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        基于環(huán)介導等溫擴增技術的生物傳感器研究進展

        2019-12-11 06:13:16林晟豪杜再慧張秀杰黃昆侖劉清亮許文濤
        生物技術進展 2019年6期
        關鍵詞:焦磷酸指示劑探針

        林晟豪,杜再慧,張秀杰,黃昆侖,3,劉清亮,許文濤,3*

        1.中國農(nóng)業(yè)大學食品科學與營養(yǎng)工程學院,北京 100083;2.農(nóng)業(yè)農(nóng)村部科技發(fā)展中心,北京 100122;3.中國農(nóng)業(yè)大學,農(nóng)業(yè)農(nóng)村部農(nóng)業(yè)轉(zhuǎn)基因生物安全評價(食用)重點實驗室,北京 100083;4.山東拜爾檢測股份有限公司,山東 濰坊 261061

        目前,核酸擴增技術在分子生物學研究領域中發(fā)揮著重要作用,具體可分為變溫擴增技術和等溫擴增技術。變溫擴增技術主要為PCR;等溫擴增技術則包括滾環(huán)擴增(rolling cycling amplification,RCA)、指數(shù)擴增反應(exponential amplification reaction,EXPAR)、鏈置換擴增(strand displacement amplification,SDA)、依賴解旋酶等溫擴增(helicase-dependent isothermal amplification,HDA)以及環(huán)介導等溫擴增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)等。變溫擴增技術對設備依賴性強,因此適用場合受到了一定的限制;而與之相比,等溫擴增技術只需在恒定溫度下即可完成,易于實現(xiàn)原位和實時檢測。

        等溫擴增技術中的HDA技術易受DNA解旋酶和靶DNA長度的影響,SDA技術和EXPAR技術受到限制性核酸內(nèi)切酶的限制,均難以在基因工程中推廣;RCA技術則因需要昂貴的鎖式探針而受到限制,并且存在信號檢測背景。而于2000年被日本榮研化學株式會的Notomi等[1]發(fā)現(xiàn)的LAMP技術,通過設計4~6種特異性引物識別靶標DNA的6~8個區(qū)域,在65 ℃左右的恒溫條件下由DNA聚合酶(Bst DNA polymerase)聚合延伸,從而可實現(xiàn)靶標DNA的109~1010倍擴增。相較于HDA、SDA、EXPAR和RCA等其他等溫擴增技術,LAMP沒有被上述因素所局限,是目前研究最多、最成熟的一種等溫擴增技術,具有簡單、快速、特異性強等優(yōu)點[2]。生物傳感器是以生物學組件作為主要功能性元件,能夠感受規(guī)定的被測量物質(zhì)并按照一定規(guī)律將其轉(zhuǎn)換成可識別信號的器件或裝置。根據(jù)生物傳感器的輸出信號可分為比色生物傳感器、熒光生物傳感器、電化學生物傳感器以及其他種類的生物傳感器。目前,基于LAMP技術的生物傳感器各具特色,被廣泛開發(fā)利用?;诖?,本文對LAMP進行了基本介紹,然后,重點介紹了基于LAMP的各類生物傳感器,并對各類生物傳感器的特點進行了總結(jié)、比較。最后,剖析了LAMP生物傳感器目前的不足,并對其未來的發(fā)展方向做出展望,以期為今后研發(fā)低成本、高靈敏度、自動化、微型化的LAMP生物傳感器提供參考。

