結(jié)腸癌是消化道常見(jiàn)的腫瘤之一,主要發(fā)生于腸黏膜,并向鄰近臟器擴(kuò)散。雖然接受根治性切除術(shù)的早期結(jié)腸癌患者的5年生存率超過(guò)90%,但大多數(shù)患者被診斷為晚期或轉(zhuǎn)移,導(dǎo)致5年生存率下降到10%。目前臨床上治療結(jié)腸癌的方法主要有手術(shù)、放療、化療、靶向治療等,這些治療方法已經(jīng)取得了相當(dāng)大的進(jìn)展。但由于診斷晚、發(fā)展快、轉(zhuǎn)移頻率高,患者預(yù)后仍較差,遠(yuǎn)不能令人滿意。因此,迫切需要探索結(jié)腸癌的分子機(jī)制,并確定新的生物標(biāo)志物用于生存評(píng)估和靶向治療。
近年來(lái),m6A甲基化成為腫瘤研究的熱點(diǎn)。隨著對(duì)m6A研究的深入,發(fā)現(xiàn)m6A修飾在腫瘤的發(fā)生及進(jìn)展中發(fā)揮重要功能。隨著研究的深入,愈來(lái)愈多的m6A甲基化相關(guān)的酶被發(fā)現(xiàn)與腫瘤細(xì)胞的增殖、凋亡及侵襲、遷移相關(guān)。例如研究發(fā)現(xiàn)m6A甲基轉(zhuǎn)移酶METTL3通過(guò)直接或間接上調(diào)MYC的表達(dá)促進(jìn)結(jié)直腸癌細(xì)胞的惡性增殖。在此研究背景基礎(chǔ)之上,我們發(fā)現(xiàn)了在腫瘤中差異表達(dá)的基因——METTL27(Methyltransferase Like 27)。METTL27(亦 稱WBSCR27)是屬于甲基轉(zhuǎn)移酶系列的蛋白質(zhì),現(xiàn)有研究報(bào)道METTL27 是與Williams-Beuren 綜合征相關(guān)未知功能的編碼蛋白。通過(guò)對(duì)其蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)的研究發(fā)現(xiàn),可以將METTL27 歸類為I 類甲基轉(zhuǎn)移酶(MTases)。然而,目前關(guān)于METTL27的生物學(xué)功能及甲基化反應(yīng)未見(jiàn)研究,在腫瘤中發(fā)揮的作用亦尚未見(jiàn)報(bào)道,在結(jié)腸癌中的作用機(jī)制仍待進(jìn)一步挖掘。因此,本研究旨在通過(guò)TCGA、GEO、HPA等數(shù)據(jù)庫(kù),應(yīng)用生物信息學(xué)方法分析METTL27在結(jié)腸癌中的表達(dá)、臨床相關(guān)性及生存預(yù)后相關(guān)性。使用GSEA 富集分析挖掘METTL27可能參與的信號(hào)通路,揭示其在結(jié)腸癌中發(fā)生發(fā)展中的分子機(jī)制,希望提供一種新的候選基因來(lái)改善結(jié)腸癌的預(yù)后和生存率。
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)(https://portal.gdc.cancer.gov/)下載結(jié)腸癌項(xiàng)目(結(jié)腸癌)中的高通量測(cè)序RNA數(shù)據(jù)(每百萬(wàn)千堿基片段(FPKM)格式)和對(duì)應(yīng)的臨床病理信息數(shù)據(jù)。在這項(xiàng)研究中,RNA測(cè)序數(shù)據(jù)從FPKM格式轉(zhuǎn)化為每百萬(wàn)次讀取的轉(zhuǎn)錄本(TPM)。研究方式完全按照TCGA指南進(jìn)行,所有的倫理相關(guān)知情同意都是在數(shù)據(jù)收集之前獲得的。
如上述,巴基斯坦在抗震設(shè)防的區(qū)劃與中國(guó)類似,很容易將其與中國(guó)的動(dòng)參數(shù)區(qū)域相對(duì)比,并采取相應(yīng)的抗震設(shè)防烈度,并按照規(guī)范采取相關(guān)抗震設(shè)防參數(shù)。印度尼西亞、委內(nèi)瑞拉等國(guó)業(yè)與其較為類似。
