羅運(yùn)山，覃東翔，張 曼

來(lái)賓市人民醫(yī)院，廣西 來(lái)賓 546100

社區(qū)獲得性肺炎是臨床上常見(jiàn)的呼吸道疾病之一，由于病原菌構(gòu)成復(fù)雜，經(jīng)驗(yàn)性應(yīng)用抗菌藥物難度日益增大，特別是急危重癥感染患者如何通過(guò)“精準(zhǔn)診斷”到“精準(zhǔn)治療”從而提高救治成功率是臨床醫(yī)生迫切愿望。目前高通量測(cè)序技術(shù)就是最好的技術(shù)之一，特別是在檢測(cè)時(shí)間、敏感性、特異性等方面具有優(yōu)勢(shì)。本文應(yīng)用高通量測(cè)序技術(shù)確診少見(jiàn)疾病重癥鸚鵡熱肺炎1例，現(xiàn)報(bào)告如下。

1 病例資料

患者男，46歲，職業(yè)：割草工人。因“咳嗽、咳痰伴發(fā)熱6 d、氣促4 d”于2020年6月4日由外院轉(zhuǎn)入來(lái)賓市人民醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科?；颊呷脶t(yī)院前6 d出現(xiàn)咳嗽，為陣發(fā)性咳嗽，咳痰，痰液不多，呈黃色，伴發(fā)熱，最高達(dá)40℃，畏寒，全身肌肉酸痛，無(wú)鼻塞、流涕，無(wú)盜汗、咯血，無(wú)惡心及嘔吐，于當(dāng)?shù)厝嗣襻t(yī)院就診，病情逐漸加重，出現(xiàn)氣促，遂入院。由于患者氣促明顯，血氧飽和度低，直接收入本院科室?；颊呒韧w健，入院查體：體溫39.6℃，心率86次/min，呼吸40次/min，血壓91/53 mmHg（1 mmHg=0.133 kPa），經(jīng)皮血氧飽和度85%，入科血?dú)夥治鎏崾荆核釅A度7.52、二氧化碳分壓21 mmHg、氧分壓58 mmHg、實(shí)際碳酸氫鹽 17.10 mmol/L、堿剩余為-5.80 mmol/L。初步診斷：（1）重癥肺炎、呼吸衰竭；（2）急性呼吸窘迫綜合征。

入科當(dāng)天查胸片提示：左肺不張、實(shí)變，見(jiàn)圖1，給予氣管插管，呼吸機(jī)參數(shù)：純氧（100%）、peep（14 cmH20）等高參數(shù)的情況下，吸痰見(jiàn)大量水樣黃色液體，經(jīng)皮血氧飽和度僅能勉強(qiáng)維持在90%左右，血流動(dòng)力學(xué)需血管活性藥物維持（去甲腎上腺素1.0μg/kg.min）下血壓勉強(qiáng)維持正常范圍，經(jīng)驗(yàn)性給予美羅培南+莫西沙星抗感染、祛痰等治療，行相關(guān)檢查結(jié)果回報(bào)降鈣素原6.03 ng/ml，血常規(guī)：WBC 8.12×109/L，N 87.6%，ESR 85.5 mm/h，乳酸1.7 mmol/L，肥達(dá)氏反應(yīng)、肺炎支原體抗體、呼吸道病毒病原體11項(xiàng)、結(jié)締組織疾病相關(guān)檢查均陰性、N末端-B型利鈉肽前提6 120 pg/mL。肝功能：總膽紅素55.09 umol/L，直接膽紅素35.59 umol/L，間接膽紅素19.50 umol/L，谷丙轉(zhuǎn)氨酶64.00 U/L，谷草轉(zhuǎn)氨酶221.00 U/L，總蛋白46.10 g/l，白蛋白19.90 g/L。心肌酶：肌酸激酶1399.00 U/L，肌酸激酶同工酶＜3U/L，肌紅蛋白572.50 ng/mL，乳酸脫氫酶1 886.26 U/L，肌鈣蛋白Ⅰ0.05 ng/mL。病原學(xué)培養(yǎng)陰性（血液、尿液、痰結(jié)核及涂片等）由于病原學(xué)不明，隨后行血及肺泡灌洗液（BALF）高通量基因測(cè)序示鸚鵡熱衣原體（+）。予以多西環(huán)素靜滴抗鸚鵡熱衣原體治療，嚴(yán)格液體管理，經(jīng)治療后復(fù)查胸片左肺逐漸復(fù)張，見(jiàn)圖2。繼續(xù)原方案治療，病情逐漸好轉(zhuǎn)并復(fù)查降鈣素原0.08 ng/mL且CRP，體溫均下降，復(fù)查胸片明顯好轉(zhuǎn)，見(jiàn)圖3，隨后撤機(jī)，并生命體征平穩(wěn)后轉(zhuǎn)出ICU。轉(zhuǎn)出ICU時(shí)血常規(guī)：WBC5.54×109/L，N60.3%，血漿乳酸1.60 mmol/L，N末端-B型利鈉肽前提254 pg/mL。肝功能：總膽紅素20.69 umol/L，直接膽紅素11.29 umol/L，間接膽紅素9.40 umol/L，谷丙轉(zhuǎn)氨酶43.000 U/L，谷草轉(zhuǎn)氨酶38.00 U/L，總蛋白70.40 g/L，白蛋白35.6g/L。心肌酶：肌酸激酶＜20 U/L肌酸激酶同工酶＜3 U/L，肌紅蛋白13.02 ng/ml，乳酸脫氫酶511.7 U/L，肌鈣蛋白Ⅰ＜0.012 ng/mL。針對(duì)該例患者宗合其臨床表現(xiàn)、病原學(xué)結(jié)果、治療反應(yīng)，故鸚鵡熱衣原體肺炎診斷明確。

