李正輝，殷全玉，馬君紅，孟祥瑞，李麗華，周俊學(xué)，王玉潔，劉國(guó)順，石秋環(huán)

（1．河南農(nóng)業(yè)大學(xué)煙草學(xué)院，河南 鄭州 450002；2．河南省煙草公司洛陽(yáng)市公司，河南 洛陽(yáng) 471000）

化肥是重要的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)資料，有利于農(nóng)作物增產(chǎn)增收，但長(zhǎng)期過(guò)量施用化肥會(huì)導(dǎo)致肥料效應(yīng)報(bào)酬遞減，地力下降［1，2］，土壤生物活性降低，從而制約產(chǎn)量品質(zhì)形成［3，4］。適量施用有機(jī)肥能夠優(yōu)化土壤耕層結(jié)構(gòu)，改善植煙土壤理化性狀，為微生物生長(zhǎng)提供良好生境［5］。但是有機(jī)肥養(yǎng)分釋放緩慢，作物生長(zhǎng)發(fā)育對(duì)養(yǎng)分需求量大，僅施用有機(jī)肥無(wú)法滿足需要。研究表明，化肥配施有機(jī)肥可以改善土壤理化特性，促進(jìn)土壤團(tuán)聚體形成，改善土壤微生物群落結(jié)構(gòu)［6］，又可以滿足作物對(duì)養(yǎng)分的需求［7］，降低病害發(fā)生［8］。

微生物是土壤生態(tài)系統(tǒng)健康的重要指標(biāo)［9］，相比土壤理化指標(biāo)，微生物能夠更快速表征土壤質(zhì)量變化。何冬冬等［10］研究發(fā)現(xiàn)，土壤類(lèi)型為砂壤土?xí)r，有機(jī)肥改變了真菌群落結(jié)構(gòu)，土壤中腐生營(yíng)養(yǎng)型真菌的比例顯著提升，稻草配施化肥能夠有效降低長(zhǎng)期輪作的土傳病害風(fēng)險(xiǎn)并提高土壤肥力。趙力光等［11］研究認(rèn)為，降低化肥比例，配施生物有機(jī)肥能夠改善土壤微生物區(qū)系，同時(shí)降低病原菌數(shù)量。楊宇虹等［12］使用Biolog ECO平板分析法研究表明，農(nóng)家肥最有利于土壤微生物的生長(zhǎng)，有機(jī)肥次之，復(fù)合肥效果最差。李棟宇等［13］利用砂壤土使用Biolog ECO平板分析法進(jìn)行研究表明，有機(jī)、無(wú)機(jī)肥配施顯著提高土壤微生物多樣性、均一性指數(shù)，與單施化肥相比提高了85%～310%。馬宜林等［14］研究發(fā)現(xiàn)，等量施肥條件下羊糞有機(jī)肥與無(wú)機(jī)肥配施比率影響了煙株地上部生長(zhǎng)發(fā)育和根系構(gòu)建，在洛陽(yáng)丘陵褐土區(qū)配施40% ～60%羊糞有機(jī)肥更有利于滿足烤煙的需肥規(guī)律，改善煙株生長(zhǎng)，維持煙區(qū)土壤肥力。

河南省是典型濃香型煙葉產(chǎn)區(qū)，洛陽(yáng)是河南煙葉主產(chǎn)區(qū)之一，有機(jī)肥對(duì)煙草生產(chǎn)起著重要作用，餅肥是傳統(tǒng)的煙用有機(jī)肥，可以顯著改善煙草質(zhì)量，但價(jià)格較貴。羊糞價(jià)格低廉，在洛陽(yáng)煙區(qū)有較為穩(wěn)定和豐富的來(lái)源。本試驗(yàn)以餅肥和羊糞作為有機(jī)肥原料，均以50%的比例與無(wú)機(jī)肥氮配施，探究其對(duì)洛陽(yáng)植煙土壤微生物群落結(jié)構(gòu)和功能的影響，以期為煙田土壤改良和科學(xué)施肥提供依據(jù)。

1 材料與方法

1．1 試驗(yàn)材料與試驗(yàn)地概況

試驗(yàn)于2019年在河南省洛陽(yáng)市洛寧縣小界鄉(xiāng)王村煙草試驗(yàn)站（34°26′N(xiāo)，111°38′E）進(jìn)行，該地屬丘陵地帶，年平均氣溫13．7℃，年降水量600～800mm，土壤質(zhì)地為褐土，土壤基礎(chǔ)肥力：速效磷30．29mg/kg，速效鉀129．36 mg/kg，速效氮80．50 mg/kg，全碳0．89%，全氮0．14%，pH 7．51。洛陽(yáng)主栽品種LY1306作供試煙草。

