冷玉玲,吳奇琛,何章勇,徐進,章京紅,吳東平,景奉香(通信作者)
(1.安徽中醫(yī)藥大學第二附屬醫(yī)院 腫瘤科,安徽 合肥 230001;2.海軍安慶醫(yī)院 胸外科,安徽 安慶 246003;3.上海奕檢醫(yī)療科技有限公司,上海 200000;4.上海小海龜科技有限公司研發(fā)部,上海 200000)
臨床中80%的肺癌患者為非小細胞肺癌(NSCLC),大部分患者在首診后就處于中晚期,傳統(tǒng)治療手段如放化療等對于非小細胞肺癌的治療并不理想[1]。靶向治療是目前非小細胞肺癌治療的重要手段之一,如EGFRTKI抑制劑,針對有靶基因敏感突變的患者,治療的有效率會得到顯著的提高[2]。病理組織樣本是肺癌患者進行表皮生長因子受體(EGFR)基因檢測的首選標本,但實際檢測中組織樣本的獲取可能會受到多種臨床因素的制約,甚至部分患者會出現(xiàn)無法獲取組織樣本的情況[2]。目前以EGFR基因為代表性靶點的小分子酪氨酸激酶抑制劑(TKI),是近年來NSCLC靶向治療的重點,而EGFR基因突變是治療的決定性條件,選擇合適的檢測方法(例液態(tài)活檢),篩選合適患者進行靶向治療是進行個體化精準治療的目標[3]。在腫瘤組織標本無法獲取情況下,國內(nèi)大多檢測方法選擇擴增阻滯突變系統(tǒng)(ARMS)檢驗,而dPCR利用外周血循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)進行EGFR基因突變檢測,這一新型檢測方式已經(jīng)獲得了廣泛認可[4]。本文將進一步分析與討論芯片式數(shù)字PCR技術(shù)對于外周血循環(huán)腫瘤DNA的EGFR突變檢測的臨床應用價值。
1.1 一般資料。將2018年1月至2020年1月收治的40例NSCLC患者,含治療后耐藥患者18例。納入標準:①均經(jīng)過病理組織證實;②CT檢測病灶長徑≥10 mm;③心電圖肝腎功能正常;④知情本文相關(guān)研究。排除標準:①造血功能出現(xiàn)障礙;②妊娠及哺乳期患者。所有患者男18例,女22例,年齡30~80歲,平均(61.54±4.07)歲,患者分布見表1。
表1 患者分布
1.2 方法
(1)所有患者均空腹抽取靜脈血10 mL,耐藥患者在治療后抽取,2000×g離心5 min,取上清液,再次8000×g離心5 min,取上清,置于-20℃保存。
(2)血漿游離DNA提?。喊凑昭h(huán)DNA核酸提取試劑盒(廈門艾德公司,批號02216060701X)進行操作,使用Qubit2.0熒光定量儀和Agilent 2100生物分析儀,分析DNA濃度與片段大小。以DNA濃度大于20 ng/μL,其中DNA片段為170 bp左右為合格。
(3)ARMS檢測:使用ABI 7500熒光定量PCR儀及人類EGFR基因突變檢測試劑盒(廈門艾德公司,批號01217081601X)檢測EGFR基因突變,檢測按照試劑盒說明書進行操作,并判讀結(jié)果。
(4)dPCR檢測:使用上海小海龜科技有限公司的BioDigital·青數(shù)字化PCR儀,以及人類EGFR(19del/L858R)、EGFR(T790M)檢測試劑盒(批號1863103,1863104,863105,江蘇圣極基因科技有限公司),按照數(shù)字PCR系統(tǒng)及試劑盒說明書操作,檢測EGFR基因的突變情況,并對檢測結(jié)果進行分析與統(tǒng)計。
1.3 觀察(評價)指標。分析兩種檢測方法EGFR基因突變結(jié)果,以及dPCR法檢測EGFR基因突變豐度結(jié)果[5]。
