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        基于高通量測(cè)序技術(shù)分析豆腐乳中微生物多樣性

        2023-02-21 02:34:32段樹(shù)華汪晟羽汪靜心李玉鋒
        中國(guó)釀造 2023年1期
        關(guān)鍵詞:豆腐乳桿菌屬菌門(mén)

        蘭 林,段樹(shù)華,汪晟羽,羅 浩,汪靜心,李玉鋒

        (1.西華大學(xué) 食品與生物工程學(xué)院 食品生物技術(shù)四川省高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,四川 成都 610039;2.成都紡織高等??茖W(xué)校,四川 成都 611731)

        豆腐乳,又稱腐乳、霉豆腐,是以大豆為原料制成的發(fā)酵類食品,在國(guó)外有著東方“奶酪”的美譽(yù),其制作方法最早可追溯到魏代,憑借其獨(dú)特的風(fēng)味和細(xì)膩的口感備受廣大消費(fèi)者的喜歡[1]。豆腐乳發(fā)酵是一個(gè)龐大微生物群落演替的過(guò)程,利用其微生物產(chǎn)生的多種酶系,促使豆腐乳中蛋白質(zhì)分解為營(yíng)養(yǎng)價(jià)值高的氨基酸和一些風(fēng)味物質(zhì)、脂肪分解為脂肪酸、淀粉轉(zhuǎn)化為糖類等人體所必需且易吸收的小分子物質(zhì)[2-3]。發(fā)酵后的豆腐乳大幅度提升了大豆蛋白的吸收率,同時(shí)富含有低聚糖、大豆異黃酮等功能性物質(zhì),對(duì)于抗氧化、提高人體免疫力、降血壓等方面具有積極作用[4]。

        我國(guó)地勢(shì)遼闊,不同區(qū)域的氣候差異性孕育了多種具有代表性的豆腐乳:如桂林豆腐乳、北京青豆腐乳、湖南永州茶油豆腐乳和四川特色豆腐乳等[5]。豆腐乳所具有的獨(dú)特風(fēng)味及營(yíng)養(yǎng)價(jià)值與發(fā)酵期間微生物的群落結(jié)構(gòu)密切相關(guān),豆腐乳根據(jù)發(fā)酵類型分為自然發(fā)酵豆腐乳和純種發(fā)酵豆腐乳,雖然市場(chǎng)銷售已有工業(yè)化生產(chǎn)的純種發(fā)酵豆腐乳,但自然發(fā)酵豆腐乳因制作成本低和操作簡(jiǎn)單等因素也出現(xiàn)在各大銷售市場(chǎng)上。豆腐乳的風(fēng)味往往由酶系的豐富程度所決定,自然發(fā)酵處于開(kāi)放性環(huán)境中,其中包含有利于發(fā)酵的菌株同時(shí)也包括有害微生物,有害微生物在豆腐乳發(fā)酵過(guò)程中因其種類的不確定性和發(fā)酵不受控制,易造成產(chǎn)品質(zhì)量的不穩(wěn)定帶來(lái)食品安全性等問(wèn)題[6-7]。自然發(fā)酵是完全利用環(huán)境中的微生物協(xié)同發(fā)酵,分泌的多種酶系使口感和風(fēng)味有所提升,但自然發(fā)酵不受人工控制,致病菌和腐敗菌一但大量繁殖就會(huì)給產(chǎn)品安全性及消費(fèi)者健康帶來(lái)危害[8]。純種發(fā)酵利用特定的菌種和先進(jìn)工藝技術(shù)進(jìn)行發(fā)酵,保證了產(chǎn)品的穩(wěn)定和安全性,純種發(fā)酵工藝隨著越來(lái)越多的企業(yè)和研究人員的不斷投入和研究,將帶來(lái)更大的經(jīng)濟(jì)效應(yīng)[9]。因此,研究豆腐乳傳統(tǒng)自然發(fā)酵體系的微生物群落結(jié)構(gòu),為后續(xù)純種的發(fā)酵豆腐乳的改善提供一定的理論基礎(chǔ)。

