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        基于Oncomine數(shù)據(jù)庫分析ENO2在腎透明細胞癌中的表達和臨床意義

        2019-10-15 07:51:44周立斌龍慧民
        現(xiàn)代泌尿外科雜志 2019年9期
        關(guān)鍵詞:糖酵解腎癌標志物

        周立斌,龍慧民

        (寧波市醫(yī)療中心李惠利醫(yī)院泌尿外科,浙江寧波 315040)

        腎癌(renal cell carcinoma,RCC)是最常見的腎臟惡性腫瘤,透明細胞腎癌 (clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)占所有RCC的80%。隨著手術(shù)水平的不斷進步及對腎癌的分子生物學(xué)和基因組學(xué)的深入研究,腎癌患者生存時間顯著延長,患者生活質(zhì)量明顯提高[1]。然而,90%腎癌導(dǎo)致的死亡與轉(zhuǎn)移密切相關(guān)。雖然有不同的腎癌診斷和預(yù)后模型,但由于缺乏特異性和敏感性,其臨床使用價值非常有限[2]。因此,深入研究ccRCC發(fā)生發(fā)展的分子機制將有利于發(fā)現(xiàn)診斷和預(yù)后的標志物及開發(fā)新的分子靶向藥物。

        癌癥相關(guān)數(shù)據(jù)的挖掘已在泌尿腫瘤中廣泛應(yīng)用,為深入研究腎癌的發(fā)病機制提供了重要的線索[3-4]。本研究將充分利用Oncomine數(shù)據(jù)庫資源,分析烯醇化酶2(enolase 2,ENO2)在ccRCC中的表達情況及其與ccRCC的臨床分期、分級及預(yù)后的關(guān)系,為進一步研究ENO2在ccRCC中發(fā)生發(fā)展的分子作用機制提供線索和依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 實驗材料Oncomine數(shù)據(jù)庫(https://www.oncomine.org)中根據(jù)作者需求設(shè)定篩選和挖掘數(shù)據(jù)的條件。本研究中,①“Gene:ENO2”;②“Cancer Type:Clear Cell Renal Cell Carcinoma”;③“Analysis Type:Cancervs.Normal Analysis”;④臨界值設(shè)定條件(Pvalue<1E-4,fold change>2,gene rank=top 10%)作為篩選差異表達的條件。共篩選出腎透明細胞癌與正常腎組織的基因表達譜數(shù)據(jù)(6項研究7個子數(shù)據(jù)集),ENO2在腎透明細胞癌組織和正常組織中存在顯著差異。然后我們在之前篩選的基礎(chǔ)上,選擇“Clinical Outcome:Survival Status”進行進一步篩選,最后根據(jù)Group By的下拉菜單選擇我們需要分析的腎透明細胞癌臨床因素,包括T分期、N分期、M分期、TNM總分期、5年生存時間。

        1.2 實驗方法由于Oncomine數(shù)據(jù)庫非免費,我們先選擇需要的數(shù)據(jù)庫的柱狀圖,然后右擊鼠標,選擇“審查元素”,將map處的數(shù)據(jù)拷貝保存到data.txt文件中。然后利用R語言中的devtools和Oncomine包提取data.txt文件中的相關(guān)臨床數(shù)據(jù),具體代碼如下:①library(devtools);②install_github("yikeshu0611/Oncomine");③library(Oncomine);④a=Oncomine_bar("data.txt");⑤head(a);⑥write.table(a,"a.txt",sep=" ",quote=FALSE),最后對新得到的a.txt文件中的數(shù)據(jù)進一步分析。

        1.3 統(tǒng)計學(xué)方法所有數(shù)據(jù)采用SPSS 23進行統(tǒng)計學(xué)分析,兩組間的比較采用t檢驗,多組間的比較采用One-way ANOVA方法,預(yù)后分析采用Kaplan-Meier模型,以雙側(cè)P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2 結(jié) 果

        2.1 ENO2在不同腫瘤中的表達情況Oncomine 數(shù)據(jù)庫中共收集了447項有關(guān)ENO2在腫瘤與正常對照之間比較的研究,有 42項有統(tǒng)計學(xué)差異,其中29項ENO2高表達,13項ENO2低表達。有7項腎癌相關(guān)的研究均表明ENO2表達升高(表 1)。

