（海南主健細胞分子遺傳醫(yī)學(xué)檢驗中心法醫(yī)物證司法鑒定所，海南 ?？?570206）

短串聯(lián)重復(fù)序列（short tandem repeat，STR），又稱微衛(wèi)星DNA或簡單重復(fù)序列，其長度多態(tài)性來源于2～6bp重復(fù)單位拷貝數(shù)的個體差異，是目前在法醫(yī)物證鑒定中應(yīng)用最廣泛的長度多態(tài)性遺傳標(biāo)記[1]。本研究采用AmpF?STRTM華夏TM熒光標(biāo)記復(fù)合擴增體系對海南地區(qū)漢族人群的15個常染色體基因座（D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、D5S818、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA、D12S391、D18S51、D6S1043、FGA）進行多態(tài)性檢測和基因頻率調(diào)查，以獲得海南地區(qū)漢族人群的遺傳學(xué)數(shù)據(jù)，為當(dāng)?shù)胤ㄡt(yī)學(xué)的個體識別及親權(quán)鑒定提供群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)。

1 材料與方法

1.1 樣本

收集2014年1月—2015年12月本司法鑒定所日常檢案累積的2 562份海南地區(qū)漢族無關(guān)個體血樣，均為FTA卡血樣。

1.2 主要儀器和試劑

9700型PCR儀、3500基因分析儀（美國AB公司），AmpF?STRTM華夏TMPCR直接擴增試劑盒（美國AB公司）。

1.3 方法

樣本用打孔器按直徑1.2 mm進行打孔取樣，直接打入潔凈的96孔板中，按照AmpF?STRTM華夏TMPCR直接擴增試劑盒操作說明書在9700型PCR擴增儀上進行擴增。采用25 μL擴增體系，擴增參數(shù)：95℃ 11min；94℃ 20s，59℃ 2min，72℃ 1min，27 個循環(huán)；60℃ 25min。擴增產(chǎn)物在3500型基因分析儀上進行電泳，使用GeneMapper?ID-X軟件進行基因型分析。

1.4 統(tǒng)計分析

聯(lián)合應(yīng)用Modified-Powerstate軟件[2]和SPSS 22.0軟件進行相關(guān)基因座的Hardy-Weinberg平衡檢驗，計算觀察雜合度（Ho）、期望雜合度（He）、個體識別率（DP）、非父排除率（PE）、多態(tài)信息含量（PIC）等遺傳學(xué)參數(shù)，并采用Fisher確切概率法與文獻[3-12]報道的其他地區(qū)漢族人群以及海南黎族[13]、海南漢族[14]的STR基因座等位基因頻率分布進行比較，檢驗水準(zhǔn)α=0.05。

2 結(jié) 果

2.1 等位基因頻率分布

15個常染色體STR基因座的等位基因頻率分布見表1，共檢出189個等位基因，868個基因型。在CSF1PO、D3S1358、D13S317、D19S433、D6S1043、FGA 6個基因座檢測到AmpF?STRTM華夏TMPCR直接擴增試劑盒等位基因分型標(biāo)準(zhǔn)參照范圍外的off-ladder（OL）等位基因。

2.2 群體遺傳學(xué)參數(shù)

15個常染色體STR基因座的群體遺傳學(xué)參數(shù)見表2。各基因座的等位基因頻率分布均符合Hardy-Weinberg 平衡（P＞0.05），累積個體識別率大于0.999 999 999 999 99，累積三聯(lián)體非父排除率達到0.9999997。

2.3 與其他地區(qū)漢族人群15個STR基因座等位基因頻率分布比較

通過查閱相關(guān)文獻，將本研究調(diào)查所得海南地區(qū)漢族人群15個STR基因座的等位基因頻率分布與文獻報道的我國其他地區(qū)漢族人群的頻率分布情況進行比較，采用Fisher確切概率法檢驗，所得P值小于0.05表明兩個地區(qū)漢族人群的頻率分布差異有統(tǒng)計學(xué)意義，具體結(jié)果見表3。與海南黎族13個相同的STR基因座比較，除D3S1358外，其余基因座的差異均有統(tǒng)計學(xué)意義。與海南漢族人群基因頻率分布比較，僅D21S11和D6S1043基因座的差異具有統(tǒng)計學(xué)意義。

