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        肺炎克雷伯菌分離株毒力基因分布與臨床特征的相關性研究

        2021-07-28 16:00:20沈旭晨蔡培泉糜祖煌王春新
        關鍵詞:克雷伯毒力病死率

        沈旭晨,蔡培泉*,糜祖煌,王春新,趙 琪

        1南京醫(yī)科大學附屬無錫人民醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學科,江蘇 無錫 214023;2無錫市克隆遺傳技術研究所,江蘇 無錫 214026;3南京醫(yī)科大學附屬無錫人民醫(yī)院醫(yī)學檢驗科,江蘇 無錫 214023

        肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KP)通常存在于上呼吸道及腸道,是常見的條件致病菌。在近年的醫(yī)院細菌耐藥監(jiān)測中,KP 檢出率居第2 位[1-2]。高毒力型肺炎克雷伯菌(hypervirulentKlebsiella pneumoniae,hvKP)合并多重耐藥在國內已有多次報道[3-5],甚至新生兒也常有感染耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌的報道[6]。KP對各種年齡段人群造成威脅,使臨床治療面臨艱巨挑戰(zhàn)。盡管目前國內外有大量hvKP 的研究報道[7-9],但是缺乏肺炎克雷伯菌肺炎患者KP 分離株的毒力基因分布與臨床特征相關性研究。本研究選定了與KP 主要毒力因子菌毛、莢膜、鐵載體密切相關的fimH、mrkD、wabG、uge、ureA、entB、clbA、ybtA 這8 種毒力基因進行檢測,并分析其與患者臨床特征的相關性,現報道如下。

        1 對象和方法

        1.1 對象

        選取2019 年8—9 月南京醫(yī)科大學附屬無錫人民醫(yī)院住院患者各種臨床標本中分離出KP 菌株的50 例肺部感染患者作為研究對象。本研究經醫(yī)院倫理委員會批準,所有患者均知情同意。

        1.2 方法

        1.2.1 細菌鑒定與藥敏分析

        細菌鑒定與藥敏分析采用法國生物梅里埃公司VITEK-2全自動細菌鑒定及藥敏分析儀。

        1.2.2 靶基因檢測

        細菌DNA 提取采用非離子去污劑Triton X-100裂解加蛋白酶K 消化法。菌株先作純培養(yǎng),然后挑取單個菌落置入已預混好的Triton X-100 與蛋白酶K 溶液中,55 ℃溫浴120 min,再95 ℃溫浴10 min。-20 ℃保存待檢。

        PCR 檢測毒力基因。每種毒力基因檢測PCR擴增的反應系統(tǒng)均為:耐熱DNA聚合酶(TaKaRa 公司,日本)1 U(0.2 μL),耐熱DNA聚合酶匹配的10×緩沖液2 μL;P1 引物2 μL(1.0 μmol/L),P2 引物2 μL(1.0 μmol/L),dNTPs 2 μL(各種濃度均2 mmol/L),超純水7 μL,菌株DNA 提取液4.8 μL,合計總反應體積20 μL,引物序列見表1。PCR檢測擴增熱循環(huán)為:95 ℃預變性3 min,然后95 ℃變性0.5 min,55 ℃復性0.5 min,72 ℃延伸1.0 min,30 個循環(huán),最后一輪延伸72 ℃延長至5 min。經2%瓊脂糖凝膠電泳20 min,紫外線儀下凝膠上出現與陽性對照分子量相同的條帶即判別為陽性。

        表1 8種靶毒力基因PCR擴增引物序列

        1.2.3 臨床特征分析

        回顧性分析菌株來源患者的臨床資料,包括性別、年齡、科室分布、住院時間、菌株來源、基礎疾病、臨床癥狀、侵入性操作、肺炎嚴重指數(PSI)評分、預后情況、耐藥情況,并根據毒力基因檢測結果進行分組比較。

        2 結果

        2.1 患者臨床資料

        KP菌株來自50例肺部感染患者,其中男36例,女14例。年齡分布在1~4歲及33~103歲,平均年齡(63.72±19.49)歲,60歲以上的老年患者占72%。標本來源為痰液48 份,血液1 份,肺泡灌洗液1 份。29 例社區(qū)獲得性感染,21例醫(yī)院獲得性感染??傋≡簳r間分布在5~185 d,平均為(31.86±37.27)d?;加腥橄侔?、肺癌、食管癌等腫瘤疾病7 例,糖尿病9 例。34例進行氣管內插管,19例進行深靜脈置管,18 例留置尿管,23 例留置胃管。根據藥敏結果,40%分離株為多重耐藥菌株??咕幬锬退幝史謩e為碳青霉烯類14%,青霉素類+酶抑制劑12%~40%,三代頭孢10%~38%,四代頭孢24%,氨基糖苷類8%~18%,喹諾酮類36%,超廣譜β內酰胺酶陽性率30%?;颊咚诳剖抑?,呼吸科、ICU患者共占50%,各外科及其余內科占比均在10%以下(圖1)。