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)是由美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心創(chuàng)建并維護(hù)的基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)。納入標(biāo)準(zhǔn)的數(shù)據(jù)集應(yīng)包括結(jié)腸癌樣本組和對(duì)照樣本組(健康組織、相鄰的非癌組織),每組至少包含10個(gè)樣本。最后選擇納入GSE83889以及GSE164191兩個(gè)基因表達(dá)譜。
分析使用軟件:R(3.6.3版本)用于數(shù)據(jù)歸一化,并統(tǒng)計(jì)分析與可視化。
Human Protein Atlas 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.proteinatlas.org/),即HPA數(shù)據(jù)庫(kù),是一個(gè)免費(fèi)的包含超過(guò)26 000種抗體,靶向來(lái)自17 000多種人類基因的公共數(shù)據(jù)庫(kù)。通過(guò)檢索基因METTL27得到正常結(jié)直腸組織以及結(jié)直腸癌組織免疫組化樣本。
將METTL27(cut-off value of 50%)分為低表達(dá)和高表達(dá)組,整合項(xiàng)目中l(wèi)evel3 HTSeq-Counts格式的RNAseq數(shù)據(jù),使用R包:DESeq2(1.26.0版本)用來(lái)鑒定DEGs,通過(guò)R包:ggplot2(3.3.3版本)進(jìn)行熱圖可視化展示。通過(guò)STRING數(shù)據(jù)庫(kù)(https://cn.string-db.org/)分析METTL27蛋白列表中的分子互作情況構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(PPI),并展示蛋白網(wǎng)絡(luò)互作關(guān)系,R包:igraph 進(jìn)行可視化。
廣西地不容為瀕危物種,狹域分布[5]。2012—2016年連續(xù)5年,本課題組對(duì)文獻(xiàn)和標(biāo)本館查詢到的廣西地不容分布區(qū)進(jìn)行了實(shí)地調(diào)研,結(jié)果表明該物種資源仍進(jìn)一步衰減;原有的一些產(chǎn)區(qū)已經(jīng)很難尋到野生樣品或者只有零星的個(gè)體,難以在群體水平上進(jìn)行采樣,比如廣西凌云縣、田林縣、田東縣和德保縣。因此,對(duì)于廣西地不容,在較大區(qū)域范圍采集到群體水平的樣品已十分困難,本實(shí)驗(yàn)以個(gè)體數(shù)量相對(duì)較多的5個(gè)居群評(píng)價(jià)其遺傳多樣性。
對(duì)METTL27 進(jìn)行基因GO功能注釋和京都基因與KEGG 通路富集分析。統(tǒng)計(jì)分析和可視化均在R3.6.3版本中進(jìn)行。Cluster Profiler(3.14.3版本)包用于富集分析,ggplot2包用于可視化。
在本研究中,使用R包c(diǎn)lusterProfiler進(jìn)行GSEA,以闡明高M(jìn)ETTL27組和低METTL27組之間的顯著功能和通路差異。數(shù)據(jù)集來(lái)源于MSigDB數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp)調(diào)整后的dp<0.05、錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率(FDR)<0.25 和標(biāo)準(zhǔn)化富集評(píng)分(|NES|)>1被認(rèn)為是顯著富集。
使用R包:GSVA中的ssGSEA算法對(duì)METTL27進(jìn)行免疫浸潤(rùn)分析。共獲得24種浸潤(rùn)性免疫細(xì)胞。采用Spearman校正法分析METTL27與24種免疫細(xì)胞富集評(píng)分的相關(guān)性。采用Wilcoxon 秩和檢驗(yàn)分析METTL27高表達(dá)組和低表達(dá)組的富集評(píng)分。