        1 環(huán)介導等溫擴增技術

        LAMP技術是一種等溫擴增技術,其反應體系主要由模板、4~6種特異性引物、dNTPs、DNA聚合酶、Mg2+、甜菜堿(betaine)等組成。其中,特異性引物的設計是LAMP技術的關鍵,根據(jù)模板鏈的3′端的F3c區(qū)段、F2c區(qū)段、F1c區(qū)段和5′端的B3區(qū)段、B2區(qū)段、B1區(qū)段設計LAMP引物,具體位置如圖1所示。為了達到良好的擴增效果,引物設計還要遵循一定的設計原則[4],具體為:F2的5′到B2的5′為120~180 bp,F(xiàn)3的3′到F2的5′為0~20 bp,F(xiàn)2的5′到F1的5′為40~60 bp;F1c/B1c的Tm值在64~66 ℃,F(xiàn)2/B2的Tm值在59~61 ℃,F(xiàn)3/B3的Tm值在59~61 ℃;F2/B2、F3/B3的3′端和F1c/B1c的5′端的脫氧鳥嘌呤核苷(deoxyguanosine,dG)小于-16.72 kJ/mol;GC含量的范圍為40%~65%。同時,還可通過日本榮巖株式會社環(huán)介導引物設計軟件Primer Explorer 4.0(http://primerexplorer.jp/elamp4.0.0/index.html)來完成引物設計。此外,LAMP擴增體系中加入甜菜堿可以減少二級結(jié)構(gòu)的形成,更利于LAMP反應的進行。

        圖1 LAMP引物設計[3]Fig.1 Primer design of LAMP[3]

        LAMP通常在65 ℃左右進行,主要是由于基因組在65 ℃左右處于動態(tài)平衡狀態(tài),當DNA序列與引物配對后即可進行互補延伸,延伸的過程即可將基因組剝離得到另外一條單鏈[5-6],進而完成LAMP循環(huán)擴增。與其他擴增方法相比,LAMP方法具有以下幾個優(yōu)點。①擴增條件簡單,不需要進行雙鏈的變性,在恒定溫度下即可完成擴增[7]。②設計4~6條引物靶向6~8個區(qū)段,特異性較高[8]。③1 h內(nèi)即可實現(xiàn)靶標DNA 109~1010倍的擴增,如果在LAMP反應中加環(huán)引物,反應速度還可提高1/2~1/3[4]。④靈敏度高,檢測限可達10個拷貝甚至更少[9]。⑤檢測信號多樣、簡單,如電泳分析、焦磷酸鎂濁度分析[10]、比色指示劑顏色變化、熒光信號輸出等。⑥在體系中加入逆轉(zhuǎn)錄酶,可實現(xiàn)RNA的LAMP擴增[11]。但LAMP同時還具有以下幾個缺點。①引物設計具有一定的難度,易導致非特異性擴增,造成假陽性[12-13]。②反應靈敏度高,當空氣中存在氣溶膠污染時極易造成污染[14-15]。③擴增產(chǎn)物復雜多樣,導致目標DNA片段難于分離,難以進行下一步的序列分析。④擴增長度需要控制在300 bp以內(nèi),大于500 bp則難以擴增。

        2 LAMP比色生物傳感器

        2.1 基于比色指示劑的LAMP生物傳感器

        2.1.1金屬變色指示劑 常見的金屬變色指示劑有羥基萘酚藍(hydroxynaphthol blue,HNB)[16]和孔雀綠[17],其中使用和研究最多的是HNB。HNB與Mg2+結(jié)合顯示紫羅蘭色;當LAMP反應時,Mg2+與焦磷酸根結(jié)合生成沉淀,HNB失去Mg2+轉(zhuǎn)變?yōu)樘焖{色,變色現(xiàn)象肉眼可見[18]。如以HNB作為指示劑,檢測到了30 CFU/mL的大腸桿菌[16]。

        2.1.2金納米粒子 ①金納米球。在高鹽條件下,金納米球(gold nanoparticles,AuNPs)單獨存在時會發(fā)生鹽聚而顯示藍色,同時紫外(ultraviolet,UV)光譜從520 nm向更長波移動。在AuNPs上修飾具有靶DNA互補序列的寡合探針,當LAMP擴增后,LAMP擴增子與AuNPs探針互補雜交,從而阻止AuNPs聚集而顯紅色,該現(xiàn)象可以直接通過肉眼觀察,或者通過檢測UV光譜在520 nm處是否發(fā)生紅移,從而實現(xiàn)定量檢測。利用該原理,Suebsing等[19]針對白斑綜合征蝦中微孢子蟲腸球菌核糖體小亞基RNA(small subunit ribosomal RNA,SSU rRNA)基因進行檢測,結(jié)果表明檢出限達到0.02 fg,靈敏度是普通PCR的10倍。