        圖1 50例肺炎克雷伯菌肺炎患者的臨床科室分布

        26 例因感染相關癥狀(如咳嗽咳痰發(fā)熱等)入院,19 例因其他主訴入院。病程中,37 例(74%)出現咳嗽、咳痰,29 例(58%)出現發(fā)熱,27 例(54%)出現胸悶、氣短。

        2.2 靶基因檢測陽性率及電泳圖

        本研究分離自肺炎患者的50 株KP 菌株對fimH、mrkD、wabG、uge、ureA、entB、ybtA、clbA這8種毒力基因進行檢測,其中wabG、uge、clbA 基因未檢出,fimH、mrkD、ureA、entB、ybtA 均有檢出(表2)。同時檢測出2 種及以上毒力基因的菌株占100%,3種及以上占98%,4種及以上92%,5種及以上56%。

        表2 50株肺炎克雷伯菌8種靶基因檢測的陽性率

        2.3 毒力基因分布與臨床特征比較

        如表3 所示,根據毒力基因檢測陽性的結果進行分組比較,共計6 組,在各組內分別計算各比例。fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA 組合例數達28 例,明顯多于其余各組。比較發(fā)現,攜帶fimH基因分組的患者更常出現咳嗽咳痰、胸悶氣短的癥狀。fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA組合的患者臨床表現(咳嗽咳痰、胸悶氣短)明顯,但病死率并不高,僅14.29%。攜帶mrkD+ureA+entB 及fimH+mrkD+ureA+entB 組合的患者病死率高,同時多重耐藥菌比例也較高。

        50 例患者總體病死率為20%。將患者根據毒力基因陽性的數目分為4組,分析顯示,隨著毒力基因種類數目的增加,檢測出3種、4種、5 種毒力基因陽性患者的病死率分別為33.33%、27.78%、14.29%,呈現下降趨勢(表4)。

        表4 毒力基因種類與臨床特征 [n(%)]

        3 討論

        KP 作為條件致病菌,易導致危重癥和免疫缺陷患者的肺部感染、泌尿道感染、血流感染、肝膿腫等[7],hvKP甚至引起眼內炎、腦膜炎,導致患者的高致死率、高致殘率。近年來KP感染率顯著提高[10]。本研究中fimH、mrkD、ureA、entB、ybtA 基因均有不同程度的檢出,clbA、wabG、uge基因未檢出。

        將患者根據檢測毒力基因陽性的情況進行分組,性別、年齡、科室分布、住院時間、菌株來源等基礎情況未見明顯差異,但患者以中老年人為主要群體。34%菌株來自進行氣管內插管的患者,符合既往研究機械通氣是KP 感染的高危因素的結論[11-13]。26%菌株來自ICU,24%來自呼吸科,與相關文獻報道ICU、呼吸科易檢出KP[14]的結果一致。fimH、mrkD、entB、ureA 均高表達,陽性率>85%,提示這些基因可能是KP 引起感染所必備的。咳嗽、咳痰為最主要表現(74%),其次為發(fā)熱(58%)、胸悶氣短(54%)。

        所檢測的基因組合中,fimH+mrkD+ureA+entB、fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA 組合患者出現咳嗽咳痰、胸悶氣短癥狀的比例高于mrkD+ureA+entB、mrkD+ureA+entB+ybtA 組合,且住院天數更長。fimH 基因編碼的FimH 是Ⅰ型菌毛尖端的黏附素,能與宿主細胞表面含甘露醇的糖蛋白特異性結合,使細菌黏附在氣道上皮,通過TLR4/NF-κB 途徑誘導巨噬細胞分泌白細胞介素(IL)-1β、腫瘤壞死因子-α(TNF-α)和IL-6,產生炎癥刺激[15-16],使患者受刺激后產生咳嗽,氣道分泌更多痰液,具有fimH 基因的菌株更易使患者出現咳嗽咳痰。

        fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA 組合為本次研究最常見的組合,咳嗽、咳痰癥狀比例較高,病死率較低,PSI 評分均值為Ⅲ級。隨著毒力基因種類的增多,其表達的各種毒力因子也增多,使得患者臨床癥狀增多并且明顯。但毒力基因的種類增加,并未引起病死率的增加,毒力基因之間可能會相互影響,毒力基因種類增多引起各基因表達下降,導致其相應的毒力因子表達下降,病死率下降。既往研究發(fā)現免疫抑制狀態(tài)的患者更易感染經典型肺炎克雷伯菌(cKP),免疫功能正常的患者更易感染hvKP[11]。隨著毒力基因種類增多,各組檢出例數增加,患有腫瘤及糖尿病的比例卻降低了;毒力基因種類較少的菌株更易感染腫瘤及糖尿病患者,病死率更高。毒力基因種類的數目、相互作用及其與hvKP的產生之間的關系仍待進一步探討。