我們分析了METTL27在不同臨床病理特征的患者中的表達(dá)。其中,N期N1、N2期(圖5B,=0.016),病理分期為III、IV 期(圖5D,=0.026),發(fā)生淋巴轉(zhuǎn)移(圖5E,<0.001),BMI≥25(圖5F,=0.015)的患者M(jìn)ETTL27表達(dá)顯著升高;T分期(圖5A)與M分期(圖5C)表達(dá)水平差異不具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(>0.05)。此外,Logistics analysis分析了METTL27表達(dá)與臨床病理特征之間的相關(guān)性(表1),結(jié)果顯示METTL27高表達(dá)在臨床晚期、淋巴轉(zhuǎn)移、BMI 指數(shù)具有高風(fēng)險(xiǎn)比,與其mRNA表達(dá)水平保持一致。
采用Wilcoxon秩和檢驗(yàn)(連續(xù)變量)或Pearson卡方檢驗(yàn)比較METTL27高、低表達(dá)組的臨床病理特征。通過(guò)Logistic分析評(píng)價(jià)METTL27表達(dá)與臨床病理特征的相關(guān)性。
更為重要的是,區(qū)縣級(jí)電視臺(tái)在制作專題節(jié)目時(shí),往往存在創(chuàng)新意識(shí)不強(qiáng)、缺乏優(yōu)創(chuàng)的弊端,相關(guān)采編人員的能力和素質(zhì)都有待提高,業(yè)務(wù)水平不高、責(zé)任心不強(qiáng)的現(xiàn)象也比較常見(jiàn),這需要在后續(xù)工作中努力加強(qiáng)。
收取癌組織及癌旁組織,所有臨床樣本均按照離體40 min內(nèi)經(jīng)液氮速凍后保存于液氮罐的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行保存,所有用于總RNA提取的組織樣本都已添加RNA保護(hù)劑。所有樣本在收集前通過(guò)本單位倫理委員會(huì)批準(zhǔn)及患者知情同意,符合指南規(guī)定。納入收入的標(biāo)本已臨床病理診斷確診為結(jié)直腸癌。
(4)在員工對(duì)“生態(tài)與人文環(huán)境保護(hù)”滿意度評(píng)價(jià)中,本文依據(jù)文獻(xiàn),設(shè)計(jì)出如下二級(jí)評(píng)價(jià)指標(biāo):企業(yè)環(huán)境保護(hù)態(tài)度(U341)、企業(yè)生產(chǎn)中環(huán)境保護(hù)措施(U342)、企業(yè)參與社會(huì)生態(tài)環(huán)境計(jì)劃(U343)。
提取蛋白之后,BCA法測(cè)定上清濃度,變性后置于冰上,配制10%濃度的PAGE凝膠后進(jìn)行電泳,電泳結(jié)束后轉(zhuǎn)膜封閉,加入Fine test METTL27 一抗(CAT:FNab10887);Proteintech β-actin 一抗(CAT:66009-1-Ig)過(guò)夜(1∶1000),洗膜后加入對(duì)應(yīng)兔、鼠二抗(1∶2000),室溫孵育2 h后加入ECL化學(xué)發(fā)光液,使用Bio-Rad化學(xué)發(fā)光儀進(jìn)行曝光,顯影。
人腸上皮細(xì)胞NCM460 于含10%胎牛血清的RPMI 1640 培養(yǎng)基培養(yǎng),人腸癌SW480、SW620、HCT116 均于10%胎牛血清的高糖DMEM 培養(yǎng)基培養(yǎng),37 ℃、5%的CO、95%濕度培養(yǎng)箱中孵育培養(yǎng),待細(xì)胞密度達(dá)到80%時(shí)進(jìn)行RNA提?。籖NA提取試劑盒(Mabio,RNT412-02),逆轉(zhuǎn)錄試劑盒(Vazyme,R222-01),ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix 試劑盒(Vazyme,Q711-03)。引物(上海捷瑞),細(xì)胞均由廣東醫(yī)科大學(xué)中美腫瘤研究所提供。
引物序列:
5'-CTACCTCATGAAGATCCTCACCGA-'(β-actin,Forward);5'-TTCTCCTTAATGTCACGCACGATT-3'(β-actin,Reverse);5'-CAGGCCCGCCCCACAGT-3'(METTL27,Forward);5'-GGCTCCCATCCACCCCA-3'(METTL27,Reverse)。
