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        基于高通量測序分析不同發(fā)酵方式下黃精泡菜中微生物多樣性

        2023-11-10 03:45:28焦佳音李嘉瑜樊淑淼王磊鄭蕓霏李明婉李瑜李連珍洪利亞
        食品研究與開發(fā) 2023年21期
        關(guān)鍵詞:總酸黃精泡菜

        焦佳音,李嘉瑜,樊淑淼,王磊,鄭蕓霏,李明婉,李瑜,李連珍,洪利亞,4*

        (1.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 農(nóng)學(xué)院,河南 鄭州 450046;2.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 林學(xué)院,河南 鄭州 450046;3.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 食品科學(xué)技術(shù)學(xué)院,河南 鄭州 450046;4.北京大學(xué) 藥學(xué)院,北京 100191)

        黃精(Polygonatum sibiricum)為百合科黃精屬多年生草本植物,口味甘甜,營養(yǎng)豐富,含有多糖、黃酮類、氨基酸和礦物質(zhì)等成分[1-3],具有抗氧化、抗衰老、降血糖及改善記憶力等功效[4-6]。黃精作為藥食同源的食材,市場上已開發(fā)出黃精茶[7]、黃精果酒[8]、黃精酸奶[9]、黃精餅干[10]等多種產(chǎn)品,市場占有率較高且深受消費者喜愛,黃精深加工及綜合利用已成為研究熱點。

        泡菜是我國傳統(tǒng)發(fā)酵制品,富含多種纖維素、氨基酸和微量元素,能促進(jìn)腸道蠕動、提高人體免疫力[11]。泡菜發(fā)酵是一個多菌種發(fā)酵過程,不同發(fā)酵方式菌群結(jié)構(gòu)存在差別[12]。母水發(fā)酵是四川泡菜的特色工藝,在泡菜中加入母水可增強泡菜中微生物群落的穩(wěn)定性并保持其原有風(fēng)味[13]。接種發(fā)酵同樣常用于泡菜制作,采用人工接種特定發(fā)酵劑進(jìn)行發(fā)酵,具有縮短泡菜發(fā)酵周期、減少雜菌污染和降低亞硝酸鹽含量等優(yōu)勢[14]。目前已有將中藥材或者藥食同源材料制作泡菜的研究,如山藥[15]、黃芪[16]、桔梗[17]等,但關(guān)于黃精泡菜還鮮有報道,本研究采用母水發(fā)酵和接種發(fā)酵腌制黃精泡菜,通過感官評分、pH 值、總酸含量及亞硝酸鹽含量測定,并利用高通量測序技術(shù)分析兩種發(fā)酵方式中微生物多樣性的差異,以期為黃精泡菜產(chǎn)業(yè)化生產(chǎn)提供理論依據(jù)和技術(shù)參考。

        1 材料與方法

        1.1 材料與試劑

        黃精:登封市土鑫種植專業(yè)合作社,經(jīng)河南農(nóng)業(yè)大學(xué)洪利亞博士鑒定為百合科黃精屬植物黃精;白酒:瀘州老窖股份有限公司;鹽:中鹽河南鹽業(yè)物流配送有限公司;泡菜發(fā)酵菌:廣東順德尚川生物科技有限公司;四川泡菜母水:江油蜀味山珍貿(mào)易有限公司;姜、花椒、小米辣、大蒜、冰糖:市售。

        氫氧化鈉:上海麥克林生化有限公司;硫酸鋅、正辛醇、硝酸鉀、酚酞指示劑:國藥集團(tuán)化學(xué)試劑有限公司;95%乙醇:上海泰坦科技有限公司;亞鐵氰化鉀、N-1-萘乙二胺鹽酸鹽、無水對氨基苯磺酸:天津市光復(fù)精細(xì)化工研究所;乙酸鋅:汕頭市西隴化工廠;TGuide S96 磁珠法土壤/糞便基因組DNA 提取試劑盒:天根生化科技(北京)有限公司;DNA 聚合酶:北京全式金生物技術(shù)有限公司;DNA 精確擴(kuò)增試劑盒:美國Axygen 公司;DNA 文庫制備試劑盒:美國Illumina公司。以上化學(xué)試劑均為分析純。

