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        新疆和田地區(qū)維吾爾族帕金森病LRRK2基因S1647T多態(tài)性分析

        2012-11-20 08:32:06閆薈如馬青平楊新玲李紅娟新疆醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院神經(jīng)醫(yī)學(xué)中心新疆烏魯木齊830054
        中國老年學(xué)雜志 2012年9期
        關(guān)鍵詞:多態(tài)等位基因基因型

        閆薈如 馬青平 楊新玲 李紅娟 (新疆醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院神經(jīng)醫(yī)學(xué)中心,新疆 烏魯木齊 830054)

        帕金森病(PD)是一種常見于中老年的神經(jīng)系統(tǒng)變性疾病,各研究表明遺傳因素在PD的病因中起著重要作用,其中LRRK2是重要的易感基因之一。目前已證實(shí)LRRK2基因約有20多個突變位點(diǎn)與PD相關(guān),突變類型具有明顯的區(qū)域和種族差異性。目前尚未見國外學(xué)者對S1647T多態(tài)的研究報道,我國大陸的Zheng等〔1〕和臺灣的 Lin等〔2〕研究發(fā)現(xiàn)該多態(tài)與中國漢族人群PD的發(fā)生有關(guān)。本研究選擇新疆和田地區(qū)維族帕金森患者及健康對照者為研究對象,觀察LRRK2基因多態(tài)位點(diǎn)S1647T與新疆和田地區(qū)維族帕金森病的關(guān)系。

        1 對象與方法

        1.1 診斷標(biāo)準(zhǔn) 病例組為在流調(diào)基礎(chǔ)上得到的PD患者(均為散發(fā)性),對照組為從調(diào)查地點(diǎn)選擇的生活背景與PD患者相似,年齡、性別、族別等相互匹配,并且經(jīng)嚴(yán)格檢查確定無血緣關(guān)系的健康非PD者。以英國BrainBank診斷標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行篩查,部分診斷困難者再由神經(jīng)內(nèi)科資深專家進(jìn)行審核確診,必要時行頭顱核磁或CT證實(shí)。發(fā)病年齡以50歲為界分為早發(fā)PD組和遲發(fā)PD組。排除繼發(fā)性PD和帕金森疊加綜合征以及神經(jīng)系統(tǒng)其他疾病、甲狀腺功能亢進(jìn)、遺傳病等。

        1.2 一般資料 病例組124例,男72例,女52例,發(fā)病年齡31~95(62.7±12.6)歲;對照組130名,男76例,女54例,年齡33~90(60.9±11.6)歲。病例組與對照組的性別構(gòu)成、年齡間差異均無統(tǒng)計學(xué)意義(χ2性別 =0.004,P>0.05;t年齡 =1.138,P >0.05)。

        1.3 方法

        1.3.1 DNA制備 所有患者及正常對照者都經(jīng)知情同意。取外周肘靜脈血2 ml按常規(guī)酚/氯仿法抽提基因組DNA,檢測DNA 純度在1.7~1.9,濃度≥10 ng/μl,-20℃保存。

        1.3.2 引物的設(shè)計 根據(jù)National Center for Biotechnology Information(NCBI)及ensembl中的DNA序列庫中LRRK2基因S1647T所在的Exon34的DNA序列,設(shè)計S1647T引物序列,上游:5'-CTTCTAGGCCACATGGTTG-3';下 游:5'-TCCTATTGGCAAAGCAATCT-3',擴(kuò)增片斷長度為326 bp,引物由北京華大生物公司合成。

        1.3.3 擴(kuò)增LRRK2基因第34號外顯子 PCR總體積為25 μl。100 ng/μl上下游引物各為 0.5 μl,MIX10 μl,50 ng/μl gDNA 3.0 μl,ddH2O 11 μl。PCR 反應(yīng)條件為:S1647T 反應(yīng)條件:94℃預(yù)變性 5 min,94℃變性 30 s,57.8℃退火 30 s,72℃延伸20 s,共35個循環(huán),最后72℃延伸10 min,4℃保存。

        1.3.4 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物檢測與基因型鑒定 取7 μl PCR產(chǎn)物,加入上樣緩沖液(2×溴芬蘭)混勻后,上樣于2%瓊脂糖凝膠,核酸染料染色,D50 Marker做標(biāo)準(zhǔn)對照,4 V/cm電壓電泳,紫外儀上觀察,拍照。擴(kuò)增片段長度為326 bp。

        1.3.5 DNA測序法基因型分析 TT型為純合子(野生型);TA型為雜合子突變;AA型為純合子突變。

        1.4 統(tǒng)計學(xué)方法 使用 SPSS17.0軟件進(jìn)行分析?;蛐皖l率及等位基因頻率采用基因計數(shù)法,計數(shù)資料以率(%)表示,兩組間等位基因頻率和基因型頻率分布的比較采用χ2檢驗(yàn)。

        2 結(jié)果

        2.1 Hardy-Weinberg平衡定律吻合度檢驗(yàn) 病例組與對照組兩個多態(tài)性基因型分布均符合Hardy-Weinberg遺傳平衡定律,吻合度良好(PD 組 χ2=0.080,P >0.05,對照組 χ2=0.410,P >0.05)。

        2.2 LRRK2基因S1647T位點(diǎn)多態(tài)性測序結(jié)果 見圖1。

        圖1 LRRK2基因S1647T多態(tài)位點(diǎn)測序圖

        2.3 PD組與對照組S1647T多態(tài)基因型頻率和等位基因頻率比較 PD組和對照組基因型頻率和等位基因頻率比較,差異無統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=0.98,P=0.613 和 χ2=0.218,P=0.64)。見表1。