1．2 試驗(yàn)設(shè)計(jì)

試驗(yàn)共設(shè)4個(gè)處理，不施肥（CK）、單施化肥（T1）、50%餅肥氮+50%化肥氮（T2）、50%羊糞有機(jī)肥氮+50%化肥氮（T3）。除CK外，其余處理施氮量均為45 kg/hm2，每個(gè)處理4次重復(fù)，小區(qū)面積80 m2，地邊設(shè)2行保護(hù)行。氮磷鉀比1∶2∶3，試驗(yàn)用羊糞有機(jī)肥、餅肥、煙草專(zhuān)用復(fù)混肥、重過(guò)磷酸鈣和硫酸鉀根據(jù)當(dāng)?shù)亓?xí)慣在4月1日一次性條施，5月4日移栽，5月13日追施硝酸鉀肥75 kg/hm2，條施。各處理其他管理方式一致，9月底采收完成。

1．3 土壤微生物取樣與分析

土壤樣品采集：烤煙移栽70 d后采用五點(diǎn)取樣法采集煙草根系周?chē)寥罉悠?，混合均勻，剔除植物殘?bào)w等雜質(zhì)，迅速用干冰冷藏土樣，帶回實(shí)驗(yàn)室后過(guò)2 mm篩，-80℃保存。

土壤DNA 提取和PCR 擴(kuò)增：根據(jù)E．Z．N．A．?soil DNA kit（Omega Bio-tek，Norcross，GA，U．S．）說(shuō)明書(shū)進(jìn)行土壤總DNA提取，使用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA質(zhì)量，使用NanoDrop 2000測(cè)定DNA濃度和純度；采用338F（5′-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3′）和806R（5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′）對(duì)16S rRNA基因V3-V4可變區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，使用ITS1F（5′-CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA-3′）和ITS2R（5′-GCTGCGTTCTTCATCGATGC-3′）對(duì)ITS基因ITS1可變區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR反應(yīng)體系：5×TransStart FastPfu緩沖液4μL，dNTPs（2．5 mmol/L）2μL，上游引物（5mol/L）0．8μL，下游引物（5 mol/L）0．8μL，TransStart FastPfu DNA聚合酶0．4μL，模板DNA 1μL，ddH2O補(bǔ)足至20μL。擴(kuò)增程序：95℃預(yù)變性3 min；95℃變性30 s，55℃退火30 s，72℃延伸30 s，共27個(gè)循環(huán)；72℃延伸10 min。4℃保存。

Illumina Miseq測(cè)序：將同一樣本的PCR產(chǎn)物混合，使用2%瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳后利用AxyPrep DNA Gel Extraction Kit（Axygen Biosciences，Union City，CA，USA）進(jìn)行產(chǎn)物回收、純化，2%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，并用QuantusTMFluorometer（Promega，USA）對(duì)回收產(chǎn)物進(jìn)行檢測(cè)。使用NEXTFLEX Rapid DNA-Seq Kit進(jìn)行建庫(kù)：（1）接頭鏈接；（2）使用磁珠篩選去除接頭自連片段；（3）利用PCR擴(kuò)增進(jìn)行文庫(kù)模板的富集；（4）磁珠回收PCR產(chǎn)物得到最終文庫(kù)。利用Illumina公司的Miseq PE300平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序（上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司）。原始數(shù)據(jù)上傳至NCBI SRA數(shù)據(jù)庫(kù)。

數(shù)據(jù)處理方法：使用fastp［15］軟件對(duì)原始測(cè)序序列進(jìn)行質(zhì)控，使用FLASH［16］軟件進(jìn)行拼接：（1）過(guò)濾reads尾部質(zhì)量值20以下的堿基，設(shè)置50 bp的窗口，如果窗口內(nèi)的平均質(zhì)量值低于20，從窗口開(kāi)始截去后端堿基，過(guò)濾質(zhì)控后50 bp以下的reads，去除含N 堿基的reads；（2）根據(jù)PEreads之間的overlap關(guān)系，將成對(duì)reads拼接（merge）成一條序列，最小overlap長(zhǎng)度為10 bp；（3）拼接序列的overlap區(qū)允許的最大錯(cuò)配比率為0．2，篩選不符合序列；（4）根據(jù)序列首尾兩端的barcode和引物區(qū)分樣品，并調(diào)整序列方向，barcode允許的錯(cuò)配數(shù)為0，最大引物錯(cuò)配數(shù)為2。

