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        對(duì)蝦急性肝胰腺壞死綜合癥雙重PCR檢測(cè)方法的建立

        2018-11-12 08:46:34黃燕瓊何淑華趙尚志柏建山
        中國(guó)獸醫(yī)雜志 2018年7期
        關(guān)鍵詞:檢測(cè)

        鄧 艷 , 黃燕瓊 , 戴 金 , 何淑華 , 趙尚志 , 柏建山

        (廣州機(jī)場(chǎng)出入境檢驗(yàn)檢疫局 , 廣東廣州510470)

        對(duì)蝦急性肝胰腺壞死綜合癥2009年最早在中國(guó)發(fā)生,2010年和2011年越南和馬來西亞先后報(bào)道了該病,此后,泰國(guó)、墨西哥,南美洲等國(guó)家和地區(qū)先后都有該病的報(bào)道[1-4]。該病病情發(fā)展十分迅速,而且死亡率極高。2013年初確認(rèn)該病病原是一種特殊的副溶血弧菌,專業(yè)上稱為急性肝胰腺壞死綜合癥(Acute hepatopancreatic necrosis syndrome,AHPND)[5]。與非致病性的副溶血性弧菌相比較,AHPND攜帶了特殊質(zhì)粒的特異性副溶血弧菌,該質(zhì)粒上帶有與光桿菌同源的昆蟲相關(guān)毒素PriA和PriB的編碼基因[6]。本研究建立了可以同時(shí)檢測(cè)AHPND 的冷休克蛋白基因(CSP)和毒素基因的雙重PCR方法,并用此方法對(duì)2016-2017年廣州白云機(jī)場(chǎng)口岸進(jìn)境的草蝦進(jìn)行了監(jiān)控。

        1 材料與方法

        1.1 主要試劑和儀器Taq酶套裝、TaKaRa MinBEST Bacteria Genomic DNA Extraction KIT、MiniBEST Plasmid Purification Kit,購(gòu)自寶生物工程(大連)有限公司,APW培養(yǎng)基、TCBS培養(yǎng)基、弧菌顯色培養(yǎng)基,購(gòu)自廣東環(huán)凱微生物科技有限公司;C1000 Touch PCR儀為Bio-rad公司產(chǎn)品;3K15高速離心機(jī)為Sigma公司產(chǎn)品; MULTISKAN GO全波長(zhǎng)讀數(shù)儀為ThermoFisher公司產(chǎn)品。

        1.2 樣品 2016年1月至2017年7月采集從廣州機(jī)場(chǎng)口岸進(jìn)境的草蝦共118份,來源地為越南、泰國(guó)和馬來西亞等東南亞國(guó)家。

        1.3 樣品處理 無菌采取對(duì)蝦的肝胰腺組織,3種方式處理后分別抽提DNA。第1種方式是直接用肝胰腺組織抽提DNA,第2種方式按照1∶10的比例將肝胰腺組織放入3%APW培養(yǎng)液中,37 ℃培養(yǎng)過夜,用培養(yǎng)液抽提DNA。第3種方式取第2部分的培養(yǎng)液劃TCBS平板和弧菌顯色平板, 37 ℃培養(yǎng)過夜。在TCBS平板上挑取2~3 mm,表面光滑的綠色單個(gè)菌落,弧菌顯色培養(yǎng)基上挑取品紅色單個(gè)菌落,37 ℃培養(yǎng)過夜后抽提菌液DNA。

        1.4 PCR引物設(shè)計(jì) 根據(jù)質(zhì)粒pVPA3-1序列(NC_025252.1)設(shè)計(jì)兩對(duì)PCR引物。引物序列分別為:AB1:5′ TGACTATTCTCACGATTGGACTG 3′; AB2:5′ GCCATGTAAGTAATTTGAAGACT 3′;CSP1:5′TCGGTAAGATCAAAAACTACAAAGAC3′; CSP2:5′ CCTGACATTAACTTCCCATACTTGC 3′,產(chǎn)物長(zhǎng)度分別為843 bp和666 bp。引物AB1和AB2擴(kuò)增產(chǎn)物包括部分PriA和PriB基因,引物CSP1和CSP2擴(kuò)增產(chǎn)物為部分CSP基因。

        1.5 PCR反應(yīng)體系和反應(yīng)條件 PCR反應(yīng)體系的最終體積為25 μL,其中10×PCR緩沖液2.5 μL,25 mmol/L的MgCl22.5 μL,2.5 mmol/L dNTP 2 μL,10 μmol/L的引物AB1、AB2、CSP1、CSP2各1 μL,1 UTaqDNA聚合酶,模板2 μL,RNase-free 水補(bǔ)充至25 μL。PCR反應(yīng)條件:94 ℃預(yù)變性5 min,30個(gè)循環(huán):94 ℃變性30 s,53 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,72 ℃后延伸5 min。

        1.6 引物濃度優(yōu)化 AB1、AB2和CSP1、CSP2引物濃度比分別采用1∶1,1∶1.5,1∶2,2∶1,1.5∶1,按照1.5的反應(yīng)條件進(jìn)行PCR反應(yīng)。

