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        miR-196b-5p 在食管鱗癌癌組織中的表達及作用機制

        2021-02-28 06:44:30尹周亮張波張健徐建峰
        浙江醫(yī)學(xué) 2021年3期
        關(guān)鍵詞:鱗癌食管癌標志物

        尹周亮 張波 張健 徐建峰

        食管癌是世界第六大常見惡性腫瘤,也是癌癥相關(guān)死亡的第四大常見原因[1],其中超過90%為食管鱗狀細胞癌[2-3]。目前食管癌患者的預(yù)后仍不理想,中位生存時間僅為1.5 年,5 年生存率不到10%[4]。尋找食管癌的生物標志物和開發(fā)新的基因治療,對降低食管癌患者死亡率具有重要意義。miRNA 作為一種轉(zhuǎn)錄后調(diào)控因子,可通過特異性結(jié)合靶mRNA 減少mRNA 翻譯或降低靶mRNA 表達[5-7]。目前,miRNA 已被證實在腫瘤中存在差異表達,且參與腫瘤細胞的增殖、遷移和侵襲。研究發(fā)現(xiàn),miR-196b-5p 參與某些腫瘤的發(fā)生、發(fā)展,或可作為腫瘤生物標志物[8-9]。Shao 等[9]發(fā)現(xiàn)miR-196b-5p 在胃癌組織中高表達,且調(diào)控胃癌細胞的增殖和侵襲。另一研究顯示,在胃癌患者的血清中,miR-196b-5p 同樣存在高表達,且對胃癌診斷及預(yù)測淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移均具有一定的價值[10]。然而,目前關(guān)于miR-196b-5p 與食管癌的關(guān)系鮮有報道?;诖耍狙芯刻接憁iR-196b-5p 在食管鱗癌癌組織中的表達情況,評估m(xù)iR-196b-5p 作為食管鱗癌潛在生物標志物的可能性,并進一步分析其作用機制,以期為miR-196b-5p 作為食管鱗癌生物標志物和治療靶點提供理論支持。

        1 對象和方法

        1.1 對象 收集2015 至2019 年浙江省臺州醫(yī)院收治的病理學(xué)檢查確診為食管鱗癌的24 例患者的癌組織及相應(yīng)癌旁(距離腫瘤≥2 cm)正常組織標本,組織標本均由中心實驗室規(guī)范保存。24 例食管鱗癌組織標本中男19 例,女5 例;年齡<60 歲17 例,≥60 歲7例;腫瘤位置:食管近段~中段15 例,遠段9 例;T 分期:T1~2期12 例,T3~4期12 例;N 分期:N0期14 例,Nx期10 例。本研究經(jīng)醫(yī)院醫(yī)學(xué)倫理委員會審批通過。

        1.2 組織標本miR-196b-5p 表達水平檢測 采用qRT-PCR 法。取適量的組織放入無酶EP 管后上機研磨,在研磨后的組織中加入1 ml Trizol(美國賽默飛公司),嚴格按照反轉(zhuǎn)錄試劑盒(美國賽默飛公司)說明書要求提取總RNA。將2×Master Mix、50×ROX Reference Dye、引物(上海生物工程公司)、模板完全溶解,依照PCR 試劑(上海吉瑪公司)說明書配制反應(yīng)體系,設(shè)置3 個復(fù)孔進行PCR 擴增,結(jié)果采用2-ΔΔCt法進行相對定量分析。所有miRNA 表達數(shù)據(jù)采用log5(x)進行標準化處理。miR-196b-5p 上游引物:3'-TAGGTAGTTTCCTGTTGTTGGG-5',下游引物:3'-GCGAGCACAGAATTAATACGAC-5';內(nèi)參U6 上游引物:3'-CTCGCTTCGGCAGCACA-5',下游引物:3'-AACGCTTCACGAATTTGCGT-5'。

        1.3 癌癥基因組圖譜(the cancer genome atlas,TCGA)和基因表達匯編(gene expression omnibus,GEO)數(shù)據(jù)驗證 從TCGA 數(shù)據(jù)庫(https://cancergenome.nih.gov/)中下載食管鱗癌高通量基因測序數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)集,共95 例食管鱗癌癌組織和13 例癌旁正常組織的miRNA 表達數(shù)據(jù)納入本研究。所有miRNA 表達數(shù)據(jù)采用log2(x)進行標準化處理。從GEO 數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中下載GSE43732 數(shù)據(jù)集,共115 例食管鱗癌組織和45 例癌旁正常組織的miRNA表達數(shù)據(jù)納入本研究。所有miRNA 表達數(shù)據(jù)采用2n進行標準化處理。以上所有數(shù)據(jù)均來自有效信息,不包括遺失的數(shù)據(jù)。

