李 莎,董洲君,韋 潔,陳星儀,王新智,王文豹(齊齊哈爾醫(yī)學院 藥學院,齊齊哈爾 161006)
皮膚感染,是細菌和真菌感染性皮膚病.目前,在臨床應用中,西醫(yī)治療皮膚病主要采用抗過敏法,在初期控制病情的效果較好,但具有不良反應大、停藥后易復發(fā)等缺點[1].在我國藥典中,復方中將白鮮皮與苦參配伍作為治療藥物的就有20多處,其中大多數(shù)是治療皮膚病,且白鮮皮既可內(nèi)服,也可外用.內(nèi)服煎湯,外用煎水洗或研末敷[2],使用方法多樣.現(xiàn)代研究結(jié)果表明,白鮮皮具有抗菌、抗炎及抗過敏等藥理作用[3-4],可用于濕熱瘡毒和濕疹等癥[5-6].
中藥具有多成分、多靶點、多途徑的作用特點,在研究其治療疾病的分子機制存在一定困難.如今,一些市售藥膏如:狼毒抑菌乳膏,克癢舒洗液等具有抗菌作用的藥物中也都含有白鮮皮,但白鮮皮中具體是哪一種成分或哪些多成分協(xié)同發(fā)揮了抗菌作用,尚且不詳.網(wǎng)絡(luò)藥理學基于“疾病-靶點-藥物”相互作用網(wǎng)絡(luò),是發(fā)現(xiàn)中藥生物活性成分和作用機理的一個有效工具,它從整體角度闡釋了中藥的藥理機制[7-8].本研究運用網(wǎng)絡(luò)藥理學方法,分析白鮮皮抑菌的物質(zhì)基礎(chǔ)和作用機制,希望為之后的深入研究及應用提供幫助.
白鮮皮化學成分的收集來源于中藥系統(tǒng)藥理學數(shù)據(jù)庫與分析平臺(http://lsp.nuw.edu.cn/tcmsp.php)[9]、中國知網(wǎng)和萬方數(shù)據(jù)庫.
利用有機小分子生物活性數(shù)據(jù)庫(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov)得到各化學成分的SMILES[10].
由有機小分子生物活性數(shù)據(jù)庫得到的SMILE,輸入至Molinspiration Property Calculator網(wǎng)站中(https://www.molinspiration.com/cgi-bin/properties),預測各化學成分的相對分子質(zhì)量(Mr)、氫鍵供體數(shù)(HBA)、氫鍵受體數(shù)(HBD)、油水分配系數(shù)值(logP)和可旋轉(zhuǎn)鍵個數(shù)(NROTB)等性質(zhì).
Lipinski類藥五規(guī)則是由Christopher A·Lipinski提出的篩選類藥分子的五條基本規(guī)則,符合類藥五規(guī)則的化合物會有更好的藥代動力學性質(zhì),在生物體內(nèi)代謝過程中會有更高的生物利用度,因而也更有可能成為口服藥物.類藥五原則:1)Mr小于500;2)HBD小于5;3)HBA小于10;4)logP小于5;5)NROTB不超過10個.
Swisstargetpredict(http://old.swisstargetprediction.ch/)是用于生物活性小分子目標預測的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器.本研究采用SwissTargetPrediction在線分析工具,預測白鮮皮中活性成分的作用靶點.將各成分的SMILES文件導入SwissTargetPrediction在線靶點篩選平臺,預測各成分作用靶點.在篩選過程中,限定篩選潛在靶點的對應物種為“人”,獲得潛在靶點統(tǒng)計表,取前五個相關(guān)性強的靶點進行進一步研究.
UniProt(Universal Protein,https://www.uniprot.org/uniprot/Q9NYW0)是信息最豐富、資源最廣的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫,由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)組成.其數(shù)據(jù)主要來自于基因組測序完成之后獲得的蛋白質(zhì)序列,還包含了大量來自于文獻中報道的蛋白質(zhì)的生物功能的信息.
網(wǎng)絡(luò)藥理學是運用網(wǎng)絡(luò)分析技術(shù),對選取的特定信號與多靶點進行分析,預測它們之間的潛在聯(lián)系,并形成網(wǎng)狀視圖.我們基于網(wǎng)絡(luò)藥理學使用Cytoscape 3.7.0軟件構(gòu)建白鮮皮活性成分-作用靶點網(wǎng)絡(luò)分析.
通過檢索中藥系統(tǒng)藥理學數(shù)據(jù)庫與分析平臺(http://lsp.nuw.edu.cn/tcmsp.php)、中國知網(wǎng)和萬方數(shù)據(jù)庫,共收集到110個化學成分.
根據(jù)類藥五規(guī)則,對白鮮皮中的化學成分進行篩選,最終有58個分子符合類藥五規(guī)則,見表1.
表1 經(jīng)類藥五規(guī)則篩選后的白鮮皮有效化學成分
續(xù)表1
采用SwissTargetPrediction在線分析工具,預測白鮮皮中58個活性成分的作用靶點,取前五個相關(guān)性強的靶點進行進一步研究.
將上一步得到的靶點依次輸入,得到其生物功能,并根據(jù)顯示的信息和查閱文獻來篩選與抗菌活性有關(guān)的靶點,由此篩選得到白鮮皮有效化學成分的作用靶點,見表2.
