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        “biochemistry cells”生化學習互動程序設計的實踐與思考

        2021-11-08 09:50:36余其奕金俊昌張一東宋瀟達李植
        生物化工 2021年5期
        關(guān)鍵詞:生物化學圖層生化

        余其奕,金俊昌,張一東,宋瀟達,李植

        (中國藥科大學,江蘇南京 211198)

        隨著科技的發(fā)展,計算機輔助教學逐漸成為一種新型的教學方式,其中尤以虛擬仿真實驗最受學生的歡迎,但是市面上沒有關(guān)于生物化學的計算機輔助實驗軟件。近年來,模擬經(jīng)營類游戲的受眾面越來越廣,已經(jīng)延伸至高校學生群體,目前已有將游戲化設計在教學中應用的案例[1]。

        受以上案例啟發(fā),課題組將生化知識與計算機輔助教學結(jié)合,融入模擬經(jīng)營類游戲元素,設計開發(fā)出一款學習互動實驗軟件——“biochemistry cells”。

        1 技術(shù)路線設計

        1.1 軟件開發(fā)流程

        通過應用2D平面游戲開發(fā)引擎“喚境”開展生物化學學習程序的研究。為更好地完成生化學習軟件的制作,實驗小組成員對生物化學與分子生物學各反應原理進行相關(guān)研究,尋找出具有典型性并易于展示的基本內(nèi)容,最終從自身實際經(jīng)驗出發(fā),綜合學生對生化學習的反饋,考慮到開發(fā)難度,決定選擇生物氧化為制作內(nèi)容。通過比對市面上多種開發(fā)軟件的優(yōu)劣,進而對開發(fā)軟件進行了廣泛篩選,以突出更強的可操作性和更好的視覺沖擊,綜合考慮到引擎的使用難度,采用“喚境”引擎開發(fā)2D平面展示部分。

        “喚境”引擎實現(xiàn)了對游戲場景的搭建以及生化基本反應的表現(xiàn)。在編寫過程中,課題組成員對二維細胞及線粒體2D平面模型進行素材收集繪制,以完成程序場景搭建。在第一圖層(細胞)中,實驗使用添加按鈕的方式,在細胞圖層中的線粒體上添加事件,通過細胞圖層中的可選部分線粒體跳轉(zhuǎn)至第二圖層(線粒體)。在細胞圖層中需要突出體現(xiàn)線粒體的輪廓,方便用戶進行識別與點擊。在線粒體圖層中,實驗將預設各類參數(shù),圖層上方展示預設的各類參數(shù)變量,這些參數(shù)變量包括生化反應所需的典型原料與反應條件等。線粒體圖層中通過安放按鈕并加入條件設置,完成“交易”功能。線粒體圖層中的“交易”界面以圖層上方的各類參數(shù)變量為基本“交易單位”,程序可通過“交易”事件展示生化反應的基本要素與流程(見圖1)。

        圖1 交易界面

        2.2 軟件設計

        考慮到細胞中線粒體的代謝活動以及學生學習生物化學的實際需求,開發(fā)人員選擇圍繞細胞呼吸-電子傳遞鏈這一生物氧化中不可或缺的組成部分構(gòu)建相關(guān)的程序。同時考慮到ATP是能量流通的主要形式,本程序以ATP的變化體現(xiàn)生物氧化反應的進行。

        電子傳遞鏈通過復合物1~復合物4來傳遞電子,程序的核心是在一次生物氧化反應中,通過調(diào)節(jié)復合物參數(shù)來影響電子的傳遞,從而改變反應最終的結(jié)果——ATP的生成量。因此,開發(fā)組將4種復合物設置為核心參數(shù),用以控制反應。使用者在一次電子傳遞開始前,可以在相關(guān)的界面內(nèi)消耗已有的ATP,控制細胞合成復合物并使其參與本次的電子傳遞過程。同時調(diào)控界面內(nèi)也有相關(guān)的知識介紹,讓使用者在直觀感受生物氧化反應調(diào)控的同時也能收獲到相關(guān)的生物化學知識。

        細胞所處的環(huán)境會對細胞的代謝活動產(chǎn)生影響,因此開發(fā)人員引進溫度作為環(huán)境變量,同時引入解偶聯(lián)劑變量作為平衡溫度影響的手段。溫度會對線粒體中電子的傳遞和細胞呼吸產(chǎn)生很大的影響,例如當溫度過低時反應效率大大降低,此時可以消耗ATP主動解偶聯(lián)平衡溫度的不利影響。引入外部環(huán)境因素和內(nèi)部應對手段,可以讓使用者直觀地感受到生物體對外界環(huán)境的應答與適應性,在了解相關(guān)知識的同時對細胞的“動態(tài)平衡”有更深的理解。

        為了保證程序的科學性并符合實際,經(jīng)過測試人員認真測試并反饋,開發(fā)人員多次嚴謹論證調(diào)整參數(shù),在保證程序的科學嚴謹性同時確保不影響趣味性。同時為了增加程序的趣味性和挑戰(zhàn)性,開發(fā)人員針對此部分設置了特定目標(可選),即在規(guī)定反應次數(shù)內(nèi)生成特定數(shù)量的ATP,這使得學有余力的同學能夠活用收獲的知識,探尋反應的可能性,讓學生在使用程序的過程中既能學習到生化知識,又能感受到生物化學的趣味之處。

