翁晨祎,孟 林,葉來生,翁華宏
(1.廣西中醫(yī)藥大學(xué)瑞康臨床醫(yī)學(xué)院,廣西 南寧 530011;2.廣西骨傷醫(yī)院關(guān)節(jié)科,廣西 南寧 530012)
骨關(guān)節(jié)炎是一種以關(guān)節(jié)疼痛、壓痛、活動受限、畸形為主要特征的關(guān)節(jié)退行性疾病,其病因尚未完全明確,多與年齡、肥胖、炎癥、創(chuàng)傷及遺傳易感性等有關(guān)。流行病學(xué)調(diào)查顯示,骨關(guān)節(jié)炎好發(fā)于中老年人群,在65歲以上的人群中超過50%為骨關(guān)節(jié)炎患者[1]。目前骨關(guān)節(jié)炎的治療主要通過應(yīng)用非甾體抗炎藥和鎮(zhèn)痛藥、局部使用皮質(zhì)類固醇和黏性補充劑,控制疼痛和改善關(guān)節(jié)功能,但存在引發(fā)上消化道、腦、腎、心血管疾病的風險[1]。相比于上述治療方法,中醫(yī)藥治療骨關(guān)節(jié)炎具有簡便易行、價格低廉、副作用小的優(yōu)勢[2]。蠲痹湯出自《醫(yī)學(xué)心悟》,由當歸、獨活、肉桂、秦艽、海風藤、羌活、川芎、桑枝、乳香、甘草、木香組成,主治風寒濕三氣合而成之痹者,對治療骨關(guān)節(jié)炎具有較大的優(yōu)勢及潛力[3]。但蠲痹湯為中藥復(fù)方,成分、靶點較為復(fù)雜,其治療骨關(guān)節(jié)炎的機制尚未闡明。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是從藥物、靶點和疾病之間的相互關(guān)系出發(fā),進行體外虛擬篩選潛在的藥物活性成分、作用靶點、信號通路,構(gòu)建“藥物—靶點—疾病”的網(wǎng)絡(luò)聯(lián)系,初步預(yù)測藥物的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)和作用機制的學(xué)科[4]。分子對接是一項通過計算機程序輔助來預(yù)測大分子受體和小分子配體之間的結(jié)合模式及親和力的技術(shù)[5]。本研究基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接技術(shù),借助網(wǎng)絡(luò)生物、藥物數(shù)據(jù)庫,預(yù)測蠲痹湯治療骨關(guān)節(jié)炎的關(guān)鍵成分、核心靶點和主要通路,構(gòu)建“活性成分—治療靶點”的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖,分析蠲痹湯潛在的作用機制,以期為未來實驗研究及與其他臨床治療手段聯(lián)合使用提供參考。
以口服生物利用度≥30%、類藥性≥0.18作為藥物活性成分的篩選指標,在TCMSP數(shù)據(jù)庫檢索篩選出當歸、獨活、肉桂、秦艽、海風藤、羌活、川芎、桑枝、乳香、甘草、木香這11味中藥復(fù)方的活性成分,并通過TCMSP數(shù)據(jù)庫檢索篩選出中藥復(fù)方活性成分的對應(yīng)靶點。將上述得到的靶點名稱通過Uniprot數(shù)據(jù)庫和Perl語言軟件(版本5.30.0.1)進行處理轉(zhuǎn)化為靶基因名稱。
通過OMIM數(shù)據(jù)庫、GeneCards數(shù)據(jù)庫、PharmGkb數(shù)據(jù)庫和TTD數(shù)據(jù)庫,以“osteoarthritis”為檢索關(guān)鍵詞,檢索骨關(guān)節(jié)炎的治療靶點。匯總4個數(shù)據(jù)庫的靶點數(shù),應(yīng)用R語言軟件(版本4.0.2)合并去重得到骨關(guān)節(jié)炎的治療靶點。
