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        19 個(gè)常染色體STR 基因座在阿昌族和德昂族人群的多態(tài)性研究

        2023-09-23 13:35:28李光興張韻梅劉程靜王偉濤
        關(guān)鍵詞:阿昌族德昂族基因座

        李光興 ,張韻梅 ,劉程靜 ,王偉濤 ,趙 凱

        (1)云南鑒識(shí)司法鑒定中心,云南 芒市 678400;2)楚雄彝族自治州公安局刑偵支隊(duì),云南 楚雄 675000)

        短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeat,STR)是核心序列為2~6 個(gè)堿基(base pair,bp)的短重復(fù)序列,約占人類(lèi)基因組的3%,重復(fù)單位的數(shù)量在個(gè)體之間變化很大,結(jié)合毛細(xì)管電泳檢測(cè)技術(shù),可以一次性檢測(cè)多熒光標(biāo)記的不同基因座,具有高靈敏度、高檢測(cè)通量、高種屬特異性和易于實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化、標(biāo)準(zhǔn)化等特點(diǎn),廣泛應(yīng)用于個(gè)人識(shí)別以及親權(quán)鑒定案件中。目前,我國(guó)已經(jīng)有多項(xiàng)司法鑒定技術(shù)規(guī)范用于指導(dǎo)鑒定工作的開(kāi)展,建設(shè)少數(shù)民族人群DNA 數(shù)據(jù)庫(kù),可以為法醫(yī)物證檢案提供可靠、有效的數(shù)據(jù)來(lái)源。

        阿昌族和德昂族是聚居于云南邊境的人口較少的少數(shù)民族,在2010 年阿昌族總?cè)丝跒?9 555人,主要聚居于中國(guó)云南省德宏傣族景頗族自治州,緬甸也有部分阿昌族(峨昌人)人群分布,屬于典型的跨境民族。阿昌族源于古代氐羌族群,在12 世紀(jì)末13 世紀(jì)初,“阿昌”這一明確族稱(chēng)便已出現(xiàn)在漢文歷史文獻(xiàn)中,史籍中的“峨昌”“娥昌”“莪昌” “阿昌”或“萼昌”等是不同時(shí)期中央王朝對(duì)阿昌族的稱(chēng)謂。阿昌族雖有自己的語(yǔ)言但沒(méi)有文字,語(yǔ)言屬漢藏語(yǔ)系藏緬語(yǔ)族緬語(yǔ)支,分為梁河、隴川、潞西3 種方言[1]。2010年德昂族總?cè)丝跒?0 556 人,比較集中的聚居在保山市(保山地區(qū)),潞西市、瑞麗市、盈江縣、隴川縣、梁河縣(德宏州),永德縣、鎮(zhèn)康縣、耿馬傣族佤族自治縣(臨滄地區(qū))。德昂族淵源可追溯到古代的濮人,是西南邊疆最古老的民族之一。清代史書(shū)稱(chēng)之為“崩龍”,新中國(guó)成立后民族識(shí)別時(shí)沿用了這個(gè)名稱(chēng)。根據(jù)德昂族人民的意愿,1985 年更名為“德昂族”[2]。德昂族人民世代居住在云南西部的高黎貢山和怒山山脈的廣大山區(qū),是一個(gè)典型的大分散小聚居的民族,雖然人數(shù)不多卻散居在云南省3 個(gè)地州9 個(gè)縣市。德昂族沒(méi)有本民族文字,語(yǔ)言屬于南亞語(yǔ)系孟高棉語(yǔ)族佤德昂語(yǔ)支,分為“布雷”、“汝買(mǎi)”、“若進(jìn)”3 種方言。

        因阿昌族和德昂族前期無(wú)常染色體STR 基因座調(diào)查報(bào)道,此調(diào)查預(yù)期為云南省阿昌族和德昂族人群的法醫(yī)學(xué)個(gè)人識(shí)別和親子鑒定以及群體遺傳學(xué)研究提供基礎(chǔ)常染色體STR 數(shù)據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 樣本

