熊翱,熊仁平,彭艷,黃治中,陳惺,江旭,曹福洋,許建中
原代細胞培養(yǎng)技術(shù)是廣泛應(yīng)用于疾病體外研究的重要方法之一[1,2],對原代培養(yǎng)的細胞進行分子生物學(xué)研究,可以排除其他細胞干擾,提高生物信息的準確性和特異性,進一步保證研究結(jié)論的可靠性。但原代細胞培養(yǎng)成功率低,有時純度達標困難。解決了純度問題,又會出現(xiàn)可用于實驗研究材料的原代細胞的代數(shù)不多,僅2~3代可用[3,4],傳至4代以后的細胞就老化的問題,不能保持原代細胞原有的特征和功能。
采用傳代的原代細胞培養(yǎng)進行體外分子生物學(xué)研究,必須保證傳代細胞具有原有細胞的生物學(xué)行為;確保原代培養(yǎng)體系的細胞健康狀況良好;確保傳代細胞的任一組分功能與原有細胞都無差異。原代細胞的分子生物學(xué)研究中,核酸(RNA、DNA)和蛋白質(zhì)一直是其研究的主要內(nèi)容。以往國內(nèi)研究人員從原代培養(yǎng)細胞中提取RNA和蛋白質(zhì),都是參考國內(nèi)外文獻[5-7],分別從原代培養(yǎng)細胞中提取。這樣提取RNA和蛋白質(zhì)費時費力,更突出的缺點是浪費資源(需兩份培養(yǎng)細胞)、花費更多的經(jīng)費(試劑重復(fù)使用)、操作繁鎖(易受外界RNA酶污染)、延長研究周期[8-10]。這就使原代培養(yǎng)細胞實驗研究工作的進展慢,不利于研究工作的順利開展。因此,如何對培養(yǎng)的可用于實驗研究的原代細胞做到物盡其用,從而節(jié)約經(jīng)費、降低勞動成本、縮短研究周期是亟待解決的問題。
本研究為了最大限度地發(fā)揮原代細胞的作用,在成功培養(yǎng)Sprague-Dawley(SD)大鼠原代滑膜細胞的基礎(chǔ)上,探討從原代培養(yǎng)的具有滑膜主要功能細胞之稱的成纖維樣滑膜細胞(fibroblast-like synoviocytes,FLS)[11,12]中同時提取微量總RNA 和蛋白質(zhì)。同時運用實時熒光定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(qRT-PCR)和免疫印跡(Western blot)方法檢測滑膜原代FLS 的特征因子白介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)和腫瘤壞死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)的mRNA 和蛋白質(zhì)表達情況,同時與傳統(tǒng)的分別提取微量總RNA和蛋白質(zhì)的IL-1β 和TNF-α 的基因和蛋白質(zhì)表達情況進行比較,探討同時從一份原代培養(yǎng)細胞中提取微量總RNA和蛋白質(zhì)的可能性。
兩月齡SPF 級雄性SD 大鼠,200~240 g,購于陸軍軍醫(yī)大學(xué)陸軍特色醫(yī)學(xué)中心實驗動物中心[SCXK(軍)2017-0026],飼養(yǎng)于陸軍軍醫(yī)大學(xué)陸軍特色醫(yī)學(xué)中心實驗動物中心[SYXK(軍)2017-0058]。動物實驗操作嚴格按照陸軍軍醫(yī)大學(xué)實驗動物倫理學(xué)要求執(zhí)行(審批號:AMUWEC20181430),同時嚴格按照實驗動物使用的3R(Reduction,減少;Refinement,優(yōu)化;Replacement,替代)原則給予人道關(guān)懷。
戊巴比妥鈉(進口分裝,德國),DMEM(high Glucose,BI,美國),雙抗(GiBco,美國),Ⅰ型膠原酶(abcam,美國),0.25%胰酶(GiBco,美國),小鼠抗vimentin 單抗(abcam,中國香港),兔抗IL-1β 多抗(abcam,中國香港),兔抗TNF-α多抗(cell signaling,美國),2×PCR mix(Bimake,美國),2×master mix(Promega,美國),TRIzolTMReagent(invitrogen,美國)。CO2培養(yǎng)箱(Thermo,美國),T100TM梯度PCR 儀(BioRad,美國),CFX ConnectTMqPCR 儀(BioRad,美 國),ELX800 酶標儀(BioTek,美國),Western blot 實驗系統(tǒng)(BioRad,美國)。所有器皿和所配溶液均按細胞培養(yǎng)和提取總RNA要求準備。