        1.4 患者分組定義 基于24 例食管鱗癌患者的miRNA 數(shù)據(jù),定義癌組織中miR-196b-5p 表達水平高于截斷值的患者為高表達患者,反之定義為低表達患者,以進行后續(xù)生存分析。另基于TCGA 完整的RNA、miRNA 和臨床數(shù)據(jù),按食管鱗癌癌組織中miR-196b-5p 表達水平從低到高對食管鱗癌患者進行排序,定義前1/3 患者為miR-196b-5p 低表達患者,后1/3 患者為miR-196b-5p 高表達患者,以進行后續(xù)差異基因的富集分析。

        1.5 京都基因與基因組百科全書(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG) 富集分析 利用R 包“l(fā)imma”對miR-196b-5p 高表達和低表達患者進行差異基因篩選,設(shè)置閾值log 倍數(shù)變化(fold change,F(xiàn)C)>0.5 且錯誤發(fā)現(xiàn)率(false discovery rate,F(xiàn)DR)<0.1。利用DAVID 在線生物信息分析軟件(https://david.ncifcrf.gov/)對miR-196b-5p 相關(guān)差異基因進行KEGG通路分析,P<0.05 被認為富集顯著。

        1.6 統(tǒng)計學(xué)處理 采用SPSS 20.0 統(tǒng)計軟件。符合正態(tài)分布的計量資料以表示,組間比較采用兩獨立樣本t 檢驗;不符合正態(tài)分布的計量資料以M(P25,P75)表示,組間比較采用Mann-Whitney U 檢驗。采用GraphPad 軟件繪制ROC 曲線;生存分析的最佳截斷值來自X-tile 軟件[11]分析結(jié)果;通過Kaplan-Meier 法繪制生存曲線,預(yù)后比較采用log-rank 檢驗。P<0.05 為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 食管鱗癌患者癌組織與癌旁正常組織miR-196b-5p 表達水平比較 qRT-PCR 檢測結(jié)果、TCGA數(shù)據(jù)庫和GEO 數(shù)據(jù)庫中食管鱗癌患者癌組織miR-196b-5p 表達水平均明顯高于癌旁正常組織,差異均有統(tǒng)計學(xué)意義(均P<0.01),見表1。

        2.2 miR-196b-5p 診斷食管鱗癌的效能 根據(jù)本研究24 例食管鱗癌癌組織標本qRT-PCR 檢測結(jié)果計算,miR-196b-5p 水平診斷食管鱗癌的靈敏度為0.79,特異度為0.92,最佳截斷值為1.542,AUC 為0.891(95%CI:0.767~0.962)(P<0.01);根據(jù)TCGA 數(shù)據(jù)計算,靈敏度為0.86,特異度為0.85,最佳截斷值為5.310,AUC 為0.832(95%CI:0.748~0.897)(P<0.01);根據(jù)GEO 數(shù)據(jù)計算,靈敏度為0.89,特異度為0.96,最佳截斷值為0.012,AUC 為0.946(95%CI:0.900~0.975)(P<0.01),見圖1。

        2.3 不同臨床特征食管鱗癌患者癌組織中miR-196b-5p 表達水平比較 本研究24 例食管鱗癌患者中,T3~4期患者癌組織中miR-196b-5p 表達水平高于T1~2期患者,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.05);但不同性別、年齡、腫瘤位置和N 分期患者癌組織miR-196b-5p表達水平比較差異均無統(tǒng)計學(xué)意義(均P >0.05),見表2。

        2.4 食管鱗癌癌組織miR-196b-5p 高表達與低表達患者生存情況比較 X-tile 軟件顯示進行生存分析時miR-196b-5p 表達水平的最佳截斷值為1.898。本研究24 例食管鱗癌患者中,13 例miR-196b-5p 低表達(≤1.898)患者3 年生存率為55.3%,明顯高于11 例miR-196b-5p 高表達(>1.898)患者的0.0%,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=4.412,P=0.036),見圖2。

        2.5 KEGG 富集分析miR-196b-5p 在食管鱗癌中的信號通路 通過R 包“l(fā)imma”共篩選出173 個差異基因,對這些差異基因進行KEGG 富集分析顯示,差異基因顯著富集于有絲分裂原活化蛋白激酶(MAPK)、Wnt、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)等多條通路(均P<0.05)。前10 項通路富集見表3。

