摘要目的:探討長鏈非編碼RNA(lncRNA)T-box轉(zhuǎn)錄因子5反義RNA1(TBX5-AS1)調(diào)控微小RNA-363-3p(miR-363-3p)對膠質(zhì)瘤細(xì)胞增殖和侵襲的影響。方法:體外培養(yǎng)A172細(xì)胞,并分為Control組、si-NC組、si-TBX5-AS1組、si-TBX5-AS1+miR-NC inhibitor組和si-TBX5-AS1+miR-363-3p inhibitor組。定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(qRT-PCR)檢測不同細(xì)胞[人腦膠質(zhì)瘤細(xì)胞A172、U251、T98G、U87-MG及正常星形膠質(zhì)細(xì)胞(NHA)]及各組A172細(xì)胞中TBX5-AS1和miR-363-3p的相對表達(dá)水平;雙熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)檢測TBX5-AS1和miR-363-3p的靶向調(diào)控關(guān)系;細(xì)胞計(jì)數(shù)試劑盒8(CCK-8)和集落形成實(shí)驗(yàn)檢測各組A172細(xì)胞的增殖情況,Transwell實(shí)驗(yàn)檢測各組A172細(xì)胞的侵襲情況;蛋白免疫印跡法(Western Blot)檢測各組A172細(xì)胞中增殖相關(guān)蛋白和抗原(PCNA)、Ki67和侵襲相關(guān)蛋白E-cadherin、N-cadherin、Vimentin表達(dá)水平。結(jié)果:TBX5-AS1在膠質(zhì)瘤細(xì)胞系中表達(dá)上調(diào)(P<0.05),且在A172細(xì)胞中表達(dá)水平最高;miR-363-3p在膠質(zhì)瘤細(xì)胞系中表達(dá)下調(diào)(P<0.05),且在A172細(xì)胞中表達(dá)水平最低。雙熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)顯示,TBX5-AS1和miR-363-3p存在靶向調(diào)控關(guān)系。與si-NC組比較,si-TBX5-AS1組A172細(xì)胞中TBX5-AS1表達(dá)水平和PCNA、Ki67、N-cadherin、Vimentin蛋白水平下調(diào),miR-363-3p表達(dá)水平和E-cadherin蛋白水平上調(diào)(P<0.05);細(xì)胞增殖和侵襲能力降低(P<0.05)。與si-TBX5-AS1+miR-NC inhibitor組比較,si-TBX5-AS1+miR-363-3p inhibitor組A172細(xì)胞中TBX5-AS1表達(dá)水平無明顯變化(P>0.05);細(xì)胞中PCNA、Ki67、N-cadherin、Vimentin蛋白水平上調(diào),miR-363-3p表達(dá)水平和E-cadherin蛋白水平下調(diào)(P<0.05);細(xì)胞增殖和侵襲能力增加(P<0.05)。結(jié)論:下調(diào)TBX5-AS1靶向負(fù)調(diào)控miR-363-3p可抑制膠質(zhì)瘤細(xì)胞的增殖和侵襲。
關(guān)鍵詞膠質(zhì)瘤;長鏈非編碼RNA T-box轉(zhuǎn)錄因子5反義RNA1;微小RNA-363-3p;細(xì)胞增殖;細(xì)胞侵襲
doi:10.12102/j.issn.1672-1349.2023.23.014
膠質(zhì)瘤是常見的侵襲性較強(qiáng)的惡性腦瘤,因其呈浸潤性增長,手術(shù)難以完全切除,因此,膠質(zhì)瘤病人的預(yù)后較差[1-2]。長鏈非編碼RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一類具有多樣性和保守性較差的非編碼RNA,可促進(jìn)細(xì)胞增殖、分化等[3-4]。