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        2009—2018年遼寧省急性弛緩性麻痹監(jiān)測(cè)中腸道病毒A組71型VP1區(qū)基因特征分析

        2021-02-25 01:58:14任麗萍邵玉平陳濤王艷方興韓悅姚文清
        關(guān)鍵詞:進(jìn)化樹腸道病毒核苷酸

        任麗萍,邵玉平,陳濤,王艷,方興,韓悅,姚文清

        遼寧省疾病預(yù)防控制中心,遼寧 沈陽(yáng) 110005

        急性弛緩性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例定義為所有15歲以下出現(xiàn)AFP癥狀的病例及任何年齡臨床診斷為脊髓灰質(zhì)炎的病例均作為AFP病例。引起兒童AFP的病原除脊髓灰質(zhì)炎病毒外,還包括腸道病毒A組71型(EV-A71)、柯薩奇病毒、??刹《镜确羌顾杌屹|(zhì)炎腸道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)[1]。EV-A71 屬小核糖核酸病毒科(Picornaviridae)腸道病毒屬(Enterovirus)A 組腸道病毒[2],該病毒除引起AFP外,還可引起手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)、皰疹性咽峽炎、無(wú)菌性腦膜炎等[2]。近年來(lái)EV-A71多與手足口病的暴發(fā)相關(guān),是引起手足口重癥病例的病毒類型[3]。至2015年,EV-A71被分為7個(gè)基因型(A~G)和14個(gè)基因亞型[3-5],其中,中國(guó)內(nèi)地的C4基因亞型分為C4a及C4b 2個(gè)進(jìn)化分支[4-5]。

        本文對(duì)2009—2018年遼寧省AFP病例中EVA71分離株進(jìn)行VP1基因特征分析,旨在為遼寧省AFP監(jiān)測(cè)提供病原學(xué)依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 標(biāo)本 病例來(lái)自2009—2018年遼寧省AFP監(jiān)測(cè)系統(tǒng),14 d內(nèi)的麻痹病例雙份糞便標(biāo)本由縣區(qū)疾控中心采集,7 d內(nèi)送至遼寧省疾控中心脊灰實(shí)驗(yàn)室,-20℃保存。

        1.2 細(xì)胞及毒株 橫紋肌肉瘤RD細(xì)胞及轉(zhuǎn)脊灰病毒受體的小鼠肺L20B細(xì)胞均由中國(guó)疾病預(yù)防控制中心病毒病所脊灰實(shí)驗(yàn)室提供;EV-A71原型株(U22521_BrCr/1970/A)及EV-A71 C4亞型的C4a分支(FJ469153_BJ/CHN/2008/C4a)均從GenBank下載。

        1.3 主要試劑及儀器 QIAGEN RNeasy Mini Kit試劑盒、One Step RT-PCR Kit試劑盒及QIAquick Gel Extraction Kit膠純化試劑盒均購(gòu)自德國(guó)QIAGEN公司;Big Dye Terminator V3.0 Cycle Sequencing kit試劑盒及ABI3100測(cè)序儀均購(gòu)自美國(guó)ABI公司。

        1.4 病毒分離 根據(jù)WHO《脊髓灰質(zhì)炎實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)》[1]及補(bǔ)充資料,用L20B細(xì)胞及RD細(xì)胞對(duì)糞便標(biāo)本進(jìn)行病毒分離,RD細(xì)胞呈陽(yáng)性而L20B細(xì)胞呈陰性的為NPEV。

        1.5 RT-PCR擴(kuò)增 用QIAGEN RNeasy Mini Kit試劑盒提取病毒RNA。引物為EV-A71特異性引物2386S 及 011[6],上游引物 2386S:5′-CTATGAAGTTGTGTAAGGAT-3′;下游引物 011:5′-GCICCIGZYTGITGICCRAA-3′。用 QIAGEN One Step RT-PCR Kit試劑盒進(jìn)行擴(kuò)增。反應(yīng)條件:42℃逆轉(zhuǎn)錄45 min,94 ℃ 3 min;94℃變性30 s,50℃退火25 s,72℃延伸1 min,共35個(gè)循環(huán);72℃ 10 min。