        1.2 儀器與設(shè)備

        250A 生化培養(yǎng)箱:寧波普朗特儀器有限公司;HH數(shù)顯恒溫水浴鍋:鄭州生元儀器有限公司;KQ-400DE型數(shù)控超聲波清洗器:昆山市超聲儀器有限公司;MR1029 破壁料理機:廣東新寶電器股份有限公司;721紫外可見分光光度計:上海康華生化儀器制造有限公司;PHS-3E 精密pH 計:上海儀電科學(xué)儀器股份有限公司;Synergy HTX 酶標(biāo)儀:基因有限公司;OSE-MC8瞬時離心機:天根生化科技(北京)有限公司;Veriti96梯度基因擴(kuò)增儀:美國應(yīng)用生物系統(tǒng)公司;H1650-w醫(yī)用離心機:湖南湘儀實驗室儀器開發(fā)有限公司;BE-1100 四維旋轉(zhuǎn)混勻儀:海門市其林貝爾儀器制造有限公司。

        1.3 試驗方法

        1.3.1 工藝流程

        原料準(zhǔn)備、初加工→瀝干水分→器具滅菌→調(diào)鹽濃度→接種→裝壇→白酒密封→25 ℃恒溫發(fā)酵→成品。

        1.3.2 操作要點

        選取無發(fā)霉腐爛、水分充足、根莖幼嫩的一年生黃精為原料,去除表皮和雜質(zhì),洗凈后切至1 cm×1 cm×1 cm 小塊,置于7%鹽水中充分浸泡去除麻舌感,清洗去除鹽味后瀝水備用。按黃精∶涼開水=1 ∶2 的質(zhì)量比裝入泡菜壇,再添加3.0%鹽和4.0%冰糖攪拌均勻,按黃精質(zhì)量0.1%添加菌粉或7.0%添加母水發(fā)酵液,并依次加入適量姜、大蒜、小米辣、花椒和白酒,密封后25 ℃恒溫發(fā)酵7 d。發(fā)酵至第1、3、5、7 天時進(jìn)行采樣以測定相關(guān)指標(biāo),母水發(fā)酵樣品標(biāo)記為M1、M3、M5、M7,接種發(fā)酵樣品標(biāo)記為J1、J3、J5、J7。

        1.3.3 評價與測定

        1.3.3.1 感官評價

        由食品專業(yè)人員20 名(男10 名,女10 名)組成感官評價小組對黃精泡菜進(jìn)行感官評價,分別從色澤、香味、風(fēng)味、質(zhì)地進(jìn)行評分,滿分100 分,感官評分標(biāo)準(zhǔn)見表1。

        表1 感官評價標(biāo)準(zhǔn)Table 1 Sensory evaluation criteria

        1.3.3.2 理化指標(biāo)測定

        總酸含量參照GB 12456—2021《食品安全國家標(biāo)準(zhǔn)食品中總酸的測定》中酸堿指示劑滴定法進(jìn)行測定;pH 值參照GB 5009.237—2016《食品安全國家標(biāo)準(zhǔn)食品pH 值的測定》中pH 計法進(jìn)行測定;亞硝酸鹽含量參照GB 5009.33—2016《食品安全國家標(biāo)準(zhǔn)食品中亞硝酸鹽與硝酸鹽的測定》中鹽酸萘乙二胺法進(jìn)行測定,以亞硝酸鈉為標(biāo)準(zhǔn)品繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線所得線性回歸方程為y=0.030 3x+0.002 1(R2=0.999 2),根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線計算樣品中亞硝酸鹽含量。

        1.3.3.3 總DNA 提取和聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)擴(kuò)增

        總DNA 提取按照TGuide S96 磁珠法土壤/糞便DNA 提取試劑盒的說明書方法進(jìn)行測定,使用1.8%瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA,引物引用:338F(5'-ACTCCTACGGGAGGCAGCA-3')和806R(5'-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3')。擴(kuò)增體系(10 μL):基因組DNA 5~50 ng,Vn F(10 μmol/L)0.3 μL,Vn R(10 μmol/L)0.3 μL,KOD FX Neo Buffer 5 μL,dNTP(2 mmol/L)2 μL,KOD FX Neo 0.2 μL,ddH2O 補充至10 μL;擴(kuò)增參數(shù):95 ℃5 min,95 ℃30 s,50 ℃30 s,72 ℃40 s,72 ℃7 min,4 ℃保持25~30 次循環(huán)。