通過(guò)受試者工作特征(ROC)分析,比較結(jié)腸癌腫瘤與癌旁組織中的表達(dá),檢驗(yàn)METTL27對(duì)結(jié)腸癌診斷的預(yù)測(cè)價(jià)值。結(jié)腸癌患者的臨床預(yù)后信息包括總生存期(OS)、疾病特異性生存期(DSS)。采用Kaplan-Meier分析、單因素和多因素Cox回歸分析進(jìn)行預(yù)后分析。R包:survival(3.2.10版本)用于生存資料的統(tǒng)計(jì)分析。使用R包:rms構(gòu)建列線圖和校準(zhǔn)圖,并進(jìn)行分析及可視化。
采用GraphPad Prism 8(GraphPad Software)進(jìn)行數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析。Western blotting以及RT-PCR反應(yīng)實(shí)驗(yàn),檢驗(yàn)前進(jìn)行方差齊性檢驗(yàn),若方差齊,采用檢驗(yàn),方差不齊,采用檢驗(yàn)。未配對(duì)的雙尾測(cè)試用于比較兩組數(shù)據(jù)。參數(shù)比較采用卡方檢驗(yàn)和秩和檢驗(yàn)。Spearman相關(guān)分析用于評(píng)估變量之間的相關(guān)性。采用單變量Logistic回歸分析METTL27的表達(dá)水平與臨床特征的關(guān)系。<0.05時(shí)認(rèn)為差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中顯示METTL27 mRNA水平在在不同腫瘤中高表達(dá)。在33種腫瘤類型中,METTL27在21 種腫瘤中顯著高表達(dá),尤其是胃腸道腫瘤中(圖1A~B)。更具體地說(shuō),在結(jié)腸癌腫瘤中METTL27的表達(dá)明顯高于癌周組織,配對(duì)樣本腫瘤中METTL27亦較正常表達(dá)更顯著(<0.001,圖1C~D)。
訓(xùn)導(dǎo)他們的人是老崔,老崔是物業(yè)經(jīng)理,這些日子,停車事件頻頻發(fā)生,有涵養(yǎng)的老崔嘴上起泡,心里長(zhǎng)毛,天天在小區(qū)里東轉(zhuǎn)西轉(zhuǎn),眼睛東瞄西掃,恨不得到哪里發(fā)現(xiàn)一塊新大陸。他的副手還帶著保安在背后嘲笑他,說(shuō),這個(gè)小區(qū)有什么轉(zhuǎn)頭的,老崔這是找車位呢,還是找老鼠洞?
ROC曲線來(lái)證明METTL27在鑒別結(jié)腸癌診斷中的價(jià)值。結(jié)果顯示曲線下面積(AUC)為0.806,METTL27診斷結(jié)腸癌具有明顯的高敏感性和高特異性(圖6A)。K-M分析驗(yàn)證了METTL27對(duì)臨床生存的預(yù)測(cè),如圖6 B-C所示,在總生存率(危險(xiǎn)比HR:2.18,<0.001)、疾病的具體生存期(HR:1.92,=0.012)具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,METTL27高表達(dá)的結(jié)腸癌患者的預(yù)后較表達(dá)低的更差。單因素的Cox回歸分析(表2)結(jié)果顯示:METTL27高表達(dá)在臨床不良預(yù)后因素中具有更高的風(fēng)險(xiǎn)。在進(jìn)一步的多因素Cox回歸分析中顯示(表3),METTL27表達(dá)是總生存期(HR:2.908,=0.049)的獨(dú)立危險(xiǎn)因素,對(duì)疾病的具體生存期無(wú)顯著預(yù)測(cè)能力。但是,在多因素Cox回歸分析中,臨床分期,尤其是臨床M期和病理分期對(duì)臨床結(jié)果也具有預(yù)測(cè)優(yōu)勢(shì)。通過(guò)將臨床TNM,病理分期,脈管、淋巴侵犯等臨床預(yù)后因素納入列線圖,并構(gòu)建預(yù)后列線圖,并繪制校準(zhǔn)曲線來(lái)測(cè)試列線圖的有效性。結(jié)果顯示:結(jié)腸癌總生存期中其Cindex為0.787(圖6D),疾病特異性生存期預(yù)測(cè)C-index為0.882(圖6E)。校正曲線顯示均對(duì)1年、3年、5年臨床結(jié)果的3個(gè)列線圖進(jìn)行了理想的預(yù)測(cè)(圖6E、G)。