研究顯示,T-box轉(zhuǎn)錄因子5反義RNA1(T-box transcription factor 5 antisense RNA 1,TBX5-AS1)是一種在非小細(xì)胞肺癌中顯著低表達(dá)的lncRNA,且與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移和組織學(xué)分級有關(guān),過表達(dá)的TBX5-AS1可抑制細(xì)胞增殖、侵襲,促進(jìn)細(xì)胞凋亡,而TBX5-AS1沉默則表現(xiàn)出相反的效果[5]。微小RNAs(micrornas,miRNAs)是一類長度為22~24個(gè)核苷酸的非編碼RNA,研究顯示,miRNAs可通過抑制翻譯或降解mRNA來參與多種腫瘤的細(xì)胞增殖、侵襲等生物學(xué)過程[6-7]。此外,lncRNAs與miRNAs之間存在交叉調(diào)節(jié)[8]。已有研究發(fā)現(xiàn),微小RNA-363-3p(microrna-363-3p,miR-363-3p)在膠質(zhì)瘤細(xì)胞中顯著低表達(dá)可參與調(diào)控膠質(zhì)瘤細(xì)胞增殖和凋亡過程[9]。本研究探討TBX5-AS1調(diào)控miR-363-3p促進(jìn)膠質(zhì)瘤細(xì)胞增殖、侵襲的機(jī)制。
1材料與方法
1.1材料
人腦膠質(zhì)瘤細(xì)胞(A172、U251、T98G和U87-MG)和正常星形膠質(zhì)細(xì)胞(normal human astrocytes,NHA)購自深圳市豪地華拓生物科技有限公司,貨號分別為HT-X1719、HT-X1725、HT-X1975、HT-X1726、HT-X2408;DEME培養(yǎng)基購自上海LMAI公司,貨號:LM-P0523;TBX5-AS1沉默質(zhì)粒(si-TBX5-AS1)及其陰性對照(si-NC)、miR-363-3抑制劑(miR-363-3p inhibitor)及其陰性對照(miR-NC inhibitor)、miR-363-3p模擬物(miR-363-3p mimics)及其陰性對照(miR-NC mimics)、TBX5-AS1野生型(TBX5-AS1-WT)及突變型(TBX5-AS1-MUT)質(zhì)粒均由廣州RUIBIO公司設(shè)計(jì)并合成;脂質(zhì)體2000、高效蛋白裂解液(RIPA裂解液)購自上海Solarbio公司,貨號:L7800、R0020;TRIzol試劑購自美國Invitrogen,貨號:15596-026;反轉(zhuǎn)錄試劑盒購自北京YITA公司,貨號:YT9036;SYBR Green PCR Master Mix購自美國ABI公司,貨號:4367659;雙熒光素酶報(bào)告基因檢測試劑盒、細(xì)胞計(jì)數(shù)試劑盒8(cell counting kit-8,CCK-8)細(xì)胞增殖檢測試劑盒、增強(qiáng)化學(xué)發(fā)光劑(enhanced chemilum inescence,ECL)檢測試劑盒購自南京Vazume公司,貨號:DD1204-01、A311-01、E412-01;Transwell小室購自美國BD公司,貨號:354480;一抗增殖細(xì)胞和抗原(PCNA,29 kDa)、Ki67(395 kDa)、E-cadherin(97 kDa)、N-cadherin(125 kDa)、Vimentin(53 kDa)及甘油醛-3-磷酸脫氫酶(GAPDH)(37 kDa)均購自英國Abcam公司,貨號:ab92552、ab92742、ab40772、ab76011、ab92547、ab9485。7500 Real Time PCR儀購自美國Thermofisher公司;Accuris MR9600-E 96微孔板吸光度讀取器購自深圳Accuris公司;Axio Vert.A1顯微鏡購自德國ZEISS;ChemiDoc MP凝膠成像系統(tǒng)購自美國Bio-Rad公司。
1.2方法
1.2.1細(xì)胞培養(yǎng)與分組
