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        全外顯子測序在Waardenburg綜合征的應(yīng)用

        2023-01-12 11:46:34吳曉麗吳蓓嚴(yán)樹涓姜敏敏馬星衛(wèi)
        貴州醫(yī)藥 2022年11期
        關(guān)鍵詞:虹膜外顯子基因突變

        吳曉麗 吳蓓 嚴(yán)樹涓 姜敏敏 馬星衛(wèi)

        (貴州省人民醫(yī)院產(chǎn)前診斷中心,貴州 貴陽 550002)

        Waardenburg綜合征(Waardenburg syndrome)是一種罕見的遺傳性疾病,臨床表現(xiàn)為聽力正常、單側(cè)或雙側(cè)中度至極重度聽力損失,聽力損失多是先天性的;頭發(fā)、皮膚和虹膜色素沉著,比如白發(fā)或頭發(fā)過早變灰,白點(diǎn)病,雀斑[1]。Waardenburg 綜合征的臨床表型多樣,即使在同一家庭的不同個體之間,攜帶相同基因突變,也會因臨床外顯率不同或其他原因,使得個體有較大差異[2]。本文報道1例通過全外顯子測序方法,所檢測到MITF基因突變所導(dǎo)致的Waardenburg綜合征,對患者及家系成員提供基因診斷及遺傳咨詢。

        1 資料與方法

        1.1一般資料 患者,男性,26歲,因“聽力障礙”就診于我院遺傳咨詢門診。患者從小雙耳聽力微弱,隨著年齡增長,聽力越來越弱;目前存在聽力障礙,但未完全喪失聽力。否認(rèn)幼兒時期有發(fā)燒等。核心家系調(diào)查,繪制家系圖譜,患者及家屬均簽署知情同意書,進(jìn)行遺傳病全外顯子測序檢測。

        1.2方法 留取患者、其父母及姐姐靜脈血各2 mL,EDTA抗凝。使用德國Qiagen DNA提取試劑盒提取患者及其家系成員的外周血DNA,按照說明書進(jìn)行DNA提取和保存。首先從受檢者提供的檢測樣本中提取基因組DNA并隨機(jī)打斷,然后對外顯子區(qū)域進(jìn)行序列捕獲,最后采用Illumina Hiseq測序儀進(jìn)行高深度測序。數(shù)據(jù)分析在基因數(shù)據(jù)分析解讀平臺Seqmax上完成,總共包括五個步驟:(1)去除低質(zhì)量reads和接頭序列;(2)將reads比對到參考基因組;(3)變異檢測;(4)變異過濾和注釋;(5)篩選和患者臨床表型相關(guān)的基因和變異。變異注釋包含有千人基因組、ExAC、gnomAD、OMIM、ClinVar和HGMD專業(yè)版等數(shù)據(jù)庫相關(guān)內(nèi)容。變異的致病性分級主要基于致病變異數(shù)據(jù)庫和ACMG指南。由NCBI網(wǎng)站下載MITF基因DNA全序列,采用Primer5軟件設(shè)計聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)引物。引物序列:正向CTATGCCCAAACCAACTGCT;反向ATGGCAATGTTCCTAGCTTTCTC,PCR產(chǎn)物大小456 bp。PCR反應(yīng)條件:94℃預(yù)熱4 min,共35個循環(huán):94℃ 30 s、56℃ 30 s、72℃ 1 min,最終擴(kuò)增延長72℃ 7 min,4℃保存。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)1.5%瓊脂糖凝膠電泳分離后純化,進(jìn)行雙向測序。

        2 結(jié) 果

        患者,男性,26歲,從小雙耳聽力微弱,隨著長大,聽力越來越弱;目前存在聽力障礙,但未完全喪失聽力。外觀可見雙眼瞳孔呈藍(lán)色(圖1),無視力異常。針對耳聾易感基因SLC26A4、GJB2、GJB3、mtDNA基因測序檢測,均未見突變?;颊郀敔敶嬖诼犃φ系K(已故);父母無聽力異常;姐姐左耳聽力減弱,右耳聽力正常。詳見家系圖譜(圖2)。經(jīng)全外顯子測序,MITF基因在chr3:69988315(HG19)存在c.328C>T(p.Arg110Ter)雜合突變。ACMG變異分類:I類致病。相關(guān)疾?。篧arrdenburg綜合征II型。進(jìn)一步使用Sanger測序,患者及家系結(jié)果如圖2所示。

        圖1 患者眼睛照片

        注:Ⅰ1.患者父親,攜帶致病突變;Ⅱ2.患者母親,未攜帶致病突變;Ⅱ1.患者姐姐攜帶致病突變,左耳聽力減弱,右耳聽力正常;Ⅱ2.患者本人,攜帶致病突變,雙耳聽力障礙,虹膜藍(lán)色。

        3 討 論

        Warrdenburg綜合征是一種定義明確、但遺傳異質(zhì)性的疾病。MITF基因突變在Warrdenburg綜合征中引起相關(guān)癥狀的比率大約占27.6%,僅低于PAX3基因突變所占比率48.4%,排名第二位;而在Warrdenburg綜合征II型中與MITF基因突變相關(guān)所占比率大約為84.6%;MITF基因突變在Warrdenburg綜合征中約90%患者有聽力損失,其中重度至極重度聽力障礙所占比率超過60%,嚴(yán)重程度遠(yuǎn)超過PAX3基因突變所致聽力損失[3]。在本研究中,對患者(先證者)通過全外顯子測序手段,檢測到MITF基因的 c.328C>T雜合突變,再進(jìn)一步對其父母及姐姐進(jìn)行該位點(diǎn)的家系檢測,患者父親及姐姐攜帶該基因位點(diǎn)突變。該變異所在區(qū)域是這個蛋白質(zhì)的重要組成部分,不同物種的氨基酸序列高度保守。通過動物實驗等研究[4-5],很大可能是因為MITF基因突變喪失功能所引起的單倍劑量不足,導(dǎo)致相關(guān)癥狀出現(xiàn)。

        在S.Yang等[6]研究中,在同一家系13人檢測到該突變,但此13人無論在虹膜顏色、皮膚情況、頭發(fā)變白、還是聽力損失等各個方面,表現(xiàn)都各不相同,從完全無相關(guān)癥狀到極重度耳聾。本研究中,患者表現(xiàn)為中-重度的聽力損失,伴隨虹膜顏色呈藍(lán)色,有著與Waardenburg綜合征II型明確相關(guān)的臨床表型;但患者姐姐并無虹膜顏色改變,且僅一側(cè)聽力減弱,另一耳聽力正常;該患者父親,并無Waardenburg綜合征II型的相關(guān)癥狀。與S.Yang等的研究結(jié)論一樣,再次驗證了Waardenburg綜合征II型在臨床外顯率差異明顯,有不完全外顯特征。

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