        根據(jù)知情同意原則,收集154 例阿昌族和405 例德昂族無(wú)關(guān)個(gè)體的指尖末梢血,用中性濾紙制成血濾紙樣本。

        1.2 DNA 提取、擴(kuò)增及檢測(cè)

        采用打孔器取1.2 mm 直徑的血濾紙片放入PCR 擴(kuò)增管中,PCR 擴(kuò)增采用Goldeneye? 20A試劑盒(中國(guó)基點(diǎn)認(rèn)知技術(shù)(北京)有限公司),總反應(yīng)體系 10 μL,在9700 型PCR 儀(美國(guó)Thermo Fisher Scientific 公司)上進(jìn)行直接復(fù)合擴(kuò)增,擴(kuò)增條件:95℃ 2 min,94℃ 15 s、61℃ 40 s、65℃ 50 s、30 個(gè)循環(huán),72℃ 10 min。取1 μL 擴(kuò)增產(chǎn)物 0.5 μL內(nèi)標(biāo)SIZ500 和9.5 μL 去離子甲酰胺混合,3130基因分析儀(美國(guó)Thermo Fisher Scientific 公司)上進(jìn)行全自動(dòng)毛細(xì)管電泳,用 GeneMapper?ID-X軟件進(jìn)行等位基因分型。選擇F312(蘇州閱微基因技術(shù)有限公司)為陽(yáng)性質(zhì)控品,純化水為陰性質(zhì)控品。

        1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理

        應(yīng)用 Powerstates 軟件[3]對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,得到 19 個(gè) STR 基因座的等位基因頻率、多態(tài)信息含量(PIC)、個(gè)人識(shí)別率(DP)、非父排除率(PE)、觀察雜合度(Ho)等參數(shù)。使用Arlequin 3.5 軟件[4]進(jìn)行基因座間連鎖不平衡檢驗(yàn)(哈溫平衡檢驗(yàn))。應(yīng)用dispan 軟件計(jì)算阿昌族和德昂族與其他8 個(gè)群體(山西運(yùn)城漢族[5]、浦東漢族[6]、哈薩克族[7]、傣族[8]、哈尼族[9]、彝族[10]、納西族[11]和云南回族[12]),利用MEGA 11 軟件[13]基于DA distances構(gòu)建鄰接法(Neighbor-Joining Algorithm)進(jìn)化樹(shù)。

        2 結(jié)果

        2.1 等位基因頻率分布及群體遺傳學(xué)參數(shù)本研究

        在云南省154 名阿昌族無(wú)關(guān)個(gè)體共觀察到184 個(gè)等位基因,頻率分布在0.003 2~0.571 4(表1);405 名德昂族無(wú)關(guān)個(gè)體共觀察到212 個(gè)等位基因,頻率分布在0.001 2~0.556 8(表1)。經(jīng)過(guò)Bonferroni 矯正,基因型分布均符合哈溫平衡(P> 0.002 6)。阿昌族人群Ho 值分布在0.558 4~0.876 6,德昂族人群Ho 值分布在0.590 1~0.886 4。阿昌族人群中D6S1043 和Penta E為高多態(tài)性基因座(PIC > 0.85),德昂族人群中D6S1043、Penta E和FGA為高多態(tài)性基因座(PIC > 0.85),TPOX基因座為兩民族人群識(shí)別能力最差位點(diǎn)。阿昌族人群DP 值在0.786 6~0.979 2,累積個(gè)體識(shí)別率(CDP)達(dá)到0.999 999 999 999 999 999 999 9。德昂族人群DP 值在0.775 0~0.982 3,累積個(gè)體識(shí)別率達(dá)到0.999 999 999 999 999 999 999 992 4。阿昌族人群PE 值在0.243 9~0.748 0,三聯(lián)體累積非父排除率(CPE)達(dá)到0.999 999 964;德昂族人群PE 值在0.279 2~0.767 8,三聯(lián)體累積非父排除率達(dá)到0.999 999 955,見(jiàn)表2,表3。

        表1 阿昌族(n=154)和德昂族(n=405)群體 19 個(gè) STR 等位基因頻率分布Tab.1 Frequency distribution of 19 STR alleles in Achang(n=154)and De’ang(n=405)

        表2 阿昌 族人群19 個(gè) STR 基因座法醫(yī)學(xué)參數(shù)(n=154)Tab.2 Forensic parameters of 19 STR loci in Achang population(n=154)