使用UPARSE［17］軟件，根據(jù)97%［18］的相似度對(duì)序列進(jìn)行OTU聚類(lèi)并剔除嵌合體。利用RDPClassifier［19］對(duì)每條序列進(jìn)行物種分類(lèi)注釋?zhuān)葘?duì)Silva 16S rRNA數(shù)據(jù)庫(kù)（version 138）和UNITE 8．0 ITS database數(shù)據(jù)庫(kù)，設(shè)置比對(duì)閾值為70%。

1．4 數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計(jì)分析

采用Microsoft Excel 2019整理數(shù)據(jù)，利用DPS軟件的LSD法（P＜0．05）做處理間差異性分析，選擇97%相似度的OTU進(jìn)行alpha多樣性分析，采用LEfSe軟件根據(jù)分類(lèi)學(xué)組成對(duì)樣本按照不同的分組條件進(jìn)行線性判別分析（LDA），Qiime計(jì)算beta多樣性距離矩陣，利用R語(yǔ)言工具統(tǒng)計(jì)和作圖，利用PICRUSt軟件對(duì)細(xì)菌OTU進(jìn)行功能預(yù)測(cè)，利用FUNGuild微生態(tài)工具按營(yíng)養(yǎng)方式對(duì)真菌進(jìn)行功能預(yù)測(cè)。

2 結(jié)果與分析

2．1 植煙土壤微生物群落alpha多樣性分析

2．1．1 稀釋曲線 對(duì)16個(gè)土壤樣本（4個(gè)處理×4次重復(fù)）測(cè)序，每個(gè)處理的測(cè)序數(shù)量均超過(guò)40 000條，細(xì)菌群落聚類(lèi)劃分后得到6 564個(gè)OTU，歸類(lèi)于38個(gè)門(mén)133個(gè)綱312個(gè)目505個(gè)科975個(gè)屬1 980個(gè)種；真菌群落聚類(lèi)劃分后得到1 954個(gè)OTU，歸類(lèi)于16個(gè)門(mén)43個(gè)綱94個(gè)目234個(gè)科490個(gè)屬778個(gè)種。

圖1 土壤細(xì)菌（a）和真菌（b）群落多樣性稀釋曲線

稀釋曲線（圖1）表明，隨著測(cè)序數(shù)量的增加，稀釋曲線趨于平穩(wěn)，增加測(cè)序數(shù)量并無(wú)新物種出現(xiàn)，說(shuō)明測(cè)序數(shù)量達(dá)到飽和，當(dāng)前測(cè)序量能夠反應(yīng)樣本的真實(shí)情況。

2．1．2 alpha多樣性指數(shù) 對(duì)不同處理的土壤微生物群落OTU進(jìn)行alpha多樣性分析，分別用Chao1指數(shù)（物種豐富度估量值）、Heip指數(shù)（群落均勻度指數(shù)）、Shannon指數(shù)（多樣性指數(shù)）、Simpson指數(shù)（多樣性指數(shù)）4個(gè)常用度量指標(biāo)探究各處理內(nèi)微生物群落結(jié)構(gòu)特征。由表1可知，與餅肥處理（T2）相比，羊糞有機(jī)肥處理（T3）降低了煙草土壤細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的多樣性和豐富度，OTU數(shù)量有所減少，但提高了土壤真菌群落結(jié)構(gòu)的多樣性和均勻度。

表1 各處理alpha多樣性指數(shù)

2．2 植煙土壤微生物群落組成

土壤樣品在門(mén)水平上檢測(cè)到9種相對(duì)豐度大于1%的細(xì)菌，其中有4種相對(duì)豐度大于10%，相對(duì)豐度占總量超過(guò)80%。如圖2所示，土壤細(xì)菌優(yōu)勢(shì)門(mén)為放線菌門(mén)（Actinobacteriota）、變形菌門(mén)（Proteobacteria）、綠彎菌門(mén)（Chloroflexi）和酸桿菌門(mén)（Acidobacteriota）。與T1處理比較，T2和T3處理放線菌門(mén)的相對(duì)豐度均有所提升，表現(xiàn)為T(mén)2（39．9%）＞T3（38．5%）＞T1（36．4%）；變形菌門(mén)相對(duì)豐度處理間表現(xiàn)為T(mén)3（18．1%）＞T2（16．2%）＞T1（15．7%）；酸桿菌門(mén)相對(duì)豐度表現(xiàn)為T(mén)1（15．3%）＞T3（12．8%）＞T2（12．6%）。與單施化肥相比，有機(jī)肥配施化肥增加了放線菌門(mén)和變形菌門(mén)的相對(duì)豐度，降低了酸桿菌門(mén)的相對(duì)豐度，其中餅肥處理放線菌門(mén)豐度增加更為顯著，羊糞有機(jī)肥處理變形菌門(mén)豐度增加幅度較大。

