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        兩種提取骨骼、牙齒DNA的方法

        2018-03-01 02:49:52宋三平賀永鋒
        刑事技術(shù) 2018年1期
        關(guān)鍵詞:骨粉陳舊檢材

        宋 振 ,宋三平,凃 政 ,趙 杰 ,賀永鋒,

        (1. 陜西省公安廳刑偵局,西安 710018;2. 公安部物證鑒定中心,北京 100038)

        骨骼和牙齒的組織結(jié)構(gòu)可有效保護(hù)骨細(xì)胞與牙釉質(zhì),故而能抵抗外界環(huán)境因素的影響[1]。因此,對高度腐敗及白骨化的尸體進(jìn)行尸源鑒定,從骨骼和牙齒中提取DNA并進(jìn)行STR分型檢驗(yàn)是可賴以利用的重要技術(shù)手段。但傳統(tǒng)脫鈣法存在提取時間長、有機(jī)純化試劑有毒、得到的DNA濃度低及易于污染等缺點(diǎn)[2-4],特別是當(dāng)檢材為陳舊骨骼、牙齒時其提取成功率就更低。本文利用Handy-Eco儀器和Freezer Mill冷凍研磨儀結(jié)合King fi sher自動化提取系統(tǒng),提取骨骼和牙齒DNA,研究其對法醫(yī)學(xué)檢案的可應(yīng)用性。

        1 材料與方法

        1.1 檢材來源

        本實(shí)驗(yàn)室日常檢案積累的380例骨骼、牙齒檢材,分成常規(guī)和疑難兩組:常規(guī)組包括347例骨骼、牙齒檢材(保存年限:2年以內(nèi));疑難組包括33份陳舊骨骼、牙齒檢材(其中8份為陳舊骨骼、最長保存年限46年;25份為牙齒、保存年限最長者22年)。

        1.2 主要儀器與試劑

        9700型PCR擴(kuò)增儀、3500型遺傳分析儀、Identi fi lerPlus試劑盒(Life公司);骨骼專用磁珠法DNA提取試劑盒(長春博坤公司,King fi sher提取儀專用);Handy-Eco儀器(韓國世洋公司);6770-230Freezer-Mill冷凍研磨儀(SPEXSamplePrep公司);King fi sher自動化提取系統(tǒng)(Thermo公司)。

        1.3 檢材預(yù)處理

        1.3.1 常規(guī)組骨骼、牙齒預(yù)處理(保存2年以內(nèi))

        取常規(guī)骨骼或牙齒檢材,用手術(shù)刀刮凈表面,清洗,晾干,以5 %次氯酸鈉溶液處理15 min,蒸餾水清洗3~4次,無水乙醇浸泡一次,除去殘余水分,紫外燈下照射20 min。將上述檢材用Handy-Eco儀器研磨成粉,取50~150 mg,備用。

        1.3.2 疑難組骨骼(牙齒)預(yù)處理(保存2年~46年)

        骨骼與牙齒的前處理同1.3.1常規(guī)組。處理完畢后,陳舊骨骼檢材在完整股骨頭一端取4~6塊(1~2 g/塊)骨碎片;陳舊牙齒檢材選取整個牙齒。將上述檢材用6770-230 Freezer Mill冷凍研磨儀振蕩研磨至粉末狀,備用。

        1.4 檢材DNA提取

        1.4.1Handy -EcoKing fi sher 法(H-K法)

        1)按上述處理的常規(guī)組,每份取粉末約50 mg,置于1.5 mL離心管中,加入骨骼專用磁珠法DNA提取試劑盒的裂解液350μL、蛋白酶K(20 mg/mL)20μL、1mol/L DTT 20μ L(新 鮮 配 制 );2) 在56℃恒溫金屬?。‥ppendorf公司)混勻(750 r/min低轉(zhuǎn)數(shù)震蕩)并孵育過夜;3)10 000 g離心10 min,取上清液用King fi sher自動化系統(tǒng)提取骨粉DNA,模板DNA最終洗脫體積20μ L。

