摘要： 種公雞的精子活力對(duì)養(yǎng)禽業(yè)的可持續(xù)發(fā)展至關(guān)重要，通過(guò)加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（WGCNA）分析法挖掘種公雞睪丸、附睪中調(diào)控精子活力的基因共表達(dá)模塊和核心基因，并構(gòu)建與種公雞精子活力相關(guān)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)?；趫F(tuán)隊(duì)前期對(duì)不同精子活力種公雞睪丸、附睪組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)的分析，用WGCNA方法構(gòu)建基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，識(shí)別與表型性狀顯著相關(guān)的基因模塊，并對(duì)關(guān)鍵模塊基因進(jìn)行GO功能注釋、KEGG通路富集分析。用Cytoscape軟件篩選每個(gè)關(guān)鍵模塊的核心基因并構(gòu)建可視化共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果表明，14 227個(gè)基因聚類到11個(gè)模塊，以決定系數(shù)（R2）≥0.6、P＜0.05為標(biāo)準(zhǔn)挖掘出青綠色（Turquoise）模塊、黃色（Yellow）模塊、紅色（Red）模塊與表型顯著相關(guān)。對(duì)3個(gè)關(guān)鍵模塊的基因進(jìn)行功能分析，發(fā)現(xiàn)這些基因顯著富集在核苷酸切除修復(fù)、同源重組、細(xì)胞色素P450對(duì)異類物質(zhì)代謝、MAPK信號(hào)通路和細(xì)胞凋亡等通路上。選出的IFT家族基因與HMOX2、CYP4B1、ANG、ITGB2基因是與種公雞精子活力相關(guān)的核心基因，可作為提高精子活力的潛在基因。

關(guān)鍵詞： 種公雞；精子活力；加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（WGCNA）；核心基因

中圖分類號(hào)： S831.2 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼： A 文章編號(hào)： 1000-4440（2023）03-0762-08

Mining of hub genes affecting sperm motility in testes and epididymides of breeder cocks by WGCNA method

YUAN Jia-ni， ZHAO Yan-hui， SHI Yu-mei， NI He-min， GUO Yong， SHENG Xi-hui， QI Xiao-long，WANG Xiang-guo， XING Kai

（Animal Science and Technology College， Beijing University of Agriculture， Beijing 102206， China）

Abstract： The sperm motility of breeding roosters is crucial for the sustainable development of the poultry farming. The coexpression modules and core genes regulating sperm motility in testis and epididymis were explored by weighted gene co-expression network analysis （WGCNA）， and the regulatory network related to sperm motility in breeder cocks was constructed. The transcriptome sequencing data of testicular and epididymis tissues of breeder cocks with high and low sperm motility were analyzed. The gene co-expression network was constructed by WGCNA method， and gene modules significantly associated with phenotypic traits were identified. GO functional annotation and KEGG pathway enrichment analysis were performed for the module genes. Cytoscape software was used to screen key genes and visualize the co-expression network. The results showed that 14 227 genes were clustered into 11 modules， Turquoise， Yellow and Red modules were mined with R2≥0.6 and Plt;0.05 as criteria. Functional analysis of the genes in the three key modules showed that these genes were mainly enriched in nucleotide excision repair， homologous recombination， effects of cytochrome P450 on xenobiotic metabolism， MAPK signaling pathway， apoptosis and other signaling pathways. In this study， the selected IFT family genes HMOX2， CYP4B1， ANG and ITGB2 were core genes related to sperm motility of breeder cocks， which could be used as potential genes for improving sperm motility.

Key words： breeder cocks; sperm motility;weighted gene co-expression network analysis （WGCNA）;hub gene

種公雞在家禽生產(chǎn)中具有重要作用，每年每羽種公雞可以使超過(guò)1 000個(gè)種蛋受精[1]。對(duì)于家禽養(yǎng)殖業(yè)而言，高繁殖力的種公雞可以提高畜禽生產(chǎn)經(jīng)濟(jì)效益。精液品質(zhì)是種公雞最主要的繁殖性狀，良好的精液品質(zhì)可以提高種公雞的利用效率，加速雞的遺傳改良進(jìn)程[2]。公雞的精液品質(zhì)主要包括精液顏色、精子活力、精子密度等[3]，其中精子活力是精子生存能力、受精能力的體現(xiàn)，最能反映精液的品質(zhì)。精子活力是高遺傳力性狀[2]，研究精子活力的分子遺傳機(jī)制是提高種公雞精子活力的有效方法。