        變性梯度凝膠電泳(denaturinggradientgelelectrophoresis,DGGE)[10]、脫氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)克隆文庫(kù)[11]和16S rRNA基因文庫(kù)[12]等技術(shù)存在測(cè)序通量低、操作復(fù)雜、干擾較多和檢測(cè)效率不高等問(wèn)題,而高通量測(cè)序技術(shù)因檢測(cè)通量更高、準(zhǔn)確度高以及同時(shí)分析多個(gè)樣品的特點(diǎn)[13],被廣泛應(yīng)用在豆瓣醬、豆豉、泡菜、食醋等發(fā)酵類食品中檢測(cè)微生物的組成及其豐度的變化[14-15]。本研究基于高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)四川樂(lè)山地區(qū)的兩種發(fā)酵類型豆腐乳中的細(xì)菌和真菌群落多樣性進(jìn)行分析,以期了解其發(fā)酵優(yōu)勢(shì)菌屬和可能導(dǎo)致腐敗的菌株,為改善豆腐乳品質(zhì)及優(yōu)化發(fā)酵工藝提供一定理論基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 材料與試劑

        1.1.1 材料

        純種發(fā)酵豆腐乳(LA-1~LA-3):樂(lè)山闕劑食品有限公司;自然發(fā)酵豆腐乳(LB-1~LB-3);工廠自然發(fā)酵豆腐乳;自然發(fā)酵豆腐乳(LC-1~LC-3):市售;自然發(fā)酵豆腐乳(LD-1~LD-3):家庭自制。

        1.1.2 試劑

        DNA檢測(cè)試劑盒:美國(guó)OMEGA公司;Qubit3.0 DNA檢測(cè)試劑盒:美國(guó)Life公司;TaqDNA聚合酶和Hieff NGSTMDNA Selection Beads:上海翌圣生物科技股份有限公司。其他試劑均為國(guó)產(chǎn)分析純。

        1.2 儀器與設(shè)備

        TP421型電子天平:上海舜宇恒平科學(xué)儀器有限公司;Pico-21臺(tái)式離心機(jī):美國(guó)Thermo Fisher公司;VORTEX 3旋渦混勻器:德國(guó)IKA公司;ETC 811聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(poly merase chain reaction,PCR)儀:北京東勝創(chuàng)新生物科技有限公司;TND03-H-H混勻型干式恒溫器:深圳拓能達(dá)科技有限公司;DYY-4C電泳儀:北京六一生物科技有限公司;Tanon-2500型凝膠成像儀:上海天能生物科技有限公司;1Sorvall Stratos冷凍高速離心機(jī):美國(guó)賽默飛世爾科技公司。

        1.3 方法

        1.3.1 豆腐乳樣品微生物基因組DNA的提取與檢測(cè)

        參考李榮源等[16]的方法,利用基因組DNA提取試劑盒對(duì)豆腐乳樣品微生物的基因組DNA進(jìn)行提取,使用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA的質(zhì)量。

        1.3.2 PCR擴(kuò)增

        參考茍萌等[17]的方法,對(duì)微生物總DNA精確定量,以其為模板,采用通用引物341F(5′-CCCTACACGACGCTCTTCCGATCTG-3′)和805R(5′-GACTGGAGTTCCGGCACCCGAGAATTCCA-3′)對(duì)細(xì)菌16S rDNA的V3-V4區(qū)基因序列進(jìn)行PCR擴(kuò)增。采用通用引物1737F(5-GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG-3′)和2043R(5′-GCTGCGTTCTTCATCGATCGATGC-3′)對(duì)真菌在ITS1區(qū)基因序列進(jìn)行PCR擴(kuò)增,PCR擴(kuò)增條件:94 ℃預(yù)變性3 min;94 ℃變性30 s,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,26個(gè)循環(huán);最后72 ℃再延伸10 min。采用2%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物,采用試劑盒回收純化后的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物,并將樣品送至生工生物工程(上海)股份有限公司進(jìn)行Illumina MiSeq高通量測(cè)序。

        1.3.3 數(shù)據(jù)處理及分析

        經(jīng)過(guò)高通量測(cè)序得到的序列通過(guò)拼接、精確匹配、去除無(wú)法拼接序列,得到最終序列。利用Usearch(3.0.1.1)軟件將具有97%相似度的序列進(jìn)行操作分類單元(operational taxonomic units,OTU)聚類,每個(gè)OTU對(duì)應(yīng)一種代表序列;利用Uchime去除嵌合體序列。利用核糖體數(shù)據(jù)庫(kù)項(xiàng)目(ribosomal database project,RDP)、Silva、Unite等數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行基因序列比對(duì)和注釋。實(shí)驗(yàn)作圖軟件使用R軟件和Origin 9.1。實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 稀釋性曲線