通過(guò)鑒定差異基因進(jìn)行了包括3類GO功能注釋分析:生物過(guò)程(BP),CC和分子功能(MF),以及KEGG途徑富集分析。如圖3A所示,BP功能富集結(jié)果包括:離子跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)的再調(diào)節(jié)、表皮細(xì)胞分化、脂質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)、脂質(zhì)分解代謝過(guò)程、鉀離子轉(zhuǎn)運(yùn);CC功能富集結(jié)果:跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白復(fù)合物、離子通道復(fù)合體、蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物、DNA包裝復(fù)合物、陽(yáng)離子通道復(fù)合體;MF富集結(jié)果:被動(dòng)跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白活性、底物特異性通道活性、酶抑制劑活性、生長(zhǎng)因子活性、鐵離子結(jié)合。圖3B中KEGG信號(hào)通路結(jié)果顯示:神經(jīng)活性配體-受體相互作用、CAMP信號(hào)通路、鈣信號(hào)通路、味覺(jué)傳導(dǎo)、膽汁分泌、PPAR信號(hào)通路、類固醇激素生物合成、膽固醇代謝、脂肪消化吸收、尼古丁成癮。圖3C顯示通過(guò)構(gòu)建PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò),與METTL27 相關(guān)的前十互作蛋白:BCCIP、BYSL、DDX55、FTSJ3、KRR1、LTV1、NIP7、NOB1、RPF1、TRMT112。圖3D顯示通過(guò)對(duì)差異基因分析,GSEA識(shí)別與METTL27相關(guān)的信號(hào)通路包括:白介素17信號(hào)通路、化學(xué)滲透偶聯(lián)法生成ATP、MHC信號(hào)通路、DNA甲基化、PRC2使組蛋白和DNA甲基化。
通過(guò)對(duì)結(jié)腸癌中METTL27免疫浸潤(rùn)水平分析發(fā)現(xiàn),METTL27 與多種免疫細(xì)胞具有相關(guān)性。METTL27 與NK CD56bright cells 呈正相關(guān)關(guān)系(圖4A,R=0.268,<0.001),與T helper cells(R=-0.261,<0.001)、Tcm(R=-0.19,<0.001)、Th2 cells(R=-0.215,<0.001)細(xì)胞呈負(fù)相關(guān)關(guān)系。更進(jìn)一步將METTL27分為高低表達(dá)組后,NK CD56bright cells(圖4B)、T helper cells(圖4C)、Tcm(圖4D)、Th2 cells(圖4E)浸潤(rùn)水平和圖4A保持一致。
3.3.4 元數(shù)據(jù)采集入庫(kù)。對(duì)平臺(tái)中的元數(shù)據(jù),包括平臺(tái)中心前置庫(kù)、匯集庫(kù)、基礎(chǔ)庫(kù)、業(yè)務(wù)主題數(shù)據(jù)庫(kù)等庫(kù)表結(jié)構(gòu)和數(shù)據(jù)資源的元數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)一的抽取、存儲(chǔ)和裝載入庫(kù),支持元數(shù)據(jù)的手工錄入。
差異分析以火山圖展示|log2(FC)|>1&p.adj<0.05閾值下的分子數(shù)目?;鹕綀D顯示滿足|log2(FC)|>1&p.adj<0.05 閾值的ID 有3960 個(gè),在這閾值下,高表達(dá)(logFC為正)的數(shù)目有79個(gè),低表達(dá)(logFC為負(fù))的數(shù)目有3881個(gè)(圖2A);共表達(dá)熱圖顯示了與METTL27正負(fù)相關(guān)的前十基因(圖2B)。
