胡雅瓊,白 俊,陳 琳,陳新璐,張麗萍,周丹丹,王 玉,尹崇高,李洪利,劉雨清
1.濰坊醫(yī)學(xué)院病理學(xué)教研室,山東 濰坊 261053;2.濰坊醫(yī)學(xué)院生物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,山東 濰坊 261053;3.濰坊醫(yī)學(xué)院護理學(xué)院外科護理學(xué)教研室,山東 濰坊 261053;4.濰坊醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)研究實驗中心,山東 濰坊261053
在過去的幾十年里,肺癌已經(jīng)成為全球常見的癌癥之一[1]。而非小細胞肺癌發(fā)生率約占肺癌的85%,其中肺腺癌是非小細胞肺癌最常見的亞型[2]。癌癥防治的進展使得近年來肺癌的死亡率大幅下降,但肺腺癌仍然是影響癌癥死亡率的重要因素[3-4]。因此,研究探討肺腺癌增殖和侵襲的分子機制,尋找靶向治療肺腺癌的指標,對肺腺癌的治療具有重要意義。
miRNA是一種約22 nt的非編碼RNA。在癌癥中,基因組的不穩(wěn)定性、表觀遺傳修飾和轉(zhuǎn)錄因子的改變影響miRNA,從而在影響細胞發(fā)育、分化、增殖、生存和死亡的許多基因中起調(diào)控作用[5-6]。miRNA的失調(diào)與多種人類癌癥有關(guān),作為典型的癌基因或抑癌基因發(fā)揮作用,在癌癥的發(fā)生、發(fā)展中起著重要作用[7]。前期相關(guān)研究[7-10]證明,miR-625-5p可以影響多種類型的癌癥細胞的增殖和侵襲。但是,miR-625-5p在肺腺癌發(fā)展進程中產(chǎn)生的作用尚不清楚。
PRKACA基因位于人類第19號染色體p13.1,長約26000個核苷酸,是環(huán)磷酸腺苷依賴性蛋白激酶A催化亞基的編碼基因[11]。蛋白激酶A在細胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)中第二信使cAMP的關(guān)鍵效應(yīng)中起到核心作用,是為了應(yīng)對由多種激素和神經(jīng)遞質(zhì)引起的G蛋白偶聯(lián)受體激活而產(chǎn)生的[12]。已有研究[13-14]證明,PRKACA在多種癌癥的發(fā)生、發(fā)展中起到重要作用,但是PRKACA與miR-625-5p之間的關(guān)系及其影響肺腺癌發(fā)生、發(fā)展的分子機制仍不清楚,需要我們進行深入的研究與探索。
本研究旨在探索miR-625-5p對肺腺癌細胞增殖和侵襲能力的影響及分子機制,為后續(xù)肺腺癌的診斷和治療提供新的思路。
人正常肺上皮細胞BEAS-2B,肺腺癌細胞系A(chǔ)549、H1299購自美國典型培養(yǎng)物保藏中心(American Type Culture Collection,ATCC),RPMI-1640培養(yǎng)基、DMEM培養(yǎng)基、胎牛血清、新生牛血清購自美國HyClone公司,F(xiàn)12-K培養(yǎng)基購自美國Sigma公司。β-actin(ab8226)、PRKACA(ab32376)抗體購自英國Abcam公司,LipofectamineTM2000購自美國Invitrogen公司,miR-625-5p敲低及對照質(zhì)粒、蛋白激酶cAMP激活催化亞基α(protein kinase cAMPactivated catalytic subunit alpha,PRKACA)基因敲低及對照質(zhì)粒、熒光素酶報告基因載體均購自上海吉凱基因醫(yī)學(xué)科技股份有限公司。
采用GEO數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)查找肺腺癌組織與正常肺組織差異表達的miRNA,GSE74190數(shù)據(jù)集是包含36例肺腺癌組織和44例相鄰正常組織的miRNA表達譜,運用GEO2R進行分析,以log2FC>1、P<0.05為篩選閾值,選出差異表達的上調(diào)miRNA。采用Starbase數(shù)據(jù)庫(http://starbase.sysu.edu.cn/index.php)分析miR-625-5p在肺腺癌組織中的表達情況,查找與miR-625-5p相關(guān)的靶蛋白并分析hub基因在肺腺癌中的表達情況。
