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        海南部分地區(qū)黃牛無漿體分子流行病學(xué)調(diào)查及遺傳多樣性分析①

        2022-01-22 15:26:06黃良圓周颯廖慧鈺王金花
        熱帶農(nóng)業(yè)工程 2021年6期
        關(guān)鍵詞:進(jìn)化樹漿體黃牛

        黃良圓 周颯 廖慧鈺 王金花

        (海南大學(xué) 海南 海口 570228)

        無漿體是一類無固定形態(tài)的微生物,專性寄生于脊椎動(dòng)物血細(xì)胞中。根據(jù)無漿體代謝特征和超微結(jié)構(gòu),將其歸為立克次體目(Rickettsiales)無漿體科(Anaplasmataceae)無漿體屬(Anaplasma)。主要種類有:嗜吞噬細(xì)胞無漿體(Anaplas-ma pagocytophilum),綿羊無漿體(Anaplasma ovis)、牛無漿體(Anaplasma bovis)、邊緣無漿體(Anaplasma marginale)、中央無漿體(Anaplasma centrale)、扁平無漿體(Anaplasma platys)、山羊無漿體(Anaplasma capra)等[1]。其中,A.ovis、A.pagocytophilum對(duì)羊 危害 較 大,A.marginale對(duì)牛危害比較大,A.pagocytophilum已經(jīng)被公認(rèn)是一種引起人畜共患的病原。

        無漿體?。ˋnaplasmosis)是由幾種無漿體病原經(jīng)蜱媒傳播引起的一種立克氏體疾病,主要在熱帶和亞熱帶地區(qū)流行,主要表現(xiàn)為發(fā)燒、貧血、黃疸、流產(chǎn)等癥狀,嚴(yán)重時(shí)會(huì)引起死亡,給畜牧養(yǎng)殖業(yè)造成嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失[2],還威脅到人的健康。該病已被世界動(dòng)物衛(wèi)生組織(OIE)列為B類動(dòng)物傳染病,也被我國(guó)農(nóng)業(yè)農(nóng)村部列為進(jìn)出口動(dòng)物檢疫項(xiàng)目之一[3]。目前,我國(guó)多個(gè)地區(qū)均有無漿體病報(bào)道,海南地區(qū)尚未發(fā)現(xiàn)相關(guān)報(bào)道。

        1 材料與方法

        1.1 樣品

        對(duì)海南地區(qū)176頭黃牛頸靜脈采血(見圖1),其中,定安縣161頭、??谑?頭、瓊??h5頭、儋州縣6頭。記錄動(dòng)物的飼養(yǎng)模式、性別、年齡和品種,將血液于‐20℃保存。

        圖1 樣品來源分布圖

        1.2 提取血液基因組DNA

        將冷凍EDTA血液樣品于室溫下解凍并渦旋。吸取200μL全血,使用血液基因組DNA抽提試劑盒(Sangon Biotech,ShangHai,China)進(jìn) 行DNA提取,使用Nanodrop ND1000分光光度計(jì)(Thermo Scientific?,美國(guó))測(cè)DNA濃度和純度。丟棄小于5 ng/μLDNA樣品,并重新提取全血DNA,于‐20°C保存。

        1.3 巢式PCR和單PCR擴(kuò)增

        表1為本次研究使用引物序列。對(duì)A.phagocytophilum和A.bovis使用基于16Sr RNA基因?qū)Τ彩絇CR擴(kuò)增,第一輪引物為EE1和EE2,可能存在的所有無漿體物種的16S rRNA基因,第二輪引物使用SSAP2 f/r和AB1f/r進(jìn)行巢式PCR擴(kuò)增[4];A.marginale使用基于MSP4基因設(shè)計(jì)的特異性引物[5]。以上所有引物均由上海生工生物工程股份有限公司合成。第一輪PCR反應(yīng)在25μL的最終體積中進(jìn)行,其中含有13μL Mix酶(中國(guó)南京諾維贊公司)、雙蒸水10μL、左右引物各0.5、1.0μL DNA。熱循環(huán)體系如[6]。A.phagocytophilum和A.bovis的第二輪PCR反應(yīng)最終體積為50μL,其中Mix酶(中國(guó)南京諾維贊公司)25μL、雙蒸水21μL、引物1μL、第一輪PCR反應(yīng)的產(chǎn)物2μL。A.ovis、A.marginale反應(yīng)的最終體系為25μL。熱循環(huán)反應(yīng)條件如表2所示。