利用R語言軟件繪制藥物藥效靶點與疾病治療靶點的交集映射,得到“蠲痹湯—骨關(guān)節(jié)炎”交集靶點以及venn圖。
利用Cytoscape軟件(版本3.8.0)構(gòu)建“活性成分—治療靶點”的網(wǎng)絡(luò)圖,中藥成分以節(jié)點1表示,治療靶點以節(jié)點2表示,連線表示相互作用的關(guān)系。將連線交集數(shù)量前5的活性成分作為本研究的關(guān)鍵活性成分。
將蠲痹湯—骨關(guān)節(jié)炎的交集靶點導(dǎo)入String數(shù)據(jù)庫,以置信度得分>0.9分為條件篩選,并刪除圖中游離的蛋白節(jié)點,繪制PPI網(wǎng)絡(luò)圖。運用Cytoscape軟件中CytoNCA插件對PPI網(wǎng)絡(luò)進行分析,根據(jù)連接中心度、間距中心度、靠近中心度、特征向量中心度、網(wǎng)絡(luò)核心地位性和局部邊距連接度等指標進行篩選,首先篩選出在每個指標中大于中位值的靶點,得到次級核心靶點。將上述靶點再次進行篩選,得到蠲痹湯治療骨關(guān)節(jié)炎的核心靶點。
利用R語言軟件將交集靶點基因轉(zhuǎn)換為entrezID后,按照P<0.05對其進行過濾和富集分析,得到GO富集分析和KEGG富集分析的具體數(shù)據(jù),并分別繪制barplot柱狀圖。
將“活性成分—治療靶點”網(wǎng)絡(luò)圖中連線交集數(shù)量前5的活性成分與其對應(yīng)的12個核心靶點進行分子對接(活性成分對應(yīng)的治療靶點中若不包含篩選出的核心靶點則不與其進行分子對接),取最低連結(jié)自由能作為分子對接的結(jié)果,藥物小分子配體和靶點蛋白受體結(jié)合能越低,則配體和受體的結(jié)合力越強[5]。首先,通過PubChem數(shù)據(jù)庫獲取活性成分的小分子配體2D結(jié)構(gòu),利用ChemBioOffice Ultra軟件(2014版)將2D結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換為3D結(jié)構(gòu);然后,通過RCSB PDB平臺數(shù)據(jù)庫獲得靶點的蛋白受體結(jié)構(gòu),利用PyMOL軟件(版本2.4.0)優(yōu)化去除水分子和小分子配體,利用AutoDockTools軟件(版本1.5.6)、AutoDockVina軟件(版本1.1.2)將配體、受體格式轉(zhuǎn)換為pdbqt格式,并確定活性口袋進行分子對接;最后,利用PyMOL軟件(版本2.4.0)輸出圖像文件。
通過TCMSP數(shù)據(jù)庫共得到蠲痹湯活性成分165個;中藥復(fù)方的對應(yīng)靶點共9 635個,見表1。利用Perl語言軟件篩選出中藥復(fù)方中活性成分的對應(yīng)靶點共2 529個。
表1 蠲痹湯“中藥—活性成分—靶點基因”(個)
本研究共得到疾病治療靶點1 844個,同時將藥物藥效靶點和疾病治療靶點取交集得到115個交集靶點,利用R語言軟件輸出venn圖(圖1)。
圖1 蠲痹湯與骨關(guān)節(jié)炎的疾病靶基因交集
將得到的115個交集靶點與165個活性成分輸入Cytoscape軟件,構(gòu)建“活性成分—治療靶點”網(wǎng)絡(luò),見圖2。根據(jù)連線交集數(shù)量分級排序,排序前5的活性成分為槲皮素(連線交集數(shù)量83)、山柰酚(連線交集數(shù)量32)、柚皮素(連線交集數(shù)量21)、甘草酮A(連線交集數(shù)量18)、刺芒柄花素(連線交集數(shù)量15)。提示這5個活性成分可能為蠲痹湯治療骨關(guān)節(jié)炎的關(guān)鍵活性成分。
