近幾年軟件企業(yè)飛速發(fā)展，已經(jīng)成為產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)中的重要組成部分。軟件產(chǎn)業(yè)的飛速發(fā)展與企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策息息相關(guān)。2012年，財政部和國家稅務(wù)總局聯(lián)合下發(fā)《關(guān)于企業(yè)所得稅若干優(yōu)惠政策的通知》（財稅〔2012〕27號，以下簡稱財稅〔2012〕27號），進一步明確了軟件企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策。但由于新舊政策的銜接以及與其他產(chǎn)業(yè)優(yōu)惠政策的協(xié)調(diào)等問題，軟件企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策在執(zhí)行過程中，遇到一系列問題亟需解決。

一、軟件生產(chǎn)企業(yè)“兩免三減半”優(yōu)惠期限問題

1.獲利年度與認定年度的關(guān)系問題

符合條件的軟件生產(chǎn)企業(yè)可享受自獲利年度起“兩免三減半”的優(yōu)惠政策，但在具體執(zhí)行過程中，由于認定年度與獲利年度往往不是同一年，造成“兩免三減半”優(yōu)惠期限的計算存在一定的歧義。例如，某企業(yè)獲利年度為2010年，2012年取得軟件企業(yè)認定證書，該企業(yè)2012年申請享受減免稅。目前，稅務(wù)機關(guān)對這種情況往往從嚴(yán)掌握，確認獲利年度為2010年，該企業(yè)僅可就剩余年份享受三減半的優(yōu)惠政策，但這種做法在一定程度上違背了優(yōu)惠政策的初衷，并沒有真正體現(xiàn)優(yōu)惠政策對軟件企業(yè)的有力扶持。

2.軟件企業(yè)與高新技術(shù)企業(yè)政策銜接問題

由于軟件企業(yè)與高新技術(shù)企業(yè)認定條件存在交叉，很多企業(yè)同時擁有“雙證”。軟件企業(yè)享受從“獲利年度起兩免三減半”，高新技術(shù)企業(yè)（特定地區(qū)的）享受從取得第一筆收入所屬年度起兩免三減半，造成兩類減免稅的銜接出現(xiàn)問題。如納稅人先認定為高新技術(shù)企業(yè)，正在享受從取得第一筆收入所屬年度起兩免三減半優(yōu)惠，后被認定為軟件企業(yè)，減免期限是扣除已享受的年度，還是視已享受年度的獲利情況而定，存在較大的分歧。

3.軟件企業(yè)年審與優(yōu)惠政策銜接問題

軟件企業(yè)年審是對企業(yè)上一年度的相關(guān)數(shù)據(jù)進行審核，如果年審不通過，稅收優(yōu)惠政策如何銜接有待明確。如某企業(yè)2012年被認定為軟件企業(yè)，當(dāng)年獲利，從2012年開始享受兩免三減半優(yōu)惠政策。如果2013年年審（審核2012年數(shù)據(jù)）不通過，那么是從2012年還是從2013年停止享受優(yōu)惠政策，目前政策沒有明確，對納稅人和稅務(wù)執(zhí)法都造成了一定的障礙和風(fēng)險。

另外，如果企業(yè)年審沒通過停止享受優(yōu)惠，但以后年度又被認定為軟件企業(yè)，能否在剩余年度享受優(yōu)惠政策也需進一步明確，以便更好地保證納稅人的權(quán)益。

二、研究開發(fā)費用加計扣除問題

1.研究開發(fā)項目問題

基層稅務(wù)機關(guān)往往對企業(yè)從事的研發(fā)項目是否屬于“《國家重點支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》和國家發(fā)展改革委員會等部門公布的《當(dāng)前優(yōu)先發(fā)展的高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重點領(lǐng)域指南》規(guī)定項目”往往很難把握。雖然《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)研究開發(fā)費用稅前扣除管理辦法（試行）的通知〉》（國稅發(fā)〔2008〕116號，以下簡稱國稅發(fā)〔2008〕116號）規(guī)定“主管稅務(wù)機關(guān)對企業(yè)申報的研究開發(fā)項目有異議的，可要求企業(yè)提供政府科技部門的鑒定意見書”，但沒有明確規(guī)定操作流程，執(zhí)行難度大，隨意性強，納稅人非常被動。