參照熊翱等[13]建立的方法完成。
采用經(jīng)鑒定的FLS 純度在98%以上的第6 代原代細胞,調(diào)整細胞密度為4×104/ml。0.2 ml/孔接種至6 孔板,培養(yǎng)至細胞融合度達80%時,調(diào)整并計數(shù)細胞。轉(zhuǎn)移原代培養(yǎng)細胞懸液至1.5 ml離心管,使其細胞數(shù)為5×105??傆嫓蕚?2 份原代培養(yǎng)的第6 代FLS。每次的平行樣品數(shù)均為4。
1.4.1 經(jīng)典法[酸性硫氰酸胍苯酚氯仿(acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform,AGPC)][14]提取總RNA試劑配制
檸檬酸鈉-月桂酰肌氨酸-β-巰基乙醇(citratesodium-sodium N-lauroyl sarcosinate-betamercaptoethanol,CSB)緩沖液(42 mmol/L 檸檬酸鈉,pH 4.0,8.3 g/L N-月桂酰肌氨酸和0.2 g/L β-巰基乙醇);快速總RNA 提取試劑:用CSB 配制4 mol/L 異硫氰酸胍;加入0.15 體積4 mol/L乙酸鈉(pH 4.0);加入等體積酸酚,混勻。4℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.4.2 SDS-裂解法提取總蛋白質(zhì)的試劑配制
預(yù)先配制10%(W/V)SDS 和0.5 mol/L Tris-HCl pH 8.0,室溫保存?zhèn)溆茫活A(yù)先配制1 mol/L二硫蘇糖醇(dithiothreitol,DTT),-20℃保存?zhèn)溆?。提取總蛋白時,按以下配方現(xiàn)配SDS-裂解液:0.5%(W/V)SDS,0.05 mol/L Tris-HCl pH 8.0,0.1 mol/L DTT。
1.4.3 總RNA提取、質(zhì)量、純度鑒定和濃度測定
取8份原代培養(yǎng)FLS細胞,低速離心,棄培養(yǎng)基,用含二乙基焦磷酰胺(diethyl pyrocarbonate,DEPC)的PBS洗滌2次,然后隨機分成兩組,每組4份。第一組加入AGPC RNA 提取試劑0.5 ml;第二組加入Invitragen 公司的TRIzolTM試劑0.3 ml。冰浴下超聲破碎細胞5 s×2次,4℃,孵育5~10 min。之后,每管加入100 μl冰浴后的氯仿,震蕩15 s。4℃靜置10 min后,12 000×g,4℃離心15 min,收集透明水相到新的離心管中(其余兩相供蛋白質(zhì)提取用)。每管加等體積異丙醇(-20℃預(yù)冷),混勻,12 000×g,4℃離心10 min,棄上清,加75%乙醇洗滌并沉淀總RNA。真空或空氣干燥總RNA。最后用DEPC處理的超純水15 μl溶解沉淀。詳細總RNA 提取操作:AGPC 提取RNA 按文獻[14]方法改進執(zhí)行;TRIzolTM法提取RNA 按Invitrogen的用戶指南介紹的方法改進執(zhí)行。
取4 μl RNA 樣品加DEPC 處理過的雙蒸水至13 μl,加RNA載樣緩沖液7 μl,煮沸5 min后置冰中,然后上樣,進行0.8%甲醛瓊脂糖凝膠電泳(預(yù)電泳50 V,15 min;電泳60 V,40 min),檢查RNA 的完整性。主要觀察28 S 和18 S 兩條帶是否清晰,有無降解,以及是否有DNA污染。
取1 μl RNA樣品溶于99 μl DEPC處理過的雙蒸水中,用酶標儀測定在260 nm和280 nm波長處的吸光度。以A260值計數(shù)其濃度,1個A260單位=40 μg/ml RNA。計算公式:質(zhì)量濃度(μg/ml)=A260×40×100(倍數(shù))。
