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        豬鞭蟲基于ITS 基因PCR 診斷

        2023-01-03 03:03:34黃志堅(jiān)
        中國(guó)畜禽種業(yè) 2022年11期
        關(guān)鍵詞:方法

        黃志堅(jiān)

        (福建省三明市綠色食品發(fā)展中心,福建三明 365000)

        豬鞭蟲(Trichuris suis)又稱豬毛尾線蟲,屬于無(wú)尾感器綱(Aphasmidea)毛尾目(Trichurata)毛尾科(Trichuridea)毛尾屬(Trichuris),蟲體前部細(xì)長(zhǎng),后部粗短,形似馬鞭,故也有毛首線蟲或鞭蟲之稱[1-5]。鞭蟲蟲體呈乳白色,前部為食道部,約占細(xì)長(zhǎng)前部的3/5,內(nèi)含由1 串單細(xì)胞圍繞的食道;后部為體部,約占短粗后部的2/5,內(nèi)有生殖器和腸管。雌蟲體長(zhǎng)40~50mm,尾直、末端呈圓形;雄蟲體長(zhǎng)30~40mm,尾部呈螺旋狀卷曲[6]。蟲卵腰鼓狀,兩端有塞,卵殼厚,呈棕黃色。豬鞭蟲的生活史不需要中間宿主,蟲卵或幼蟲在外界發(fā)育到具有感染性后直接感染終末宿主。

        豬鞭蟲病的感染度較強(qiáng)、較普遍,四季均有發(fā)生,但蟲卵在夏季的孵化率和感染率均高于其他季節(jié)[7],寄生的鞭蟲以吸血為主,Layrisse 等[8]報(bào)道每條成蟲的日吸血量為0.005mL。感染重者往往導(dǎo)致死亡,對(duì)養(yǎng)豬業(yè)的健康發(fā)展造成一定的威脅[9]。1~4 月齡的仔豬較容易感染和寄生鞭蟲,45 日齡仔豬糞便中即可檢查出蟲卵,4 月齡豬只蟲卵數(shù)目和感染率均顯著提高,而對(duì)6 個(gè)月齡以上的育肥豬和成年母豬的影響較小,且比較少見(jiàn)相關(guān)臨床感染報(bào)道。少量的豬鞭蟲寄生對(duì)豬只造成的健康危害不大,但是嚴(yán)重感染時(shí),仔豬則表現(xiàn)出消瘦、血清蛋白降低、貧血、黏膜蒼白、皮膚無(wú)彈性、被毛無(wú)光澤等臨床癥狀[10]。豬鞭蟲寄生于結(jié)腸和盲腸內(nèi)[11],蟲體頭部深入黏膜,引起結(jié)腸和盲腸的慢性卡他性炎癥,有時(shí)還會(huì)出現(xiàn)出血性腸炎,通常為瘀斑性出血,剖檢可見(jiàn)結(jié)腸和盲腸黏膜有出血性壞死、水腫、結(jié)節(jié)和潰瘍。

        目前寄生蟲的診斷和分析發(fā)現(xiàn),除使用傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)觀察外,隨著分子生物學(xué)方法的成熟應(yīng)用,PCR擴(kuò)增和序列分析已成為寄生蟲在分子水平上分類和鑒別的有效手段。為此,本研究采用PCR 方法,擴(kuò)增疑似豬鞭蟲分離株轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)序列(Internal Transcribed Spacer,ITS)序列并進(jìn)行測(cè)序,BLAST 對(duì)比分析,建立豬鞭蟲PCR 診斷方法,為今后豬鞭蟲的鑒別、診斷、防治以及分子流行病學(xué)調(diào)查等更深層次的研究奠定基礎(chǔ),以降低豬鞭蟲對(duì)養(yǎng)豬業(yè)造成的經(jīng)濟(jì)損失。