        1.6 序列測(cè)定 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物用QIAquick Gel Extraction Kit膠純化試劑盒純化,用Big Dye Terminator V3.0 Cycle Sequencing kit試劑盒進(jìn)行標(biāo)記,ABI3100測(cè)序儀進(jìn)行序列測(cè)定。

        1.7 序列分析 使用BioEdit7.0.9.0軟件對(duì)獲得的EV-A71分離株與EV-A71原型株及C4亞型的C4a分支的VP1區(qū)進(jìn)行核苷酸和氨基酸序列同源性分析。

        1.8 基因進(jìn)化樹的構(gòu)建及分析 根據(jù)序列分析獲得的EV-A71分離株VP1編碼區(qū)全長(zhǎng),從GenBank下載EV-A71各基因型及亞型代表株的核苷酸序列,以柯薩奇病毒A組16型(CVA16)原型株G-10為組外對(duì)照,用Neighbor-Joining方法構(gòu)建所獲分離株與EV-A71各基因型及亞型代表株的進(jìn)化樹,并用MEGA 4.0軟件分析。

        2 結(jié)果

        2.1 病毒分離 2009—2018年遼寧省共檢測(cè)1 044份AFP標(biāo)本,99份標(biāo)本中分離出NPEV,其中從11份標(biāo)本中分離到EV-A71。11株分離株分別為EV7109-1/LN/CHN/2009、EV7112-1/LN/CHN/2012、EV7113-1/LN/CHN/2013、EV7113-2/LN/CHN/2013、EV7113-3/LN/CHN/2013、EV7114-1/LN/CHN/2014、EV7114-2/LN/CHN/2014、EV7114-3/LN/CHN/2014、EV7114-4/LN/CHN/2014、EV7114-5/LN/CHN/2014 及 EV7114-6/LN/CHN/2014。11株EV-A71分離株VP1區(qū)核酸擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳分析,均可見1 023 bp的目的條帶,大小與預(yù)期均一致,見圖1。

        圖1 11株EV-A71分離株VP1區(qū)核酸擴(kuò)增電泳圖Fig.1 Electrophoretic profile of PCR product of VP1 region of 11 EV-A71 isolates

        2.2 同源性分析 EV-A71基因組全長(zhǎng)7 408個(gè)核苷酸(BrCr/CA-70,U22521),VP1 編碼區(qū)全長(zhǎng) 891個(gè)核苷酸(2 439~3 329核苷酸)。11株分離株VP1區(qū)與C4亞型的C4a分支核苷酸同源性為96.5%~98.3%,氨基酸同源性為98.6%~99.3%;與EV-A71原型株核苷酸同源性為81.1%~82.2%,氨基酸同源性為93.6% ~94.7%;11株EV-A71 VP1區(qū)之間核苷酸及氨基酸同源性均較高,分別為95.5%~100%和98.6% ~100%。見表1。

        表1 11株EV-A71、EV-A71原型株及EV-A71 C4亞型的C4a分支的VP1區(qū)核苷酸和氨基酸同源性分析(%)Tab.1 Homologies of nucleotides and amino acids of VP1 regions of 11 EV-A71 isolates,EV-A71 prototype strains and clade C4a of EV-A71 subtype C4(%)

        2.3 基因進(jìn)化樹分析 結(jié)果顯示,遼寧省11株EVA71分離株與C4亞型的C4a分支處于同一支;11株分離株為密切相關(guān)的一簇,來(lái)源于同一傳播鏈。其中遼寧省2009年分離株與山東2009年毒株相似性較高;遼寧省2012年分離株與福建2011年毒株相似性較高;遼寧省2013年的3株分離株分為2小簇,分別與浙江省和泰國(guó)的毒株相似;遼寧省2014年的6株分離株分為3小簇,分別與湖北、安徽、泰國(guó)的毒株相似性較高。見圖2。