如圖7A所示,HPA數(shù)據(jù)庫(kù)中發(fā)現(xiàn)METTL27蛋白在結(jié)腸癌組織中存在較明顯的高表達(dá)。HPA數(shù)據(jù)庫(kù)中免疫組織化學(xué)染色顯示與正常組織相比,癌組織免疫組化染色更深,提示METTL27蛋白在結(jié)腸癌組織中存在較明顯的高表達(dá);圖7B結(jié)果:GEO數(shù)據(jù)庫(kù)GSE83889數(shù)據(jù)集以及GSE164191數(shù)據(jù)集均顯示,與正常組織相比,METTL27在結(jié)腸癌中表達(dá)水平明更高。
如圖8A,培養(yǎng)人腸上皮細(xì)胞NCM460,以及人腸癌SW480、SW620、HCT116、CACO2、RKO、LOVO細(xì)胞,驗(yàn)證其相對(duì)于正常腸上皮細(xì)胞的表達(dá)水平,發(fā)現(xiàn)在大多數(shù)腸癌細(xì)胞中METTL27表達(dá)水平高于正常NCM460細(xì)胞。同時(shí),收集16例確診為腸癌的患者配對(duì)腸癌組織,如圖8B結(jié)果顯示:在16例配對(duì)的腸癌組織中,其中11對(duì)METTL27表達(dá)水平高于正常,其余5例無(wú)差異,未見(jiàn)有腸癌中METTL27表達(dá)水平低于正常組織(NATs:癌旁組織;Tumor:腸癌組織)。
同樣的,我們?cè)诓煌c癌細(xì)胞株以及組織標(biāo)本中驗(yàn)證了METTL27的表達(dá)水平。結(jié)果顯示:在不同腸癌細(xì)胞株中,相對(duì)于NCM460細(xì)胞,SW480、SW620、HCT116、CACO2、LOVO 細(xì)胞METTL27 表達(dá)均高于正常,而在RKO 細(xì)胞中低于正常細(xì)胞,總體而言,METTL27在大多數(shù)腸癌細(xì)胞的表達(dá)水平高于正常細(xì)胞(圖9A)。同時(shí),在配對(duì)的4例腸癌組織中(N:NATs;T:Tumor),METTL27蛋白水平表達(dá)明顯高于癌旁配對(duì)組織(圖9B)。
企業(yè)需要對(duì)BIM技術(shù)進(jìn)行全面分析,真正掌握BIM技術(shù)在工程造價(jià)管理重點(diǎn)的作用,并結(jié)合企業(yè)自身實(shí)際情況,將BIM技術(shù)合理應(yīng)用于工程的投資決策階段、設(shè)計(jì)階段、招投標(biāo)階段、施工階段、竣工階段等,實(shí)現(xiàn)工程造價(jià)的信息化、標(biāo)準(zhǔn)化、科學(xué)化管理,促使BIM技術(shù)真正發(fā)揮自身價(jià)值,從而推動(dòng)企業(yè)的穩(wěn)定發(fā)展。隨著我國(guó)建筑信息化的不斷深入和發(fā)展,我相信 BIM 技術(shù)將會(huì)更加全面、更加深入地被應(yīng)用到工程造價(jià)管理中的。
1.直接接觸型:如直接出現(xiàn)在被害人面前,被害人得以當(dāng)面面對(duì)行為人,而行為人經(jīng)拒絕后仍不間斷、持續(xù)跟追或糾纏被害人,后續(xù)甚至可能對(duì)被害人做出碰觸或攻擊行為。直接接觸型的跟追糾纏行為,可能為直接對(duì)被害人作出恐嚇行為、更進(jìn)一步對(duì)被害人作出財(cái)產(chǎn)甚至人身攻擊行為,當(dāng)然亦可能對(duì)被害人周遭熟識(shí)者為之。
以往的研究對(duì)于METTL27是缺失的,現(xiàn)有的研究?jī)H報(bào)道了其在Williams-Beuren 綜合征中的作用。而在本研究中,我們首次報(bào)道了METTL27在腫瘤中的表達(dá)及作用,旨在通過(guò)分析TCGA-結(jié)腸癌數(shù)據(jù)集,重點(diǎn)關(guān)注結(jié)腸癌中甲基轉(zhuǎn)移酶METTL27的表達(dá)譜、臨床病理相關(guān)性和臨床意義。在TCGA數(shù)據(jù)中,METTL27在大多數(shù)腫瘤中顯著過(guò)表達(dá)。這些結(jié)果表明METTL27有潛力成為各種癌癥的診斷標(biāo)記。