加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（Weighted correlation network analysis，WGCNA）是通過(guò)構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)研究基因功能的重要方法[4]。WGCNA利用基因共表達(dá)數(shù)據(jù)將大量基因劃分為少數(shù)模塊，將模塊與性狀關(guān)聯(lián)后可確定核心基因所在關(guān)鍵模塊，并篩選出核心基因[5]。用WGCNA分析法將表達(dá)模式相似的基因進(jìn)行聚類[4]，分析基因與性狀之間的關(guān)系，在動(dòng)物育種方面得到了廣泛應(yīng)用。Liu等[6]通過(guò)對(duì)牛28個(gè)精子測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行WGCNA分析，發(fā)現(xiàn)精子DNA甲基化可能會(huì)影響公牛的繁殖性能。Xu等[7]以湖羊睪丸為試驗(yàn)材料，對(duì)不同月齡湖羊睪丸測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行WGCNA分析，鑒定出2個(gè)與睪丸發(fā)育高度相關(guān)的基因模塊，還發(fā)現(xiàn)DNAH17、SPATA4、PDGFA、VIM和INHBA是影響睪丸大小的關(guān)鍵基因。Robic等[8]以影響豬睪丸類固醇代謝的CYP11A1或HSD17B3基因?yàn)楹诵?，鑒定這2個(gè)基因所在模塊以尋找更多影響類固醇代謝的基因。目前尚無(wú)用WGCNA分析法鑒定種公雞精子活力關(guān)鍵基因的報(bào)道，本研究擬用WGCNA分析法鑒定種公雞睪丸、附睪中影響精子活力的核心基因，從而進(jìn)一步闡明種公雞精子活力遺傳的分子機(jī)制。

1 材料與方法

1.1 樣本的采集與處理

本試驗(yàn)利用筆者所在課題組前期對(duì)不同精子活力的種公雞睪丸、附睪組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序所得數(shù)據(jù)[9-10]進(jìn)行分析。試驗(yàn)前期通過(guò)檢測(cè)種公雞的精子活力，各選取4羽高、低精子活力的公雞，屠宰后取睪丸、附睪組織。所取組織樣本分為G（睪丸）、F（附睪）2組，再根據(jù)精子活力分為H（高活力）、L（低活力）組。用TopHat2[11]、Haseq2[12]對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)和定量，并除去表達(dá)量為0的基因。

1.2 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

用WGCNA分析包[13]構(gòu)建基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。首先計(jì)算任意2個(gè)基因之間的相關(guān)系數(shù)，用pickSoftThreshold函數(shù)確定最佳軟閾值，選擇相關(guān)系數(shù)加權(quán)值（power）=7對(duì)關(guān)系矩陣進(jìn)行冪運(yùn)算，建立無(wú)尺度的鄰近矩陣。采用adjacency函數(shù)將鄰近矩陣轉(zhuǎn)換為T(mén)OM矩陣，根據(jù)TOM矩陣的相異程度，按照層次聚類法和動(dòng)態(tài)剪切樹(shù)的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行基因聚類和模塊劃分。用模塊基因進(jìn)行主成分分析（PCA），得到模塊特征值（ME）。

1.3 目標(biāo)模塊的選擇

為了篩選與表型數(shù)據(jù)相關(guān)的模塊，計(jì)算模塊特征向量（ME）與樣本表型的相關(guān)程度。本研究以決定系數(shù)（R2）≥0.6、顯著性水平0.05為標(biāo)準(zhǔn)，選取與樣本表型顯著相關(guān)的模塊，表型數(shù)據(jù)見(jiàn)表1。

1.4 精子活力相關(guān)基因的篩選與網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

將目標(biāo)模塊中的基因?qū)隨TRING構(gòu)建蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)。使用Cytoscape軟件的cytoHabba插件計(jì)算基因的連接度，將結(jié)果排名前15的基因作為核心基因，繪制前10個(gè)基因的網(wǎng)絡(luò)圖。

1.5 目標(biāo)模塊的GO和KEGG富集分析

用ClusterProfiler包對(duì)雞精子活力相關(guān)模塊內(nèi)的基因作GO、KEGG富集分析，得出睪丸、附睪中參與精子活力調(diào)控的關(guān)鍵基因富集的生物學(xué)過(guò)程，閾值為0.05。