以A260/A280的比值表示其純度,比值在1.8~2.0 為純的核酸;比值低于1.8,說明RNA 樣品有蛋白質(zhì)或酚污染,需用氯仿重新抽提。
1.4.4 熒 光qRT-PCR 檢 測FLS 的IL-1β 和TNF-α mRNA基因變化
利用promega 反轉(zhuǎn)錄試劑盒反轉(zhuǎn)錄總RNA 為cDNA[15],梯度PCR儀優(yōu)化選定PCR退火溫度。條件優(yōu)化后進行IL-1β和TNF-α mRNA表達分析,復(fù)管,重復(fù)5次。PCR反應(yīng)體系:2×反應(yīng)混合物10 μl,消毒水7 μl,引物0.5 μl,cDNA 2 μl。PCR 條件:95℃10 s 變性,退火溫度[13],59.0℃15 s退火,40個循環(huán)。55.0℃~95.0℃觀察溶解曲線。引物序列,參考文獻[16-18]并通過美國生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的Primer-Blast 比 對大鼠基因序列,完全正確。IL-1β mRNA(Forward:5′-CCTTGTGCAAGTGTCTGAAG-3′,Reverse :5′-GGGCTTGGAAGCAATCCTTA-3′);TNF-α mRNA(Forward:5’-CAAGGAGGAGAAGTTCCCA-3′,Reverse:5′-TTGGTGGTTTGCTACGACG-3′);GAPDH mRNA(Forward:5′-TCTTCCAGGAGCGAGATCCC-3′,Reverse:5′-TTCAGGTGAGCCCCAGCCTT-3′)。
將TRIzolTM法提取RNA 途中留存的樣品,加入100 μl 100%乙醇混勻充分,室溫孵育3 min,2000×g,4℃離心5 min,吸取上清至新管中,加入600 μl 異丙醇,混勻,室溫孵育10 min,12 000×g,4℃離心6 min,棄上清,加入800 μl 0.3 mol/L 鹽酸胍,95%乙醇重懸沉淀。室溫孵育20 min,6000×g,4℃離心5 min,棄上清。重復(fù)重懸沉淀兩次后,加入800 μl 100%乙醇混勻充分,室溫孵育20 min,6000×g,4℃離心5 min,棄上清,空氣干燥,5~10 min。每管加入200 μl 的1%SDS 在50℃水浴鍋中使沉淀充分溶解。10 000×g,4℃離心10 min,收集上清液到新試管中。詳細的TRIzolTM提取蛋白質(zhì)法按Invitrogen 的用戶指南介紹的方法加以改進進行。常規(guī)提取培養(yǎng)細胞蛋白質(zhì)方法按《分子克隆》介紹的用裂解緩沖液提取。
蛋白質(zhì)濃度測定采用紫外光譜吸收法[19],蛋白質(zhì)溶液在波長280 nm 附近由于酪氨酸、色氨酸殘基有強烈的吸收。據(jù)此運用以下公式計算蛋白質(zhì)含量:蛋白質(zhì)含量(mg/ml)=F×(1/d)×A280,此處F 可查表,d為測量杯光徑(cm)。
蛋白質(zhì)純度評估采用測定純化蛋白質(zhì)的紫外光譜確定[20]。以A280/A260的比值表示其純度。比值在1.8~2.0為純的蛋白質(zhì);否則懷疑有核酸污染。
蛋白質(zhì)化學(xué)完整性和生物反應(yīng)能力檢測:采用考馬斯亮藍凝膠染色液染色SDS-PAGE結(jié)果,觀察蛋白質(zhì)有無降解[21];確定無降解后,采用免疫印跡法檢測FLS的功能蛋白IL-1β和TNF-α表達情況,鑒定所提蛋白質(zhì)的質(zhì)量。免疫印跡法具體操作步驟參考文獻[22,23]。
采用SPSS 17.0軟件進行統(tǒng)計分析。免疫印跡檢測結(jié)果采用相對光密度值表示,熒光qRT-PCR檢測結(jié)果采用2-△△CT表示。數(shù)據(jù)以均數(shù)±標準差表示。兩組間比較采用t檢驗。以P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。
