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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學初步預(yù)測肝素鈉對高血糖的作用

        2023-11-29 10:15:32陳秀山
        當代醫(yī)藥論叢 2023年21期
        關(guān)鍵詞:肝素鈉高血糖肝素

        王 儀,陳秀山

        (1.山東省中醫(yī)藥研究院,山東 濟南 250014 ;2.東營天東制藥有限公司,山東 東營 257100)

        近年來,受生活節(jié)奏快,工作壓力大,高脂、高鹽、高糖食物攝入量增加等因素的影響,高血糖的發(fā)病率逐漸增高[1]。高血糖可通過多種途徑損害機體健康[2-3],嚴重影響患者的生活質(zhì)量。其臨床治療方法包括改善胰島素抵抗和血糖控制[4]。肝素是一種高度硫酸化帶負電荷的非均一線性糖胺聚糖,屬于天然生物聚合物[5]。其由糖鏈的異質(zhì)混合物組成[6-7],平均MW 為12 000 ~16 000 Da[8-9]。天然的異質(zhì)分子可引起相關(guān)結(jié)構(gòu)變化,這有利于肝素與各種蛋白質(zhì)相互作用產(chǎn)生多種生物活性[10]。研究表明,肝素具有抗病毒、抗炎、促進傷口愈合等非抗凝活性[11]。有研究[12-13]證實,肝素具有抑制血管生成的作用,其衍生物sevuparin[14]被報道對抑制惡性瘧原蟲具有輔助作用。肝素在胰島素降血糖機制中也發(fā)揮著重要作用[15],負載氧化銅納米酶的肝素水凝膠治療糖尿病創(chuàng)面可取得顯著的療效[16]。針對肝素本身對于高血糖的影響目前臨床上尚無深入的研究,本研究采用數(shù)據(jù)挖掘、網(wǎng)絡(luò)藥理學分析等方法初步探討了肝素與高血糖的聯(lián)系。

        1 數(shù)據(jù)與方法

        1.1 數(shù)據(jù)

        使用的數(shù)據(jù)庫及平臺:SwissTargetPrediction ,Uniprot , PubChem, DrugBank, OMIM, GeneCards v5.13,Metascape , STRING v11.5, Cytoscape v3.9.1。

        1.2 潛在藥物靶點篩選

        在數(shù)據(jù)庫Uniprot、SwissTargetPrediction、PubChem及DrugBank 中篩選肝素鈉的潛在靶點信息,匯總靶點,去除重復(fù)項。

        1.3 疾病靶點獲取

        在數(shù)據(jù)庫GeneCards 和OMIM 中,以“hyperglycemia”為關(guān)鍵詞查詢疾病靶點,去除重復(fù)項,取與1.2 所得肝素鈉靶點的交集。

        1.4 蛋白互作(PPI)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析

        將1.3 所得成分- 疾病共同靶點導(dǎo)入STRING,選擇Homo sapiens 物種,設(shè)置medium confidence 為0.4,斷開隱藏網(wǎng)絡(luò)中連接的節(jié)點(即游離基因)。各節(jié)點的重要性使用“度值(degree)”“介數(shù)中心性(betweenness)”表示:度值和介數(shù)中心性的大小分別表示此節(jié)點在網(wǎng)絡(luò)中所具有的直接作用關(guān)系的多少及在網(wǎng)絡(luò)中所起的橋梁作用的情況。

        1.5 基因本體(GO)功能及京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路富集分析

        在metascape 平臺中導(dǎo)入得到的交集靶點,設(shè)置物種為“Homo sapiens”,行富集分析,分析其可能的主要生物學過程與代謝通路。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 藥物干預(yù)高血糖潛在靶點

        將GeneCards 及OMIN 數(shù)據(jù)庫中檢索到的疾病靶點合并去重,得到1143 個疾病相關(guān)靶點。對1143 個疾病靶點與143 個藥物靶點取交集,得到33 個肝素鈉與高血糖交集靶點。

        2.2 PPI 網(wǎng)絡(luò)

        將33 個交集基因置入數(shù)據(jù)庫String 中,構(gòu)建了33 個節(jié)點、97 條邊、平均度值5.88 的PPI 網(wǎng)絡(luò),利用Cytoscape 軟件對其進行拓撲分析,見圖1a。將度值和介數(shù)中心性均大于中位值的6 個靶點確定為肝素鈉干預(yù)高血糖的潛在關(guān)鍵靶點,得出與藥物干預(yù)高血糖關(guān)系密切的蛋白主要有TLR4、HIF1A、SERPINE1、CXCR4、FGF2、MTOR 等,見表1。這表明,肝素與高血糖存在聯(lián)系,可干預(yù)高血糖的治療。