        此外,在AuNPs表面修飾特定基團后,其可與焦磷酸鎂發(fā)生螯合,從而出現(xiàn)顯色或沉淀。如當11-巰基十一烷酸(11-mercaptoundecanoic acid,MUA)修飾在AuNPs上時,MUA-AuNPs可以螯合Mg2+,其在低Mg2+下游離并顯示紅色,在高Mg2+下螯合Mg2+并顯示紫色[20]。在LAMP反應中Mg2+濃度逐漸降低,加入MUA-AuNPs后,溶液顏色會發(fā)生從紫色到紅色的變化。Wong等[20]使用該方法檢測λDNA的特定模板,得到了200個拷貝的檢測限。在加入MUA-AuNPs的同時,加入乙二醇(ethylene glycol,PEG)修飾的AuNPs,可以螯合Mg2+使AuNPs聚集顯示紅色。這是由于LAMP反應體系中會生成大量焦磷酸鎂,與MUA/PEG-AuNPs結(jié)合生成紅色沉淀,該現(xiàn)象可以直接通過肉眼觀察,或者通過檢測UV光譜在520 nm處是否發(fā)生紅移,從而實現(xiàn)定量檢測,檢測限可以低至500個拷貝[21]。

        ②金納米棒。金納米棒(gold nanorods,GNRs)與AuNPs不同,GNRs因其細長形狀而具有一些獨特的表面電荷和光學性質(zhì)。十六烷基三甲基溴化銨(cetyltrimethylammonium bromide,CTAB)可以組裝在GNRs表面,使GNRs表面帶有大量正電荷。在LAMP反應時,帶負電荷的靶DNA與修飾后的GNRs相互吸引,顏色從紅色轉(zhuǎn)為紫色,該現(xiàn)象可以直接通過肉眼觀察,或者使用紫外可見分光光度計(UV-vis)分析加入GNRs前后溶液在915 nm處的峰值是否下降以及在可見峰525 nm處的峰值是否紅移,從而實現(xiàn)定量分析。該方法可用于檢測人類流感病毒,靈敏度較高,檢測限低至1 pg[22]。

        2.1.3G-四聯(lián)體 G-四聯(lián)體(G-quadruplex)是由4個環(huán)狀氫鍵和鳥嘌呤(G)組裝成的2個或者多個G-四分體形成的π堆積結(jié)構(gòu),該結(jié)構(gòu)由于暴露了G-四分體的表面,所以可以結(jié)合眾多類似G-四分體的配體,如帶有卟啉結(jié)構(gòu)的配體[23-24]。當LAMP擴增子中有富G序列時,在存在單價陽離子(如Na+或K+)的情況下可折疊成G-四聯(lián)體構(gòu)型,該構(gòu)型與插入的氯高鐵血紅素結(jié)合將具有特定的催化活性,可將無色的2,2′-聯(lián)氮-雙(3-乙基-苯并噻唑琳-6-磺酸)二胺鹽[2,2′-azino-bis (3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid)diammonium salt,ABTS2-]氧化成綠色的ABTS-,該現(xiàn)象可以直接通過肉眼定性判別,或者借助吸收光譜進行定量分析[25]。Zhu等[26]利用該方法,在上游內(nèi)引物(forward inner primer,F(xiàn)IP)上簡單修飾了17 nt富含C的寡核苷酸,檢測到了0.5 pg甚至更少的沙門氏菌invA基因。

        2.1.4焦磷酸鎂 LAMP反應進行時,焦磷酸根離子會大量合成并與Mg2+結(jié)合產(chǎn)生肉眼可見的焦磷酸鎂白色沉淀,而PCR法擴增產(chǎn)生的焦磷酸離子只有不到0.1 μmol/L。研究表明,通過肉眼觀察白色沉淀,可檢測到6×104CFU/mL的青枯雷爾氏菌[10]。而Mori等[27]進一步證明了靶DNA的擴增量與濁度變化具有線性關系,焦磷酸鎂沉淀在400 nm處的吸收光度與反應體系的濁度也存在相關性,所以根據(jù)400 nm處吸光度計算溶液濁度,再換算到靶DNA的擴增產(chǎn)物總量,即可定量分析LAMP反應的擴增效率。如Kouzaki等[28]使用濁度計檢測到了1.0 pg的??ń槊鏜基因,遠高于肉眼檢測的靈敏度。

