解增言+曾垂省+謝永芳+何曉紅+舒坤賢

（重慶郵電大學(xué)生物信息學(xué)院，重慶 400065）

摘要：生物信息學(xué)是較新的交叉學(xué)科，大部分文獻(xiàn)資料都是英文的，對(duì)學(xué)生的專業(yè)英語能力要求較高，僅靠開幾門課遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠。應(yīng)用驅(qū)動(dòng)的生物信息學(xué)專業(yè)英語教學(xué)體系在大學(xué)英語和專業(yè)英語課程的基礎(chǔ)上，以應(yīng)用為驅(qū)動(dòng)和引導(dǎo)，以網(wǎng)絡(luò)資源查詢、專業(yè)軟件使用及專業(yè)文獻(xiàn)資料的閱讀及寫作為核心內(nèi)容，使學(xué)生在課程設(shè)計(jì)、綜合實(shí)驗(yàn)及科研等實(shí)踐過程中提高專業(yè)英語水平，收到了良好的效果。

關(guān)鍵詞：應(yīng)用驅(qū)動(dòng)；生物信息學(xué)；專業(yè)英語

中圖分類號(hào)：G642.3 文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A 文章編號(hào)：1674-9324（2017）21-0232-02

一、前言

生物信息學(xué)是近年新興的一門交叉學(xué)科，其研究?jī)?nèi)容包含了生物信息的獲取、處理、儲(chǔ)存、分發(fā)、分析和解釋等在內(nèi)的所有方面，它綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)和生物學(xué)的各種工具，來闡明和理解大量數(shù)據(jù)所包含的生物學(xué)意義（張春霆，2000）。與其他的生物學(xué)專業(yè)一樣，該專業(yè)要求學(xué)生掌握基本的專業(yè)英語閱讀和寫作能力；同時(shí)，由于是新興專業(yè)，其大部分專業(yè)資料，包括專業(yè)網(wǎng)絡(luò)資源、常用軟件和文獻(xiàn)資料等大都是英文，并且對(duì)生物學(xué)、計(jì)算機(jī)及數(shù)學(xué)領(lǐng)域的專業(yè)英語詞匯都有一定要求，因此，生物信息學(xué)專業(yè)對(duì)于專業(yè)英語的要求比其他專業(yè)更高一些。近年，人們陸續(xù)提出將任務(wù)或項(xiàng)目驅(qū)動(dòng)教學(xué)法（周冬菊等，2011）、CBI（Content-based Instruction）專業(yè)英語教學(xué)法（智慧，2011）等應(yīng)用于生物類專業(yè)英語教學(xué)，并強(qiáng)調(diào)網(wǎng)絡(luò)資源和應(yīng)用（劉進(jìn)平等，2011，2013）以及科研文獻(xiàn)（方強(qiáng)&趙威，2014）等在生物類專業(yè)英語教學(xué)中的作用。重慶郵電大學(xué)生物信息學(xué)院生物信息學(xué)本科專業(yè)通過總結(jié)不同的教學(xué)方法，結(jié)合生物信息學(xué)專業(yè)自身的特點(diǎn)，系統(tǒng)地提出了應(yīng)用驅(qū)動(dòng)的生物信息學(xué)專業(yè)英語教學(xué)體系，并收到了良好的教學(xué)效果。

二、體系構(gòu)成

應(yīng)用驅(qū)動(dòng)的生物信息學(xué)專業(yè)英語教學(xué)體系由兩部分組成：①基礎(chǔ)部分，包括大學(xué)英語和生物信息學(xué)專業(yè)英語；②應(yīng)用部分，包括雙語教學(xué)課程、生物信息學(xué)網(wǎng)絡(luò)資源、生物學(xué)軟件及專業(yè)文獻(xiàn)資料閱讀及寫作。內(nèi)容由淺到深，從基礎(chǔ)教學(xué)逐步過渡到專業(yè)應(yīng)用。整個(gè)體系以應(yīng)用為驅(qū)動(dòng)和向?qū)?，其核心?nèi)容是網(wǎng)絡(luò)資源查詢、專業(yè)軟件使用及專業(yè)文獻(xiàn)資料的閱讀及寫作，其形式主要為課程設(shè)計(jì)、綜合實(shí)驗(yàn)及學(xué)生課外科研。

