化,見圖8。紅色結(jié)構(gòu)代表活性成分,綠色結(jié)構(gòu)代表靶點(diǎn)分子,黃色虛線代表結(jié)合氫鍵。用棒狀結(jié)構(gòu)詳細(xì)顯示成分位點(diǎn)和靶點(diǎn)殘基間的結(jié)合情況,同時(shí)展現(xiàn)對(duì)接周圍表面結(jié)構(gòu)。可見,4-亞甲丹參新酮 與VEGFA的GLY-52、4-亞甲丹參新酮與TNF的HIS-15 "和VAL-150,隱丹參酮與TP53的VAL-147和ASP-228、 隱丹參酮與TNF的VAL-150形成氫鍵相互作用,鍵長分別為30.5,2.1,3.1,3.4,2.9,2.9。
3 討 論
中醫(yī)學(xué)認(rèn)為,電離輻射為火熱邪毒,所致RIHD屬“心悸”等范疇,可出現(xiàn)胸悶、氣短、乏力的臨床癥狀,中醫(yī)學(xué)注重補(bǔ)益氣血論治[10]。丹參具有活血化瘀、通經(jīng)止痛等功效,為調(diào)理氣血虛的常用藥物,這與RIHD的發(fā)病機(jī)制不謀而合。RIMF是RIHD中的重要病變之一,本研究運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探討了丹參抗RIMF的分子機(jī)制。研究結(jié)果顯示,丹參所含的毛地黃黃酮、丹參酮ⅡA、2-異丙基-8-甲基菲-3,4-二酮、4-亞甲丹參新酮和隱丹參酮是抗RIMF的核心成分。毛地黃黃酮(亦名木犀草素),其可防治鏈脲佐菌素引起的心肌纖維化、肥大及功能失調(diào),抑制氧化應(yīng)激和炎癥反應(yīng)[11]。丹參酮ⅡA是丹參中含量最豐富的脂溶性成分,可通過缺氧誘導(dǎo)因子-1α(HIF-1α)和Kelch樣ECH關(guān)聯(lián)蛋白1 /核因子E2相關(guān)因子2(Keap1-Nrf2)途徑降低β微管蛋白與血管內(nèi)皮生長因子的表達(dá),抑制心臟成纖維細(xì)胞增殖[12];本課題組前期研究發(fā)現(xiàn),其衍生物丹參酮ⅡA磺酸鈉可緩解X射線對(duì)心肌成纖維細(xì)胞的損傷,與血管緊張素Ⅱ(Ang Ⅱ)和B型腦鈉肽(BNP)分泌降低、p38絲裂原活化蛋白激酶(P38 MAPK)信號(hào)通路抑制相關(guān)[13]。體內(nèi)試驗(yàn)結(jié)果表明,以2-異丙基-8-甲基菲-3,4-二酮及4-亞甲丹參新酮為主要活性成分的中成藥志雄膠囊能明顯減輕大鼠動(dòng)脈粥樣硬化斑塊的形成和血管內(nèi)膠原的沉積[14]。與粥樣硬化相比不同的是,冠狀動(dòng)脈輻射損傷后形成的斑塊脂質(zhì)成分少,管壁纖維化程度重,最大狹窄區(qū)域往往位于病變的近端。另外,隱丹參酮也被證實(shí)可降低高糖培養(yǎng)的心肌細(xì)胞中信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄激活因子3 (STAT3)、基質(zhì)金屬蛋白酶-9(MMP-9)和結(jié)締組織生長因子(CTGF)的mRNA和蛋白質(zhì)水平來抑制纖維化,改善心臟功能[15]。
在PPI網(wǎng)絡(luò)中發(fā)現(xiàn),AKT1、TNF、TP53、IL-6、VEGFA等22個(gè)蛋白是丹參抗RIMF的核心靶點(diǎn),他們涉及了廣泛的GO富集條目,參與的通路主要有 TNF信號(hào)通路、HIF-1信號(hào)通路、MAPK信號(hào)通路、IL-17 信號(hào)通路、PI3K-AKT信號(hào)通路和細(xì)胞凋亡。TNF通過結(jié)合細(xì)胞表面TNFR1、TNFR2發(fā)揮作用,由于TNFR1分布廣泛以及結(jié)構(gòu)域的多樣性,在TNF信號(hào)通路中起主導(dǎo)作用,其可加快細(xì)胞凋亡和壞死速度[16]。心肌缺血缺氧時(shí),HIF-α亞基易位到細(xì)胞核中,與HIF1B結(jié)合激活HIF-1信號(hào)通路,保護(hù)心臟功能。