2 結(jié)果與分析

2.1 WGCNA分析

對(duì)定量數(shù)據(jù)除去表達(dá)量為0的基因后，得到14 227個(gè)基因用于加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。相關(guān)系數(shù)加權(quán)值（power）大于7時(shí)，網(wǎng)絡(luò)中基因之間的連接服從無(wú)尺度網(wǎng)絡(luò)分布，因此選取power=7構(gòu)建無(wú)尺度網(wǎng)絡(luò)（圖1）。采用動(dòng)態(tài)剪切法劃分，構(gòu)建了11個(gè)模塊，基因聚類數(shù)量最多的青綠色（Turquoise）模塊含有6 753個(gè)基因，基因聚類數(shù)量最少的紫色（Purple）模塊僅含有49個(gè)基因，灰色模塊代表沒(méi)有被聚類的基因（圖2）。

2.2 模塊相關(guān)性與重要模塊的識(shí)別

每個(gè)基因共表達(dá)模塊與高、低精子活力睪丸和附睪組織的關(guān)聯(lián)性分析結(jié)果如圖3所示。以各基因聚類模塊的特征值為標(biāo)準(zhǔn)，發(fā)現(xiàn)黃色（Yellow）模塊與高精子活力睪丸的相關(guān)性最高，但相關(guān)性不顯著。青綠色（Turquoise）模塊是與低精子活力睪丸顯著相關(guān)的模塊（R2=0.6， P=0.01）。黃色（Yellow）模塊是與高精子活力附睪顯著正相關(guān)的模塊（R2=0.68， P=0.004）。紅色（Red）模塊是與低精子活力附睪顯著正相關(guān)的模塊，且決定系數(shù)為0.70（圖3a）。通過(guò)模塊相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)，紅色（Red）模塊與黃色（Yellow）模塊的相關(guān)性較高，因此可將這2個(gè)模塊作為影響精子活力的特異性模塊（圖3b）。

2.3 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與核心基因鑒定

圖4為3個(gè)模塊的網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建結(jié)果，由Cytoscape結(jié)果確定IFT74、TRAF3IP1、NUP153、NUP54、TTC30A、IFT80、NUP155、IFT81、IFT140和IFT57是青綠色（Turquoise）模塊的核心基因，CYP4B1、LOC421584、APOA4、ENSGALP00000006662、AGXT、SLC51A、GAL9、PLA2G12B、TM6SF2和FTCD是黃色（Yellow）模塊的核心基因，MYO1F、CTSS、FES、LOC100857714、RAC2、MYO1G、MPEG1、CCLI10、RSFR和ITGB2是紅色（Red）模塊的關(guān)鍵基因。此外，未繪入圖中的HMOX2、CYP4B1、ANG基因也是與種公雞精子活力相關(guān)的核心基因。

2.4 目標(biāo)模塊中基因的生物學(xué)功能分析

Turquoise模塊的基因富集分析結(jié)果見(jiàn)圖5。生物過(guò)程（BP）、細(xì)胞組分（CC）、分子功能（MF）這幾個(gè)GO類別分別顯著富集的前2個(gè)條目分別為DNA修復(fù)、染色體結(jié)構(gòu)，RNA聚合酶復(fù)合體、細(xì)胞質(zhì)，催化活性作用于蛋白質(zhì)和RNA結(jié)合（圖5a）。KEGG通路分析發(fā)現(xiàn)，Turqueious模塊的基因顯著富集到核苷酸切除修復(fù)、核糖體生物發(fā)生和RNA降解等與核苷酸相關(guān)的通路上（圖5b）。

Yellow模塊的基因顯著富集在區(qū)域化、解剖結(jié)構(gòu)形態(tài)發(fā)生和前置/后置模式規(guī)范3個(gè)生物學(xué)過(guò)程及DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子活性、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)器活性、序列特異性DNA結(jié)合等分子功能條目（圖6a）。細(xì)胞色素P450對(duì)異類物質(zhì)的代謝、MAPK信號(hào)通路、谷胱甘肽代謝和藥物代謝-細(xì)胞色素P450是Yellow模塊基因顯著富集的信號(hào)通路（圖6b）。