        不同豆腐乳樣品中微生物菌群稀釋曲線見(jiàn)圖1。由圖1可知,豆腐乳樣品中細(xì)菌和真菌菌群的OTU數(shù)均隨序列數(shù)的增加呈先增加后趨于平坦的趨勢(shì),說(shuō)明本次樣品的取樣量充足且測(cè)序數(shù)據(jù)合理。

        圖1 不同豆腐乳樣品細(xì)菌(a)和真菌(b)菌群的稀釋性曲線Fig.1 Dilution curves of bacterial (a) and fungal (b) flora of different sufu samples

        2.2 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與OTU分析

        經(jīng)過(guò)濾和雙端拼接,細(xì)菌菌群的16S rDNA基因序列共獲得160 858條有效序列,平均堿基長(zhǎng)度為420 bp;真菌菌群的ITS1區(qū)基因序列共獲得187 339條有效序列,平均堿基長(zhǎng)度為310 bp。所獲得的序列按照97%的相似度進(jìn)行分類,細(xì)菌菌群得到838個(gè)OTU,真菌菌群得到509個(gè)OTU,采用R軟件繪制韋恩(Venn)圖,結(jié)果見(jiàn)圖2。

        圖2 不同豆腐乳樣品細(xì)菌(a)和真菌(b)菌群OTU Venn圖Fig.2 OTU Venn diagram of bacterial (a) and fungal (b) flora of different sufu samples

        由圖2可知,4個(gè)豆腐乳樣品共有的細(xì)菌OTU數(shù)為158個(gè),真菌OTU數(shù)為45個(gè),其中,樣品LD的細(xì)菌和真菌OTU數(shù)均最高,分別為221個(gè)和169個(gè),可以看出在家庭自制發(fā)酵豆腐乳中微生物的種類繁多不受人為環(huán)境控制,極易存在更高食品安全隱患。

        2.3 α-多樣性分析

        不同豆腐乳樣品中細(xì)菌及真菌菌群的α-多樣性分析結(jié)果分別見(jiàn)表1和表2。由表1可知,所有樣品的覆蓋率均>99%,說(shuō)明測(cè)序結(jié)果代表了本次樣品中微生物群落的真實(shí)情況。由OTU數(shù)、Chao1指數(shù)和ACE指數(shù)可以看出,無(wú)論是細(xì)菌菌群還是真菌菌群,樣品LD的微生物菌群豐富度最高。由Simpson指數(shù)和Shannon指數(shù)可以看出,樣品LA的多樣性均大于其他3個(gè)樣品,樣品LA為純種毛霉發(fā)酵而來(lái),多樣性指數(shù)偏高可能是因?yàn)樵谏a(chǎn)過(guò)程中由于操作不當(dāng)造成微生物交替污染。雖然樣品LA多樣性較高,但OTU數(shù)卻不是最多的;Shannon指數(shù)最低和Simpson指數(shù)最高的樣品分別為L(zhǎng)C和LD,但OTU數(shù)卻不是最低的,因此,可以看出Shannon指數(shù)和Simpson指數(shù)的高低與樣品中OTU數(shù)不成正相關(guān)。通過(guò)比較分析細(xì)菌與真菌菌群Shannon指數(shù)多樣性可知,細(xì)菌菌群Shannon指數(shù)略高于真菌菌群,表明細(xì)菌菌群的多樣性更為豐富,在豆腐乳發(fā)酵過(guò)程中同樣起著重要的作用。細(xì)菌菌群在豆腐乳發(fā)酵期間的協(xié)同作用增添多種酶系,使豆腐乳的風(fēng)味更加均濃厚,口感更加細(xì)膩,同樣在豆腐乳發(fā)酵過(guò)程中一旦有害細(xì)菌過(guò)多或成為優(yōu)勢(shì)菌,會(huì)造成產(chǎn)品腐敗變質(zhì)[18]。

        表1 不同豆腐乳樣品細(xì)菌菌群的α-多樣性指數(shù)Table 1 α-diversity indexes of bacterial flora of different sufu samples

        表2 不同豆腐乳樣品真菌菌群的α-多樣性指數(shù)Table 2 α-diversity indexes of fungal flora of different sufu samples