土壤樣品中檢測(cè)到的相對(duì)豐度大于1%的真菌有5個(gè)門(mén)，其中子囊菌門(mén)（Ascomycota）、擔(dān)子菌門(mén)（Basidiomycota）、被孢霉門(mén)（Mortierellomycota）的相對(duì)豐度大于10%。與T1處理相比，T2和T3處理土壤中子囊菌門(mén)的相對(duì)豐度分別提高了12．7%和10．0%；被孢霉門(mén)的相對(duì)豐度表現(xiàn)為T(mén)1（16．8%）＞T3（12．5%）＞T2（9．2%）。與單施化肥相比，有機(jī)肥配施化肥增加了子囊菌門(mén)的相對(duì)豐度，降低了被孢霉門(mén)的相對(duì)豐度（圖3）。

圖2 細(xì)菌在門(mén)水平上的相對(duì)豐度

圖3 真菌在門(mén)水平上的相對(duì)豐度

在科水平上，相對(duì)豐度大于1%的細(xì)菌共有26個(gè)，其中微球菌科（Micrococcaceae）、JG30-KF-CM45、地嗜皮菌科（Geodermatophilaceae）、鞘脂單胞菌科（Sphingomonadaceae）相對(duì)豐度大于5%。餅肥處理和羊糞有機(jī)肥處理土壤中的微球菌科、地嗜皮菌科和鞘脂單胞菌科相對(duì)豐度高于不施肥和僅施化肥處理（圖4）。

在科水平上，相對(duì)豐度大于1%的真菌共有19個(gè)，其中綠藻科（Piskurozymaceae）、被孢霉科（Mortierellaceae）、木蘭科（Mrakiaceae）、發(fā)菌科（Trichocomaceae）、從赤殼科（Nectriaceae）和毛殼菌科（Chaetomiaceae）的相對(duì)豐度大于5%。T2和

T3處理土壤中綠藻科和被孢霉科相對(duì)豐度低于CK和T1，其中T2和T3處理的被孢霉科相比CK分別降低了7．9%和4．3%；T2處理木蘭科的相對(duì)豐度顯著高于CK和T1；T2處理中發(fā)菌科顯著富集，相對(duì)豐度達(dá)30%以上，明顯高于其余處理；T3處理的從赤殼科相對(duì)豐度明顯高于其他處理（圖5）。

2．3 LEfSe多級(jí)物種差異判別分析

2．3．1 細(xì)菌LEfSe多級(jí)物種層級(jí)樹(shù)和LDA判別結(jié)果 LEfSe是一種用于發(fā)現(xiàn)高維生物標(biāo)識(shí)和揭示基因組特征的軟件。LEfSe采用線性判別分析（LDA）估算每個(gè)組分（物種）豐度對(duì)差異效果影響的大小。從門(mén)水平到屬水平各個(gè)分類(lèi)單位設(shè)定LDA閾值為3。由圖6可知，CK處理擬桿菌門(mén)（Firmicutes）、芽孢桿菌綱（Bacilli）等顯著富集；T1處理紅色桿菌綱（Rubrobacteria）、紅色桿菌目（Rubrobacterales）等顯著富集；T2處理樣本中放線菌門(mén)（Actinobacteriota）、放線菌綱（Actinobacteria）、Frankiales目等顯著富集；T3處理樣本中鞘脂單胞菌科（Sphingomonadaceae）、鞘脂單胞菌目（Sphingomonadales）、丙酸桿菌目（Propionibacteriales）等顯著富集。