Red模塊的基因顯著富集于免疫系統(tǒng)過(guò)程、白細(xì)胞的細(xì)胞-細(xì)胞粘連、對(duì)細(xì)菌的反應(yīng)、對(duì)生物刺激的反應(yīng)、對(duì)T細(xì)胞活化的正向調(diào)控和淋巴細(xì)胞活化等生物學(xué)過(guò)程（圖7a）。信號(hào)通路主要涉及細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用、產(chǎn)生IgA的腸道免疫網(wǎng)絡(luò)、噬菌體、細(xì)胞黏附分子、細(xì)胞凋亡和緊密連接等（圖7b）。

3 討論

本研究通過(guò)WGCNA分析將14 227個(gè)基因富集到11個(gè)共表達(dá)模塊，利用各個(gè)模塊的ME值對(duì)各模塊與目標(biāo)性狀進(jìn)行相關(guān)性分析，得出精子活力性狀研究的3個(gè)關(guān)鍵目標(biāo)模塊為T(mén)urquoies模塊、Yellow模塊、Red模塊。再通過(guò)互作網(wǎng)絡(luò)的連接度篩選得出，IFT基因家族、HMOX2、CYP4B1、ANG、ITGB2為影響精子活力的候選基因。

Turquoies模塊的基因主要參與核苷酸切除修復(fù)（NER）、同源重組和核糖核酸降解等與核糖體相關(guān)的通路。其中，核苷酸切除修復(fù)系統(tǒng)在精子發(fā)生過(guò)程中對(duì)于去除大塊DNA加成物至關(guān)重要[14]。研究發(fā)現(xiàn)，核苷酸切除修復(fù)參與大鼠睪丸的氧化應(yīng)激[15]。通過(guò)對(duì)牦牛、牛睪丸轉(zhuǎn)錄組的分析發(fā)現(xiàn)，生精停滯導(dǎo)致雄性不育的差異長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）富集在核苷酸切除修復(fù)通路上[16]，這與本研究結(jié)果相似。同源重組（HR）以程序化的DNA雙鏈斷裂（DSBs）的產(chǎn)生為起點(diǎn)，從而造成遺傳信息的交換和基因組的多樣性[17]。睪丸精子干細(xì)胞的同源重組途徑可以檢測(cè)DNA損傷修復(fù)[18]，因此同源重組對(duì)于睪丸精子發(fā)生至關(guān)重要。IFT家族基因和HMOX2是睪丸組織中與精子活力相關(guān)的關(guān)鍵基因。IFT基因家族中的IFT57、IFT74、IFT80、IFT81、IFT140和HMOX2是Turquoise模塊的核心基因，在低精子活力睪丸中高表達(dá)。IFT172的失活似乎對(duì)有絲分裂、減數(shù)分裂沒(méi)有影響，但會(huì)阻礙精子發(fā)生。IFT基因敲除會(huì)導(dǎo)致小鼠精子數(shù)量、活力減少60%，從而造成雄性不育[19]。早期研究檢測(cè)到HMOX1、HMOX2在人類睪丸等生殖器官中表達(dá)[20]，表明這些基因可能在動(dòng)物睪丸中表達(dá) 。從Leydig細(xì)胞中的HO-1衍生的CO調(diào)節(jié)了精子發(fā)生并引起生殖細(xì)胞的凋亡[21]。HMOX2通過(guò)調(diào)節(jié)類固醇激素的生成來(lái)影響精子活力。IFT家族基因和HMOX2是睪丸組織中影響精子活力的基因。