        2.4 微生物群落結(jié)構(gòu)分析

        2.4.1 基于門(mén)水平的微生物群落結(jié)構(gòu)分析

        基于門(mén)水平,不同豆腐乳樣品中的微生物菌群結(jié)構(gòu)見(jiàn)圖3。由圖3a可知,從4種豆腐乳樣品中共得到3個(gè)優(yōu)勢(shì)細(xì)菌門(mén)(平均相對(duì)豐度>1%),分別為變形菌門(mén)(Proteobacteria)、厚壁菌門(mén)(Firmicutes)、擬桿菌門(mén)(Bacteroidetes),均為4種豆腐乳樣品的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌門(mén)。其中,變形菌門(mén)在樣品LA中平均相對(duì)豐度最高,為59.83%;厚壁菌門(mén)在樣品LB中平均相對(duì)豐度最高,為45%;擬桿菌門(mén)在樣品LC中平均相對(duì)豐度最高,為34.43%。眾多研究表明,變形菌門(mén)是細(xì)菌中最大的一類門(mén),為革蘭氏陰性菌且廣泛存在于自然界中[19];厚壁菌門(mén)可以產(chǎn)生芽孢,在缺水及極端發(fā)酵環(huán)境中均發(fā)現(xiàn)其芽孢,這可能是厚壁菌門(mén)細(xì)菌在含鹽量高、油漬產(chǎn)品中仍被發(fā)現(xiàn)的原因[20];擬桿菌門(mén)同樣在發(fā)酵類食品(如奶制品、肉制品和醬油)中均有被發(fā)現(xiàn),與杜瑞等[21]的研究結(jié)果一致。

        圖3 基于門(mén)水平不同豆腐乳樣品細(xì)菌(a)和真菌(b)菌群結(jié)構(gòu)分析結(jié)果Fig.3 Analysis results of bacterial (a) and fungal (b) flora structure of different sufu samples based on phylum level

        由圖3b可知,從4種豆腐乳樣品中共得到6個(gè)優(yōu)勢(shì)真菌門(mén)(平均相對(duì)豐度>1%),分別為子囊菌門(mén)(Ascomycota)、毛霉菌門(mén)(Mucoromycota)、輪孢菌門(mén)(Rozellomycota)、膽子菌門(mén)(Basidiomycota)、被孢霉門(mén)(Mortierellomycota)和壺菌門(mén)(Chytridiomycota)。樣品LA中的優(yōu)勢(shì)真菌門(mén)分別為子囊菌門(mén)、毛霉菌門(mén)和被孢霉門(mén);樣品LB中的優(yōu)勢(shì)真菌門(mén)分別為子囊菌門(mén)、毛霉菌門(mén)和擔(dān)子菌門(mén),樣品LC中的優(yōu)勢(shì)真菌門(mén)分別為子囊菌門(mén)、毛霉菌門(mén)、輪孢菌門(mén)和壺菌門(mén);樣品LD中的優(yōu)勢(shì)真菌門(mén)分別為子囊菌門(mén)、毛霉菌門(mén)和擔(dān)子菌門(mén)。4種豆腐乳共有的優(yōu)勢(shì)真菌門(mén)為子囊菌門(mén)、毛霉菌門(mén)和擔(dān)子菌門(mén),子囊菌門(mén)在樣品LA、LB、LC和LD中的平均相對(duì)豐度分別為68.61%、80.55%、75.32%、86.23%;毛霉菌門(mén)在樣品LA、LB、LC和LD中的平均相對(duì)豐度分別為20.31%、12.93%、8.11%和8.46%;擔(dān)子菌門(mén)在樣品LA、LB、LC和LD中的平均相對(duì)豐度分別為6.19%、5.11%、8.74%和1.75%。

        2.4.2 基于屬水平的微生物群落結(jié)構(gòu)分析

        基于屬水平,不同豆腐乳樣品中的微生物菌群結(jié)構(gòu)見(jiàn)圖4。

        圖4 基于屬水平不同豆腐乳樣品細(xì)菌(a)和真菌(b)菌群結(jié)構(gòu)分析結(jié)果Fig.4 Analysis results of bacterial (a) and fungal (b) flora structure of different sufu samples based on genus level