采用腹腔注射1.5%戊巴比妥鈉麻醉SD大鼠,劑量為2 ml/(kg·bw)。75%乙醇浸泡大鼠10~20 min,取雙側(cè)后膝關(guān)節(jié)(圖1A、1B)。分離的滑膜組織培養(yǎng)1 d 后,細胞絕大部分為梭形(圖1C)。培養(yǎng)第6 天(圖1D),細胞融合度達70%~80%,貼壁生長,但是仍然有極少的圓形、橢圓形細胞,進行傳代。培養(yǎng)第12~14 天(圖1E),第3 代細胞形態(tài)為梭形,核位于中央,生長良好。第8 代滑膜細胞增長緩慢,形態(tài)從梭形變?yōu)榻茩E圓形,細胞間隙增大,有空泡、壞死、老化(圖1F)。第3 代FLS,免疫熒光化學(xué)(圖1G)和免疫組織化學(xué)染色(圖1H)觀察:形態(tài)規(guī)則,呈梭形,其細胞核為卵圓形位于細胞中央;波形蛋白(vimentin)染色滑膜細胞陽性率大于98%,vimentin為FLS特征性標志蛋白,提示培養(yǎng)的滑膜細胞為FLS;觀察第3~7代的FLS,增殖活躍,生長情況良好,從形態(tài)和特異性蛋白定位看為FLS,且純度高。通過對原代培養(yǎng)的第7代滑膜細胞的5-乙炔基-29-脫氧尿苷(5-ethynyl-29-deoxyuridine,EdU)增殖實驗,顯示仍有增殖能力(圖1I)。
圖1 SD大鼠正?;ぜ毎囵B(yǎng)及其鑒定
綜上,滑膜細胞原代培養(yǎng)的第3~7代FLS可作為后續(xù)實驗研究材料。
用AGPC和TRIzolTM法提取的RNA[25,26]進行甲醛瓊脂糖凝膠電泳,18 S 帶和28 S 帶清晰可見,且28 S帶比18 S帶亮度強2~3倍,帶與帶之間無明顯拖尾現(xiàn)象,表明RNA 無降解,無明顯的DNA 污染(圖2A),RNA 樣品A260/A280的比值均在1.8 以上,說明RNA 未被蛋白質(zhì)、酚污染,是高純度的。RNA 的最低濃度1.4 μg/μl,含量18.5 μg以上/5×105細胞,達到了AGPC和TRIzolTM法提取RNA的標準。用此RNA可進行多次qRT-PCR 分析,若用于耗RNA 量較大的Northern印跡法,也可滿足2次以上。
qRT-PCR分析IL-1β 和TNF-α mRNA表達,獲得成功。AGPC 和TRIzolTM法提取的FLS 總RNA 進行功能基因IL-1β 和TNF-α 表達分析,二者的2-△△CT值無明顯差別(圖2B)。
熒 光qRT-PCR 檢 測FLS 的IL-1β、TNF-α 和GAPDH mRNA 結(jié)果顯示:擴增曲線均成S 趨勢,溶解曲線一致,無雜峰。圖2C、D 顯示的是TRIzolTM法提取的總RNA 進行IL-1β 的qRT-PCR 分析所得的擴增曲線和溶解曲線。
圖2 AGPC和TRIzolTM法所提FLS總RNA的甲醛瓊脂糖凝膠電泳及IL-1β和TNF-αmRNA表達情況
用SDS 裂解緩沖液和TRIzolTM試劑提取的蛋白質(zhì)[27],進行SDS-聚丙烯酰胺不連續(xù)凝膠電泳后,用考馬斯亮藍染色液染色凝膠,顯示分離效果好,無降解蛋白肽段(圖3A)。
通過測定蛋白質(zhì)在波長280 nm 處吸收值,兩組方法得出總蛋白質(zhì)80 μg以上/5×105細胞,完全可以滿足2~3次免疫印跡分析需要。兩種方法所提蛋白質(zhì)樣品的A280/A260比值均在1.8以上,表明蛋白質(zhì)純度達標。
免疫印跡法對IL-1β 和TNF-α 蛋白分析結(jié)果顯示:目的蛋白條帶均一,背景干凈,無雜帶(圖3B),這說明蛋白肽段完整性好,可與抗體有效結(jié)合,具有生物反應(yīng)能力。
圖3 SDS-裂解和TRIzolTM法所提FLS總蛋白電泳分離后的考馬斯亮藍染色的凝膠圖像及IL-1β和TNF-α蛋白表達情況