        表1 PD組與對照組S1647T多態(tài)基因型頻率和等位基因頻率比較〔n(%)〕

        2.4 不同年齡PD患者與對照者S1647T基因型頻率和等位基因頻率分布的比較 早發(fā)PD組與≤50歲對照組(χ2=0.953,P=0.621和χ2=0.584,P=0.445),遲發(fā) PD組與 >50歲對照組(χ2=0.384,P=0.825 和 χ2=0.019,P=0.891)之間基因型頻率和等位基因頻率比較差異無統(tǒng)計學(xué)意義。見表2。

        表2 不同年齡PD患者與對照者S1647T基因型頻率和等位基因頻率分布的比較〔n(%)〕

        2.5 不同性別PD患者與對照者S1647T基因型頻率和等位基因頻率分布的比較 男性PD組與男性對照組(χ2=0.416,P=0.812和χ2=0.213,P=0.644),女性PD組與女性對照組(χ2=0.726,P=0.696 和 χ2=0.033,P=0.857)基因型頻率和等位基因頻率比較差異均無統(tǒng)計學(xué)意義。見表3。

        表3 不同性別PD患者與對照者S1647T基因型頻率和等位基因頻率分布的比較〔n(%)〕

        3 討論

        近年來,隨著諸多PD相關(guān)易感基因的發(fā)現(xiàn),人們意識到遺傳因素對PD發(fā)病所起的重要作用。LRRK2基因又名PARK8,位于染色體12q2,全長7 584個堿基,有51個外顯子,是常染色體顯性遺傳PD中突變頻率最高的致病基因,也是最常見的遲發(fā)型PD的致病基因。

        LRRK2基因突變具有明顯的地域和種族差異:G2019S和R1441C在歐洲和北非高加索人群中常見〔3~5〕,在亞洲的突變卻非常少見,僅占LRRK2突變的0.1%左右。G2385R被報道是第一個中國人群特異的PD風(fēng)險因子,由臺灣的Mata等〔6〕首次發(fā)現(xiàn),隨后其突變研究成為熱點(diǎn)。G2385R在馬來人PD患者中突變頻率為2.0%,但同PD發(fā)病無相關(guān)性,在印度及高加索等其他種族中均未檢出這個多態(tài)〔7~9〕,然而在東亞各國家和地區(qū)的散發(fā)性PD患者常見該位點(diǎn)突變,突變頻率分別為中國大陸10%,新加坡7.27%,日本11.6%,臺灣8%〔10〕。R1628P是新近發(fā)現(xiàn)的一個突變位點(diǎn),與G2385R類似,其攜帶者以雜合狀態(tài)為主,是散發(fā)性 PD 的一個風(fēng)險因素〔11〕。Ross等〔12〕報道R1628P可能是第二個中國人群特異的 PD風(fēng)險因子,與G2385R不同的是,在亞洲其他種族中未發(fā)現(xiàn)該位點(diǎn)突變,是漢族人群特異性的突變位點(diǎn)。

        S1647T是除G2385R和R1628P之外又一與中國漢族PD發(fā)生有關(guān)的多態(tài)位點(diǎn)。Zheng等〔1〕研究發(fā)現(xiàn)該位點(diǎn)的A等位基因增加了中國華南地區(qū)漢族人群PD的患病風(fēng)險;臺灣的Lin等〔2〕研究證實(shí)S1647T多態(tài)協(xié)同環(huán)境因素致使人群的PD患病增加;同時Chang等〔13〕研究結(jié)果也表明S1647T位點(diǎn)的突變增加了中國漢族人群PD的發(fā)病風(fēng)險。目前尚未見國外學(xué)者對該位點(diǎn)的研究報道。

        本研究結(jié)果顯示,LRRK2基因S1647T多態(tài)以TT和TA基因型多見,AA基因型較少見。A等位基因頻率在PD組與對照組之間無明顯差異,提示A等位基因可能與新疆和田地區(qū)維族人群散發(fā)性PD遺傳風(fēng)險可能無關(guān),這與國內(nèi)Zheng等和Chang等文獻(xiàn)報道的結(jié)論不同,由于LRRK2基因突變類型存在明顯的種族及地域差異,新疆地區(qū)地處中亞,維吾爾族具有與漢族不同的遺傳背景,所選維吾爾族研究對象均為當(dāng)?shù)鼐用瘢瑑?nèi)地其他地區(qū)、民族未有通婚,研究對象同質(zhì)性較高,該研究結(jié)果進(jìn)一步證實(shí)了LRRK2基因突變的地域和種族差異性,說明S1647T是中國漢族人群的突變熱點(diǎn)。按年齡分組,該研究表明S1647T位點(diǎn)基因型頻率及等位基因頻率在早發(fā)PD組和≤50歲對照組、遲發(fā)PD組和>50歲對照組、早發(fā)PD組和遲發(fā)PD組間均無統(tǒng)計學(xué)意義。這與Chang等〔13〕研究證明的與早發(fā)型PD有關(guān)結(jié)論不同,這與樣本量不足、抽樣誤差以及Chang的研究對象主要來自四川有關(guān),不同地區(qū)、種族、環(huán)境及生活習(xí)俗的差異也會造成的不同的結(jié)果。今后有必要繼續(xù)擴(kuò)大樣本量在其他人群和民族中對該位點(diǎn)進(jìn)行更進(jìn)一步的研究。

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