        圖2 遼寧省AFP病例中EV-A71分離株VP1區(qū)基因進(jìn)化樹Fig.2 Phylogenetic tree based on VP1 regions of EV-A71 isolates from patients with AFP in Liaoning Province

        3 討論

        EV-A71為A組腸道病毒的一個(gè)血清型,能引起兒童AFP,也是引起HFMD和皰疹性咽頰炎最常見的病毒[7-8]。根據(jù)腸道病毒劃分原則,VP1基因同源性≥85%,EV-A71被分為A~G 7個(gè)基因型,B及C基因型是全球分布最廣泛的基因型別。A基因型僅有EV-A71的原型株(BrCr株),1969年于美國(guó)發(fā)現(xiàn);B、C基因型又分為B1~5、C1~5亞型,B及C基因型流行于歐美、亞太地區(qū)[9-11]。亞太地區(qū)流行的基因型2000年以前以B3、B4、C2為主,之后向B5、C3、C4基因型進(jìn)化,近幾年則以B5、C4基因型為主,C2基因型僅在日本流行[5]。印度在對(duì)本土HFMD及AFP病例中NPEV的回顧性研究中劃分了D基因型,并鑒定了G基因型[7]。對(duì)非洲部分國(guó)家EVA71流行株的分析中,鑒定了E及F基因型[12]。中國(guó)將C4基因亞型劃分為C4a和C4b兩個(gè)進(jìn)化分支;1998—2004年,以C4b流行為主,2005—2006年發(fā)生了C4a及C4b的共流行,2007年后C4a成為中國(guó)內(nèi)地EV-A71絕對(duì)優(yōu)勢(shì)流行株[11,13-14]。

        遼寧省此11例EV-A71相關(guān)的AFP病例中,臨床診斷為病毒感染2例,感染性肌炎、急性播散性腦脊髓炎、胯關(guān)節(jié)滑膜炎、頸椎脊髓炎癥、肌肉運(yùn)動(dòng)障礙、腦脊髓炎、疑似腦炎、小腦共濟(jì)失調(diào)及非AFP各1例。分布時(shí)間上,2014年病例居多有6例,2013年有3例,2012年有1例,2009年有1例,2015—2017年未分離到EV-A71。本次分離的11株EVA71之間的核苷酸同源性較高,在95.5%以上;進(jìn)化樹分析也表明11個(gè)分離株為密切相關(guān)的一簇,同處于C4a進(jìn)化分支,來(lái)源于同一傳播鏈。

        EV-A71侵襲中樞神經(jīng)系統(tǒng)的途徑與脊髓灰質(zhì)炎病毒類似,可能涉及兩種途徑:血腦屏障傳播或通過(guò)外周神經(jīng)逆行軸突運(yùn)輸[15]。關(guān)于EV-A71感染引起的神經(jīng)系統(tǒng)并發(fā)癥機(jī)制研究較少,有研究報(bào)道,VP1蛋白97位亮氨酸變異為精氨酸(L97R)加強(qiáng)了EV-A71的神經(jīng)向性[16]。本文分離的11株EV-A71 VP1蛋白的97位亮氨酸未變異為精氨酸。NOISUMDAENG等[17]研究發(fā)現(xiàn),VP1 P710位置(VP1-145)由谷氨酸變?yōu)楣劝滨0罚拾彼幔彼釙r(shí),會(huì)提高EV-A71對(duì)人的神經(jīng)毒力,遼寧省11株分離株P(guān)710位置均為谷氨酸。本文主要對(duì)遼寧省EVA71分離株VP1區(qū)進(jìn)行序列分析,5′非編碼區(qū)序列毒力分析有待于進(jìn)一步研究。

        綜上所述,本文分析了遼寧省AFP病例中EVA71分離株VP1區(qū)基因特征,為AFP監(jiān)測(cè)提供了病原學(xué)依據(jù)。

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