        1.7 PCR擴(kuò)增靈敏度分析 將得到的陽性菌液抽提質(zhì)粒,全自動(dòng)波長(zhǎng)讀數(shù)儀測(cè)試質(zhì)粒的濃度。10倍梯度稀釋質(zhì)粒至10-6,用1.5的PCR反應(yīng)體系和反應(yīng)條件進(jìn)行擴(kuò)增。

        1.8 樣品不同處理方式的比較 3種不同處理方式樣品用1.5的PCR反應(yīng)條件和反應(yīng)體系進(jìn)行擴(kuò)增。

        2 結(jié)果

        2.1 樣品檢測(cè)結(jié)果 從2016年1月至2017年6月共采集了118份對(duì)蝦樣品,通過雙重PCR檢測(cè)出6份ANHPD核酸陽性。

        圖1 部分陽性樣品的PCR結(jié)果圖

        1:空白對(duì)照; 2~7:陽性樣品; 8:DL-2 000 Marker; M: DL-2 000 Marker

        2.2 引物濃度優(yōu)化結(jié)果 不同的AB1、AB2和CSP1、CSP2引物濃度都可以擴(kuò)增出目標(biāo)片段,AB1、AB2和CSP1、CSP2引物濃度比為2∶1,1.5∶1的時(shí)候產(chǎn)物電泳條帶弱,濃度比為1∶1的時(shí)候電泳條帶最強(qiáng)。

        圖2 引物濃度結(jié)果分析圖

        M: DL-2 000 Marker; 1:引物濃度比為1∶1; 2:引物濃度比1∶1.5;3: 引物濃度比1∶2; 4: 引物濃度比 2∶1; 5:引物濃度比1.5∶1

        2.3 靈敏度分析結(jié)果 質(zhì)粒濃度為23 ng/μL,質(zhì)粒稀釋到10-2之后未見電泳條帶,因此10-2稀釋梯度是檢測(cè)的最低限。全自動(dòng)波長(zhǎng)讀數(shù)儀測(cè)試這時(shí)候質(zhì)粒的濃度為230 pg/μL。

        圖3 靈敏度電泳圖

        1: 未稀釋的質(zhì)粒; 2~7:10倍梯度稀釋的質(zhì)粒; 8:空白對(duì)照; M:DL-2 000 Marker

        2.4 樣品不同處理方式的結(jié)果 肝胰腺直接抽提的DNA雙重PCR沒有擴(kuò)增出條帶,菌液抽提DNA和肝胰腺培養(yǎng)液抽提DNA都能擴(kuò)增出目標(biāo)條帶。

        圖4 樣品不同處理方式抽提DNA的電泳圖

        M: DL-2 000 Marker; 1~6:肝胰腺培養(yǎng)液劃板后抽提菌落DNA; 7~12:樣品肝胰腺培養(yǎng)后抽提DNA

        3 結(jié)論與討論

        本研究采用3種處理方式進(jìn)行抽提樣品DNA,一是肝胰腺組織直接抽提;二是肝胰腺培養(yǎng)液抽提,三是肝胰腺培養(yǎng)液劃板后挑取的菌落培養(yǎng)后抽提DNA。結(jié)果發(fā)現(xiàn),肝胰腺組織直接抽提的沒有擴(kuò)增出目標(biāo)片段,肝胰腺培養(yǎng)液抽提和菌液抽提都能夠擴(kuò)增出目標(biāo)片段。結(jié)合計(jì)算時(shí)間成本和試劑成本,建議實(shí)際檢測(cè)過程中采用肝胰腺培養(yǎng)液抽提后進(jìn)行PCR反應(yīng)的步驟。

        雙重PCR反應(yīng)關(guān)鍵之一在于反應(yīng)條件的優(yōu)化,尤其是引物濃度的優(yōu)化。本試驗(yàn)設(shè)計(jì)了兩對(duì)引物濃度比分別在1∶1,1∶1.5,1∶2,2∶1,1.5∶1,結(jié)果發(fā)現(xiàn)引物濃度比為1∶1時(shí)效果最佳。

        目前采用分子手段對(duì)AHPND進(jìn)行檢測(cè)大部分是針對(duì)毒素PriA和PriB設(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR檢測(cè)[7-8]。分析ANHND序列,發(fā)現(xiàn)AHPND攜帶的特殊質(zhì)粒上含有一段675 bp左右的冷休克蛋白(CSPs),這些蛋白對(duì)細(xì)胞在低溫時(shí)恢復(fù)生長(zhǎng)和發(fā)揮細(xì)胞各種功能是非常重要的。本研究是設(shè)計(jì)了兩對(duì)引物對(duì)冷休克蛋白和毒素PriA和PriB基因進(jìn)行同時(shí)檢測(cè)。目的是為了增強(qiáng)檢測(cè)的特異性,減少假陽性的存在。

        本研究建立了AHPND的雙重PCR檢測(cè)方法,并對(duì)廣州機(jī)場(chǎng)口岸進(jìn)境的草蝦進(jìn)行了監(jiān)控,對(duì)AHPNS的監(jiān)測(cè)和預(yù)防具有指導(dǎo)性意義。

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