        具有較少種類毒力基因的組合患者常出現發(fā)熱,本研究中檢出率在95%以上的mrkD、ureA、entB基因在這一過程中也許具有較重要作用,特別是entB 基因。鐵離子對細菌和宿主都是至關重要的,當宿主處于炎癥反應中時,患者吸收鐵能力減弱,因此通過鐵調素減少細胞內的鐵離子外流,使得患者體內的鐵穩(wěn)態(tài)出現異常,引起貧血并且免疫力減弱[16]。entB 作為鐵載體腸桿菌素相關基因,能夠幫助菌株競爭性結合血清中的游離鐵,增強菌株毒性。同時,鐵代謝與炎癥反應的關系較為復雜,但近年來的研究發(fā)現,調節(jié)全身鐵穩(wěn)態(tài)重要因子的鐵調素對于炎癥的反應極為劇烈,而強烈的炎癥反應常引起發(fā)熱。

        mrkD+ureA+entB、mrkD+ureA+entB+ybtA 組合患者PSI 評分均值都達到Ⅳ級,入住ICU 比例最高。mrkD+ureA+entB 組合在各組合中病死率最高(50%),以發(fā)熱為共有特征,有侵入性操作史。mrkD+ureA+entB+ybtA 組合出現咳嗽咳痰、胸悶氣短、發(fā)熱等癥狀的比例較低,病死率為0%。mrkD+ureA+entB 組合均為醫(yī)院獲得性感染,mrkD+ureA+entB+ybtA 組合增加了ybtA 基因,以社區(qū)獲得性感染為主。相似的是,fimH+mrkD+ureA+entB 組合與fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA 組合相比,后者毒力基因多了ybtA,社區(qū)感染比例更高。由此可知,ybt 基因可能與社區(qū)獲得性肺炎相關。

        以往認為細菌會為了獲得耐藥基因而丟棄一些毒力基因[17],以獲得更好的適應性,但是本次研究中檢測出帶有3 種、4 種、5 種毒力基因的菌株其多重耐藥比例分別為33.33%、33.33%、42.86%,隨著毒力基因數目的增加,多重耐藥比例也呈上升趨勢。這提示所選取菌株中很可能存在高毒力高耐藥的“超級細菌”。死亡患者感染菌株檢出的毒力基因組合分別為mrkD+ureA+entB、fimH+mrkD+ureA+entB、fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA,臨床需對帶有這些毒力基因組合的菌株提高警惕。

        綜上所述,KP 容易引起老年群體的肺部感染,特別是合并腫瘤或糖尿病的群體,當這些易患人群感染帶有毒力基因并多重耐藥的菌株,抗感染治療變得困難,可導致呼吸衰竭、全身多臟器衰竭等嚴重并發(fā)癥,即使采取呼吸機輔助呼吸,但患者的基礎肺功能差,最后有可能脫機困難,總體預后欠佳。在本研究中患者總體病死率達20%,1 例罹患肺間質纖維化而行右肺移植術后患者,所感染的KP分離株檢出基因為fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA,且藥敏結果為多重耐藥菌,予以氣管內插管,反復調整抗感染治療方案,最終在住院111 d 后好轉出院。因此,攜帶多種毒力基因的多重耐藥KP 引起的感染對患者和醫(yī)院都提出了很大挑戰(zhàn),建議臨床科室尤其是ICU、呼吸科注重病原學檢測及耐藥機制的研究,密切關注患者病原菌感染情況,并加強院感監(jiān)控。對于重癥肺炎患者,感染、凝血及免疫功能相關指標均與病情和預后密切相關,需及早進行監(jiān)測,幫助改善患者預后[18]。本研究在國內首次就肺炎克雷伯菌肺炎患者分離株進行了fimH、mrkD、wabG、uge、ureA、entB、ybtA、clbA 等8 種毒力基因檢測,且對其分布及臨床特征的相關性進行分析,為國內同行提供了基礎數據作為參考。由于本研究的樣本量較小,此次研究中wabG、uge、clbA基因均未檢出,且mrkD+ureA、fimH+mrkD+ureA 組合毒力基因檢測陽性的人數偏少,關于毒力基因與臨床癥狀的進一步對應關系仍需要進行更多的研究。

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