        1.3.3.4 測序數(shù)據(jù)處理與分析

        微生物多樣性是基于Illumina Novaseq 測序平臺,利用雙末端測序的方法,構(gòu)建小片段文庫進(jìn)行測序。原始數(shù)據(jù)采用Trimmomatic v0.33 軟件進(jìn)行過濾,Cutadapt 1.9.1 軟件進(jìn)行引物序列的識別與去除,得到不包含引物序列的Clean Reads。Usearch v10 軟件通過overlap對每個樣品的Clean Reads 進(jìn)行拼接,然后根據(jù)不同區(qū)域的長度范圍對拼接后數(shù)據(jù)進(jìn)行長度過濾。隨后使用UCHIME v4.2 軟件鑒定并去除嵌合體序列,得到最終有效數(shù)據(jù)。使用Usearch 軟件對Reads 在97.0%的相似度水平下進(jìn)行聚類、獲得分類操作單元(operational taxonomic units,OTUs);利用QIIME 軟件生成不同分類水平上的物種豐度表,再利用R 語言工具繪制成樣品各分類學(xué)水平下的群落結(jié)構(gòu)圖;使用QIIME2 軟件,對樣品Alpha 多樣性指數(shù)進(jìn)行評估;使用QIIME 軟件進(jìn)行Beta 多樣性分析。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 發(fā)酵方式對黃精泡菜pH 值的影響

        pH 值作為指標(biāo)參數(shù)有效表現(xiàn)出發(fā)酵環(huán)境和泡菜的成熟狀態(tài)[18]。發(fā)酵方式對黃精泡菜pH 值的影響見圖1。

        圖1 發(fā)酵方式對黃精泡菜pH 值的影響Fig.1 Effects of fermentation methods on pH value of P.sibiricum pickles

        由圖1 可知,發(fā)酵時間為1~3 d 時,兩種發(fā)酵方式下黃精泡菜pH 值均呈現(xiàn)快速下降的趨勢,第3 天pH值達(dá)到3.0,處于穩(wěn)定狀態(tài),表明兩種發(fā)酵方式黃精泡菜在第3 天開始成熟。

        2.2 發(fā)酵方式對黃精泡菜總酸含量的影響

        發(fā)酵方式對黃精泡菜總酸含量的影響見圖2。

        圖2 發(fā)酵方式對黃精泡菜總酸含量的影響Fig.2 Effects of fermentation methods on total acid content of P.sibiricum pickles

        由圖2 可知,黃精泡菜發(fā)酵過程中接種發(fā)酵總酸含量始終低于母水發(fā)酵,兩種發(fā)酵方式黃精泡菜初期總酸含量均較低,可能是發(fā)酵初期微生物處于適應(yīng)期;發(fā)酵時間為1~3 d 時,兩種發(fā)酵方式黃精泡菜總酸含量增長較快,接種發(fā)酵第3 天總酸含量為7.3 g/kg,母水發(fā)酵總酸含量為11.9 g/kg;接種發(fā)酵3~7 d 時,總酸含量增長速度降低,第7 天總酸含量為10.8 g/kg;母水發(fā)酵3~7 d 時,總酸含量呈先上升后下降的趨勢,推測由于母水發(fā)酵在發(fā)酵后期有機酸和H+進(jìn)一步積累,乳酸代謝途徑因乳酸的積累產(chǎn)生反饋抑制作用[19]。研究表明總酸含量在6.0~8.0 g/kg 時的口感較佳[20],母水發(fā)酵1~3 d 達(dá)到最佳酸度范圍,而接種發(fā)酵3~5 d 才到達(dá)最佳酸度范圍。

        2.3 發(fā)酵方式對黃精泡菜亞硝酸鹽含量的影響

        發(fā)酵方式對黃精泡菜亞硝酸鹽含量的影響見圖3。

        圖3 發(fā)酵方式對黃精泡菜亞硝酸鹽含量的影響Fig.3 Effects of fermentation methods on nitrite in P.sibiricum pickles

        泡菜發(fā)酵過程中硝酸鹽在硝酸還原酶作用下還原成亞硝酸鹽,亞硝酸鹽達(dá)到一定量會致使食用人群細(xì)胞發(fā)生癌變[21-22],GB 2762—2022《食品安全國家標(biāo)準(zhǔn)食品中污染物限量》規(guī)定中要求泡菜亞硝酸鹽含量不得高于20 mg/kg。由圖3 可知,兩種發(fā)酵方式黃精泡菜亞硝酸鹽含量不超過1.7 mg/kg,遠(yuǎn)低于20 mg/kg 的標(biāo)準(zhǔn)限量,接種發(fā)酵亞硝酸鹽含量最高僅為0.5 mg/kg,滿足黃精泡菜食用安全。