        1 材料與方法

        1.1 蟲體樣品

        豬鞭蟲樣品來(lái)自福建三明某豬場(chǎng)的保育舍小豬盲腸內(nèi),70%酒精保存。

        1.2 主要試劑

        10×PCR buffer、MgCl2、dNTPs、Taq 酶、蛋白酶K、DL-2000 DNA marker 均購(gòu)自福州晶泰生物技術(shù)有限公司;引物由上海生工生物工程有限公司合成。

        1.3 蟲體DNA 提取

        從70%的酒精保存液中取出一條疑似豬鞭蟲蟲體,剪成4 段,用雙蒸水反復(fù)吹打沖洗3 次,用吸水紙吸干蟲體表面的水分。分別置于已滅菌干燥的1.5mL Eppendorf 管中,充分剪碎后用研磨器研磨;加入500μLTES(裂解液)混勻,再加入2μL 蛋白酶K(50mg/mL),充分混勻后,于56℃水浴保溫6h,每2h 搖1 次(充分裂解組織、細(xì)胞、消化蛋白等),至體系透亮;加入500μL 酚、氯仿、異戊醇混合液,體積比為25: 24 :1,緩慢顛倒5min 混勻,12000rpm,離心10min,取上清液到已滅菌干燥的1.5mL Eppendorf 管中;加入等體積氯仿、異戊醇混合液,體積比為24 : 1,緩慢顛倒5min 混勻,10000rpm,離心10min,取上層清液到一個(gè)已滅菌干燥的1.5mL Eppendorf 管中;加入3 倍體積的-20℃預(yù)冷的無(wú)水乙醇沉 淀 DNA,置于-20℃冰箱中保存 30min;12000rpm,離心10min,棄乙醇;-20℃保存的75%乙醇洗滌2 次,12000rpm,離心5min,棄乙醇,用濾紙小心吸干Eppendorf 管壁的乙醇,置于超凈工作臺(tái)干燥1h 左右;加入適量雙蒸水溶解DNA(30μL),-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.4 PCR 擴(kuò)增

        采用引物序列NC2(5,-TTAGTTTCTTTTCCTC CGCT-3,)和NC5(5,-GTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATT-3,)[4],為擴(kuò)增鞭蟲ITS 及5.8S 基因的保守引物,由上海生工生物工程有限公司合成。預(yù)期擴(kuò)增片段大小約為1500bp,擴(kuò)增體系為25μL。PCR 反應(yīng)條件為:94℃預(yù)變性5min,94℃變性30s,55℃復(fù)性30s,72℃延伸90s,進(jìn)行35 個(gè)循環(huán),最后72℃后延伸10min。并設(shè)不加DNA 模板的陰性對(duì)照。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳,將電泳好的瓊脂糖凝膠于紫外透射儀上觀察并記錄結(jié)果。

        1.5 PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)序

        將PCR 產(chǎn)物寄到上海生工生物工程股份有限公司測(cè)序,然后進(jìn)行序列比較和分析。

        2 結(jié)果

        2.1 瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果

        PCR 產(chǎn)物于1%瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳,電泳好后可見(jiàn)約1500bp 的條帶,跟預(yù)期的目的片段大小一致。DNA 陰性對(duì)照無(wú)條帶出現(xiàn)(圖1)

        圖1 豬鞭蟲ITS 序列PCR 產(chǎn)物電泳圖

        2.2 測(cè)序序列對(duì)比分析

        將測(cè)序株在線BLAST 比對(duì),通過(guò)DNA star 軟件分析測(cè)序株與GenBank 上豬鞭蟲的同源性。由圖2 序列分析可以看出,Longyan(本次試驗(yàn)蟲體序列,標(biāo)注為“China:Longyan,F(xiàn)ujian Province”)與AM9930 03(China:Miluo,Hunan Province)的同源性達(dá)93.3%;與AM993005(China:Yiyang,Hunan Province)的同源性達(dá)95.3% ;與AM993006(China:Yangjiang,Guangdong Province)的同源性達(dá)94.9%;與AM9930 12(China:Zhanjiang,Guangdong Province)的同源性達(dá)94.0%;與GQ301555(Cameroon:Kumba)的同源性高達(dá)98.7%。綜上所述,所擴(kuò)增序列達(dá)到預(yù)期要求,該測(cè)序株為豬鞭蟲。