我們發(fā)現(xiàn)在結(jié)腸癌腫瘤中METTL27表達(dá)顯著增加,這一結(jié)果也在GEO(結(jié)腸癌數(shù)據(jù)集GSE83889、GSE164191)以及HPA數(shù)據(jù)庫(kù)得到證實(shí),METTL27的表達(dá)在結(jié)腸癌中可能是一個(gè)很好的診斷標(biāo)志物,其AUC超過(guò)0.8。此外,我們還發(fā)現(xiàn)METTL27與結(jié)腸癌的臨床N分期、病理分級(jí)、淋巴轉(zhuǎn)移、BMI指數(shù)相關(guān),并具有高風(fēng)險(xiǎn)比(HR>1),進(jìn)一步證實(shí)METTL27的表達(dá)可能與結(jié)腸癌的惡性程度有關(guān)。從生存數(shù)據(jù)來(lái)看,METTL27 mRNA高表達(dá)的患者OS、DSS較差,進(jìn)一步的Cox回歸分析顯示,METTL27表達(dá)是OS的獨(dú)立預(yù)后因素。此外,列線圖以及校準(zhǔn)曲線顯示,METTL27 對(duì)結(jié)腸癌進(jìn)行了理想的預(yù)測(cè)。METTL27的普遍上調(diào)和預(yù)后預(yù)測(cè)結(jié)果表明,它是一個(gè)極具潛力的結(jié)腸癌預(yù)后標(biāo)志物。進(jìn)一步通過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了METTL27的表達(dá)水平,與生物信息學(xué)預(yù)測(cè)結(jié)果保持一致,METTL27在腸癌組織中表達(dá)明顯高于正常組織。
WBSCR22被鑒定的蛋白質(zhì)是S-(50-腺苷)-l-甲硫氨酸(SAM)依賴的rRNA甲基轉(zhuǎn)移酶,蛋白是核糖體前RNA加工所必需的,并介導(dǎo)人類18S rRNA中G1639的N7 甲基化。蛋白METTL27(WBSCR27)與WBSCR22具有較高的同源性,序列生物信息學(xué)分析表明該蛋白也屬于甲基轉(zhuǎn)移酶家族。然而,與WBSCR22相比,METTL27的確切生物學(xué)功能仍不清楚。因此,基于我們認(rèn)為METTL27在結(jié)腸癌中是一個(gè)不良的風(fēng)險(xiǎn)因子,為了更好地理解其在結(jié)腸癌中的潛在功能,我們鑒定了METTL27的差異表達(dá)基因,初步對(duì)其進(jìn)行了基因功能注釋,發(fā)現(xiàn)METTL27在跨膜物質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)以及脂質(zhì)代謝進(jìn)程中顯著富集。脂質(zhì)代謝在腫瘤進(jìn)展中發(fā)揮著重要的角色,腫瘤進(jìn)展過(guò)程中,腫瘤微環(huán)境中營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的可用性不斷變化,因而腫瘤細(xì)胞利用脂質(zhì)代謝來(lái)維持其快速增殖,存活,遷移,侵襲和轉(zhuǎn)移。而在GSEA識(shí)別的5條信號(hào)通路上,白介素17信號(hào)通路近年備受關(guān)注,IL-17是一種由活化的T細(xì)胞分泌的促炎細(xì)胞因子,已被證明可以促進(jìn)胃癌、結(jié)腸癌、膀胱癌、乳腺癌、前列腺癌等惡性腫瘤的發(fā)生。另外,GSEA識(shí)別的另一條信號(hào)通路——MHC(主要組織相容性復(fù)合物)信號(hào)通路,對(duì)于此生物標(biāo)志物,越來(lái)越多的研究表明多種癌癥類型中,MHC I類和II類的表達(dá)可能是指導(dǎo)免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療的有用生物標(biāo)志物。Paula等認(rèn)為在早期HER2陰性的乳腺癌中,MHC-II表達(dá)比PD-L1表達(dá)更能預(yù)測(cè)對(duì)免疫檢查點(diǎn)抑制劑的反應(yīng)。MHC-I類和II類作為生物標(biāo)志物都很重要,這主要取決于我們選擇的免疫治療反應(yīng)(或方案)的哪個(gè)階段作為免疫檢查點(diǎn)抑制劑的治療靶點(diǎn)。因此,MHC分析是免疫聯(lián)合治療一個(gè)新的方向。