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        基于高光譜成像技術(shù)的辣椒葉片葉綠素含量估算

        2021-09-11 01:50:17袁自然葉寅武際方凌陳曉芳楊欣
        江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2021年16期
        關(guān)鍵詞:葉綠素含量回歸模型

        袁自然 葉寅 武際 方凌 陳曉芳 楊欣

        摘要:葉綠素是植被光合作用的重要物質(zhì),能夠間接反映植被的健康狀況和光合能力。高光譜技術(shù)的發(fā)展為大面積、快速檢測(cè)植被葉綠素含量變化提供了可能。選取150組不同生長(zhǎng)期的辣椒葉片作為研究對(duì)象,分別采集辣椒葉片的高光譜圖像和葉綠素含量。利用隨機(jī)森林特征選擇算法進(jìn)行數(shù)據(jù)篩選,結(jié)合線性回歸、偏最小二乘回歸、梯度提升回歸樹、隨機(jī)森林回歸等4種模型分別構(gòu)建回歸模型。結(jié)果表明:(1)利用隨機(jī)森林特征選擇算法篩選后波段建立的模型決定系數(shù)(r2)均大于0.8,說明該方法具有較高的穩(wěn)定性和預(yù)測(cè)精度;(2)利用隨機(jī)森林特征選擇算法篩選的波段結(jié)合隨機(jī)森林回歸,其驗(yàn)證集的r2為0.9、均方根誤差(RMSE)為1.87、平均絕對(duì)誤差(MAE)為1.43??梢暂^為準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)辣椒葉片葉綠素含量,為后期利用高光譜成像技術(shù)大面積檢測(cè)辣椒的生長(zhǎng)狀況提供了理論依據(jù)。

        關(guān)鍵詞:高光譜成像;辣椒葉片;葉綠素含量;隨機(jī)森林特征選擇算法;回歸模型

        中圖分類號(hào):S127 文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A 文章編號(hào):1002-1302(2021)16-0189-04

        葉綠素含量與植被光合作用效率密切相關(guān)[1],因此快速、準(zhǔn)確地檢測(cè)葉片葉綠素含量在生態(tài)學(xué)、農(nóng)學(xué)上都具有重要價(jià)值。傳統(tǒng)檢測(cè)植物葉片葉綠素含量的方法須要實(shí)地調(diào)查或取樣送進(jìn)實(shí)驗(yàn)室測(cè)定,難以做到實(shí)時(shí)檢測(cè),而利用便攜式葉綠素儀雖然可以做到實(shí)時(shí)檢測(cè),但需要人工反復(fù)測(cè)量,人為干擾因素較大,精度無法保證,難以適用于大面積葉綠素含量檢測(cè)。而高光譜遙感技術(shù)具有光譜波段多且連續(xù)的特點(diǎn),包含著豐富的信息,為快速、大面積檢測(cè)植被葉綠素含量的變化提供了可能[2]。

        目前,國(guó)內(nèi)外高光譜成像技術(shù)已被成功用于植被葉片無損檢測(cè)中,Annala等利用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)反演葉片葉綠素含量,結(jié)果表明利用高光譜技術(shù)可以有效估算植被葉綠素含量[3]。楊婧等通過采集油菜葉片為試驗(yàn)樣品,計(jì)算其反射光譜及反射光譜的一階導(dǎo)數(shù)與葉綠素含量的相關(guān)性,通過逐步回歸模型挑選敏感波段,并計(jì)算光譜指數(shù),結(jié)果表明在蕾薹期和幼苗期通過構(gòu)建BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型能夠更好地對(duì)油菜葉片葉綠素含量進(jìn)行反演[4]。劉燕德等利用遺傳算法(GA)、連續(xù)投影算法(SPA)和正適應(yīng)加權(quán)算法(CARS)結(jié)合偏最小二乘法(PLSR)分別對(duì)贛南臍橙葉片葉綠素、水分和氮素的含量進(jìn)行定量反演,結(jié)果表明高光譜技術(shù)可以對(duì)贛南臍橙葉綠素、水分和氮素含量進(jìn)行快速無損定量分析[5]。

        隨著辣椒栽培技術(shù)的發(fā)展,辣椒種植出現(xiàn)規(guī)?;?、多樣化、大面積種植趨勢(shì),而這些新趨勢(shì)也亟待通過遙感技術(shù)進(jìn)行快速無損檢測(cè)其長(zhǎng)勢(shì),從而為精準(zhǔn)農(nóng)業(yè)提供決策。因此,本研究利用高光譜成像技術(shù)研究辣椒葉片葉綠素含量與光譜之間的定量關(guān)系,利用隨機(jī)森林特征選擇算法進(jìn)行數(shù)據(jù)篩選結(jié)合線性回歸(linear regression,LR)[6]、偏最小二乘回歸(partial least squares regression,PLSR)[7]、梯度提升回歸樹(gradient boosting regressor tree,GBRT)[8]、隨機(jī)森林回歸(random forest regression,RFR)[9]等4種模型分別構(gòu)建回歸模型,以期找到最佳反演模型,為今后大面積利用高光譜遙感技術(shù)檢測(cè)田間辣椒葉片葉綠素含量提供參考依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        研究區(qū)位于安徽省蕪湖市鳩江區(qū)沈巷鎮(zhèn)雙壩村蕪湖市德弘生態(tài)農(nóng)業(yè)有限公司(118°12′E,31°26′N),屬亞熱帶溫潤(rùn)季風(fēng)氣候,光照和雨量充足。試驗(yàn)品種為皖椒177,種植時(shí)間為2020年7月20日,采集時(shí)間為2020年9月7日。