Yellow模塊的基因可能在異類物質(zhì)代謝、外源藥物代謝過(guò)程中發(fā)揮作用。細(xì)胞色素P450對(duì)異類物質(zhì)代謝通路、MAPK信號(hào)通路和谷胱甘肽代謝通路是與高精子活力附睪顯著相關(guān)的通路。細(xì)胞色素P450對(duì)異類物質(zhì)代謝在胚胎干細(xì)胞分化成精子干細(xì)胞的過(guò)程中發(fā)揮著重要作用，細(xì)胞色素P450基因家族內(nèi)CYP450基因的相對(duì)表達(dá)量降低使得精子畸形率升高，并對(duì)精子活力、密度也有影響[22]，這與本研究結(jié)果相似。MAPK信號(hào)通路通過(guò)調(diào)節(jié)附睪中緊密連接蛋白質(zhì)的表達(dá)和分布，有助于維持附睪儲(chǔ)存、精子成熟所需的腔內(nèi)環(huán)境[23]。此外，MAPK信號(hào)通路影響Sertoli細(xì)胞的乳酸供應(yīng)，并且MAPK信號(hào)通路在調(diào)節(jié)精原干細(xì)胞自我更新中也占據(jù)主導(dǎo)地位[24]。谷胱甘肽代謝是能量代謝的一種，其代謝產(chǎn)物半胱氨酸可以促進(jìn)睪丸類固醇激素的合成，類固醇激素又可以合成睪酮、雄烯酮，因此谷胱甘肽代謝間接影響睪丸內(nèi)精子發(fā)生相關(guān)激素的合成。谷胱甘肽代謝通路中的谷胱甘肽過(guò)氧化物酶5基因（GPx5）是在附睪中強(qiáng)表達(dá)的基因，GPx5可以調(diào)節(jié)附睪內(nèi)活性氧自由基的濃度，促進(jìn)精子發(fā)育成熟，維持精子完整性[25]。CYP4B1是Yellow模塊的核心基因，在高精子活力附睪中表達(dá)。CYP4B1是一種哺乳動(dòng)物的細(xì)胞色素P450單加氧酶，能夠羥基化不飽和脂肪酸。Lahnsteiner等[26]研究發(fā)現(xiàn)，脂質(zhì)的組成和代謝對(duì)精子活力有顯著影響。此外，Yellow模塊中的基因通過(guò)參與附睪的代謝活動(dòng)來(lái)調(diào)控精子活力。

Red模塊的基因可以保護(hù)精子免受氧化應(yīng)激的危害，具有抗凋亡、抗炎癥的功能。細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用、細(xì)胞凋亡、細(xì)胞黏附分子是與低精子活力附睪性狀相關(guān)的通路。研究發(fā)現(xiàn)，細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用通路上相關(guān)基因的表達(dá)可導(dǎo)致雄性附睪炎，表明該通路參與附睪炎癥的發(fā)生[27]。通過(guò)探索新鮮、冷凍后解凍公豬精子中的miRNA、mRNA譜發(fā)現(xiàn)，新鮮、冷凍公豬精液的差異mRNA在細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用通路富集[28]，表明該通路是調(diào)控精子活力的通路。細(xì)胞凋亡是細(xì)胞在基因作用下的正常死亡，可以維持機(jī)體內(nèi)環(huán)境的相對(duì)穩(wěn)定。在精子發(fā)生過(guò)程中，涉及生精細(xì)胞的凋亡，而生精細(xì)胞的凋亡可以維持支持細(xì)胞與生精細(xì)胞的數(shù)量平衡[29]。細(xì)胞凋亡通路上基因的表達(dá)與精子凋亡、精液質(zhì)量顯著相關(guān)[30]，這與本研究結(jié)果一致。黏附分子在附睪中的表達(dá)可以調(diào)節(jié)附睪內(nèi)的炎癥反應(yīng)[31]。ANG、ITGB1是Red模塊內(nèi)與精子活力相關(guān)的基因，其中ANG參與應(yīng)激反應(yīng)，在炎癥反應(yīng)期間其表達(dá)量增加[32]。研究發(fā)現(xiàn)，ANG缺失阻止了炎癥誘導(dǎo)的精子中5′-tsRNA表達(dá)譜的改變，下調(diào)了線粒體氧化磷酸化、翻譯/核糖體途徑，進(jìn)而影響精子活力[33]。ITGB1是細(xì)胞黏附分子家族基因中的1個(gè)基因，參與細(xì)胞表面黏附信號(hào)通路[34]。Matsuyama等[35]研究發(fā)現(xiàn)，ITGB1的表達(dá)使得精子數(shù)量減少，造成Sertoli-生殖細(xì)胞黏附連接的功能障礙。Azizi等[36]研究發(fā)現(xiàn)，ITGB1在精子分化過(guò)程中表達(dá)量下調(diào)。此外，ANG、ITGB1是與附睪組織炎癥反應(yīng)有關(guān)的基因。

4 結(jié)論

本研究通過(guò)WGCNA分析，獲得了與雞精子活力相關(guān)的基因集，篩選出3個(gè)與精子活力顯著相關(guān)的模塊。關(guān)鍵模塊中的IFT家族基因、HMOX2、CYP4B1、ANG、ITGB2等基因在調(diào)控雞精子活力中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。本研究結(jié)果為闡明種公雞睪丸、附睪調(diào)控精子活力的分子機(jī)制奠定了基礎(chǔ)。

參考文獻(xiàn)：

[1] 劉一帆. 基于睪丸測(cè)序的雞精子活力性狀mRNA-miRNA-lncRNA轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究[D]. 北京：中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)， 2018.