表1 海南地區(qū)漢族人群15個STR基因座等位基因頻率分布情況 （n=2562）

表2 海南地區(qū)漢族人群15個STR基因座的群體遺傳學(xué)參數(shù) （n=2562）

表3 海南地區(qū)與其他地區(qū)漢族人群15個STR基因座等位基因分布頻率對比情況（P值）

3 討 論

AmpF?STRTM華夏TMPCR直接擴增試劑盒是美國AB公司在針對中國人群推出的AmpF?STR?SinofilerTM試劑盒基礎(chǔ)上進行改進而研發(fā)的。該試劑盒通過進一步考察密碼子的兼并性，增加了數(shù)種兼并引物，能夠更加有效、全面地對目標(biāo)序列進行擴增，多用于個體識別和三聯(lián)體親子鑒定。該試劑盒包括11個CODIS基因座和4個四核苷酸重復(fù)基因座（D2S1338、D19S433、D12S391 和 D6S1043）。 相比AB公司之前開發(fā)并廣泛使用的Identifiler試劑盒，AmpF?STRTM華夏TMPCR直接擴增試劑盒用中國人群中多態(tài)性程度較高的D12S391和D6S1043基因座分別替代Identifiler試劑盒中中國人群多態(tài)性程度較低的TH01和TPOX基因座，應(yīng)用于中國人群進行個體識別和三聯(lián)體親子鑒定的價值更高。

本研究在2 562名海南地區(qū)漢族無關(guān)個體中共檢出15個STR基因座的189個等位基因，868個基因型。各基因座Ho值為0.728～0.874，DP值為0.872～0.971，PE 值為 0.473～0.743，PIC 值為 0.674～0.862。一般認(rèn)為DP＞0.8、PE＞0.5時，屬于高度多態(tài)性遺傳標(biāo)記，具有較高的應(yīng)用價值[15]。上述15個STR基因座中除了CSF1PO和D3S1358之外的13個STR基因座均具有高度的遺傳多態(tài)性，其中D6S1043各遺傳學(xué)參數(shù)值最大，多態(tài)性程度最高，D3S1358的遺傳學(xué)參數(shù)值最小，多態(tài)性程度最低。15個STR基因座累積個體識別率大于0.99999999999999，累積三聯(lián)體非父排除率達到0.9999997。AmpF?STRTM華夏TM熒光標(biāo)記復(fù)合擴增體系可應(yīng)用于海南漢族人群進行個體識別和三聯(lián)體親子鑒定。

本研究調(diào)查的15個STR基因座中，在CSF1PO、D3S1358、D13S317、D19S433、D6S1043、FGA 這 6 個基因座檢測到AmpF?STRTM華夏TMPCR直接擴增試劑盒等位基因分型標(biāo)準(zhǔn)參照范圍外的15個OL等位基因，其中FGA基因座檢測出9個OL等位基因。CSF1PO基因座的等位基因16、D19S433基因座的等位基因9.2以及FGA基因座的等位基因18.2和19.2最為少見，在本研究參考的其他文獻[3-12]中未見報道。所有OL等位基因的基因頻率均小于0.01，屬于群體中因基因突變而產(chǎn)生的遺傳不穩(wěn)定的新等位基因，對遺傳多態(tài)性貢獻不大[1]，但其獨特性對法醫(yī)學(xué)個體識別和親子鑒定具有重要的實踐意義。