1.大學(xué)英語。大學(xué)英語教學(xué)分為基礎(chǔ)階段和應(yīng)用提高階段（田志環(huán)，2008），大學(xué)英語是基礎(chǔ)階段的主要英語教學(xué)形式，在高中階段語法學(xué)習(xí)的基礎(chǔ)上，鞏固提高學(xué)生的英語聽、說、讀、寫能力，為后面的應(yīng)用階段英語教學(xué)奠定基礎(chǔ)。

2.專業(yè)英語課程。生物信息學(xué)專業(yè)英語課程是基礎(chǔ)階段到應(yīng)用提高階段的過渡，其教材根據(jù)本專業(yè)的特點(diǎn)采用自編教材，內(nèi)容除生物信息相關(guān)內(nèi)容外，還兼顧生物、計(jì)算機(jī)和數(shù)學(xué)（主要是概率統(tǒng)計(jì)）等領(lǐng)域。生物信息學(xué)專業(yè)英語課程內(nèi)容分三個(gè)層次：專業(yè)英語，主要是理科專業(yè)英語的特點(diǎn)，常用句型；生物類專業(yè)英語，主要是了解生物學(xué)專業(yè)名詞的構(gòu)詞特點(diǎn)及熟悉常見生物學(xué)專業(yè)名詞；生物信息學(xué)專業(yè)英語，了解生物信息學(xué)常見的研究領(lǐng)域，熟悉生物信息學(xué)專業(yè)詞匯。內(nèi)容從一般到特殊，學(xué)生通過該課程的學(xué)習(xí)初步了解生物信息學(xué)專業(yè)英語的特點(diǎn)，掌握基本的專業(yè)詞匯。

3.雙語教學(xué)專業(yè)課。生物信息學(xué)專業(yè)的雙語課程是整個(gè)專業(yè)英語教學(xué)體系的核心，是學(xué)生掌握專業(yè)英語詞匯的主要途徑。雙語課程包括分子生物學(xué)、進(jìn)化生物學(xué)、Perl程序設(shè)計(jì)等，其教材采用國(guó)外原版教材（影印版），教師上課幻燈片主要用英語，講解用英語+漢語，配合學(xué)生的課前預(yù)習(xí)和課后復(fù)習(xí)，在掌握專業(yè)知識(shí)的同時(shí)，熟悉生物信息學(xué)專業(yè)詞匯，提高專業(yè)英語閱讀能力。

4.網(wǎng)絡(luò)資源。隨著生物信息學(xué)的快速發(fā)展，網(wǎng)絡(luò)上英文的生物信息學(xué)資源也越來越多，主要包括生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)、多媒體生物信息學(xué)資料（如新一代測(cè)序儀介紹等）及公開課視頻資料。網(wǎng)絡(luò)生物數(shù)據(jù)庫(kù)如GenBank、UniProt、Ensembl、Pfam、PDB等包含了大量的生物學(xué)數(shù)據(jù)及分析工具，內(nèi)容系統(tǒng)完整，更新速度快，是生物科研工作者的寶庫(kù)，同時(shí)也是生物信息學(xué)專業(yè)英語學(xué)習(xí)的寶貴資源。這些數(shù)據(jù)庫(kù)的幫助頁面有詳細(xì)的資源介紹及使用方法說明，若能仔細(xì)閱讀，在學(xué)習(xí)這些網(wǎng)絡(luò)資源的同時(shí)，專業(yè)英語能力也會(huì)有極大的提高。另外，網(wǎng)絡(luò)上的很多公開課，如亞利桑那大學(xué)的“生物多樣性”、可汗學(xué)院的“生物學(xué)”及“概率”、麻省理工學(xué)院的“生物學(xué)導(dǎo)論”等，都是很好的在線學(xué)習(xí)資源。