1.4 統(tǒng)計學分析。本研究采用SPSS 18.0統(tǒng)計軟件對本文數(shù)據(jù)進行分析,計量資料用(±s)表示,采用t檢驗,計數(shù)資料用百分比表示,采用χ2檢驗,P<0.05為差異有統(tǒng)計學意義。
2.1 ARMS法與dPCR法檢測EGFR基因突變結(jié)果。ARMS法共檢出22例患者,dPCR法共檢出26例患者,其中雙突變患者分別為3例與6例,見表2。
表2 兩種檢測方法EGFR基因突變結(jié)果
2.2 dPCR法檢測EGFR基因突變豐度結(jié)果。進行EGFR TKI抑制劑治療的患者中,p.T790M位點檢出6例,未進行治療的患者均未檢出該位點突變;所有EGFR的突變病例中,突變豐度≥1%的突變位點有23個,占總突變位71.88%(23/32),突變豐度<1%,占28.12%(9/32);接受TKI治療的患者T790M突變數(shù)為6例,豐度<1%為4例,比例為66.67%(4/10),見表3。
表3 dPCR法檢測EGFR基因突變豐度結(jié)果
近年來非小細胞肺癌診療在臨床已經(jīng)有了一定進步,患者一旦確診后,需要根據(jù)組織學與突變信息進行分類,再依據(jù)治療指南投藥;對于靶向藥物研究方面進展,適合進展期患者,在選擇藥物的時候能夠更加貼合患者實際情況[6]。而對肺癌患者進行病理組織樣本檢測,對后期治療具有重要意義,可是實際工作中受到多種因素的影響,會使得檢測出現(xiàn)一定影響[7]。隨著我國外周血循環(huán)腫瘤EGFR檢測的發(fā)展,臨床醫(yī)師也希望有更方便(外周血循環(huán)腫瘤DNA)及靈敏度更好(dPCR)的方法,來達到更好的治療提供更好的臨床結(jié)果及愈后,因此對檢測方式的要求也在不斷提高[8]。
芯片式數(shù)字PCR(dPCR)能提供更精準的檢測結(jié)果(絕對定量,精確度達0.01%)、更低的單次開機成本(單次檢測樣本通量高)、檢測費用可控制,血液樣本可動態(tài)監(jiān)測,同時也因為提高了患者的治療效益而獲益,見表4。
表4 dPCR法與ARMS法檢測EGFR基因突變對比
本文通過將兩種檢測方法納入研究,結(jié)果顯示:ARMS法共檢出22例患者,dPCR法共檢出26例患者,其中雙突變患者分別為3例與6例。能夠看出dPCR法檢出率較好,本文通過選擇3主要突變位點,在傳統(tǒng)PCR擴增前,對樣品進行微滴化處理,擴增技術(shù)后通過直接計劃的方法計算平均濃度[9]。由于dPCR法敏感性較高,暫無其他可靠的方法驗證,是否存在假陽性仍存在一定爭議。突變豐度≥1%的突變位點占總突變位71.88%(23/32),突變豐度<1%占據(jù)28.13%(9/32);接受治療的患者中,突變豐度<1%比例為66.67(4/10)。雖然ARMS法也能夠檢出部分突變豐度<1%的突變位點,但仍有部分低豐度突變的患者無法檢出,因此在檢測外周血EGFR基因突變后,尤其是TKI治療后的患者,可用dPCR法檢出更多低豐度突變的患者,使得更多患者更好的接受靶向治療[10]。與臨床使用的ARMS法相比,dPCR法檢測理論上精確度更好,選擇ARMS法檢測,判讀結(jié)果期間需要結(jié)合多種因素,包括患者耐受性,醫(yī)生及時與患者溝通,為了確保結(jié)果可靠更需要重復進行驗證[11]。
但本文研究樣本數(shù)較少,僅僅選取2年的患者進行研究,可能會使得研究結(jié)果出現(xiàn)一定偏差,后期臨床需要擴大樣本數(shù)量,結(jié)合dPCR可絕對定量的優(yōu)點,對基因突變豐度檢測,為靶向治療提供重要依據(jù)[12-13]。
綜上所述,非小細胞肺癌血液EGFR突變檢測期間,使用dPCR法檢測準確度較高,靈敏度高,能夠更好地指導臨床用藥,但在檢驗期間存在一定影響因素,因此需要規(guī)范化操作,確?;颊吒眠M行治療。