包楚陽(yáng),向麗娟,劉 虎,汪圣毅,王亞雷
癌細(xì)胞的增殖不僅需要大量能量,對(duì)增殖合成的底物也有大量需求。而嘌呤是所有生物體最豐富的代謝底物,它不僅是RNA和DNA的核心構(gòu)建模塊之一,嘌呤代謝還提供了大量重要生物合成所需的能量和輔助因子[1-2]?,F(xiàn)通過(guò)收集178例胃癌和良性胃病患者的唾液樣本,針對(duì)胃癌的嘌呤代謝進(jìn)行分析,試圖尋找有價(jià)值的診斷標(biāo)志物。
1.1 病例資料收集安徽醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院2017年3月~2018年1月外科術(shù)后148例胃癌患者和消化內(nèi)科胃鏡室30例胃炎患者。所有入組患者均有明確組織病理學(xué)診斷。本研究經(jīng)安徽醫(yī)科大學(xué)倫理委員會(huì)批準(zhǔn)(批準(zhǔn)號(hào):20140141)。已獲得所有患者和唾液供體志愿者的書(shū)面知情同意書(shū),該研究嚴(yán)格遵守赫爾辛基宣言。
納入標(biāo)準(zhǔn):① 所有胃癌和良性疾病組患者均有明確的病理診斷;② 所有入組患者均可以收集到完整的病案資料和輔助檢查資料;③ 年齡≤80歲。排除標(biāo)準(zhǔn):① 存在其他嚴(yán)重的心、肺、肝、腎功能異常病史及糖尿病等異常代謝疾??;② 近期有過(guò)上呼吸道感染;③ 存在其他的口腔疾病。
1.2 標(biāo)本收集所有唾液標(biāo)本提供者在收集前1 d晚上10:00之后不允許進(jìn)食任何食物。所有標(biāo)本在收集當(dāng)天清晨使用2 ml凍存管收集,并且收集前1 h不得進(jìn)行飲水、吸煙、刷牙和劇烈運(yùn)動(dòng)。所有的唾液樣本在收集后封存于-80 ℃冰箱中,使用裝有干冰的泡沫箱封裝運(yùn)輸。
1.3 儀器與試劑Agilent 1290 UHPLC超高效液相色譜儀;AB Sciex& Agilent Triple TOF 6600/6550高分辨質(zhì)譜儀(美國(guó)Agilent);Thermo Fisher Scientific Heraeus Fresco17離心機(jī)(日本Thermo);深圳市雷德邦電子有限公司PS-60AL超聲儀;Waters ACQUITY UPLC BEH Amide色譜柱(1.7 μm; 2.1×100 mm)(美國(guó)Waters);CNW Technologies公司純度LC-MS級(jí)的甲醇、乙腈醋酸銨、氨水(德國(guó)杜塞爾多夫);上海恒柏生物科技有限公司純度≥98% 的L-2-氯苯丙氨酸。
1.4 唾液樣本的處理將唾液樣本在4 ℃下冰上解凍,于EP管中以100/400 μl(樣本/提取液)渦旋混勻;在-20 ℃孵育以沉淀蛋白質(zhì),離心;取新鮮上清液,在不加熱的真空濃縮器中干燥提取物,加入提取液重構(gòu);再次渦旋超聲水浴并離心后,將上清液轉(zhuǎn)移到新鮮的LC/MS采樣瓶中,每個(gè)樣品取10 μl,合并為質(zhì)控 (quality control,QC) 樣品。之后對(duì)樣品進(jìn)行UHPLC-QTOF-MS 分析。
1.5 LC-MS參數(shù)和數(shù)據(jù)預(yù)處理LC-MS所用色譜柱為UPLC BEH Amide色譜柱(1.7 μm; 2.1×100 mm)。進(jìn)樣體積為pos: 2 μl,neg:3 μl。在每個(gè)數(shù)據(jù)采集循環(huán)中,篩選出強(qiáng)度最強(qiáng)且大于100的分子離子譜峰進(jìn)行采集對(duì)應(yīng)的二級(jí)質(zhì)譜數(shù)據(jù)。轟擊能量:30 eV,每50 ms產(chǎn)生15張二級(jí)譜圖。ESI離子源參數(shù)設(shè)置如下:霧化氣壓:60 Psi,輔助氣壓:60 Psi,氣簾氣壓:35 Psi,溫度:650 ℃,噴霧電壓:5 000 V(正離子模式)。再使用XCMS軟件做保留時(shí)間矯正、峰識(shí)別、峰提取、峰積分、峰對(duì)齊。使用自撰寫(xiě)R程序包和自建二級(jí)質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)峰進(jìn)行物質(zhì)鑒定。(唾液樣本液相色譜-質(zhì)譜分析由Shanghai Biotree Biotechnology公司完成)