        2.1.5氫氧化銅 在LAMP反應中,有待測基因組存在時,只會生成少量Mg2P2O7沉淀,而對照組(未加待測基因組)中dNTPs的含量不變,dNTPs解離出的OH-,可以與加入的CuSO4生成Cu(OH)2環(huán)狀白色沉淀,該沉淀比Mg2P2O7沉淀更易觀察[29]。Kanchanaphum等[29]通過該方法檢測人的載脂蛋白L1基因(ApoL1),得到了10 pg的檢測限。

        2.1.6pH指示劑 在最小緩沖條件下,LAMP反應產(chǎn)生的H+會顯著降低溶液pH,使用特定的pH指示劑檢測pH變化即可實現(xiàn)視覺上檢測靶DNA擴增與否。目前,已經(jīng)開發(fā)的pH指示劑多用二甲酚橙(xylenol orange,XO),其隨著pH的降低,顏色從紫色變成紅色/橙色。該方法成本低廉、操作簡單,并且不會抑制DNA聚合酶的活性[30],但是理論上說pH降低2個單位以上才適合使用pH敏感指示劑[31]。研究表明,利用該方法檢測大腸桿菌時能夠檢測到1 CFU大腸桿菌[32]。

        2.2 基于免疫吸附的LAMP生物傳感器

        2.2.1酶聯(lián)免疫吸附 酶聯(lián)免疫吸附(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)主要有3種分類:直接ELASA、間接ELASA和夾心ELASA。使用ELISA測定時,待測物與固相載體表面的抗原/抗體發(fā)生反應,洗滌分離抗原/抗體復合體,再加入酶標記的抗原/抗體將其固定在固相載體上。由于產(chǎn)物的量和顏色深淺與原物質(zhì)的量直接相關,因此可根據(jù)呈色的深淺進行定性或定量分析。LAMP與ELISA結(jié)合起來的LAMP-ELISA法具有高度靈活性和高通量等優(yōu)點,不需要昂貴的設備[33-34],并且檢測靈敏度高,用于檢測犬細小病毒時,檢測限低至25個拷貝[35]。

        2.2.2側(cè)向流層析試紙條 側(cè)向流層析試紙條(lateral flow dipstick,LFD)依賴于試紙條上的抗原/抗體或配體相互作用,通過觀察紙條上的檢測線和質(zhì)控線即可判斷靶DNA擴增與否。標記X2的探針與標記X1的擴增子雜交,并與標記X2抗體的膠體金結(jié)合形成三元復合物,通過橫向?qū)游鼋Y(jié)合到標記X1抗體的檢測線上并呈現(xiàn)紅色;而未雜交的標記X2的探針與標記X2抗體的膠體金穿過檢測線后結(jié)合在質(zhì)控線上。通過觀察條帶就可以判斷有無LAMP擴增產(chǎn)物產(chǎn)生。Pasookhush等[36]通過雙重LAMP(duplex LAMP,dLAMP)結(jié)合LFD檢測創(chuàng)傷弧菌和副溶血弧菌,其中創(chuàng)傷弧菌的檢測限達到2.2×104CFU/mL,與雙重PCR(duplex PCR,dPCR)的檢測靈敏度一致;而副溶血弧菌的檢測限達到2.2×103CFU/mL,比dPCR的靈敏度高100倍。

        2.2.3免疫磁珠 磁珠(magnetic beads,MBs)可以在磁場下聚集,并在移除磁體的時候分散[37]。磁珠分離法具有處理簡單、快速、高效、減少產(chǎn)物損失和清潔等優(yōu)點[38-41]。Roy等[42]在MB和LAMP引物上分別修飾鏈霉親和素、生物素,當LAMP反應時,生物素化的靶DNA與修飾鏈霉親和素的磁珠結(jié)合形成聚合物,在外磁場的作用下分離聚合物并移到紙上,可以通過肉眼觀察到紅色的斑點,同時,拍照后利用Image J軟件分析,定量檢測到了1 pg/μL的沙門氏菌。