[2] 徐秀麗. 基于睪丸轉(zhuǎn)錄組測(cè)序篩選影響家鴿精子活力的關(guān)鍵mRNAs和非編碼RNAs[D]. 杭州：浙江大學(xué)， 2021.

[3] 熊 婷，鄔崇華，陳 彪，等. 籠養(yǎng)山麻鴨精液品質(zhì)的測(cè)定與分析[J]. 黑龍江畜牧獸醫(yī)， 2020（14）：53-56.

[4] LANGFELDER P， HORVATH S. WGCNA： an R package for weighted correlation network analysis[J]. BMC Bioinformatics， 2008，9（1）：559.

[5] CHENG Y， LI L， QIN Z， et al. Identification of castration-resistant prostate cancer-related hub genes using weighted gene co-expression network analysis[J]. J Cell Mol Med， 2020，24（14）：8006-8017.

[6] LIU S， FANG L， ZHOU Y， et al. Analyses of inter-individual variations of sperm DNA methylation and their potential implications in cattle[J]. BMC Genomics， 2019，20（1）：888.

[7] XU H， SUN W， PEI S， et al. Identification of key genes related to postnatal testicular development based on transcriptomic data of testis in Hu Sheep[J]. Front Genet， 2021，12：773695.

[8] ROBIC A， FARAUT T， FEVE K， et al. Correlation networks provide new insights into the architecture of testicular steroid pathways in pigs[J]. Genes， 2021，12（4）：519-551.

[9] XING K， CHEN Y， WANG L， et al. Epididymal mRNA and miRNA transcriptome analyses reveal important genes and miRNAs related to sperm motility in roosters[J]. Poult Sci， 2022，101（1）：101558.

[10]XING K， GAO M J， LI X， et al. An integrated analysis of testis miRNA and mRNA transcriptome reveals important functional miRNA-targets in reproduction traits of roosters[J]. Reproductive Biology， 2020，20（3）：433-440.

[11]KIM D， PERTEA G， TRAPNELL C， et al. TopHat2： accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions， deletions and gene fusions[J]. Genome Biology， 2013，14（4）：R36.

[12]ANDERS S， PYL P T， HUBER W. HTSeq-a Python framework to work with high-throughput sequencing data[J]. Bioinformatics， 2015，31（2）：166-169.

[13]LANGFELDER P， HORVATH S. WGCNA： an R package for weighted correlation network analysis[J]. BMC Bioinformatics， 2008，9（1）：559.

[14]GU A H， JI G X， ZHOU Y， et al. Polymorphisms of nucleotide-excision repair genes may contribute to sperm DNA fragmentation and male infertility[J]. Reprod Biomed Online， 2010，21（5）：602-609.

[15]ZHAO H X， SONG L X， MA N， et al. The dynamic changes of Nrf2 mediated oxidative stress， DNA damage and base excision repair in testis of rats during aging[J]. Experimental Gerontology， 2021，152：111460.

[16]WU S X， MIPAM T D， XU C F， et al. Testis transcriptome profiling identified lncRNAs involved in spermatogenic arrest of cattleyak[J]." PLoS One， 2020， 15（2）： e0229503.

[17]LIN M， LYU J X， ZHAO D， et al. MRNIP is essential for meiotic progression and spermatogenesis in mice[J]. Biochem Biophys Res Commun， 2021，550：127-133.

[18]LE W， QI L， XU C， et al. Preliminary study of the homologous recombination repair pathway in mouse spermatogonial stem cells[J]. Andrology， 2018，6（3）：488-497.

[19]ZHANG S Y， LIU Y H， HUANG Q， et al. Murine germ cell-specific disruption of Ift172 causes defects in spermiogenesis and male fertility[J]. Reproduction， 2020，159（4）：409-421.