而博來霉素對(duì)肺纖維化的影響則通過敲除HIF1A而減輕[17]。目前,MAPK信號(hào)通路包括細(xì)胞外信號(hào)調(diào)節(jié)蛋白激酶1/2(ERK1/2)、c-Jun氨基末端激酶1/2/3(JNK1/2/3)、P38 MAPK、細(xì)胞外信號(hào)蛋白激酶5(ERK5),這些信號(hào)參與了細(xì)胞的增殖、分化、遷移、衰老和凋亡。研究發(fā)現(xiàn),擴(kuò)張型心肌病病人心肌組織中MAPK通路分子的磷酸化水平顯著升高,與心肌纖維 化的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)[18]。IL-17家族包括IL-17 A~F 6 個(gè)成員,當(dāng)上皮細(xì)胞IL-17信號(hào)激活后,可分泌轉(zhuǎn)化生長因子-β(TGF-β)與IL-17 共同作用于成纖維細(xì)胞,促進(jìn)具有促纖維化功能的IL-6、 白介素-8(IL-8)、CXC趨化因子配體1(CXCL1)等因子釋放[19]。PI3K具有脂質(zhì)激酶和蛋白激酶的雙重活性,其通路的中心介質(zhì)AKT是一種絲氨酸/蘇氨酸激酶[20]。PI3K-AKT信號(hào)通路作用廣泛,與高血壓、心律失常、心力衰竭等常見心血管疾病均有關(guān)。例如在心肌纖維化病變中,8-姜辣素可激活PI3K/AKT/ mTOR信號(hào)通路,抑制氧化應(yīng)激、細(xì)胞凋亡和過度自噬來發(fā)揮有益作用[21]。凋亡是一種細(xì)胞程序性死亡方式,其病理特點(diǎn)是出現(xiàn)凋亡小體,心肌細(xì)胞經(jīng)典凋亡途徑有線粒體凋亡、死亡受體凋亡和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激凋亡[22]。另外,在KEGG通路富集分析中發(fā)現(xiàn),多條通路與癌癥有關(guān),這可能表明丹參在抗RIMF的同時(shí)能夠作用于癌細(xì)胞,體現(xiàn)出了中醫(yī)“異病同治”的思想和丹參“一藥多效”的功能。
上述相關(guān)研究涉及此網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)所預(yù)測(cè)的靶點(diǎn)和通路,表明丹參對(duì)RIMF有一定的療效。為了進(jìn)一步提高結(jié)果可信度,進(jìn)行了分子對(duì)接驗(yàn)證。結(jié)合能越小,構(gòu)象越穩(wěn)定,當(dāng)結(jié)合能≤-29.30 kJ/mol時(shí),結(jié)合性極強(qiáng)[23]。本研究結(jié)果顯示,候選分子對(duì)接后的結(jié)合能均為負(fù)值,可以自發(fā)結(jié)合,結(jié)合能≤-29.30 kJ/mol的分子對(duì)占比達(dá)到66.67%。即在整體上,各分子間結(jié)合性能強(qiáng)烈,本研究網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)預(yù)測(cè)結(jié)果具有可靠性。
4 小 結(jié)
本研究利用網(wǎng)絡(luò)藥物學(xué)和分子對(duì)接技術(shù),對(duì)丹參抗 RIMF的作用機(jī)制進(jìn)行了初步探討,發(fā)現(xiàn)其涉及多成分、多靶點(diǎn)、多通路的復(fù)雜生物學(xué)過程,但尚需通過體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證上述結(jié)果。
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(收稿日期:2022-08-27)
(本文編輯 王雅潔)