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        貓皰疹病毒I型核酸快速檢測方法的建立及初步應(yīng)用

        2023-11-02 02:25:22段雪昆
        大眾標準化 2023年19期
        關(guān)鍵詞:皰疹病毒重復(fù)性核酸

        段雪昆

        (廈門寶太生物科技股份有限公司,福建 廈門 361000)

        FHV-1有多種診斷方法。病毒分離培養(yǎng)可以應(yīng)用于診斷急性FHV-1感染。然而,對于潛伏期FHV-1,它經(jīng)常產(chǎn)生假陰性結(jié)果。由于90%以上的貓血清FHV-1抗體呈陽性,在臨床上難以區(qū)分正常貓和患病的貓,故抗體檢測很難用于FHV-1感染的輔助診斷。免疫層析法是目前唯一一種可快速檢測FHV-1的方法,但由于其靈敏度受限,該法只能用于貓發(fā)病后機體排毒期間。聚合酶鏈式反應(yīng)(Polymerase chain reaction,PCR)仍然是判斷FHV-1感染的金標準,其中實時熒光定量PCR比傳統(tǒng)PCR靈敏度更高。但該方法檢測流程復(fù)雜,耗時較長,且需要大型設(shè)備及相對專業(yè)的檢驗實驗室,對檢測人員也有一定要求,不適用于伴隨診斷。因此,從應(yīng)用場景著手,需要開發(fā)一種靈敏度高,操作簡單且能夠迅速得到檢測結(jié)果的FHV-1檢測方法。

        eRDA(enhanced Recombinase Dependent Amplification,增強型重組酶依賴擴增)是一種恒溫核酸擴增技術(shù)。該方法只需要一個簡單的加熱器甚至在體溫下(37 ℃)即可發(fā)生擴增反應(yīng)。eRDA過程依賴于三個關(guān)鍵蛋白:重組酶、單鏈DNA結(jié)合蛋白(SSB)和鏈置換聚合酶。與PCR一樣,eRDA擴增的靈敏度和特異性較高。因此,eRDA方法已經(jīng)具有檢測各種病原體的潛力,特別適用于設(shè)備不足的實驗室或快速現(xiàn)場診斷等場景?;趀RDA原理,文章建立了一種FHV-1核酸快速檢測方法,該法靈敏度高、特異性好,臨床實用性強,搭配小型恒溫擴增儀,可在20 min內(nèi)完成檢測并出具檢測報告。該方法可用于寵物醫(yī)院FHV-1的快速診斷,為有效預(yù)防和控制貓皰疹病毒感染提供了新的方向。

        1 材料與方法

        1.1 主要材料、試劑及設(shè)備

        文章中使用的含貓皰疹病毒靶基因的重組質(zhì)粒由通用生物(安徽)股份有限公司合成。

        貓皰疹病毒、貓杯狀病毒、貓細小病毒及貓傳染性腹膜炎(貓冠狀病毒)樣本核酸來源于廈門市2家寵物醫(yī)院。

        eRDA基礎(chǔ)體系和熒光定量PCR反應(yīng)體系為本實驗室前期研究確定。

        熒光定量PCR儀 (ABI QuantStudio3)

        微量分光光度計 (Thermo Scientific, NanoDrop One)

        1.2 引物設(shè)計及合成

        下載GenBank中的FHV-1 TK基因片段進行多序列比對,利用Oligo 7.0軟件設(shè)計FHV-1 qPCR引物探針。根據(jù)eRDA引物設(shè)計規(guī)則,在同樣靶基因上設(shè)計了兩組FHV-1 eRDA引物探針進行篩選優(yōu)化。

        要準確把握容錯的限度,不能跨過容忍的必要界限,過度地容錯就會變成縱錯。如果容錯免責(zé)的門檻設(shè)定太過抽象和寬松,容錯機制很可能變成一個盾牌,成為某些有過錯官員為自己工作過錯提供免責(zé)的“擋箭牌”。我們認為重點從以下幾個標準進行細化:

        文章所用的引物序列如表1所示。所有引物均由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。

        表1 文章所用引物

        1.3 引物篩選

        根據(jù)引物位置和擴增產(chǎn)物大小,按照下表組合分別測試不同引物對的反應(yīng)情況,使用熒光定量PCR儀 (ABI QuantStudio3)進行測試,反應(yīng)條件為40 ℃,30 min,以篩選出最優(yōu)組合,詳見表2。

        表2 引物探針篩選組合

        1.4 靈敏度及重復(fù)性測試

        以上述優(yōu)化后的反應(yīng)條件測試不同濃度(106~100copies/μL)重組質(zhì)粒的擴增情況,計算不同濃度各重復(fù)間的變異系數(shù)(cv%)。同時比較熒光定量PCR法的檢測靈敏度和重復(fù)性。熒光定量PCR反應(yīng)為25μL體系,反應(yīng)程序為:95 ℃ 5 min;(95 ℃ 15 sec,60 ℃ 30 sec)40 cycle。

        1.5 特異性測試

        將貓皰疹病毒、貓杯狀病毒、貓細小病毒及貓傳染性腹膜炎(貓冠狀病毒)臨床樣本核酸作為模板加入FHV1 eRDA反應(yīng)體系,以相同反應(yīng)條件進行檢測。