注:外圈圓形代表靶點,內(nèi)部圓形代表活性成分,矩形代表藥物
本研究共得到PPI的節(jié)點105個,邊476條(邊表示靶點蛋白的互作關(guān)系),見圖3a。將繪制的PPI網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)入Cytoscape軟件,利用CytoNCA插件對PPI網(wǎng)絡(luò)進行篩選,經(jīng)過兩次篩選得到核心靶點12個,見圖3b。
a:蠲痹湯PPI網(wǎng)絡(luò)圖;b:PPI網(wǎng)絡(luò)核心靶點篩選
GO富集分析共得到2 519個條目(P<0.05),其中生物過程2 306個,分子功能144個,細胞組成69個。在GO富集分析中,蠲痹湯治療骨關(guān)節(jié)炎的生物過程主要體現(xiàn)為脂多糖反應(yīng)、細胞的氧化應(yīng)激反應(yīng)、活性氧類反應(yīng)等;分子功能主要體現(xiàn)為細胞因子受體結(jié)合、蛋白酶結(jié)合、RNA聚合酶Ⅱ特異性等;細胞組成主要體現(xiàn)為薄膜筏、胞質(zhì)囊腔、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)復(fù)合物、絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶復(fù)合物等,取生物過程、分子功能、細胞組成中基因富集程度排名前10的條目制成柱狀圖,見圖4。
圖4 交集靶點GO富集分析柱狀圖
KEGG富集分析共得到162條信號通路(P<0.05),列舉排名靠前的30條通路(圖5)以及富集程度排名前5的關(guān)鍵通路所涉及的基因,主要為AGE-RAGE信號通路、IL-17信號通路、TNF信號通路、HIF-1信號通路、PI3K-AKT信號通路(表2)。IL-17信號通路是在蠲痹湯治療骨關(guān)節(jié)炎過程中聯(lián)系最為廣泛的通路,以此為例在該通路中標記蠲痹湯治療骨關(guān)節(jié)炎發(fā)揮調(diào)控作用的靶點(圖6)。
圖5 交集靶點KEGG富集分析柱狀圖
注:紅色為上調(diào),綠色為下調(diào)
表2 蠲痹湯治療骨關(guān)節(jié)炎前5條關(guān)鍵通路涉及的基因分布
5個關(guān)鍵活性成分和與之有映射的12個核心靶點的結(jié)合能均<-6 kcal·mol-1(表3),表明蠲痹湯治療骨關(guān)節(jié)炎的關(guān)鍵活性成分能與其對應(yīng)的核心靶點穩(wěn)定結(jié)合。將結(jié)果輸入PyMOL軟件,優(yōu)化圖形并輸出分子對接3D圖形,白色為小分子配體,其余為蛋白受體,選擇結(jié)合能最高的甘草酮A和STAT3進行分子對接作為示例,見圖7。
表3 活性成分與核心靶點結(jié)合能(kcal·mol-1)
圖7 甘草酮A和STAT3的分子對接圖
中醫(yī)認為“骨痹”有兩個重要成因:一為風邪、寒邪、濕邪外邪作祟,外邪致氣血瘀塞不通,故而導(dǎo)致痹癥;二為七情內(nèi)傷內(nèi)因所困,其內(nèi)情志不舒則氣血運行不暢而致痹癥。蠲痹湯具有祛風除濕、蠲痹止痛的功效[6]。在近年的臨床研究中,蠲痹湯對治療“骨痹”有著較好的療效,并且應(yīng)用也逐漸廣泛[3],但其潛在的藥理學(xué)機制尚未明確,因此,本研究通過運用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法和分子對接技術(shù)來探討蠲痹湯治療骨關(guān)節(jié)炎的潛在藥理學(xué)機制。
