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        銀屑病全基因組關(guān)聯(lián)分析與精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)

        2018-11-19 06:35:24蔡明龍王文俊張學(xué)軍
        中華皮膚科雜志 2018年10期
        關(guān)鍵詞:療效研究

        蔡明龍 王文俊 張學(xué)軍

        230000合肥,安徽醫(yī)科大學(xué)皮膚病研究所 第一附屬醫(yī)院皮膚性病科

        銀屑病病因復(fù)雜,發(fā)病機(jī)制尚未闡明,具有明顯的遺傳異質(zhì)性和種族差異性。遺傳因素在銀屑病的發(fā)病中發(fā)揮重要作用,特別是隨著全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)的應(yīng)用,揭示了一系列銀屑病易感基因和通路。

        一、銀屑病GWAS研究

        1996年,Risch 和 Merikangas[1]發(fā)現(xiàn),在復(fù)雜疾病遺傳學(xué)研究中關(guān)聯(lián)分析較連鎖分析效率更高。隨著人類基因組信息逐漸清晰,2005年成功開展了首個關(guān)于黃斑變性的國際GWAS研究[2]。之后,許多復(fù)雜疾病GWAS研究不斷涌現(xiàn)。2008年,Liu等[3]和Capon等[4]分別開展小樣本量銀屑病GWAS研究,覆蓋30多萬和40多萬單核苷酸多態(tài)性(SNP),發(fā)現(xiàn)HLA?C上游rs10484554位點與美國人群銀屑病及英國人群關(guān)節(jié)病性銀屑病顯著關(guān)聯(lián);ZNF313/RNF114基因變異與銀屑病達(dá)到全基因組顯著關(guān)聯(lián)。

        2009年,Zhang等[5]在國內(nèi)率先開展銀屑病大樣本量GWAS研究,運用Illumina芯片在1 139例漢族銀屑病患者和1 132例健康對照中對覆蓋62萬個SNP和拷貝數(shù)變異(copy number variation,CNV)進(jìn)行基因分型,結(jié)合13 000余例漢族和維吾爾族樣本驗證,首次發(fā)現(xiàn)位于1q21的LCE是銀屑病易感基因,并證實銀屑病相關(guān)的MHC和IL12B。LCE編碼表皮終末分化角質(zhì)外膜蛋白,與角質(zhì)形成細(xì)胞過度增生及厚層鱗屑密切相關(guān)。進(jìn)一步的多中心大樣本GWAS國際合作,納入中國8 312例銀屑病和12 919例健康對照,德國與美國3 293例銀屑病和4 188例健康對照及254個美國核心家系,發(fā)現(xiàn)ERAP1和ZNF816A等6個新的易感基因,并確證既往報道的TNIP1,揭示ERAP1和ZNF816A變異為Ⅰ型銀屑病特異性分子標(biāo)記,證實銀屑病的遺傳異質(zhì)性[6]。

        國際團(tuán)隊運用不同平臺、芯片和人群開展了多項銀屑病GWAS研究。2009年,Nair等[7]在歐洲人群中鑒定出IL?23A、TNFAIP3、IL?4等位于不同通路的7個易感基因。2010年,Hüffmeier等[8]開展關(guān)節(jié)病性銀屑病GWAS研究,結(jié)合Imputation分析,發(fā)現(xiàn)新的易感基因TRAF3IP2;同年德國的Ellinghaus等[9]進(jìn)一步確定TRAF3IP2是尋常性和關(guān)節(jié)病性銀屑病的共同易感基因。Strange等[10]納入歐洲2 622例銀屑病患者和5 667例健康對照進(jìn)行基因分型,結(jié)合9 079例歐洲樣本驗證,發(fā)現(xiàn)REL、IFIH1、NFKBIA等6個易感基因。這些團(tuán)隊的研究共揭示了20多個新的銀屑病易感基因。