        圖1 蛋白互作、GO 和KEGG 富集分析圖

        表1 治療疾病重要靶點

        2.3 GO 功能及KEGG 通路富集分析

        使用DAVID 數(shù)據(jù)庫對31 個交集靶點進行GO 功能〔生物過程(BP)、分子功能(MF)和細胞成分(CC)〕和KEGG 通路富集分析。分析GO 的BP 20 個條目、CC 5 個條目、MF 8 個條目,發(fā)現(xiàn)肝素鈉干預(yù)高血糖可能富集在炎癥反應(yīng)、細胞遷移正調(diào)控、傷口愈合調(diào)節(jié)、細胞對有機氮化合物響應(yīng)、低氧應(yīng)答、細胞因子產(chǎn)生正調(diào)控和第二信使介導(dǎo)的信號傳導(dǎo)等BP(圖1b),血小板α 粒、細胞膜筏、早期核內(nèi)體、內(nèi)吞囊泡及核斑點等CC(圖1c),肝素結(jié)合、泛素蛋白連接酶結(jié)合、內(nèi)肽酶活性、磷蛋白結(jié)合、絲氨酸型內(nèi)肽酶抑制劑活性、蛋白質(zhì)異二聚活性、以醇基為受體的磷酸轉(zhuǎn)移酶活性、細胞因子受體結(jié)合等MF(圖1d)。GO 功能分析表明肝素鈉可能通過影響B(tài)P 中炎癥反應(yīng)、細胞遷移正調(diào)控、傷口愈合調(diào)節(jié)、細胞對有機氮化合物響應(yīng)、低氧應(yīng)答、細胞因子產(chǎn)生正調(diào)控和第二信使介導(dǎo)的信號傳導(dǎo)等過程,CC 中血小板α 粒、細胞膜筏、早期核內(nèi)體、內(nèi)吞囊泡及核斑點等成分,MF 中肝素結(jié)合、泛素蛋白連接酶結(jié)合、內(nèi)肽酶活性、磷蛋白結(jié)合、絲氨酸型內(nèi)肽酶抑制劑活性、蛋白質(zhì)異二聚活性、以醇基為受體的磷酸轉(zhuǎn)移酶活性、細胞因子受體結(jié)合等功能發(fā)揮治療作用。KEGG 通路分析顯示,基因主要富集于HIF-1 信號通路、癌癥途徑、鈣信號通路、Apelin 信號通路、鞘氨醇脂質(zhì)信號通路、流體剪切應(yīng)力與動脈粥樣硬化、補體和凝血級聯(lián)等通路,見圖1e。

        3 討論

        長期的高血糖一定程度上會損傷機體神經(jīng)、血管等器官,進而引發(fā)諸多疾病。肝素存在于細胞外基質(zhì)和循環(huán)血液中,可抗凝血,并參與機體的免疫調(diào)節(jié)。研究發(fā)現(xiàn)肝素對動物的葡萄糖穩(wěn)態(tài)具有重要的調(diào)節(jié)作用[17]。葡萄糖穩(wěn)態(tài)是血糖維持穩(wěn)定的重要因素,因此,本研究假設(shè)肝素可干預(yù)高血糖,并通過網(wǎng)絡(luò)藥理學技術(shù)進行預(yù)測。網(wǎng)絡(luò)藥理學預(yù)測表明,肝素鈉與高血糖有多種共同靶點,且GO 和KEGG 分析表明肝素鈉可能通過TLR4、HIF1A、SERPINE1、CXCR4、FGF2、MTOR 等蛋白及HIF-1 信號、鈣信號、Apelin 信號、鞘氨醇脂質(zhì)信號、流體剪切應(yīng)力與動脈粥樣硬化、補體和凝血級聯(lián)等多種調(diào)控通路影響血糖。

        綜上所述,本文利用網(wǎng)絡(luò)藥理學初步預(yù)測得出肝素鈉可能通過作用于TLR4、HIF1A、SERPINE1、CXCR4、FGF2、MTOR 等多個關(guān)鍵靶點基因,干預(yù)炎癥反應(yīng)、細胞遷移正調(diào)控、血小板α 粒、細胞膜筏、肝素結(jié)合、泛素蛋白連接酶結(jié)合及絲氨酸型內(nèi)肽酶抑制劑結(jié)合等功能,調(diào)控HIF-1 信號通路、癌癥途徑、鈣信號通路、Apelin 信號通路、鞘氨醇脂質(zhì)信號通路、流體剪切應(yīng)力與動脈粥樣硬化、補體和凝血級聯(lián)等進程干預(yù)高血糖,其作用機制涉及多種靶點基因和信號通路。但后續(xù)仍需要進行相關(guān)實驗,以確定肝素對血糖的作用。

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