徐冬冬,王韻,楊慧凌,杜冰
川北醫(yī)學(xué)院法醫(yī)學(xué)系,四川 南充637000
因需要辦理孩子戶口,蔣某(男)要求與孩子(男)進(jìn)行親子鑒定。本鑒定機(jī)構(gòu)分別采取了被檢父與孩子的指尖血作為本次鑒定的樣本。
采用Chelex-100 法提取血樣DNA,分別使用PowerPlex?Fusion System(美國Promega 公司)、AGCU EX22 熒光檢測試劑盒和AGCU Database Y24 熒光檢測試劑盒(無錫中德美聯(lián)生物技術(shù)有限公司),在9700型PCR 儀(美國Applied Biosystems 公司)上進(jìn)行復(fù)合擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物使用3500 基因分析儀(美國Applied Biosystems 公司)進(jìn)行毛細(xì)管電泳,使用GeneMapperTMID-Xv1.4 軟件(美國Applied Biosystems 公司)進(jìn)行STR 分型。
1.3.1 常染色體STR 基因座分型結(jié)果
經(jīng)PowerPlex?Fusion System 檢測,結(jié)果顯示,孩子各基因座的等位基因均能從被檢父的基因型中找到來源,符合孟德爾遺傳規(guī)律。在Penta D基因座,被檢父的基因型為“8/9”,孩子的基因型為“8/9/13”,且3 個等位基因的相對熒光單位(relative fluorescence unit,RFU)比例接近1∶1∶1(圖1)。改用AGCU EX22熒光檢測試劑盒檢測,結(jié)果顯示,21 個STR 基因座全部符合孟德爾遺傳規(guī)律,而且與PowerPlex?Fusion System 共同的20 個STR 基因座(含Penta D基因座)分型一致。
圖1 PowerPlex? Fusion System 中Penta D 的分型結(jié)果Fig.1 Genotyping results of PowerPlex? Fusion System at Penta D locus
經(jīng)兩個試劑盒檢測后,共檢出23 個常染色體STR基因座。參照文獻(xiàn)[1],Penta D基因座的父權(quán)指數(shù)(paternity index,PI)取值為1.000 0。按照《親權(quán)鑒定技術(shù)規(guī)范》(GB/T 37223—2018)計算除Penta D外各STR 基因座的PI 值,計算累積父權(quán)指數(shù)(combined paternity index,CPI)為14 776 088.223 5(大于10 000),支持認(rèn)定兩者為父子關(guān)系?;蜃中徒Y(jié)果及PI 值見表1(計算所需的等位基因頻率來自本實驗室)。
表1 23 個常染色體STR 基因座的分型結(jié)果及PI值Tab.1 Genotyping results and PI values of 23 autosomal STR loci
1.3.2 Y-STR 基因座分型結(jié)果
為進(jìn)一步明確被檢父與孩子是否來自同一父系,使用AGCU Database Y24 熒光檢測試劑盒檢測被檢父與孩子24 個Y-STR 基因座的分型。結(jié)果顯示,孩子Y-STR 基因座的分型結(jié)果與被檢父一致,支持兩者來自同一父系。
正常情況下,人類常染色體上單個STR 基因座的分型圖譜最多只有2 個檢出峰。在某些特殊情況下(如唐氏綜合征,又稱21 三體綜合征),特定STR 基因座的分型圖譜表現(xiàn)為3個檢出峰,且檢測結(jié)果可重復(fù),這一現(xiàn)象被稱為三等位基因或三帶型[2]。CLAYTON等[3]根據(jù)RFU 把三等位基因分為兩類:TypeⅠ型和TypeⅡ型。TypeⅠ型較常見,表現(xiàn)為3個等位基因峰的RFU 不均衡,典型特征是其中2 個等位基因峰的RFU之和約等于另1 個等位基因峰;TypeⅡ型表現(xiàn)為3 個等位基因峰的RFU 均衡,比例接近1∶1∶1。PICAN?O等[4]建議將TypeⅡ型再分為3 個亞型:TypeⅡ-A 型即Clayton 等定義的TypeⅡ型;TypeⅡ-B 型表現(xiàn)為2 個等位基因峰,RFU 比例接近1∶2;TypeⅡ-C 型表現(xiàn)為1 個等位基因峰,RFU 為鄰近正常雜合子等位基因峰的3 倍。目前關(guān)于三等位基因的產(chǎn)生機(jī)制尚不明確,可能有[5]:(1)同源染色體不分離引起的染色體異常,如唐氏綜合征,此種情況下位于該染色體上的STR(如D21S11和Penta D)通常均表現(xiàn)為三等位基因[6]。(2)同源染色體局部不等交換,使交換后的同源染色單體中的一條出現(xiàn)染色體局部結(jié)構(gòu)的缺失,另一條出現(xiàn)染色體局部結(jié)構(gòu)的插入。這種染色體的局部改變傳遞給子代時,子代可能表現(xiàn)為三等位基因。(3)多種原因(如異卵雙胞胎發(fā)育期間的血液交換、移植或腫瘤)形成的基因嵌合體,可表現(xiàn)為多個STR 基因座出現(xiàn)三等位基因或四等位基因[7]。其中同源染色體局部不等交換是三等位基因發(fā)生的主要機(jī)制。
本例中,首先采用PowerPlex?Fusion System 檢測,發(fā)現(xiàn)孩子在Penta D基因座上3 個等位基因峰的RFU比例約為1∶1∶1,疑似三等位基因。為排除可能存在污染或者其他非特異峰的情況,又采用AGCU EX22熒光檢測試劑盒進(jìn)行了驗證,結(jié)果該基因座仍為均衡的3 個檢出峰,即TypeⅡ-A 型三等位基因。通過對常染色體STR基因座分型結(jié)果進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)與Penta D位于同一染色體上的D21S11基因座在被檢父與孩子中均為正常二等位基因,推測本例Penta D三等位基因的發(fā)生可能與同源染色體局部不等交換有關(guān)。查詢STR 數(shù)據(jù)庫(https://strbase.nist.gov/),截至2021 年12 月共收錄Penta D三等位基因17 種,本例中的三等位基因(8/9/13)未被收錄。
親子鑒定中出現(xiàn)疑似三等位基因時,首先應(yīng)通過其他試劑盒重復(fù)檢測來排除引物序列的非特異性擴(kuò)增、試劑或樣本污染以及電滲等原因的干擾;其次,結(jié)合案情排除基因嵌合體情況;第三,增加性染色體基因座檢測,明確被鑒定人是否來自同一父系或母系,有助于排除或認(rèn)定親緣關(guān)系。