[20] TRAKSHEL G M， MAINES M D. Detection of two heme oxygenase isoforms in the human testis[J]. Biochem Biophys Res Commun， 1988，154（1）：285-291.

[21]OZAWA N， GODA N， MAKINO N， et al. Leydig cell-derived heme oxygenase-1 regulates apoptosis of premeiotic germ cells in response to stress[J]. J Clin Invest， 2002，109（4）：457-467.

[22]FRANASIAK J M， BARNETT R， MOLINARO T A， et al. CYP1A1 3801Tgt;C polymorphism implicated in altered xenobiotic metabolism is not associated with variations in sperm production and function as measured by total motile sperm and fertilization rates with intracytoplasmic sperm injection[J]. Fertility and Sterility， 2016，106（2）：481-486.

[23]KIM B， BRETON S. The MAPK/ERK-signaling pathway regulates the expression and distribution of tight junction proteins in the mouse proximal epididymis[J]. Biology of Reproduction， 2016，94（1）：22.

[24]NI F， HAO S， YANG W. Multiple signaling pathways in Sertoli cells： recent findings in spermatogenesis[J]. Cell Death amp; Disease， 2019，10（8）：515-541.

[25]伊茹汗. GPx5在駱駝附睪上的時(shí)空表達(dá)研究[D]. 呼和浩特：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)， 2020.

[26]LAHNSTEINER F， MANSOUR N， CABERLOTTO S. Composition and metabolism of carbohydrates and lipids in Sparus aurata semen and its relation to viability expressed as sperm motility when activated[J]. Comparative Biochemistry and Physiology Part B： Biochemistry and Molecular Biology， 2010，157（1）：39-45.

[27]SONG X， LIN N H， WANG Y L， et al. Comprehensive transcriptome analysis based on RNA sequencing identifies critical genes for lipopolysaccharide-induced epididymitis in a rat model[J]. Asian J Androl， 2019，21（6）：605-611.

[28]DAI D H， QAZI I H， RAM M X， et al. Exploration of miRNA and mRNA profiles in fresh and frozen-thawed boar sperm by transcriptome and small RNA sequencing[J]. Int J Mol Sci， 2019，20（4）：802.

[29]SINGH R， LETAI A， SAROSIEK K. Regulation of apoptosis in health and disease： the balancing act of BCL-2 family proteins[J]. Nat Rev Mol Cell Biol， 2019，20（3）：175-193.

[30]JI G X， GU A H， HU F， et al. Polymorphisms in cell death pathway genes are associated with altered sperm apoptosis and poor semen quality[J]. Hum Reprod， 2009， 24（10）：2439-2446.

[31]OZTRK H， OZTURK H， DOKUCU A I. The role of cell adhesion molecules in ischemic epididymal injury[J]. Int Urol Nephrol， 2007，39（2）：565-570.

[32]OLSON K A， VERSELIS S J， FETT J W. Angiogenin is regulated in vivo as an acute phase protein[J]. Biochem Biophys Res Commun， 1998，242（3）：480-483.

[33]ZHANG Y W， REN L， SUN X X， et al. Angiogenin mediates paternal inflammation-induced metabolic disorders in offspring through sperm tsRNAs[J]. Nat Commun， 2021，12（1）：6673.

[34] MATSUURA N， TAKADA Y . Subclassification， molecular structure， function and ligand in integrin superfamily[J]. Nihon Rinsho Japanese Journal of Clinical Medicine， 1995， 53（7）：1623-1630.

[35]MATSUYAMA T， NIINO N， KIYOSAWA N， et al. Toxicogenomic investigation on rat testicular toxicity elicited by 1，3-dinitrobenzene[J]. Toxicology， 2011，290（2/3）：169-177.

[36]AZIZI H， NIAZI T A， SKUTELLA T. Successful transplantation of spermatogonial stem cells into the seminiferous tubules of busulfan-treated mice[J]. Reprod Health， 2021，18（1）：189.

（責(zé)任編輯：徐 艷）

收稿日期：2022-06-25

作者簡(jiǎn)介：原佳妮（1999-），女，山西晉城人，碩士研究生，研究方向?yàn)楣δ芑蚪M學(xué)與生物信息學(xué)。（E-mail）BUAYjn@163.com

通訊作者：邢 凱，（E-mail）xk181986@163.com