        表1 無漿體引物序列

        表2 無漿體PCR擴(kuò)增條件

        1.4 瓊脂糖凝膠電泳

        用1×TAE電泳緩沖液和1.5%瓊脂糖配置凝膠液,稍冷后加入DNA Green染料(每100 mL瓊脂糖凝膠溶液加1μL DNA Green染料)混勻制膠,冷卻20 min,將巢式PCR第二輪產(chǎn)物和常規(guī)PCR產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳。取8μL PCR擴(kuò)增產(chǎn)物加入凝膠孔,120 V恒壓電泳。電泳結(jié)束后凝膠放置在紫外凝膠成像儀觀察拍照。

        1.5 系統(tǒng)進(jìn)化樹分析

        使用16S rRNA、Gro EL(熱休克蛋白)和MSP4(主要表面蛋白4)基因序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。首先從GenBank中獲取世界各地菌株并篩選(即丟棄重復(fù)測(cè)序,不完整的序列,并在非常相似的序列子集中選擇一個(gè)序列)。通過MegAlign軟件(DNAStar,Madison,WI)中Clustal W方法比對(duì)。使用Mega X軟件,Neighbor‐joining(NJ)算法中Kimura‐2‐parameter參數(shù)模型,Bootstrop值選擇1 000進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建。最后,選用Figtree軟件將Mega X導(dǎo)出進(jìn)行原樹染色編輯。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 PCR擴(kuò)增

        黃牛中檢測(cè)到A.bovis、A.phagocytophilum、A.marginale MSP4,其目的條帶大小分別為551、641、851 bp,如圖2所示。

        圖2 部分黃牛樣品PCR結(jié)果

        2.2 黃牛無漿體感染

        2.2.1 不同地區(qū)黃牛無漿體感染情況分析

        4個(gè)市縣牛均檢測(cè)出無漿體感染,其中??谑小偤?h和儋州3個(gè)地區(qū)無漿體感染率高達(dá)100.0%、80.0%、50.0%,但并不能說明無漿體在這3個(gè)地區(qū)的流行情況。Yan等[7]報(bào)道在新疆塔里木河上游493份奶牛血液樣本中,無漿體的感染率為3.2%。Li等[8]報(bào)道在196份牛血液樣品中無漿體感染率為5.1%。Yang等[9]發(fā)現(xiàn)我國(guó)10省557頭牛中有31.6%的牛檢出A.marginale。El‐Dakhly等[10]報(bào)道在埃及,牛檢出A.marginale感染率為10.6%(16/150)。Fernandes等[11]報(bào)道在莫桑比克,牛中檢出A.marginale、A.phagocytophilum感染率分別為97.3、2.7%(6/219)。Sisson等[12]報(bào)道在南非克魯格國(guó)家公園飼養(yǎng)的非洲水牛747份血液樣本中,A.marginale、A.centale感染率別為17.3%、13.1%,總感染率為15.1%。本研究中黃牛的A.phagocytophilum感染率為6.3%(11/176),A.bovis感染率為11.4%(20/176),A.marginale感染率為5.7%(10/176),海南地區(qū)牛無漿體的感染率最高。Yan等報(bào)道了A.bovis、A.ovis、A.phagocytophilum和A.platys感染率分別為0.2%(1/493)、0.4%(2/493)、2.4%(12/493)、2.4%(12/493)。Rjeibi等[14]報(bào)道在阿爾及利亞的牛中,A.centrale、A.marginale、A.bovis三種無漿體的感染率為30.5%(55/180)、1.66%(3/180)、0(0/180)。本研究A.bovis感染率為11.4%(20/176),未檢出牛無漿體。

