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        長(zhǎng)鏈非編碼RNA NRON
        ——一種新型的疾病調(diào)控因子

        2021-11-08 09:50:38簡(jiǎn)建升
        生物化工 2021年5期
        關(guān)鍵詞:編碼調(diào)控病毒

        簡(jiǎn)建升

        (昆明理工大學(xué) 醫(yī)學(xué)院,云南昆明 650504)

        近年來(lái),隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(LncRNAs)的基礎(chǔ)性研究突飛猛進(jìn),眾多新的LncRNAs被發(fā)現(xiàn),并被功能注釋[1]。LncRNAs與mRNAs非常相似,由RNA聚合酶Ⅱ(Pol Ⅱ)轉(zhuǎn)錄生成,但缺乏蛋白編碼開(kāi)放閱讀框[2]。LncRNAs在最初的研究中被認(rèn)為是轉(zhuǎn)錄過(guò)程中的“轉(zhuǎn)錄噪音”[3-4],隨著研究的深入,人們發(fā)現(xiàn)其可與多種蛋白質(zhì)、DNA或RNA結(jié)合形成功能性復(fù)合物[5],參與多種生物學(xué)過(guò)程的調(diào)控,包括轉(zhuǎn)錄[6]和調(diào)控基因表達(dá)[7-8]、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)[9]等。

        隨著對(duì)LncRNAs的深入研究,人們發(fā)現(xiàn)了一種新型疾病調(diào)控因子——LncRNA NRON,其在心臟病、癌癥及艾滋病(AIDS)等疾病中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。因此,研究LncRNA NRON對(duì)疾病發(fā)病機(jī)制的調(diào)控作用將為相關(guān)疾病的診斷、治療提供潛在的靶標(biāo)和新的治療策略。

        1 概述

        1.1 LncRNA NRON

        WILLINGHAM等[10]于2005年對(duì)512個(gè)進(jìn)化保守的非編碼RNA(ncRNAs)建立了一個(gè)排列的短發(fā)夾RNA(shRNA)庫(kù),并通過(guò)表達(dá)序列標(biāo)簽(Expressed Sequence Tag,EST)測(cè)序和細(xì)胞分析系統(tǒng),確定它們?cè)诩?xì)胞通路中的作用。利用該系統(tǒng),識(shí)別出一種能夠抑制活化T細(xì)胞核因子(Nuclear Factor of Activated T Cells,NFAT)的ncRNA抑制因子,由于NFAT是一種非常敏感的轉(zhuǎn)錄因子,該ncRNA抑制因子可抑制基因轉(zhuǎn)錄,根據(jù)國(guó)際上的命名規(guī)則被稱為L(zhǎng)ncRNA NRON。

        LncRNA NRON基因位于9號(hào)染色體上126 407 775~126 410 504 bp處,序號(hào)為NC_000009.12,基因片段大小約為2 730 nt(見(jiàn)圖1)。LncRNA NRON由3個(gè)外顯子組成,這些外顯子可選擇性剪接產(chǎn)生0.8~3.7 kb的轉(zhuǎn)錄本,廣泛參與生物體各類重要生理、病理過(guò)程。

        圖1 LncRNA NRON基因組結(jié)構(gòu)

        1.2 LncRNA NRON的功能特性

        LncRNA NRON可通過(guò)多種形式參與調(diào)節(jié)生物體的生理和病理過(guò)程。根據(jù)現(xiàn)有關(guān)于LncRNA NRON的研究報(bào)道,其功能可從以下3個(gè)方面歸納總結(jié):(1)充當(dāng)分子支架,可以富集多種蛋白,共同調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄[11-12];(2)影響靶蛋白的表達(dá),從而抑制機(jī)體生長(zhǎng)[13];(3)作為疾病的一種新型標(biāo)志物,用于臨床疾病診斷[13-14]。LncRNA NRON可參與多種生物學(xué)過(guò)程,如細(xì)胞增殖、病毒潛伏,并且在機(jī)體病變過(guò)程中發(fā)揮重要調(diào)控作用,將有助于疾病的預(yù)防和診斷。