2.加計扣除費用標(biāo)準(zhǔn)問題

一是國稅發(fā)〔2008〕116號對扣除項目進行了列舉，明確規(guī)定了允許加計扣除的八大費用。2013年，《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于研究開發(fā)費用稅前加計扣除政策有關(guān)問題的通知》（財稅[2013]70號）對具體扣除標(biāo)準(zhǔn)又進行了完善。但上述政策中列舉的項目，不能完全與會計科目核算對應(yīng)，存在標(biāo)準(zhǔn)和口徑不清問題，造成納稅人在費用歸集時困難重重。

3.委托開發(fā)問題

對于委托開發(fā)項目，受托方應(yīng)向委托方提供該研發(fā)項目的費用支出明晰情況，包括在委托方開發(fā)費用中的受托方開發(fā)利潤能否作為符合條件的研發(fā)費用作加計扣除尚未明確。

三、增值稅即征即退稅款問題

《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于專項用途財政性資金企業(yè)所得稅處理問題的通知》（財稅〔2011〕70號）規(guī)定“企業(yè)對該資金以及該資金發(fā)生的支出單獨進行核算”，但沒有明確規(guī)定單獨進行核算的具體標(biāo)準(zhǔn)和要求。取得資金是單獨開立銀行賬戶還是只需單獨設(shè)立相應(yīng)的會計科目，不同的理解對政策執(zhí)行影響較大。

財稅〔2012〕27號規(guī)定，增值稅即征即退稅款專項用于研究軟件產(chǎn)品研發(fā)和擴大再生產(chǎn)，才能作為“不征稅收入”。對于“擴大再生產(chǎn)”的概念沒有明確規(guī)定，如用來購買設(shè)備是否僅限于購買生產(chǎn)設(shè)備，是否可用來繳納稅款等亟需進一步細化和明確。

四、技術(shù)轉(zhuǎn)讓所得問題

一方面，部分軟件企業(yè)技術(shù)轉(zhuǎn)讓實質(zhì)上簽訂的是技術(shù)（委托）開發(fā)合同，合同類型為“委托開發(fā)”，但其合同中注明技術(shù)轉(zhuǎn)讓金額，有關(guān)科技部門的鑒定列示了技術(shù)轉(zhuǎn)讓金額。

按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于技術(shù)轉(zhuǎn)讓所得減免企業(yè)所得稅有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2009〕212號，以下簡稱國稅函〔2009〕212號）的相關(guān)規(guī)定，委托開發(fā)合同不能享受技術(shù)轉(zhuǎn)讓所得的減免稅待遇，科技部門也認為委托開發(fā)合同即使有列明技術(shù)轉(zhuǎn)讓金額也不能視為技術(shù)轉(zhuǎn)讓。但委托開發(fā)合同中包含了大量受托方的技術(shù)轉(zhuǎn)讓增值，如不能享受稅收優(yōu)惠，則會造成不公平的稅收環(huán)境。

另一方面，部分軟件企業(yè)的技術(shù)轉(zhuǎn)讓合同中存在一部分使用權(quán)轉(zhuǎn)讓金額。對于使用權(quán)轉(zhuǎn)讓問題，總局沒有明確，但根據(jù)國稅函〔2009〕212號的相關(guān)精神以及技術(shù)轉(zhuǎn)讓所得的計算規(guī)定理解，技術(shù)使用權(quán)轉(zhuǎn)讓原則上應(yīng)不能享受技術(shù)轉(zhuǎn)讓所得的相關(guān)減免稅優(yōu)惠。目前稅務(wù)機關(guān)對技術(shù)使用權(quán)轉(zhuǎn)讓通常不允許備案。稅收執(zhí)法存在一定的政策風(fēng)險，納稅人也存在較大異議。