        圖2 DNA star 序列分析

        3 討論

        對(duì)寄生蟲進(jìn)行分類和鑒定是寄生蟲學(xué)研究的基礎(chǔ)和前提,也對(duì)防治人、動(dòng)物和植物的寄生蟲病有重要意義。根據(jù)形態(tài)學(xué)鑒定寄生蟲是傳統(tǒng)的分類和鑒定方法,但是隨著生物種群的進(jìn)化和發(fā)展,形態(tài)學(xué)在不同發(fā)育時(shí)期寄生蟲的鑒別及相似蟲體的鑒別存在一定的局限性。近年來(lái),PCR 診斷方法作為一種實(shí)用性檢測(cè)方法,既保證檢測(cè)的準(zhǔn)確性,又保證檢測(cè)的時(shí)效性,是目前應(yīng)用最普遍的分子生物學(xué)工具,該技術(shù)因其所具有的敏感性高、特異性強(qiáng)和適合于大規(guī)模群體監(jiān)測(cè)的特點(diǎn),在疾病診斷方面得到了廣泛應(yīng)用。在寄生蟲分子分類學(xué)研究中,利用核糖體DNA 對(duì)寄生蟲進(jìn)行分類學(xué)和蟲種進(jìn)化關(guān)系學(xué)的研究已經(jīng)成為國(guó)際上普遍的應(yīng)用方法[12]。ITS 是位于寄生蟲的遺傳物質(zhì)特別是核糖體DNA(rDNA)的18S 和28S 基因之間區(qū)域片段,由于它在種間變異較大,從而可以用作蟲種間以及株間的分類鑒定。在現(xiàn)代分子分類學(xué)領(lǐng)域,越來(lái)越多地采用rDNA 的內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS)作為分子標(biāo)記[13]。羅建勛等[14]對(duì)中國(guó)境內(nèi)發(fā)現(xiàn)的4種牛巴貝斯蟲和一種牛巴貝斯蟲未定種進(jìn)行了18S rRNA 基因測(cè)序,并將所測(cè)序列與GeneBank 上已經(jīng)發(fā)表的牛巴貝斯蟲18S rRNA 比對(duì),研究發(fā)現(xiàn)該未定種在基因樹上與卵形巴貝斯蟲在同一枝上,進(jìn)而確定該未定種屬卵形巴貝斯蟲。張龍現(xiàn)等[15]為了準(zhǔn)確、快速鑒別人畜隱孢子蟲的種類,建立了巢式PCR 擴(kuò)增隱孢子蟲的18S rRNA 基因特殊區(qū)域,結(jié)果顯示,在18S rRNA 基礎(chǔ)上建立的PCR-RFLP 方法可以有效鑒別隱孢子蟲的種類。

        4 結(jié)論

        該研究對(duì)三明地區(qū)豬體內(nèi)分離獲得的疑似豬鞭蟲,應(yīng)用PCR 技術(shù)進(jìn)行擴(kuò)增其ITS 序列,擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)測(cè)序后,與GenBank 中的AM993003、AM993005、AM993006、AM993012、GQ301555 進(jìn)行比對(duì),應(yīng)用DNA star 軟件進(jìn)行序列分析,同源性分別為93.3%、95.3%、94.9%、94.0%和98.7%,證明該測(cè)序株為豬鞭蟲。本研究建立了基于ITS 基因豬鞭蟲的分子診斷方法,研究結(jié)果對(duì)豬鞭蟲進(jìn)一步的診斷、鑒定和遺傳變異的研究奠定了基礎(chǔ),為豬鞭蟲病的臨床診斷和流行病學(xué)調(diào)查提供了科學(xué)依據(jù)。

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