        由圖4a可知,從4種豆腐乳樣品中共得到13個(gè)優(yōu)勢(shì)細(xì)菌屬(平均相對(duì)豐度>1%),分別為假單胞菌屬(Pseudomonas)、乳桿菌屬(Lactobacillus)、透明顫菌屬(Vitreoscilla)、魏斯氏菌屬(Weissella)、不動(dòng)桿菌屬(Acinetobacter)、明串珠菌屬(Leuconostoc)、泰氏菌屬(Tissierella)、依格納季氏菌屬(Ignatzschineria)、哈夫尼菌屬(Hafnia)、沙雷氏菌屬(Serratia)、鞘氨醇桿菌屬(Sphingobacterium)、庫(kù)特氏菌屬(Kurthia)、馬闊里類芽孢桿菌屬(Paenisporosarcina)。不同豆腐乳樣品間的細(xì)菌菌群結(jié)構(gòu)有所差異,在樣品LA中的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌屬分別為乳桿菌屬、透明顫菌屬、假單胞菌屬、魏斯氏菌屬和明串珠菌屬,平均相對(duì)豐度分別為52.77%、30.12%、15.92%、12.11%和6.24%;樣品LB的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌屬分別為假單胞菌屬、乳桿菌屬、透明顫菌屬、魏斯氏菌屬、泰式菌屬、不動(dòng)桿菌和明串珠菌屬,平均相對(duì)豐度分別為37.93%、19.87%、13.7%、9.31%、7.06%、5.64%和4.13%;樣品LC的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌屬分別為假單胞菌屬、魏斯氏菌屬、不動(dòng)桿菌屬、乳桿菌屬、透明顫菌屬、明串珠菌屬、依格納季氏菌屬、馬闊里類芽孢桿菌屬和沙雷氏菌屬,平均相對(duì)豐度分別為62.05%、13.45%、7.53%、6.14%、3.08%、2.21%、1.55%、1.50%和1.04%;樣品LD的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌屬分別為假單胞菌屬、不動(dòng)桿菌屬、魏斯氏菌屬、透明顫菌屬、明串珠菌屬、乳桿菌屬、鞘氨醇桿菌屬、哈夫尼菌屬和庫(kù)特氏菌屬,平均相對(duì)豐度分別為59.12%、15.57%、12.45%、5.16%、4.27%、3.28%、1.91%、1.50%和1.03%。在4種豆腐乳樣品中共有優(yōu)勢(shì)細(xì)菌屬為假單胞菌屬、乳桿菌屬、透明顫菌屬、魏斯氏菌屬、不動(dòng)桿菌屬和明串珠菌屬。其中假單胞菌屬是微生物的重要類群,也是分布最廣的微生物之一,為革蘭氏陰性、無(wú)芽孢、需氧、直或稍彎曲桿狀[22],其易分解蛋白質(zhì),在蛋白質(zhì)含量較高的肉類、大豆和奶類制品常受到假單胞菌的污染,是造成食品腐敗的常見(jiàn)菌屬[23-24],且在市售及家庭小作坊自然發(fā)酵的豆腐乳中的相對(duì)豐度較高,表明易受該細(xì)菌的污染造成豆腐乳的腐敗和變質(zhì)。

        由圖4b可知,從4種豆腐乳樣品中共得到19個(gè)優(yōu)勢(shì)真菌屬,分別為酵母屬(Saccharomyces)、曲霉屬(Aspergillus)、德巴利氏酵母屬(Debaryomyces)、短梗霉屬(Aureobasidium)、鐮刀菌屬(Fusarium)、毛霉屬(Mucor)、畢赤酵母屬(Pichia)、假絲酵母屬(Candida)、青霉菌(Penicillifer)、有孢圓酵母屬(Torulaspora)、絲孢畢赤氏酵母屬(Hyphopichia)、被孢霉屬(Mortierella)、枝孢屬(Cladophialophora)、毛孢子菌屬(Trichosporon)、雙生子囊屬(Dipodascus)、乳香菌屬(Talaromyces)、東方伊薩酵母菌屬(Issatchenkia)、柯達(dá)酵母菌屬(Kodamaea)、球囊菌屬(Plectosphaerella)。在樣品LA中的優(yōu)勢(shì)真菌屬為酵母屬、毛霉屬、曲霉屬、德巴利氏酵母屬、有孢圓酵母屬和被孢霉屬,平均相對(duì)豐度分別為44.42%、20.87%、5.73%、7.86%、5.56%和5.22%;樣品LB中的優(yōu)勢(shì)真菌屬為德巴利氏酵母屬、酵母屬、曲霉屬、短梗霉屬、青霉屬、畢赤酵母屬、假絲酵母屬、絲孢畢赤氏酵母屬和有孢圓酵母屬,平均相對(duì)豐度分別為31.23%、17.13%、14.92%、9.66%、7.14%、4.29%、4.12%、3.82%和2.93%;樣品LC中的優(yōu)勢(shì)真菌屬為曲霉屬、短梗霉屬、酵母屬、鐮刀菌屬、畢赤酵母屬、假絲酵母屬、有孢圓酵母屬、德巴利氏酵母屬、絲孢畢赤氏酵母屬、東方伊薩酵母菌屬、雙生子囊屬、柯達(dá)酵母菌屬和球囊菌屬,平均相對(duì)豐度分別為25.43%、14.94%、8.09%、7.36%、6.22%、6.02%、4.52%、4.49%、4.02%、2.69%、1.97%、1.81和1.68;樣品LD中的優(yōu)勢(shì)真菌屬為曲霉屬、鐮刀菌屬、短梗霉屬、畢赤酵母屬、酵母屬、青霉屬、德巴利氏酵母屬、假絲酵母屬、支孢屬、有孢圓酵母屬、被孢霉屬、毛孢子菌屬和乳香菌屬,平均相對(duì)豐度分別為29.28%、17.41%、9.43%、7.18%、6.92%、6.16%、5.25%、4.69%、3.73%、3.31%、1.63%、1.27%和1.15%。在4種豆腐乳樣品中共有優(yōu)勢(shì)真菌屬為曲霉屬、曲霉屬、德巴利氏酵母屬、短梗霉屬、假絲酵母屬和有孢圓酵母屬。由此可以看出,豆腐乳真菌菌群以酵母菌為主。酵母菌是發(fā)酵食品中的優(yōu)良發(fā)酵劑[25],不僅增加發(fā)酵食品的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值還賦予其獨(dú)特的風(fēng)味口感[26]。

