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        遼寧漢族27個(gè)Y-STR基因座的遺傳多態(tài)性

        2018-01-26 06:31:44王立銘邢佳鑫宣金鋒王保捷
        法醫(yī)學(xué)雜志 2017年6期
        關(guān)鍵詞:基因座漢族等位基因

        姚 軍 ,王立銘 ,貴 靖 ,邢佳鑫 ,宣金鋒 ,王保捷

        (1.中國(guó)醫(yī)科大學(xué)法醫(yī)學(xué)院法醫(yī)物證學(xué)教研室,遼寧 沈陽(yáng) 110122;2.大連市公安局刑事科學(xué)技術(shù)研究所,遼寧 大連116011)

        在法醫(yī)學(xué)親子鑒定和個(gè)體識(shí)別中,Y染色體STR基因座(Y-STR)具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì),主要是由于其男性伴性遺傳的特點(diǎn)[1-2]。在一些強(qiáng)奸案件的鑒定中,YSTR分型可以提供男性嫌疑人的遺傳信息,并且基因分型結(jié)果不受女性成分的影響[3]。此外,Y-STR基因座缺乏重組,具有獨(dú)特的單倍型特征,在了解人類群體特征和進(jìn)化等方面具有重要的作用[4]。本研究擬調(diào)查獲得中國(guó)遼寧漢族群體27個(gè)Y-STR基因座的遺傳學(xué)參數(shù),為法醫(yī)物證學(xué)提供更多的群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 樣本來(lái)源

        遼寧地區(qū)漢族無(wú)血緣關(guān)系男性個(gè)體血樣(血卡)267份,均來(lái)自本實(shí)驗(yàn)室日常建庫(kù)積累。

        1.2 Y-STR擴(kuò)增及分型

        用 Chelex-100法提取 DNA[5],用 Yfiler?Plus PCR試劑盒(美國(guó)AB公司)和9700型PCR儀(美國(guó)AB公司)對(duì)27個(gè)Y-STR基因座進(jìn)行擴(kuò)增,用3130xl基因分析儀(美國(guó)AB公司)進(jìn)行毛細(xì)管電泳,用Gene-Mapper?ID v3.2軟件進(jìn)行基因分型。

        1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理

        使用PowerMarker v3.25軟件計(jì)算等位基因分布頻率和基因多樣性(GD)[6]。使用Arlequin v3.5軟件計(jì)算單倍型頻率、單倍型多樣性(HD)[7]和識(shí)別率(discrimination capacity,DC)[8]。 Y-STR 基因座單倍型結(jié)構(gòu)分析使用YHRD數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.yhrd.org/)進(jìn)行,應(yīng)用YHRD數(shù)據(jù)庫(kù)在線工具(http://www.yhrd.org/Analyse/AMOVA)的分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)計(jì)算遼寧漢族群體和廣東漢族、河南漢族、甘肅藏族、德國(guó)人、拉美裔美國(guó)人(源自YHRD數(shù)據(jù)庫(kù),http://www.yhrd.org/search)的遺傳距離(Rst值),同時(shí)生成多維尺度圖(multidimensional scaling,MDS)。

        2 結(jié)果與討論

        27個(gè)Y-STR基因座的等位基因頻率分布和GD值見(jiàn)表1~2,其中DYS385和DYS387S1分別含有2個(gè)基因座。經(jīng)對(duì)267名遼寧漢族男性無(wú)關(guān)個(gè)體進(jìn)行檢測(cè),DYS385a/b和DYS387S1a/b基因座分別檢出48種、34種單倍型;其余23個(gè)Y-STR基因座中,DYS437基因座檢出的等位基因數(shù)最少(4個(gè)),DYS518基因座的等位基因數(shù)最多(16個(gè))。27個(gè)Y-STR基因座中,DYS438的 GD 值最低 (0.427 3),DYS385的 GD值最高(0.9599)。267名個(gè)體中,共發(fā)現(xiàn)255種單倍型,其中243種僅單個(gè)個(gè)體具有,12種單倍型檢出了2次。HD值為0.9962,DC值為0.9551。

        表1 27個(gè)Y-STR基因座在遼寧漢族群體的等位基因頻率分布情況 (n=267)

        表1 (續(xù))

        表2 27個(gè)Y-STR基因座在遼寧漢族群體中的GD值 (n=267)

        遼寧漢族男性和YHRD數(shù)據(jù)庫(kù)中其他群體的遺傳距離比較結(jié)果見(jiàn)表3,MDS結(jié)果見(jiàn)圖1。群體比較分析結(jié)果表明:盡管和河南漢族、廣東漢族群體具有較近的遺傳距離,但遼寧漢族群體仍具有自己獨(dú)特的遺傳結(jié)構(gòu)和群體特征。

        綜上,Yfiler?Plus PCR試劑盒中27個(gè)Y-STR基因座在遼寧漢族群體中具有較好的遺傳多態(tài)性,可以用于個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定。

        表3 遼寧漢族群體與YHRD數(shù)據(jù)庫(kù)中其他群體間的遺傳距離

        圖1 遼寧漢族和YHRD數(shù)據(jù)庫(kù)中其他群體的MDS結(jié)果

        [1]BALLANTYNE K N,RALF A,ABOUKHALID R, et al.Toward male individualization with rapidly mutating y-chromosomal short tandem repeats[J].Hum Mutat,2014,35(8):1021-1032.

        [2]VIEIRA T C,GIGONZAC M A,SILVA D M,et al.Y-STR haplotype diversity and population data for Central Brazil:implications for environmental forensics and paternity testing[J].Genet Mol Res,2014,13(2):3404-3410.

        [3]ROEWER L.Y chromosome STR typing in crime casework[J].Forensic Sci Med Pathol,2009,5(2):77-84.

        [4]KARAFET T M,HALLMARK B,COX M P,et al.Major east-west division underlies Y chromosome stratification across Indonesia[J].Mol Biol Evol,2010,27(8):1833-1844.

        [5]WALSH P S,METZGER D A,HIGUCHI R.Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material[J].Biotechniques,1991,10(4):506-513.

        [6]LIU K, MUSE S V.PowerMarker: an integrated analysis environment for genetic marker analysis[J].Bioinformatics,2005,21(9):2128-2129.

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