細胞原代培養(yǎng)技術(shù)是廣泛用于分子生物學(xué)體外研究的重要方法之一,但多數(shù)實驗室細胞原代培養(yǎng)的成功率不高,純度不夠,有穩(wěn)定的母系細胞特征和功能的傳代細胞的代數(shù)較少。如何成功培養(yǎng)出原代細胞并建立從其培養(yǎng)出的有母系細胞特征和功能的少量原代細胞中提取所需的RNA 和蛋白質(zhì)尤為重要。因此,建立原代培養(yǎng)方法和從同一份原代培養(yǎng)細胞中同時提取核酸蛋白的方法很有必要。本研究經(jīng)過多次實驗,成功地培養(yǎng)出有FLS生理功能的原代滑膜細胞,F(xiàn)LS純度在98%以上,且原代培養(yǎng)細胞的第3~7代均可作為后續(xù)實驗研究材料[13]。在此基礎(chǔ)上,運用TRIzolTM試劑盒成功建立了從同一份原代培養(yǎng)細胞中同時提取總RNA和蛋白質(zhì)的快速提取法。RNA和蛋白質(zhì)的純度、完整性和生物學(xué)行為功能完全達標,試劑來源容易,操作簡便,適用于國內(nèi)實驗室。
本研究對分離出的SD大鼠膝關(guān)節(jié)滑膜組織采用Ⅰ型膠原酶消化法進行原代培養(yǎng),嚴控操作細節(jié),獲得具有FLS 生理功能的原代細胞。原代培養(yǎng)出FLS的成功關(guān)鍵是嚴控細節(jié)操作。整個過程在無菌和冰浴下操作,減少細胞污染和死亡;銳性分離滑膜組織要盡可能剪碎滑膜組織,不要過濾,要磨平移液器吸頭,減少細胞物理損傷和污染機會;傳代消化終止后,重懸洗滌2次以上,減少胰酶對細胞的損傷;原代細胞進行傳代時,融合度不能超過80%,防止細胞接觸抑制、損害原代細胞的生物學(xué)行為和特征的穩(wěn)定。
TRIzolTM試劑盒雖有從同一份標本中提取出RNA 和蛋白質(zhì)的方法支持,但國內(nèi)研究人員鮮有成功嘗試的報道。本研究經(jīng)過多次重復(fù)和探索實驗,運用TRIzolTM試劑盒試劑,經(jīng)過改良從同一份原代培養(yǎng)細胞標本中同時提取出RNA和蛋白質(zhì)。與傳統(tǒng)提取方法比較,兩種方法提取的RNA 和蛋白質(zhì)質(zhì)量無差別。RNA和蛋白質(zhì)的完整性和生物功能取決于最大限度地避免提純過程中內(nèi)源及外源性的核糖核酸酶和蛋白酶對RNA和蛋白質(zhì)的降解。同時還要防止機械高溫對RNA 和蛋白質(zhì)的降解。為了確保所提RNA 和蛋白質(zhì)的特征和功能,提取過程須在無菌和冰浴下操作,超聲破碎細胞不能超過5 s×3次,每次間隔1 min,嚴防RNA和蛋白質(zhì)受熱和機械力持續(xù)而降解;RNA、DNA 和蛋白質(zhì)的分相過程中,確保水相或管子處于無RNA酶狀態(tài),確保水相無RNA酶和蛋白質(zhì)污染,吸取上清,寧少勿多;在100%乙醇去除中下層中的絮狀DNA 時,吸取上清,寧少勿多,確保蛋白質(zhì)的純度;最后,在RNA 和蛋白質(zhì)的洗滌過程中,尤其是蛋白質(zhì),離心力不宜太大,離心時間不宜太長,防止增加溶解RNA和蛋白質(zhì)沉淀的難度。
傳統(tǒng)方法提取RNA和蛋白質(zhì),多種試劑分別加入兩份原代細胞,多環(huán)節(jié)操作,增加了RNA和蛋白質(zhì)的污染和降解機會,從而增加了操作難度。把RNA和蛋白質(zhì)放在同一份標本中提取,簡化了操作步驟,可比性好。不但節(jié)省時間,提高了工作效率,而且減少了RNA和蛋白質(zhì)降解的機會,無需單獨提取RNA和蛋白質(zhì)所需的RNA酶抑制劑和蛋白酶抑制劑。
本研究建立的同時提取FLS原代細胞微量RNA和蛋白質(zhì)的方法,操作簡便,高效快速,經(jīng)濟實用。通過FLS總RNA 的0.8%變性甲醛凝膠電泳監(jiān)測、實時熒光定量PCR對FLS的功能分子分析及FLS總蛋白質(zhì)的SDS-PAGE監(jiān)測、免疫印跡法實驗印證功能分子表達,證明了同時提取的FLS 原代細胞RNA 和蛋白質(zhì)純度高、完整性好,具有母系細胞的生物學(xué)行為功能,完全適用于體外培養(yǎng)細胞的分子生物學(xué)研究,預(yù)示此方法將有良好的應(yīng)用前景。本研究建立的提取方法,對除FLS 外的原代細胞的微量RNA 和蛋白質(zhì)同時提取也有借鑒作用。
從FLS原代細胞中同時提取微量總RNA和總蛋白質(zhì),得率高、純度好,具有化學(xué)完整性和生物反應(yīng)能力,有利于體外細胞分子生物學(xué)研究。
【利益沖突】所有作者均聲明不存在利益沖突