        表3 不同地區(qū)黃牛無漿體感染情況分析

        2.2.2 無漿體混合感染情況分析

        研究發(fā)現(xiàn),A.bovis+A.phagocytophilum感染率為2.0%(3/176),A.bovis+A.marginale的感染率為1.1%(2/176),A.phagocytophilum+A.marginale的感染率為0.6%(1/176),A.bovis+A.phagocytophilum+A.marginale感染率為3.4%(6/176)。海南地區(qū)牛A.bovis+A.phago-cytophilum+A.marginale混合感染情況比較普遍。Rjeib等[14]報(bào)道在阿爾及利亞的牛中A.centrale+A.marginale感染率為5.5%(10/180),A.marginale+A.bovis感染率為1.1%(2/180),A.centrale+A.marginale+A.bovis感染率為2.8%(5/180),其中A.centrale+A.marginale混合感染情況比較普遍,該結(jié)論與本研究結(jié)果不一致。

        表4 牛混合感染情況統(tǒng)計(jì)表

        2.2.3 黃牛不同年齡、性別和飼養(yǎng)模式無漿體感染情況

        調(diào)查不同性別牛無漿體感染情況發(fā)現(xiàn),感染無漿體公牛有3頭,感染率為14.3(3/21),母牛23頭,感染率為14.8%(23/155),公牛和母牛感染無漿體的差異不明顯。調(diào)查不同年齡牛無漿體的感染情況發(fā)現(xiàn),小于3歲的牛感染無漿體有9頭,感染率為14.3%(9/63),3~6歲牛感染無漿體有13頭,感染率為15.1%(13/86),大于6歲牛感染無漿體有3頭,感染率為11.1%(3/27),顯示不同年齡段牛感染率差異不明顯。研究發(fā)現(xiàn)散養(yǎng)模式下牛無漿體的感染率為73.3%,圈養(yǎng)模式下無漿體感染率為9.3%,可見牛在散養(yǎng)模式下無漿體感染率明顯高于圈養(yǎng)模式,該結(jié)論與張晶報(bào)道一致[15]。這可能與規(guī)?;r(nóng)場(chǎng)養(yǎng)殖環(huán)境管理更科學(xué),蜱蟲叮咬少,而自由放牧條件下,蜱蟲叮咬高,導(dǎo)致無漿體感染率高。

        2.3 系統(tǒng)發(fā)育樹分析

        2.3.1A.phagocytophilum16S rRNA基因序列系統(tǒng)進(jìn)化樹分析

        表5 不同年齡、性別、飼養(yǎng)模式無漿體感染率

        本研究獲得的5株A.phagocytophilum 16S rRNA基因部序列與A.phagocytophilum16S rRNA基 因 序 列(AB196720、AB19672、GQ175174、JN558812、JN558816、JN990105、KC246018、KF569915、KJ782381、KJ782386、KP062963、KP276588、KR002114、KT944029、KU321298、KU870667、KX083402、KX236051、KX236051、KX450278、LC060986、LC060987、MF992253、MG002405、MN097858、MN216240、NR044762)以及Rickettsia(JX885456)、A.ovis(KJ459342)、A.platys(KU500900、KU500914、MH255941)、A.bovis(MH255928、MH255938)、A.centrale(MH588232、MH588233)和A.capra(MH762071、MT798602、MT052418)6種16SrRNA基因序列作為外群構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。A.phagocytophilum系統(tǒng)發(fā)育樹分析結(jié)果表明,本研究獲得黃牛4株序列(XYAP2、RYAP3、RYAP4、RYAP6)獨(dú)立聚為一 類群,與(KT944029,KT782381)參照序列比較相近;NDAAP2序列獨(dú)立在不同的分支與來自巴基斯坦牛(MN216240)分離參照株比較相近。如圖3所示。