表2 白鮮皮活性成分抑菌的直接作用靶點
白鮮皮的活性成分-作用靶點網(wǎng)絡(luò)圖見圖1,菱形表示化學成分,圓形表示靶點,每條邊代表成分和靶點的相互作用,節(jié)點大小與度值成正比例關(guān)系,共包括27個成分,20個靶點,41條邊,47個節(jié)點,平均degree為4.3,其中degree排名前4的成分是Calodendrolide,葉含狹葉香茶菜素(Angustifolin),檸檬苦素(Limonin),吳茱萸苦素(Rutaevin).蛋白靶點的相關(guān)信息及度值,見表3.由Cytoscape3.7.0的network analyzer分析得可,度值大于平均值的關(guān)鍵靶點有9個,分別為:①磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亞單位δ異構(gòu)體(PIK3CA);②組織蛋白酶L1輕鏈(CTSL1);③酪氨酸蛋白磷酸酶非受體2型(PTPN2);④m期誘導劑磷酸酶1(CDC25A);⑤麝香貓樣蛋白1(MBNL1);⑥前列腺素G/H合酶2(PTGS2);⑦巨噬細胞移動抑制因子(MIF);⑧花生四烯酸5-脂氧合酶(ALOX5);⑨m期誘導劑磷酸酶2(CDC25B),推測白鮮皮的有效成分是通過上述靶點來發(fā)揮抑菌作用的.
圖1 白鮮皮活性成分-靶點網(wǎng)絡(luò)圖
表3 相關(guān)靶點的信息及度值
續(xù)表3
中藥具有多成分、多靶標和多途徑協(xié)同作用的特點,因此,很難闡釋清楚其治療疾病的物質(zhì)基礎(chǔ)和作用機制,而網(wǎng)絡(luò)藥理學的出現(xiàn)為中藥的現(xiàn)代研究提供了全新的思路[11-12].
本研究構(gòu)建了白鮮皮中與抑菌相關(guān)的化合物-潛在作用靶點網(wǎng)絡(luò),共包含27個化合物和20個作用靶點,可見白鮮皮發(fā)揮抑菌作用具有多成分和多靶點的特點.研究結(jié)果顯示白鮮皮中具有抑制細菌作用的化學成分可能是Calodendrolide,葉含狹葉香茶菜素(Angustifolin),檸檬苦素(Limonin)和吳茱萸苦素(Rutaevin)等,這些成分可能通過PIK3CA,ALOX5,ALOX15,PTGS2等靶標起治療作用.
磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亞單位δ異構(gòu)體(PIK3CA)在肥大細胞發(fā)育和肥大細胞介導的過敏反應中起重要作用.有研究結(jié)果表明,組胺過敏引起的肥大細胞激活脫顆粒釋放出的炎癥介質(zhì)之一,能夠引起皮膚瘙癢[2].結(jié)果顯示Skimmianine,Haplopine,Dictamdiol A,Dictamdiol B,Isodictamdiol和Dasycarpol同時作用于PIK3CA,推測白鮮皮的抑菌作用與這6個活性成分同時調(diào)控PIK3CA的表達有關(guān).前列腺素類生物合成途徑中的雙重環(huán)氧合酶和過氧化物酶是一類主要來源于花生四烯酸的C20氧化脂類,在炎癥反應中具有特殊作用.前列腺素G/H合酶2(PTGS2)在血管內(nèi)皮細胞中,將二十二碳五烯酸酯轉(zhuǎn)化為13R-HDPA,13R-HDPA是在細菌感染期間激活巨噬細胞吞噬作用的13系列消退素的前體.巨噬細胞移動抑制因子(MIF)是促炎細胞因子,參與細菌病原體的先天免疫反應,MIF在炎癥部位的表達表明其在調(diào)節(jié)巨噬細胞在宿主防御中的功能中起介體作用,抵消糖皮質(zhì)激素的抗炎活性.因此,推測白鮮皮的抑菌作用與檸檬苦素同時調(diào)控PTGS2和MIF的表達有關(guān),該推測與多篇研究報道之間形成可很好的相互驗證.檸檬苦素是白鮮皮中主要特征性物質(zhì)[5],Zhao等[13]研究發(fā)現(xiàn)檸檬苦素具有抗菌活性.Govindachari等[14]研究發(fā)現(xiàn)檸檬苦素對花生柄銹菌具有一定的抑制效果.酪氨酸蛋白磷酸酶非受體2型(PTPN2)通過細胞質(zhì)激酶JAK1,JAK3及其底物STAT1的去磷酸化來負調(diào)節(jié)細胞因子(IL2/白介素2和干擾素)介導的信號傳導,該信號在細胞因子受體的下游傳播,還分別通過STAT3和STAT6的去磷酸化來調(diào)節(jié)IL6/白介素6和IL4/白介素4細胞因子信號傳導.研究表明,IL6是一種細胞因子,由多種類型的具有多效性的細胞產(chǎn)生,抗IL6治療可減少炎癥并具有抗血管生成作用[15].因此,推測白鮮皮的抑菌作用與Calodendrolide和Dictamnusine同時調(diào)控PTPN2的表達,進而下調(diào)IL6的表達有關(guān).
本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學的研究方法,分析白鮮皮在抑制細菌方面的有效化學成分和分子機制,通過相關(guān)網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建可直觀地顯示出白鮮皮抑制細菌具有多成分、多途徑等共同作用的特點,符合中醫(yī)藥治療疾病的特點,相比西藥靶點單一的作用機制,副作用小,優(yōu)勢明顯.