        2 通過(guò)LncRNA NRON的差異表達(dá)介導(dǎo)對(duì)疾病的調(diào)控

        2.1 病毒感染和LncRNA NRON的調(diào)控作用

        人類免疫缺陷病毒(HIV-1)是造成人類免疫系統(tǒng)缺陷的一種病毒,感染后可引起細(xì)胞中LncRNAs差異性表達(dá)。最新研究表明,Tat蛋白可以強(qiáng)有力地誘導(dǎo)激活潛伏感染的HIV-1病毒,促進(jìn)病毒轉(zhuǎn)錄表達(dá)[15]。為了系統(tǒng)研究LncRNA NRON對(duì)HIV-1病毒的調(diào)控作用,LI等[11]通過(guò)對(duì)HIV-1病毒感染的HEK293T、TZM-bl等一系列細(xì)胞和正常細(xì)胞進(jìn)行綜合比對(duì)分析,發(fā)現(xiàn)病毒感染引起細(xì)胞內(nèi)LncRNA NRON差異性表達(dá),HIV-1的啟動(dòng)子活性被抑制,并且LncRNA NRON直接將Tat蛋白和泛素/蛋白酶體組分(包括CUL4B和PSMD11)募集起來(lái)形成復(fù)合體,Tat蛋白被泛素化降解,從而抑制HIV-1病毒基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá),促成HIV-1潛伏期維持(見(jiàn)圖2)。但當(dāng)LncRNA NRON豐度被敲低時(shí),HIV-1啟動(dòng)子的活性顯著增強(qiáng),Tat蛋白含量和HIV-1基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)量也隨之增多。IMAM等[16]發(fā)現(xiàn),機(jī)體內(nèi)LncRNA NRON的含量也受到HIV-1的調(diào)控,它的表達(dá)水平被HIV-1早期病毒輔助蛋白Nef降低,被晚期蛋白Vpu增加(見(jiàn)圖2)。由于NRON是活化NFAT的非編碼阻遏物[10],Nef和Vpu也調(diào)節(jié)NFAT的活性。LncRNA NRON豐度的敲低可增強(qiáng)NFAT和HIV-1病毒長(zhǎng)末端重復(fù)序列(Long Terminal Repeat,LTR)的活性,從而增強(qiáng)HIV-1的復(fù)制能力,促進(jìn)其傳染性,但Nef和Vpu究竟是如何調(diào)控NRON的豐度仍然是未知的,這是未來(lái)研究中需要解決的一個(gè)問(wèn)題。

        圖2 HIV-1病毒感染和LncRNA NRON的調(diào)控作用

        2.2 癌癥的生長(zhǎng)轉(zhuǎn)移和LncRNA NRON的調(diào)控作用

        LncRNA的失調(diào)是新發(fā)現(xiàn)的一種腫瘤進(jìn)展機(jī)制,它在腫瘤的發(fā)生過(guò)程中具有極其重要的作用[17-18],既可作為致癌基因促進(jìn)腫瘤的發(fā)生,亦可作為抑癌基因抑制腫瘤的增殖、遷移等。例如,LncRNA GAPLINC通過(guò)調(diào)節(jié)肺泡細(xì)胞中miR-661/eEF2K級(jí)聯(lián)來(lái)促進(jìn)人非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)的發(fā)生[19],LncRNA CASC2被microRNA-21下調(diào)促進(jìn)腎癌細(xì)胞的增殖和遷移[20]等。以往的研究表明,NFAT家族包括5個(gè)成員(NFAT-1、NFAT-2、NFAT-3、NFAT-4和NFAT-5),被認(rèn)為在癌癥生長(zhǎng)、侵襲和遷移中發(fā)揮著重要作用[21]。LncRNA NRON是活化NFAT的非編碼阻遏物[10],而它又能通過(guò)抑制NFAT活性來(lái)抑制靜脈內(nèi)皮細(xì)胞的增殖[22],這一發(fā)現(xiàn)表明LncRNA NRON可能對(duì)腫瘤細(xì)胞的增殖、侵襲和遷移起抑制作用。YAO等[13]發(fā)現(xiàn),在肝癌細(xì)胞(HCC)組織中,LncRNA NRON的表達(dá)量低于正常鄰近組織,LncRNA NRON低表達(dá)與腫瘤分化差和血管腫瘤血栓的存在相關(guān);而功能和蛋白質(zhì)印跡分析表明,過(guò)表達(dá)LncRNA NRON會(huì)損害集落形成和細(xì)胞活力,抑制上皮細(xì)胞-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT)相關(guān)上皮標(biāo)記物E-鈣粘蛋白的表達(dá),從而抑制HCC生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移(見(jiàn)圖3),因此LncRNA NRON可作為肝癌患者的預(yù)后標(biāo)志物。據(jù)報(bào)道,與Tat蛋白相互作用的蛋白——Tip60(Tat Interactive Protein,60 kDa)在不同類型的癌癥中發(fā)揮著腫瘤抑制作用[23-24],而Tat蛋白又與LncRNA NRON密切相關(guān),因此,NIU等[23]提出LncRNA NRON可能參與調(diào)控癌癥的生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移。他們研究發(fā)現(xiàn)隨著臨床分期的增加,與非癌組織相比,三陰性乳腺癌(TNBC)組織中LncRNA NRON表達(dá)豐度較低,而致癌因子LncRNA snaR在上調(diào),促進(jìn)癌細(xì)胞增殖。當(dāng)snaR過(guò)表達(dá)時(shí),不顯著影響LncRNA NRON表達(dá);但當(dāng)LncRNA NRON過(guò)表達(dá)時(shí),snaR被顯著下調(diào),癌細(xì)胞增殖被抑制。他們還發(fā)現(xiàn),LncRNA NRON過(guò)表達(dá)不影響癌細(xì)胞的遷移和侵襲,在大多數(shù)TNBC患者的血漿中沒(méi)檢測(cè)到LncRNA NRON;LncRNA snaR不能被LncRNA NRON甲基化,但LncRNA NRON可以與RNA降解途徑或某些miRNA相互作用促進(jìn)LncRNA snaR的降解,因此LncRNA NRON可能不是TNBC的良好診斷生物標(biāo)志物,LncRNA NRON促進(jìn)LncRNA snaR降解機(jī)制的諸多細(xì)節(jié)問(wèn)題還需進(jìn)一步研究。