        1.4.2H-K法優(yōu)化比較

        選取常規(guī)組中同一個體的骨粉和牙粉、疑難組中22年的骨粉(對照),按上述H-K方法提取DNA,并分別設(shè)置不同樣本量(50、100、150 mg)及不同消化時間(6、18 h),以選擇確定最佳樣本量和消化時間。

        1.4.3Freeze -millKing fi sher 法(FM-K法)

        1)取8份已處理好的陳舊骨骼粉末各約5 g,已處理好的25顆陳舊牙齒粉末各約1.5 g,于15 mL離心管中加入骨骼專用磁珠法DNA提取試劑盒裂解液5 mL、蛋白酶 K (20 mg/mL) 200 μ L、1 mol/L DTT 200 μL(新鮮配制);2)56 ℃恒溫金屬?。‥ppendorf公司)混勻(750 r/min低轉(zhuǎn)數(shù)震蕩)并孵育過夜;3)按前量補(bǔ)加DTT和蛋白酶K;4)再次重復(fù)(2)的處理操作;5)10000 g 離心10 min;6)取上清液用King fi sher自動化系統(tǒng)富集所提取的骨粉及牙粉DNA,模板DNA最終洗脫體積15 μL。

        1.5 STR分型檢測

        用Identi fi ler Plus試劑盒進(jìn)行復(fù)合擴(kuò)增,反應(yīng)總體積10 μL,其中 DNA 模板4 μ L。反應(yīng)條件:95 ℃、11 min;94 ℃、20 s;59 ℃、3min;60 ℃、10 min;循環(huán)數(shù)30。PCR產(chǎn)物在3500遺傳分析儀上進(jìn)行毛細(xì)管電泳,GeneMapper ID-X V1.4軟件對電泳數(shù)據(jù)做分析。

        2 結(jié)果

        2.1 H-K法提取常規(guī)組骨骼、牙齒DNA的結(jié)果

        H-K法提取DNA結(jié)果見表1。由表可見,保存時間在2年內(nèi)、不同保存環(huán)境的常規(guī)組檢材采用H-K法提取成功率達(dá)到99.42 %(成功獲得15個STR分型結(jié)果)。

        表1 H-K法提取DNA結(jié)果Table 1 DNA Extracted by H-K processing

        2.2 H-K法優(yōu)化后提取DNA的結(jié)果

        按本文1.4.2項(xiàng)選取檢材以及同樣的條件與操作進(jìn)行分組并檢驗(yàn),所得 STR分型結(jié)果見表2??梢?,隨著消化時間的延長和消化骨粉、牙粉量的增加,STR檢驗(yàn)的成功率也在增加。因此,對于常規(guī)的骨骼、牙齒檢材,選用100 mg骨粉或牙粉量、消化時間18 h,就可基本上成功獲得STR分型結(jié)果。但對于22年的陳舊檢材,H-K法檢測成功率為0,全部檢測失敗。

        表2 H-K法在不同優(yōu)化條件下提取DNA結(jié)果比較Table 2 Comparison of DNA extracted by H-K processing under different optimal conditions

        2.3 FM-K法提取疑難組骨骼牙齒DNA的結(jié)果

        FM-K法提取DNA結(jié)果見表3。疑難組骨骼和牙齒樣本采用FM-K法提取成功率達(dá)到96.97 %(成功獲得12個STR結(jié)果以上,具備比對條件)和90.91 %(成功獲得15個STR分型結(jié)果)。

        表3 FM-K法提取DNA結(jié)果Table 3 DNA Extracted by FM-K processing

        2.4 案例應(yīng)用

        2010年12月,榆林某地發(fā)生一起配陰婚盜尸案,嫌疑人盜取埋在地底下46年的一具女性遺骸。遺骸追回后,需做DNA進(jìn)行親緣關(guān)系比對。采用本文1.4.3FM-K法提取DNA,成功獲得了STR分型結(jié)果(圖1),為尸源認(rèn)定提供了重要依據(jù)。

        1993年5月29日,在蒲城縣某一小煤窯井口附近,南某因開煤窯的瑣事與王某發(fā)生爭執(zhí)而被打傷,后死亡,王某在逃。2015年8月18日,王某歸案,需確定22年前受害人南某的身份,開棺提取脛骨一份,采用本文1.4.3FM-K法提取DNA,成功獲得了STR分型結(jié)果(圖2)。