        2.3 其他LAMP比色生物傳感器

        咖啡環(huán)效應在生活中較為常見,產(chǎn)生的原因如下:三相接觸線的較高蒸發(fā)速率引起毛細管流動,溶液被運輸?shù)揭后w的周邊,當溶劑被蒸干之后,懸浮的焦磷酸鎂顆粒被集中固定在邊緣,形成環(huán)狀結(jié)構(gòu)[43]。近年來,研究還發(fā)現(xiàn)咖啡環(huán)的寬度與LAMP反應前的DNA濃度呈對數(shù)線性關系,因此該方法還可以用于定量分析[44-45]。Zhang等[46]以SiO2納米粒子的膠體晶體材料為基質(zhì),利用咖啡環(huán)效應得到了肉眼可見的環(huán)狀物質(zhì),并結(jié)合智能手機檢測沙門氏菌反應體系,在5 min內(nèi)得到了20個拷貝的檢測限。

        此外,雖然紙張分析裝置的比色分析所需設備簡單,具有簡單快速、低成本等特點,可用于資源匱乏的地區(qū),但是因為人為差異可能導致測量結(jié)果不穩(wěn)定[47-48]。研究表明,HNB可以與Mg2+結(jié)合顯示紫色,并且當Mg2+濃度降低時,顏色從紫色變?yōu)樘焖{色[18]。因此,在紙張上固定可以與HNB結(jié)合的一種強陽離子聚合物(如聚乙烯亞胺),將LAMP反應產(chǎn)物轉(zhuǎn)移到紙張上,溶液因為毛細管效應在紙張上遷移,遷移過程中游離的HNB與聚乙烯亞胺結(jié)合并被固定在紙張上,使用洗滌劑洗脫HNB-Mg2+后紙張上將留下藍色條帶。LAMP擴增子的量與游離HNB存在一定關系,而游離HNB的量與藍色條帶的距離成比例,因而可以使用該方法半定量檢測LAMP反應[49]。Hongwarittorrn等[49]利用該方法檢測大腸桿菌的malB基因,在5 min內(nèi)得到了4.14×103個拷貝的檢測限。

        3 LAMP熒光生物傳感器

        3.1 基于金屬變色指示劑的LAMP生物傳感器

        常見的金屬變色指示劑為鈣黃綠素(calcein)[50]。在LAMP反應前,鈣黃綠素與錳離子結(jié)合,淬滅熒光顯橙色;當LAMP反應時,錳離子被釋放并與焦磷酸根結(jié)合產(chǎn)生焦磷酸錳沉淀,鈣黃綠素與殘留的鎂離子結(jié)合,恢復至綠色熒光[51]。如以鈣黃綠素作為指示劑,檢測到了2.2×102CFU的黃桿菌[50]。

        3.2 基于熒光指示劑的LAMP生物傳感器

        常見的熒光指示劑有SYBR Green Ⅰ[52]、EvaGreen[53]、溴化乙錠[54]、碘化丙啶[55]、PicoGreen[56]、SYTO-81和SYTO-9[57]、隱色三苯甲烷[58]等。SYBR Green Ⅰ本身具有可忽略的熒光,但是嵌入到靶DNA的小溝中,熒光會增強數(shù)千倍,同時顏色從橙色變?yōu)榫G色[59-61],該變化在紫外下肉眼可見。Chen等[52]利用該方法檢測豬肉中的金黃色葡萄球菌,得到了50 CFU/mL的檢測限。在LAMP體系中加入SYBR Green Ⅰ,并使用實時定量PCR儀檢測體系中的熒光變化,即可實現(xiàn)實時熒光檢測。如Seyrig等[9]在LAMP體系中加入SYBR Green Ⅰ,并使用實時定量PCR儀檢測體系中的熒光變化,能夠檢測到10個拷貝的青枯雷爾氏菌基因。

        含特定序列的LAMP擴增子在特定條件下折疊成G-四聯(lián)體并結(jié)合氯高鐵血紅素后,除了使用比色生物傳感器檢測信號,還可以向體系中加入魯米諾(luminol)等熒光指示劑激發(fā)熒光,通過檢測420 nm處的吸收峰監(jiān)控LAMP反應,如Xu等[62]利用該方法檢測到了50 CFU/mL的金黃色葡萄球菌。