人腦膠質(zhì)瘤細(xì)胞(A172、U251、T98G和U87-MG)和NHA在DEME培養(yǎng)基中培養(yǎng),添加有抗生素和10%胎牛血清,常規(guī)培養(yǎng),至細(xì)胞融合度>70%時(shí),進(jìn)行傳代培養(yǎng),選取傳代3次后對數(shù)期細(xì)胞進(jìn)行后續(xù)研究。A172細(xì)胞分為Control組、si-NC組、si-TBX5-AS1組、si-TBX5-AS1+miR-NC inhibitor組和si-TBX5-AS1+miR-363-3p inhibitor組。Control組細(xì)胞不做任何處理,其余各組參照脂質(zhì)體2000轉(zhuǎn)染試劑盒方法分別轉(zhuǎn)染si-NC、si-TBX5-AS1、si-TBX5-AS1和miR-NC inhibitor、si-TBX5-AS1和miR-363-3p inhibitor,繼續(xù)培養(yǎng)48 h后進(jìn)行后續(xù)研究。
1.2.2定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction,qRT-PCR)檢測細(xì)胞中TBX5-AS1和miR-363-3p的相對表達(dá)水平
使用TRIzol試劑提取1.2.1中培養(yǎng)的不同細(xì)胞及各組A172細(xì)胞總RNA,經(jīng)反轉(zhuǎn)錄試劑盒轉(zhuǎn)化為cDNA,使用SYBR Green PCR Master Mix和Real Time PCR儀進(jìn)行qRT-PCR檢測,所有操作均嚴(yán)格按照說明書方法進(jìn)行。經(jīng)2-△△Ct測定TBX5-AS1和miR-363-3p的相對表達(dá)水平。GAPDH對TBX5-AS1水平進(jìn)行歸一化,U6對miR-363-3p水平進(jìn)行歸一化。引物序列:TBX5-AS1正向?yàn)?′-GCAAAACGTACCGCGTAGAC-3′,反向?yàn)?′-GATGCCGGAGAAAGGAACCA-3′;GAPDH正向?yàn)?′-GAGAAGTATGACAACAGCCTC-3′,反向?yàn)?′-ATGGACTGTGGTCATGAGTC-3′;miR-363-3p正向?yàn)?′-GCGGCCAATTGCACGGTAT-3′,反向?yàn)?′-GTGCAGGGTCCGAGGTATTC-3′;U6正向?yàn)?′-CTCGCTTCGGCAGCACA-3′,反向?yàn)?′-AACGCTTCACGAATTTGCGT-3′。
1.2.3生物信息學(xué)預(yù)測和雙熒光素酶報(bào)告基因分析TBX5-AS1和miR-363-3p的靶向關(guān)系
Starbase網(wǎng)站(https://starbase.sysu.edu.cn/)預(yù)測TBX5-AS1與miR-363-3p之間的結(jié)合位點(diǎn)。雙熒光素酶報(bào)告基因檢測進(jìn)一步驗(yàn)證:聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增片段TBX5-AS1-WT或TBX5-AS1-MUT基因片段,并將其克隆到熒光素酶報(bào)告基因載體pGL3中;當(dāng)A172細(xì)胞生長融合度>70%時(shí),使用脂質(zhì)體2000將重組質(zhì)粒分別與miR-NC mimics(miR-NC mimics組)或miR-363-3p mimics(miR-363-3p mimics組)共同轉(zhuǎn)染細(xì)胞,48 h后使用雙熒光素酶報(bào)告基因系統(tǒng)檢測相對熒光素酶活性。
1.2.4CCK-8檢測各組A172細(xì)胞的增殖活力
將按照1.2.1轉(zhuǎn)染的各組A172細(xì)胞,按照每孔5×103個(gè)的密度接種到96孔細(xì)胞培養(yǎng)板中,培養(yǎng)48 h后,向每孔中加入10 μL CCK-8溶液后,孵育4 h,使用96微孔板吸光度讀取器在480 nm處檢測各孔細(xì)胞的吸光度值(OD值),OD值即表示細(xì)胞增殖活力。
1.2.5集落形成實(shí)驗(yàn)檢測各組A172細(xì)胞的集落形成數(shù)量
將按照1.2.1轉(zhuǎn)染培養(yǎng)的各組A172細(xì)胞按照每個(gè)培養(yǎng)皿1×102個(gè)接種于細(xì)胞培養(yǎng)皿中,輕輕晃動(dòng)培養(yǎng)皿,使細(xì)胞均勻分散,正常培養(yǎng)2~3周,其間根據(jù)培養(yǎng)液pH值的變化更換培養(yǎng)基,直至出現(xiàn)肉眼可見的克隆時(shí),終止培養(yǎng)。固定細(xì)胞后使用Giemsa染色10 min,在顯微鏡下拍照并統(tǒng)計(jì)各皿A172細(xì)胞集落形成數(shù)量。