        圖2 22年陳舊骨骼STR分型結(jié)果Fig.2 STR typing from a 22-year bone

        3 討論

        目前,骨骼、牙齒DNA檢驗(yàn)已成為法醫(yī)DNA檢驗(yàn)鑒定的常規(guī)技術(shù)[5],采用脫鈣法等傳統(tǒng)手段檢驗(yàn),雖然對較為新鮮的骨骼、牙齒成功率能達(dá)到97.92%(96例檢材中94例成功)[6-7],但對于陳舊的骨骼、牙齒成功率卻相對較低,且存在耗時長、所用有機(jī)試劑毒性大、出峰不均衡等缺點(diǎn)[8]。本文利用Handy-Eco儀器和冷凍研磨儀研磨骨骼、牙齒,結(jié)合King fi sher自動化提取設(shè)備和骨骼專用磁珠法DNA提取試劑盒,使骨骼和牙齒的DNA提取成功率達(dá)到99.42 %(常規(guī)骨骼牙齒類)和96.97 %(疑難骨骼牙齒類)。

        筆者認(rèn)為,對日常檢案中遇到的大部分常規(guī)類型骨骼、牙齒檢材,由于通常其保存時間不超過2年,保存環(huán)境也相對較好,這類檢材可用H-K法處理,消化需要的骨粉、牙粉量少,省時省力,STR檢出成功率也很高。另外,H-K法所用Handy-Eco儀器與普通電鉆相比,還具有以下優(yōu)點(diǎn):一是Handy-Eco打磨工具功率相對較低,轉(zhuǎn)速相對較慢,故震動頻率就相對較低,摩擦力較小,不易產(chǎn)生過量熱能;二是Handy-Eco打磨工具易控制轉(zhuǎn)速,操作簡單,穩(wěn)定性好,便于單手掌握;三是Handy-Eco打磨工具的轉(zhuǎn)頭小巧輕便,易更換,一物證一轉(zhuǎn)頭,能防污染,經(jīng)濟(jì)成本低;四是經(jīng)過Handy-Eco打磨工具處理過的骨粉或者牙粉比較細(xì)膩,有利于下一步的消化。

        本文所有檢材均來自于日常檢案,故所討論的H-K法也是因工作實(shí)際需要而建立,后來逐步優(yōu)化。對于常規(guī)骨骼檢材,取材量50 mg和消化6 h的條件并不能獲得理想的STR分型結(jié)果,但適當(dāng)增加取材量(100 mg)及延長消化時間(18 h,低轉(zhuǎn)數(shù)震蕩過夜)后,便可有效提高提取成功率。當(dāng)然,取材時需選用完整性相對較好的骨松質(zhì)和骨密質(zhì)。對于牙齒檢材,磨牙粉時需磨到牙髓處。另外,在DNA擴(kuò)增階段適當(dāng)增加PCR循環(huán)數(shù),也可提高擴(kuò)增成功率[2]。

        對于疑難骨骼、牙齒檢材,比如時間過久,保存環(huán)境惡劣,檢材量非常少的情況,使用H-K法的成功率基本上為零(見表2),此時可考慮直接選用FM-K法,因?yàn)椋?)在超低溫環(huán)境下打磨骨骼、牙齒,有利于最大程度地保護(hù)其中的DNA;2)消化時骨粉用量比較大,其中的骨細(xì)胞含量相對增加,在一定程度上提高了檢測成功率;3)FM-K法與傳統(tǒng)脫鈣法相比,提取時間短,操作步驟少,實(shí)驗(yàn)周期緊湊,自動化程度高,污染風(fēng)險也低[9];4)King fi sher自動化提取系統(tǒng)能將大量的裂解液進(jìn)行富集,且最小洗脫體積仍可達(dá)到15 μ L,獲得的DNA濃度和純度均較高。

        綜上所述,本文提取骨骼牙齒DNA的方法,操作步驟簡單,使用常規(guī)試劑,成本低,成功率高,適于基層法醫(yī)對陳舊骨骼、牙齒中的DNA進(jìn)行檢驗(yàn)。

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