        圖3 A.phagocytophilum16S rRNA基因序列(641 bp)系統(tǒng)發(fā)育樹

        2.3.2A.bovis16S rRNA基因序列系統(tǒng)進(jìn)化樹分析

        本研中獲得的7株A.bovis 16S rRNA部分基因序列與A.bovis 16SrRNA基因序列(KU509992、KU509996、KX450273、KY242455、MH255927、MH255934、MH255935、MH255936、MH255939、MH255940、MH255941、MK028572、MK028574、MK446832、MN044717、MN309842、MN309843、MT036513),以及Rickettsia(JX885456)、A.ovis(KC484562、MN795156)、A.platys(KU500900、KU500914)和A.capra(LC432092、MH762071,MT052418、MT798602)4種16S rRNA基因序列作為外群構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。A.bovis系統(tǒng)發(fā)育樹分析表明,海南地區(qū)A.bovis序列與其他地區(qū)(包括:馬來西亞,俄羅斯,韓國(guó))的分離株聚集為一類群,得到了95.5%個(gè)節(jié)點(diǎn)支持,其中RYAB9的遺傳距離比較遠(yuǎn)。如圖4所示。

        圖4 A.bovis16S rRNA基因序列(551 bp)系統(tǒng)發(fā)育樹

        2.3.3A.marginale MSP4基因序列系統(tǒng)進(jìn)化樹分析

        本研究獲得的10株A.marginale MSP4基因部序列與A.marginale MSP4基因序列(AF428082、

        AF428086、AY283190、AY456002、AY665997、AY665999、AY851150、EF053264、EU283844、EU677383、JN564646、KX989516、KX989512、KX989513、MG676453、MG676455、MG676459、MH026093、MH172467、MH373246,MH939155、MK809379、MK809381、MK809384、MK809386、MK809387、MT268094)以及A.ovis(HM063433、KU497703)、A.centrale(KY305601、KY305604、KY305621)和A.phagocytophilum(EU008082、EU180058、MF974857)的MSP4基因序列作為外群構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。A.marginale基于MSP4基因系統(tǒng)進(jìn)化樹分析顯示,A.marginale、A.phagocytophilum、A.centrale和A.ovis的MSP4基因序列分別獨(dú)立聚為不同分支。本研究獲得的10株A.marginale序列與其他地區(qū)A.marginale參照序列同聚為一類群,分支節(jié)點(diǎn)支持率高達(dá)100%,其中DAAM9株遺傳距離較遠(yuǎn)。如圖5所示。

        圖5 A.marginale MSP4基因序列(851 bp)系統(tǒng)發(fā)育樹

        3 結(jié)論

        本次研究使用PCR方法對(duì)海南地區(qū)黃牛進(jìn)行了無漿體分子流行病學(xué)調(diào)查。海南地區(qū)4個(gè)市縣黃牛中無漿體感染率為14.8%,并在黃牛中檢測(cè)出A.bovis、A.pagocytophilum、A.marginale,其感染率分別為11.4%、6.3%、5.7%,混合感染率為11.8%,A.bovis為優(yōu)勢(shì)種,且A.bovis+A.pagocytophilum+A.marginale共同感染比較常見,散養(yǎng)比圈養(yǎng)更容易感染無漿體。本研究通過16S rRNA/MSP4基因構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹分析發(fā)現(xiàn)海南地區(qū)黃牛中,A.pagocytophilum、A.bovis、和A.marginale序列與來不同地區(qū)的無漿體參照序列之間未發(fā)現(xiàn)明顯地理隔離分化特征,而在A.pagocytophilum系統(tǒng)進(jìn)化樹中發(fā)現(xiàn)不同宿主存在明顯分支,可能存在宿主分化特征。

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