1.2.6Transwell實(shí)驗(yàn)檢測各組A172細(xì)胞的侵襲情況
將按照1.2.1轉(zhuǎn)染的各組A172細(xì)胞使用無血清的培養(yǎng)基稀釋后,按照每孔1×105個(gè)的密度接種到Matrigel包被的Transwell小室,下室中添加正常培養(yǎng)基作為誘導(dǎo)劑,24 h后固定細(xì)胞,使用0.5%結(jié)晶紫染色后在顯微鏡下拍照并統(tǒng)計(jì)侵襲細(xì)胞數(shù)量。
1.2.7蛋白免疫印跡法(Western Blot)檢測各組A172細(xì)胞中PCNA、Ki67、E-cadherin、N-cadherin及Vimentin蛋白水平
收集按照1.2.1轉(zhuǎn)染培養(yǎng)的各組細(xì)胞,使用吐溫-20-三羥甲基氨基甲烷鹽緩沖液(tris-buffered saline withTween-20,TBST)洗滌后在添加蛋白酶抑制劑的RIPA緩沖液中裂解,離心后收集上清液,使用二喹啉甲酸(bicinchoninic acid,BCA)蛋白定量試劑盒測定蛋白濃度。蛋白經(jīng)煮沸變性后,在十二烷基硫酸鈉聚丙烯酰胺凝膠電泳(polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)中電泳分離后轉(zhuǎn)移到聚偏二氟乙烯膜(PVDF)上,使用5%牛血清清蛋白溶液(BSA)室溫封閉1 h后,添加一抗PCNA、Ki67、E-cadherin、N-cadherin、Vimentin及GAPDH(稀釋比例1∶1 000)在4 ℃過夜孵育,使用TBST沖洗后,分別與辣根過氧化物酶標(biāo)記的二抗(稀釋比例1∶5 000)在室溫下孵育2 h,通過ECL發(fā)光液顯影后拍照,使用Image J軟件檢測各組蛋白條帶的灰度值。目的蛋白的相對表達(dá)量=目的蛋白的灰度值/內(nèi)參蛋白的灰度值。
1.3統(tǒng)計(jì)學(xué)處理
采用GraphPad Prism 7.0軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。符合正態(tài)分布的定量資料以均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差(x±s)表示,組間比較采用獨(dú)立樣本t檢驗(yàn),多組間比較采用單因素方差分析,進(jìn)一步兩兩比較采用SNK-q檢驗(yàn)。以P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
2結(jié)果
2.1TBX5-AS1和miR-363-3p在不同細(xì)胞系中的相對表達(dá)水平
與NHA細(xì)胞比較,TBX5-AS1在膠質(zhì)瘤細(xì)胞系(A172、U251、T98G和U87-MG)中表達(dá)上調(diào)(P<0.05),且在A172細(xì)胞中表達(dá)水平最高;miR-363-3p在膠質(zhì)瘤細(xì)胞系(A172、U251、T98G和U87-MG)中表達(dá)下調(diào)(P<0.05),且在A172細(xì)胞中表達(dá)水平最低。故而后續(xù)選擇A172細(xì)胞作為研究對象。詳見表1。
2.2TBX5-AS1與miR-363-3p靶向關(guān)系驗(yàn)證
Starbase網(wǎng)站預(yù)測發(fā)現(xiàn),TBX5-AS1與miR-363-3p存在靶向互補(bǔ)結(jié)合位點(diǎn)(見圖1)。雙熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)結(jié)果顯示,與miR-NC mimics組比較,轉(zhuǎn)染TBX5-AS1-WT可明顯降低miR-363-3p mimics組細(xì)胞中相對熒光素酶活性(P<0.05),而TBX5-AS1-MUT則對miR-363-3p mimics組細(xì)胞中相對熒光素酶活性無明顯影響(P>0.05)。詳見表2。