本研究通過構(gòu)建“活性成分—治療靶點”網(wǎng)絡(luò)圖,篩選出槲皮素、山柰酚、柚皮素、甘草酮A、刺芒柄花素可能為蠲痹湯治療骨關(guān)節(jié)炎的關(guān)鍵活性成分,通過PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與核心靶點的篩選,得到STAT3、TNF、MAPK14等12個有潛力治療骨關(guān)節(jié)炎的核心靶點。
在骨關(guān)節(jié)炎的病理進程中,始終圍繞著幾個密不可分的因素:炎癥反應(yīng)、軟骨的破壞、軟骨下骨重建以及軟骨細胞的代謝與凋亡[7],而本研究篩選出的5個關(guān)鍵活性成分在這一病理進程中分別能起到不同的作用。首先,軟骨細胞的凋亡是骨關(guān)節(jié)炎的主要誘因之一,而氧化應(yīng)激和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激則會介導(dǎo)細胞凋亡[8]。一項骨關(guān)節(jié)炎大鼠模型研究表明,槲皮素抗凋亡效應(yīng)中的一個潛在機制是能通過調(diào)節(jié)SIRT1-AMPK信號通路抑制氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激反應(yīng),從而在一定程度上減緩軟骨細胞凋亡[8]。炎癥反應(yīng)除了會促進軟骨細胞的凋亡,也會促進骨關(guān)節(jié)炎的進展。在多種促炎因子的影響下,骨關(guān)節(jié)炎患者的軟骨細胞和軟骨微環(huán)境會發(fā)生改變,從而導(dǎo)致軟骨細胞功能障礙[9]。山柰酚除了具有抗細胞凋亡的作用外[10],還可預(yù)防脂多糖引起的炎癥反應(yīng),其作用機制可能與山柰酚下調(diào)miR-146a保護軟骨ATDC5細胞免受脂多糖介導(dǎo)的炎癥反應(yīng),以及抑制核心蛋白聚糖的表達有關(guān)[11]。而在抗炎作用方面,有研究表明甘草酮A可以通過激活Nrf2信號通路介導(dǎo)抑制IL-1β誘導(dǎo)的炎癥反應(yīng)[12]。另有研究表明,刺芒柄花素能有效拮抗IL-1β誘導(dǎo)的分解代謝,通過抑制軟骨降解酶、炎癥介質(zhì)、促炎細胞因子來延緩關(guān)節(jié)軟骨退變的進展,從而發(fā)揮治療骨關(guān)節(jié)炎的作用[13]。在動物實驗研究構(gòu)建的小鼠骨關(guān)節(jié)炎模型中,柚皮素被證明可通過調(diào)節(jié)NF-κB通路來抑制MMPs介導(dǎo)的關(guān)節(jié)軟骨退變,從而減輕骨關(guān)節(jié)炎的癥狀[14]。本研究PPI網(wǎng)絡(luò)表明,TNF、STAT3可能是蠲痹湯治療骨關(guān)節(jié)炎的核心靶點。TNF作為骨關(guān)節(jié)炎的主要致炎細胞因子,與推動炎癥級聯(lián)反應(yīng)有關(guān)[7,15]。在STAT3信號通路誘導(dǎo)軟骨細胞分解代謝過程中,STAT3為IL-6下游的主要信號因子,可促進MMP-3、MMP-13、ADAMTS-4以及ADAMTS-5的表達,從而加速軟骨退化[15]。IL-6是人軟骨細胞中NF-κB通路的直接靶基因,而柚皮素可以通過此通路發(fā)揮治療骨關(guān)節(jié)炎的作用[14]。因此,蠲痹湯可能通過柚皮素作用于NF-κB通路并下調(diào)IL-6來抑制STAT3信號因子,進而延緩軟骨退化進程,達到治療骨關(guān)節(jié)炎的目的?;谝陨辖Y(jié)果可推測,蠲痹湯主要通過槲皮素、山柰酚、甘草酮A、刺芒柄花素和柚皮素發(fā)揮抗凋亡、抗炎、調(diào)控軟骨細胞代謝等作用,從而實現(xiàn)對骨關(guān)節(jié)炎的治療。