所有細胞均按照ATCC提供的培養(yǎng)條件進行培養(yǎng)。細胞培養(yǎng)24 h后進行轉(zhuǎn)染,饑餓細胞30 min,將對照質(zhì)粒NC及敲低miR-625-5p質(zhì)粒用LipofectamineTM2000轉(zhuǎn)染細胞。將細胞分組:①si-NC/A549組,轉(zhuǎn)染敲低miR-625-5p質(zhì)粒的對照質(zhì)粒的A549細胞;② si-miR-625-5p/A549組,轉(zhuǎn)染敲低miR-625-5p質(zhì)粒的A549細胞;③si-control/A549組,轉(zhuǎn)染敲低PRKACA質(zhì)粒的對照質(zhì)粒的A549細胞;④ si-PRKACA/A549組,轉(zhuǎn)染敲低PRKACA質(zhì)粒的A549細胞;⑤ si-PRKACA+si-NC/A549組,共轉(zhuǎn)染敲低PRKACA質(zhì)粒和敲低miR-625-5p質(zhì)粒的對照質(zhì)粒的A549細胞;⑥ si-PRKACA+si-miR-625-5p/A549組,共轉(zhuǎn)染敲低PRKACA質(zhì)粒和敲低miR-625-5p質(zhì)粒的A549細胞。相關(guān)質(zhì)粒由上海吉凱基因醫(yī)學(xué)科技股份有限公司構(gòu)建獲得,miR-625-5p敲低質(zhì)粒序列si-miR-625-5p:5'-GGACTATAGAACTTTCCCCCT-3';miR-625-5p敲低對照質(zhì)粒序列si-NC:5'-AGGUCTAAGUUCUAUGCACC-3';PRKACA敲低質(zhì)粒序列si-PRKACA:5'-GATAATCAGAGGGACAGAAAC-3';PRKACA敲低對照質(zhì)粒序列si-control:5'-TTCTCCGAACGTGTCACGT-3'。
將各組生長良好的細胞培育24 h,TRIzol提取細胞總RNA,并合成cDNA,以cDNA為模板,采用U6作為內(nèi)參,檢測細胞中miR-625-5p表達量。RTFQ-PCR反應(yīng)條件為95 ℃ 30 s,95 ℃ 5 s,65 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s,循環(huán)35次。miR-625-5p上游引物為5'-CGCGAGGGGGAAAGTTCTA-3',下游引物為5'-AGTGCAGGGTCCGAGGTATT-3',莖環(huán)結(jié)構(gòu)為5'-GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGT ATTCGCACTGGATACGACGGACTA-3’。運用2-△△Ct計算結(jié)果。
整個實驗按照BeyoClickTMEdU-594細胞增殖檢測試劑盒說明書進行操作,于顯微鏡下隨機選取5個視野拍照計數(shù),計算結(jié)果。
取轉(zhuǎn)染后的細胞懸液200 μL,4×104個細胞,分別添加到鋪有Matrigel基質(zhì)膠的小室上室中,下室加入含有10%胎牛血清的培養(yǎng)液 500 μL,培養(yǎng)24 h。24 h后用甲醇固定20 min,PBS清洗3次,Giemsa染液染色35 min,PBS清洗3次,吸棄PBS晾干后于顯微鏡下隨機選取5個視野拍照計數(shù),取平均值為最終結(jié)果。
將轉(zhuǎn)染后的各組細胞裂解,收集懸液,提取總蛋白質(zhì),檢測蛋白質(zhì)濃度并進行SDS-PAGE、轉(zhuǎn)膜、封閉、一抗4℃過夜、1×TBST洗膜、二抗常溫溫育1 h、顯影、曝光,分析灰度值,計算結(jié)果。抗體配制如下:PRKACA抗體(1∶500),采用β-actin(1∶1000)作為內(nèi)參。
將A549細胞接種于24孔板中培養(yǎng)24 h,饑餓30 min后,將miR-625-5p過表達質(zhì)粒及對照質(zhì)粒和PRKACA的野生型質(zhì)粒PRKACA-3'-UTR-Wt、突變型質(zhì)粒PRKACA-3'-UTR-Mut共轉(zhuǎn)染入A549細胞,培養(yǎng)48 h后,PLB裂解液裂解15 min提取懸液,測定熒光素酶活性,分析相對熒光強度,計算結(jié)果。
每個實驗重復(fù)3次,用SPSS 17.0軟件對數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計學(xué)分析,計量結(jié)果使用x±s表示,兩組間均數(shù)比較采用獨立樣本t檢驗,P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。
通過分析GSE74190數(shù)據(jù)集,篩選其中符合log2FC>1、P<0.05條件的miRNA,發(fā)現(xiàn)miR-625-5p的log2FC=1.93(P<0.0001),在肺腺癌組織與正常肺組織中的表達差異明顯(圖1A),因此我們選擇miR-625-5p為研究對象。運用Starbase數(shù)據(jù)庫分析miR-625-5p的表達情況,發(fā)現(xiàn)在20例正常肺組織和512例肺腺癌組織中,miR-625-5p在肺腺癌組織中表達明顯上調(diào)(圖1B)。RTFQPCR顯示,miR-625-5p在肺腺癌細胞A549、H1299中的表達(3.20±0.12、2.18±0.01)相比在BEAS-2B細胞中顯著升高(圖1C,P<0.0001),結(jié)果表明,miR-625-5p在肺腺癌的發(fā)展中可能起著癌基因的作用。由于在A549細胞的表達差異更為明顯,故采用A549細胞進行后續(xù)研究。