圖1 入科時(shí)胸片

圖2 6月8日胸片

圖3 6月19日胸片

2 討論

隨著寵物鳥類飼養(yǎng)的不斷增多，保護(hù)動(dòng)物的法律逐漸健全，動(dòng)物的遷徙規(guī)模不斷壯大，出現(xiàn)鸚鵡熱衣原體感染的可能性亦可增加［1］。目前多數(shù)歐美國(guó)家、日本以及我國(guó)香港地區(qū)等已將鸚鵡熱列入法定傳染病進(jìn)行監(jiān)測(cè)。鸚鵡熱衣原體形態(tài)學(xué)表現(xiàn)為革蘭氏陰性、球形病原體，細(xì)胞菌內(nèi)寄生，是流行性鳥類衣原體和哺乳動(dòng)物流行的病原體，典型的傳播途徑是鳥類通過(guò)眼睛、腸道的排泄物排出有傳染性的病原體，在處理受感染鳥類的羽毛和組織等亦可被感染，而飼養(yǎng)鳥類人員、獸醫(yī)、割草工人等為常見(jiàn)暴露職業(yè)［2］。鳥—人的感染方式是氣溶膠呼吸道吸入。鸚鵡熱衣原體經(jīng)呼吸道吸入體內(nèi)后首先進(jìn)入肝和脾的網(wǎng)狀內(nèi)皮細(xì)胞增殖，再經(jīng)血液進(jìn)入肺和其他器官［3］。鸚鵡熱臨床表現(xiàn)有多樣性、非特異性，可累及多個(gè)系統(tǒng)，肺部常表現(xiàn)為：氣短、咳嗽，肺部聽(tīng)診可聞及啰音，影像結(jié)果往往比體格檢查表現(xiàn)更為嚴(yán)重，甚至進(jìn)展至ARDS。鸚鵡熱衣原體感染臨床表現(xiàn)從輕癥到爆發(fā)型都有，雖然在社區(qū)獲得性肺炎中不常見(jiàn)，據(jù)有關(guān)報(bào)道約占1%［4］，如不積極治療病死率高。

本例患者入院后多次行病原學(xué)檢查如血培養(yǎng)、痰培養(yǎng)以及肺泡灌洗液培養(yǎng)均未找到病原菌，說(shuō)明在目前的實(shí)驗(yàn)室條件下要做到精確診斷還是困難，缺乏常規(guī)檢測(cè)方法，而通過(guò)肺泡灌洗液及血液送高通量測(cè)序均檢出鸚鵡熱衣原體，隨后實(shí)行“精準(zhǔn)治療”病情逐漸好轉(zhuǎn)。