同時,結(jié)合本研究“活性成分—治療靶點”網(wǎng)絡(luò)可以發(fā)現(xiàn),不同活性成分有共同的治療靶點,且不同靶點之間存在復(fù)雜的關(guān)聯(lián)。蠲痹湯治療骨關(guān)節(jié)炎并不是通過單一靶點或單一活性成分發(fā)揮調(diào)控作用,而是在“多成分—多靶點”共同調(diào)控下治療骨關(guān)節(jié)炎。本研究中蠲痹湯的5個關(guān)鍵活性成分和與之有映射的12個核心靶點對接的結(jié)合能均<-6 kcal·mol-1,說明該中藥復(fù)方的關(guān)鍵成分與其核心靶點有較好的結(jié)合能力,可穩(wěn)定地協(xié)同發(fā)揮治療作用。
本研究KEGG富集分析結(jié)果顯示,蠲痹湯和多條信號通路有關(guān),其中與骨關(guān)節(jié)炎相關(guān)的主要有TNF信號通路、IL-17信號通路、PI3K-AKT信號通路、HIF-1信號通路、AGE-RAGE信號通路。TNF信號通路可通過調(diào)控NF-κB和MAPK兩條關(guān)鍵信號通路減少炎癥因子的分泌,從而延緩骨關(guān)節(jié)炎的進展[16]。IL-17信號通路則可通過調(diào)控IL-17來減緩MMPs的合成以及IL-6的產(chǎn)生,從而在一定程度上阻止軟骨被破壞[17-19]。而p38-MAPK則被認為可能是IL-17和TNF-α之間協(xié)同信號的靶點[20],除了影響轉(zhuǎn)錄和RNA的穩(wěn)定性,還可能會影響染色質(zhì)重塑、細胞因子分泌和其他基因或蛋白水平的調(diào)節(jié),對軟骨下骨重建起著關(guān)鍵作用[21]。因此,通過調(diào)控IL-17信號通路可減少炎癥因子和蛋白水解酶的合成,并促進軟骨下骨重建,對于延緩和治療骨關(guān)節(jié)炎具有重要作用。PI3K-AKT-mTOR信號通路在延緩炎癥、調(diào)節(jié)軟骨細胞凋亡等方面起著關(guān)鍵作用[22]。PI3K激活可導(dǎo)致下游AKT磷酸化,進而調(diào)節(jié)Bax、Bcl-2和caspase-3等凋亡相關(guān)因子的表達[23]。mTOR是AKT的下游靶點和自噬的負調(diào)節(jié)因子[24],且mTOR通路的失活會誘導(dǎo)自噬,這對細胞的新陳代謝和穩(wěn)定性至關(guān)重要[25-26]。因此,通過調(diào)控PI3K-AKT信號通路可以下調(diào)該通路相關(guān)凋亡因子并誘導(dǎo)自噬,清除軟骨細胞受損的細胞器和長效大分子,維持軟骨細胞內(nèi)穩(wěn)態(tài),增加基質(zhì)合成,從而減緩骨關(guān)節(jié)炎進展。在HIF-1信號通路中,有研究認為HIF-1α誘導(dǎo)自噬的機制可能與調(diào)控Beclin-1/Bcl2復(fù)合體以及AMPK酶的激活有關(guān),從而抑制mTOR[27-28]。自噬除了上述提到的作用,也可能通過作用于線粒體代謝從而減少相關(guān)氧化應(yīng)激反應(yīng),因此恢復(fù)自噬也可以被認為是一定程度上延緩了骨關(guān)節(jié)炎的發(fā)展[26,29]。有研究發(fā)現(xiàn),肥胖能夠引起炎癥反應(yīng),并且增加2型糖尿病發(fā)生的風險,AGE-RAGE信號通路中的關(guān)鍵成分AGEs及RAGE則被認為是引起糖尿病以及促進炎癥發(fā)展的關(guān)鍵因素之一[30-32]。糖尿病會損害骨細胞的新陳代謝和功能[33],但是肥胖與骨關(guān)節(jié)炎之間的具體機制尚不完全清楚。