        2.4 發(fā)酵方式對黃精泡菜感官評分的影響

        發(fā)酵方式對黃精泡菜感官評分的影響見圖4。

        圖4 發(fā)酵方式對黃精泡菜感官評價的影響Fig.4 Effects of fermentation methods on sensory quality of P.sibiricum pickles

        由圖4 可知,兩種發(fā)酵方式黃精泡菜感官評分隨發(fā)酵時間的延長呈現(xiàn)先上升后下降的趨勢。兩種發(fā)酵方式下黃精泡菜第1 天的成熟度偏低,導(dǎo)致香味和風(fēng)味較弱;母水發(fā)酵第3 天時,感官評分最高,接種發(fā)酵第5 天時,感官評分最高,此時兩種發(fā)酵黃精泡菜氣味純正,質(zhì)地脆嫩,形態(tài)完整,汁液清亮,整體口感最好;發(fā)酵第7 天兩種黃精泡菜質(zhì)地變軟、口感偏酸且脆度降低。綜上所述,兩種發(fā)酵方式黃精泡菜口感良好,適用于工業(yè)化黃精泡菜生產(chǎn)。

        2.5 高通量測序結(jié)果及分析

        2.5.1 微生物Alpha 多樣性

        不同發(fā)酵方式和發(fā)酵時間下黃精泡菜中微生物Alpha 多樣性見表2。

        表2 Alpha 多樣性指數(shù)統(tǒng)計Table 2 Alpha diversity indexes

        由表2 可知,利用高通量測序?qū)煞N發(fā)酵方式黃精泡菜進(jìn)行分析,共得到587 147 條序列。按照97.0%相似性對非重復(fù)序列進(jìn)行分類操作單元聚類,得到OTUs 的代表系列,選出與OTUs 代表序列相似性在97.0%以上的序列,共劃分得到162 個OTUs 分類。兩種發(fā)酵方式黃精泡菜的測序覆蓋率均接近1,表明本次測序結(jié)果能代表樣品中微生物的真實情況;ACE 指數(shù)和Chao1指數(shù)相近,說明微生物群落豐富度相近。從Shannon 指數(shù)和Simpson 指數(shù)來看,母水發(fā)酵組數(shù)值均大于接種發(fā)酵組,說明母水發(fā)酵組樣品微生物多樣性較高;接種發(fā)酵第3 天Shannon 指數(shù)最大,第7 天最低;母水發(fā)酵Shannon 指數(shù)第1 天最高,第3 天最低,說明兩種發(fā)酵方式微生物群落結(jié)構(gòu)復(fù)雜,發(fā)生持續(xù)性變化。

        2.5.2 微生物群落結(jié)構(gòu)動態(tài)變化分析

        2.5.2.1 門水平生物群落結(jié)構(gòu)分析

        不同發(fā)酵方式和發(fā)酵時間下黃精泡菜中微生物在門水平上分布見圖5。

        圖5 門水平物種分布Fig.5 Microbial distribution at the phylum level

        由圖5 可知,不同發(fā)酵方式和發(fā)酵時間下黃精泡菜微生物群落共包含10 個門,其中厚壁菌門(Firmicutes,80.8%~98.6%)為絕對優(yōu)勢菌門,其次優(yōu)勢菌是變形菌門(Proteobacteria,0.8%~17.1%),Liang 等[23]研究發(fā)現(xiàn)泡菜中優(yōu)勢菌門也是厚壁菌門和變形菌門,與本試驗結(jié)果一致。在接種發(fā)酵過程中,厚壁菌門相對豐度整體上呈上升趨勢,是接種發(fā)酵中的優(yōu)勢門,第1 天相對豐度為86.4%,第7 天占比上升為91.1%;變形菌門相對豐度呈先升高后降低的趨勢,第3 天相對豐度最高,為17.1%,第7 天降低到7.9%,推測由于發(fā)酵初期乳酸積累量少,隨著發(fā)酵的進(jìn)行乳酸積累,pH 值降低增加抑制變形菌門等雜菌的生長。在母水發(fā)酵中,厚壁菌門始終占比98.0%左右,主導(dǎo)整個發(fā)酵時期,而變形菌門等雜菌占比為1.0~2.0%。