        2.2 ENO2在腎透明細胞癌中的表達情況利用Oncomine數(shù)據(jù)庫進一步分析ENO2在腎透明細胞癌中的表達情況,發(fā)現(xiàn)自2003年起共有6項研究,7個腎透明細胞癌數(shù)據(jù)集涉及ENO2在腎透明細胞癌和正常組織中的表達,共包括1 126例標本。相關(guān)研究分別發(fā)表于Cancer Res[5]、Clin Cancer Res[6-7]、BMC Cancer[8-9]、TCGA。接著我們利用R語言分別提取Oncomine 數(shù)據(jù)庫中7個ENO2相關(guān)的腎透明細胞癌數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù),并對ENO2在腫瘤與對照組的差異表達進行分析,結(jié)果顯示在 BEROUKHIM等[5]、GUMZ等[6]、JONES等[7]、LENBURG等[8]、YUSENKO等[9]、TCGA等6項研究7個數(shù)據(jù)集研究中,ENO2在腎透明細胞癌中均顯著高表達 (圖1,P<0.001)。

        表1 Onconime 數(shù)據(jù)庫中ENO2在不同腫瘤中的表達

        腫瘤類型研究數(shù)(癌癥vs.正常)ENO2高表達ENO2低表達腦及中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤09宮頸癌30食管癌20腎癌70白血病22肺癌40淋巴瘤01黑色素瘤10肉瘤40胰腺癌20前列腺癌01其他腫瘤40顯著性差異的研究2913

        圖1 Oncomine 數(shù)據(jù)庫中ENO2在不同腎透明細胞癌數(shù)據(jù)集中的表達

        A:Beroukhim研究,癌癥組1為遺傳性ccRCC,癌癥組2為非遺傳性ccRCC;B:Gumz研究;C:Lenburg研究;D:Yusenko研究;E:Jones研究;F:TCGA數(shù)據(jù)庫。*P<0.001。

        2.3 ENO2與腎透明細胞癌臨床分期分級及預(yù)后的關(guān)系為明確ENO2與腎透明細胞癌的臨床相關(guān)性,我們利用R語言提取Oncomine數(shù)據(jù)庫中ENO2基因表達與分期、分級及預(yù)后的數(shù)據(jù),經(jīng)分析發(fā)現(xiàn)ENO2基因的表達水平與腎透明細胞癌的分期和分級呈正相關(guān),而與5年總生存時間呈負相關(guān)(圖 2)。

        圖2 ENO2表達與ccRCC分期、分級及預(yù)后之間的關(guān)系

        A:ENO2與ccRCC T分期之間的關(guān)系;B:ENO2與ccRCC N分期之間的關(guān)系;C:ENO2與ccRCC M分期之間的關(guān)系;D:ENO2與ccRCC TNM總分期之間的關(guān)系;E:ENO2與ccRCC 分級之間的關(guān)系;F:ENO2與ccRCC 5年總生存時間之間的關(guān)系。

        3 討 論

        ENO2,又稱神經(jīng)元特異性烯醇化酶(neuron-specific enolase,NSE),是一種含433個氨基酸的長鏈酸性二聚體蛋白,包括兩種烯醇化同工酶,γγ和αγ,主要分布在神經(jīng)細胞、神經(jīng)內(nèi)分泌細胞及由此來源的腫瘤細胞[10],但在紅細胞、血小板、乳腺組織、前列腺和子宮中也有少量表達[11]。它在糖酵解中起重要的作用,可促進β-甘油磷酸酯轉(zhuǎn)化為二羥磷酸丙酮。而糖酵解可通過提供腫瘤所需的能量從而顯著促進腫瘤細胞增殖,在腫瘤的進展中起重要的作用[12-13]。