5.生物信息學(xué)軟件。生物信息學(xué)領(lǐng)域很多常用的軟件，如序列比對(duì)軟件BLAST、FAST、TeeCoffee、ClustalW/X系統(tǒng)發(fā)育分析軟件MEGA、PAUP、PHYLIP、PAML，新一代測(cè)序數(shù)據(jù)分析軟件Velvet、SOAP、Bowtie、BWA等及其他生物信息學(xué)領(lǐng)域的很多軟件的界面及幫助文檔都是英文，在掌握使用這些軟件的同時(shí)，也可以熟悉相關(guān)領(lǐng)域的英文專業(yè)詞匯。

6.專業(yè)文獻(xiàn)資料閱讀。在學(xué)生的生物信息學(xué)課程設(shè)計(jì)、生物信息學(xué)綜合實(shí)驗(yàn)、畢業(yè)設(shè)計(jì)、科研班及創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)等課程及活動(dòng)中，需要閱讀適量的英文文獻(xiàn)。在前面掌握了一定量的專業(yè)詞匯的基礎(chǔ)上，通過英文文獻(xiàn)資料的閱讀，進(jìn)一步提高了學(xué)生的專業(yè)英語閱讀水平，并初步掌握生物信息學(xué)專業(yè)英語寫作的基本要求，對(duì)于學(xué)生以后的研究生階段的學(xué)習(xí)或?qū)I(yè)相關(guān)工作奠定了專業(yè)英語基礎(chǔ)。

三、教學(xué)效果

專業(yè)英語學(xué)習(xí)的最終目的是應(yīng)用，主要包括專業(yè)英語文獻(xiàn)資料的閱讀及論文寫作，因此，對(duì)于教學(xué)效果也主要從閱讀和寫作兩方面進(jìn)行評(píng)價(jià)。

1.專業(yè)英語閱讀。經(jīng)過幾年系統(tǒng)的專業(yè)英語學(xué)習(xí)，學(xué)生從入學(xué)時(shí)覺得專業(yè)英語神秘莫測(cè)，看到英文資料就跳過，到畢業(yè)時(shí)能比較順利地閱讀專業(yè)文獻(xiàn)資料，查詢GenBank等英文專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)，也不再害怕使用英文界面的專業(yè)軟件。

2.專業(yè)英語寫作。在專業(yè)英語閱讀能力提高的基礎(chǔ)上，學(xué)生的專業(yè)英語寫作能力也有了較大提高。尤其是科研班的同學(xué)，基本上可以用英語將自己的科研工作總結(jié)成論文初稿，畢業(yè)論文中的英文摘要也較少出現(xiàn)語法和拼寫錯(cuò)誤。

經(jīng)過四年的學(xué)習(xí)，學(xué)生生物信息學(xué)專業(yè)英語的閱讀和寫作能力都有了較大提高，為進(jìn)一步的學(xué)習(xí)和工作打下了良好的基礎(chǔ)。

四、結(jié)語

該體系以應(yīng)用為導(dǎo)向，從基礎(chǔ)到應(yīng)用，由易到難，主要培養(yǎng)學(xué)生的生物信息學(xué)專業(yè)英語閱讀能力，兼顧專業(yè)英語寫作訓(xùn)練，取得了較好的效果。英語的學(xué)習(xí)是一個(gè)積累與逐步提高的過程，專業(yè)英語更是如此，尤其是專業(yè)詞匯的積累需要大量的閱讀與寫作實(shí)踐。因此，要使學(xué)生學(xué)好專業(yè)英語，僅靠開幾門課是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠的。學(xué)生通過課程設(shè)計(jì)及生物信息學(xué)綜合實(shí)驗(yàn)等應(yīng)用性課程及課外科研活動(dòng)，在掌握了專業(yè)知識(shí)的同時(shí)提高了專業(yè)英語閱讀和寫作能力，為進(jìn)一步深造打下基礎(chǔ)。

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[7]田志環(huán).生物學(xué)專業(yè)英語教學(xué)的探索與實(shí)踐[J].高教論壇，2008，（5）.

收稿日期：2016-11-26

基金項(xiàng)目：重慶市教育教學(xué)改革項(xiàng)目（143011，yjg132030）；重慶郵電大學(xué)教育教學(xué)改革項(xiàng)目（2013YL-13，XJG1125，XJG1411，XJG1316，XJG1627）