        3 討論

        食管癌患者無論是局部轉(zhuǎn)移還是遠處轉(zhuǎn)移,其預(yù)后通常較差。因此,早期篩選食管癌患者并進行有效的治療對于預(yù)后具有重要意義。本研究中,筆者探討了miR-196b-5p 在食管鱗癌癌組織中的表達情況,并進一步分析其可能參與的信號通路。

        本研究結(jié)果顯示,miR-196b-5p 與食管鱗癌的發(fā)生關(guān)系密切。與癌旁正常組織相比,食管鱗癌患者癌組織中miR-196b-5p 表達水平明顯上調(diào),ROC 曲線分析結(jié)果顯示miR-196b-5p 預(yù)測食管鱗癌的AUC 值為0.891,具備較高的靈敏度和特異度。這一結(jié)論得到TCGA 和GEO 數(shù)據(jù)分析結(jié)果的支持。同時,本研究結(jié)果還顯示T3~4期食管鱗癌患者癌組織中miR-196b-5p 表達水平高于T1~2期患者,提示miR-196b-5p 與食管鱗癌進展有關(guān)。生存分析結(jié)果顯示食管鱗癌癌組織中miR-196b-5p 高表達患者的預(yù)后較低表達患者差。另外,本研究顯示miR-196b-5p 可能通過參與MAPK、Wnt、PI3K/Akt 等多條信號通路的調(diào)控,從而影響食管鱗癌的發(fā)生和發(fā)展。

        表1 食管鱗癌患者癌組織與癌旁正常組織miR-196b-5p 表達水平比較

        圖1 miR-196b-5p 診斷食管鱗癌的ROC 曲線(TCGA 為癌癥基因組圖譜;GEO 為基因表達匯編)

        表2 不同臨床特征食管鱗癌患者癌組織miR-196b-5p 表達水平比較

        圖2 食管鱗癌組織miR-196b-5p 高表達與低表達患者生存曲線比較

        表3 前10 項KEGG 通路富集結(jié)果

        研究顯示miR-196b-5p 在胃癌[9]、結(jié)直腸癌[8]、非小細胞癌[12]和乳腺癌[13]等多種腫瘤中表達失調(diào)。已有研究表明,miR-196b-5p 在胃癌患者癌組織和外周血清中均顯著上調(diào),可作為胃癌診斷的潛在生物標志物和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的預(yù)測因子,具有重要的臨床價值[9-10]。與此同時,Ren 等[8]和Xu 等[14]發(fā)現(xiàn)miR-196b-5p 在結(jié)直腸癌患者癌組織和外周血清中均存在高表達,在結(jié)直腸癌診斷中具有一定的臨床價值,且高表達的miR-196b-5p 與淋巴結(jié)浸潤、分化程度及淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移有關(guān)。上述研究顯示,miR-196b-5p 可作為某些特定腫瘤診斷的潛在生物標志物。

        研究發(fā)現(xiàn)miR-196b-5p 可通過調(diào)節(jié)靶基因從而調(diào)控胃癌[9]、結(jié)直腸癌[15]、口腔癌[16]等多種腫瘤細胞的遷移和侵襲。盡管如此,miR-196b-5p 對信號通路的調(diào)控作用卻鮮有研究。Li 等[17]研究表明,miR-196b-5p 可通過PI3K/Akt/哺乳動物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信號通路調(diào)控胃癌細胞的增殖和侵襲。PI3K/Akt 信號通路在過去被發(fā)現(xiàn)參與包括食管鱗癌在內(nèi)的多種腫瘤細胞的凋亡、增殖和轉(zhuǎn)移[18-19]。筆者過去的一項研究表明,miR-30b-5p 可通過PI3K/Akt 信號通路調(diào)控食管鱗癌細胞的遷移和侵襲[20]。另外,MAPK 和Wnt 等信號通路也被證實與食管鱗癌關(guān)系密切[21-22]。

        綜上所述,miR-196b-5p 在食管鱗癌的發(fā)生中起著重要作用。食管鱗癌癌組織中miR-196b-5p 表達水平明顯高于癌旁正常組織,或可作為食管鱗癌篩選的潛在生物標志物。miR-196b-5p 可能通過參與調(diào)控多條信號通路,在食管鱗癌發(fā)生中起致癌作用。本研究也存在一些不足,如缺少食管鱗癌患者外周血的檢測以進一步明確miR-196b-5p 作為篩選因子的潛能;信號通路方面仍需細胞、動物實驗進一步驗證。

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