1.6 數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計(jì)分析使用多元統(tǒng)計(jì)分析中的正交偏最小二乘法分析(orthogonal projections to latent structures- discriminant analysis, OPLS-DA)第一變量投影重要度(variable importance in the projection, VIP )以及單變量統(tǒng)計(jì)分析的學(xué)生t檢驗(yàn)來(lái)篩選差異代謝物,差異代謝物的篩選標(biāo)準(zhǔn)以VIP值大于1,t檢驗(yàn)以及秩和檢驗(yàn)的P<0.1為有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。將差異代謝物與嘌呤代謝通路映射匹配分析進(jìn)行代謝通路分析(差異代謝通路分析和差異代謝物分析由Shanghai Biotree Biotechnology公司定制R Package分析完成)。使用SPSS16.0來(lái)進(jìn)行差異受試者工作特征曲線(xiàn)(receiver operating characteristic curve, ROC curve)分析,評(píng)估差異代謝物以及差異代謝物的組合對(duì)樣本進(jìn)行區(qū)分的效果,使用Fisher判別分析計(jì)算差異代謝物的診斷函數(shù)。
2.1 患者的流行病學(xué)資料本次研究征募唾液樣本志愿者共178例,年齡為25~78(59.84±11.57,P<0.001)歲,在148例胃癌患者中男性119例,女性29例;30例良性胃病患者中,男性21例,女性9例。按TNM分期來(lái)觀察,胃癌組患者中,T1患者18例;T2患者42例;T3患者76例;T4患者8例,分期不明的患者4例。
2.2 LC-MS數(shù)據(jù)處理和差異代謝物的篩選在178例受試者的唾液中共鑒定出3 638個(gè)峰,經(jīng)過(guò)對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)值標(biāo)準(zhǔn)化處理后3 637個(gè)峰被保留,通過(guò)二級(jí)質(zhì)譜匹配分析得到374個(gè)常規(guī)代謝物或二級(jí)碎片,根據(jù)峰面積的強(qiáng)度值來(lái)評(píng)估代謝物的水平,經(jīng)過(guò)經(jīng)過(guò)兩組間的信號(hào)強(qiáng)度比值和OPLS-DA分析的VIP值以及組間單變量學(xué)生t檢驗(yàn)分析后得出164個(gè)代謝物用于后續(xù)分析。見(jiàn)表1。
2.3 嘌呤代謝物分析對(duì)嘌呤代謝通路內(nèi)92個(gè)代謝物或二級(jí)碎片,在經(jīng)過(guò)兩組間的定量比值和OPLS-DA分析的VIP值以及組間單變量學(xué)生t檢驗(yàn)分析后得出4個(gè)符合篩選卡值標(biāo)準(zhǔn)的代謝物。在代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析中,通常使用ROC曲線(xiàn)來(lái)評(píng)估差異代謝物或其組合對(duì)組間樣本的區(qū)分的效果,即通過(guò)ROC曲線(xiàn)評(píng)估差異代謝物的組間判別能力。在對(duì)以上4種差異代謝物進(jìn)行ROC曲線(xiàn)分析,結(jié)果顯示在胃癌患者中唾液樣本中嘌呤代謝通路內(nèi)的黃嘌呤核苷、環(huán)鳥(niǎo)苷酸和脫氧核苷一磷酸相較于胃良性病患者出現(xiàn)了下調(diào),而尿酸則呈現(xiàn)上調(diào)。見(jiàn)圖1。
表1 差異代謝物和差異代謝通路的篩選
RT:該物質(zhì)的色譜中的保留時(shí)間;MC:該物質(zhì)在該組對(duì)比內(nèi)的癌癥組的相對(duì)定量值均值;MB:該物質(zhì)在該組對(duì)比內(nèi)的良性組的相對(duì)定量值均值;FC:Fold_Change特定代謝物在胃癌組與胃良性病組定量的比值。該表列舉幾個(gè)嘌呤代謝的中間產(chǎn)物作為示例,部分產(chǎn)物因其統(tǒng)計(jì)分析的差異值不明顯且判別分析貢獻(xiàn)值較小沒(méi)有納入下述的診斷模型;篩選卡值標(biāo)準(zhǔn):VIP值>1,P<0.1
圖1 嘌呤代謝通路中4個(gè)差異代謝物的ROC曲線(xiàn)
脫氧核苷一磷酸曲線(xiàn)下面積(area under curve, AUC)=0.38(95%CI=0.27~0.49);黃嘌呤核苷AUC=0.294(95%CI=0.20~0.39);環(huán)鳥(niǎo)苷酸AUC=0.13(95%CI=0.06~0.19);尿酸AUC=0.711(95%CI=0.61~0.81)