2.3各組A172細(xì)胞中TBX5-AS1和miR-363-3p表達(dá)水平及增殖能力變化情況
與si-NC組比較,si-TBX5-AS1組A172細(xì)胞中TBX5-AS1表達(dá)水平下調(diào),miR-363-3p表達(dá)水平上調(diào)(P<0.05);細(xì)胞增殖活力和集落形成能力降低(P<0.05)。與si-TBX5-AS1+miR-NC inhibitor組比較,si-TBX5-AS1+miR-363-3p inhibitor組A172細(xì)胞中TBX5-AS1表達(dá)水平變化差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),miR-363-3p表達(dá)水平下調(diào)(P<0.05);細(xì)胞增殖活力和集落形成能力增加(P<0.05)。而si-NC組和Control組、si-TBX5-AS1+miR-NC inhibitor組和si-TBX5-AS1組細(xì)胞中TBX5-AS1和miR-363-3p表達(dá)水平及增殖能力的變化比較差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。詳見圖2、表3。
2.4各組A172細(xì)胞侵襲能力變化情況
與si-NC組比較,si-TBX5-AS1組A172細(xì)胞侵襲數(shù)量減少(P<0.05)。與si-TBX5-AS1+miR-NC inhibitor組比較,si-TBX5-AS1+miR-363-3p inhibitor組A172細(xì)胞侵襲數(shù)量增加(P<0.05)。而si-NC組和Control組、si-TBX5-AS1+miR-NC inhibitor組和si-TBX5-AS1組細(xì)胞侵襲數(shù)量變化比較差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。詳見圖3、表4。
2.5各組A172細(xì)胞中PCNA、Ki67、E-cadherin、N-cadherin及Vimentin蛋白水平變化情況
與si-NC組比較,si-TBX5-AS1組A172細(xì)胞中PCNA、Ki67、N-cadherin及Vimentin蛋白水平下調(diào),E-cadherin蛋白水平上調(diào)(P<0.05)。與si-TBX5-AS1+miR-NC inhibitor組比較,si-TBX5-AS1+miR-363-3p inhibitor組A172細(xì)胞中PCNA、Ki67、N-cadherin及Vimentin蛋白水平上調(diào),E-cadherin蛋白水平下調(diào)(P<0.05)。而si-NC組和Control組、si-TBX5-AS1+miR-NC inhibitor組和si-TBX5-AS1組細(xì)胞中PCNA、Ki67、E-cadherin、N-cadherin及Vimentin蛋白水平變化差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。詳見圖4、表5。
3討論
近年來,lncRNAs因其在癌癥進(jìn)展中的調(diào)節(jié)作用而受到越來越多的關(guān)注。一些lncRNAs在膠質(zhì)瘤組織和細(xì)胞中異常表達(dá),并參與膠質(zhì)瘤的發(fā)展[10],lncRNA CASC2在神經(jīng)膠質(zhì)瘤細(xì)胞中低表達(dá),且與神經(jīng)膠質(zhì)瘤的病理分級和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān),參與調(diào)控腫瘤細(xì)胞的生物學(xué)行為[11];lncRNA-LINC01116在膠質(zhì)瘤組織和細(xì)胞中上調(diào),并在細(xì)胞增殖、細(xì)胞周期、遷移、侵襲和血管生成中發(fā)揮重要作用[12]。本研究對TBX5-AS1的功能進(jìn)行研究,發(fā)現(xiàn)TBX5-AS1在膠質(zhì)瘤細(xì)胞系中表達(dá)上調(diào),這與之前研究證實(shí)的TBX5-AS1在非小細(xì)胞肺癌中下調(diào)的趨勢不同,表明TBX5-AS1在不同的腫瘤中可能發(fā)揮不同的作用。