圖1 miR-625-5p在肺腺癌組織及細胞中的表達情況Fig.1 The expression of miR-625-5p in lung adenocarcinoma tissues and cells
RTFQ-PCR檢測結(jié)果顯示,轉(zhuǎn)染干擾質(zhì)粒后的A549細胞中miR-625-5p表達(0.30±0.05)明顯下調(diào)(圖2A,P<0.0001),提示轉(zhuǎn)染成功。EdU細胞增殖實驗結(jié)果顯示,si-miR-625-5p/A549組的EdU細胞增殖比為0.30±0.03,與si-NC/A549組(0.60±0.05)相比顯著降低,證明下調(diào)miR-625-5p對A549細胞具有增殖抑制作用(圖2B,P=0.0023)。Transwell侵襲實驗結(jié)果顯示,與si-NC/A549組的細胞數(shù)(348.00±7.26)相比,si-miR-625-5p/A549組穿膜的細胞數(shù)(237.67±10.62)明顯減少(圖2C,P=0.0003),證明敲低miR-625-5p后,A549細胞侵襲能力降低。以上結(jié)果表明,miR-625-5p能夠促進A549細胞的增殖和侵襲能力。
圖2 miR-625-5p促進肺腺癌細胞增殖和侵襲Fig.2 miR-625-5p promoted the proliferation and invasion of lung adenocarcinoma cells
運用Starbase數(shù)據(jù)庫預(yù)測與miR-625-5p結(jié)合相關(guān)的靶基因,使用Cytoscape 3.6.1軟件對相關(guān)靶基因進行分析,根據(jù)cytoHubba計算各節(jié)點degree得分篩選hub基因并構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖(圖3A)。Western blot檢測結(jié)果顯示,肺腺癌細胞A549中PRKACA的表達(0.47±0.04)明顯低于正常肺上皮細胞BEAS-2B(1.00±0.05,圖3B,P=0.0004),證明PRKACA在肺腺癌細胞中表達下調(diào)。因此,我們考慮PRKACA可能為miR-625-5p靶向結(jié)合的關(guān)鍵基因。Western blot檢測結(jié)果顯示,si-miR-625-5p/A549組中PRKACA的表達(2.40±0.09)明顯高于si-NC/A549組(1.00±0.06,圖3C,P<0.0001),證實miR-625-5p與PRKACA在A549細胞中表達呈負相關(guān)。雙熒光素酶報告基因?qū)嶒灲Y(jié)果顯示,PRKACA-3'-UTR-Wt/miR-625-5p組A549細胞的相對熒光素酶活性(0.48±0.06)明顯低于PRKACA-3'-UTR-Wt/miR-NC組(1.00±0.05,圖3D,P=0.0008),而PRKACA-3'-UTR-Mut/miR-625-5p組和PRKACA-3'-UTR-Mut/miR-NC組之間差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.9279)。該結(jié)果表明,PRKACA-3'-UTR區(qū)是miR-625-5p的結(jié)合位點。以上結(jié)果表明,miR-625-5p通過靶向結(jié)合PRKACA負向調(diào)控肺腺癌細胞。
圖3 miR-625-5p靶向結(jié)合PRKACAFig.3 miR-625-5p targeted PRKACA
Western blot檢測結(jié)果顯示,與si-control/A549組相比,si-PRKACA/A549組PRKACA的表達明顯下調(diào)(P=0.0053),而與si-PRKACA+si-NC/A549組相比,si-PRKACA+si-miR-625-5p/A549組PRKACA的表達顯著上調(diào)(P=0.0015),結(jié)果證實,敲低miR-625-5p能抑制PRKACA干擾質(zhì)粒對A549細胞PRKACA表達的抑制作用(圖4A)。EdU細胞增殖實驗檢測發(fā)現(xiàn),si-PRKACA/A549組EdU細胞增殖(0.52±0.04)比si-control/A549組(0.37±0.02)明顯增多(P=0.0097),而 si-PRKACA+si-miR-625-5p/A549組EdU細胞增殖(0.36±0.02)比si-PRKACA+si-NC/A549組(0.46±0.03)明顯減少(圖4B,P=0.0119)。結(jié)果表明,PRKACA下調(diào)能夠促進A549細胞增殖,而miR-625-5p下調(diào)能夠逆轉(zhuǎn)敲低PRKACA對肺腺癌細胞A549增殖能力的促進作用。由此可見,miR-625-5p負向調(diào)控PRKACA促進肺腺癌細胞增殖。