        二、銀屑病GWAS Meta分析

        銀屑病GWAS研究積累了大量的基因組變異數(shù)據(jù),不同的團(tuán)隊通過Meta分析,進(jìn)一步揭示了銀屑病遺傳學(xué)發(fā)病機(jī)制。2010年,Stuart等[11]首次開展銀屑病 GWAS Meta分析,納 入 Nair等[7]與Ellinghaus等[9]的研究,共計1 831例銀屑病患者和2 546例健康對照,結(jié)合中國與歐洲樣本共4 064例患者和4 685例健康對照驗證,發(fā)現(xiàn)NOS2、FBXL19和NFKBIA與尋常性及關(guān)節(jié)病性銀屑病均相關(guān)。2012年,Ellinghaus等[12]鑒于銀屑病和克羅恩病在流行病學(xué)、病理學(xué)的關(guān)聯(lián),基于上述2個GWAS數(shù)據(jù)[7,9],結(jié)合魁北克757例患者和987例健康對照(初篩樣本達(dá)到2 529例患者和4 955例健康對照)驗證,在HLA區(qū)域外發(fā)現(xiàn)7個位點是兩者共同易感基因,ZMIZ1、PRDX5和YDJC是銀屑病獨立易感基因。Tsoi等[13?15]基于 GWAS 數(shù)據(jù)[7,9],不斷在初篩數(shù)據(jù)中添加歐洲血統(tǒng)免疫芯片數(shù)據(jù)(GAPC和PAGE)、外顯子組芯片等數(shù)據(jù),通過增加初篩樣本量和/或增加變異數(shù)據(jù)密度等,于2012、2015和2017年共計發(fā)現(xiàn)36個新易感基因。2015年,Stuart等[16]的第2次Meta分析同樣基于GWAS 數(shù)據(jù)[7,9],結(jié)合免疫芯片PAGE樣本及精細(xì)定位增加樣本,發(fā)現(xiàn)IFNLR1、IFIH1、NFKBIA與關(guān)節(jié)病性銀屑病,TNFRSF9、LCE3C/B、TRAF3IP2、IL23A、NFKBIA 與皮膚型銀屑病顯著關(guān)聯(lián),并發(fā)掘新的易感基因CDKAL1。Yin等[17]在覆蓋中國、新加坡、美國、德國和瑞典共34886例初篩樣本的GWASMeta分析中,發(fā)現(xiàn)RUNX1等4個新的易感基因,跨種族比較發(fā)現(xiàn),ELMO1、ERAP2和PRDX5等11個位點存在位點異質(zhì)性或等位基因異質(zhì)性,證實了銀屑病的種族異質(zhì)性。

        結(jié)合以上系列銀屑病GWAS和Meta分析,國內(nèi)外團(tuán)隊大樣本量靶向測序及外顯子芯片等廣義GWAS 分析[18?20],累計發(fā)現(xiàn)了 90 個銀屑病易感基因。表1列出了20個研究較廣泛的銀屑病易感基因。

        表1 銀屑病易感基因

        三、銀屑病易感基因與通路分析

        銀屑病易感基因涉及多種信號通路過程,主要歸類為抗原提呈、IL?12/IL?23及IL?4/IL?13軸、固有免疫、負(fù)性調(diào)控因子和皮膚屏障功能等方面。

        1.抗原提呈:HLA?C與銀屑病發(fā)病風(fēng)險相關(guān)性在多種人群中得到證實,HLA?C參與編碼人類白細(xì)胞抗原Ⅰ類分子(HLA?Ⅰ),表達(dá)于所有有核細(xì)胞,提呈內(nèi)源性抗原肽。Strange等[10]與Sun等[6]分別在歐美與中國人群中發(fā)現(xiàn)易感基因ERAP1,其編碼一種氨基肽酶,在HLA?Ⅰ抗原肽的加工處理中發(fā)揮重要作用。ERAP1與HLA?C存在交互作用,ERAP1變異僅影響攜帶HLA?C風(fēng)險等位基因個體的易感性[10]。

        2.IL?12/23及IL?4/IL?13軸:IL?23與IL?23受體結(jié)合,磷酸化IL?23受體胞內(nèi)域酪氨酸殘基,促使STAT3磷酸化進(jìn)入細(xì)胞核,誘導(dǎo)T細(xì)胞活化為Th17細(xì)胞,釋放IL?22、IL?17、TNF?α等細(xì)胞因子,吸引中性粒細(xì)胞在表皮聚集形成微膿腫。參與該通路的IL?12B、IL?23A、IL?23R、Tyk2和Jak2均與銀屑病易感性相關(guān)[3,5,7,10,12];IL?4和IL?13 促進(jìn) T細(xì)胞分化為Th2細(xì)胞,抑制Th17細(xì)胞發(fā)育,與銀屑病發(fā)病風(fēng)險相關(guān)[13]。