        2.3 軟件使用方法

        在進行生物氧化反應之前,操作者可以消耗細胞中已有的ATP來調(diào)整參與此反應的4種復合物的數(shù)量,以此控制反應的產(chǎn)物量(主要為ATP)。反應產(chǎn)生的ATP可以用于調(diào)整下一刻反應,也可用于細胞中其他場所的反應。同時下一刻反應受上一輪反應的結(jié)果反饋,并影響更下一刻的反應。

        3 軟件的測試及結(jié)果

        3.1 實驗設計

        招募有生化學習經(jīng)歷的3個班級學生作為測試者,每個班級為一組,隨機分為3個測試組。測試組1使用“biochemistry cells”生物化學學習互動程序;測試組2觀看有關(guān)生物氧化知識的視頻《電子傳遞鏈Electron transport chain》[2],綜合考慮游戲時長和視頻時長,決定學習時長均為8 min;測試組3不進行任何形式的復習。在實驗結(jié)束2 min后,利用手機平臺發(fā)布測試:生化互動學習軟件成果測試問卷,測試內(nèi)容為有關(guān)生物氧化知識的考題(共8題),匿名提交,不公布成績與錯題,并叮囑測試者不要查找正確答案或進行復習,將3個測試組得分進行統(tǒng)計。測試組1另做一份關(guān)于生化互動學習軟件評價的問卷,并對本軟件發(fā)表看法。

        3.2 結(jié)果與分析

        最終收集了共59份生化互動學習軟件成果測試問卷的反饋,其中測試組1有12份、測試組2有19份、測試組3有28份,匯總統(tǒng)計結(jié)果如圖2所示。實驗結(jié)果表明,測試組1和測試組2平均成績提高明顯,分別較測試組3高出10.13%和22.61%。平均成績的提升表明使用“biochemistry cells”生物化學學習互動程序?qū)ι镅趸闹R掌握有著明顯的促進作用。

        圖2 生化互動學習軟件成果測試問卷成績

        4 改進方案

        收集到的游戲評價中,部分測試者認為參與感不強,建議增強程序的可操作性和趣味性,結(jié)合測試結(jié)果顯示測試組1的平均成績低于測試組2,認為此程序現(xiàn)階段開發(fā)部分較少,編程功能有限,無法完全做到游戲的趣味性和學習程序的教育性相結(jié)合,此軟件現(xiàn)階段還不能完全代替經(jīng)典的生化教學視頻的作用和地位。大多數(shù)測試者給出了積極的評價,愿意推薦給他人,并期待著此軟件的進一步更新。課題組充分吸取了實驗得到的經(jīng)驗和建議,對本程序做出了如下改進。

        4.1 使用3D游戲開發(fā)引擎

        目前,2D平面游戲開發(fā)引擎“喚境”功能較少,只能展示平面結(jié)構(gòu),不能將各個生物大分子及細胞器直觀地展示出來,項目中預期的設想無法完全用此引擎達到。經(jīng)過項目組的調(diào)研,Unity 3D以及配套的3D建模軟件3D Studio Max可以滿足展示立體結(jié)構(gòu)和復雜變換等功能,足以滿足現(xiàn)階段項目的需求。

        項目組成員學習了3D Studio Max建模方法,聯(lián)系了會使用Unity 3D的開發(fā)人員,目前于2D游戲上的思路正在逐步嫁接到3D平臺上,并出現(xiàn)了顯著的成效。如圖3所示,3D引擎的使用使得生物大分子結(jié)構(gòu)更加清楚,生化過程更加清晰,更有益于使用者對生化知識的理解。

        圖3 使用Unity 3D建模后的3D細胞圖

        4.2 增加程序趣味性

        部分測試者認為此程序趣味性不強,建議增強程序中教育功能和游戲趣味的結(jié)合。如圖4所示,項目組進行了初步的嘗試,暫時加入了一個小游戲板塊。在每一輪調(diào)整參與反應的4種復合物的數(shù)量之前,增加一個操縱細胞“捕捉”葡萄糖的小游戲,時長為20 s,捕捉到的葡萄糖用于接下來的ATP合成。這個環(huán)節(jié)的設置,在不失教育性的情況下增加了游戲環(huán)節(jié),增添了本程序趣味性。今后,會考慮繼續(xù)借鑒當下熱門游戲的玩法,在軟件持續(xù)開發(fā)過程中保持游戲環(huán)節(jié)的比例,使得本軟件更加吸引使用者,提升用戶友好性,讓生化學習不再枯燥單調(diào)。

        圖4 模擬細胞攝取葡萄糖數(shù)據(jù)變化統(tǒng)計界面

        5 結(jié)語

        在軟件開發(fā)時,小組成員認識到該應用程序具有高度的拓展性與兼容性。此設計思路不但可以應用于生物化學的學習中,還可以拓展至醫(yī)學藥學等相關(guān)學科。例如,針對神經(jīng)細胞、干細胞、肝細胞、視錐細胞等細胞的類似應用的開發(fā);引入“對抗”機制,開發(fā)細胞與病原體的對抗,讓使用者對病原體的致病性有一定的了解;引入“突發(fā)事件”,還可以將病理學和藥理學結(jié)合起來,產(chǎn)生新的玩法;將宏觀的組織和器官與微觀的細胞相結(jié)合,運用生化知識,結(jié)合策略類游戲玩法,讓生理學、細胞生物學、生物化學有機結(jié)合,從而讓使用者對機體的正常生命活動有一個全面而清晰的認識。

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