        2.5 基于屬水平不同豆腐乳樣品間微生物群落主成分分析結(jié)果

        基于屬水平,不同豆腐乳樣品間的微生物群落主成分分析結(jié)果(principal component analysis,PCA)見(jiàn)圖5。由圖5a可知,樣品LA與LD相距較遠(yuǎn),說(shuō)明這兩種樣品間的細(xì)菌菌群多樣性差異較大,樣品LA與LB主要集中在第三象限,表明這兩種樣品中的細(xì)菌菌落有一定的相似性,樣品LC與其他3個(gè)樣品相距較遠(yuǎn),細(xì)菌菌群結(jié)構(gòu)差異較大。由圖5b可知,樣品LA主要集中在第四象限,與其他3個(gè)樣品分布距離較大,這可能是因?yàn)闃悠稬A主要以純種毛霉發(fā)酵而成。樣品LC和LD主要集中在第一象限,表明這兩個(gè)樣品真菌菌群多樣性差異較小,樣品LB集中在第三象限,與其他3個(gè)樣品相距較遠(yuǎn)。真菌菌群結(jié)構(gòu)差異較大,這可能是因?yàn)樯a(chǎn)環(huán)境中微生物種類復(fù)雜,溫度及濕度等參數(shù)不固定導(dǎo)致樣品間微生物種類及豐度有所差異[27]。綜上,可以看出純種發(fā)酵豆腐乳與其他自然發(fā)酵豆腐乳的微生物群落差異性較大。

        圖5 基于細(xì)菌(a)和真菌(b)屬水平不同豆腐乳樣品的主成分分析結(jié)果Fig.5 Principal component analysis results of different sufu samples based on bacteria (a) and fungi (b) at genus level

        3 結(jié)論

        本研究基于高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)4種豆腐乳樣品中微生物菌群多樣性進(jìn)行較為全面的分析。結(jié)果表明,4種豆腐乳樣品中的微生物多樣性及豐度存在一定的差異,在門(mén)水平上,共有優(yōu)勢(shì)細(xì)菌門(mén)(平均相對(duì)豐度>1%)為變形菌門(mén)、厚壁菌門(mén)、擬桿菌門(mén);優(yōu)勢(shì)真菌門(mén)為子囊菌門(mén)、毛霉菌門(mén)和擔(dān)子菌門(mén);在屬水平,優(yōu)勢(shì)細(xì)菌屬為假單胞菌屬、乳桿菌屬、透明顫菌屬、魏斯氏菌屬、不動(dòng)桿菌屬和明串珠菌屬;優(yōu)勢(shì)真菌屬為曲霉屬、曲霉屬、德巴利氏酵母屬、短梗霉屬、假絲酵母屬和有孢圓酵母屬。這些共有優(yōu)勢(shì)菌影響著豆腐乳發(fā)酵體系風(fēng)味物質(zhì)的生成和產(chǎn)品品質(zhì)。利用高通量測(cè)序技術(shù)分析純種發(fā)酵和自然發(fā)酵豆腐乳中微生物組成及相對(duì)豐度,為發(fā)酵豆腐乳產(chǎn)品的微生物結(jié)構(gòu)提供了一定的理論依據(jù)。

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