有研究表明,機械因素和代謝因素是骨關(guān)節(jié)炎的主要誘因,肥胖患者的骨關(guān)節(jié)長時間暴露于沉重的機械壓力下,負荷增加會抑制軟骨基質(zhì)的合成,并誘導(dǎo)促炎因子和Ca2+-ERK-NF-κB信號通路,加快骨關(guān)節(jié)炎的進展[34]。因此,蠲痹湯通過調(diào)控AGE-RAGE信號通路來治療肥胖患者代謝性骨關(guān)節(jié)炎值得進一步研究。以上結(jié)果顯示,蠲痹湯可通過調(diào)控TNF信號通路、IL-17信號通路、PI3K-AKT信號通路、HIF-1信號通路、AGE-RAGE信號通路參與抗凋亡、抗炎、調(diào)控軟骨細胞的代謝和促進軟骨下骨重建,從而發(fā)揮對骨關(guān)節(jié)炎的治療作用。同時,結(jié)合本研究排名前5的關(guān)鍵通路所涉及的基因和IL-17信號通路圖可以發(fā)現(xiàn),治療骨關(guān)節(jié)炎的同一靶點在不同通路中都起著調(diào)控作用,由此可以推測,蠲痹湯可能通過多靶點、多通路協(xié)同發(fā)揮治療作用。
近年來中藥(包含蠲痹湯在內(nèi)的眾多復(fù)方)聯(lián)合應(yīng)用組織工程技術(shù)能很好地解決單獨應(yīng)用組織工程技術(shù)時出現(xiàn)的部分問題[35]。而基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接技術(shù)的探究則可以為找到合適的中藥復(fù)方提供指導(dǎo)。
間充質(zhì)干細胞是一種多能基質(zhì)細胞,能夠自我更新并分化為間充質(zhì)組織譜系,包括骨、軟骨、脂肪、肌腱、肌肉和骨髓基質(zhì),是組織工程中理想的軟骨修復(fù)種子細胞[36-37]。目前,間充質(zhì)干細胞已被證明對骨關(guān)節(jié)炎有較好的臨床療效[38],但也存在軟骨修復(fù)率低、軟骨細胞表型不穩(wěn)定、異體移植排斥等問題[37]。IL-35是新近發(fā)現(xiàn)的一種細胞因子,其可通過增強調(diào)節(jié)性T細胞的功能,抑制輔助性T細胞1和輔助性T細胞17的增殖能力,發(fā)揮免疫抑制作用,有IL-35表達的間充質(zhì)干細胞有望成為治療同種異體移植排斥反應(yīng)的新途徑[39]。有研究表明,蠲痹湯在治療局部炎癥的同時還能夠提高IL-35的水平[40]。在下一步的臨床試驗中,蠲痹湯聯(lián)合間充質(zhì)干細胞異體移植修復(fù)骨關(guān)節(jié)軟骨損傷將會是一個新的可行的研究思路。
綜上所述,蠲痹湯可能通過多成分、多靶點、多通路的相互作用發(fā)揮對骨關(guān)節(jié)炎的治療作用。這為蠲痹湯下一步的基礎(chǔ)研究及臨床應(yīng)用提供了新的研究思路。本研究也存在以下不足:由于中醫(yī)辯證論治的特點,蠲痹湯治療不同證型骨關(guān)節(jié)炎的具體劑量比例會有變化,進而在一定程度上會導(dǎo)致功效不同;未收集到足夠臨床數(shù)據(jù)將骨關(guān)節(jié)炎模型進一步細化,將不同證型與不同方藥劑量進行對應(yīng)加權(quán)處理。中藥復(fù)方并不是簡單的單個活性成分的疊加,而是多成分—多靶點的協(xié)同作用,多個活性成分之間的協(xié)同作用以及活性成分對靶點的激活或抑制都需要發(fā)展相對應(yīng)的網(wǎng)絡(luò)算法來進行量化標準[41],這將是網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)未來需完善的方向。相信隨著人工智能、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接技術(shù)的日趨進步,中藥及其復(fù)方能更好地與組織工程相結(jié)合運用于臨床。