1946年，周作人因在北平淪陷之時，出任過偽職，在北京炮局胡同關(guān)押半年后，即與其他十四人一起，被押往南京受審。

當時，《申報》發(fā)表了題為《巨奸王蔭泰等十四人，昨由平解京審理，古城觀者如堵，呼罵聲不絕于耳》的文章，文中寫道：“群奸今晨五時被從囚室?guī)С?，檢查血壓時，方知要被解京受審，乃慌忙寫下‘遺書，招致家人，語多勸家人勿憂，而有戀戀不舍之意?！茏魅斯忸^，衣著最為陳舊……上車前，記者逐一問感想……周說：‘我始終在等待著被捕，無感想。周瘦得多了，態(tài)度仍很‘冷淡……上機前，逐一衡量體重……又是周最輕，只有52公斤。每人許攜物15公斤，大多為衣被、書籍及針線，而周似只攜了其所著之《談龍集》……”

又，有知情人說，周作人在上飛機前，曾抄舊詩一首示人，詩云：“年年乞巧徒成拙，烏鵲填橋事大難。猶是世尊悲憫意，不如市井鬧盂蘭?！逼湓谘航馔局校肿髁藘墒自?，一為“羼提未足檀施薄，日暮途窮究可哀。誓愿不隨形壽盡，但憑一葦渡江來”；一為“東望浙江白日斜，故園雖好已無家。貪癡滅盡余嗔在，賣卻黃牛入若耶。”

是年7月19日，南京高等法院對周作人案進行了第一次公開審理，《申報》亦報道了此次審理的過程：“周逆作人十九日晨十時，在首都高院受審，歷時二甸鐘，以證據(jù)尚待調(diào)查，庭諭定于八月九日再審。周逆昔日小有文名，今旁聽席上，特多青年男女。審訊前段，被告答復從逆前之經(jīng)歷，頗以二十年北大文科教授之任自傲。述其附逆動機，狡稱：旨在‘維持教育，抵抗奴化。庭長當庭斥以身為人師，豈可失節(jié)。周逆辯稱：‘頭二等的教育家都走了，像我這樣三四等的人，不出來勉為其難，不致讓五六等的壞人，愈弄愈糟。并稱，二十六年秋，留平不去，系因年邁，更奉北大校長蔣夢麟之囑，為‘留平四教授之一，照料北大者，惟對其二十八年之任華北政務委員會常委兼教育總署督辦，以及東亞文化協(xié)議會會長、華北綜合研究所副理事長、偽新民會委員、偽華北新報社理事等職，則期期艾艾，對答之間頗感尷尬，但仍東拉西扯，以二十八年元旦之被刺，‘中國中心思想問題之論戰(zhàn)，以及勝利后，朱校長家驊之華北觀感等，作為渠有利抗戰(zhàn)之證據(jù)。庭上當諭以證據(jù)頗確鑿有力，當諭以為便收集故，特寬限三星期，再行公審，周逆乃于汗流浹背下，狼狽還押?！?/p>

宣判前，記者黃裳曾到南京老虎橋獄中，訪問了周作人，他后來寫道：“一會兒，我在窗外看見一位獄吏帶了一個老頭兒前來。這是我第一次看見周作人，不過在印象中，是早已有了一個影兒了，現(xiàn)在看到其‘正身，大抵差不多。他穿了件府綢短衫褲，淺藍色襪子，青布鞋，光頭，瘦削，右臉上有幾塊老年人常有的瘢痕，寸許的短髭灰白間雜，鼻梁上還架著一副金絲眼鏡……”

法庭本是要以賣國罪判處周作人死刑的，幸得胡適等人使盡渾身解數(shù)，才將他從槍口下奪回，后來他被判了有期徒刑十四年，后又改為十年，一直在南京老虎橋監(jiān)獄服刑。在獄中三年多，他除每日讀書外，還寫了二百多首詩，翻譯了英國作家勞斯所著之《希臘的神與英雄》。

1949年元旦，周作人經(jīng)友人保釋出獄，離開時，又作詩一首，詩云：“一千一百五十日，且作浮屠學閉關(guān)，今日出門橋上望，菰蒲零落滿溪間?！?/p>