        ENO2在多種腫瘤中過度表達,如胃癌[14]、前列腺癌[15]、膠質(zhì)瘤[16]、肺癌[17]等。膠質(zhì)瘤細胞在低氧和血清饑餓的情況下,ENO2表達顯著升高,而抑制其表達后可抑制腫瘤細胞的生長,證實在應(yīng)激狀態(tài)下腫瘤細胞通過糖酵解維持腫瘤細胞的生長[16]。由此可見,通過抑制ENO2參與的糖酵解,可作為腫瘤治療的潛在靶點。同時研究發(fā)現(xiàn),ENO2與腫瘤的轉(zhuǎn)移相關(guān),ENO2的C末端的肽可通過RhoA激酶來調(diào)控肌動蛋白細胞骨架結(jié)構(gòu),參與膠質(zhì)瘤細胞的轉(zhuǎn)移[16]。近幾年ENO2的研究主要集中在分子標志物的研究[18],臨床上已用于肺癌等腫瘤的協(xié)助診斷。有研究發(fā)現(xiàn),組織及血清中的ENO2水平在多種腫瘤中起著重要的作用,如在小細胞肺癌和非小細胞肺癌中ENO2可作為診斷、預(yù)后、隨訪及治療有效性的標志物[19-21];在精原細胞瘤中可作為診斷的標志物;在類癌中可作為診斷、復(fù)發(fā)及治療有效性的標志物;在甲狀腺髓樣癌中可作為復(fù)發(fā)及治療有效性的標志物;在神經(jīng)母細胞瘤中可作為診斷、預(yù)后、復(fù)發(fā)和治療有效性的標志物[12]。最近研究發(fā)現(xiàn),血清中ENO2的水平與急性淋巴細胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)的免疫類型、風(fēng)險分層和血清中乳酸脫氫酶含量密切相關(guān)。多因素分析發(fā)現(xiàn)ENO2高表達可作為成人ALL的獨立預(yù)后因素。進一步研究發(fā)現(xiàn)ALL患者接受化療后ENO2 mRNA表達水平降低,然而復(fù)發(fā)時表達顯著升高。ENO2 mRNA表達升高,可通過上調(diào)糖酵解相關(guān)基因的表達和促進Akt活性誘導(dǎo)細胞增殖、糖酵解和糖皮質(zhì)激素耐受。因此,ENO2可作為ALL患者化療有效性及復(fù)發(fā)的標志物,為ALL的治療提供潛在的治療方案[22]。

        那么ENO2是否與腎透明細胞癌相關(guān),是否可作為腎透明細胞癌的診斷、預(yù)后、復(fù)發(fā)及治療有效性的標志物,目前尚不明確。為此,我們首先利用Oncomine數(shù)據(jù)庫挖掘ENO2基因在不同腫瘤組織中的表達情況,結(jié)果發(fā)現(xiàn),在有統(tǒng)計學(xué)差異的42項研究中,有29項研究顯示ENO2在腫瘤中高表達,其中包括肺癌、腎癌、淋巴瘤、白血病等。隨后進一步分析了7個腎透明細胞癌數(shù)據(jù)集中1126例標本,發(fā)現(xiàn)ENO2在ccRCC中高表達,而且與ccRCC的分期分級及預(yù)后密切關(guān)系。研究結(jié)果顯示,ENO2的表達量越高,ccRCC分期分級越高,兩者密切相關(guān),P<0.05;同時我們還發(fā)現(xiàn)ENO2表達高的患者,其總生存時間顯著降低。

        綜上所述,我們通過Oncomine數(shù)據(jù)庫中的大樣本數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)ENO2在ccRCC組織中表達升高,且與ccRCC分期、分級及預(yù)后密切相關(guān),為我們進一步深入研究腎透明細胞癌的發(fā)生發(fā)展機制、診斷預(yù)后標志物及靶向治療藥物提供可靠的理論依據(jù),有利于我們深入研究ENO2在腎透明細胞癌中的作用機制。但是由于本研究主要基于Oncomine數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù),不同的研究之間存在一定的差異性,而且有些研究的樣本量過小,分析得到的結(jié)果可能與實際結(jié)果有一定的差異性。因此,單純地利用Oncomine數(shù)據(jù)庫存在一定的缺陷和局限性,在未來的研究中我們將進一步在腎癌手術(shù)標本中驗證其表達及在細胞和動物實驗中探索ENO2的作用及調(diào)控機制。

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