為了進(jìn)一步探討TBX5-AS1在膠質(zhì)瘤細(xì)胞中的作用[5],本研究選擇在膠質(zhì)瘤細(xì)胞系中表達(dá)水平最高的A172細(xì)胞作為研究對象,結(jié)果表明,TBX5-AS1的沉默可抑制膠質(zhì)瘤細(xì)胞的增殖和侵襲,同時(shí),上調(diào)E-cadherin蛋白水平,下調(diào)細(xì)胞中PCNA、Ki67、N-cadherin及Vimentin蛋白水平。研究顯示,PCNA、Ki67是細(xì)胞增殖標(biāo)志物,PCNA是DNA復(fù)制和DNA修復(fù)必需的物質(zhì),Ki67僅在細(xì)胞增殖期的細(xì)胞核中表達(dá),二者的表達(dá)水平與細(xì)胞增殖能力密切相關(guān)[13]。E-cadherin、N-cadherin和Vimentin是經(jīng)典的上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化標(biāo)志物,E-cadherin上調(diào),N-cadherin和Vimentin下調(diào)是抑制腫瘤侵襲轉(zhuǎn)移的重要機(jī)制之一[14]。結(jié)合本研究結(jié)果,推測沉默TBX5-AS1可通過影響增殖、侵襲相關(guān)蛋白的表達(dá),抑制膠質(zhì)瘤細(xì)胞增殖和侵襲。
越來越多的研究證實(shí),lncRNAs可作為內(nèi)源性RNA與miRNA競爭性結(jié)合,從而調(diào)控mRNAs的水平[15]。lncRNA BCYRN1可通過與miR-619-5p競爭性結(jié)合,從而調(diào)控CUEDC2表達(dá)和PTEN/蛋白激酶B(AKT)/p21通路來抑制膠質(zhì)瘤細(xì)胞惡性生物學(xué)行為[16]。在本研究中,通過生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),TBX5-AS1和miR-363-3p可能存在相互作用;經(jīng)雙熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)驗(yàn)證了二者存在負(fù)靶向關(guān)系;進(jìn)一步證實(shí),沉默TBX5-AS1可上調(diào)miR-363-3p的表達(dá)水平,而miR-363-3p表達(dá)則對TBX5-AS1的表達(dá)水平無明顯影響,表明在A172細(xì)胞中,TBX5-AS1直接負(fù)靶向調(diào)控miR-363-3p表達(dá)。因此,TBX5-AS1可能作為miR-363-3p的海綿在膠質(zhì)瘤細(xì)胞增殖和侵襲中發(fā)揮作用。此外,本研究還顯示,抑制miR-363-3p表達(dá)可部分逆轉(zhuǎn)沉默TBX5-AS1對膠質(zhì)瘤細(xì)胞的生物學(xué)效應(yīng)。研究顯示,在肺腺癌細(xì)胞中,miR-363-3p可直接靶向調(diào)控PCNA抑制腫瘤生長[17]。此外,在結(jié)直腸癌中,miR-363-3p可直接靶向SRY相關(guān)高遷移率族蛋白框4(SOX4)抑制癌細(xì)胞的上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化和轉(zhuǎn)移[18]。結(jié)合本研究結(jié)果,推測miR-363-3p可逆轉(zhuǎn)沉默TBX5-AS1對膠質(zhì)瘤細(xì)胞增殖和侵襲的抑制作用,可能是通過直接靶向PCNA、SOX4發(fā)揮作用的。
綜上所述,TBX5-AS1可能作為miR-363-3p的海綿促進(jìn)細(xì)胞增殖和侵襲。但本研究尚存在一定的不足,本研究并未在動(dòng)物模型體內(nèi)驗(yàn)證此結(jié)論,且并未探究miR-363-3p是通過調(diào)控哪些靶基因逆轉(zhuǎn)沉默TBX5-AS1對膠質(zhì)瘤細(xì)胞生物學(xué)效應(yīng)影響的,因此,后續(xù)將重點(diǎn)探討這兩個(gè)研究方向。
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(收稿日期:2021-11-04)
(本文編輯鄒麗)