        2.5.2.2 屬水平生物群落結(jié)構(gòu)分析

        不同發(fā)酵方式和發(fā)酵時間下黃精泡菜中微生物在屬水平上分布見圖6。對黃精泡菜中微生物相對豐度較高的前10 個優(yōu)勢屬進(jìn)行分析。

        圖6 屬水平物種分布Fig.6 Microbial distribution at the genus level

        由圖6 可知,在接種發(fā)酵中,植物乳桿菌屬(Lactiplantibacillus)是優(yōu)勢屬,隨發(fā)酵的進(jìn)行整體上呈上升趨勢,第1 天占比84.6%,第7 天上升至89.2%;拉恩氏菌屬(Rahnella1)、腸桿菌屬(Enterobacter)、沙雷氏菌(Serratia)等的占比逐漸下降,最終占比維持在1.0%~2.0%。接種發(fā)酵植物乳桿菌屬占比較多,其他屬占比不到20.0%,這可能與接種發(fā)酵使用的菌粉有關(guān)。在母水發(fā)酵中,隨著發(fā)酵進(jìn)行植物乳桿菌屬占比減少,從第1 天占比50.1%下降至第7 天15.6%;遲緩乳桿菌屬(Lentilactobacillus)第1 天占比為26.6%,第5 天上升至54.6%,此后波動較?。蝗樗釛U菌屬(Lactobacillus)隨著發(fā)酵進(jìn)行占比上升,第7 天為15.1%,而嗜戊糖乳桿菌屬(Secundilactobacillus)占比略微降低,從第1 天10.5%下降至7.3%。母水發(fā)酵中植物乳桿菌屬、遲緩乳桿菌屬、乳酸桿菌屬、嗜戊糖乳桿菌屬等均屬于厚壁菌門中的乳桿菌屬,表明乳桿菌在泡菜發(fā)酵過程中起到主要作用[24]。相比較于接種發(fā)酵,母水發(fā)酵過程中微生物屬的種類占比變化較大,這是由于母水本身微生物組成比較復(fù)雜,隨發(fā)酵進(jìn)行變化較大。

        2.5.3 微生物群落差異性分析

        不同發(fā)酵方式和發(fā)酵時間下黃精泡菜中微生物群落主成分分析(principal component analysis,PCA)結(jié)果見圖7。

        圖7 PCA 分析圖Fig.7 Principal component analysis plot

        由圖7 可知,第一主成分和第二主成分的貢獻(xiàn)率分別為98.6%和0.6%。兩種發(fā)酵方式黃精泡菜微生物群落距離較遠(yuǎn),說明兩種黃精泡菜微生物群落結(jié)構(gòu)差異較大。接種發(fā)酵4 個樣品離得比較近,說明隨發(fā)酵的進(jìn)行微生物群落結(jié)構(gòu)變化較小,而母水發(fā)酵4 個樣品分散度較高,說明隨發(fā)酵的進(jìn)行微生物群落結(jié)構(gòu)變化較大。

        3 結(jié)論

        本文探究黃精泡菜發(fā)酵過程中pH 值、總酸含量及亞硝酸鹽含量的變化,并利用高通量測序技術(shù)分析發(fā)酵方式不同導(dǎo)致的微生物多樣性差異。兩種黃精泡菜第3 天pH 值穩(wěn)定在3.0,母水發(fā)酵總酸含量為11.9 g/kg,接種發(fā)酵總酸含量為7.3 g/kg,母水發(fā)酵第3 天和接種發(fā)酵第5 天成熟度最好,黃精泡菜酸脆爽口、形狀完整、汁液清亮。母水發(fā)酵亞硝酸鹽含量小于1.7 mg/kg,接種發(fā)酵亞硝酸鹽含量小于0.5 mg/kg,均遠(yuǎn)低于20 mg/kg的標(biāo)準(zhǔn)限量。在微生物群落結(jié)構(gòu)上,門水平上兩種發(fā)酵方式厚壁菌門構(gòu)成主要類群,其次是變形菌門;屬水平上,接種發(fā)酵優(yōu)勢屬是植物乳桿菌屬,而母水發(fā)酵是植物乳桿菌屬、遲緩乳桿菌屬、乳酸桿菌屬和嗜戊糖乳桿菌。Alpha 多樣性指數(shù)表明兩種發(fā)酵方式微生物群落豐富度相近,母水發(fā)酵微生物多樣性高于接種發(fā)酵;PCA 分析表明,兩種發(fā)酵方式黃精泡菜微生物群落結(jié)構(gòu)差異較大,與母水發(fā)酵相比接種發(fā)酵群落結(jié)構(gòu)變化較小。本研究豐富市場上泡菜種類的同時,為黃精藥食同源產(chǎn)品的開發(fā)利用提供參考。

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