        3.固有免疫:干擾素(IFN)主要通過NF?κB通路參與銀屑病發(fā)病,NF?κB為轉(zhuǎn)錄因子蛋白家族,與IκB形成復(fù)合體,以無活性形式存在于細(xì)胞質(zhì)中。胞外信號刺激導(dǎo)致IκB磷酸化,NF?κB暴露核定位位點,游離的NF?κB迅速移位到細(xì)胞核,與特異性κB序列結(jié)合,誘導(dǎo)相關(guān)基因轉(zhuǎn)錄,參與免疫和炎癥反應(yīng)[21]。編碼接頭蛋白ACT1的TRAF3IP2與銀屑病發(fā)病相關(guān),ACT1參與IL?17信號轉(zhuǎn)導(dǎo),活化IL?17依賴的NF?κB通路[8?9]。易感基因CARD14可激活NF?κB信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路,并上調(diào)內(nèi)皮及角質(zhì)形成細(xì)胞炎性因子和趨化因子產(chǎn)物,具有聚集和激活免疫細(xì)胞的功能[13]。一些抗病毒基因如DDX58和IFIH1,分別編碼RIG?I和MDA5蛋白,均識別雙鏈RNA,引發(fā)干擾素反應(yīng)[10,13]。

        4.負(fù)性調(diào)控因子:銀屑病發(fā)病機(jī)制可為促免疫因子過度表達(dá)或抑制免疫反應(yīng)的因子低表達(dá)。多項 GWAS研究發(fā)現(xiàn),TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA 及ZC3H12C基因可抑制NF?κB途徑發(fā)揮作用[7,10-11,13,16]。SOCS1 是細(xì)胞因子信號家族成員,可抑制IFN?γ下游信號通路,并通過STAT3轉(zhuǎn)錄活性調(diào)節(jié)Th17細(xì)胞分化[13]。鑒于機(jī)體免疫系統(tǒng)的平衡,免疫負(fù)性調(diào)控基因有待進(jìn)一步深入研究。

        5.皮膚屏障功能:正常皮膚表皮分化周期28~30 d,而銀屑病皮損表皮分化只需3~5 d。LCE編碼角質(zhì)層蛋白在表皮分化中有重要作用,有研究表明LCE與銀屑病風(fēng)險相關(guān)[5]。

        四、銀屑病GWAS與精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究

        精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)是從分子生物學(xué)本質(zhì)思考疾病,依據(jù)發(fā)病機(jī)制/分子通路將疾病重新分類,實現(xiàn)對疾病的精準(zhǔn)防診治。如何將前期積累的GWAS組學(xué)數(shù)據(jù)向精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)臨床轉(zhuǎn)化,是目前銀屑病研究的熱點。

        1.銀屑病預(yù)測:結(jié)合既往發(fā)現(xiàn)的易感位點,分析個體遺傳變異,預(yù)測發(fā)病風(fēng)險,有助于臨床咨詢和個體化干預(yù)。Chen等[22]結(jié)合10個GWAS位點計算731例銀屑病和2 084例健康對照加權(quán)后基因風(fēng)險分?jǐn)?shù)(wGRS),上四分位數(shù)個體發(fā)病風(fēng)險是下四分位數(shù)個體10.55倍,ROC曲線下面積達(dá)72.0%,同時wGRS與發(fā)病年齡及家族史顯著相關(guān)。Yin等[23]聯(lián)合14個GWAS位點計算4 541例銀屑病和3 542例健康對照加權(quán)后多基因風(fēng)險分?jǐn)?shù)(wPRS),上四分位數(shù)個體銀屑病發(fā)病風(fēng)險是下四分位數(shù)個體的28.20倍,聯(lián)合飲酒史因素,ROC曲線下面積達(dá)88%,證實wPRS與銀屑病發(fā)病年齡及家族史相關(guān)。波蘭學(xué)者分別聯(lián)合5和16個GWAS位點,ROC曲線下面積達(dá)78.9%和 78.2%[24?25]。個體遺傳變異有望對發(fā)病風(fēng)險進(jìn)行精準(zhǔn)預(yù)測,但目前尚未揭示銀屑病所有易感位點,未來將探索更多易感位點及聯(lián)合所有變異位點對銀屑病的預(yù)測。

        2.藥物療效和不良反應(yīng)指導(dǎo):目前多種藥物可有效控制銀屑病,但部分患者療效不佳,甚至出現(xiàn)嚴(yán)重不良反應(yīng)。研究顯示,銀屑病多個易感基因變異可用于預(yù)測藥物療效,指導(dǎo)臨床用藥。