        各類比色指示劑的變色情況有一定差異,為了方便選擇用于檢測LAMP產(chǎn)物的比色指示劑,總結(jié)了部分典型熒光指示劑反應前后的顏色變化與對反應的抑制作用,具體見表1。

        表1 各種熒光指示劑的比較Table 1 Comparison of various fluorescent indicators

        3.3 基于熒光基團的LAMP生物傳感器

        在FIP和與FIP互補的F1c探針上分別修飾熒光基團和淬滅基團,將兩者退火雜交。隨著LAMP反應的進行,探針剝落下來,反應體系發(fā)出熒光,Tanner等[64]使用該方法檢測噬菌體HeLa基因組,得到了10 pg的檢測限。同時,該方法還可以通過修飾多種不同的熒光基團和淬滅基團,從而實現(xiàn)多重LAMP檢測。

        3.4 其他LAMP熒光生物傳感器

        生物發(fā)光的原理是LAMP反應時釋放的焦磷酸根離子在腺苷三磷酸硫酸化酶(ATP sulphurylase)催化下與硫酸銨(ammonium persulfate,APS)反應形成ATP,ATP、底物熒光素(luciferin)和O2又在熒光素酶(luciferase)的催化下生成一磷酸腺苷(adenosine monophosphate,AMP)、焦磷酸根離子、CO2和光。Kiddle等[65]利用該原理檢測轉(zhuǎn)基因玉米中的CaMV35S啟動子和NOS-t終止子,能夠測定0.1%污染水平的轉(zhuǎn)基因玉米。

        4 LAMP電化學生物傳感器

        4.1 基于電化學活性物質(zhì)的LAMP生物傳感器

        利用電化學方法檢測具有快速、成本低、操作簡單、更易小型化等優(yōu)點,基于電化學活性物質(zhì)與靶標DNA結(jié)合會引起測量電流變化的原理,按照電化學活性物質(zhì)與靶DNA結(jié)合特點的不同可分為結(jié)合探針和嵌合劑2種類型[66]。①使用結(jié)合探針:在基底上修飾特異性靶向靶標DNA的寡核苷酸探針,LAMP反應中隨著靶DNA濃度的增大,探針不斷捕獲靶DNA并產(chǎn)生電信號變化。②使用嵌合劑:LAMP反應中隨著靶DNA濃度的增大,靶DNA與嵌合劑結(jié)合增加并產(chǎn)生電信號變化。關于電信號的檢測,通常使用線性掃描伏安法(linear sweep voltammetry,LSV)[67]、方波伏安法(square wave voltammetry,SWV)[68-69]、差分脈沖伏安法(differential pulse voltammetry,DPV)[70-71]、循環(huán)伏安法(cyclic voltammetry,CV)等。

        根據(jù)電化學傳感器能否及時檢測,可以分為終點檢測與實時檢測。①終點檢測。以結(jié)合探針Hoechst 33258為例,在溶液中Hoechst 33258與靶DNA小溝結(jié)合可導致電極表面電子大量還原,電流響應顯著下降。Safavieh等[67]采用Hoechst 33258定量檢測大腸桿菌,在1 h內(nèi)得到了24 CFU/mL的檢測限。②實時檢測。以嵌合劑亞甲基藍(methylene blue,MB)為例,MB遇到電極會轉(zhuǎn)移電子并產(chǎn)生電流。LAMP反應開始,MB嵌入靶DNA中,引起自由的MB濃度變化,從而引起氧化電流變化[72-73]。Hsieh等[72]使用MB作為指標,檢測到了16個拷貝(4 fg/mL)的沙門氏菌invA基因。

        4.2 基于非電化學活性物質(zhì)的LAMP生物傳感器

        LAMP反應中產(chǎn)生的焦磷酸根離子可以在焦磷酸酶的作用下水解成磷酸根,磷酸根可以和特定的金屬鹽反應生成具有氧化還原介體性質(zhì)的沉淀物沉積在電極表面,進而引起電化學信號的變化,該方法可以用于實時檢測。Xie等[3]在LAMP反應體系中加入酸性鉬酸鹽,利用循環(huán)伏安法測定電信號,檢測到了17 fg/μL家蠶微孢子蟲病的病原體的PTP1基因組。