2．3．2 真菌LEfSe多級(jí)物種層級(jí)樹(shù)和LDA判別結(jié)果 從門(mén)水平到屬水平各個(gè)分類(lèi)單位設(shè)定LDA閾值為3。由圖7可以看出，CK主要優(yōu)勢(shì)菌群為被孢菌門(mén)（Mortierellomycota）、被孢菌目（Mortierellales）、被孢菌綱（Mortierellomycetes）等；T1的優(yōu)勢(shì)種群為新赤殼屬（Neocosmospora）、Paramyrothecium屬等；T2的優(yōu)勢(shì)菌群為發(fā)菌科（Trichocomaceae）、黃色籃狀菌屬（Talaromyces）、散子囊菌目（Eurotiales）等；T3的優(yōu)勢(shì)菌群為糞殼菌綱（Sordariomycetes）、肉座菌目（Hypocreales）、葡萄座腔菌目（Pleosporales）等。

圖4 細(xì)菌在科水平上的相對(duì)豐度

圖5 真菌在科水平上的相對(duì)豐度

圖6 細(xì)菌LEfSe多級(jí)物種層級(jí)樹(shù)圖（a）和LDA判別結(jié)果（b）

圖7 真菌LEfSe多級(jí)物種層級(jí)樹(shù)圖（a）和LDA判別結(jié)果（b）

2．4 植煙土壤微生物群落beta多樣性分析

基于Bray-Curtis距離對(duì)4個(gè)處理的土壤微生物群落組成進(jìn)行NMDS分析。由圖8a（細(xì)菌NMDS分析圖）可以看出，T3和T2處理細(xì)菌群落組成均與CK和T1存在明顯差異，說(shuō)明羊糞有機(jī)肥和餅肥處理改變了土壤細(xì)菌群落組成，但二者間有相似之處也有差異；由圖8b（真菌NMDS分析圖）可知，CK和T1的組成較為相似，T2和T3處理與其有較大差異。說(shuō)明有機(jī)肥配施化肥可以改變真菌的菌群結(jié)構(gòu)，但羊糞有機(jī)肥和餅肥的效果又有所不同。

2．5 功能預(yù)測(cè)

通過(guò)PICRUSt軟件對(duì)細(xì)菌OTU信息進(jìn)行功能預(yù)測(cè)，得到COG功能分析圖（圖9），不同施肥處理土壤相對(duì)豐度大于5%的功能基因包括能量生產(chǎn)與轉(zhuǎn)化（energy production and conversion）、氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝（amino acid transport and metabolism）、碳水化合物的運(yùn)輸與代謝（carbohydrate transport and metabolism）、翻譯核糖體結(jié)構(gòu)和生物發(fā)生（translation，ribosomal structure and biogenesis）、轉(zhuǎn)錄（transcription）、細(xì)胞壁/膜/包膜生物發(fā)生（cell wall/membrane/envelope biogenesis）、無(wú)機(jī)物運(yùn)輸和代謝（inorganic ion transport and metabolism）。各個(gè)處理之間關(guān)于細(xì)菌功能的差別不明顯。

圖8 土壤細(xì)菌（a）和真菌（b）NMDS分析圖

圖9 細(xì)菌COG功能豐度統(tǒng)計(jì)function柱形圖

圖10 真菌FUNGuild功能分類(lèi)統(tǒng)計(jì)結(jié)果

利用FUNGuild微生態(tài)工具，對(duì)真菌群落進(jìn)行功能預(yù)測(cè)，如圖10所示，各處理按照環(huán)境資源的利用途徑分成病理營(yíng)養(yǎng)型（pathotroph）、腐生營(yíng)養(yǎng)型（saprotroph）兩個(gè)功能分類(lèi)，對(duì)營(yíng)養(yǎng)類(lèi)型進(jìn)一步分類(lèi)得到多種功能。與T1處理相比，T2處理未定義腐生菌（undefined saprotroph）的相對(duì)豐度增加；T3處理明顯增加了土壤動(dòng)植物病原菌（animal pathogen-endophyte-lichen parasite-plant pathogensoil saprotroph-wood saprotroph，animal pathogenplant pathogen-undefined saprotroph）相對(duì)豐度，降低了腐生營(yíng)養(yǎng)型真菌（undefined saprotroph，endophyte-litter saprotroph-soil saprotroph-undefined saprotroph），但其中糞腐生菌（dung saprotroph）相對(duì)豐度顯著高于其他處理。

3 討論與結(jié)論

土壤微生物是土壤微生態(tài)的重要組成成分，影響土壤理化特性，參與土壤養(yǎng)分循環(huán)，改善土壤肥力［20-23］，對(duì)維持土壤質(zhì)量及促進(jìn)植物生長(zhǎng)等有重要作用。豐富的微生物群落多樣性可以緩解煙田連作障礙，提高土壤有機(jī)質(zhì)含量，釋放促進(jìn)農(nóng)作物生長(zhǎng)的有益元素，從而影響農(nóng)作物的生長(zhǎng)發(fā)育［24，25］。