2.4 嘌呤代謝物的診斷函數(shù)模型針對(duì)上述分析結(jié)果中的4種差異代謝物使用Fisher判別分析建立差異代謝物的診斷函數(shù)模型。
診斷函數(shù):y1=65.973x1+24.766x2-22.641x3-0.2x4-1.489
y2=32.690x1-22.685x2+29.897x3+13242x4-1.137
上述函數(shù)中x1為唾液中的黃嘌呤核苷,x2為環(huán)鳥(niǎo)苷酸,x3為脫氧核苷一磷酸,x4為尿酸。若單個(gè)樣本的y1值大于y2,則視為良性胃病,若y1小于y2則將其視為胃癌,P=0.013。使用留一法交叉驗(yàn)證分析得出該模型的靈敏度為83.1%,特異度為63.3%。
目前已有多項(xiàng)針對(duì)膀胱癌、乳腺癌等多個(gè)癌種進(jìn)行了代謝組學(xué)相關(guān)研究,發(fā)現(xiàn)癌癥患者的血液、尿液以及呼氣中有多種明顯差異的代謝物,在經(jīng)轉(zhuǎn)錄組學(xué)整合分析后發(fā)現(xiàn)大多數(shù)差異代謝物與嘌呤代謝密切相關(guān)[3-4]。本次研究收集了148例胃癌患者和30例胃良性病患者的唾液進(jìn)行UHPLC-QTOF-MS分析,篩選出4個(gè)較明顯的差異代謝物,分別為環(huán)鳥(niǎo)苷酸、黃嘌呤核苷、腺嘌呤脫氧核苷以及尿酸。相較于良性胃病的患者,在胃癌患者的唾液中環(huán)鳥(niǎo)苷酸、黃嘌呤核苷和腺嘌呤脫氧核苷出現(xiàn)下調(diào),而尿酸呈上調(diào)。
在人體內(nèi),嘌呤核苷酸的合成方式有2種,一種是從頭生物合成(de novo synthesis)途徑,另一種是互補(bǔ)的補(bǔ)救合成途徑。從頭合成主要中間產(chǎn)物為肌苷一磷酸(inosine monophosphate, IMP),IMP可以繼續(xù)通過(guò)中間產(chǎn)物黃嘌呤一磷酸(xanthine monophosphate, XMP)合成為鳥(niǎo)嘌呤一磷酸(guanosine monophosphate, GMP)或者直接合成腺嘌呤一磷酸(adenosine monophosphate, AMP)、GMP和AMP 繼續(xù)進(jìn)入各自的循環(huán)并最終合成DNA或RNA,由于腫瘤細(xì)胞不受限制增殖產(chǎn)生了其對(duì)RNA、DNA大量需求,這可能導(dǎo)致鳥(niǎo)嘌呤、腺嘌呤代謝循環(huán)的改變以及環(huán)鳥(niǎo)苷酸和脫氧核苷一磷酸相應(yīng)的下調(diào)。另外的補(bǔ)救合成途徑主要存在于缺乏從頭合成的細(xì)胞或組織中,通過(guò)循環(huán)回收堿基來(lái)合成嘌呤核苷酸以滿(mǎn)足機(jī)體平時(shí)的代謝需求。在本次研究中幾種嘌呤核苷酸的相應(yīng)衍生物如鳥(niǎo)苷、腺苷、肌苷均出現(xiàn)了不同程度的下調(diào),其中黃嘌呤核苷最為明顯。大致代謝過(guò)程見(jiàn)圖2。
對(duì)于腫瘤細(xì)胞,由于從頭生物合成能夠產(chǎn)生巨大能量和各種細(xì)胞原材料,可以滿(mǎn)足癌細(xì)胞的各種增殖需求。在腫瘤組織中,由于補(bǔ)救合成途徑的中間代謝物被用于細(xì)胞增殖而次黃嘌呤的回收途徑利用率下降,導(dǎo)致了嘌呤降解增加從而產(chǎn)生了尿酸的上調(diào),最近也有研究[5-6]顯示血清中的尿酸濃度可以作為評(píng)估乳腺癌的預(yù)后因素。而鳥(niǎo)苷一磷酸、脫氧腺苷一磷酸以及黃嘌呤核苷這3種代謝物目前在
圖2 嘌呤的補(bǔ)救合成途徑
橙色箭頭:從頭合成方式(de novo synthesis);綠色箭頭:嘌呤補(bǔ)救合成途徑;紅色箭頭:嘌呤降解,最終產(chǎn)物為尿酸;深色標(biāo)記的4個(gè)代謝物為本次研究的診斷標(biāo)記物;綠色:下調(diào),紅色:上調(diào)
嘌呤代謝通路內(nèi)的作用未發(fā)現(xiàn)有研究揭示說(shuō)明。對(duì)于本次研究所發(fā)現(xiàn)的在胃癌患者唾液樣本中這3種代謝物出現(xiàn)的不同程度下調(diào)的原因,推測(cè)可能與腫瘤組織不受限制的增殖需求以及腫瘤環(huán)境中嘌呤代謝途徑改變有關(guān),但其具體的分子水平代謝機(jī)制仍不清楚,有待進(jìn)一步的體外細(xì)胞試驗(yàn)來(lái)探索和證實(shí)[7-8]。
安徽醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào)2020年5期