        LAMP反應時,pH的變化與擴增產(chǎn)率之間存在強烈的相關性,所以可以通過檢測H+來監(jiān)測LAMP反應[74]。針對H+的檢測方法可以分為直接法和間接法。①直接法。可使用pH計直接測量溶液的H+變化[15]。此外,還可利用場效應原理開發(fā)的離子敏感場效應傳感器進行檢測,只是此類傳感器依賴于流體柵極電位的建立,需要對參考電極進行復雜的微加工[75]。如Veigas等[76]設計了Ta2O5離子場效應傳感器用于檢測人類c-myc原癌基因,得到了108~1011個拷貝的檢測范圍。②間接法。通過pH計檢測LAMP反應中的H+變化雖然便攜、快速,但是靈敏度較低。通過H+對特定靶DNA復合物的作用,聯(lián)級放大電化學信號,從而可以較大程度的提高靈敏度。Zhao等[77]開發(fā)了一種新型電化學傳感器間接檢測H+,首先將二茂鐵探針(Fe-Sp)和Au-Fe3O4修飾的具有特定序列的DNA(Ts)在pH 8.0的條件下雜交,在外磁場的作用下分離之后得到pH依賴型的復合探針(DNA NSs)。在H+的作用下,DNA NSs中二茂鐵探針發(fā)生構(gòu)象變化并被釋放,剩下的結(jié)構(gòu)將在H+的作用下折疊成穩(wěn)定的DNA三聯(lián)體結(jié)構(gòu)。針對二茂鐵探針設計捕獲探針并修飾在電極表面,讀取電化學信號的變化,可以間接檢測到0.31 fg/μL的蠶微粒子蟲的PTP1基因。

        5 其他LAMP生物傳感器

        5.1 表面等離子共振生物傳感器

        表面等離子共振(surface plasmon resonance,SRP)是一種光學現(xiàn)象,當一入射波射入金屬中,金屬表面極化并產(chǎn)生金屬表面等離子波(surface plasmon waves,SPW),當入射波沿界面方向的波矢分量和SPW的波矢相同時就會發(fā)生表面離子共振,使反射波能量被SPW吸收而急劇下降,從而在反射光譜上形成明顯的吸收峰[78-79]。SPR吸收的光的波長與金屬表面接觸的介電膜的折射率直接相關,所以SPR生物傳感器測定的主要參數(shù)是溶液折射率的變化。①需修飾的SPR生物傳感器。在傳感器表面固定鏈霉親和素,并設計修飾有生物素的引物。LAMP反應過程中生成大量生物素化的LAMP擴增子結(jié)合到傳感器上,引起傳感器表面折射率發(fā)生變化,利用SPR生物傳感器測量溶液的折射率變化即可直接監(jiān)測LAMP反應。Kawin等[80]利用該方法檢測耐甲氧林金黃色葡萄球菌的femB和mec片段,得到了10個拷貝/μL的檢測限。②無需修飾的SPR生物傳感器。LAMP反應過程中LAMP產(chǎn)物與Mg2P2O7的濃度變化會引起溶液的折射率變化,Chuang等[81]利用此原理測量溶液的折射率變化,直接檢測到了2 fg/mL的乙肝病毒。

        5.2 巨磁阻生物傳感器

        巨磁阻(giant magneto resistive,GMR)效應基于量子力學磁阻效應,在由交替的鐵磁和非磁導電層組成的薄膜結(jié)構(gòu)中可以產(chǎn)生,基于此原理開發(fā)的GMR生物傳感器具有高靈敏度、低成本、寬探測范圍等優(yōu)點[82]。利用抗體-抗原相互作用(如鏈霉親和素與生物素)將生物分子化的寡核苷酸探針、靶DNA和磁性納米團簇依次固定在傳感器上,在外置磁場的作用下,由于巨磁阻效應,傳感器測得的電阻值將發(fā)生變化。當LAMP反應時,記錄并比較前后的電阻值變化,電阻值變化的2倍大于參考值則為陽性。Zhi等[83]將生物素作為生物分子,利用該方法檢測到了10個拷貝/mL的B型乙肝病毒。