圖4 miR-625-5p靶向調(diào)控PRKACA促進肺腺癌細胞的增殖Fig.4 miR-625-5p promoted the proliferation of lung adenocarcinoma cells by targeting PRKACA
通過transwell侵襲實驗檢測miR-625-5p通過靶向結(jié)合PRKACA對肺腺癌的侵襲能力的影響,結(jié)果顯示,與si-control/A549組(265.33±16.21)相比,si-PRKACA/A549組穿膜的細胞數(shù)(345.00±17.28)明顯增多(P=0.0047),而與si-PRKACA+si-NC/A549組(339.67±10.78)相比,si-PRKACA+si-miR-625-5p/A549組穿膜的細胞數(shù)(233.67±0.04)明顯減少(圖5,P=0.0015),證實下調(diào)PRKACA對A549細胞具有侵襲促進作用,而miR-625-5p下調(diào)則可以逆轉(zhuǎn)敲低PRKACA對A549細胞侵襲能力的影響。由此可見,miR-625-5p通過負向調(diào)控PRKACA促進肺腺癌細胞侵襲。
圖5 miR-625-5p靶向調(diào)控PRKACA促進肺腺癌細胞侵襲、遷移Fig.5 miR-625-5p promoted the invasion and migration of lung adenocarcinoma cells by targeting PRKACA vs si-control (×20)
大量研究表明,miRNA控制多種生物學(xué)功能,如細胞增殖、分化和凋亡[15-17]。miRNA是可以在外周血中發(fā)現(xiàn)和測量的穩(wěn)定分子,顯示出作為檢測、分類、預(yù)后的生物標志物的潛力[18]。miR-625-5p已被證實與癌癥密切相關(guān),能夠抑制宮頸癌和膠質(zhì)瘤細胞增殖、遷移和侵襲[19-20]。本研究通過GEO數(shù)據(jù)庫確定miR-625-5p為研究對象。上述實驗表明,miR-625-5p在肺腺癌細胞中表達升高并促進肺腺癌的增殖與侵襲能力,證實miR-625-5p能促進肺腺癌細胞A549增殖和侵襲,是參與肺腺癌發(fā)生、發(fā)展的關(guān)鍵分子。
PRKACA是蛋白激酶催化亞單位的一種主要的亞型,在大多數(shù)組織中表達[11]。許多研究[14,21-22]表明,PRKACA可在某種程度上影響癌癥的發(fā)展。由此我們可以推斷PRKACA可用作癌癥的生物標志物及預(yù)后預(yù)測工具[23]。近年來已經(jīng)進行了大量涉及miRNA治療劑的臨床前研究,但到目前為止,只有少數(shù)miRNA治療劑進入了臨床開發(fā)。開發(fā)基于miRNA的治療藥物的最大挑戰(zhàn)之一是為每種疾病類型確定最佳的miRNA靶標。本研究通過生物信息學(xué)預(yù)測與miR-625-5p結(jié)合的相關(guān)靶基因。雙熒光素酶報告基因?qū)嶒烇@示,PRKACA與miR-625-5p靶向結(jié)合,并通過實驗證明miR-625-5p可通過靶向調(diào)控PRKACA促進肺腺癌的增殖和侵襲,提示PRKACA基因為miR-625-5p靶向結(jié)合的關(guān)鍵基因。前期相關(guān)研究表明,miR-625可以通過靶向HOXB5激活Wnt/β-catenin途徑來抑制非小細胞肺癌的進展[24]。本研究中,我們了解到miR-625-5p影響肺腺癌增殖和侵襲的分子機制,但是miR-625-5p靶向PRKACA究竟通過哪種信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路影響肺腺癌的發(fā)生、發(fā)展過程尚未可知。為了更加深入地了解miR-625-5p對肺腺癌發(fā)展進程的影響,對信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的研究將成為我們后續(xù)研究的重點。
綜上所述,miR-625-5p在肺腺癌中表達上調(diào),通過負向調(diào)控PRKACA促進肺腺癌的增殖和侵襲。