        本研究隨機(jī)采集辣椒植株不同葉位共150個(gè)辣椒葉片樣本,利用光譜-理化值共生距離(sample set partitioning based on joint x-y distance,SPXY)分類法[10]將總樣本按照2 ∶ 1劃分為建模集和驗(yàn)證集,即100個(gè)樣本用于建模,50個(gè)樣本用于驗(yàn)證。

        1.2 葉綠素含量測(cè)定

        利用日本柯尼卡美能達(dá)公司SPAD-502 Plus葉綠素計(jì)測(cè)定葉綠素含量,獲得的SPAD值可以直接作為表征葉綠素含量的相對(duì)值[11]。每張葉片分為6個(gè)小區(qū),每個(gè)小區(qū)3次重復(fù),取其均值作為該葉片葉綠素含量的最終結(jié)果。

        1.3 高光譜數(shù)據(jù)采集

        測(cè)定后的葉片,用超純水清洗,然后用吸濕紙吸去表面水分,用高光譜成像系統(tǒng)(四川雙利合譜科技有限公司,型號(hào):GaiaSorter,圖1)采集數(shù)據(jù)。

        高光譜相機(jī)與位移平臺(tái)的高度為60 cm,鹵鎢光源距位移平臺(tái)的高度為40 cm。高光譜相機(jī)配置:22 mm 鍍膜消色差鏡頭,光譜范圍為400~1 000 nm,光譜分辨率為3.5 nm,像素?cái)?shù)為1 456×1 936,相對(duì)孔徑為8,狹縫長(zhǎng)度為14.2 mm。在暗箱中進(jìn)行試驗(yàn),利用公式(1)對(duì)采集后的光譜圖像進(jìn)行圖像校正。

        Rref=DNraw-DNdarkDNwhite-DNdark。(1)

        式中:Rref為校正后圖像;DNraw為原始圖像;DNwhite為白板圖像;DNdark為黑板校正圖像。

        1.4 數(shù)據(jù)處理和分析

        利用ENVI 5.3讀取辣椒葉片高光譜影像,并在圖像中選取6處具有代表性的矩形感興趣區(qū)(避開葉脈,圖2)作為樣本的原始光譜,加權(quán)平均后的光譜值作為原始光譜數(shù)據(jù)。去掉383~399、950~1 000 nm邊緣噪聲較大的光譜數(shù)據(jù),保留 400~949 nm處的光譜數(shù)據(jù)(圖3)進(jìn)行下一步研究。

        1.5 隨機(jī)森林特征選擇算法

        在隨機(jī)森林算法中可以很容易測(cè)量每個(gè)特征對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果的相對(duì)重要性。特征的有效增加能提高分類精度,但高緯度的特征互相之間可能具有相似性,繼而對(duì)模型能力貢獻(xiàn)少,并且影響計(jì)算效率[12]。基尼(Gini)系數(shù)通??梢宰鳛楹饬枯斎胩卣鲗?duì)模型貢獻(xiàn)度大小的評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn),對(duì)樣本中所有特征變量來說,基于Gini系數(shù)的變量重要性評(píng)分(variable importance measures,VIM)能直觀量化各個(gè)特征對(duì)模型的貢獻(xiàn)大小,值越高特征重要性越高[13]。將原始光譜作為輸入集,利用隨機(jī)森林特征選擇算法進(jìn)行數(shù)據(jù)篩選,減少光譜的冗余信息,為后期數(shù)據(jù)分析提高效率。參數(shù)設(shè)置:樹的最大深度max_depth=20,隨機(jī)種子random_state=100,樹的個(gè)數(shù)n_estimators=90,最大特征樹max_features=10。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 隨機(jī)森林特征選擇

        從圖4可知,共選擇特征重要性最高的前20個(gè)波段,占總體變量的12.57%,分別為697.1、932.1、941.9、693.6、857.4、930.8、543.4、927.1、803.3、550.1、806.9、785.4、704.1、890.1、916、530、533.1、556.8、771.1、536.7 nm,從上述所選波段分布來看,主要集中于可見光波段(390~780 nm),這可能與光合作用的波段主要是可見光波段有關(guān)[14]。