        1.6 臨床樣本測試

        對采集到的20份臨床樣本進行檢測,并和qPCR法的檢測結(jié)果進行對比,計算得到陰陽性符合率和總符合率。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 引物篩選

        在反應(yīng)條件為40℃,30 min下,依據(jù)表2組合篩選,最終篩出最優(yōu)的引物探針組合(圖1),F(xiàn)HV-eRDAF1、 FHV-eRDAR2、FHV-eRDAP1熒光強度及熒光曲線線型優(yōu)于其他組合,且重復(fù)性較佳,反應(yīng)5 min,可檢測到起峰。

        圖1 eRDA-FHV1反應(yīng)體系引物篩選結(jié)果

        2.2 靈敏度及重復(fù)性測試

        2.2.1 靈敏度

        以優(yōu)化后的反應(yīng)條件測試不同濃度(106~100 copies/μL)重組質(zhì)粒的擴增情況,實驗結(jié)果如圖2a所示,文章建立的eRDA反應(yīng)體系最低檢測限為10copies/反應(yīng)。相對比熒光定量PCR來說(圖2b),eRDA檢測法具有同等的檢測水平,但時間較PCR大大縮短。配合恒溫?zé)晒鈹U增儀使用,還可大大降低大型qPCR設(shè)備的成本。

        圖2 eRDA-FHV1反應(yīng)體系靈敏度測試結(jié)果

        2.2.2 重復(fù)性測試

        以建立的eRDA反應(yīng)體系測試不同濃度各重復(fù)間的效能情況,計算不同濃度各重復(fù)間的變異系數(shù)。表3結(jié)果表明,eRDA反應(yīng)體系在相同濃度的重組質(zhì)粒模板測試結(jié)果(n=10),cv值均小于5%,重復(fù)性良好。熒光定量熒光定量PCR法重復(fù)性cv值也均小于5%,且重復(fù)性良好。

        表3 eRDA-FHV1反應(yīng)體系重復(fù)性測試結(jié)果

        2.3 特異性測試

        將貓皰疹病毒、貓杯狀病毒、貓細小病毒及貓傳染性腹膜炎(貓冠狀病毒)臨床樣本核酸作為模板加入FHV eRDA反應(yīng)體系,以相同反應(yīng)條件進行檢測。結(jié)果表明(圖3),只有FHV模板有熒光擴增曲線,其他病原體核酸及空白水對照均未無熒光擴增曲線。表明文章建立的eRDA檢測方法可對FHV進行特異性檢測,而對貓杯狀病毒、貓細小病毒及貓傳染性腹膜炎(貓冠狀病毒)均無交叉反應(yīng),特異性較佳。

        圖3 eRDA-FHV1反應(yīng)體系特異性測試結(jié)果

        2.4 臨床樣本測試

        對采集到的20份臨床樣本進行檢測,并和qPCR法的檢測結(jié)果進行對比。表4結(jié)果顯示,熒光定量PCR方法可檢驗出8份陽性樣本,12份陰性樣本。而文章建立的方法也檢測出8份陽性樣本,12份陰性樣本。陽性符合率、陰性符合率及總體符合率均為100%,效能較佳。

        表4 臨床樣本測試結(jié)果

        3 結(jié)語

        貓皰疹病毒在結(jié)構(gòu)和致病性上與人類單純皰疹病毒相似,都屬于皰疹病毒科和α皰疹病毒亞科,其特征是在初次感染后出現(xiàn)潛伏期。這一因素在臨床上很重要,因為即使沒有重復(fù)接觸病毒,疾病可能會在以后的生活中復(fù)發(fā)。貓皰疹病毒感染又稱貓病毒性鼻氣管炎(FVR),是一種由貓皰疹病毒1型(FHV-1)引起的傳染病,結(jié)膜炎和角膜潰瘍是貓皰疹病毒1型復(fù)發(fā)及其常見的形式。

        Exo熒光探針通常由一個寡核苷酸主鏈組成,其中包含一個堿性核苷酸類似物(THF,四氫呋喃殘基),兩側(cè)分別有一個FAM基團和BHQ1猝滅基團。此外,探針3’修飾一個Block可阻止聚合酶的延伸。初始狀態(tài)下熒光基團產(chǎn)生的熒光信號會被猝滅基團猝滅。當探針結(jié)合到相應(yīng)模板上時,核酸外切酶III(exo酶)將切割探針THF位置,分離熒光基團和猝滅基團從而產(chǎn)生熒光信號。因此,檢測Exo熒光探針信號可用于判斷核酸擴增情況。

        文章建立了貓皰疹病毒I型(FHV-1)核酸快速恒溫擴增檢測法。結(jié)果顯示,該方法特異性強,能準確檢測 FHV-1核酸,與貓杯狀病毒、貓細小病毒及貓傳染性腹膜炎(貓冠狀病毒)病毒核酸無交叉反應(yīng);靈敏度高,最低可檢測10 copies/反應(yīng);檢測速度快,可在30 min內(nèi)完成反應(yīng),對于病毒載量較高的樣本,2~5 min即可得出結(jié)果;重復(fù)性好,各重復(fù)間cv%小于5%。后期可在文章基礎(chǔ)上開發(fā)凍干型eRDAFHV1反應(yīng)試劑,簡化操作步驟且延長試劑保存期限,尤其適合寵物醫(yī)院的現(xiàn)場快速檢測。

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