在另一個(gè)識(shí)別的GSEA通路中,顯示METTL27可能在DNA甲基化以及PRC2(多梳蛋白抑制復(fù)合物2)介導(dǎo)的組蛋白和DNA甲基化中發(fā)揮作用。在正常黏膜向腺瘤,息肉向腫瘤的進(jìn)展過(guò)程中,可以顯而易見(jiàn)地看到發(fā)生甲基化的基因大幅增加。Esteller研究發(fā)現(xiàn)結(jié)直腸腺瘤中MGMT、MLH1等DNA修復(fù)基因的異常甲基化可能促進(jìn)腺瘤發(fā)生惡變。PRC2,可對(duì)H3K27三甲基化(H3K27me3),是腫瘤發(fā)生發(fā)展的一部分,PRC2癌癥中的關(guān)鍵作用使它成為表觀遺傳學(xué)癌癥治療的治療靶點(diǎn)。結(jié)合以上的研究結(jié)果及國(guó)內(nèi)外認(rèn)識(shí),腫瘤的發(fā)生發(fā)展是多方面因素決定的,是一個(gè)多步驟參與的復(fù)雜過(guò)程,而對(duì)于METTL27功能以及通路研究的發(fā)現(xiàn)有助于揭示其在結(jié)腸癌中的作用和加強(qiáng)對(duì)結(jié)腸癌發(fā)生發(fā)展機(jī)制的了解。
除此之外,我們還分析了METTL27表達(dá)與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)之間的潛在關(guān)系。METTL27表達(dá)與輔助T細(xì)胞、輔助T細(xì)胞2型、中央記憶型T細(xì)胞呈負(fù)相關(guān)關(guān)系。T 輔助細(xì)胞在炎癥性腸病的發(fā)病機(jī)制中起關(guān)鍵作用,可促進(jìn)炎癥性腸病和結(jié)腸炎相關(guān)結(jié)腸癌發(fā)病機(jī)制中的炎癥反應(yīng)。Th2細(xì)胞主要分泌IL-4、IL-10、IL-13,促進(jìn)體液免疫。Th1/Th2比例降低可通過(guò)相關(guān)細(xì)胞因子分泌異常,促進(jìn)腫瘤生長(zhǎng),同時(shí)增強(qiáng)腫瘤免疫逃避功能,促進(jìn)腫瘤轉(zhuǎn)移和進(jìn)展。目前Th1/Th2比例失衡在腫瘤發(fā)生及進(jìn)展中作用機(jī)制尚不明確,仍需要進(jìn)一步研究。多項(xiàng)研究表明,與效應(yīng)記憶T(Tem)細(xì)胞和效應(yīng)T(Teff)細(xì)胞相比,中央記憶(Tcm)T細(xì)胞顯示出優(yōu)異的持久性和抗腫瘤免疫能力。我們希望揭示驅(qū)動(dòng)記憶T細(xì)胞形成的分子途徑,這將對(duì)發(fā)展優(yōu)化癌癥免疫治療的合理方法至關(guān)重要。
綜上所述,我們首次報(bào)道了METTL27在腫瘤中的表達(dá)水平,并分析推測(cè)了其在結(jié)腸癌中的潛在預(yù)后價(jià)值,METTL27可能具有極大潛力作為診斷結(jié)腸癌的腫瘤標(biāo)記物。高M(jìn)ETTL27表達(dá)顯示了低免疫細(xì)胞浸潤(rùn),而且對(duì)于基因本身的功能和具體的信號(hào)通路我們也做出了一定的預(yù)測(cè),但是這些結(jié)果仍需要一系列的實(shí)驗(yàn)進(jìn)行驗(yàn)證??傊?,METTL27可能是一種新的結(jié)腸癌預(yù)后預(yù)測(cè)因子,進(jìn)一步的機(jī)制研究可為結(jié)腸癌的早期診斷以及發(fā)生發(fā)展機(jī)制提供新的靶點(diǎn)。
銀行信息技術(shù)管理作為一項(xiàng)比較復(fù)雜的工作,其所涉及的范圍比較廣泛,并且具備有一定的管理難度。針對(duì)這一問(wèn)題,也就要求各銀行能夠?qū)π畔⒐芾淼闹匾杂幸粋€(gè)清晰的認(rèn)知,并且能夠積極運(yùn)用信息化技術(shù)來(lái)提升自身的管理水平跟業(yè)務(wù)服務(wù)水平,這樣才能夠促使銀行自身的市場(chǎng)核心競(jìng)爭(zhēng)能力得到進(jìn)一步的提升,并提升其在國(guó)際市場(chǎng)上的競(jìng)爭(zhēng)水平。
南方醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào)2022年4期