        2.2 模型構(gòu)建

        將經(jīng)隨機(jī)森林特征選擇算法篩選后的波段作為自變量,SPAD值作為因變量。利用線性回歸(LR)、偏最小二乘回歸(PLSR)、梯度提升回歸樹(GBRT)、隨機(jī)森林回歸(RFR)分別構(gòu)建反演模型,研究中分別利用4種方法建立高光譜辣椒葉片葉綠素含量預(yù)測(cè)模型,結(jié)果(表1)表明,LR模型預(yù)測(cè)效果相對(duì)較差,其驗(yàn)證集決定系數(shù)(r2)為0.83、均方根誤差(RMSE)為2.39、平均絕對(duì)誤差(MAE)為1.89;而 RFR模型的反演精度表現(xiàn)最優(yōu),其驗(yàn)證集r2為0.90、RMSE為1.87、MAE為1.43,為大面積田間預(yù)測(cè)提供了參考依據(jù)。

        2.3 回歸預(yù)測(cè)

        圖5是4種回歸建模方法估算模型散點(diǎn)圖。從圖5可知,就驗(yàn)證集樣本方面來看,RFR模型中的實(shí)測(cè)值和預(yù)測(cè)值更較為均勻地分布在1 ∶ 1直線的兩側(cè)。而LR算法構(gòu)建的模型擬合精度則相對(duì)較差,每個(gè)模型的R2都在0.8以上,說明該方法可以有效預(yù)測(cè)辣椒葉片的葉綠素含量。

        3 討論

        本研究共選擇特征重要性最高的前20個(gè)波段,占總體變量的12.57%,方慧等的研究表明利用紅邊(700 nm左右)、綠峰位置(500~600 nm)的變量構(gòu)建模型能夠良好地預(yù)測(cè)葉片葉綠素含量[15],這與本研究選取的特征波段具有一致性,說明該方法可以適用于辣椒葉片高光譜數(shù)據(jù)降維工作。

        葉片葉綠素含量是植物氮素狀況的重要指標(biāo)。葉片葉綠素含量的變化導(dǎo)致葉片反射率和透射光譜的波段差異。但是,從葉片到冠層光譜的過渡非常復(fù)雜。葉綠素濃度的變化和其他因素(例如冠層結(jié)構(gòu)、土壤背景和葉面積指數(shù)等)強(qiáng)烈影響冠層光譜反射率,使冠層水平的葉綠素檢測(cè)變得復(fù)雜而具有挑戰(zhàn)性[16]。高光譜數(shù)據(jù)提供了大量相鄰的波段葉片反射率,但也存在數(shù)據(jù)冗余的情況,隨機(jī)森林特征選擇算法,可以有效剔除無關(guān)冗余信息,減少選取波段,使模型簡(jiǎn)單,大大提高效率。

        利用隨機(jī)森林特征選擇對(duì)光譜數(shù)據(jù)進(jìn)行遴選,由特征重要性高的波段構(gòu)成優(yōu)勢(shì)光譜數(shù)據(jù)集,使用優(yōu)勢(shì)光譜數(shù)據(jù)集進(jìn)行訓(xùn)練、預(yù)測(cè)。隨機(jī)森林特征選擇算法篩選的波段結(jié)合隨機(jī)森林回歸模型適用于多特征目標(biāo)的預(yù)測(cè),同時(shí)減少了無關(guān)光譜波段信息的影響,較常規(guī)模型具有優(yōu)勢(shì)[9],本研究的結(jié)論與之具有一致性。

        4 結(jié)論

        本研究利用高光譜成像技術(shù)研究辣椒葉片葉綠素含量與光譜之間的定量關(guān)系,利用隨機(jī)森林特征選擇算法進(jìn)行數(shù)據(jù)篩選,結(jié)合4種回歸模型分別

        構(gòu)建回歸模型,并對(duì)結(jié)果進(jìn)行比較分析,結(jié)果表明:(1)利用隨機(jī)森林特征選擇算法篩選后的波段構(gòu)建的4種回歸模型中,每個(gè)模型的r2都在0.8以上,說明該方法篩選后波段構(gòu)建的模型精確度和可靠性較高,其中隨機(jī)森林回歸相對(duì)于其他回歸方法,模型精度最高,其驗(yàn)證集的 r2為0.90、RMSE為1.87、MAE為1.43。說明模型具有較高的穩(wěn)定性和預(yù)測(cè)精度,可以滿足實(shí)際預(yù)測(cè)需求,其次利用隨機(jī)森林特征選擇算法很大程度上降低了模型的復(fù)雜度,從而提高了模型的預(yù)測(cè)精度和穩(wěn)定度,達(dá)到簡(jiǎn)化模型的目的。(2)利用隨機(jī)森林特征選擇算法,結(jié)合4種回歸模型(LR、PLSR、GBRT、RFR)建立葉綠素含量估算模型,結(jié)果表明利用隨機(jī)森林特征選擇算法篩選的波段結(jié)合隨機(jī)森林回歸可以較為穩(wěn)定地預(yù)測(cè)辣椒葉片葉綠素含量,為后期大面積檢測(cè)辣椒的生長(zhǎng)狀況提供了理論依據(jù)。(3)選用辣椒葉片為研究對(duì)象,但從特征波段的選擇和模型構(gòu)建來說,對(duì)于其他農(nóng)作物也具有重要的參考性,今后的研究可以嘗試將該方法應(yīng)用到其他植被葉片中。

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