        圖3 癌癥的生長(zhǎng)轉(zhuǎn)移和LncRNA NRON的調(diào)控作用

        2.3 心臟疾病和LncRNA NRON的調(diào)控作用

        心力衰竭(Heart Failure,HF)是一種由心臟結(jié)構(gòu)和功能紊亂引起的復(fù)雜臨床綜合征,在幾種最重要的心臟疾病中,目前只有心力衰竭的發(fā)病率仍不斷上升,所以心衰發(fā)生機(jī)制的研究對(duì)積極預(yù)防心衰的發(fā)生發(fā)展和治療有著重要意義。大數(shù)據(jù)顯示,LncRNA可能成為心力衰竭的新治療靶點(diǎn)[25-26]。XUAN等[14]在對(duì)心力衰竭的研究中,通過(guò)實(shí)時(shí)逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Real-Time RT-PCR)方法,對(duì)HF患者和非HF患者的血漿樣本中已知與心血管疾病相關(guān)的13個(gè)LncRNA的表達(dá)水平進(jìn)行測(cè)量,發(fā)現(xiàn)LncRNA NRON和肌球蛋白重鏈相關(guān)的RNA轉(zhuǎn)錄物(MHRT)的非編碼阻遏物,在HF患者血漿中的水平顯著高于非HF對(duì)照參與者,單變量和多變量分析鑒定LncRNA NRON和MHRT是HF的獨(dú)立預(yù)測(cè)因子,LncRNA NRON在心臟細(xì)胞中的過(guò)表達(dá)可能促進(jìn)心力衰竭。斯皮爾曼(Spearman)等級(jí)相關(guān)系數(shù)分析顯示,LncRNA NRON與高密度膽固醇(HDL)呈負(fù)相關(guān),與低密度膽固醇(LDH)呈正相關(guān),而MHRT與谷草轉(zhuǎn)氨酶(AST)和低密度膽固醇(LDH)呈正相關(guān)。因此,LncRNA NRON有望成為預(yù)測(cè)心衰的一種新型生物標(biāo)志物。但LncRNA NRON究竟是如何促進(jìn)心力衰竭、以哪種通路調(diào)控仍然是未知的,要想使LncRNA NRON服務(wù)于心力衰竭臨床診斷及治療等工作,還需要做大量的研究。

        心房纖維化(Atrial Fibrosis,AF)是心房組織不明原因的纖維化以及因纖維化并發(fā)的緩慢性心律失常的一種常見(jiàn)疾病,85%的房顫患者存在心房纖維化。WANG等[27]使用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(rRT-PCR)方法,在AF患者中檢測(cè)到LncRNA NRON低表達(dá)現(xiàn)象,同時(shí)在細(xì)胞質(zhì)RNA-蛋白質(zhì)支架復(fù)合物中發(fā)現(xiàn)磷酸化的NFAT顯著性增加,成纖維細(xì)胞的增殖以及I型和Ⅲ型膠原的表達(dá)被抑制,這是首個(gè)證明LncRNA NRON與房顫相關(guān)的研究,可能為房顫的治療提供新的藥物靶點(diǎn)和治療策略。

        3 結(jié)論與展望

        LncRNA NRON是真核生物中非常重要的組成部分,LncRNA NRON已被發(fā)現(xiàn)是病毒復(fù)制和疾病病變調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的有效調(diào)控因子,其在機(jī)體的病理過(guò)程中扮演著非常重要的角色。但當(dāng)前關(guān)于LncRNA NRON的研究仍處于初級(jí)階段,其結(jié)構(gòu)、功能及調(diào)控機(jī)制還需更深層次的研究闡明。

        在LncRNA NRON生物學(xué)作用機(jī)制的探索過(guò)程中,雖然發(fā)現(xiàn)了LncRNA NRON充當(dāng)媒介參與基因的轉(zhuǎn)錄,可以作為預(yù)測(cè)標(biāo)志物,但其具體作用通路、相關(guān)作用因子及作用方式等一系列問(wèn)題仍有待進(jìn)一步研究,因此需要從整體上理解LncRNA NRON的生物學(xué)功能,并為更多疾病的診斷和治療提供新的靶點(diǎn)和治療策略。

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