        5.3 壓電石英生物傳感器

        石英晶體微天平(quartz crystal microbalance,QCM)利用了石英晶體的壓電效應,將石英晶體電極表面的質(zhì)量變化轉(zhuǎn)化為石英晶體振蕩電路輸出電信號的頻率變化,進而通過計算機等其他輔助設備獲得高精度的質(zhì)量數(shù)據(jù)。在QCM表面修飾鏈霉親和素、LAMP引物修飾生物素,當LAMP反應時,生物素化的LAMP產(chǎn)物結(jié)合到QCM表面上,引起QCM信號變化[84]。根據(jù)QCM信號與LAMP濃度之間的關系進行換算,即可得到LAMP反應的擴增效率[84-85]。Prakrankamanant等[84]利用該方法檢測人乳頭瘤病毒DNA 58型,得到了100個拷貝的檢測限。

        5.4 表面增強拉曼散射生物傳感器

        表面增強拉曼散射(surface-enhanced raman scattering,SERS)效應是一種與粗糙表面相關的表面增強效應,通常發(fā)生在Ag、Au和Cu等具有粗糙表面的納米粒子上[86]。在金納米粒子上修飾與LAMP擴增產(chǎn)物部分互補的寡核苷酸鏈和拉曼活性染料,當存在靶標時,LAMP反應產(chǎn)生的大量LAMP擴增產(chǎn)物與金納米探針雜交,雜交雙鏈不能被S1核酶(一種特異性單鏈核苷酸內(nèi)切酶)降解,因而保持較高的拉曼信號;當不存在靶DNA時,金納米探針的寡核苷酸鏈被S1核酶分解,拉曼信號降低。該方法的檢測靈敏度較高,可以檢測到66 CFU/mL的沙門氏菌[87]。

        各類生物傳感器的特點各異,使用時應根據(jù)所需的靈敏度、特異性以及預算成本進行選擇。因此,對各種主要輸出方式的特點進行了比較,具體見表2。

        6 展望

        LAMP作為新興的基因擴增技術具有快速擴增、操作簡單和易于檢測等優(yōu)點,因此近年來獲得了突飛猛進的研究進展。然而,根據(jù)對LAMP生物傳感器的總結(jié)發(fā)現(xiàn)其還存在以下不足:LAMP引物設計復雜,優(yōu)化條件費時費力;引物互補易出現(xiàn)非特異性條帶,導致產(chǎn)生假陽性的結(jié)果;整個實驗過程中也容易被氣溶膠污染,使陰性對照組出現(xiàn)擴增條帶。而且,目前LAMP的檢測和輸出方式大多停留在簡單體系,較少應用于食品、動植物等的現(xiàn)場快速檢測。此外,關于目前發(fā)展前景較好的微流控技術,也還存在設計復雜、工作量大且價格昂貴等問題。

        若要突破研究中的瓶頸、解決技術上的不足,可加強對LAMP反應機理的研究,提供強有力的理論支持,從而引入更多創(chuàng)新的檢測信號的方法,也有助于建立健全高效的LAMP引物設計和LAMP反應體系優(yōu)化系統(tǒng)。而針對LAMP非特異性擴增造成的假陽性,可以通過增強劑或特殊方法提高LAMP的特異性。目前,LAMP檢測的靈敏度較高,可以適當降低檢測的靈敏度,將靈敏度控制在實用范圍內(nèi)即可,應更多地針對LAMP擴增過程中除擴增產(chǎn)物外的產(chǎn)物(如焦磷酸根和Mg2+),開發(fā)簡單、快速、實用并且相對靈敏和可靠的生物傳感器。為了使LAMP更廣泛的應用于現(xiàn)場快速檢測,研究內(nèi)容應該延伸到復雜的體系中,并研究其他體系環(huán)境的影響因素,并建立完整、實用的檢測方法;輸出方式也應該更多的向小型化、自動化發(fā)展,使操作更為簡易,適合于非專業(yè)人員現(xiàn)場檢測;同時,傳感器的設計應向電化學技術方向發(fā)展,因為相比于光學技術,電子傳感器具有更高的靈敏度,而且更易實現(xiàn)小型化、自動化。

        表2 各種LAMP信號檢測方法的比較Table 2 Comparison of various LAMP signal detection methods

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