        通過易感基因HLA?C*06:02預(yù)測抗TNF制劑療效的研究結(jié)論不盡相同。Gallo等[26]和Batalla等[27]在兩組獨立的西班牙人群中發(fā)現(xiàn)攜帶HLA?C*06:02的銀屑病患者抗TNF制劑療效分別呈負(fù)相關(guān)和正相關(guān)。而Talamonti等[28]在歐洲人群中發(fā)現(xiàn),攜帶HLA?C*06:02患者與不攜帶者抗TNF制劑療效無顯著差異。這些結(jié)果差異可能來源于小樣本和人群異質(zhì)性。

        HLA區(qū)域中rs610604與阿達(dá)木單抗療效正相關(guān)[29?30],rs12191877及rs1048554均與抗TNF制劑療效正相關(guān)[29],而rs13437088TT基因型與益賽普療效負(fù)相關(guān)[31]。研究顯示,攜帶HLA?C*06:02者相對于不攜帶者優(yōu)特克單抗療效更好[28,32?36],起效更快[32],持續(xù)時間更長[33];而在局部及NB?UVB治療研究中,HLA?C*06攜帶者療效不佳[37]。與HLA?C發(fā)生交互作用的ERAP1兩種多態(tài)性rs151823(CC)和rs26653(GG)均與優(yōu)特克單抗療效正相關(guān)[29]。

        IL?12/IL?23及 IL?4/IL?13軸中,分析 IL?12B(rs6887695、rs2546890、rs3212227和 rs3213094)及IL?23R(rs11209026)與生物制劑的療效,rs11209026?GG基因型患者抗TNF制劑治療6個月后臨床緩解率更高[26],而rs2546890(AG/GG)患者抗TNF制劑和益 賽 普 療 效 不 佳[30?31],rs3212227(非 AA)和rs6887695(GG)患者優(yōu)特克單抗療效更好[36];相比于rs3213094(CC)基因型患者,優(yōu)特克單抗治療rs3213094(CT)基因型患者療效更顯著[38]。攜帶IL?13基因rs848(GT/TT)銀屑病患者優(yōu)特克單抗療效不佳[39]。

        參與固有免疫基因TRAF3IP2單核苷酸變異rs13190932(G)與英夫利西單抗療效正相關(guān)[29]。CARD14基因rs11652075(CC)基因型患者抗TNF制劑治療效果更好[40]。

        負(fù)性調(diào)控因子TNFAIP3基因rs610604(A)等位基因與益賽普單抗療效正相關(guān)[29],而rs610604(G)等位基因與優(yōu)特克單抗療效負(fù)相關(guān)[38],優(yōu)特克單抗無效患者攜帶NFKBIA基因rs2145623(C)等位基因的頻率高于有效患者[39]。

        參與皮膚屏障功能基因LCE3B/3C缺失與優(yōu)特克單抗療效無相關(guān)性[32],而LCE基因變異攜帶者對抗TNF制劑的療效優(yōu)于缺失者[27]。

        另外,銀屑病患者抗TNF制劑治療3個月后,ZNF816A基因rs9304742(CC)基因型患者療效不佳,而治療6個月后,CDKAL1基因rs6908425CT/TT基因型患者顯示出更好的療效[30]。

        五、展望

        目前,GWAS研究發(fā)現(xiàn)的易感基因僅能解釋部分銀屑病遺傳現(xiàn)象,結(jié)合我國銀屑病治療現(xiàn)狀,甲氨蝶呤、阿維A等常用藥物療效/不良反應(yīng)的遺傳標(biāo)記尚未全部發(fā)現(xiàn)。隨著國家精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)專項的導(dǎo)向和大規(guī)模銀屑病專病隊列的建設(shè),相信在不久的將來,通過更大樣本量的銀屑病以及亞型GWAS研究,將鑒定出更多易感基因,構(gòu)建更加精準(zhǔn)的預(yù)測模型,實現(xiàn)銀屑病精準(zhǔn)分子分型,并基于這些變異數(shù)據(jù)以及藥物基因組學(xué)發(fā)掘我國銀屑病常用藥物療效和不良反應(yīng)指向性的遺傳標(biāo)記,綜合提高銀屑病精準(zhǔn)防治水平。

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