將本研究中海南地區(qū)漢族人群15個STR基因座與文獻報道的我國其他地區(qū)漢族人群相同基因座的基因頻率分布進行對比，海南地區(qū)與華南（主要為廣東、廣西）、重慶、福建、湖南、湖北地區(qū)相比，差異無統(tǒng)計學(xué)意義（P＞0.05）的基因座數(shù)量較多，達到總數(shù)的50%以上；而與浙江、江蘇、山東、山西、北方（主要為河北以北）地區(qū)幾乎所有基因座的差異均有統(tǒng)計學(xué)意義（P＜0.05）。與海南地區(qū)漢族人群基因頻率分布差異較小的均位于長江以南地區(qū)，而基因頻率分布差異較大的基本位于長江以北地區(qū)，此結(jié)果表明STR基因座的基因頻率分布是有地域區(qū)別的。另外還對比了本研究與海南黎族的基因頻率分布，13個相同的STR基因座中除D3S1358外其余基因座的差異均有統(tǒng)計學(xué)意義，此結(jié)果表明STR基因座的基因頻率分布是有民族差異的。與唐秋萍等[14]已報道的海南漢族人群基因頻率分布對比，僅D21S11和D6S1043兩個基因座的差異具有統(tǒng)計學(xué)意義。本研究調(diào)查了海南地區(qū)漢族人群的AmpF?STRTM華夏TM熒光標(biāo)記復(fù)合擴增體系15個STR基因座的群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)，樣本量達到了2 562例，具有一定的代表性，可為當(dāng)?shù)胤ㄡt(yī)學(xué)個體識別和親權(quán)鑒定意見提供評估依據(jù)。

[1]侯一平.法醫(yī)物證學(xué)[M].3版.北京：人民衛(wèi)生出版社，2009：15-23，84-113.

[2]趙方，伍新堯，蔡貴慶，等.Modified-Powerstates軟件在法醫(yī)生物統(tǒng)計中應(yīng)用[J].中國法醫(yī)學(xué)雜志，2003，18（5）：297-298，312.

[3]薛天羽，成建定，張晉湘，等.華南地區(qū)漢族群體15個STR基因座的遺傳多態(tài)性調(diào)查[J].中山大學(xué)學(xué)報（醫(yī)學(xué)科學(xué)版），2009，30（S3）：45-50.

[4]封宇，張建，張金輝，等.重慶地區(qū)漢族人群18個STR基因座的遺傳多態(tài)性[J].中國法醫(yī)學(xué)雜志，2015，30（6）：610-612.

[5]練惠輝，戈文東，林峰，等.福建漢族人群21個常染色體STR基因座的遺傳多態(tài)性[J].法醫(yī)學(xué)雜志，2015，31（3）：211-214.

[6]歐陽曙明，殷照初，江源，等.湖南省漢族人群15個STR 基因座多態(tài)性分析[J].生命科學(xué)研究，2009，13（5）：399-402，421.

[7]易少華，楊榮芝，梅焜，等.湖北漢族人群15個STR基因座的遺傳多態(tài)性[J].華中科技大學(xué)學(xué)報（醫(yī)學(xué)版），2010，39（1）：91-93.

[8]陳雁，朱宇寧，呂時銘，等.浙江省漢族人群18-STR基因座的分型資料及其應(yīng)用[J].中山大學(xué)學(xué)報（醫(yī)學(xué)科學(xué)版），2010，31（1）：122-128.

[9]潘猛，陳子慶，丁小健，等.江蘇漢族群體15個STR基因座遺傳多態(tài)性分析[J].江蘇醫(yī)藥，2012，38（5）：561-564.

[10]韓清順，黃磊，宋丙林，等.山東漢族群體39個STR基因座遺傳多態(tài)性[J].中國法醫(yī)學(xué)雜志，2015，30（5）：513-516.

[11]劉雁軍，賀小華，鞏智剛，等.晉城漢族人群19個STR基因座遺傳多態(tài)性[J].刑事技術(shù)，2015，40（4）：330-331.

[12]穆豪放，張盾，殷才湧，等.北方漢族21個常染色體STR基因座和1個Y染色體STR基因座的群體遺傳學(xué)調(diào)查[J].中國司法鑒定，2015（2）：67-71.

[13]金鑫，姜成濤，涂政，等.海南黎族群體14個STR基因座遺傳多態(tài)性[J].中國法醫(yī)學(xué)雜志，2007，22（6）：403-404.

[14]唐秋萍，楊向萍，章雅清.海南地區(qū)漢族15個STR基因座群體遺傳學(xué)研究[J].中國輸血雜志，2010，23（6）：445-448.

[15]AMAR A，BRAUTBAR C，MOTRO U，et al.Genetic variation of three tetrameric tandem repeats in four distinct Israeli ethnic groups[J].J Forensic Sci，1999，44（5）：983-986.