二代測(cè)序技術(shù)（NGS）又稱高通量測(cè)序技術(shù)，以能一次并行對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定和一般讀長(zhǎng)較短等為標(biāo)志。宏基因組二代測(cè)序（mNGS）不依賴于傳統(tǒng)的微生物培養(yǎng)，而是直接從臨床標(biāo)本中提取全部微生物的DNA。mNGS技術(shù)目前在臨床上已被廣泛應(yīng)用于急危重癥和疑難感染性疾病的診斷。對(duì)于臨床上不明原因的感染性疾病，特別是危重癥患者，病原體復(fù)雜，短時(shí)間是否明確致病微生物至關(guān)重要。而應(yīng)用mNGS檢測(cè)，對(duì)提高疾病診斷及救治率提供了極大的幫助。結(jié)合本病例，患者平素體健，免疫正常，但起病急，病情進(jìn)展快，甚至危及生命，單純從臨床表現(xiàn)、實(shí)驗(yàn)室檢查、流行病學(xué)等方面并無(wú)明顯特異性，這對(duì)我們臨床醫(yī)生來(lái)說(shuō)挑戰(zhàn)極大，經(jīng)驗(yàn)性應(yīng)用抗菌藥物往往難以覆蓋病原菌，導(dǎo)致效果不佳。通過(guò)mNGS檢測(cè)，可快速明確病原菌，從而實(shí)現(xiàn)“精準(zhǔn)診斷”，及時(shí)調(diào)整治療方案，針對(duì)性使用抗菌藥物，做到“精準(zhǔn)治療”，縮短病程，提高救治成功率。據(jù)Xie Y等［5］研究報(bào)道，通過(guò)mNGS檢測(cè)明確致病微生物，及時(shí)調(diào)整治療方案，患者28、90 d生存率均明顯提高，90 d生存率由57.7%上升至83.3%。據(jù)《中國(guó)成人醫(yī)院獲得性肺炎與呼吸機(jī)相關(guān)性肺炎診斷和治療指南》［6］中明確推薦mNGS技術(shù)用于病原學(xué)檢測(cè)。而《宏基因組分析和診斷技術(shù)在急危重癥感染應(yīng)用的專家共識(shí)》推薦mNGS在急危重癥感染患者中應(yīng)用的主要適應(yīng)證：（1）病情危重需要盡快明確病原體；（2）特殊病患者如免疫抑制宿主、合并基礎(chǔ)疾病、反復(fù)住院的重癥感染患者需要盡快明確病原體；（3）傳統(tǒng)微生物檢測(cè)技術(shù)反復(fù)陰性且治療效果不佳；（4）疑似新發(fā)病原體、臨床上提示可能有一定的傳染性；（5）疑似特殊病原體感染；（6）長(zhǎng)期發(fā)熱和（或）伴有其他臨床癥狀、病因不明的感染。符合以上適應(yīng)證的患者，應(yīng)盡快送標(biāo)本進(jìn)行檢測(cè)。mNGS與傳統(tǒng)微生物檢測(cè)比較具有敏感性高、信息量大，可將送檢標(biāo)本中的所有微生物“一網(wǎng)打盡”，但臨床上該如何解讀報(bào)告，這需要遵循送檢標(biāo)本檢測(cè)的病原菌的檢出序列數(shù)、檢測(cè)深度、檢測(cè)離散度和基因組覆蓋度越高，說(shuō)明檢測(cè)到該微生物可靠性越高。針對(duì)鸚鵡熱衣原體肺炎抗菌藥物首選四環(huán)素類藥物，但有研究報(bào)道近年發(fā)現(xiàn)衣原體屬中的沙眼衣原體對(duì)四環(huán)素類耐藥呈上升趨勢(shì)。目前國(guó)內(nèi)尚缺乏針對(duì)鸚鵡熱衣原體進(jìn)行體外藥敏實(shí)驗(yàn)，臨床需結(jié)合治療效果進(jìn)行評(píng)估。

當(dāng)然，mNGS亦有自身局限性，首先比如對(duì)結(jié)核分枝桿菌、軍團(tuán)菌、布魯菌等胞內(nèi)菌因釋放至體液中含量有限以及對(duì)細(xì)胞壁較厚的微生物如真菌，其核酸提取效率較低，檢出率低。其次，RNA微生物的提取，由于RNA容易降解，相對(duì)于其他微生物其運(yùn)送、保存要求高等因素亦導(dǎo)致檢出率下降。