3．1 羊糞有機(jī)肥配施化肥對(duì)根際土壤細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)和功能的影響

相比餅肥，羊糞有機(jī)肥處理改變了細(xì)菌群落的alpha多樣性，土壤OTU數(shù)量減少，細(xì)菌多樣性和豐富度有所降低。對(duì)細(xì)菌群落柱形圖和LEfSe層級(jí)圖進(jìn)行分析可知，相比單施化肥，羊糞有機(jī)肥處理使土壤放線菌門(mén)的相對(duì)豐度有所提升，放線菌能夠有效分解動(dòng)植物殘?bào)w，供給土壤養(yǎng)分［26］；變形菌門(mén)的相對(duì)豐度顯著高于其他處理，變形菌門(mén)是細(xì)菌中的重要成員，有固氮作用，同時(shí)和土壤速效養(yǎng)分密切相關(guān)［27］。羊糞有機(jī)肥土壤酸桿菌門(mén)的相對(duì)豐度和餅肥處理接近；餅肥和羊糞有機(jī)肥處理土壤中微球菌科、地嗜皮菌科和鞘脂單胞菌科相對(duì)豐度有所提高，這說(shuō)明有機(jī)肥可以改變優(yōu)勢(shì)細(xì)菌種類(lèi)，這與Ren［28］、蔣雨洲［29］等的研究結(jié)果一致。從土壤細(xì)菌NMDS分析圖可以看出，T2和T3處理細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)相對(duì)于CK和T1處理有明顯差別，說(shuō)明有機(jī)肥配施化肥可以改變細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)，但餅肥和羊糞有機(jī)肥對(duì)群落結(jié)構(gòu)的影響有相同之處也有不同之處。施肥對(duì)煙草根際土壤細(xì)菌的功能類(lèi)群改變不明顯。

3．2 羊糞有機(jī)肥配施化肥對(duì)根際土壤真菌群落結(jié)構(gòu)和功能的影響

相比不施肥處理，施肥增加了土壤真菌群落的OTU數(shù)量；相比餅肥處理，羊糞有機(jī)肥處理的多樣性和均勻度有所提高。由真菌群落柱形圖和LEfSe層級(jí)圖可以看出，與T1處理相比，T2和T3處理土壤子囊菌門(mén)的相對(duì)豐度分別提高了12．7%和10．0%，子囊菌門(mén)可以促進(jìn)動(dòng)植物殘?bào)w的分解［30］；被孢霉門(mén)的相對(duì)豐度均有所降低。羊糞有機(jī)肥處理土壤樣品的從赤殼科和糞殼菌綱顯著富集，而綠藻科和被孢霉科有所降低。從真菌NMDS圖可以看出，羊糞有機(jī)肥處理和餅肥配施化肥處理都對(duì)真菌微生物群落結(jié)構(gòu)影響明顯，但餅肥和羊糞有機(jī)肥的影響并不相同。羊糞中含有大量的有機(jī)質(zhì)，利于真菌的生長(zhǎng)，真菌能夠分解動(dòng)植物殘?bào)w、動(dòng)物糞便等有機(jī)質(zhì)使其能被植物吸收利用［31］。真菌的富集說(shuō)明羊糞有機(jī)肥增強(qiáng)了土壤的分解能力，更利于植物自身吸收營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，推動(dòng)了腐殖化進(jìn)程。從真菌功能類(lèi)群上看，羊糞有機(jī)肥處理腐生營(yíng)養(yǎng)型真菌的相對(duì)豐度有所降低，增加了動(dòng)植物病原菌的相對(duì)豐度，在利用羊糞進(jìn)行土壤改良時(shí)，應(yīng)尤其注意進(jìn)行充分腐熟或者與功能菌共發(fā)酵，形成生物羊糞有機(jī)肥加以利用。

有機(jī)肥可以通過(guò)對(duì)微生物群落的影響進(jìn)而影響土壤健康。本研究發(fā)現(xiàn)，羊糞有機(jī)肥配施化肥和餅肥配施化肥都可以改變土壤微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性和功能類(lèi)群，但餅肥成本較高，羊糞有機(jī)肥價(jià)格低廉，更具有推廣優(yōu)勢(shì)，但在應(yīng)用中應(yīng)加強(qiáng)對(duì)病原菌的防控。