        表3 德昂族人群19 個(gè) STR 基因座法醫(yī)學(xué)參數(shù)(n=405)Tab.3 Forensic parameters of the 19 STR loci in the De’ang population(n=405)

        2.2 群體遺傳結(jié)構(gòu)分析

        阿昌族和德昂族人群與白族、傣族、納西族等8 個(gè)人群14 個(gè)常染色體STR 基因座鄰接法進(jìn)化樹(shù)見(jiàn)圖1 和表4。除云南回族人群外,其他的云南少數(shù)民族聚為一大類(lèi),德昂族和傣族聚為一類(lèi),阿昌族和同屬于漢藏語(yǔ)系的哈尼族、彝族和納西族聚集成樹(shù)。

        圖1 基于DA distances 構(gòu)建鄰接法進(jìn)化樹(shù)。Fig.1 Construction of neighbour-joining method evolutionary tree based on DA distances.

        表4 阿昌族、德昂族與其他8 個(gè)人群的Standard genetic distances 和Standard errorTab.4 Standard genetic distances and Standard error of Achang,De’ang and other 8 populations

        3 討論

        在法醫(yī)物證學(xué)實(shí)踐中,基于毛細(xì)管電泳的STR 分型技術(shù),因其高度的檢測(cè)效能,在往后很長(zhǎng)的時(shí)間內(nèi),仍然會(huì)是法醫(yī)物證學(xué)鑒定的主要工具。對(duì)不同人群進(jìn)行基礎(chǔ)的STR 基因頻率調(diào)查,有益于試劑盒在對(duì)應(yīng)人群的適用性。本次調(diào)研,所有基因座的基因型分布均符合哈溫平衡,說(shuō)明采樣符合隨機(jī)性要求,同時(shí)各基因座間相互獨(dú)立。按 DP ≥ 0.9、H ≥ 0.7、PIC ≥ 0.7 的 STR 基因座屬高度多態(tài)性基因座的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)衡量,vWA、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51、D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、D2S1338、D19S433、Penta D、Penta E、D6S1043、D12S391 屬高鑒別能力的基因座,TPOX、TH01、CSF1PO 和D3S1358 基因座多態(tài)性和識(shí)別能力較差。根據(jù)乘積原則,Goldeneye? 20A 試劑盒在阿昌族和德昂族人群中具有較高的個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定的系統(tǒng)效能(CDP > 0.999 999 999、CPE > 0.999 999)。根據(jù)本調(diào)查結(jié)果,亦提示對(duì)于阿昌族和德昂族人群的鑒定STR 基因座個(gè)數(shù)建議≥19 個(gè),以保證識(shí)別能力。

        本研究所調(diào)查的阿昌族和德昂族群體是屬于云南特有、人口較少的少數(shù)民族,主要聚居于德宏州,并少量分布于緬甸,屬于典型的跨境民族。云南省作為我國(guó)少數(shù)民族組成最為豐富省份,對(duì)各民族人群的遺傳多態(tài)性和群體遺傳關(guān)系進(jìn)行調(diào)查有助于個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定的識(shí)別應(yīng)用?;趫D1 鄰接法進(jìn)化樹(shù)的構(gòu)建結(jié)果,雖然阿昌族和德昂族的聚居地都以德宏州為主,兩者之間的遺傳距離還是有一定的差異,可以按照語(yǔ)系進(jìn)行聚類(lèi),此結(jié)果與宇克莉等[14]報(bào)道的Heath-Carter 人體體型數(shù)據(jù)分析有一定的差異,提示了環(huán)境在表觀遺傳學(xué)中的作用。根據(jù)郭薇霞[15]對(duì)云南少數(shù)民族異常血紅蛋白分析,發(fā)現(xiàn)39%阿昌族人群攜帶異常血紅蛋白,且阿昌族和德昂族的異常血紅蛋白突變有一致性,考慮與當(dāng)?shù)毓糯懠矀鞑サ倪x擇壓力有關(guān),也提示了兩個(gè)民族在一定程度有基因的交流。

        19 個(gè) STR 基因座在云南省阿昌族和德昂族人群中具有高度多態(tài)性,聯(lián)合使用具有較高的識(shí)別能力,可用于該人群法醫(yī)學(xué)個(gè)人識(shí)別和親子鑒定。本研究數(shù)據(jù)亦可用于群體遺傳學(xué)研究。

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